AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038836.01


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MsG0780038836.01.T01 AT4G11460 37.931 319 195 3 305 621 301 618 7.16e-66 230
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MsG0780038836.01.T01 AT4G21390 42.414 290 164 3 338 626 517 804 6.99e-62 222
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MsG0780038836.01.T01 AT4G23140 36.905 336 195 7 308 628 303 636 7.79e-62 219
MsG0780038836.01.T01 AT1G26150 39.672 305 175 5 333 631 411 712 8.27e-62 220
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MsG0780038836.01.T01 AT5G63930 34.000 350 208 7 289 621 735 1078 8.71e-58 212
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MsG0780038836.01.T01 AT2G20300 38.889 288 170 3 336 622 335 617 8.44e-55 200
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MsG0780038836.01.T01 AT3G46400 36.873 339 196 5 301 626 517 850 1.04e-54 201
MsG0780038836.01.T01 AT5G16900 38.629 321 187 6 307 623 344 658 1.40e-54 199
MsG0780038836.01.T01 AT2G28590 37.762 286 171 4 336 618 84 365 1.44e-54 193
MsG0780038836.01.T01 AT3G55450 38.127 299 171 7 336 621 47 344 1.49e-54 192
MsG0780038836.01.T01 AT4G23210 37.586 290 155 9 314 582 322 606 1.59e-54 197
MsG0780038836.01.T01 AT2G28960 39.456 294 172 4 335 627 428 716 1.70e-54 199
MsG0780038836.01.T01 AT4G28670 37.793 299 174 6 338 628 319 613 2.15e-54 197
MsG0780038836.01.T01 AT1G34300 34.474 409 247 10 273 664 402 806 2.20e-54 200
MsG0780038836.01.T01 AT1G61430 42.045 264 138 6 300 550 431 692 2.25e-54 199
MsG0780038836.01.T01 AT3G19300 39.344 305 166 7 323 621 303 594 2.35e-54 197
MsG0780038836.01.T01 AT2G48010 33.526 346 206 5 306 629 226 569 2.47e-54 197
MsG0780038836.01.T01 AT2G14440 35.735 347 216 4 286 631 502 842 2.59e-54 200
MsG0780038836.01.T01 AT5G16500 36.443 343 193 7 323 654 47 375 2.60e-54 197
MsG0780038836.01.T01 AT3G49670 40.070 287 156 7 350 628 690 968 2.79e-54 201
MsG0780038836.01.T01 AT1G51890 35.854 357 206 5 288 627 222 572 3.06e-54 196
MsG0780038836.01.T01 AT4G23300 33.544 316 202 4 313 621 313 627 3.45e-54 197
MsG0780038836.01.T01 AT5G65700 37.117 326 194 7 308 628 653 972 3.47e-54 201
MsG0780038836.01.T01 AT5G65700 37.117 326 194 7 308 628 653 972 3.47e-54 201
MsG0780038836.01.T01 AT3G55450 38.127 299 171 7 336 621 84 381 3.61e-54 192
MsG0780038836.01.T01 AT2G23200 38.062 289 176 3 340 627 478 764 4.33e-54 199
MsG0780038836.01.T01 AT4G11890 36.667 300 178 6 338 632 28 320 4.75e-54 189
MsG0780038836.01.T01 AT2G01950 33.065 372 206 6 291 621 757 1126 5.16e-54 201
MsG0780038836.01.T01 AT1G20650 38.305 295 172 5 334 622 62 352 5.55e-54 190
MsG0780038836.01.T01 AT4G11890 36.667 300 178 6 338 632 30 322 6.20e-54 189
MsG0780038836.01.T01 AT5G24010 36.789 299 180 4 333 627 472 765 6.56e-54 199
MsG0780038836.01.T01 AT2G17220 39.322 295 168 6 338 622 74 367 7.32e-54 191
MsG0780038836.01.T01 AT2G17220 39.322 295 168 6 338 622 75 368 7.65e-54 191
MsG0780038836.01.T01 AT2G28940 39.073 302 166 5 338 623 90 389 8.10e-54 192
MsG0780038836.01.T01 AT4G39110 38.832 291 174 4 338 627 514 801 8.62e-54 199
MsG0780038836.01.T01 AT4G35600 38.411 302 160 8 338 622 74 366 9.34e-54 191
MsG0780038836.01.T01 AT4G35600 38.411 302 160 8 338 622 75 367 9.96e-54 190
MsG0780038836.01.T01 AT3G13380 34.771 371 207 9 281 618 761 1129 9.97e-54 200
MsG0780038836.01.T01 AT1G61460 35.088 342 194 5 295 628 393 714 1.01e-53 197
MsG0780038836.01.T01 AT2G19190 37.736 318 190 6 308 623 533 844 1.02e-53 199
MsG0780038836.01.T01 AT2G28960 39.456 294 172 4 335 627 560 848 1.20e-53 198
MsG0780038836.01.T01 AT2G14510 36.023 347 215 4 286 631 501 841 1.26e-53 198
MsG0780038836.01.T01 AT2G14510 36.023 347 215 4 286 631 509 849 1.34e-53 198
MsG0780038836.01.T01 AT3G53590 38.750 320 169 10 314 622 588 891 1.48e-53 199
MsG0780038836.01.T01 AT5G38990 39.799 299 170 5 336 627 511 806 1.53e-53 198
MsG0780038836.01.T01 AT1G11330 43.290 231 129 2 338 567 512 741 1.57e-53 197
MsG0780038836.01.T01 AT5G01020 38.926 298 162 6 338 622 57 347 1.61e-53 189
MsG0780038836.01.T01 AT1G24030 37.542 301 178 7 330 622 42 340 2.00e-53 188
MsG0780038836.01.T01 AT2G19230 36.196 326 197 5 302 626 528 843 2.49e-53 197
MsG0780038836.01.T01 AT3G46420 41.455 275 157 3 353 626 534 805 2.56e-53 197
MsG0780038836.01.T01 AT5G01950 41.234 308 161 8 334 629 610 909 2.63e-53 198
MsG0780038836.01.T01 AT2G19210 34.857 350 213 7 284 626 510 851 2.71e-53 197
MsG0780038836.01.T01 AT1G51890 35.854 357 206 5 288 627 430 780 2.92e-53 197
MsG0780038836.01.T01 AT5G03320 37.500 304 168 7 336 623 67 364 2.98e-53 189
MsG0780038836.01.T01 AT5G03320 37.500 304 168 7 336 623 67 364 2.98e-53 189
MsG0780038836.01.T01 AT5G16900 38.629 321 187 6 307 623 530 844 3.07e-53 197
MsG0780038836.01.T01 AT5G16900 38.629 321 187 6 307 623 530 844 3.07e-53 197
MsG0780038836.01.T01 AT1G24030 37.542 301 178 7 330 622 56 354 3.13e-53 188
MsG0780038836.01.T01 AT1G79620 37.176 347 189 10 296 622 572 909 3.23e-53 198
MsG0780038836.01.T01 AT5G15730 37.377 305 170 6 326 621 83 375 3.78e-53 189
MsG0780038836.01.T01 AT5G15730 37.377 305 170 6 326 621 83 375 3.78e-53 189
MsG0780038836.01.T01 AT1G51870 35.171 381 224 5 264 627 483 857 4.09e-53 197
MsG0780038836.01.T01 AT2G28590 40.598 234 137 2 336 567 84 317 4.16e-53 186
MsG0780038836.01.T01 AT1G30570 38.966 290 170 4 336 622 506 791 4.50e-53 196
MsG0780038836.01.T01 AT2G33170 35.473 296 180 4 336 621 805 1099 4.62e-53 198
MsG0780038836.01.T01 AT2G33170 35.473 296 180 4 336 621 805 1099 4.62e-53 198

Find 105 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 133 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CTAACTTCTCATTATGTTCT+TGG 0.167523 7:-53776990 MsG0780038836.01.T01:CDS
TTTGGTTTAACAACATTAAT+TGG 0.207560 7:+53777101 None:intergenic
GTGGCTTACCAATGCAAATT+TGG 0.209171 7:-53777169 MsG0780038836.01.T01:CDS
AAAGACCTATTGAACAAATA+AGG 0.216497 7:-53776101 MsG0780038836.01.T01:CDS
TATTGACTTGGTAGTGAATT+TGG 0.224646 7:+53777398 None:intergenic
GTCTTATCCTTCTTCTTCTA+TGG 0.236520 7:-53775788 MsG0780038836.01.T01:CDS
AATGGTAGATTAGGTGATTT+TGG 0.245081 7:-53776282 MsG0780038836.01.T01:CDS
GAGGCTAAAGATGTAAATTT+AGG 0.269609 7:-53776015 MsG0780038836.01.T01:CDS
CTTCCATTGTTGAAAACTAT+AGG 0.278667 7:+53777548 None:intergenic
CTATTAGGAACAGGTGGATT+TGG 0.285315 7:-53776684 MsG0780038836.01.T01:CDS
CATTCCCTTATTTGTTCAAT+AGG 0.288325 7:+53776096 None:intergenic
ATCATTAAAGGTGTTGCTTC+TGG 0.290333 7:-53776390 MsG0780038836.01.T01:CDS
AATATTAGTTTCATCTATAA+TGG 0.291575 7:-53777683 MsG0780038836.01.T01:CDS
CAAAGGTTTAGAATCATTAA+AGG 0.297291 7:-53776402 MsG0780038836.01.T01:CDS
TTCCATTGTTGAAAACTATA+GGG 0.304741 7:+53777549 None:intergenic
TTCACTATGTTTGATTCTAA+TGG 0.315324 7:-53776847 MsG0780038836.01.T01:CDS
TCTTCAATGGGATTAACTTC+TGG 0.319260 7:-53775841 MsG0780038836.01.T01:CDS
TCATCACATTTGTATCTTGA+TGG 0.328434 7:-53777653 MsG0780038836.01.T01:CDS
GAGGTATTTGGAGAGGGATT+TGG 0.332048 7:-53775893 MsG0780038836.01.T01:CDS
TTCCACTTCTCGGCTATTGC+AGG 0.335089 7:-53776524 MsG0780038836.01.T01:CDS
GCGAAAAGGCGAGTTACTTT+TGG 0.336907 7:-53776502 MsG0780038836.01.T01:CDS
TTTGTTCTTTCTCCTACAAA+AGG 0.339803 7:-53777425 MsG0780038836.01.T01:CDS
AGTTCTGATGTGTATTCTTT+TGG 0.345927 7:-53776153 MsG0780038836.01.T01:CDS
TTACCTGTTCTTGTATGTTC+TGG 0.354572 7:+53776186 None:intergenic
TTTCTGAGCTTCATGAAGAT+TGG 0.367365 7:-53776782 MsG0780038836.01.T01:CDS
TCTGAGTTTCCTAATCTTAG+TGG 0.367467 7:-53777461 MsG0780038836.01.T01:CDS
AATGTTAACAAAGGTTGTTT+TGG 0.368223 7:+53777083 None:intergenic
TTCTGAGCTTCATGAAGATT+GGG 0.375446 7:-53776781 MsG0780038836.01.T01:CDS
TTGTTGAAAACTATAGGGTT+TGG 0.376574 7:+53777554 None:intergenic
TTCAAGGAGAAGGAGCTATT+AGG 0.378457 7:-53776699 MsG0780038836.01.T01:CDS
TTGATTATGTTTATGATTGT+TGG 0.380943 7:-53776056 MsG0780038836.01.T01:CDS
TTTCTTAGTTTGTCTTCAAT+GGG 0.382637 7:-53775853 MsG0780038836.01.T01:CDS
AACAAAGATTTACCTTAAGT+TGG 0.384620 7:-53776428 MsG0780038836.01.T01:CDS
AAACTAAGAAAACTCAAATC+TGG 0.390321 7:+53775865 None:intergenic
ACTTCCTAAGTTACCTACTT+TGG 0.397079 7:-53776919 MsG0780038836.01.T01:CDS
AAACCTTTGACTCCAACTTA+AGG 0.402395 7:+53776416 None:intergenic
GCAGGATATTATGATATTGA+TGG 0.402936 7:-53777221 MsG0780038836.01.T01:CDS
CAATGATACAAGACAACAAA+AGG 0.402949 7:-53777591 MsG0780038836.01.T01:CDS
CTTTGCAACAAAGGGTTTCA+AGG 0.405621 7:-53776715 MsG0780038836.01.T01:CDS
GAAGATTGGGAGAAAGACTA+TGG 0.409734 7:-53776768 MsG0780038836.01.T01:CDS
GGAATGTGAGAGTATAATAT+TGG 0.422811 7:-53776079 MsG0780038836.01.T01:CDS
CTTCTCATTATGTTCTTGGT+TGG 0.424183 7:-53776986 MsG0780038836.01.T01:CDS
GTTGGATTCTCATCTTCAAC+AGG 0.424387 7:-53777020 MsG0780038836.01.T01:CDS
CAATATTTCATTTCATCAAA+AGG 0.426573 7:-53776815 MsG0780038836.01.T01:CDS
CATGTTGGAATTGATATCAA+TGG 0.430091 7:-53777269 MsG0780038836.01.T01:CDS
CTTAACACTACTATGTATGT+TGG 0.430155 7:-53777038 MsG0780038836.01.T01:CDS
TCATCCAAAGTAGGTAACTT+AGG 0.434585 7:+53776915 None:intergenic
AGAAATCTCGTTCCACTTCT+CGG 0.436511 7:-53776534 MsG0780038836.01.T01:CDS
CCAACAACATGTGTTGTTTG+AGG 0.447010 7:+53776228 None:intergenic
GCACCAGAACATACAAGAAC+AGG 0.447043 7:-53776189 MsG0780038836.01.T01:CDS
TGTGGTTGAAGAAGTTGAAT+TGG 0.455382 7:-53775983 MsG0780038836.01.T01:CDS
CAAATTTGGTTGGAATATGA+TGG 0.457485 7:-53777155 MsG0780038836.01.T01:CDS
ATTGCTGAATCACTTCTCTC+TGG 0.460551 7:-53775739 MsG0780038836.01.T01:CDS
CTCGGCTATTGCAGGCGAAA+AGG 0.460715 7:-53776516 MsG0780038836.01.T01:CDS
TAATCTAAGTAAACCATTTG+AGG 0.462160 7:+53777616 None:intergenic
GATTTATACTTTGCAACAAA+GGG 0.462606 7:-53776723 MsG0780038836.01.T01:CDS
TTTCCTAATCTTAGTGGTCA+TGG 0.467963 7:-53777455 MsG0780038836.01.T01:CDS
CTCAAAACTTGTCTCATACT+AGG 0.470611 7:+53775913 None:intergenic
CTTACCAATGCAAATTTGGT+TGG 0.470781 7:-53777165 MsG0780038836.01.T01:CDS
GAGAAGGAGCTATTAGGAAC+AGG 0.474924 7:-53776693 MsG0780038836.01.T01:CDS
ATTCCATGACCACTAAGATT+AGG 0.475978 7:+53777452 None:intergenic
ACACATGTTGTTGGAACACT+TGG 0.476066 7:-53776219 MsG0780038836.01.T01:CDS
TTACCTTAAGTTGGAGTCAA+AGG 0.478591 7:-53776419 MsG0780038836.01.T01:CDS
GTTGCTGAATTAACCTCAAA+TGG 0.479661 7:-53777629 MsG0780038836.01.T01:CDS
CCTCAAACAACACATGTTGT+TGG 0.482498 7:-53776228 MsG0780038836.01.T01:CDS
AAGACCTATTGAACAAATAA+GGG 0.483541 7:-53776100 MsG0780038836.01.T01:CDS
CGCCTGCAATAGCCGAGAAG+TGG 0.490076 7:+53776522 None:intergenic
TATTCCAACCAAATTTGCAT+TGG 0.492749 7:+53777161 None:intergenic
ATTGAAGAAGTATGTGAGAA+TGG 0.496135 7:+53775760 None:intergenic
GGTGAAATGAATGGTAGATT+AGG 0.499052 7:-53776291 MsG0780038836.01.T01:CDS
TGAATCAAGACAAGGGATGA+AGG 0.501738 7:-53776598 MsG0780038836.01.T01:CDS
CACATTGTGAGGCATTGGCT+AGG 0.504525 7:-53775936 MsG0780038836.01.T01:CDS
GTGTTCACATTGTGAGGCAT+TGG 0.505428 7:-53775941 MsG0780038836.01.T01:CDS
GTTTATGATTGTTGGAAAAG+AGG 0.505705 7:-53776048 MsG0780038836.01.T01:CDS
CTATCAAGATTATATGATCA+TGG 0.508956 7:-53776258 MsG0780038836.01.T01:CDS
GCTTGATACAATTATGAATA+CGG 0.511059 7:-53777315 MsG0780038836.01.T01:CDS
TTGTTCTTTCTCCTACAAAA+GGG 0.525885 7:-53777424 MsG0780038836.01.T01:CDS
AACAAAGGGTTTCAAGGAGA+AGG 0.527300 7:-53776709 MsG0780038836.01.T01:CDS
GAAAAGAGGTGAGATTATTG+AGG 0.533275 7:-53776034 MsG0780038836.01.T01:CDS
AGATTTATACTTTGCAACAA+AGG 0.534698 7:-53776724 MsG0780038836.01.T01:CDS
TTACTAGATGGTGAAATGAA+TGG 0.537969 7:-53776300 MsG0780038836.01.T01:CDS
ATCAAACATAGTGAAATCAA+TGG 0.538483 7:+53776855 None:intergenic
TCAGAGAAATCAGCTTCAGC+AGG 0.541165 7:-53777239 MsG0780038836.01.T01:CDS
GTCGCGGAAATTGTTAGTAT+CGG 0.548924 7:-53776570 MsG0780038836.01.T01:CDS
GTCTACGATTACATGCAGAA+TGG 0.555624 7:-53776480 MsG0780038836.01.T01:CDS
TTTGTTGTGTTCACATTGTG+AGG 0.559850 7:-53775947 MsG0780038836.01.T01:CDS
AAATTTAGGTGAGGATTATG+TGG 0.567828 7:-53776001 MsG0780038836.01.T01:CDS
CATTGATATCAATTCCAACA+TGG 0.574922 7:+53777270 None:intergenic
TGAAGAATGGGAACAAGTAG+TGG 0.578538 7:-53776352 MsG0780038836.01.T01:CDS
GGTCTATCCATAGAAGAAGA+AGG 0.581177 7:+53775781 None:intergenic
AATGATACAAGACAACAAAA+GGG 0.582922 7:-53777590 MsG0780038836.01.T01:CDS
GATATCAATGACAACCATGT+TGG 0.584292 7:-53777284 MsG0780038836.01.T01:CDS
GCTGAATCACTTCTCTCTGG+TGG 0.592301 7:-53775736 MsG0780038836.01.T01:CDS
TAAAGATGTAAATTTAGGTG+AGG 0.596244 7:-53776010 MsG0780038836.01.T01:CDS
AATAGACCAAGGTATTGACT+TGG 0.602030 7:+53777386 None:intergenic
TCTTTGTTCAATGTTAACAA+AGG 0.606577 7:+53777074 None:intergenic
AAGGAGCTATTAGGAACAGG+TGG 0.625911 7:-53776690 MsG0780038836.01.T01:CDS
CTATTCAATGAATCAAACAA+TGG 0.626223 7:-53777368 MsG0780038836.01.T01:CDS
TCACTACCAAGTCAATACCT+TGG 0.627504 7:-53777392 MsG0780038836.01.T01:CDS
TTGATTCATTGAATAGACCA+AGG 0.632635 7:+53777375 None:intergenic
GTTTCTCATGAATCAAGACA+AGG 0.645041 7:-53776606 MsG0780038836.01.T01:CDS
TTTCTCATGAATCAAGACAA+GGG 0.674600 7:-53776605 MsG0780038836.01.T01:CDS
GATGCCAATTTCAAAACTCG+AGG 0.691574 7:-53776643 MsG0780038836.01.T01:CDS
GGATTTGGAAGAGTCTACAA+AGG 0.701968 7:-53776669 MsG0780038836.01.T01:CDS
AGGGATGAAGGAATTCGTCG+CGG 0.762237 7:-53776586 MsG0780038836.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AATATTAGTTTCATCTATAA+TGG - Chr7:53775792-53775811 MsG0780038836.01.T01:CDS 15.0%
!! CAATATTTCATTTCATCAAA+AGG - Chr7:53776660-53776679 MsG0780038836.01.T01:CDS 20.0%
!! TTGATTATGTTTATGATTGT+TGG - Chr7:53777419-53777438 MsG0780038836.01.T01:CDS 20.0%
!!! CTAAGGTAATTTTGAAAATT+GGG - Chr7:53776594-53776613 MsG0780038836.01.T01:CDS 20.0%
!!! GTTTTATTTACATGAAGAAT+GGG - Chr7:53777111-53777130 MsG0780038836.01.T01:CDS 20.0%
!!! TCTAAGGTAATTTTGAAAAT+TGG - Chr7:53776593-53776612 MsG0780038836.01.T01:CDS 20.0%
!!! TGTTTTATTTACATGAAGAA+TGG - Chr7:53777110-53777129 MsG0780038836.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTGGTTTAACAACATTAAT+TGG + Chr7:53776377-53776396 None:intergenic 20.0%
! AAACTAAGAAAACTCAAATC+TGG + Chr7:53777613-53777632 None:intergenic 25.0%
! AAAGACCTATTGAACAAATA+AGG - Chr7:53777374-53777393 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
! AACAAAGATTTACCTTAAGT+TGG - Chr7:53777047-53777066 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
! AAGACCTATTGAACAAATAA+GGG - Chr7:53777375-53777394 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
! AATGATACAAGACAACAAAA+GGG - Chr7:53775885-53775904 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
! AGATTTATACTTTGCAACAA+AGG - Chr7:53776751-53776770 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
! ATCAAACATAGTGAAATCAA+TGG + Chr7:53776623-53776642 None:intergenic 25.0%
! CTATCAAGATTATATGATCA+TGG - Chr7:53777217-53777236 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
! CTATTCAATGAATCAAACAA+TGG - Chr7:53776107-53776126 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
! GATTTATACTTTGCAACAAA+GGG - Chr7:53776752-53776771 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
! GCTTGATACAATTATGAATA+CGG - Chr7:53776160-53776179 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
! TAAAGATGTAAATTTAGGTG+AGG - Chr7:53777465-53777484 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
! TAATCTAAGTAAACCATTTG+AGG + Chr7:53775862-53775881 None:intergenic 25.0%
! TCTTTGTTCAATGTTAACAA+AGG + Chr7:53776404-53776423 None:intergenic 25.0%
! TTCACTATGTTTGATTCTAA+TGG - Chr7:53776628-53776647 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
! TTCCATTGTTGAAAACTATA+GGG + Chr7:53775929-53775948 None:intergenic 25.0%
!! AACAACAATAACCATGTTTT+TGG - Chr7:53776131-53776150 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
!! AAGAATTTGAGTCTTTTTAG+TGG - Chr7:53776287-53776306 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
!! AATGTTAACAAAGGTTGTTT+TGG + Chr7:53776395-53776414 None:intergenic 25.0%
!! ATTAGGAAACTCAGATTTTA+TGG + Chr7:53776009-53776028 None:intergenic 25.0%
!! CAAAGGTTTAGAATCATTAA+AGG - Chr7:53777073-53777092 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
!!! TGTGAAAATTTTCAGGATTA+TGG - Chr7:53777661-53777680 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTCTTAGTTTGTCTTCAAT+GGG - Chr7:53777622-53777641 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTTCTTAGTTTGTCTTCAA+TGG - Chr7:53777621-53777640 MsG0780038836.01.T01:CDS 25.0%
AAATTTAGGTGAGGATTATG+TGG - Chr7:53777474-53777493 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
CAAATTTGGTTGGAATATGA+TGG - Chr7:53776320-53776339 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
CAATGATACAAGACAACAAA+AGG - Chr7:53775884-53775903 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
CATGTTGGAATTGATATCAA+TGG - Chr7:53776206-53776225 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
CATTGATATCAATTCCAACA+TGG + Chr7:53776208-53776227 None:intergenic 30.0%
CTAACTTCTCATTATGTTCT+TGG - Chr7:53776485-53776504 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
CTTAACACTACTATGTATGT+TGG - Chr7:53776437-53776456 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
CTTCCATTGTTGAAAACTAT+AGG + Chr7:53775930-53775949 None:intergenic 30.0%
GAGGCTAAAGATGTAAATTT+AGG - Chr7:53777460-53777479 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
GCAGGATATTATGATATTGA+TGG - Chr7:53776254-53776273 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
GGATGAAAAACATGATTCTA+AGG - Chr7:53776577-53776596 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
GTTTATGATTGTTGGAAAAG+AGG - Chr7:53777427-53777446 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
TATTCCAACCAAATTTGCAT+TGG + Chr7:53776317-53776336 None:intergenic 30.0%
TCATCACATTTGTATCTTGA+TGG - Chr7:53775822-53775841 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
TTACTAGATGGTGAAATGAA+TGG - Chr7:53777175-53777194 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
TTGATTCATTGAATAGACCA+AGG + Chr7:53776103-53776122 None:intergenic 30.0%
TTGTTCTTTCTCCTACAAAA+GGG - Chr7:53776051-53776070 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
TTGTTGAAAACTATAGGGTT+TGG + Chr7:53775924-53775943 None:intergenic 30.0%
TTTCTCATGAATCAAGACAA+GGG - Chr7:53776870-53776889 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
TTTGTTCTTTCTCCTACAAA+AGG - Chr7:53776050-53776069 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
! AACCCTATAGTTTTCAACAA+TGG - Chr7:53775924-53775943 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
! AATGGTAGATTAGGTGATTT+TGG - Chr7:53777193-53777212 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
! ATTGAAGAAGTATGTGAGAA+TGG + Chr7:53777718-53777737 None:intergenic 30.0%
! CATTCCCTTATTTGTTCAAT+AGG + Chr7:53777382-53777401 None:intergenic 30.0%
! GCTAGTAATGTTTTACTAGA+TGG - Chr7:53777163-53777182 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
! GGAATGTGAGAGTATAATAT+TGG - Chr7:53777396-53777415 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
! TCATGTTTTTCATCCAAAGT+AGG + Chr7:53776572-53776591 None:intergenic 30.0%
! TGGACAATGTGAAAATTTTC+AGG - Chr7:53777654-53777673 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTTACTTGAGGTAGTTTG+TGG - Chr7:53777349-53777368 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
!! AGTTCTGATGTGTATTCTTT+TGG - Chr7:53777322-53777341 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
!! CTTTTGTTGTCTTGTATCAT+TGG + Chr7:53775886-53775905 None:intergenic 30.0%
!! TATTGACTTGGTAGTGAATT+TGG + Chr7:53776080-53776099 None:intergenic 30.0%
!! TTTTGGTGCATTTTTACTTG+AGG - Chr7:53777339-53777358 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
!!! CAATAACCATGTTTTTGGTT+TGG - Chr7:53776136-53776155 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
!!! GTTGAATTGGTTTTGAAACT+TGG - Chr7:53777505-53777524 MsG0780038836.01.T01:CDS 30.0%
AAACCTTTGACTCCAACTTA+AGG + Chr7:53777062-53777081 None:intergenic 35.0%
ACTTCCTAAGTTACCTACTT+TGG - Chr7:53776556-53776575 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
ATTCCATGACCACTAAGATT+AGG + Chr7:53776026-53776045 None:intergenic 35.0%
CTCAAAACTTGTCTCATACT+AGG + Chr7:53777565-53777584 None:intergenic 35.0%
CTTACCAATGCAAATTTGGT+TGG - Chr7:53776310-53776329 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
CTTCTCATTATGTTCTTGGT+TGG - Chr7:53776489-53776508 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
GAAAAGAGGTGAGATTATTG+AGG - Chr7:53777441-53777460 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
GATATCAATGACAACCATGT+TGG - Chr7:53776191-53776210 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
GGTGAAATGAATGGTAGATT+AGG - Chr7:53777184-53777203 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
GTCTTATCCTTCTTCTTCTA+TGG - Chr7:53777687-53777706 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
GTTGCTGAATTAACCTCAAA+TGG - Chr7:53775846-53775865 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
GTTTCTCATGAATCAAGACA+AGG - Chr7:53776869-53776888 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
TCATCCAAAGTAGGTAACTT+AGG + Chr7:53776563-53776582 None:intergenic 35.0%
TCTGAGTTTCCTAATCTTAG+TGG - Chr7:53776014-53776033 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
TCTTCAATGGGATTAACTTC+TGG - Chr7:53777634-53777653 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
TGTGGTTGAAGAAGTTGAAT+TGG - Chr7:53777492-53777511 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
TTACCTGTTCTTGTATGTTC+TGG + Chr7:53777292-53777311 None:intergenic 35.0%
TTCTGAGCTTCATGAAGATT+GGG - Chr7:53776694-53776713 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
TTTCCTAATCTTAGTGGTCA+TGG - Chr7:53776020-53776039 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
TTTCTGAGCTTCATGAAGAT+TGG - Chr7:53776693-53776712 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
! CTAGTATGAGACAAGTTTTG+AGG - Chr7:53777563-53777582 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
! TGTTCTTGGTTGGAGTTTTA+AGG - Chr7:53776499-53776518 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
! TTTGTTGTGTTCACATTGTG+AGG - Chr7:53777528-53777547 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
!! AATAGACCAAGGTATTGACT+TGG + Chr7:53776092-53776111 None:intergenic 35.0%
!! ATCATTAAAGGTGTTGCTTC+TGG - Chr7:53777085-53777104 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
!! GAATTTGGTAACCCTTTTGT+AGG + Chr7:53776065-53776084 None:intergenic 35.0%
!! TTACCTTAAGTTGGAGTCAA+AGG - Chr7:53777056-53777075 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
!!! AAGTTTTGAGGTATTTGGAG+AGG - Chr7:53777575-53777594 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
!!! AGTTTTGAGGTATTTGGAGA+GGG - Chr7:53777576-53777595 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
!!! GAGACAAGTTTTGAGGTATT+TGG - Chr7:53777570-53777589 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
!!! GGTTGGAGTTTTAAGGTTAA+TGG - Chr7:53776506-53776525 MsG0780038836.01.T01:CDS 35.0%
AACAAAGGGTTTCAAGGAGA+AGG - Chr7:53776766-53776785 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
ACACATGTTGTTGGAACACT+TGG - Chr7:53777256-53777275 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
AGAAATCTCGTTCCACTTCT+CGG - Chr7:53776941-53776960 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
ATTGCTGAATCACTTCTCTC+TGG - Chr7:53777736-53777755 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
CAAGCTCCAAACCAAAAACA+TGG + Chr7:53776145-53776164 None:intergenic 40.0%
CCTCAAACAACACATGTTGT+TGG - Chr7:53777247-53777266 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
CTTTGCAACAAAGGGTTTCA+AGG - Chr7:53776760-53776779 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
GAAGATTGGGAGAAAGACTA+TGG - Chr7:53776707-53776726 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
GATGCCAATTTCAAAACTCG+AGG - Chr7:53776832-53776851 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
GGATTTGGAAGAGTCTACAA+AGG - Chr7:53776806-53776825 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
GGTCTATCCATAGAAGAAGA+AGG + Chr7:53777697-53777716 None:intergenic 40.0%
GTCGCGGAAATTGTTAGTAT+CGG - Chr7:53776905-53776924 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
GTCTACGATTACATGCAGAA+TGG - Chr7:53776995-53777014 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
GTGGCTTACCAATGCAAATT+TGG - Chr7:53776306-53776325 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
GTTGGATTCTCATCTTCAAC+AGG - Chr7:53776455-53776474 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
TCACTACCAAGTCAATACCT+TGG - Chr7:53776083-53776102 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
TGAAGAATGGGAACAAGTAG+TGG - Chr7:53777123-53777142 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
TGAATCAAGACAAGGGATGA+AGG - Chr7:53776877-53776896 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
TTCAAGGAGAAGGAGCTATT+AGG - Chr7:53776776-53776795 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
! CTATTAGGAACAGGTGGATT+TGG - Chr7:53776791-53776810 MsG0780038836.01.T01:CDS 40.0%
!! CCAACAACATGTGTTGTTTG+AGG + Chr7:53777250-53777269 None:intergenic 40.0%
!!! GCTACCTCGAGTTTTGAAAT+TGG + Chr7:53776839-53776858 None:intergenic 40.0%
AAGGAGCTATTAGGAACAGG+TGG - Chr7:53776785-53776804 MsG0780038836.01.T01:CDS 45.0%
GAGAAGGAGCTATTAGGAAC+AGG - Chr7:53776782-53776801 MsG0780038836.01.T01:CDS 45.0%
GCACCAGAACATACAAGAAC+AGG - Chr7:53777286-53777305 MsG0780038836.01.T01:CDS 45.0%
GTGTTCACATTGTGAGGCAT+TGG - Chr7:53777534-53777553 MsG0780038836.01.T01:CDS 45.0%
TCAGAGAAATCAGCTTCAGC+AGG - Chr7:53776236-53776255 MsG0780038836.01.T01:CDS 45.0%
! GAGGTATTTGGAGAGGGATT+TGG - Chr7:53777582-53777601 MsG0780038836.01.T01:CDS 45.0%
!! GCGAAAAGGCGAGTTACTTT+TGG - Chr7:53776973-53776992 MsG0780038836.01.T01:CDS 45.0%
AGGGATGAAGGAATTCGTCG+CGG - Chr7:53776889-53776908 MsG0780038836.01.T01:CDS 50.0%
GCTGAATCACTTCTCTCTGG+TGG - Chr7:53777739-53777758 MsG0780038836.01.T01:CDS 50.0%
TTCCACTTCTCGGCTATTGC+AGG - Chr7:53776951-53776970 MsG0780038836.01.T01:CDS 50.0%
!! CACATTGTGAGGCATTGGCT+AGG - Chr7:53777539-53777558 MsG0780038836.01.T01:CDS 50.0%
CTCGGCTATTGCAGGCGAAA+AGG - Chr7:53776959-53776978 MsG0780038836.01.T01:CDS 55.0%
CGCCTGCAATAGCCGAGAAG+TGG + Chr7:53776956-53776975 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 53775729 53777768 53775729 ID=MsG0780038836.01;Name=MsG0780038836.01
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Chr7 exon 53775729 53777768 53775729 ID=MsG0780038836.01.T01:exon:10135;Parent=MsG0780038836.01.T01
Chr7 CDS 53775729 53777768 53775729 ID=MsG0780038836.01.T01:cds;Parent=MsG0780038836.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780038836.01.T01

ATGTCTTCTAAGCTTCTAGCAATGTTTTTTATGTTTGTCACATTAGTAGCTAGTGAAGATAGCAATATTAGTTTCATCTATAATGGTTTCAAATCATCACATTTGTATCTTGATGGTGTTGCTGAATTAACCTCAAATGGTTTACTTAGATTAACCAATGATACAAGACAACAAAAGGGTCATGCTTTCTATCCAAACCCTATAGTTTTCAACAATGGAAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGTATCTTCTTTCTCTACTACTTTTGTTTTTGCCATAAAATCTGAGTTTCCTAATCTTAGTGGTCATGGAATTGTTTTTGTTCTTTCTCCTACAAAAGGGTTACCAAATTCACTACCAAGTCAATACCTTGGTCTATTCAATGAATCAAACAATGGAAACAACAATAACCATGTTTTTGGTTTGGAGCTTGATACAATTATGAATACGGAGTTTGATGATATCAATGACAACCATGTTGGAATTGATATCAATGGTTTGAAATCAGAGAAATCAGCTTCAGCAGGATATTATGATATTGATGGTAATGAGTTCAAGAATTTGAGTCTTTTTAGTGGCTTACCAATGCAAATTTGGTTGGAATATGATGGAGTGAAGAAAAAGATTGATGTTACTTTAGCTCCAATTAATGTTGTTAAACCAAAACAACCTTTGTTAACATTGAACAAAGATCTTTCTTCAATTCTTAACACTACTATGTATGTTGGATTCTCATCTTCAACAGGTTCAATTCTAACTTCTCATTATGTTCTTGGTTGGAGTTTTAAGGTTAATGGTCAAGCTCAAAATCTTGTAATCTCTGAACTTCCTAAGTTACCTACTTTGGATGAAAAACATGATTCTAAGGTAATTTTGAAAATTGGGTTGCCATTGATTTCACTATGTTTGATTCTAATGGTAGCTATAGCAATATTTCATTTCATCAAAAGGAAGAAAATGTTTTCTGAGCTTCATGAAGATTGGGAGAAAGACTATGGAACTCAAAGATTCAAGTACAAAGATTTATACTTTGCAACAAAGGGTTTCAAGGAGAAGGAGCTATTAGGAACAGGTGGATTTGGAAGAGTCTACAAAGGTGTGATGCCAATTTCAAAACTCGAGGTAGCTGTGAAAAGAGTTTCTCATGAATCAAGACAAGGGATGAAGGAATTCGTCGCGGAAATTGTTAGTATCGGTCGTCTTCGTCATAGAAATCTCGTTCCACTTCTCGGCTATTGCAGGCGAAAAGGCGAGTTACTTTTGGTCTACGATTACATGCAGAATGGAAGTTTAGACAAATATTTACACAACAAAGAACAAAGATTTACCTTAAGTTGGAGTCAAAGGTTTAGAATCATTAAAGGTGTTGCTTCTGGTTTGTTTTATTTACATGAAGAATGGGAACAAGTAGTGGTTCATAGAGATATTAAAGCTAGTAATGTTTTACTAGATGGTGAAATGAATGGTAGATTAGGTGATTTTGGTCTATCAAGATTATATGATCATGGTACTGATCCTCAAACAACACATGTTGTTGGAACACTTGGTTATTTAGCACCAGAACATACAAGAACAGGTAAAGCTACAACAAGTTCTGATGTGTATTCTTTTGGTGCATTTTTACTTGAGGTAGTTTGTGGTAAAAGACCTATTGAACAAATAAGGGAATGTGAGAGTATAATATTGGTTGATTATGTTTATGATTGTTGGAAAAGAGGTGAGATTATTGAGGCTAAAGATGTAAATTTAGGTGAGGATTATGTGGTTGAAGAAGTTGAATTGGTTTTGAAACTTGGTTTGTTGTGTTCACATTGTGAGGCATTGGCTAGGCCTAGTATGAGACAAGTTTTGAGGTATTTGGAGAGGGATTTGGCACTTCCAGATTTGAGTTTTCTTAGTTTGTCTTCAATGGGATTAACTTCTGGACAATGTGAAAATTTTCAGGATTATGGTATGTCTTATCCTTCTTCTTCTATGGATAGACCATTCTCACATACTTCTTCAATTGCTGAATCACTTCTCTCTGGTGGTCGTTGA

Protein sequence

>MsG0780038836.01.T01

MSSKLLAMFFMFVTLVASEDSNISFIYNGFKSSHLYLDGVAELTSNGLLRLTNDTRQQKGHAFYPNPIVFNNGSSSSSSSSSVSSFSTTFVFAIKSEFPNLSGHGIVFVLSPTKGLPNSLPSQYLGLFNESNNGNNNNHVFGLELDTIMNTEFDDINDNHVGIDINGLKSEKSASAGYYDIDGNEFKNLSLFSGLPMQIWLEYDGVKKKIDVTLAPINVVKPKQPLLTLNKDLSSILNTTMYVGFSSSTGSILTSHYVLGWSFKVNGQAQNLVISELPKLPTLDEKHDSKVILKIGLPLISLCLILMVAIAIFHFIKRKKMFSELHEDWEKDYGTQRFKYKDLYFATKGFKEKELLGTGGFGRVYKGVMPISKLEVAVKRVSHESRQGMKEFVAEIVSIGRLRHRNLVPLLGYCRRKGELLLVYDYMQNGSLDKYLHNKEQRFTLSWSQRFRIIKGVASGLFYLHEEWEQVVVHRDIKASNVLLDGEMNGRLGDFGLSRLYDHGTDPQTTHVVGTLGYLAPEHTRTGKATTSSDVYSFGAFLLEVVCGKRPIEQIRECESIILVDYVYDCWKRGEIIEAKDVNLGEDYVVEEVELVLKLGLLCSHCEALARPSMRQVLRYLERDLALPDLSFLSLSSMGLTSGQCENFQDYGMSYPSSSMDRPFSHTSSIAESLLSGGR*