AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180001047.01

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MsG0180001047.01.T01 AT1G63150 28.883 367 191 2 214 510 64 430 1.39e-43 163
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MsG0180001047.01.T01 AT1G64100 31.330 549 288 4 46 509 94 638 4.00e-91 295
MsG0180001047.01.T01 AT1G64100 24.510 408 304 1 47 454 250 653 5.20e-50 184
MsG0180001047.01.T01 AT1G64100 26.087 391 282 2 38 428 276 659 2.76e-43 164
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MsG0180001047.01.T01 AT1G64100 23.897 272 202 2 39 308 413 681 3.29e-21 97.8
MsG0180001047.01.T01 AT1G64100 22.822 241 136 1 319 509 87 327 1.76e-11 67.4
MsG0180001047.01.T01 AT1G64583 33.257 436 289 1 46 479 59 494 2.52e-86 275
MsG0180001047.01.T01 AT1G64583 26.411 443 291 1 103 510 46 488 2.65e-54 191
MsG0180001047.01.T01 AT1G64583 28.148 270 194 0 239 508 42 311 2.08e-30 124
MsG0180001047.01.T01 AT1G64583 26.519 181 131 2 45 224 303 482 2.56e-17 85.1
MsG0180001047.01.T01 AT1G64583 24.747 198 149 0 312 509 45 242 3.09e-16 81.6
MsG0180001047.01.T01 AT1G06580 31.481 432 295 1 46 476 67 498 3.99e-81 261
MsG0180001047.01.T01 AT1G06580 26.136 352 260 0 158 509 109 460 7.47e-43 159
MsG0180001047.01.T01 AT1G06580 25.478 314 234 0 196 509 77 390 5.72e-37 143
MsG0180001047.01.T01 AT1G06580 26.510 298 213 2 215 509 61 355 5.69e-32 129
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MsG0180001047.01.T01 AT5G61400 27.966 354 252 1 157 510 126 476 5.52e-42 159
MsG0180001047.01.T01 AT5G61400 21.477 298 231 1 9 303 322 619 2.43e-19 92.0
MsG0180001047.01.T01 AT1G09680 30.194 361 252 0 57 417 204 564 9.18e-55 194
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MsG0180001047.01.T01 AT4G20090 29.430 316 223 0 194 509 183 498 7.71e-51 184
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MsG0180001047.01.T01 AT1G13630 24.348 230 162 3 280 509 140 357 8.75e-18 87.4
MsG0180001047.01.T01 AT1G13630 28.346 381 272 1 126 505 267 647 5.19e-50 184
MsG0180001047.01.T01 AT1G13630 25.806 496 320 5 44 491 290 785 3.95e-48 178
MsG0180001047.01.T01 AT1G13630 29.396 381 268 1 130 509 236 616 5.25e-47 175
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MsG0180001047.01.T01 AT5G28460 21.805 399 257 8 105 485 87 448 4.47e-17 85.1
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MsG0180001047.01.T01 AT5G16420 25.984 381 277 4 107 485 134 511 8.84e-41 154
MsG0180001047.01.T01 AT5G16420 25.566 309 229 1 88 396 186 493 1.48e-38 148
MsG0180001047.01.T01 AT5G16420 26.144 306 225 1 56 361 189 493 3.35e-35 138
MsG0180001047.01.T01 AT5G16420 23.288 292 220 3 38 329 241 528 7.19e-23 102
MsG0180001047.01.T01 AT5G16420 30.769 143 99 0 368 510 186 328 3.66e-18 87.8
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MsG0180001047.01.T01 AT5G21222 24.031 258 184 3 65 318 508 757 1.11e-19 93.2
MsG0180001047.01.T01 AT1G11710 24.714 437 320 3 61 492 192 624 5.80e-39 150
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MsG0180001047.01.T01 AT1G11710 22.849 372 284 2 136 504 127 498 4.34e-31 127
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MsG0180001047.01.T01 AT1G18900 24.427 393 281 5 105 485 263 651 3.57e-25 110
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MsG0180001047.01.T01 AT3G62470 22.764 369 262 5 20 368 173 538 1.56e-25 110
MsG0180001047.01.T01 AT3G62470 20.690 290 229 1 64 353 270 558 3.99e-20 94.4
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MsG0180001047.01.T01 AT3G62470 19.081 283 225 1 50 332 290 568 2.06e-14 76.3
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MsG0180001047.01.T01 AT1G73710 21.163 430 298 7 58 485 515 905 3.13e-18 89.0
MsG0180001047.01.T01 AT1G73710 19.895 382 286 10 43 415 535 905 3.21e-11 66.6
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MsG0180001047.01.T01 AT1G52640 28.163 245 176 0 263 507 168 412 4.84e-31 126
MsG0180001047.01.T01 AT1G52640 23.529 357 260 2 9 364 136 480 7.54e-28 117
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MsG0180001047.01.T01 AT1G52640 24.138 203 154 0 306 508 141 343 1.39e-14 76.6
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MsG0180001047.01.T01 AT4G34830 22.018 327 218 2 119 408 493 819 5.71e-19 91.3
MsG0180001047.01.T01 AT4G34830 20.365 329 224 3 48 373 526 819 1.78e-14 77.0
MsG0180001047.01.T01 AT3G59040 23.098 368 274 3 66 430 150 511 4.73e-29 121
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MsG0180001047.01.T01 AT3G59040 22.909 275 203 4 230 501 171 439 9.68e-21 95.9
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MsG0180001047.01.T01 AT2G38420 25.776 322 229 5 195 509 69 387 4.95e-25 108
MsG0180001047.01.T01 AT2G38420 24.082 245 184 1 261 503 172 416 9.10e-18 86.3
MsG0180001047.01.T01 AT5G66520 22.143 420 308 7 56 473 78 480 1.07e-28 120
MsG0180001047.01.T01 AT5G66520 22.184 293 216 3 195 487 77 357 2.21e-17 85.9
MsG0180001047.01.T01 AT5G66520 23.111 225 162 4 54 276 177 392 6.49e-13 71.6
MsG0180001047.01.T01 AT1G20230 21.609 435 295 8 78 477 202 625 1.27e-28 120
MsG0180001047.01.T01 AT1G20230 21.053 456 293 7 112 504 100 551 6.70e-19 90.9
MsG0180001047.01.T01 AT3G61360 24.251 334 245 4 162 488 135 467 2.13e-28 118
MsG0180001047.01.T01 AT3G61360 24.662 296 217 4 216 508 160 452 1.84e-24 107
MsG0180001047.01.T01 AT3G61360 24.567 289 215 2 97 383 180 467 2.12e-20 94.7
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MsG0180001047.01.T01 AT5G11310 25.581 301 219 2 204 500 218 517 2.40e-28 119
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MsG0180001047.01.T01 AT1G69350 21.981 414 308 6 92 504 267 666 2.21e-18 89.0
MsG0180001047.01.T01 AT1G69350 22.310 381 282 6 92 472 369 735 5.30e-15 78.6
MsG0180001047.01.T01 AT5G06400 22.817 355 237 4 83 402 214 566 5.28e-25 110
MsG0180001047.01.T01 AT5G06400 24.390 287 214 3 213 497 728 1013 1.04e-24 108
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MsG0180001047.01.T01 AT5G06400 21.673 526 331 11 61 510 262 782 8.71e-23 103
MsG0180001047.01.T01 AT5G06400 26.625 323 233 3 79 398 699 1020 2.56e-22 101
MsG0180001047.01.T01 AT5G06400 22.286 350 265 3 158 504 184 529 3.63e-22 101
MsG0180001047.01.T01 AT5G06400 22.887 284 183 2 261 509 182 464 3.88e-17 85.5
MsG0180001047.01.T01 AT5G13770 22.656 384 292 2 103 481 183 566 5.77e-25 108
MsG0180001047.01.T01 AT2G17670 29.592 196 131 3 194 385 155 347 1.15e-24 105
MsG0180001047.01.T01 AT2G17670 24.000 250 185 3 213 457 100 349 2.81e-24 104
MsG0180001047.01.T01 AT2G17670 25.000 284 207 4 214 491 65 348 1.16e-23 102
MsG0180001047.01.T01 AT2G17670 25.833 240 171 4 46 279 108 346 2.69e-23 101
MsG0180001047.01.T01 AT2G17670 27.869 122 88 0 56 177 228 349 9.03e-11 63.9
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MsG0180001047.01.T01 AT5G47360 28.755 233 155 3 285 509 147 376 3.36e-19 90.9
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MsG0180001047.01.T01 AT3G23330 23.184 358 234 6 182 506 82 431 8.12e-22 99.4
MsG0180001047.01.T01 AT3G14580 26.738 187 137 0 115 301 189 375 5.67e-23 101
MsG0180001047.01.T01 AT3G14580 28.723 188 134 0 158 345 197 384 3.70e-22 99.0
MsG0180001047.01.T01 AT3G14580 23.643 258 197 0 245 502 144 401 3.10e-20 93.2
MsG0180001047.01.T01 AT3G14580 23.810 336 246 6 177 510 47 374 2.73e-18 87.4
MsG0180001047.01.T01 AT3G14580 23.043 230 175 1 56 285 165 392 1.29e-17 85.5
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MsG0180001047.01.T01 AT3G15930 19.492 472 304 9 80 504 53 495 3.64e-14 75.9
MsG0180001047.01.T01 AT5G06540 23.563 348 220 8 192 504 76 412 1.39e-21 99.0
MsG0180001047.01.T01 AT5G06540 22.523 333 218 4 92 392 81 405 1.22e-18 89.7
MsG0180001047.01.T01 AT5G06540 23.279 305 217 7 46 347 206 496 3.61e-15 79.0
MsG0180001047.01.T01 AT1G59720 23.599 339 240 8 91 422 113 439 1.95e-21 98.6
MsG0180001047.01.T01 AT1G59720 23.411 299 182 8 188 481 104 360 1.44e-11 67.4
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MsG0180001047.01.T01 AT1G11630 24.885 217 162 1 229 444 178 394 3.73e-18 87.0
MsG0180001047.01.T01 AT1G11630 25.123 203 152 0 194 396 178 380 1.57e-16 82.0
MsG0180001047.01.T01 AT1G11630 24.242 165 125 0 56 220 215 379 2.95e-13 72.0
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MsG0180001047.01.T01 AT3G61170 20.267 449 281 12 43 477 44 429 3.94e-17 85.1
MsG0180001047.01.T01 AT3G61170 21.981 323 235 7 69 389 273 580 2.72e-13 73.2
MsG0180001047.01.T01 AT4G33990 18.990 416 318 7 92 504 215 614 1.97e-19 92.4
MsG0180001047.01.T01 AT4G33990 22.321 336 247 7 92 424 312 636 6.69e-14 75.1
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MsG0180001047.01.T01 AT5G50990 23.102 303 214 7 117 415 54 341 5.35e-18 87.4
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MsG0180001047.01.T01 AT2G01510 19.608 306 227 5 187 485 63 356 6.06e-11 65.5
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MsG0180001047.01.T01 AT5G37570 21.466 382 241 11 109 485 86 413 1.39e-17 86.3
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MsG0180001047.01.T01 AT1G05750 22.388 335 242 8 68 397 46 367 4.07e-14 75.1
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MsG0180001047.01.T01 AT3G46610 20.668 479 321 9 56 509 185 629 2.19e-17 85.9
MsG0180001047.01.T01 AT3G46610 19.706 340 243 6 181 508 167 488 2.17e-13 73.2
MsG0180001047.01.T01 AT4G16835 22.039 304 217 6 127 427 154 440 2.51e-17 85.5
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MsG0180001047.01.T01 AT3G53360 20.935 492 339 8 49 504 159 636 5.06e-17 84.7
MsG0180001047.01.T01 AT3G53360 23.824 319 227 5 129 443 65 371 5.36e-15 78.6
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MsG0180001047.01.T01 AT3G60040 36.752 117 74 0 392 508 489 605 6.00e-17 84.3
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MsG0180001047.01.T01 AT3G60040 31.356 118 81 0 181 298 488 605 6.05e-13 71.6
MsG0180001047.01.T01 AT3G60040 29.661 118 83 0 322 439 489 606 2.04e-12 70.1
MsG0180001047.01.T01 AT3G60040 36.752 117 74 0 392 508 709 825 6.01e-17 84.7
MsG0180001047.01.T01 AT3G60040 34.579 107 70 0 263 369 720 826 5.59e-16 81.6
MsG0180001047.01.T01 AT3G60040 30.769 117 81 0 287 403 709 825 4.11e-13 72.4
MsG0180001047.01.T01 AT3G60040 31.356 118 81 0 181 298 708 825 6.29e-13 72.0
MsG0180001047.01.T01 AT3G60040 29.661 118 83 0 322 439 709 826 2.42e-12 70.1
MsG0180001047.01.T01 AT5G04780 20.854 398 263 7 138 498 70 452 6.10e-17 84.3
MsG0180001047.01.T01 AT5G08510 24.828 290 205 5 150 437 104 382 6.27e-17 84.0
MsG0180001047.01.T01 AT5G08510 20.249 321 240 6 117 435 106 412 1.32e-15 79.7
MsG0180001047.01.T01 AT5G08510 21.154 312 201 9 80 357 104 404 6.95e-12 68.2
MsG0180001047.01.T01 AT2G39620 18.313 415 292 5 92 470 365 768 6.78e-17 84.3
MsG0180001047.01.T01 AT2G39620 20.630 349 232 7 54 400 463 768 1.32e-15 80.5
MsG0180001047.01.T01 AT2G39620 20.800 500 297 11 60 480 25 504 1.49e-15 80.1
MsG0180001047.01.T01 AT2G39620 19.481 539 321 14 46 485 87 611 7.48e-11 65.5
MsG0180001047.01.T01 AT4G21300 21.719 442 291 9 64 504 76 463 7.07e-17 84.3
MsG0180001047.01.T01 AT4G21300 18.919 444 311 6 64 471 175 605 1.47e-15 80.5
MsG0180001047.01.T01 AT4G21300 20.472 381 286 7 64 442 377 742 9.76e-14 74.7
MsG0180001047.01.T01 AT1G03510 23.175 315 227 8 162 473 113 415 7.41e-17 83.2
MsG0180001047.01.T01 AT2G33760 20.899 378 252 8 45 419 58 391 8.21e-17 84.0
MsG0180001047.01.T01 AT2G33760 21.502 293 185 6 196 487 70 318 1.69e-12 70.1
MsG0180001047.01.T01 AT3G48250 26.087 276 166 4 267 504 262 537 1.09e-16 83.6
MsG0180001047.01.T01 AT3G48250 26.357 258 179 4 177 428 345 597 2.67e-15 79.3
MsG0180001047.01.T01 AT3G48250 21.905 210 127 1 337 509 262 471 1.88e-11 67.0

Find 92 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 113 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ATCCCACCCATCTTCCATTT+TGG 0.157873 1:+15195414 MsG0180001047.01.T01:CDS
AGTTATAGTATCATGATTAA+TGG 0.233268 1:+15196267 MsG0180001047.01.T01:CDS
ACTTTAACTACACTCATTAA+AGG 0.245982 1:+15195639 MsG0180001047.01.T01:CDS
ATTAAAGGTCTCTGTCTTAA+AGG 0.248678 1:+15195654 MsG0180001047.01.T01:CDS
CATGAAAGTGCAATGCTTTA+CGG 0.249108 1:-15195683 None:intergenic
GAACTGTATATATTTATATT+AGG 0.268372 1:-15196465 None:intergenic
AGTTACGGAACCTTGGTTAA+TGG 0.281567 1:+15195744 MsG0180001047.01.T01:CDS
GAACTATAAGTTATCGTATT+AGG 0.309277 1:-15196360 None:intergenic
ACTTATAGTTCCCTTATTGA+TGG 0.320567 1:+15196372 MsG0180001047.01.T01:CDS
AGGCAGTAGCGCAGGGATTT+CGG 0.327936 1:+15195709 MsG0180001047.01.T01:CDS
AAATATATACAGTTCTATAT+TGG 0.335732 1:+15196473 MsG0180001047.01.T01:CDS
ATTGATGGCTTGAGCAAATC+AGG 0.341699 1:+15196387 MsG0180001047.01.T01:CDS
GAACTGTAAGTAACAACATT+AGG 0.344191 1:-15196150 None:intergenic
ATTTGCTCAAGCCATCAATA+AGG 0.348486 1:-15196383 None:intergenic
AACCTAAAATCATTCCAAAA+TGG 0.351432 1:-15195428 None:intergenic
GAAAGCAACAAAGGAATCTA+AGG 0.382447 1:-15195326 None:intergenic
ACTTATAGTAGTTTGATTAG+TGG 0.389315 1:+15195954 MsG0180001047.01.T01:CDS
GTTAATGGATTATGTAAAGT+TGG 0.399078 1:+15195759 MsG0180001047.01.T01:CDS
ATAGTATATGTACATAAATC+TGG 0.403422 1:-15196570 None:intergenic
ACTTACAGTTCTTTACTAGA+TGG 0.404842 1:+15196162 MsG0180001047.01.T01:CDS
TCATATGCTTGGCAACTTGT+AGG 0.407639 1:+15196417 MsG0180001047.01.T01:CDS
ATTTGCTAAGATTCTTAAGA+TGG 0.408887 1:+15195596 MsG0180001047.01.T01:CDS
ATCGGCAATAACTCCCCTTT+GGG 0.413430 1:-15196238 None:intergenic
CGGTTTGATATTGTTAGTTA+CGG 0.414803 1:+15195729 MsG0180001047.01.T01:CDS
TATCGGCAATAACTCCCCTT+TGG 0.424968 1:-15196239 None:intergenic
GATACTATAACTTTGAATAT+CGG 0.426050 1:-15196256 None:intergenic
CAACAAAGGAATCTAAGGTT+TGG 0.434557 1:-15195321 None:intergenic
CTTAAGAATCTTAGCAAATA+CGG 0.441432 1:-15195592 None:intergenic
AATCATTCCAAAATGGAAGA+TGG 0.441559 1:-15195421 None:intergenic
ATGTCTGAATGGAAGGCTTA+AGG 0.442559 1:+15196608 MsG0180001047.01.T01:CDS
GTGGTATACATTACCACATT+AGG 0.442834 1:-15195837 None:intergenic
GTAGTTAAAGTTATAGCATC+TGG 0.448706 1:-15195627 None:intergenic
ATCCAAGGATTCTGTTACAA+GGG 0.449245 1:+15196702 MsG0180001047.01.T01:CDS
AGCCCTTGTAACAGAATCCT+TGG 0.451500 1:-15196704 None:intergenic
CTACTATAAGTGACAACATC+AGG 0.460873 1:-15195942 None:intergenic
AAACGAGACTGTGTTCATCT+TGG 0.464317 1:-15195359 None:intergenic
ATTCAACGCTATGGCCCAAA+GGG 0.468821 1:+15196224 MsG0180001047.01.T01:CDS
GAGACGAGTTGATGGGAAAC+TGG 0.469622 1:+15195809 MsG0180001047.01.T01:CDS
CAACTCGTCTCAACAATTCC+AGG 0.471326 1:-15195797 None:intergenic
ATGTATACCACGATCATTGA+TGG 0.478201 1:+15195849 MsG0180001047.01.T01:CDS
TCATGACAAGGCAGTAGCGC+AGG 0.483418 1:+15195701 MsG0180001047.01.T01:CDS
AATCTTAGCAAATACGGAAA+AGG 0.484126 1:-15195586 None:intergenic
TTTCAAGTTCTTCTAATGAA+AGG 0.488809 1:+15196645 MsG0180001047.01.T01:CDS
TGGAGAAACTAGAGCTGCCC+TGG 0.490229 1:+15195779 MsG0180001047.01.T01:CDS
TTTGCTCAAGCCATCAATAA+GGG 0.503692 1:-15196382 None:intergenic
GAATTGTTGAGACGAGTTGA+TGG 0.506421 1:+15195801 MsG0180001047.01.T01:CDS
AAATGGAAGATGGGTGGGAT+AGG 0.506722 1:-15195411 None:intergenic
CAGGAAGAATCTCATATGCT+TGG 0.509953 1:+15196406 MsG0180001047.01.T01:CDS
CAATGTCCTTTGCAACATTG+AGG 0.514233 1:+15195250 None:intergenic
ATCATTCCAAAATGGAAGAT+GGG 0.515309 1:-15195420 None:intergenic
AAGGACTATGTCTGAATGGA+AGG 0.518943 1:+15196601 MsG0180001047.01.T01:CDS
ATCAAAGGACTATGTCTGAA+TGG 0.519316 1:+15196597 MsG0180001047.01.T01:CDS
ATAAATCTGGTTGAATACCT+TGG 0.521997 1:-15196557 None:intergenic
TTTGCTAAGATTCTTAAGAT+GGG 0.525609 1:+15195597 MsG0180001047.01.T01:CDS
GGGCTTATTTAATGAAGCGC+TGG 0.527067 1:+15196722 MsG0180001047.01.T01:CDS
GATCCAAGGATTCTGTTACA+AGG 0.527234 1:+15196701 MsG0180001047.01.T01:CDS
AAAAGATGAAAATGATTTGG+CGG 0.528230 1:+15196824 MsG0180001047.01.T01:CDS
CGTTGAAAATGAGACAAAAC+CGG 0.529684 1:-15195297 None:intergenic
GCATATACTGTTATGATCCA+AGG 0.534061 1:+15196687 MsG0180001047.01.T01:CDS
ATGAAGCATGTGATTGAATG+AGG 0.535159 1:-15195382 None:intergenic
ATGCGATTGCTTCGTTAACA+TGG 0.537733 1:-15196515 None:intergenic
GTGTTCATCTTGGTTTGAAG+AGG 0.551599 1:-15195349 None:intergenic
CGAGGTTATATTCAACGCTA+TGG 0.551612 1:+15196215 MsG0180001047.01.T01:CDS
TTCCAAAATGGAAGATGGGT+GGG 0.553832 1:-15195416 None:intergenic
GTGAAACAGCAGTGGTGTAA+TGG 0.556126 1:-15195467 None:intergenic
TGTTCATCTTGGTTTGAAGA+GGG 0.557247 1:-15195348 None:intergenic
TATTGTTAGTTACGGAACCT+TGG 0.559727 1:+15195737 MsG0180001047.01.T01:CDS
CATGACAAGGCAGTAGCGCA+GGG 0.576467 1:+15195702 MsG0180001047.01.T01:CDS
TAAACAAGTGAACAAGGCCG+AGG 0.580653 1:+15196197 MsG0180001047.01.T01:CDS
GTAGGTGAGATGCATGATAG+AGG 0.586327 1:+15196435 MsG0180001047.01.T01:CDS
TTAAAGTTATAGCATCTGGC+TGG 0.592920 1:-15195623 None:intergenic
ATTCCAAAATGGAAGATGGG+TGG 0.598898 1:-15195417 None:intergenic
TTGAAGAGGGAAAGCAACAA+AGG 0.602147 1:-15195335 None:intergenic
AATTGTTGAGACGAGTTGAT+GGG 0.602488 1:+15195802 MsG0180001047.01.T01:CDS
AACATACCTCAATGTTGCAA+AGG 0.606268 1:-15195256 None:intergenic
TATTCAACGCTATGGCCCAA+AGG 0.607381 1:+15196223 MsG0180001047.01.T01:CDS
TTTACATAATCCATTAACCA+AGG 0.613421 1:-15195754 None:intergenic
AAGGCTTAAGGATGCACAAG+AGG 0.613910 1:+15196620 MsG0180001047.01.T01:CDS
AGCATTGCACTTTCATGACA+AGG 0.614713 1:+15195689 MsG0180001047.01.T01:CDS
ACATATACTATTCTTATCAA+AGG 0.622117 1:+15196582 MsG0180001047.01.T01:CDS
AGGTCTCTGTCTTAAAGGTG+AGG 0.626182 1:+15195659 MsG0180001047.01.T01:CDS
TGTAATGGTTGGCCTTGACA+AGG 0.629864 1:-15195452 None:intergenic
TCGATGAAGTGAAACAGCAG+TGG 0.630028 1:-15195475 None:intergenic
TCTTGTTAAACAAGTGAACA+AGG 0.632910 1:+15196191 MsG0180001047.01.T01:CDS
AACTCGTCTCAACAATTCCA+GGG 0.633567 1:-15195796 None:intergenic
GAAACTGGTTCAGCCTAATG+TGG 0.647375 1:+15195824 MsG0180001047.01.T01:CDS
AACAGCAGTGGTGTAATGGT+TGG 0.658727 1:-15195463 None:intergenic
CATAGCGTTGAATATAACCT+CGG 0.663600 1:-15196214 None:intergenic
GCACATACCATCAATGATCG+TGG 0.694793 1:-15195856 None:intergenic
GTAATGGTTGGCCTTGACAA+GGG 0.717790 1:-15195451 None:intergenic
CTTCGCGAGATGATTACGAG+AGG 0.720550 1:+15196855 MsG0180001047.01.T01:CDS
TTCAACGCTATGGCCCAAAG+GGG 0.730823 1:+15196225 MsG0180001047.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAATATATACAGTTCTATAT+TGG + Chr1:15196473-15196492 MsG0180001047.01.T01:CDS 15.0%
!! GAACTGTATATATTTATATT+AGG - Chr1:15196468-15196487 None:intergenic 15.0%
!! TTAAGAAAATTTAAAAACCA+AGG + Chr1:15196540-15196559 MsG0180001047.01.T01:CDS 15.0%
!! TTTGTTACATAAAATGATAT+TGG + Chr1:15196013-15196032 MsG0180001047.01.T01:intron 15.0%
!! ACATATACTATTCTTATCAA+AGG + Chr1:15196582-15196601 MsG0180001047.01.T01:CDS 20.0%
!! AGTTATAGTATCATGATTAA+TGG + Chr1:15196267-15196286 MsG0180001047.01.T01:CDS 20.0%
!! ATAGTATATGTACATAAATC+TGG - Chr1:15196573-15196592 None:intergenic 20.0%
!! GAAAAAAGATGAAAATGATT+TGG + Chr1:15196821-15196840 MsG0180001047.01.T01:CDS 20.0%
!! GATACTATAACTTTGAATAT+CGG - Chr1:15196259-15196278 None:intergenic 20.0%
!!! ATCAATTGTTTTTGTCATTT+GGG + Chr1:15195549-15195568 MsG0180001047.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATTTCATAAGTTTTAGCATT+TGG - Chr1:15196783-15196802 None:intergenic 20.0%
!!! ATTTTGTAAGATTAATATGG+TGG + Chr1:15196290-15196309 MsG0180001047.01.T01:CDS 20.0%
!!! TGGATTTTGTAAGATTAATA+TGG + Chr1:15196287-15196306 MsG0180001047.01.T01:CDS 20.0%
! AACCTAAAATCATTCCAAAA+TGG - Chr1:15195431-15195450 None:intergenic 25.0%
! ACTTATAGTAGTTTGATTAG+TGG + Chr1:15195954-15195973 MsG0180001047.01.T01:CDS 25.0%
! ACTTTAACTACACTCATTAA+AGG + Chr1:15195639-15195658 MsG0180001047.01.T01:CDS 25.0%
! CATCGAAAAATGGAATTAAA+CGG + Chr1:15195492-15195511 MsG0180001047.01.T01:CDS 25.0%
! CTTAAGAATCTTAGCAAATA+CGG - Chr1:15195595-15195614 None:intergenic 25.0%
! GAACTATAAGTTATCGTATT+AGG - Chr1:15196363-15196382 None:intergenic 25.0%
! TTTACATAATCCATTAACCA+AGG - Chr1:15195757-15195776 None:intergenic 25.0%
! TTTGCTAAGATTCTTAAGAT+GGG + Chr1:15195597-15195616 MsG0180001047.01.T01:CDS 25.0%
!! AAAAGATGAAAATGATTTGG+CGG + Chr1:15196824-15196843 MsG0180001047.01.T01:CDS 25.0%
!! ATTTGCTAAGATTCTTAAGA+TGG + Chr1:15195596-15195615 MsG0180001047.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATTAGTTGATGGTTTTTGTA+AGG + Chr1:15196068-15196087 MsG0180001047.01.T01:intron 25.0%
!!! GATCAATTGTTTTTGTCATT+TGG + Chr1:15195548-15195567 MsG0180001047.01.T01:CDS 25.0%
!!! GTTAATGGATTATGTAAAGT+TGG + Chr1:15195759-15195778 MsG0180001047.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTCCATTTTGGAATGATTTT+AGG + Chr1:15195426-15195445 MsG0180001047.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTCAAGTTCTTCTAATGAA+AGG + Chr1:15196645-15196664 MsG0180001047.01.T01:CDS 25.0%
AACCATCAACTAATGTATTC+AGG - Chr1:15196062-15196081 None:intergenic 30.0%
AATCATTCCAAAATGGAAGA+TGG - Chr1:15195424-15195443 None:intergenic 30.0%
AATCTTAGCAAATACGGAAA+AGG - Chr1:15195589-15195608 None:intergenic 30.0%
ACCATCAACTAATGTATTCA+GGG - Chr1:15196061-15196080 None:intergenic 30.0%
ACTTACAGTTCTTTACTAGA+TGG + Chr1:15196162-15196181 MsG0180001047.01.T01:CDS 30.0%
ACTTATAGTTCCCTTATTGA+TGG + Chr1:15196372-15196391 MsG0180001047.01.T01:CDS 30.0%
ATAAATCTGGTTGAATACCT+TGG - Chr1:15196560-15196579 None:intergenic 30.0%
ATCATTCCAAAATGGAAGAT+GGG - Chr1:15195423-15195442 None:intergenic 30.0%
ATTAAAGGTCTCTGTCTTAA+AGG + Chr1:15195654-15195673 MsG0180001047.01.T01:CDS 30.0%
CGGTTTGATATTGTTAGTTA+CGG + Chr1:15195729-15195748 MsG0180001047.01.T01:CDS 30.0%
CTGTCAAAAATGAAAGACAA+TGG + Chr1:15196750-15196769 MsG0180001047.01.T01:CDS 30.0%
GAACTGTAAGTAACAACATT+AGG - Chr1:15196153-15196172 None:intergenic 30.0%
GTAGTTAAAGTTATAGCATC+TGG - Chr1:15195630-15195649 None:intergenic 30.0%
TCTTGTTAAACAAGTGAACA+AGG + Chr1:15196191-15196210 MsG0180001047.01.T01:CDS 30.0%
TGTTTCACTTCATCGAAAAA+TGG + Chr1:15195482-15195501 MsG0180001047.01.T01:CDS 30.0%
!! ATCGCTTTTGTGATGAAAAA+AGG + Chr1:15196120-15196139 MsG0180001047.01.T01:CDS 30.0%
AACATACCTCAATGTTGCAA+AGG - Chr1:15195259-15195278 None:intergenic 35.0%
ACCCTGAATACATTAGTTGA+TGG + Chr1:15196057-15196076 MsG0180001047.01.T01:intron 35.0%
ATCAAAGGACTATGTCTGAA+TGG + Chr1:15196597-15196616 MsG0180001047.01.T01:CDS 35.0%
ATCCAAGGATTCTGTTACAA+GGG + Chr1:15196702-15196721 MsG0180001047.01.T01:CDS 35.0%
ATGAAGCATGTGATTGAATG+AGG - Chr1:15195385-15195404 None:intergenic 35.0%
ATGTATACCACGATCATTGA+TGG + Chr1:15195849-15195868 MsG0180001047.01.T01:CDS 35.0%
ATTTGCTCAAGCCATCAATA+AGG - Chr1:15196386-15196405 None:intergenic 35.0%
CGTTGAAAATGAGACAAAAC+CGG - Chr1:15195300-15195319 None:intergenic 35.0%
CTACTATAAGTGACAACATC+AGG - Chr1:15195945-15195964 None:intergenic 35.0%
GAAAGCAACAAAGGAATCTA+AGG - Chr1:15195329-15195348 None:intergenic 35.0%
GCATATACTGTTATGATCCA+AGG + Chr1:15196687-15196706 MsG0180001047.01.T01:CDS 35.0%
GTGGTATACATTACCACATT+AGG - Chr1:15195840-15195859 None:intergenic 35.0%
TATTCAGGGTACAAACGTTT+GGG - Chr1:15196047-15196066 None:intergenic 35.0%
TATTGTTAGTTACGGAACCT+TGG + Chr1:15195737-15195756 MsG0180001047.01.T01:CDS 35.0%
TTAAAGTTATAGCATCTGGC+TGG - Chr1:15195626-15195645 None:intergenic 35.0%
TTTGCTCAAGCCATCAATAA+GGG - Chr1:15196385-15196404 None:intergenic 35.0%
! CAACAAAGGAATCTAAGGTT+TGG - Chr1:15195324-15195343 None:intergenic 35.0%
! CATAGCGTTGAATATAACCT+CGG - Chr1:15196217-15196236 None:intergenic 35.0%
! CATGAAAGTGCAATGCTTTA+CGG - Chr1:15195686-15195705 None:intergenic 35.0%
! TGTTCATCTTGGTTTGAAGA+GGG - Chr1:15195351-15195370 None:intergenic 35.0%
!! AATTGTTGAGACGAGTTGAT+GGG + Chr1:15195802-15195821 MsG0180001047.01.T01:CDS 35.0%
!!! GTTGATGGTTTTTGTAAGGA+AGG + Chr1:15196072-15196091 MsG0180001047.01.T01:intron 35.0%
AAACGAGACTGTGTTCATCT+TGG - Chr1:15195362-15195381 None:intergenic 40.0%
AACTCGTCTCAACAATTCCA+GGG - Chr1:15195799-15195818 None:intergenic 40.0%
AAGGACTATGTCTGAATGGA+AGG + Chr1:15196601-15196620 MsG0180001047.01.T01:CDS 40.0%
AGCATTGCACTTTCATGACA+AGG + Chr1:15195689-15195708 MsG0180001047.01.T01:CDS 40.0%
AGTTACGGAACCTTGGTTAA+TGG + Chr1:15195744-15195763 MsG0180001047.01.T01:CDS 40.0%
ATGCGATTGCTTCGTTAACA+TGG - Chr1:15196518-15196537 None:intergenic 40.0%
ATGTCTGAATGGAAGGCTTA+AGG + Chr1:15196608-15196627 MsG0180001047.01.T01:CDS 40.0%
ATTCCAAAATGGAAGATGGG+TGG - Chr1:15195420-15195439 None:intergenic 40.0%
CAGGAAGAATCTCATATGCT+TGG + Chr1:15196406-15196425 MsG0180001047.01.T01:CDS 40.0%
CGAGGTTATATTCAACGCTA+TGG + Chr1:15196215-15196234 MsG0180001047.01.T01:CDS 40.0%
GATCCAAGGATTCTGTTACA+AGG + Chr1:15196701-15196720 MsG0180001047.01.T01:CDS 40.0%
GTATTCAGGGTACAAACGTT+TGG - Chr1:15196048-15196067 None:intergenic 40.0%
TCATATGCTTGGCAACTTGT+AGG + Chr1:15196417-15196436 MsG0180001047.01.T01:CDS 40.0%
TTCCAAAATGGAAGATGGGT+GGG - Chr1:15195419-15195438 None:intergenic 40.0%
TTGAAGAGGGAAAGCAACAA+AGG - Chr1:15195338-15195357 None:intergenic 40.0%
! ATTGATGGCTTGAGCAAATC+AGG + Chr1:15196387-15196406 MsG0180001047.01.T01:CDS 40.0%
! GAATTGTTGAGACGAGTTGA+TGG + Chr1:15195801-15195820 MsG0180001047.01.T01:CDS 40.0%
! GTGTTCATCTTGGTTTGAAG+AGG - Chr1:15195352-15195371 None:intergenic 40.0%
! TGCTGTCTCTATTTTCAGAC+CGG + Chr1:15195278-15195297 MsG0180001047.01.T01:CDS 40.0%
!!! GATTTTAGGTTCCCTTGTCA+AGG + Chr1:15195440-15195459 MsG0180001047.01.T01:CDS 40.0%
AAATGGAAGATGGGTGGGAT+AGG - Chr1:15195414-15195433 None:intergenic 45.0%
AACAGCAGTGGTGTAATGGT+TGG - Chr1:15195466-15195485 None:intergenic 45.0%
AAGGCTTAAGGATGCACAAG+AGG + Chr1:15196620-15196639 MsG0180001047.01.T01:CDS 45.0%
AGCCCTTGTAACAGAATCCT+TGG - Chr1:15196707-15196726 None:intergenic 45.0%
AGGTCTCTGTCTTAAAGGTG+AGG + Chr1:15195659-15195678 MsG0180001047.01.T01:CDS 45.0%
ATCGGCAATAACTCCCCTTT+GGG - Chr1:15196241-15196260 None:intergenic 45.0%
ATTCAACGCTATGGCCCAAA+GGG + Chr1:15196224-15196243 MsG0180001047.01.T01:CDS 45.0%
CAACTCGTCTCAACAATTCC+AGG - Chr1:15195800-15195819 None:intergenic 45.0%
GCACATACCATCAATGATCG+TGG - Chr1:15195859-15195878 None:intergenic 45.0%
GGGCTTATTTAATGAAGCGC+TGG + Chr1:15196722-15196741 MsG0180001047.01.T01:CDS 45.0%
GTAGGTGAGATGCATGATAG+AGG + Chr1:15196435-15196454 MsG0180001047.01.T01:CDS 45.0%
GTGAAACAGCAGTGGTGTAA+TGG - Chr1:15195470-15195489 None:intergenic 45.0%
TAAACAAGTGAACAAGGCCG+AGG + Chr1:15196197-15196216 MsG0180001047.01.T01:CDS 45.0%
TATCGGCAATAACTCCCCTT+TGG - Chr1:15196242-15196261 None:intergenic 45.0%
TATTCAACGCTATGGCCCAA+AGG + Chr1:15196223-15196242 MsG0180001047.01.T01:CDS 45.0%
TCGATGAAGTGAAACAGCAG+TGG - Chr1:15195478-15195497 None:intergenic 45.0%
! ATCCCACCCATCTTCCATTT+TGG + Chr1:15195414-15195433 MsG0180001047.01.T01:CDS 45.0%
! GAAACTGGTTCAGCCTAATG+TGG + Chr1:15195824-15195843 MsG0180001047.01.T01:CDS 45.0%
!! GTAATGGTTGGCCTTGACAA+GGG - Chr1:15195454-15195473 None:intergenic 45.0%
!! TGTAATGGTTGGCCTTGACA+AGG - Chr1:15195455-15195474 None:intergenic 45.0%
CTTCGCGAGATGATTACGAG+AGG + Chr1:15196855-15196874 MsG0180001047.01.T01:CDS 50.0%
TTCAACGCTATGGCCCAAAG+GGG + Chr1:15196225-15196244 MsG0180001047.01.T01:CDS 50.0%
!! GAGACGAGTTGATGGGAAAC+TGG + Chr1:15195809-15195828 MsG0180001047.01.T01:CDS 50.0%
AGGCAGTAGCGCAGGGATTT+CGG + Chr1:15195709-15195728 MsG0180001047.01.T01:CDS 55.0%
CATGACAAGGCAGTAGCGCA+GGG + Chr1:15195702-15195721 MsG0180001047.01.T01:CDS 55.0%
TCATGACAAGGCAGTAGCGC+AGG + Chr1:15195701-15195720 MsG0180001047.01.T01:CDS 55.0%
TGGAGAAACTAGAGCTGCCC+TGG + Chr1:15195779-15195798 MsG0180001047.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 15195252 15196887 15195252 ID=MsG0180001047.01;Name=MsG0180001047.01
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Chr1 exon 15195252 15195986 15195252 ID=MsG0180001047.01.T01:exon:30787;Parent=MsG0180001047.01.T01
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Chr1 CDS 15195252 15195986 15195252 ID=MsG0180001047.01.T01:cds;Parent=MsG0180001047.01.T01
Chr1 CDS 15196090 15196887 15196090 ID=MsG0180001047.01.T01:cds;Parent=MsG0180001047.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180001047.01.T01

ATGTCCTTTGCAACATTGAGGTATGTTGCTGTCTCTATTTTCAGACCGGTTTTGTCTCATTTTCAACGTCCAAACCTTAGATTCCTTTGTTGCTTTCCCTCTTCAAACCAAGATGAACACAGTCTCGTTTCCTCATTCAATCACATGCTTCATCAAAATCCTATCCCACCCATCTTCCATTTTGGAATGATTTTAGGTTCCCTTGTCAAGGCCAACCATTACACCACTGCTGTTTCACTTCATCGAAAAATGGAATTAAACGGAGTTGCATCAAACTTAATCACTATGAGCATCTTGATCAATTGTTTTTGTCATTTGGGTCAAAACTCTTTTTCCTTTTCCGTATTTGCTAAGATTCTTAAGATGGGTTACCAGCCAGATGCTATAACTTTAACTACACTCATTAAAGGTCTCTGTCTTAAAGGTGAGGTCCGTAAAGCATTGCACTTTCATGACAAGGCAGTAGCGCAGGGATTTCGGTTTGATATTGTTAGTTACGGAACCTTGGTTAATGGATTATGTAAAGTTGGAGAAACTAGAGCTGCCCTGGAATTGTTGAGACGAGTTGATGGGAAACTGGTTCAGCCTAATGTGGTAATGTATACCACGATCATTGATGGTATGTGCACAGATAAACTTGTTAATGATGCATTTGATTTATATTCTGAAATGATCGCTAAGAGAATTTCTCCTGATGTTGTCACTTATAGTAGTTTGATTAGTGGCTTTTGTATTGAAGGAAAACTGAAAGAAGCTAAAGCAGTGATCGCTTTTGTGATGAAAAAAGGCGTAAAACCTAATGTTGTTACTTACAGTTCTTTACTAGATGGATATTGTCTTGTTAAACAAGTGAACAAGGCCGAGGTTATATTCAACGCTATGGCCCAAAGGGGAGTTATTGCCGATATTCAAAGTTATAGTATCATGATTAATGGATTTTGTAAGATTAATATGGTGGATCAAGCTATCAGTCTCTTCAAAGAAATGCAACGCAGACAACTCATTCCTAATACGATAACTTATAGTTCCCTTATTGATGGCTTGAGCAAATCAGGAAGAATCTCATATGCTTGGCAACTTGTAGGTGAGATGCATGATAGAGGTCAACAACCTAATATAAATATATACAGTTCTATATTGGATGCTTTATTGAAAAGTCACCATGTTAACGAAGCAATCGCATTGTTAAGAAAATTTAAAAACCAAGGTATTCAACCAGATTTATGTACATATACTATTCTTATCAAAGGACTATGTCTGAATGGAAGGCTTAAGGATGCACAAGAGGTTTTTCAAGTTCTTCTAATGAAAGGCTACAATCTAGATGTCTATGCATATACTGTTATGATCCAAGGATTCTGTTACAAGGGCTTATTTAATGAAGCGCTGGCTTTGCTGTCAAAAATGAAAGACAATGGTTGCATGCCAAATGCTAAAACTTATGAAATAATTATTCTCTCTTTGTTGAAAAAAGATGAAAATGATTTGGCGGAAAAACTTCTTCGCGAGATGATTACGAGAGGTCTATTGTAA
Protein sequence

>MsG0180001047.01.T01

MSFATLRYVAVSIFRPVLSHFQRPNLRFLCCFPSSNQDEHSLVSSFNHMLHQNPIPPIFHFGMILGSLVKANHYTTAVSLHRKMELNGVASNLITMSILINCFCHLGQNSFSFSVFAKILKMGYQPDAITLTTLIKGLCLKGEVRKALHFHDKAVAQGFRFDIVSYGTLVNGLCKVGETRAALELLRRVDGKLVQPNVVMYTTIIDGMCTDKLVNDAFDLYSEMIAKRISPDVVTYSSLISGFCIEGKLKEAKAVIAFVMKKGVKPNVVTYSSLLDGYCLVKQVNKAEVIFNAMAQRGVIADIQSYSIMINGFCKINMVDQAISLFKEMQRRQLIPNTITYSSLIDGLSKSGRISYAWQLVGEMHDRGQQPNINIYSSILDALLKSHHVNEAIALLRKFKNQGIQPDLCTYTILIKGLCLNGRLKDAQEVFQVLLMKGYNLDVYAYTVMIQGFCYKGLFNEALALLSKMKDNGCMPNAKTYEIIILSLLKKDENDLAEKLLREMITRGLL*