AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035245.01

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MsG0680035245.01.T01 AT1G63070 28.539 438 312 1 107 543 55 492 5.13e-60 209
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MsG0680035245.01.T01 AT1G09820 27.298 359 256 3 56 410 222 579 9.11e-48 176
MsG0680035245.01.T01 AT1G09820 25.185 405 296 5 63 462 194 596 3.66e-46 171
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MsG0680035245.01.T01 AT3G04760 28.049 410 289 2 138 542 100 508 2.29e-58 204
MsG0680035245.01.T01 AT3G04760 26.781 407 292 2 118 519 115 520 4.46e-55 195
MsG0680035245.01.T01 AT3G04760 30.347 346 235 2 203 543 95 439 9.66e-53 189
MsG0680035245.01.T01 AT3G04760 27.512 418 263 2 57 469 158 540 2.51e-51 185
MsG0680035245.01.T01 AT3G04760 28.947 266 189 0 46 311 257 522 1.20e-31 129
MsG0680035245.01.T01 AT3G04760 27.700 213 154 0 46 258 327 539 1.59e-25 110
MsG0680035245.01.T01 AT3G04760 26.407 231 170 0 56 286 302 532 2.89e-25 110
MsG0680035245.01.T01 AT4G26800 33.241 361 236 1 117 477 3 358 7.89e-59 200
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MsG0680035245.01.T01 AT1G13040 25.957 470 310 3 111 543 28 496 1.63e-50 181
MsG0680035245.01.T01 AT1G13040 26.207 435 310 6 60 488 82 511 3.47e-48 175
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MsG0680035245.01.T01 AT3G16010 24.752 404 267 4 58 424 234 637 7.10e-36 142
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MsG0680035245.01.T01 AT1G77360 25.449 334 247 2 196 529 167 498 8.60e-33 132
MsG0680035245.01.T01 AT1G77360 25.138 362 268 3 63 424 140 498 2.96e-31 127
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MsG0680035245.01.T01 AT2G37230 23.485 396 293 3 156 542 179 573 1.44e-36 145
MsG0680035245.01.T01 AT2G37230 22.965 479 340 5 62 539 155 605 1.10e-34 139
MsG0680035245.01.T01 AT2G37230 26.471 374 263 4 181 543 133 505 5.19e-31 128
MsG0680035245.01.T01 AT2G37230 23.228 508 323 11 53 507 253 746 3.01e-24 107
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MsG0680035245.01.T01 AT2G36240 27.628 333 234 2 165 493 160 489 1.70e-36 142
MsG0680035245.01.T01 AT2G36240 24.571 350 229 1 40 389 176 490 7.60e-35 137
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MsG0680035245.01.T01 AT5G40400 29.756 205 144 0 340 544 240 444 7.48e-23 103
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MsG0680035245.01.T01 AT3G60050 26.429 280 167 4 267 544 149 391 4.39e-18 87.4
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MsG0680035245.01.T01 AT5G50280 26.797 306 213 4 242 539 245 547 4.06e-26 113
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MsG0680035245.01.T01 AT1G52640 25.559 313 224 3 234 541 104 412 5.67e-28 118
MsG0680035245.01.T01 AT1G52640 25.424 295 219 1 250 543 156 450 6.86e-25 108
MsG0680035245.01.T01 AT1G52640 23.288 292 223 1 168 458 179 470 1.86e-21 98.2
MsG0680035245.01.T01 AT1G52640 24.107 224 135 1 319 542 155 343 7.99e-16 80.9
MsG0680035245.01.T01 AT5G11310 24.863 366 261 5 190 544 130 492 3.73e-33 134
MsG0680035245.01.T01 AT5G11310 22.594 478 334 10 78 532 87 551 2.40e-29 122
MsG0680035245.01.T01 AT5G11310 24.235 392 279 6 157 534 130 517 1.22e-28 120
MsG0680035245.01.T01 AT5G11310 21.825 252 197 0 60 311 253 504 1.69e-17 86.3
MsG0680035245.01.T01 AT5G11310 21.925 187 146 0 60 246 323 509 1.74e-14 76.6
MsG0680035245.01.T01 AT5G11310 20.930 258 199 2 57 311 285 540 2.00e-13 73.6
MsG0680035245.01.T01 AT5G14820 25.275 364 262 5 156 515 188 545 6.50e-33 133
MsG0680035245.01.T01 AT5G14820 23.947 380 254 3 60 405 197 575 8.34e-30 124
MsG0680035245.01.T01 AT5G14820 21.554 399 297 6 79 472 181 568 4.15e-27 115
MsG0680035245.01.T01 AT5G14820 24.839 310 232 1 234 543 230 538 3.65e-26 113
MsG0680035245.01.T01 AT4G01030 22.112 502 309 6 53 519 50 504 8.40e-33 134
MsG0680035245.01.T01 AT4G01030 22.719 537 326 13 55 511 153 680 4.01e-32 132
MsG0680035245.01.T01 AT4G01030 22.876 306 201 2 269 543 56 357 2.06e-16 83.2
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MsG0680035245.01.T01 AT4G30825 24.523 367 275 2 96 461 527 892 1.95e-24 108
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MsG0680035245.01.T01 AT1G71210 20.128 467 360 7 83 542 208 668 2.25e-18 89.4
MsG0680035245.01.T01 AT1G71210 24.051 316 226 5 236 544 186 494 3.49e-15 79.3
MsG0680035245.01.T01 AT3G59040 23.684 380 284 2 158 534 135 511 2.56e-30 125
MsG0680035245.01.T01 AT3G59040 22.133 375 286 2 58 429 140 511 1.01e-27 117
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MsG0680035245.01.T01 AT3G17370 26.020 196 132 3 126 321 13 195 6.02e-15 74.3
MsG0680035245.01.T01 AT1G08070 21.780 528 377 9 13 538 3 496 1.28e-27 118
MsG0680035245.01.T01 AT1G08070 20.863 278 208 3 265 542 97 362 2.69e-14 76.3
MsG0680035245.01.T01 AT5G18390 24.363 353 261 4 195 543 109 459 3.01e-27 115
MsG0680035245.01.T01 AT5G18390 25.987 304 214 2 242 544 131 424 3.06e-25 109
MsG0680035245.01.T01 AT5G18390 23.313 326 247 2 79 402 98 422 7.97e-24 105
MsG0680035245.01.T01 AT5G18390 24.809 262 195 2 87 347 177 437 2.00e-23 103
MsG0680035245.01.T01 AT5G18390 24.113 282 179 1 36 282 161 442 1.35e-17 85.9
MsG0680035245.01.T01 AT5G18390 26.842 190 138 1 334 522 108 297 2.50e-17 85.1
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MsG0680035245.01.T01 AT3G15200 24.642 349 257 3 198 544 144 488 9.47e-27 114
MsG0680035245.01.T01 AT3G15200 25.382 327 226 6 196 514 177 493 1.10e-22 102
MsG0680035245.01.T01 AT3G15200 23.462 260 197 2 284 542 124 382 6.71e-15 77.8
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MsG0680035245.01.T01 AT3G14580 27.559 254 182 2 107 359 147 399 4.81e-24 104
MsG0680035245.01.T01 AT3G14580 27.350 234 170 0 72 305 147 380 3.78e-23 102
MsG0680035245.01.T01 AT3G14580 25.541 231 172 0 314 544 144 374 1.60e-20 94.4
MsG0680035245.01.T01 AT3G14580 22.404 183 132 1 57 239 212 384 1.01e-12 70.5
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MsG0680035245.01.T01 AT5G66520 19.432 458 306 10 80 525 25 431 1.65e-14 77.0
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MsG0680035245.01.T01 AT1G53600 21.864 558 307 20 59 521 93 616 5.77e-20 94.4
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MsG0680035245.01.T01 AT3G29230 20.286 419 309 9 36 452 169 564 3.26e-19 91.7
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MsG0680035245.01.T01 AT5G47360 25.874 286 205 3 228 506 161 446 5.02e-21 96.7
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MsG0680035245.01.T01 AT5G47360 26.239 343 211 8 161 497 164 470 4.27e-18 87.8
MsG0680035245.01.T01 AT5G47360 23.460 341 254 3 91 424 129 469 2.58e-16 82.0
MsG0680035245.01.T01 AT5G47360 30.556 144 96 2 405 544 163 306 1.23e-12 70.5
MsG0680035245.01.T01 AT1G06140 26.990 289 194 5 188 470 232 509 3.62e-22 100
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MsG0680035245.01.T01 AT1G12615 27.933 179 96 2 258 436 1 146 3.31e-14 70.9
MsG0680035245.01.T01 AT1G12615 30.612 147 100 1 223 367 1 147 1.19e-11 63.5
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MsG0680035245.01.T01 AT4G18750 19.407 371 252 4 165 535 163 486 8.07e-13 72.0
MsG0680035245.01.T01 AT5G13230 20.316 443 329 6 77 515 131 553 1.92e-20 95.9
MsG0680035245.01.T01 AT5G13230 21.053 456 339 6 32 486 192 627 1.81e-17 86.7
MsG0680035245.01.T01 AT5G13230 19.175 412 305 10 34 439 295 684 1.57e-11 67.8
MsG0680035245.01.T01 AT3G04750 23.457 405 273 11 80 466 144 529 1.93e-20 95.5
MsG0680035245.01.T01 AT3G04750 21.728 382 252 8 195 543 98 465 2.53e-19 92.0
MsG0680035245.01.T01 AT3G04750 23.415 410 282 14 76 474 216 604 3.03e-16 82.4
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MsG0680035245.01.T01 AT4G18840 19.704 406 296 8 118 511 62 449 1.07e-11 67.8
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MsG0680035245.01.T01 AT3G60040 38.462 117 72 0 426 542 709 825 7.67e-19 90.9
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MsG0680035245.01.T01 AT3G25210 25.926 162 120 0 358 519 209 370 3.56e-12 68.6
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MsG0680035245.01.T01 AT2G03380 20.264 454 309 11 124 541 104 540 8.07e-15 78.2
MsG0680035245.01.T01 AT4G30700 21.477 447 272 12 124 521 182 598 1.65e-17 86.7
MsG0680035245.01.T01 AT4G30700 22.857 280 202 5 69 347 366 632 2.81e-13 73.2
MsG0680035245.01.T01 AT3G26782 22.545 275 198 6 113 383 204 467 2.04e-17 86.3
MsG0680035245.01.T01 AT3G26782 20.133 452 318 13 83 511 1 432 8.35e-11 65.1
MsG0680035245.01.T01 AT1G15510 21.250 480 336 6 89 539 259 725 2.04e-17 86.7
MsG0680035245.01.T01 AT1G15510 19.153 496 378 8 51 543 154 629 3.22e-17 85.9
MsG0680035245.01.T01 AT2G46050 21.065 432 303 14 86 505 65 470 2.35e-17 85.9
MsG0680035245.01.T01 AT4G14050 22.838 451 309 13 102 540 12 435 2.37e-17 85.9
MsG0680035245.01.T01 AT4G14050 19.747 395 270 9 29 387 39 422 4.58e-15 78.6
MsG0680035245.01.T01 AT1G50270 21.027 409 303 8 64 468 77 469 2.44e-17 85.9
MsG0680035245.01.T01 AT1G50270 20.530 453 304 8 71 519 50 450 1.09e-12 71.2
MsG0680035245.01.T01 AT3G24000 20.755 371 242 6 192 525 90 445 2.64e-17 85.9
MsG0680035245.01.T01 AT3G24000 20.647 402 261 10 46 405 115 500 8.96e-15 77.8
MsG0680035245.01.T01 AT3G48250 24.044 366 265 6 105 464 241 599 2.72e-17 85.9
MsG0680035245.01.T01 AT3G48250 23.810 273 205 2 269 538 265 537 1.57e-16 83.2
MsG0680035245.01.T01 AT3G48250 26.667 210 117 3 371 543 262 471 1.36e-15 80.5
MsG0680035245.01.T01 AT3G48250 21.902 347 262 5 89 431 260 601 1.66e-15 80.1
MsG0680035245.01.T01 AT3G48250 24.464 233 169 5 60 290 373 600 2.40e-13 73.2
MsG0680035245.01.T01 AT3G48250 23.868 243 179 2 301 539 262 502 5.75e-13 72.0
MsG0680035245.01.T01 AT2G01390 28.025 157 113 0 364 520 114 270 3.16e-17 85.5
MsG0680035245.01.T01 AT2G01390 23.062 503 343 15 63 537 60 546 4.23e-17 85.1
MsG0680035245.01.T01 AT3G58590 22.581 496 310 13 86 538 244 708 3.63e-17 85.5
MsG0680035245.01.T01 AT4G19191 22.947 475 285 14 89 527 115 544 3.71e-17 85.5
MsG0680035245.01.T01 AT4G19191 21.053 494 316 11 114 541 39 524 8.44e-16 80.9
MsG0680035245.01.T01 AT2G29760 19.608 459 295 8 108 538 80 492 4.31e-17 85.1
MsG0680035245.01.T01 AT2G29760 20.177 451 307 8 90 538 129 528 5.99e-15 78.6
MsG0680035245.01.T01 AT5G65570 22.464 414 242 9 162 543 99 465 4.55e-17 85.1
MsG0680035245.01.T01 AT2G37320 21.603 287 211 6 163 445 187 463 5.98e-17 84.3
MsG0680035245.01.T01 AT2G37320 23.320 253 178 5 65 312 159 400 4.09e-13 72.0
MsG0680035245.01.T01 AT3G13770 23.059 425 260 14 125 503 16 419 6.19e-17 84.7
MsG0680035245.01.T01 AT5G44230 24.217 351 242 9 126 468 16 350 6.38e-17 84.3
MsG0680035245.01.T01 AT4G39952 18.409 440 344 4 55 494 294 718 7.00e-17 84.7
MsG0680035245.01.T01 AT5G44230 24.217 351 242 9 126 468 113 447 7.80e-17 84.3
MsG0680035245.01.T01 AT5G44230 23.278 421 271 17 138 538 59 447 1.03e-12 71.2
MsG0680035245.01.T01 AT5G08490 20.284 493 359 12 56 538 262 730 8.33e-17 84.3
MsG0680035245.01.T01 AT5G08490 20.284 493 359 12 56 538 262 730 8.33e-17 84.3
MsG0680035245.01.T01 AT5G08490 20.284 493 359 12 56 538 262 730 8.33e-17 84.3
MsG0680035245.01.T01 AT5G61800 21.480 419 303 10 90 499 77 478 8.51e-17 83.6
MsG0680035245.01.T01 AT5G61800 23.592 284 203 4 257 538 105 376 5.31e-13 72.0
MsG0680035245.01.T01 AT5G61800 22.335 394 251 14 11 359 95 478 5.36e-12 68.6
MsG0680035245.01.T01 AT5G36300 25.391 256 172 6 288 529 2 252 9.15e-17 81.3
MsG0680035245.01.T01 AT1G77010 19.552 491 340 12 53 527 120 571 1.10e-16 84.0
MsG0680035245.01.T01 AT3G47840 18.720 422 326 6 53 471 170 577 1.42e-16 83.6
MsG0680035245.01.T01 AT3G47840 19.184 490 360 14 51 529 65 529 1.96e-12 70.5
MsG0680035245.01.T01 AT5G03800 21.161 534 316 16 50 538 140 613 1.50e-16 83.6
MsG0680035245.01.T01 AT5G03800 20.833 312 227 7 236 543 118 413 2.97e-11 67.0
MsG0680035245.01.T01 AT3G49170 21.267 442 302 12 80 486 222 652 2.05e-16 83.2
MsG0680035245.01.T01 AT3G49170 19.794 485 330 13 77 521 187 652 1.52e-14 77.4
MsG0680035245.01.T01 AT3G49170 20.220 455 315 11 104 519 36 481 8.79e-11 65.5
MsG0680035245.01.T01 AT5G40405 20.955 377 278 8 77 449 56 416 2.08e-16 82.8
MsG0680035245.01.T01 AT5G40405 22.630 327 212 11 88 383 104 420 4.91e-15 78.6
MsG0680035245.01.T01 AT5G40405 20.955 377 278 8 77 449 56 416 2.08e-16 82.8
MsG0680035245.01.T01 AT5G40405 22.630 327 212 11 88 383 104 420 4.91e-15 78.6
MsG0680035245.01.T01 AT2G36980 22.034 472 330 11 91 542 25 478 2.10e-16 82.8
MsG0680035245.01.T01 AT2G36980 20.979 429 304 9 124 543 23 425 3.80e-15 79.0
MsG0680035245.01.T01 AT2G36980 22.034 472 330 11 91 542 34 487 2.32e-16 82.8
MsG0680035245.01.T01 AT2G36980 20.824 461 326 10 92 543 4 434 3.96e-15 79.0
MsG0680035245.01.T01 AT3G49142 20.472 381 292 4 89 468 102 472 2.70e-16 82.8
MsG0680035245.01.T01 AT5G03560 27.097 155 109 2 358 511 186 337 4.07e-16 80.5
MsG0680035245.01.T01 AT5G03560 28.148 135 96 1 203 336 203 337 3.29e-13 71.6
MsG0680035245.01.T01 AT5G03560 27.068 133 96 1 413 544 203 335 1.81e-12 69.3
MsG0680035245.01.T01 AT5G03560 27.097 155 109 2 358 511 186 337 4.07e-16 80.5
MsG0680035245.01.T01 AT5G03560 28.148 135 96 1 203 336 203 337 3.29e-13 71.6
MsG0680035245.01.T01 AT5G03560 27.068 133 96 1 413 544 203 335 1.81e-12 69.3
MsG0680035245.01.T01 AT5G03560 27.097 155 109 2 358 511 186 337 4.07e-16 80.5
MsG0680035245.01.T01 AT5G03560 28.148 135 96 1 203 336 203 337 3.29e-13 71.6
MsG0680035245.01.T01 AT5G03560 27.068 133 96 1 413 544 203 335 1.81e-12 69.3
MsG0680035245.01.T01 AT1G34160 22.422 446 307 12 43 471 15 438 4.77e-16 81.6
MsG0680035245.01.T01 AT1G77170 23.711 291 195 7 51 338 177 443 5.01e-16 81.3
MsG0680035245.01.T01 AT4G16470 21.549 297 221 5 169 464 83 368 5.24e-16 81.3

Find 90 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 101 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ATCAAAGGTCTTTGTCTTAA+TGG 0.161636 6:+101025292 MsG0680035245.01.T01:CDS
GATCACTTACAATTCTTTAA+TGG 0.190610 6:+101026113 MsG0680035245.01.T01:CDS
TTCTTTCATTTGACCCAAAA+TGG 0.221738 6:-101025620 None:intergenic
ATGTTTAAAGTAACAATATT+AGG 0.238049 6:-101025160 None:intergenic
GTATTGAATGTTACAGTATT+AGG 0.246865 6:-101025265 None:intergenic
TTTGTCTTAATGGTCAAATT+AGG 0.263981 6:+101025302 MsG0680035245.01.T01:CDS
TAATCAACATCATGCCTCTA+AGG 0.276271 6:+101025863 MsG0680035245.01.T01:CDS
GAATTGTATGTTACAGTATT+AGG 0.282383 6:-101026000 None:intergenic
ACCCAACACATAATCGAATT+TGG 0.286159 6:+101025052 MsG0680035245.01.T01:CDS
CACCTTGATCAAGTTAGTTA+TGG 0.294063 6:+101025367 MsG0680035245.01.T01:CDS
AGGGCTATCGTTTAGATGTT+TGG 0.313089 6:+101026304 MsG0680035245.01.T01:CDS
CAGGAAGAGTCTCTGATGTT+TGG 0.323257 6:+101026046 MsG0680035245.01.T01:CDS
CGGATTATGTAAGAATAAAA+TGG 0.324520 6:+101025927 MsG0680035245.01.T01:CDS
ACTTACAATACTCTAATATA+TGG 0.334281 6:+101025592 MsG0680035245.01.T01:CDS
TATTAAAAGTACGAACATTC+GGG 0.334862 6:-101025684 None:intergenic
TGTTACTTATACTTCTTTGA+TGG 0.343831 6:+101025798 MsG0680035245.01.T01:CDS
ACCTTGATCAAGTTAGTTAT+GGG 0.351399 6:+101025368 MsG0680035245.01.T01:CDS
ATGCTATACATTACCACATT+AGG 0.351542 6:-101025475 None:intergenic
GTACCTCAACTTTAACAAAT+AGG 0.352142 6:-101024900 None:intergenic
ACATACAATTCACTTATTGA+TGG 0.356398 6:+101026012 MsG0680035245.01.T01:CDS
AGATTGAAGGGTTATTGATT+AGG 0.367497 6:+101025452 MsG0680035245.01.T01:CDS
GAAGTATAAGTAACAACATT+AGG 0.368065 6:-101025790 None:intergenic
GTTGTGTATGTACACATATT+TGG 0.370784 6:-101026210 None:intergenic
ATTGATGGACTTCGGAAATC+AGG 0.380866 6:+101026027 MsG0680035245.01.T01:CDS
ACAAAGCACAAATAAGAGTT+TGG 0.383295 6:-101026437 None:intergenic
AGGAAGAGTCTCTGATGTTT+GGG 0.383335 6:+101026047 MsG0680035245.01.T01:CDS
ACCAAATTCGATTATGTGTT+GGG 0.384773 6:-101025053 None:intergenic
CATGATAATGTTATAGCAAA+GGG 0.385771 6:+101025340 MsG0680035245.01.T01:CDS
GTCTTCCATTGTTGAGAGTA+AGG 0.391496 6:-101026385 None:intergenic
GTATTAAAAGTACGAACATT+CGG 0.392720 6:-101025685 None:intergenic
CTTATACTTCTTTGATGGAT+GGG 0.394712 6:+101025803 MsG0680035245.01.T01:CDS
AGCTACAATGTCATGATTAA+CGG 0.395544 6:+101025907 MsG0680035245.01.T01:CDS
ACATTGTAGCTATTAACATT+AGG 0.403102 6:-101025895 None:intergenic
TTAGGAGACACTCCCCTTAG+AGG 0.407651 6:-101025877 None:intergenic
GTTGGGTAGGATTCTTCATA+TGG 0.412343 6:-101025036 None:intergenic
ACTTATACTTCTTTGATGGA+TGG 0.426181 6:+101025802 MsG0680035245.01.T01:CDS
ATTGGTTGATGGTTTATGTA+AGG 0.428388 6:+101025708 MsG0680035245.01.T01:CDS
ACATACACAACACTTGTTGA+TGG 0.430409 6:+101026222 MsG0680035245.01.T01:CDS
GTTTGGTAAGTTACAGCATC+AGG 0.441412 6:-101026420 None:intergenic
TACCAAATTCGATTATGTGT+TGG 0.454604 6:-101025054 None:intergenic
TGAACGTGTAATCGACGAAT+TGG 0.456995 6:-101024953 None:intergenic
GTTATGGGACATTGATCAAC+GGG 0.457672 6:+101025383 MsG0680035245.01.T01:CDS
GTTGATGGTTTATGTAAGGA+AGG 0.470136 6:+101025712 MsG0680035245.01.T01:CDS
ATAGATGAGATGCATCATAA+AGG 0.472769 6:+101026075 MsG0680035245.01.T01:CDS
CAATCTTTCTAAGTAACTGC+AGG 0.476264 6:-101025435 None:intergenic
CAGTTACTTAGAAAGATTGA+AGG 0.479588 6:+101025439 MsG0680035245.01.T01:CDS
CATTTCAGAATATAAATCAT+AGG 0.486244 6:-101025539 None:intergenic
GTATTGTAAGTGACGACATC+AGG 0.491513 6:-101025580 None:intergenic
ATCAACGGGTTATGTAAATC+CGG 0.491593 6:+101025397 MsG0680035245.01.T01:CDS
CAGGGCAGCTCTTGTATCTC+CGG 0.493248 6:-101025416 None:intergenic
CATCCTATTTGTTAAAGTTG+AGG 0.504565 6:+101024897 MsG0680035245.01.T01:CDS
AATCAACATCATGCCTCTAA+GGG 0.506856 6:+101025864 MsG0680035245.01.T01:CDS
GGTTAATGCGCTTTGTAAAG+AGG 0.517508 6:+101026341 MsG0680035245.01.T01:CDS
TGCTTTGTGCAAAATCCATC+AGG 0.519913 6:+101026137 MsG0680035245.01.T01:CDS
TCTTATCAAATGGAAATCAA+AGG 0.525076 6:+101025130 MsG0680035245.01.T01:CDS
CGAAAACGACAAGAATGATA+AGG 0.526016 6:+101026461 MsG0680035245.01.T01:CDS
TCATGATAATGTTATAGCAA+AGG 0.530954 6:+101025339 MsG0680035245.01.T01:CDS
TTGTAAGTGATCACATCAGC+AGG 0.531361 6:-101026102 None:intergenic
TCCCATAACTAACTTGATCA+AGG 0.532928 6:-101025369 None:intergenic
ATTCACTTATTGATGGACTT+CGG 0.533435 6:+101026019 MsG0680035245.01.T01:CDS
GTTAATGCGCTTTGTAAAGA+GGG 0.536783 6:+101026342 MsG0680035245.01.T01:CDS
AATTCGATTATGTGTTGGGT+AGG 0.541151 6:-101025049 None:intergenic
CGAAATTGAGTTGATTCAAG+TGG 0.542450 6:-101025201 None:intergenic
CAATTGCCTTGTCAACCTGA+TGG 0.542661 6:-101026152 None:intergenic
TTCGGTAAGATTCTTAAACT+AGG 0.551270 6:+101025235 MsG0680035245.01.T01:CDS
TTGTCAATGAACGAAGGAAG+AGG 0.554716 6:-101024977 None:intergenic
GGTCAAATGAAAGAAGCAGT+TGG 0.562488 6:+101025628 MsG0680035245.01.T01:CDS
TGAACTGATTCAACTTAACA+AGG 0.572455 6:-101025090 None:intergenic
CAAAATCCATCAGGTTGACA+AGG 0.577378 6:+101026146 MsG0680035245.01.T01:CDS
GTTATTGATTAGGCCTAATG+TGG 0.585904 6:+101025462 MsG0680035245.01.T01:CDS
TGTTATGATAAAACAAGGCG+TGG 0.595521 6:+101025765 MsG0680035245.01.T01:CDS
AGTTACTTAGAAAGATTGAA+GGG 0.602039 6:+101025440 MsG0680035245.01.T01:CDS
ACATTCAATACAATTATCAA+AGG 0.606806 6:+101025277 MsG0680035245.01.T01:CDS
TGTTTGGATGTATAATGTGA+TGG 0.607421 6:+101026320 MsG0680035245.01.T01:CDS
ATTATGTAAGAATAAAATGG+TGG 0.609528 6:+101025930 MsG0680035245.01.T01:CDS
GAACTGATTCAACTTAACAA+GGG 0.610998 6:-101025089 None:intergenic
CTTCGTGAAATGATTGCTAG+AGG 0.611526 6:+101026495 MsG0680035245.01.T01:CDS
AGTTATGGGACATTGATCAA+CGG 0.612621 6:+101025382 MsG0680035245.01.T01:CDS
TGGTTTATGTAAGGAAGGAG+AGG 0.616257 6:+101025717 MsG0680035245.01.T01:CDS
TTGATAAGAAAATGAAATAG+CGG 0.631689 6:-101025116 None:intergenic
TTAATGAAGATGAAAGACGA+AGG 0.639867 6:+101026180 MsG0680035245.01.T01:CDS
AATCTTTCTAAGTAACTGCA+GGG 0.640067 6:-101025434 None:intergenic
ATTGTCCTTACTCTCAACAA+TGG 0.642208 6:+101026380 MsG0680035245.01.T01:CDS
ATGATAATGTTATAGCAAAG+GGG 0.652886 6:+101025341 MsG0680035245.01.T01:CDS
CTCTCAACAATGGAAGACAA+CGG 0.661400 6:+101026390 MsG0680035245.01.T01:CDS
AAGTGATCACATCAGCAGGT+TGG 0.669409 6:-101026098 None:intergenic
TTACCTGTTATGATAAAACA+AGG 0.672009 6:+101025760 MsG0680035245.01.T01:CDS
TTAACATTGTCAATGAACGA+AGG 0.677985 6:-101024983 None:intergenic
ATCAACATCATGCCTCTAAG+GGG 0.684860 6:+101025865 MsG0680035245.01.T01:CDS
ATTAAAAGTACGAACATTCG+GGG 0.713841 6:-101025683 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! ATGTTTAAAGTAACAATATT+AGG - Chr6:101025163-101025182 None:intergenic 15.0%
!!! TATTTCATTTTCTTATCAAA+TGG + Chr6:101025120-101025139 MsG0680035245.01.T01:CDS 15.0%
!! ACATTCAATACAATTATCAA+AGG + Chr6:101025277-101025296 MsG0680035245.01.T01:CDS 20.0%
!! ACTTACAATACTCTAATATA+TGG + Chr6:101025592-101025611 MsG0680035245.01.T01:CDS 20.0%
!! ATTATGTAAGAATAAAATGG+TGG + Chr6:101025930-101025949 MsG0680035245.01.T01:CDS 20.0%
!! CATTTCAGAATATAAATCAT+AGG - Chr6:101025542-101025561 None:intergenic 20.0%
!! TTGATAAGAAAATGAAATAG+CGG - Chr6:101025119-101025138 None:intergenic 20.0%
!!! AATATATGGTTTTTCCATTT+TGG + Chr6:101025606-101025625 MsG0680035245.01.T01:CDS 20.0%
!!! AATTTCGCTTTTTCTATATT+CGG + Chr6:101025217-101025236 MsG0680035245.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATATATGGTTTTTCCATTTT+GGG + Chr6:101025607-101025626 MsG0680035245.01.T01:CDS 20.0%
!!! TATCAAGATCTTTTGAATAA+GGG + Chr6:101026285-101026304 MsG0680035245.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTATCAAGATCTTTTGAATA+AGG + Chr6:101026284-101026303 MsG0680035245.01.T01:CDS 20.0%
! ACATACAATTCACTTATTGA+TGG + Chr6:101026012-101026031 MsG0680035245.01.T01:CDS 25.0%
! ACATTGTAGCTATTAACATT+AGG - Chr6:101025898-101025917 None:intergenic 25.0%
! AGTTACTTAGAAAGATTGAA+GGG + Chr6:101025440-101025459 MsG0680035245.01.T01:CDS 25.0%
! CGGATTATGTAAGAATAAAA+TGG + Chr6:101025927-101025946 MsG0680035245.01.T01:CDS 25.0%
! GAAGTATAAGTAACAACATT+AGG - Chr6:101025793-101025812 None:intergenic 25.0%
! GAATTGTATGTTACAGTATT+AGG - Chr6:101026003-101026022 None:intergenic 25.0%
! GATCACTTACAATTCTTTAA+TGG + Chr6:101026113-101026132 MsG0680035245.01.T01:CDS 25.0%
! GTATTGAATGTTACAGTATT+AGG - Chr6:101025268-101025287 None:intergenic 25.0%
! TCTTATCAAATGGAAATCAA+AGG + Chr6:101025130-101025149 MsG0680035245.01.T01:CDS 25.0%
! TTACCTGTTATGATAAAACA+AGG + Chr6:101025760-101025779 MsG0680035245.01.T01:CDS 25.0%
! TTTGTCTTAATGGTCAAATT+AGG + Chr6:101025302-101025321 MsG0680035245.01.T01:CDS 25.0%
!! ATGATAATGTTATAGCAAAG+GGG + Chr6:101025341-101025360 MsG0680035245.01.T01:CDS 25.0%
!! CATGATAATGTTATAGCAAA+GGG + Chr6:101025340-101025359 MsG0680035245.01.T01:CDS 25.0%
!! GTATTAAAAGTACGAACATT+CGG - Chr6:101025688-101025707 None:intergenic 25.0%
!! TATTAAAAGTACGAACATTC+GGG - Chr6:101025687-101025706 None:intergenic 25.0%
!! TCATGATAATGTTATAGCAA+AGG + Chr6:101025339-101025358 MsG0680035245.01.T01:CDS 25.0%
!! TGTTACTTATACTTCTTTGA+TGG + Chr6:101025798-101025817 MsG0680035245.01.T01:CDS 25.0%
!! TGTTCGTACTTTTAATACAT+TGG + Chr6:101025690-101025709 MsG0680035245.01.T01:CDS 25.0%
!!! ACTTTTAATACATTGGTTGA+TGG + Chr6:101025697-101025716 MsG0680035245.01.T01:CDS 25.0%
AATCTTTCTAAGTAACTGCA+GGG - Chr6:101025437-101025456 None:intergenic 30.0%
ACAAAGCACAAATAAGAGTT+TGG - Chr6:101026440-101026459 None:intergenic 30.0%
ACCAAATTCGATTATGTGTT+GGG - Chr6:101025056-101025075 None:intergenic 30.0%
ACCTTGATCAAGTTAGTTAT+GGG + Chr6:101025368-101025387 MsG0680035245.01.T01:CDS 30.0%
ACTTATACTTCTTTGATGGA+TGG + Chr6:101025802-101025821 MsG0680035245.01.T01:CDS 30.0%
AGCTACAATGTCATGATTAA+CGG + Chr6:101025907-101025926 MsG0680035245.01.T01:CDS 30.0%
ATAGATGAGATGCATCATAA+AGG + Chr6:101026075-101026094 MsG0680035245.01.T01:CDS 30.0%
ATCAAAGGTCTTTGTCTTAA+TGG + Chr6:101025292-101025311 MsG0680035245.01.T01:CDS 30.0%
ATGCAAAAATGGAAGACTAA+AGG + Chr6:101026248-101026267 MsG0680035245.01.T01:CDS 30.0%
ATGCTATACATTACCACATT+AGG - Chr6:101025478-101025497 None:intergenic 30.0%
CAGTTACTTAGAAAGATTGA+AGG + Chr6:101025439-101025458 MsG0680035245.01.T01:CDS 30.0%
GTACCTCAACTTTAACAAAT+AGG - Chr6:101024903-101024922 None:intergenic 30.0%
GTTGTGTATGTACACATATT+TGG - Chr6:101026213-101026232 None:intergenic 30.0%
TACCAAATTCGATTATGTGT+TGG - Chr6:101025057-101025076 None:intergenic 30.0%
TGTTTGGATGTATAATGTGA+TGG + Chr6:101026320-101026339 MsG0680035245.01.T01:CDS 30.0%
TTAACATTGTCAATGAACGA+AGG - Chr6:101024986-101025005 None:intergenic 30.0%
TTAATGAAGATGAAAGACGA+AGG + Chr6:101026180-101026199 MsG0680035245.01.T01:CDS 30.0%
TTCGGTAAGATTCTTAAACT+AGG + Chr6:101025235-101025254 MsG0680035245.01.T01:CDS 30.0%
TTCTTTCATTTGACCCAAAA+TGG - Chr6:101025623-101025642 None:intergenic 30.0%
! AGATTGAAGGGTTATTGATT+AGG + Chr6:101025452-101025471 MsG0680035245.01.T01:CDS 30.0%
! ATTAAAAGTACGAACATTCG+GGG - Chr6:101025686-101025705 None:intergenic 30.0%
! CATCCTATTTGTTAAAGTTG+AGG + Chr6:101024897-101024916 MsG0680035245.01.T01:CDS 30.0%
! CTTATACTTCTTTGATGGAT+GGG + Chr6:101025803-101025822 MsG0680035245.01.T01:CDS 30.0%
! GAACTGATTCAACTTAACAA+GGG - Chr6:101025092-101025111 None:intergenic 30.0%
! TGAACTGATTCAACTTAACA+AGG - Chr6:101025093-101025112 None:intergenic 30.0%
!! ATTCACTTATTGATGGACTT+CGG + Chr6:101026019-101026038 MsG0680035245.01.T01:CDS 30.0%
!! ATTGGTTGATGGTTTATGTA+AGG + Chr6:101025708-101025727 MsG0680035245.01.T01:CDS 30.0%
AATCAACATCATGCCTCTAA+GGG + Chr6:101025864-101025883 MsG0680035245.01.T01:CDS 35.0%
AATTCGATTATGTGTTGGGT+AGG - Chr6:101025052-101025071 None:intergenic 35.0%
ACCCAACACATAATCGAATT+TGG + Chr6:101025052-101025071 MsG0680035245.01.T01:CDS 35.0%
AGTTATGGGACATTGATCAA+CGG + Chr6:101025382-101025401 MsG0680035245.01.T01:CDS 35.0%
ATTGTCCTTACTCTCAACAA+TGG + Chr6:101026380-101026399 MsG0680035245.01.T01:CDS 35.0%
CAATCTTTCTAAGTAACTGC+AGG - Chr6:101025438-101025457 None:intergenic 35.0%
CACCTTGATCAAGTTAGTTA+TGG + Chr6:101025367-101025386 MsG0680035245.01.T01:CDS 35.0%
CGAAAACGACAAGAATGATA+AGG + Chr6:101026461-101026480 MsG0680035245.01.T01:CDS 35.0%
GTTAATGCGCTTTGTAAAGA+GGG + Chr6:101026342-101026361 MsG0680035245.01.T01:CDS 35.0%
TAATCAACATCATGCCTCTA+AGG + Chr6:101025863-101025882 MsG0680035245.01.T01:CDS 35.0%
TCCCATAACTAACTTGATCA+AGG - Chr6:101025372-101025391 None:intergenic 35.0%
TGTTATGATAAAACAAGGCG+TGG + Chr6:101025765-101025784 MsG0680035245.01.T01:CDS 35.0%
! ACATACACAACACTTGTTGA+TGG + Chr6:101026222-101026241 MsG0680035245.01.T01:CDS 35.0%
! GTTATTGATTAGGCCTAATG+TGG + Chr6:101025462-101025481 MsG0680035245.01.T01:CDS 35.0%
!! ATCAACGGGTTATGTAAATC+CGG + Chr6:101025397-101025416 MsG0680035245.01.T01:CDS 35.0%
!! CGAAATTGAGTTGATTCAAG+TGG - Chr6:101025204-101025223 None:intergenic 35.0%
!! GTTGATGGACTATGCAAAAA+TGG + Chr6:101026237-101026256 MsG0680035245.01.T01:CDS 35.0%
!! GTTGATGGTTTATGTAAGGA+AGG + Chr6:101025712-101025731 MsG0680035245.01.T01:CDS 35.0%
!!! ACGCCTTGTTTTATCATAAC+AGG - Chr6:101025766-101025785 None:intergenic 35.0%
AGGAAGAGTCTCTGATGTTT+GGG + Chr6:101026047-101026066 MsG0680035245.01.T01:CDS 40.0%
AGGGCTATCGTTTAGATGTT+TGG + Chr6:101026304-101026323 MsG0680035245.01.T01:CDS 40.0%
ATCAACATCATGCCTCTAAG+GGG + Chr6:101025865-101025884 MsG0680035245.01.T01:CDS 40.0%
CTCTCAACAATGGAAGACAA+CGG + Chr6:101026390-101026409 MsG0680035245.01.T01:CDS 40.0%
CTTCGTGAAATGATTGCTAG+AGG + Chr6:101026495-101026514 MsG0680035245.01.T01:CDS 40.0%
GGTCAAATGAAAGAAGCAGT+TGG + Chr6:101025628-101025647 MsG0680035245.01.T01:CDS 40.0%
GGTTAATGCGCTTTGTAAAG+AGG + Chr6:101026341-101026360 MsG0680035245.01.T01:CDS 40.0%
GTATTGTAAGTGACGACATC+AGG - Chr6:101025583-101025602 None:intergenic 40.0%
GTCTTCCATTGTTGAGAGTA+AGG - Chr6:101026388-101026407 None:intergenic 40.0%
GTTATGGGACATTGATCAAC+GGG + Chr6:101025383-101025402 MsG0680035245.01.T01:CDS 40.0%
GTTGGGTAGGATTCTTCATA+TGG - Chr6:101025039-101025058 None:intergenic 40.0%
GTTTGGTAAGTTACAGCATC+AGG - Chr6:101026423-101026442 None:intergenic 40.0%
TGAACGTGTAATCGACGAAT+TGG - Chr6:101024956-101024975 None:intergenic 40.0%
TGCTTTGTGCAAAATCCATC+AGG + Chr6:101026137-101026156 MsG0680035245.01.T01:CDS 40.0%
TGGTTTATGTAAGGAAGGAG+AGG + Chr6:101025717-101025736 MsG0680035245.01.T01:CDS 40.0%
TTGTAAGTGATCACATCAGC+AGG - Chr6:101026105-101026124 None:intergenic 40.0%
TTGTCAATGAACGAAGGAAG+AGG - Chr6:101024980-101024999 None:intergenic 40.0%
!! ATTGATGGACTTCGGAAATC+AGG + Chr6:101026027-101026046 MsG0680035245.01.T01:CDS 40.0%
!! CAAAATCCATCAGGTTGACA+AGG + Chr6:101026146-101026165 MsG0680035245.01.T01:CDS 40.0%
AAGTGATCACATCAGCAGGT+TGG - Chr6:101026101-101026120 None:intergenic 45.0%
CAATTGCCTTGTCAACCTGA+TGG - Chr6:101026155-101026174 None:intergenic 45.0%
CAGGAAGAGTCTCTGATGTT+TGG + Chr6:101026046-101026065 MsG0680035245.01.T01:CDS 45.0%
TTAGGAGACACTCCCCTTAG+AGG - Chr6:101025880-101025899 None:intergenic 50.0%
CAGGGCAGCTCTTGTATCTC+CGG - Chr6:101025419-101025438 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 101024893 101026527 101024893 ID=MsG0680035245.01;Name=MsG0680035245.01
Chr6 mRNA 101024893 101026527 101024893 ID=MsG0680035245.01.T01;Parent=MsG0680035245.01;Name=MsG0680035245.01.T01;_AED=0.43;_eAED=0.43;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|544
Chr6 exon 101024893 101026527 101024893 ID=MsG0680035245.01.T01:exon:10520;Parent=MsG0680035245.01.T01
Chr6 CDS 101024893 101026527 101024893 ID=MsG0680035245.01.T01:cds;Parent=MsG0680035245.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680035245.01.T01

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Protein sequence

>MsG0680035245.01.T01

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