AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035253.01

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MsG0680035253.01.T01 AT4G11690 27.068 266 188 2 36 298 286 548 2.05e-29 122
MsG0680035253.01.T01 AT4G11690 24.153 236 179 0 34 269 319 554 6.65e-18 87.4
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MsG0680035253.01.T01 AT3G04760 29.139 302 213 1 239 540 100 400 6.81e-47 173
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MsG0680035253.01.T01 AT2G01740 23.352 364 214 3 37 335 182 545 4.41e-28 118
MsG0680035253.01.T01 AT4G28010 27.656 546 357 2 31 539 51 595 3.58e-69 236
MsG0680035253.01.T01 AT4G28010 26.692 517 377 1 21 535 145 661 1.75e-68 234
MsG0680035253.01.T01 AT4G28010 25.767 489 326 1 33 484 192 680 3.32e-52 189
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MsG0680035253.01.T01 AT3G48810 26.027 511 369 4 34 540 127 632 2.90e-64 221
MsG0680035253.01.T01 AT3G48810 27.338 417 297 2 119 534 72 483 1.78e-53 192
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MsG0680035253.01.T01 AT2G15630 26.932 427 309 1 92 518 194 617 1.96e-50 183
MsG0680035253.01.T01 AT2G15630 29.137 278 197 0 30 307 339 616 5.93e-35 139
MsG0680035253.01.T01 AT2G15630 30.220 182 121 3 361 539 113 291 3.70e-14 75.9
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MsG0680035253.01.T01 AT3G61520 27.056 462 277 10 44 454 286 738 1.85e-44 168
MsG0680035253.01.T01 AT3G61520 24.043 470 342 7 82 539 146 612 4.67e-38 149
MsG0680035253.01.T01 AT3G61520 26.074 349 235 10 205 539 133 472 2.65e-22 101
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MsG0680035253.01.T01 AT1G13040 25.173 433 321 3 54 484 80 511 7.24e-48 174
MsG0680035253.01.T01 AT1G13040 28.756 386 268 3 158 539 9 391 2.19e-42 159
MsG0680035253.01.T01 AT1G13040 26.018 442 287 5 11 414 72 511 3.10e-42 159
MsG0680035253.01.T01 AT1G13040 25.568 352 253 6 194 540 10 357 5.51e-31 126
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MsG0680035253.01.T01 AT1G13800 23.898 431 295 8 121 539 88 497 9.80e-26 112
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MsG0680035253.01.T01 AT5G38730 25.108 231 173 0 33 263 322 552 1.80e-17 86.3
MsG0680035253.01.T01 AT5G38730 24.590 244 184 0 65 308 319 562 1.29e-16 83.6
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MsG0680035253.01.T01 AT1G79080 28.708 209 149 0 331 539 69 277 5.57e-21 97.1
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MsG0680035253.01.T01 AT3G16890 23.973 292 217 1 9 300 351 637 4.45e-28 119
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MsG0680035253.01.T01 AT2G35130 18.720 422 307 3 8 429 185 570 1.80e-19 92.4
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MsG0680035253.01.T01 AT5G25630 22.407 241 182 2 57 295 213 450 2.33e-15 79.3
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MsG0680035253.01.T01 AT2G37230 24.837 459 330 5 84 531 216 670 2.46e-39 153
MsG0680035253.01.T01 AT2G37230 26.039 361 258 2 188 539 145 505 8.25e-33 134
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MsG0680035253.01.T01 AT2G18940 20.802 524 374 5 36 521 299 819 1.48e-35 142
MsG0680035253.01.T01 AT2G18940 22.059 408 311 1 35 435 403 810 7.36e-33 134
MsG0680035253.01.T01 AT2G18940 23.095 420 316 4 126 539 139 557 5.99e-31 128
MsG0680035253.01.T01 AT2G18940 26.744 172 125 1 370 540 212 383 8.21e-19 90.9
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MsG0680035253.01.T01 AT5G62370 22.948 536 382 5 35 539 148 683 4.64e-36 144
MsG0680035253.01.T01 AT5G62370 25.197 508 332 8 72 538 461 961 8.98e-36 143
MsG0680035253.01.T01 AT5G62370 22.458 472 326 3 37 471 496 964 1.37e-34 139
MsG0680035253.01.T01 AT5G62370 21.331 511 336 3 91 535 134 644 2.18e-31 130
MsG0680035253.01.T01 AT5G62370 22.303 547 350 7 56 531 310 852 6.33e-30 125
MsG0680035253.01.T01 AT5G62370 21.117 573 382 6 34 539 323 892 9.01e-30 125
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MsG0680035253.01.T01 AT5G62370 23.765 425 282 6 33 419 562 982 2.21e-26 114
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MsG0680035253.01.T01 AT1G73400 26.291 213 149 1 108 320 361 565 2.35e-14 76.3
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MsG0680035253.01.T01 AT4G34830 24.279 416 268 7 54 457 456 836 1.28e-24 109
MsG0680035253.01.T01 AT4G34830 23.270 318 207 2 259 539 463 780 1.90e-22 102
MsG0680035253.01.T01 AT4G34830 23.653 334 241 4 34 357 518 847 1.16e-21 100
MsG0680035253.01.T01 AT1G55630 28.283 297 213 0 137 433 166 462 1.05e-34 137
MsG0680035253.01.T01 AT1G55630 26.667 375 267 4 169 538 91 462 1.29e-33 134
MsG0680035253.01.T01 AT1G55630 27.586 319 221 5 92 405 156 469 4.14e-30 123
MsG0680035253.01.T01 AT1G55630 26.437 261 189 1 212 469 203 463 2.81e-28 118
MsG0680035253.01.T01 AT1G55630 26.744 258 189 0 36 293 205 462 5.69e-25 108
MsG0680035253.01.T01 AT1G55630 25.267 281 169 3 86 328 185 462 3.05e-19 91.3
MsG0680035253.01.T01 AT3G18110 23.670 545 365 9 37 538 281 817 1.23e-34 140
MsG0680035253.01.T01 AT3G18110 25.145 346 256 2 192 534 224 569 2.63e-33 135
MsG0680035253.01.T01 AT3G18110 25.000 352 256 5 161 506 228 577 9.71e-31 128
MsG0680035253.01.T01 AT3G18110 25.581 344 253 2 56 396 228 571 1.17e-30 127
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MsG0680035253.01.T01 AT2G03880 22.500 400 255 9 159 524 128 506 3.18e-17 85.5
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MsG0680035253.01.T01 AT5G18390 21.574 394 270 4 35 425 92 449 1.24e-21 98.2
MsG0680035253.01.T01 AT5G18390 27.179 195 141 1 330 523 108 302 4.68e-18 87.4
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MsG0680035253.01.T01 AT1G03540 23.496 349 223 5 223 539 123 459 6.94e-25 109
MsG0680035253.01.T01 AT1G03540 24.521 261 176 6 51 306 263 507 7.65e-17 84.3
MsG0680035253.01.T01 AT1G16830 22.481 516 337 9 81 539 46 555 1.67e-31 129
MsG0680035253.01.T01 AT1G16830 20.551 472 364 4 35 502 125 589 6.81e-31 127
MsG0680035253.01.T01 AT1G16830 22.026 454 313 4 93 510 113 561 1.15e-26 114
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MsG0680035253.01.T01 AT4G39620 20.000 250 196 2 120 367 205 452 6.52e-13 71.6
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MsG0680035253.01.T01 AT1G63630 28.369 141 101 0 114 254 1 141 1.56e-17 80.1
MsG0680035253.01.T01 AT1G63630 33.019 106 71 0 434 539 6 111 2.02e-13 68.6
MsG0680035253.01.T01 AT1G63630 22.695 141 109 0 44 184 1 141 2.40e-11 62.4
MsG0680035253.01.T01 AT1G63630 26.724 116 85 0 34 149 26 141 5.14e-11 61.6
MsG0680035253.01.T01 AT1G63630 24.427 131 99 0 89 219 11 141 6.11e-11 61.2
MsG0680035253.01.T01 AT3G17370 32.500 200 122 3 87 286 13 199 1.73e-26 107
MsG0680035253.01.T01 AT3G17370 27.861 201 130 4 227 426 13 199 1.32e-24 102
MsG0680035253.01.T01 AT3G17370 29.493 217 134 5 156 370 12 211 1.92e-24 101
MsG0680035253.01.T01 AT3G17370 26.442 208 140 2 250 457 1 195 6.41e-24 100
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MsG0680035253.01.T01 AT1G11290 20.802 524 376 15 33 534 130 636 7.63e-19 90.9
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MsG0680035253.01.T01 AT4G38150 32.331 133 87 1 386 518 117 246 1.43e-15 78.2
MsG0680035253.01.T01 AT4G38150 30.488 164 109 3 179 341 120 279 2.03e-15 77.8
MsG0680035253.01.T01 AT4G38150 24.309 181 132 2 211 391 117 292 7.83e-14 72.8
MsG0680035253.01.T01 AT4G38150 26.543 162 116 1 285 446 121 279 1.08e-13 72.4
MsG0680035253.01.T01 AT4G38150 33.333 114 73 1 425 538 121 231 1.30e-12 69.3
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MsG0680035253.01.T01 AT4G38150 24.309 181 132 2 211 391 117 292 7.83e-14 72.8
MsG0680035253.01.T01 AT4G38150 26.543 162 116 1 285 446 121 279 1.08e-13 72.4
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MsG0680035253.01.T01 AT4G38150 35.484 155 97 1 319 473 120 271 8.95e-24 102
MsG0680035253.01.T01 AT4G38150 30.201 149 101 1 355 503 121 266 5.35e-20 91.3
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MsG0680035253.01.T01 AT1G31430 21.678 429 304 12 85 503 109 515 1.60e-17 86.3
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MsG0680035253.01.T01 AT1G30610 24.384 406 267 7 164 538 475 871 6.39e-23 103
MsG0680035253.01.T01 AT2G27800 26.490 302 176 6 196 486 175 441 7.47e-23 101
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MsG0680035253.01.T01 AT1G06143 22.526 293 211 5 33 324 205 482 1.98e-13 73.6
MsG0680035253.01.T01 AT1G10270 25.414 362 238 8 159 499 217 567 1.25e-21 99.8
MsG0680035253.01.T01 AT1G10270 21.522 381 220 8 200 535 152 498 1.93e-12 70.5
MsG0680035253.01.T01 AT3G13770 23.773 387 271 9 121 499 16 386 1.40e-21 99.0
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MsG0680035253.01.T01 AT5G40405 23.577 369 257 9 11 375 69 416 7.45e-20 93.6
MsG0680035253.01.T01 AT5G40405 21.130 407 270 10 113 517 61 418 4.28e-12 69.3
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MsG0680035253.01.T01 AT5G03560 29.323 133 93 1 409 540 203 335 3.35e-14 74.7
MsG0680035253.01.T01 AT5G03560 28.148 135 96 1 164 297 203 337 1.40e-13 72.8
MsG0680035253.01.T01 AT5G03560 25.954 131 96 1 269 398 203 333 1.39e-12 69.7
MsG0680035253.01.T01 AT2G44880 21.127 426 286 9 73 464 69 478 1.22e-17 86.7
MsG0680035253.01.T01 AT2G18520 25.993 277 195 7 197 470 106 375 1.23e-17 85.9
MsG0680035253.01.T01 AT2G18520 21.317 319 236 6 225 536 27 337 1.25e-17 85.9
MsG0680035253.01.T01 AT2G18520 23.392 342 239 10 22 352 34 363 1.71e-17 85.5
MsG0680035253.01.T01 AT2G18520 22.184 293 215 5 10 300 99 380 2.84e-16 81.6
MsG0680035253.01.T01 AT2G18520 24.800 250 179 6 296 539 28 274 8.55e-15 77.0
MsG0680035253.01.T01 AT2G44880 21.127 426 286 9 73 464 66 475 1.24e-17 86.7
MsG0680035253.01.T01 AT2G44880 21.127 426 286 9 73 464 65 474 1.30e-17 86.7
MsG0680035253.01.T01 AT3G56030 23.923 209 156 1 334 539 126 334 1.35e-17 84.7
MsG0680035253.01.T01 AT3G56030 22.667 225 164 3 221 435 111 335 8.51e-15 76.3
MsG0680035253.01.T01 AT1G11900 27.647 170 122 1 228 396 177 346 1.36e-17 85.1
MsG0680035253.01.T01 AT1G11900 21.071 280 214 3 229 503 71 348 1.15e-16 82.4
MsG0680035253.01.T01 AT1G11900 20.588 272 213 2 196 464 73 344 3.91e-15 77.8
MsG0680035253.01.T01 AT2G44880 21.127 426 286 9 73 464 26 435 1.42e-17 86.3
MsG0680035253.01.T01 AT5G08490 22.366 465 324 14 73 525 279 718 1.48e-17 86.7
MsG0680035253.01.T01 AT2G21090 21.019 471 312 12 78 511 107 554 1.86e-17 86.3
MsG0680035253.01.T01 AT2G21090 21.609 435 286 8 102 535 25 405 3.68e-16 82.0
MsG0680035253.01.T01 AT4G08210 21.348 445 324 9 64 501 245 670 1.88e-17 86.3
MsG0680035253.01.T01 AT4G08210 23.794 311 218 7 189 496 36 330 4.10e-15 79.0
MsG0680035253.01.T01 AT4G08210 20.148 541 369 16 35 534 88 606 1.17e-14 77.4
MsG0680035253.01.T01 AT4G08210 22.840 324 225 8 85 403 374 677 1.64e-13 73.9
MsG0680035253.01.T01 AT4G08210 26.667 195 129 6 347 540 54 235 6.83e-13 72.0
MsG0680035253.01.T01 AT1G56570 20.711 478 331 10 59 534 46 477 1.89e-17 86.3
MsG0680035253.01.T01 AT1G56570 20.000 310 235 6 73 381 198 495 4.26e-13 72.4
MsG0680035253.01.T01 AT1G56570 20.711 478 331 10 59 534 46 477 1.89e-17 86.3
MsG0680035253.01.T01 AT1G56570 20.000 310 235 6 73 381 198 495 4.26e-13 72.4
MsG0680035253.01.T01 AT1G12615 32.867 143 94 1 79 219 1 143 2.85e-17 79.7
MsG0680035253.01.T01 AT1G12615 32.192 146 97 1 289 432 1 146 5.43e-17 79.0
MsG0680035253.01.T01 AT1G12615 32.031 128 85 1 409 534 16 143 6.40e-17 79.0
MsG0680035253.01.T01 AT1G12615 27.586 145 103 1 219 361 1 145 2.36e-13 68.6
MsG0680035253.01.T01 AT1G12615 25.786 159 114 2 359 515 1 157 5.47e-12 64.7
MsG0680035253.01.T01 AT1G12615 27.097 155 109 2 153 305 5 157 1.94e-11 63.2

Find 104 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 122 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TTATCAAAGGTCTTTGTCTT+AGG 0.151684 6:+101120707 MsG0680035253.01.T01:CDS
TGTTACTTATAGTTCTTTAA+TGG 0.179529 6:+101121215 MsG0680035253.01.T01:CDS
CCATTTCAGAATATAAATTA+TGG 0.182284 6:-101120957 None:intergenic
GATCACTTACAGTTCTTTAT+TGG 0.201715 6:+101121530 MsG0680035253.01.T01:CDS
ATTCGCCAAGATTCTCAAAA+TGG 0.210853 6:+101120651 MsG0680035253.01.T01:CDS
TTATACATCGAAACATTTAA+AGG 0.247236 6:-101121729 None:intergenic
GGGAAATAACAGTGTGAAAA+TGG 0.265250 6:-101120522 None:intergenic
ACTACGAAGAAGGAAATTAT+TGG 0.283899 6:-101120353 None:intergenic
TTTAATGGATGGTTATTTCT+TGG 0.290678 6:+101121230 MsG0680035253.01.T01:CDS
ATGTATAATGTGATGGTTAA+TGG 0.302994 6:+101121744 MsG0680035253.01.T01:CDS
CATCTTGATGAGATTAGTTA+TGG 0.303945 6:+101120784 MsG0680035253.01.T01:CDS
GTTTGGTAAGTTACCGCATC+TGG 0.307177 6:-101121837 None:intergenic
TTCCAATTCGGTAAGATCTT+AGG 0.307670 6:+101120481 MsG0680035253.01.T01:CDS
ATAGTAAAGGTATACAAATT+CGG 0.311204 6:-101121102 None:intergenic
ATAGTGTATGTCCACATATT+TGG 0.311846 6:-101121627 None:intergenic
AATCAACTGTTTCTGCCAAC+TGG 0.312683 6:+101120603 MsG0680035253.01.T01:CDS
ACTTACACGACTTTAATATA+TGG 0.321174 6:+101121009 MsG0680035253.01.T01:CDS
ATTGATGGACTTTGCAAATC+AGG 0.321405 6:+101121444 MsG0680035253.01.T01:CDS
CAGGGAGAATCTCTGATGTT+TGG 0.325927 6:+101121463 MsG0680035253.01.T01:CDS
CTTCGTGAAATGATTGTTAG+AGG 0.326354 6:+101121912 MsG0680035253.01.T01:CDS
TAGTAAAGGTATACAAATTC+GGG 0.345956 6:-101121101 None:intergenic
GATAAGTGTATTCAATGTTA+TGG 0.350125 6:-101120689 None:intergenic
ATTCAACACTATGCCTCAAT+TGG 0.353462 6:+101121281 MsG0680035253.01.T01:CDS
GTATTCAATGTTATGGTATC+AGG 0.369078 6:-101120682 None:intergenic
TATCAAAGGTCTTTGTCTTA+GGG 0.369894 6:+101120708 MsG0680035253.01.T01:CDS
ACATACAGTTCACTTATTGA+TGG 0.376437 6:+101121429 MsG0680035253.01.T01:CDS
CCATAATTTATATTCTGAAA+TGG 0.377494 6:+101120957 MsG0680035253.01.T01:CDS
ACAAAGCACAAATAAGAGTT+TGG 0.383295 6:-101121854 None:intergenic
AGGGAGAATCTCTGATGTTT+GGG 0.383335 6:+101121464 MsG0680035253.01.T01:CDS
CAGAGCAGCTCTTGTTTCTC+CGG 0.388023 6:-101120833 None:intergenic
AGATCGATGGGTTGTTGGTT+AGG 0.388136 6:+101120869 MsG0680035253.01.T01:CDS
AACCTAAGATCTTACCGAAT+TGG 0.393514 6:-101120483 None:intergenic
CATTTCAGAATATAAATTAT+GGG 0.395428 6:-101120956 None:intergenic
TGGATTATGTAAGAATAAAA+TGG 0.411390 6:+101121344 MsG0680035253.01.T01:CDS
ACCTTTACTATATTAGTAGA+TGG 0.412774 6:+101121114 MsG0680035253.01.T01:CDS
AGTGTTAGGAGTCATACTTT+TGG 0.414756 6:-101121403 None:intergenic
CATGATGATATTATAGCAAA+GGG 0.420181 6:+101120757 MsG0680035253.01.T01:CDS
CTACGAAGAAGGAAATTATT+GGG 0.424520 6:-101120352 None:intergenic
AACTACAGTATCATGGTTGA+TGG 0.429158 6:+101121324 MsG0680035253.01.T01:CDS
ATATATGGCCTTTGCATTGT+CGG 0.429856 6:+101121024 MsG0680035253.01.T01:CDS
AATATCATCATGAAAGTAAA+GGG 0.429962 6:-101120746 None:intergenic
ATTAGTAGATGGTTTATGTA+AGG 0.432810 6:+101121125 MsG0680035253.01.T01:CDS
ATCTTGATGAGATTAGTTAT+GGG 0.434431 6:+101120785 MsG0680035253.01.T01:CDS
GTGGTGTACATGAGTACATT+AGG 0.435817 6:-101120892 None:intergenic
ACATACACTATACTTGTTGA+TGG 0.447664 6:+101121639 MsG0680035253.01.T01:CDS
GAACTGTATGTGACAGTGTT+AGG 0.447743 6:-101121417 None:intergenic
TGTATAATGTGATGGTTAAT+GGG 0.448359 6:+101121745 MsG0680035253.01.T01:CDS
ACCCCACCCATCTTCCAATT+CGG 0.462493 6:+101120469 MsG0680035253.01.T01:CDS
TTCGCCAAGATTCTCAAAAT+GGG 0.464096 6:+101120652 MsG0680035253.01.T01:CDS
ATACTGTAGTTCTGAACATC+AGG 0.465126 6:-101121312 None:intergenic
GTTATGGGACCTTGATCAAC+GGG 0.465155 6:+101120800 MsG0680035253.01.T01:CDS
AGAAACAAGAGCTGCTCTGC+AGG 0.466478 6:+101120837 MsG0680035253.01.T01:CDS
GAACTATAAGTAACAACATC+AGG 0.475665 6:-101121207 None:intergenic
GAAGTTCGAGTTGTCGAGAA+AGG 0.479095 6:-101120543 None:intergenic
TAATATCATCATGAAAGTAA+AGG 0.480602 6:-101120747 None:intergenic
GTAGATGGTTTATGTAAGGA+AGG 0.481873 6:+101121129 MsG0680035253.01.T01:CDS
TTTACATAACCCGTTGATCA+AGG 0.482476 6:-101120809 None:intergenic
GTCGTGTAAGTGACAACATC+AGG 0.483854 6:-101120997 None:intergenic
CGAAAACAACAAGAATGATA+AGG 0.485597 6:+101121878 MsG0680035253.01.T01:CDS
GATCTTACCGAATTGGAAGA+TGG 0.492873 6:-101120476 None:intergenic
AATTGGAAGATGGGTGGGGT+AGG 0.494521 6:-101120466 None:intergenic
ACTTATAGTTCTTTAATGGA+TGG 0.494819 6:+101121219 MsG0680035253.01.T01:CDS
TTTCATGATCTTCTGACTAA+GGG 0.498047 6:+101121702 MsG0680035253.01.T01:CDS
ATCAACGGGTTATGTAAATC+CGG 0.499929 6:+101120814 MsG0680035253.01.T01:CDS
CTGTAAGTGATCGCATTAGC+TGG 0.505022 6:-101121519 None:intergenic
TTGATGGACTTTGCAAATCA+GGG 0.505171 6:+101121445 MsG0680035253.01.T01:CDS
AAGTTCGAGTTGTCGAGAAA+GGG 0.507587 6:-101120542 None:intergenic
AGGTCTTTGTCTTAGGGGTG+AGG 0.510234 6:+101120714 MsG0680035253.01.T01:CDS
ATCAACTGTTTCTGCCAACT+GGG 0.514578 6:+101120604 MsG0680035253.01.T01:CDS
GGTTAATGGGCTTTGTAAAG+AGG 0.516161 6:+101121758 MsG0680035253.01.T01:CDS
ATTGGAAGATGGGTGGGGTA+GGG 0.521526 6:-101120465 None:intergenic
TTCAACACTATGCCTCAATT+GGG 0.522733 6:+101121282 MsG0680035253.01.T01:CDS
ACCATCTACTAATATAGTAA+AGG 0.523711 6:-101121115 None:intergenic
AATGTAACATACTACGAAGA+AGG 0.525997 6:-101120363 None:intergenic
TACCGAATTGGAAGATGGGT+GGG 0.527547 6:-101120471 None:intergenic
ACATCAAAATTGTGATGTAA+TGG 0.527902 6:-101120400 None:intergenic
GTTAATGGGCTTTGTAAAGA+GGG 0.535797 6:+101121759 MsG0680035253.01.T01:CDS
CAATTGCCTTGTCAACCTGA+TGG 0.536217 6:-101121569 None:intergenic
TCATGATGATATTATAGCAA+AGG 0.537525 6:+101120756 MsG0680035253.01.T01:CDS
CTTGGTTAAAGAAGTGAACA+AGG 0.544300 6:+101121248 MsG0680035253.01.T01:CDS
ATCAAAGGTCTTTGTCTTAG+GGG 0.546216 6:+101120709 MsG0680035253.01.T01:CDS
TTTGGTAAGTTACCGCATCT+GGG 0.553243 6:-101121836 None:intergenic
TGGTTTATGTAAGGAAGGAG+AGG 0.555055 6:+101121134 MsG0680035253.01.T01:CDS
ATCTTACCGAATTGGAAGAT+GGG 0.555253 6:-101120475 None:intergenic
TTAACAAAGATGAAAGATGA+AGG 0.555586 6:+101121597 MsG0680035253.01.T01:CDS
AAGGAATTCAGCCAAATATG+TGG 0.569027 6:+101121616 MsG0680035253.01.T01:CDS
TCAGGAGTCACTCCCAATTG+AGG 0.574450 6:-101121294 None:intergenic
TAAAGAGGGCTTATTTGATG+AGG 0.575123 6:+101121773 MsG0680035253.01.T01:CDS
CATAATTGAGTTGACCCAGT+TGG 0.578117 6:-101120618 None:intergenic
TGTTCAGAACTACAGTATCA+TGG 0.579660 6:+101121317 MsG0680035253.01.T01:CDS
AGTTATGGGACCTTGATCAA+CGG 0.579987 6:+101120799 MsG0680035253.01.T01:CDS
ATAGATGAGATGCATAATAG+AGG 0.580675 6:+101121492 MsG0680035253.01.T01:CDS
TCAATTGACCGACAATGCAA+AGG 0.588252 6:-101121032 None:intergenic
ACCGAATTGGAAGATGGGTG+GGG 0.592722 6:-101120470 None:intergenic
AAGACTTGAGGATGCACAAG+AGG 0.595131 6:+101121677 MsG0680035253.01.T01:CDS
TGTTTCGATGTATAATGTGA+TGG 0.605784 6:+101121737 MsG0680035253.01.T01:CDS
GCATAGACTGTCAATGATTG+TGG 0.617869 6:-101120911 None:intergenic
AATCATTGACAGTCTATGCA+AGG 0.629017 6:+101120915 MsG0680035253.01.T01:CDS
ACATTGAATACACTTATCAA+AGG 0.632522 6:+101120694 MsG0680035253.01.T01:CDS
TTACCGAATTGGAAGATGGG+TGG 0.636612 6:-101120472 None:intergenic
ATTATGTAAGAATAAAATGG+TGG 0.659806 6:+101121347 MsG0680035253.01.T01:CDS
CAATGGTTGTAACCCAGATG+CGG 0.686710 6:+101121824 MsG0680035253.01.T01:CDS
ATGATGATATTATAGCAAAG+GGG 0.691764 6:+101120758 MsG0680035253.01.T01:CDS
CATAGTGTTGAATATATGTG+TGG 0.706556 6:-101121271 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! CATTTCAGAATATAAATTAT+GGG - Chr6:101120959-101120978 None:intergenic 15.0%
!! AATATCATCATGAAAGTAAA+GGG - Chr6:101120749-101120768 None:intergenic 20.0%
!! ATTATGTAAGAATAAAATGG+TGG + Chr6:101121347-101121366 MsG0680035253.01.T01:CDS 20.0%
!! CCATTTCAGAATATAAATTA+TGG - Chr6:101120960-101120979 None:intergenic 20.0%
!! TAATATCATCATGAAAGTAA+AGG - Chr6:101120750-101120769 None:intergenic 20.0%
!! TGGATTATGTAAGAATAAAA+TGG + Chr6:101121344-101121363 MsG0680035253.01.T01:CDS 20.0%
!! TTATACATCGAAACATTTAA+AGG - Chr6:101121732-101121751 None:intergenic 20.0%
!!! AAAATGGTTGATTTTAACAA+GGG - Chr6:101120509-101120528 None:intergenic 20.0%
!!! ATAGTAAAGGTATACAAATT+CGG - Chr6:101121105-101121124 None:intergenic 20.0%
!!! CCATAATTTATATTCTGAAA+TGG + Chr6:101120957-101120976 MsG0680035253.01.T01:CDS 20.0%
!!! TGTTACTTATAGTTCTTTAA+TGG + Chr6:101121215-101121234 MsG0680035253.01.T01:CDS 20.0%
! ACATCAAAATTGTGATGTAA+TGG - Chr6:101120403-101120422 None:intergenic 25.0%
! ACATTGAATACACTTATCAA+AGG + Chr6:101120694-101120713 MsG0680035253.01.T01:CDS 25.0%
! ACCATCTACTAATATAGTAA+AGG - Chr6:101121118-101121137 None:intergenic 25.0%
! ACCTTTACTATATTAGTAGA+TGG + Chr6:101121114-101121133 MsG0680035253.01.T01:CDS 25.0%
! ACTTACACGACTTTAATATA+TGG + Chr6:101121009-101121028 MsG0680035253.01.T01:CDS 25.0%
! ACTTATAGTTCTTTAATGGA+TGG + Chr6:101121219-101121238 MsG0680035253.01.T01:CDS 25.0%
! ATGATGATATTATAGCAAAG+GGG + Chr6:101120758-101120777 MsG0680035253.01.T01:CDS 25.0%
! ATGTATAATGTGATGGTTAA+TGG + Chr6:101121744-101121763 MsG0680035253.01.T01:CDS 25.0%
! ATTAGTAGATGGTTTATGTA+AGG + Chr6:101121125-101121144 MsG0680035253.01.T01:CDS 25.0%
! CATGATGATATTATAGCAAA+GGG + Chr6:101120757-101120776 MsG0680035253.01.T01:CDS 25.0%
! GATAAGTGTATTCAATGTTA+TGG - Chr6:101120692-101120711 None:intergenic 25.0%
! TCATGATGATATTATAGCAA+AGG + Chr6:101120756-101120775 MsG0680035253.01.T01:CDS 25.0%
! TGTATAATGTGATGGTTAAT+GGG + Chr6:101121745-101121764 MsG0680035253.01.T01:CDS 25.0%
! TTAACAAAGATGAAAGATGA+AGG + Chr6:101121597-101121616 MsG0680035253.01.T01:CDS 25.0%
!! ATCTTGATGAGATTAGTTAT+GGG + Chr6:101120785-101120804 MsG0680035253.01.T01:CDS 25.0%
!! TAGTAAAGGTATACAAATTC+GGG - Chr6:101121104-101121123 None:intergenic 25.0%
!!! GAAAATGGTTGATTTTAACA+AGG - Chr6:101120510-101120529 None:intergenic 25.0%
!!! TTTAATGGATGGTTATTTCT+TGG + Chr6:101121230-101121249 MsG0680035253.01.T01:CDS 25.0%
AATGTAACATACTACGAAGA+AGG - Chr6:101120366-101120385 None:intergenic 30.0%
ACAAAGCACAAATAAGAGTT+TGG - Chr6:101121857-101121876 None:intergenic 30.0%
ACATACAGTTCACTTATTGA+TGG + Chr6:101121429-101121448 MsG0680035253.01.T01:CDS 30.0%
ACTACGAAGAAGGAAATTAT+TGG - Chr6:101120356-101120375 None:intergenic 30.0%
AGGTTCTTAAAAAGATCGAT+GGG + Chr6:101120857-101120876 MsG0680035253.01.T01:CDS 30.0%
ATAGATGAGATGCATAATAG+AGG + Chr6:101121492-101121511 MsG0680035253.01.T01:CDS 30.0%
ATAGTGTATGTCCACATATT+TGG - Chr6:101121630-101121649 None:intergenic 30.0%
ATTGTCCTTACTGTCAAAAA+TGG + Chr6:101121797-101121816 MsG0680035253.01.T01:CDS 30.0%
CGAAAACAACAAGAATGATA+AGG + Chr6:101121878-101121897 MsG0680035253.01.T01:CDS 30.0%
CTACGAAGAAGGAAATTATT+GGG - Chr6:101120355-101120374 None:intergenic 30.0%
GAACTATAAGTAACAACATC+AGG - Chr6:101121210-101121229 None:intergenic 30.0%
GATCACTTACAGTTCTTTAT+TGG + Chr6:101121530-101121549 MsG0680035253.01.T01:CDS 30.0%
GTATTCAATGTTATGGTATC+AGG - Chr6:101120685-101120704 None:intergenic 30.0%
TATCAAAGGTCTTTGTCTTA+GGG + Chr6:101120708-101120727 MsG0680035253.01.T01:CDS 30.0%
TGTTATGAAAAAACATGGTG+TGG + Chr6:101121182-101121201 MsG0680035253.01.T01:CDS 30.0%
TGTTTCGATGTATAATGTGA+TGG + Chr6:101121737-101121756 MsG0680035253.01.T01:CDS 30.0%
TTATCAAAGGTCTTTGTCTT+AGG + Chr6:101120707-101120726 MsG0680035253.01.T01:CDS 30.0%
TTGGCTGTTATGAAAAAACA+TGG + Chr6:101121177-101121196 MsG0680035253.01.T01:CDS 30.0%
TTTCATGATCTTCTGACTAA+GGG + Chr6:101121702-101121721 MsG0680035253.01.T01:CDS 30.0%
! ACATACACTATACTTGTTGA+TGG + Chr6:101121639-101121658 MsG0680035253.01.T01:CDS 30.0%
! CATAGTGTTGAATATATGTG+TGG - Chr6:101121274-101121293 None:intergenic 30.0%
! CATCTTGATGAGATTAGTTA+TGG + Chr6:101120784-101120803 MsG0680035253.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTCATGATCTTCTGACTA+AGG + Chr6:101121701-101121720 MsG0680035253.01.T01:CDS 30.0%
!! ATAACCCATTTTGAGAATCT+TGG - Chr6:101120659-101120678 None:intergenic 30.0%
AACCTAAGATCTTACCGAAT+TGG - Chr6:101120486-101120505 None:intergenic 35.0%
AACTACAGTATCATGGTTGA+TGG + Chr6:101121324-101121343 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
AAGGAATTCAGCCAAATATG+TGG + Chr6:101121616-101121635 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
AATCATTGACAGTCTATGCA+AGG + Chr6:101120915-101120934 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
ATATATGGCCTTTGCATTGT+CGG + Chr6:101121024-101121043 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
ATCAAAGGTCTTTGTCTTAG+GGG + Chr6:101120709-101120728 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
ATCTTACCGAATTGGAAGAT+GGG - Chr6:101120478-101120497 None:intergenic 35.0%
ATGCAAAAATGGAAGACTTG+AGG + Chr6:101121665-101121684 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
ATTCAACACTATGCCTCAAT+TGG + Chr6:101121281-101121300 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
ATTCGCCAAGATTCTCAAAA+TGG + Chr6:101120651-101120670 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
CAGGTTCTTAAAAAGATCGA+TGG + Chr6:101120856-101120875 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
CTGTCAAAAATGGAAGACAA+TGG + Chr6:101121807-101121826 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
CTTCGTGAAATGATTGTTAG+AGG + Chr6:101121912-101121931 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
CTTGGTTAAAGAAGTGAACA+AGG + Chr6:101121248-101121267 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
GGGAAATAACAGTGTGAAAA+TGG - Chr6:101120525-101120544 None:intergenic 35.0%
GTAGATGGTTTATGTAAGGA+AGG + Chr6:101121129-101121148 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
TAAAGAGGGCTTATTTGATG+AGG + Chr6:101121773-101121792 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
TGTTCAGAACTACAGTATCA+TGG + Chr6:101121317-101121336 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
TTCAACACTATGCCTCAATT+GGG + Chr6:101121282-101121301 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
TTCCAATTCGGTAAGATCTT+AGG + Chr6:101120481-101120500 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
TTCGCCAAGATTCTCAAAAT+GGG + Chr6:101120652-101120671 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
TTTACATAACCCGTTGATCA+AGG - Chr6:101120812-101120831 None:intergenic 35.0%
! AGTGTTAGGAGTCATACTTT+TGG - Chr6:101121406-101121425 None:intergenic 35.0%
! GAAAAAAGCTAGAAGTGTGT+TGG + Chr6:101121158-101121177 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
!! ATACTGTAGTTCTGAACATC+AGG - Chr6:101121315-101121334 None:intergenic 35.0%
!! ATCAACGGGTTATGTAAATC+CGG + Chr6:101120814-101120833 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
!! ATTGATGGACTTTGCAAATC+AGG + Chr6:101121444-101121463 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
!! GTCTTCCATTTTTGACAGTA+AGG - Chr6:101121805-101121824 None:intergenic 35.0%
!! GTTAATGGGCTTTGTAAAGA+GGG + Chr6:101121759-101121778 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
!! GTTGATGGACTATGCAAAAA+TGG + Chr6:101121654-101121673 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
!! TAAAAAGATCGATGGGTTGT+TGG + Chr6:101120864-101120883 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
!! TTGATGGACTTTGCAAATCA+GGG + Chr6:101121445-101121464 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
!!! TGTTGTCTTTTTCAAGGCTA+AGG + Chr6:101120323-101120342 MsG0680035253.01.T01:CDS 35.0%
AGGGAGAATCTCTGATGTTT+GGG + Chr6:101121464-101121483 MsG0680035253.01.T01:CDS 40.0%
AGTTATGGGACCTTGATCAA+CGG + Chr6:101120799-101120818 MsG0680035253.01.T01:CDS 40.0%
GAACTGTATGTGACAGTGTT+AGG - Chr6:101121420-101121439 None:intergenic 40.0%
GATCTTACCGAATTGGAAGA+TGG - Chr6:101120479-101120498 None:intergenic 40.0%
GCATAGACTGTCAATGATTG+TGG - Chr6:101120914-101120933 None:intergenic 40.0%
GTGGTGTACATGAGTACATT+AGG - Chr6:101120895-101120914 None:intergenic 40.0%
TCAATTGACCGACAATGCAA+AGG - Chr6:101121035-101121054 None:intergenic 40.0%
TGCTTTGTGCAAAAACCATC+AGG + Chr6:101121554-101121573 MsG0680035253.01.T01:CDS 40.0%
TGGTTTATGTAAGGAAGGAG+AGG + Chr6:101121134-101121153 MsG0680035253.01.T01:CDS 40.0%
TTTGGTAAGTTACCGCATCT+GGG - Chr6:101121839-101121858 None:intergenic 40.0%
!! AAGTTCGAGTTGTCGAGAAA+GGG - Chr6:101120545-101120564 None:intergenic 40.0%
!! AATCAACTGTTTCTGCCAAC+TGG + Chr6:101120603-101120622 MsG0680035253.01.T01:CDS 40.0%
!! ATCAACTGTTTCTGCCAACT+GGG + Chr6:101120604-101120623 MsG0680035253.01.T01:CDS 40.0%
!! CAAAAACCATCAGGTTGACA+AGG + Chr6:101121563-101121582 MsG0680035253.01.T01:CDS 40.0%
!! CATAATTGAGTTGACCCAGT+TGG - Chr6:101120621-101120640 None:intergenic 40.0%
!! GGTTAATGGGCTTTGTAAAG+AGG + Chr6:101121758-101121777 MsG0680035253.01.T01:CDS 40.0%
AAGACTTGAGGATGCACAAG+AGG + Chr6:101121677-101121696 MsG0680035253.01.T01:CDS 45.0%
CAATGGTTGTAACCCAGATG+CGG + Chr6:101121824-101121843 MsG0680035253.01.T01:CDS 45.0%
CAATTGCCTTGTCAACCTGA+TGG - Chr6:101121572-101121591 None:intergenic 45.0%
CAGGGAGAATCTCTGATGTT+TGG + Chr6:101121463-101121482 MsG0680035253.01.T01:CDS 45.0%
CTGTAAGTGATCGCATTAGC+TGG - Chr6:101121522-101121541 None:intergenic 45.0%
GTCGTGTAAGTGACAACATC+AGG - Chr6:101121000-101121019 None:intergenic 45.0%
GTTATGGGACCTTGATCAAC+GGG + Chr6:101120800-101120819 MsG0680035253.01.T01:CDS 45.0%
GTTTGGTAAGTTACCGCATC+TGG - Chr6:101121840-101121859 None:intergenic 45.0%
TACCGAATTGGAAGATGGGT+GGG - Chr6:101120474-101120493 None:intergenic 45.0%
TTACCGAATTGGAAGATGGG+TGG - Chr6:101120475-101120494 None:intergenic 45.0%
!! AGATCGATGGGTTGTTGGTT+AGG + Chr6:101120869-101120888 MsG0680035253.01.T01:CDS 45.0%
!! GAAGTTCGAGTTGTCGAGAA+AGG - Chr6:101120546-101120565 None:intergenic 45.0%
AATTGGAAGATGGGTGGGGT+AGG - Chr6:101120469-101120488 None:intergenic 50.0%
ACCCCACCCATCTTCCAATT+CGG + Chr6:101120469-101120488 MsG0680035253.01.T01:CDS 50.0%
ACCGAATTGGAAGATGGGTG+GGG - Chr6:101120473-101120492 None:intergenic 50.0%
AGAAACAAGAGCTGCTCTGC+AGG + Chr6:101120837-101120856 MsG0680035253.01.T01:CDS 50.0%
AGGTCTTTGTCTTAGGGGTG+AGG + Chr6:101120714-101120733 MsG0680035253.01.T01:CDS 50.0%
ATTGGAAGATGGGTGGGGTA+GGG - Chr6:101120468-101120487 None:intergenic 50.0%
TCAGGAGTCACTCCCAATTG+AGG - Chr6:101121297-101121316 None:intergenic 50.0%
! CAGAGCAGCTCTTGTTTCTC+CGG - Chr6:101120836-101120855 None:intergenic 50.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 101120322 101121944 101120322 ID=MsG0680035253.01;Name=MsG0680035253.01
Chr6 mRNA 101120322 101121944 101120322 ID=MsG0680035253.01.T01;Parent=MsG0680035253.01;Name=MsG0680035253.01.T01;_AED=0.09;_eAED=0.09;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|540
Chr6 exon 101120322 101121944 101120322 ID=MsG0680035253.01.T01:exon:10553;Parent=MsG0680035253.01.T01
Chr6 CDS 101120322 101121944 101120322 ID=MsG0680035253.01.T01:cds;Parent=MsG0680035253.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680035253.01.T01

ATGTTGTCTTTTTCAAGGCTAAGGTACATTCCCAATAATTTCCTTCTTCGTAGTATGTTACATTCTCATGCTCATTCACCATTACATCACAATTTTGATGTTGATGATGCTGTTTCATCATTCAATCACATGCTCAATATGAACCCTACCCCACCCATCTTCCAATTCGGTAAGATCTTAGGTTCCCTTGTTAAAATCAACCATTTTCACACTGTTATTTCCCTTTCTCGACAACTCGAACTTCGAGAAATTCAAACTGATATTGTTAATTTGAACATGTTAATCAACTGTTTCTGCCAACTGGGTCAACTCAATTATGCATTTTCTGTATTCGCCAAGATTCTCAAAATGGGTTATCAGCCTGATACCATAACATTGAATACACTTATCAAAGGTCTTTGTCTTAGGGGTGAGGTTAAGAAAGCCCTTTACTTTCATGATGATATTATAGCAAAGGGGTTTCATCTTGATGAGATTAGTTATGGGACCTTGATCAACGGGTTATGTAAATCCGGAGAAACAAGAGCTGCTCTGCAGGTTCTTAAAAAGATCGATGGGTTGTTGGTTAGGCCTAATGTACTCATGTACACCACAATCATTGACAGTCTATGCAAGGATAAGCTTGTAAGTGATGCCCATAATTTATATTCTGAAATGGTTGTCAAGAGAATTTTTCCTGATGTTGTCACTTACACGACTTTAATATATGGCCTTTGCATTGTCGGTCAATTGAAAGAAGCAGTTTGTTTGTTCAATGAAATGTTGTCAAAAAACATAAACCCGAATTTGTATACCTTTACTATATTAGTAGATGGTTTATGTAAGGAAGGAGAGGTGAAAAAAGCTAGAAGTGTGTTGGCTGTTATGAAAAAACATGGTGTGGAACCTGATGTTGTTACTTATAGTTCTTTAATGGATGGTTATTTCTTGGTTAAAGAAGTGAACAAGGCCACACATATATTCAACACTATGCCTCAATTGGGAGTGACTCCTGATGTTCAGAACTACAGTATCATGGTTGATGGATTATGTAAGAATAAAATGGTGGATGAAGCTGTGATTCTCTTTAAAGAAATGCATTCCAAAAGTATGACTCCTAACACTGTCACATACAGTTCACTTATTGATGGACTTTGCAAATCAGGGAGAATCTCTGATGTTTGGGATCTTATAGATGAGATGCATAATAGAGGTCAACCAGCTAATGCGATCACTTACAGTTCTTTATTGGATGCTTTGTGCAAAAACCATCAGGTTGACAAGGCAATTGCGTTGTTAACAAAGATGAAAGATGAAGGAATTCAGCCAAATATGTGGACATACACTATACTTGTTGATGGACTATGCAAAAATGGAAGACTTGAGGATGCACAAGAGGTTTTTCATGATCTTCTGACTAAGGGTTATCCTTTAAATGTTTCGATGTATAATGTGATGGTTAATGGGCTTTGTAAAGAGGGCTTATTTGATGAGGCATTGTCCTTACTGTCAAAAATGGAAGACAATGGTTGTAACCCAGATGCGGTAACTTACCAAACTCTTATTTGTGCTTTGTTCGAAAACAACAAGAATGATAAGGCTGTTAAACTTCTTCGTGAAATGATTGTTAGAGGTCTACTTTAA
Protein sequence

>MsG0680035253.01.T01

MLSFSRLRYIPNNFLLRSMLHSHAHSPLHHNFDVDDAVSSFNHMLNMNPTPPIFQFGKILGSLVKINHFHTVISLSRQLELREIQTDIVNLNMLINCFCQLGQLNYAFSVFAKILKMGYQPDTITLNTLIKGLCLRGEVKKALYFHDDIIAKGFHLDEISYGTLINGLCKSGETRAALQVLKKIDGLLVRPNVLMYTTIIDSLCKDKLVSDAHNLYSEMVVKRIFPDVVTYTTLIYGLCIVGQLKEAVCLFNEMLSKNINPNLYTFTILVDGLCKEGEVKKARSVLAVMKKHGVEPDVVTYSSLMDGYFLVKEVNKATHIFNTMPQLGVTPDVQNYSIMVDGLCKNKMVDEAVILFKEMHSKSMTPNTVTYSSLIDGLCKSGRISDVWDLIDEMHNRGQPANAITYSSLLDALCKNHQVDKAIALLTKMKDEGIQPNMWTYTILVDGLCKNGRLEDAQEVFHDLLTKGYPLNVSMYNVMVNGLCKEGLFDEALSLLSKMEDNGCNPDAVTYQTLICALFENNKNDKAVKLLREMIVRGLL*