AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680033170.01

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MsG0680033170.01.T01 AT5G39710 31.250 240 129 1 291 494 137 376 9.05e-37 144
MsG0680033170.01.T01 AT5G39710 29.845 258 165 3 4 246 447 703 1.58e-30 126
MsG0680033170.01.T01 AT1G63230 38.801 317 190 1 69 385 1 313 3.98e-80 253
MsG0680033170.01.T01 AT1G63230 32.278 316 210 1 104 419 1 312 9.70e-50 173
MsG0680033170.01.T01 AT1G63230 29.747 316 218 1 174 489 1 312 3.22e-49 172
MsG0680033170.01.T01 AT1G63230 28.617 311 218 1 145 455 7 313 3.56e-46 164
MsG0680033170.01.T01 AT1G63230 32.168 286 190 1 209 494 1 282 1.17e-45 162
MsG0680033170.01.T01 AT1G63230 33.730 252 163 2 244 495 1 248 3.58e-42 153
MsG0680033170.01.T01 AT1G63230 29.437 231 162 1 7 237 76 305 2.30e-31 123
MsG0680033170.01.T01 AT1G63230 26.165 279 201 2 3 281 41 314 4.99e-30 120
MsG0680033170.01.T01 AT1G74580 31.772 491 325 4 10 495 219 704 1.11e-79 264
MsG0680033170.01.T01 AT1G74580 29.268 492 346 2 4 494 143 633 9.38e-69 234
MsG0680033170.01.T01 AT1G74580 27.629 485 350 1 5 489 109 592 2.65e-66 228
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MsG0680033170.01.T01 AT2G39230 25.977 512 331 6 6 476 344 848 1.91e-51 187
MsG0680033170.01.T01 AT2G39230 25.056 447 332 3 49 493 175 620 1.18e-42 162
MsG0680033170.01.T01 AT2G39230 25.284 352 245 5 152 494 173 515 5.62e-29 121
MsG0680033170.01.T01 AT2G39230 23.704 270 205 1 220 488 171 440 6.82e-22 100
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MsG0680033170.01.T01 AT1G13630 29.508 427 288 2 32 445 316 742 1.50e-62 218
MsG0680033170.01.T01 AT1G13630 25.704 533 347 6 10 494 190 721 1.06e-59 210
MsG0680033170.01.T01 AT1G13630 32.283 381 257 1 115 494 189 569 9.41e-55 196
MsG0680033170.01.T01 AT1G13630 27.492 331 224 4 170 495 111 430 1.31e-34 138
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MsG0680033170.01.T01 AT5G61400 28.602 472 334 1 24 495 148 616 3.98e-62 214
MsG0680033170.01.T01 AT5G61400 27.577 388 280 1 5 392 267 653 7.34e-45 167
MsG0680033170.01.T01 AT5G61400 25.723 346 201 6 200 489 55 400 4.35e-26 112
MsG0680033170.01.T01 AT1G19290 27.400 573 307 4 32 495 285 857 2.79e-62 219
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MsG0680033170.01.T01 AT4G20090 28.315 279 160 2 255 493 79 357 6.65e-28 118
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MsG0680033170.01.T01 AT1G79540 26.097 433 280 2 102 494 116 548 4.68e-48 177
MsG0680033170.01.T01 AT1G79540 29.363 361 246 2 134 489 113 469 1.79e-43 164
MsG0680033170.01.T01 AT1G79540 29.080 337 238 1 154 489 98 434 1.60e-42 161
MsG0680033170.01.T01 AT1G79540 23.425 508 313 5 4 438 230 734 2.01e-34 137
MsG0680033170.01.T01 AT1G79540 27.240 279 194 2 221 494 95 369 2.87e-26 113
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MsG0680033170.01.T01 AT5G38730 24.373 279 204 4 219 494 64 338 1.38e-19 92.4
MsG0680033170.01.T01 AT5G38730 21.583 278 183 2 22 299 321 563 2.83e-11 66.2
MsG0680033170.01.T01 AT5G46100 31.412 347 229 3 62 400 105 450 1.24e-50 179
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MsG0680033170.01.T01 AT3G59040 25.876 371 269 2 48 415 151 518 3.30e-40 153
MsG0680033170.01.T01 AT3G59040 22.857 420 304 6 76 485 109 518 7.28e-33 132
MsG0680033170.01.T01 AT3G59040 21.975 314 239 2 184 494 147 457 1.04e-26 114
MsG0680033170.01.T01 AT3G59040 20.085 234 187 0 7 240 285 518 3.98e-11 65.9
MsG0680033170.01.T01 AT1G53330 29.932 294 204 2 181 473 46 338 3.86e-40 149
MsG0680033170.01.T01 AT1G53330 30.065 306 212 2 112 416 47 351 1.30e-38 144
MsG0680033170.01.T01 AT1G53330 26.891 357 221 7 40 393 45 364 1.36e-33 130
MsG0680033170.01.T01 AT1G53330 30.000 250 170 2 215 461 45 292 6.17e-29 117
MsG0680033170.01.T01 AT1G53330 27.757 263 185 2 232 493 31 289 8.85e-29 117
MsG0680033170.01.T01 AT1G53330 25.159 314 226 3 6 311 39 351 2.47e-27 113
MsG0680033170.01.T01 AT1G53330 32.000 175 118 1 321 494 46 220 3.40e-21 95.5
MsG0680033170.01.T01 AT5G50280 25.570 395 292 2 77 469 272 666 5.85e-40 154
MsG0680033170.01.T01 AT5G50280 27.635 351 240 6 147 489 272 616 7.99e-34 135
MsG0680033170.01.T01 AT5G50280 21.538 390 269 2 62 414 292 681 3.35e-27 116
MsG0680033170.01.T01 AT5G50280 22.409 357 276 1 13 368 314 670 1.09e-26 114
MsG0680033170.01.T01 AT5G50280 20.417 240 191 0 5 244 447 686 4.54e-13 72.0
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MsG0680033170.01.T01 AT2G17670 23.669 169 128 1 30 197 181 349 4.29e-12 67.8
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MsG0680033170.01.T01 AT5G11310 24.176 455 293 12 39 480 133 548 1.63e-30 125
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MsG0680033170.01.T01 AT1G74750 26.403 303 207 4 10 299 362 661 1.38e-23 105
MsG0680033170.01.T01 AT1G74750 24.585 301 224 1 30 330 349 646 4.94e-23 103
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MsG0680033170.01.T01 AT1G63630 28.169 142 102 0 174 315 1 142 3.88e-21 90.5
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MsG0680033170.01.T01 AT1G63630 26.471 136 99 1 5 140 8 142 4.99e-13 67.0
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MsG0680033170.01.T01 AT3G49240 22.517 302 216 7 179 466 161 458 4.19e-18 87.8
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MsG0680033170.01.T01 AT3G13150 28.141 199 142 1 250 447 154 352 1.67e-22 101
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MsG0680033170.01.T01 AT2G38420 23.653 334 206 7 205 494 59 387 4.31e-19 90.1
MsG0680033170.01.T01 AT2G38420 21.086 313 245 1 1 311 137 449 2.32e-14 75.5
MsG0680033170.01.T01 AT5G43820 22.739 387 298 1 100 486 138 523 3.26e-27 115
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MsG0680033170.01.T01 AT5G43820 26.415 212 155 1 284 495 182 392 5.60e-20 93.6
MsG0680033170.01.T01 AT5G43820 24.599 187 136 3 290 473 116 300 3.04e-11 66.2
MsG0680033170.01.T01 AT3G14580 28.139 231 166 0 265 495 144 374 6.82e-27 112
MsG0680033170.01.T01 AT3G14580 23.529 255 195 0 233 487 147 401 1.76e-22 99.8
MsG0680033170.01.T01 AT3G14580 30.319 188 131 0 144 331 198 385 6.13e-21 95.1
MsG0680033170.01.T01 AT3G14580 25.532 235 174 1 190 424 140 373 9.82e-20 91.7
MsG0680033170.01.T01 AT3G14580 25.738 237 174 1 34 270 158 392 9.26e-19 88.6
MsG0680033170.01.T01 AT3G14580 22.685 216 167 0 181 396 165 380 1.28e-17 85.5
MsG0680033170.01.T01 AT3G14580 26.522 230 166 3 49 276 137 365 2.85e-17 84.3
MsG0680033170.01.T01 AT3G14580 24.783 230 166 3 152 377 171 397 3.21e-17 84.0
MsG0680033170.01.T01 AT3G14580 24.757 206 154 1 5 210 165 369 4.68e-15 77.4
MsG0680033170.01.T01 AT3G24000 22.378 429 301 11 39 459 91 495 8.38e-27 114
MsG0680033170.01.T01 AT3G24000 23.143 350 255 4 143 491 90 426 5.65e-18 87.4
MsG0680033170.01.T01 AT1G32415 22.122 556 323 13 7 489 77 595 8.78e-27 114
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MsG0680033170.01.T01 AT4G33990 23.810 483 305 15 49 494 92 548 7.89e-18 87.4
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MsG0680033170.01.T01 AT3G61170 19.599 449 275 8 112 489 89 522 7.26e-11 65.1
MsG0680033170.01.T01 AT1G69350 22.013 477 320 7 42 483 166 625 3.85e-22 100
MsG0680033170.01.T01 AT1G69350 22.967 492 314 14 10 494 103 536 2.79e-18 88.6
MsG0680033170.01.T01 AT1G69350 20.465 430 311 10 37 459 332 737 4.41e-13 72.4
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MsG0680033170.01.T01 AT1G30610 22.506 391 249 10 2 381 588 935 7.10e-12 68.6
MsG0680033170.01.T01 AT1G30610 20.792 505 331 13 4 461 427 909 1.25e-11 67.8
MsG0680033170.01.T01 AT2G02980 23.718 312 229 3 181 491 92 395 6.21e-22 99.8
MsG0680033170.01.T01 AT2G02980 21.292 418 280 6 6 420 55 426 1.40e-18 89.4
MsG0680033170.01.T01 AT3G25060 25.212 353 242 7 38 385 146 481 6.52e-22 99.8
MsG0680033170.01.T01 AT2G27800 28.767 219 138 5 186 389 210 425 8.90e-22 98.2
MsG0680033170.01.T01 AT2G27800 27.907 215 136 5 291 490 210 420 1.29e-16 82.4
MsG0680033170.01.T01 AT2G27800 27.237 257 172 7 251 493 134 389 4.11e-15 77.8
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MsG0680033170.01.T01 AT4G18840 26.420 352 214 9 171 489 92 431 2.60e-20 94.4
MsG0680033170.01.T01 AT4G18840 25.743 202 144 3 42 241 267 464 4.20e-13 72.0
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MsG0680033170.01.T01 AT2G44880 21.140 421 277 10 35 419 75 476 2.66e-20 94.7
MsG0680033170.01.T01 AT2G44880 21.140 421 277 10 35 419 73 474 2.67e-20 94.7
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MsG0680033170.01.T01 AT1G31430 22.615 283 205 6 181 462 9 278 9.42e-13 70.9
MsG0680033170.01.T01 AT1G31430 21.147 279 214 3 42 319 243 516 3.72e-11 65.9
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MsG0680033170.01.T01 AT3G46610 21.976 496 319 11 10 473 149 608 5.45e-20 94.0
MsG0680033170.01.T01 AT3G46610 18.901 455 334 4 13 435 189 640 1.05e-16 83.6
MsG0680033170.01.T01 AT5G40405 22.546 377 272 9 28 400 56 416 5.68e-20 93.6
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MsG0680033170.01.T01 AT1G30610 23.131 428 259 9 98 493 454 843 5.88e-20 94.0
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MsG0680033170.01.T01 AT3G14730 22.684 313 199 5 183 495 126 395 1.95e-14 76.3
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MsG0680033170.01.T01 AT4G16835 23.662 355 237 11 125 475 73 397 1.35e-18 89.4
MsG0680033170.01.T01 AT4G16835 22.287 341 235 9 152 490 65 377 5.01e-15 78.2
MsG0680033170.01.T01 AT4G16835 24.194 310 212 8 72 374 243 536 1.47e-11 67.4
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MsG0680033170.01.T01 AT3G14330 23.867 331 235 6 130 459 257 571 4.87e-19 90.9
MsG0680033170.01.T01 AT3G22150 22.296 453 284 13 53 494 363 758 4.92e-19 91.3
MsG0680033170.01.T01 AT3G22150 20.367 491 332 11 40 489 176 648 2.16e-17 85.9
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MsG0680033170.01.T01 AT3G22150 22.296 453 284 13 53 494 363 758 4.92e-19 91.3
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MsG0680033170.01.T01 AT3G22150 22.222 333 246 7 42 372 383 704 1.01e-13 74.3
MsG0680033170.01.T01 AT5G59600 23.636 330 240 3 164 493 67 384 5.37e-19 90.5
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MsG0680033170.01.T01 AT3G53360 20.524 458 305 9 77 494 132 570 1.14e-18 89.7
MsG0680033170.01.T01 AT3G53360 22.581 372 241 9 49 419 311 636 2.24e-16 82.8
MsG0680033170.01.T01 AT3G53360 21.326 347 259 6 28 372 321 655 2.34e-16 82.8
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MsG0680033170.01.T01 AT2G13600 19.168 553 361 10 10 492 22 558 5.95e-17 84.3
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MsG0680033170.01.T01 AT3G49142 19.575 424 321 9 3 419 62 472 3.75e-13 72.4
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MsG0680033170.01.T01 AT2G27610 20.000 310 234 6 77 384 361 658 1.13e-12 71.2
MsG0680033170.01.T01 AT3G02330 20.739 352 242 6 40 384 445 766 1.38e-17 86.7
MsG0680033170.01.T01 AT3G02330 22.561 492 335 14 8 475 247 716 8.78e-17 84.0
MsG0680033170.01.T01 AT3G02330 21.185 439 302 10 38 470 210 610 1.55e-13 73.9
MsG0680033170.01.T01 AT3G02330 18.734 379 279 6 42 419 416 766 1.29e-12 70.9
MsG0680033170.01.T01 AT3G48250 30.058 173 120 1 318 489 365 537 1.47e-17 86.3
MsG0680033170.01.T01 AT3G48250 26.071 280 198 4 182 455 262 538 2.35e-17 85.5
MsG0680033170.01.T01 AT3G48250 19.585 337 263 4 6 339 262 593 1.79e-12 70.1
MsG0680033170.01.T01 AT3G48250 22.596 208 124 2 324 494 264 471 7.35e-11 65.1
MsG0680033170.01.T01 AT3G49710 20.717 502 353 13 5 491 72 543 2.62e-17 85.5
MsG0680033170.01.T01 AT1G50270 21.065 432 291 6 60 489 86 469 2.67e-17 85.1
MsG0680033170.01.T01 AT1G16480 21.648 522 314 14 29 475 160 661 2.99e-17 85.5
MsG0680033170.01.T01 AT1G16480 18.527 448 334 11 32 472 303 726 2.72e-12 70.1
MsG0680033170.01.T01 AT3G15130 23.587 407 241 10 124 490 30 406 3.20e-17 85.1
MsG0680033170.01.T01 AT3G15130 20.563 462 303 11 42 492 71 479 1.37e-14 77.0
MsG0680033170.01.T01 AT3G51320 24.058 345 241 7 62 401 102 430 3.31e-17 84.7
MsG0680033170.01.T01 AT3G51320 24.126 286 201 4 187 470 87 358 3.41e-11 65.9
MsG0680033170.01.T01 AT5G43790 23.370 368 222 11 132 454 59 411 3.52e-17 84.3
MsG0680033170.01.T01 AT5G27110 18.511 497 359 6 10 473 74 557 3.67e-17 85.1
MsG0680033170.01.T01 AT5G27110 19.917 482 314 12 42 459 172 645 3.90e-17 85.1
MsG0680033170.01.T01 AT1G16480 21.648 522 314 14 29 475 177 678 4.34e-17 85.1
MsG0680033170.01.T01 AT1G16480 18.527 448 334 11 32 472 320 743 3.05e-12 69.7
MsG0680033170.01.T01 AT4G20770 19.473 493 368 9 5 485 203 678 6.21e-17 84.3
MsG0680033170.01.T01 AT4G31070 21.121 464 331 12 3 453 49 490 8.25e-17 84.0
MsG0680033170.01.T01 AT4G31070 21.121 464 331 12 3 453 49 490 8.25e-17 84.0
MsG0680033170.01.T01 AT1G71490 22.197 446 315 11 28 462 195 619 9.25e-17 84.0
MsG0680033170.01.T01 AT1G71490 23.325 403 289 10 64 461 130 517 1.41e-16 83.2
MsG0680033170.01.T01 AT1G71490 25.517 290 200 6 186 471 112 389 1.12e-12 70.9

Find 97 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 109 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AGCTATAATATTATTATTAA+TGG 0.112092 6:-58413688 MsG0680033170.01.T01:CDS
ATCAAAGGTTTGTGTCTTAA+TGG 0.169149 6:-58414303 MsG0680033170.01.T01:CDS
ATTAATTGTTATTGCCATTT+AGG 0.190878 6:-58414408 MsG0680033170.01.T01:CDS
GATCAATGGATTATGTAAAA+TGG 0.195404 6:-58414199 MsG0680033170.01.T01:CDS
AGAAATTCATTTGACCTAAA+TGG 0.201288 6:+58414394 None:intergenic
GAATTATAAGTTACCTTATC+AGG 0.234284 6:+58413595 None:intergenic
TGTTACATATAATACATTAA+TGG 0.273502 6:-58413797 MsG0680033170.01.T01:CDS
GTAGTCAAGGTTATGATATC+TGG 0.289268 6:+58414330 None:intergenic
AAGGCGAATTGAAGGAAAAT+TGG 0.315088 6:-58414148 MsG0680033170.01.T01:CDS
TCCCTTGGATTCCATTTGTC+TGG 0.341443 6:+58414464 None:intergenic
CCTAGTTAATGAAGTCAATA+AGG 0.354886 6:-58413764 MsG0680033170.01.T01:CDS
ACTTATAATTCTCTCATTGA+TGG 0.356275 6:-58413583 MsG0680033170.01.T01:CDS
CTTCGTGAAATGATCATTAG+AGG 0.368359 6:-58413100 MsG0680033170.01.T01:CDS
AACAAGGGAAGTTAAGATCT+TGG 0.387178 6:+58414524 None:intergenic
ATTTGGTTTGTTCCGTGAAA+TGG 0.388354 6:-58413950 MsG0680033170.01.T01:CDS
ACATACAATATACTTATTGA+TGG 0.394616 6:-58413373 MsG0680033170.01.T01:CDS
ATCTATGGATATTGCATTGT+TGG 0.397760 6:-58413988 MsG0680033170.01.T01:CDS
CCTTATTGACTTCATTAACT+AGG 0.398552 6:+58413764 None:intergenic
TCTTTCCCTTTCCAGACAAA+TGG 0.399829 6:-58414475 MsG0680033170.01.T01:CDS
ATCAATGGATTATGTAAAAT+GGG 0.406477 6:-58414198 MsG0680033170.01.T01:CDS
TTTCGCCAAGATTCTTAAGA+TGG 0.406745 6:-58414361 MsG0680033170.01.T01:CDS
GAGCCGCCTTGCAGTTGTTA+AGG 0.410178 6:-58414167 MsG0680033170.01.T01:CDS
CATTTCATTAAAGAGACTTA+AGG 0.417400 6:+58413636 None:intergenic
GGTCAATTGAAAGAAGCATT+TGG 0.418578 6:-58413967 MsG0680033170.01.T01:CDS
TAAATCAGGCTTAATTCCCT+TGG 0.421620 6:+58414449 None:intergenic
ATAACCCATCTTAAGAATCT+TGG 0.422840 6:+58414356 None:intergenic
CAATAGCTTTGTCAATATGA+TGG 0.425607 6:+58413443 None:intergenic
AATAATGCTCAACACATGTT+TGG 0.425741 6:+58413741 None:intergenic
ATTGATGGTTTGTGCAAAGC+AGG 0.426188 6:-58413568 MsG0680033170.01.T01:CDS
GTTGATGAGATGCGTAATAA+TGG 0.430499 6:-58413520 MsG0680033170.01.T01:CDS
ATGCTCAAAGTAAATAAATC+AGG 0.432580 6:+58414435 None:intergenic
ATCAATGGACTTTGTAAAGA+AGG 0.437803 6:-58413253 MsG0680033170.01.T01:CDS
TTTACATAATCCATTGATCA+AGG 0.443281 6:+58414203 None:intergenic
ATTGGTTGATGCTCTTTGTA+AGG 0.444010 6:-58413887 MsG0680033170.01.T01:CDS
GGATTCCATTTGTCTGGAAA+GGG 0.449965 6:+58414470 None:intergenic
CATGACCATGTACTTTCACT+TGG 0.450787 6:-58414255 MsG0680033170.01.T01:CDS
AGACCTCTGCTTCATCAAAC+AGG 0.458862 6:+58413230 None:intergenic
ATATTAAAAGTATAAACATC+AGG 0.461066 6:+58413910 None:intergenic
ATATTATAGCTATGAGCATC+AGG 0.464886 6:+58413700 None:intergenic
AACCCTTAATCAAAAGATCC+TGG 0.465507 6:+58413308 None:intergenic
CATCTTTATGAAAGAGAGCC+GGG 0.465891 6:+58413146 None:intergenic
CAGAGGAATTGCTCCTGATA+AGG 0.468479 6:-58413608 MsG0680033170.01.T01:CDS
ACTTATGCGACCTTGATCAA+TGG 0.474024 6:-58414213 MsG0680033170.01.T01:CDS
GGGAAAGAACAGTGGGGTAG+TGG 0.480553 6:+58414490 None:intergenic
GTTTCATACGTTACAACATC+AGG 0.482663 6:+58413175 None:intergenic
TGGATTCCATTTGTCTGGAA+AGG 0.485000 6:+58414469 None:intergenic
CAGGGAGAATCCCCTATGCT+TGG 0.488939 6:-58413549 MsG0680033170.01.T01:CDS
TCAACAAGCTCCCAAGCATA+GGG 0.491464 6:+58413538 None:intergenic
AGGGAGAATCCCCTATGCTT+GGG 0.502559 6:-58413548 MsG0680033170.01.T01:CDS
CAGTTGTTAAGGCGAATTGA+AGG 0.504814 6:-58414156 MsG0680033170.01.T01:CDS
ACATATAATACATTAATGGA+TGG 0.504936 6:-58413793 MsG0680033170.01.T01:CDS
ACGTATAATATCATGATCAA+TGG 0.506165 6:-58413268 MsG0680033170.01.T01:CDS
TTGTAAGTTAATATGTTGGC+TGG 0.507474 6:+58413493 None:intergenic
AGGGTTATAGTGTAAATGCT+TGG 0.508065 6:-58413291 MsG0680033170.01.T01:CDS
TTCCAGACAAATGGAATCCA+AGG 0.508562 6:-58414466 MsG0680033170.01.T01:CDS
TCATCTTTATGAAAGAGAGC+CGG 0.508674 6:+58413145 None:intergenic
TTATGTAAAATGGGAAAGAC+AGG 0.509929 6:-58414189 MsG0680033170.01.T01:CDS
ACATACTTGGTTGAATGCCC+TGG 0.514667 6:+58413398 None:intergenic
AGGTTTGTGTCTTAATGGTA+AGG 0.517066 6:-58414298 MsG0680033170.01.T01:CDS
AGAATTGTAAGTTAATATGT+TGG 0.518397 6:+58413489 None:intergenic
ACCTTGACTACTCTTATCAA+AGG 0.526645 6:-58414318 MsG0680033170.01.T01:CDS
TTCGCCAAGATTCTTAAGAT+GGG 0.527747 6:-58414360 MsG0680033170.01.T01:CDS
TAGTCAAGGTTATGATATCT+GGG 0.533879 6:+58414331 None:intergenic
CTTATTGATGGACTATGTAA+AGG 0.538230 6:-58413361 MsG0680033170.01.T01:CDS
GCATTAAAAGTGACAACAGT+GGG 0.539962 6:+58414015 None:intergenic
ATATTGTATGTGTACATACT+TGG 0.541066 6:+58413385 None:intergenic
ACCTTTGATAAGAGTAGTCA+AGG 0.546930 6:+58414317 None:intergenic
GTTAAGAAAATTAAAGACCA+GGG 0.552737 6:-58413415 MsG0680033170.01.T01:CDS
TCATAAAGATGAGAACGAAA+AGG 0.554252 6:-58413134 MsG0680033170.01.T01:CDS
AGTTAAGAAAATTAAAGACC+AGG 0.555912 6:-58413416 MsG0680033170.01.T01:CDS
ATCAACAAGCTCCCAAGCAT+AGG 0.558472 6:+58413537 None:intergenic
TTGGTGAATTCAACAATGGA+TGG 0.559786 6:+58414543 None:intergenic
AAACTAGTAACTGATGCCTA+TGG 0.561577 6:-58414072 MsG0680033170.01.T01:CDS
CATTATTTCTCGAATGAGAG+TGG 0.569727 6:-58413725 MsG0680033170.01.T01:CDS
CTGGAAAGGGAAAGAACAGT+GGG 0.576878 6:+58414483 None:intergenic
CATATAATACATTAATGGAT+GGG 0.587385 6:-58413792 MsG0680033170.01.T01:CDS
GATCTTGGTGAATTCAACAA+TGG 0.591870 6:+58414539 None:intergenic
TTTAATGAAATGCGTTGCAG+AGG 0.592250 6:-58413625 MsG0680033170.01.T01:CDS
TTGATGGTTTGTGCAAAGCA+GGG 0.592901 6:-58413567 MsG0680033170.01.T01:CDS
GAAATCCAAGTGAAAGTACA+TGG 0.596519 6:+58414250 None:intergenic
AACGTATGAAACTATCATCC+CGG 0.600491 6:-58413164 MsG0680033170.01.T01:CDS
GTATTATATGTAACAACAGT+AGG 0.601050 6:+58413805 None:intergenic
CATTTCTGAATATAAACCAT+AGG 0.601754 6:+58414056 None:intergenic
TATTAAAAGTATAAACATCA+GGG 0.616067 6:+58413911 None:intergenic
AATTCGCCTTAACAACTGCA+AGG 0.624923 6:+58414161 None:intergenic
ATAGTTGTGATGATGAAAGA+AGG 0.628466 6:-58413835 MsG0680033170.01.T01:CDS
AGGCCTGTTTGATGAAGCAG+AGG 0.637431 6:-58413233 MsG0680033170.01.T01:CDS
TCCAGACAAATGGAATCCAA+GGG 0.645683 6:-58414465 MsG0680033170.01.T01:CDS
TTAAAAGTGACAACAGTGGG+AGG 0.652887 6:+58414018 None:intergenic
TAAAGATGAGAACGAAAAGG+CGG 0.653016 6:-58413131 MsG0680033170.01.T01:CDS
ATTGATGGACTATGTAAAGG+AGG 0.664616 6:-58413358 MsG0680033170.01.T01:CDS
CAACAAGCTCCCAAGCATAG+GGG 0.669841 6:+58413539 None:intergenic
TGTGATGATGAAAGAAGGCG+TGG 0.680362 6:-58413830 MsG0680033170.01.T01:CDS
TCTGGAAAGGGAAAGAACAG+TGG 0.697356 6:+58414482 None:intergenic
AGCATTAAAAGTGACAACAG+TGG 0.738642 6:+58414014 None:intergenic
TCGCCTTAACAACTGCAAGG+CGG 0.740262 6:+58414164 None:intergenic
TGGAAAGGGAAAGAACAGTG+GGG 0.818519 6:+58414484 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AGCTATAATATTATTATTAA+TGG - Chr6:58413957-58413976 MsG0680033170.01.T01:CDS 10.0%
!!! TGTTTATACTTTTAATATAT+TGG - Chr6:58413740-58413759 MsG0680033170.01.T01:CDS 10.0%
!! TGTTACATATAATACATTAA+TGG - Chr6:58413848-58413867 MsG0680033170.01.T01:CDS 15.0%
!!! ATATTAAAAGTATAAACATC+AGG + Chr6:58413738-58413757 None:intergenic 15.0%
!!! TATTAAAAGTATAAACATCA+GGG + Chr6:58413737-58413756 None:intergenic 15.0%
!! ACATACAATATACTTATTGA+TGG - Chr6:58414272-58414291 MsG0680033170.01.T01:CDS 20.0%
!! ACATATAATACATTAATGGA+TGG - Chr6:58413852-58413871 MsG0680033170.01.T01:CDS 20.0%
!! AGAATTGTAAGTTAATATGT+TGG + Chr6:58414159-58414178 None:intergenic 20.0%
!!! ATCAATGGATTATGTAAAAT+GGG - Chr6:58413447-58413466 MsG0680033170.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATTAATTGTTATTGCCATTT+AGG - Chr6:58413237-58413256 MsG0680033170.01.T01:CDS 20.0%
!!! CATATAATACATTAATGGAT+GGG - Chr6:58413853-58413872 MsG0680033170.01.T01:CDS 20.0%
! ACGTATAATATCATGATCAA+TGG - Chr6:58414377-58414396 MsG0680033170.01.T01:CDS 25.0%
! ACTTATAATTCTCTCATTGA+TGG - Chr6:58414062-58414081 MsG0680033170.01.T01:CDS 25.0%
! AGAAATTCATTTGACCTAAA+TGG + Chr6:58413254-58413273 None:intergenic 25.0%
! AGTTAAGAAAATTAAAGACC+AGG - Chr6:58414229-58414248 MsG0680033170.01.T01:CDS 25.0%
! ATATTGTATGTGTACATACT+TGG + Chr6:58414263-58414282 None:intergenic 25.0%
! ATGCTCAAAGTAAATAAATC+AGG + Chr6:58413213-58413232 None:intergenic 25.0%
! CATTTCATTAAAGAGACTTA+AGG + Chr6:58414012-58414031 None:intergenic 25.0%
! CATTTCTGAATATAAACCAT+AGG + Chr6:58413592-58413611 None:intergenic 25.0%
! GAATTATAAGTTACCTTATC+AGG + Chr6:58414053-58414072 None:intergenic 25.0%
! GTATTATATGTAACAACAGT+AGG + Chr6:58413843-58413862 None:intergenic 25.0%
! GTTAAGAAAATTAAAGACCA+GGG - Chr6:58414230-58414249 MsG0680033170.01.T01:CDS 25.0%
! TGGATTCTGTAAGATAAAAA+TGG - Chr6:58413977-58413996 MsG0680033170.01.T01:CDS 25.0%
! TTTACATAATCCATTGATCA+AGG + Chr6:58413445-58413464 None:intergenic 25.0%
!!! GATCAATGGATTATGTAAAA+TGG - Chr6:58413446-58413465 MsG0680033170.01.T01:CDS 25.0%
!!! TGTTTTTCAATACCATTTCA+CGG + Chr6:58413710-58413729 None:intergenic 25.0%
AATAATGCTCAACACATGTT+TGG + Chr6:58413907-58413926 None:intergenic 30.0%
ATAACCCATCTTAAGAATCT+TGG + Chr6:58413292-58413311 None:intergenic 30.0%
ATATTATAGCTATGAGCATC+AGG + Chr6:58413948-58413967 None:intergenic 30.0%
ATCAAAGGTTTGTGTCTTAA+TGG - Chr6:58413342-58413361 MsG0680033170.01.T01:CDS 30.0%
ATCTATGGATATTGCATTGT+TGG - Chr6:58413657-58413676 MsG0680033170.01.T01:CDS 30.0%
CCTAGTTAATGAAGTCAATA+AGG - Chr6:58413881-58413900 MsG0680033170.01.T01:CDS 30.0%
TAGTCAAGGTTATGATATCT+GGG + Chr6:58413317-58413336 None:intergenic 30.0%
TCATAAAGATGAGAACGAAA+AGG - Chr6:58414511-58414530 MsG0680033170.01.T01:CDS 30.0%
TTATGTAAAATGGGAAAGAC+AGG - Chr6:58413456-58413475 MsG0680033170.01.T01:CDS 30.0%
TTGTAAGTTAATATGTTGGC+TGG + Chr6:58414155-58414174 None:intergenic 30.0%
! ACTTTTAATGCTCTGATCTA+TGG - Chr6:58413642-58413661 MsG0680033170.01.T01:CDS 30.0%
! ATAGTTGTGATGATGAAAGA+AGG - Chr6:58413810-58413829 MsG0680033170.01.T01:CDS 30.0%
! ATCAATGGACTTTGTAAAGA+AGG - Chr6:58414392-58414411 MsG0680033170.01.T01:CDS 30.0%
!! CAATAGCTTTGTCAATATGA+TGG + Chr6:58414205-58414224 None:intergenic 30.0%
!! CCTTATTGACTTCATTAACT+AGG + Chr6:58413884-58413903 None:intergenic 30.0%
!! CTTATTGATGGACTATGTAA+AGG - Chr6:58414284-58414303 MsG0680033170.01.T01:CDS 30.0%
!! TTCCAGGATCTTTTGATTAA+GGG - Chr6:58414335-58414354 MsG0680033170.01.T01:CDS 30.0%
!! TTTCCAGGATCTTTTGATTA+AGG - Chr6:58414334-58414353 MsG0680033170.01.T01:CDS 30.0%
!!! AGTGGTTTTTAGTCTTAACA+AGG + Chr6:58413140-58413159 None:intergenic 30.0%
!!! GTGGTTTTTAGTCTTAACAA+GGG + Chr6:58413139-58413158 None:intergenic 30.0%
AAACTAGTAACTGATGCCTA+TGG - Chr6:58413573-58413592 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
AACAAGGGAAGTTAAGATCT+TGG + Chr6:58413124-58413143 None:intergenic 35.0%
AACCCTTAATCAAAAGATCC+TGG + Chr6:58414340-58414359 None:intergenic 35.0%
AACGTATGAAACTATCATCC+CGG - Chr6:58414481-58414500 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
AAGGCGAATTGAAGGAAAAT+TGG - Chr6:58413497-58413516 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
ACCTTGACTACTCTTATCAA+AGG - Chr6:58413327-58413346 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
ACCTTTGATAAGAGTAGTCA+AGG + Chr6:58413331-58413350 None:intergenic 35.0%
AGCATTAAAAGTGACAACAG+TGG + Chr6:58413634-58413653 None:intergenic 35.0%
AGGGTTATAGTGTAAATGCT+TGG - Chr6:58414354-58414373 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
AGGTTTGTGTCTTAATGGTA+AGG - Chr6:58413347-58413366 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
CTTCGTGAAATGATCATTAG+AGG - Chr6:58414545-58414564 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
GATCTTGGTGAATTCAACAA+TGG + Chr6:58413109-58413128 None:intergenic 35.0%
GCATTAAAAGTGACAACAGT+GGG + Chr6:58413633-58413652 None:intergenic 35.0%
GTAGTCAAGGTTATGATATC+TGG + Chr6:58413318-58413337 None:intergenic 35.0%
GTTTCATACGTTACAACATC+AGG + Chr6:58414473-58414492 None:intergenic 35.0%
TAAAGATGAGAACGAAAAGG+CGG - Chr6:58414514-58414533 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
TAAATCAGGCTTAATTCCCT+TGG + Chr6:58413199-58413218 None:intergenic 35.0%
TCATCTTTATGAAAGAGAGC+CGG + Chr6:58414503-58414522 None:intergenic 35.0%
TTCGCCAAGATTCTTAAGAT+GGG - Chr6:58413285-58413304 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
TTGGTGAATTCAACAATGGA+TGG + Chr6:58413105-58413124 None:intergenic 35.0%
TTGTCAAAAATGGAGGACAA+TGG - Chr6:58414440-58414459 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
TTTAATGAAATGCGTTGCAG+AGG - Chr6:58414020-58414039 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
TTTCGCCAAGATTCTTAAGA+TGG - Chr6:58413284-58413303 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
! ATTGGTTGATGCTCTTTGTA+AGG - Chr6:58413758-58413777 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
! CATTATTTCTCGAATGAGAG+TGG - Chr6:58413920-58413939 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
! GAAATCCAAGTGAAAGTACA+TGG + Chr6:58413398-58413417 None:intergenic 35.0%
! GTTGATGAGATGCGTAATAA+TGG - Chr6:58414125-58414144 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
!! AGAGGTCTTGTTGTCAAAAA+TGG - Chr6:58414430-58414449 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
!! ATTGATGGACTATGTAAAGG+AGG - Chr6:58414287-58414306 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
!! ATTTGGTTTGTTCCGTGAAA+TGG - Chr6:58413695-58413714 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
!! GGTCAATTGAAAGAAGCATT+TGG - Chr6:58413678-58413697 MsG0680033170.01.T01:CDS 35.0%
AATTCGCCTTAACAACTGCA+AGG + Chr6:58413487-58413506 None:intergenic 40.0%
ACTTATGCGACCTTGATCAA+TGG - Chr6:58413432-58413451 MsG0680033170.01.T01:CDS 40.0%
CAGTTGTTAAGGCGAATTGA+AGG - Chr6:58413489-58413508 MsG0680033170.01.T01:CDS 40.0%
CATCTTTATGAAAGAGAGCC+GGG + Chr6:58414502-58414521 None:intergenic 40.0%
CATGACCATGTACTTTCACT+TGG - Chr6:58413390-58413409 MsG0680033170.01.T01:CDS 40.0%
GGATTCCATTTGTCTGGAAA+GGG + Chr6:58413178-58413197 None:intergenic 40.0%
TCCAGACAAATGGAATCCAA+GGG - Chr6:58413180-58413199 MsG0680033170.01.T01:CDS 40.0%
TCTTTCCCTTTCCAGACAAA+TGG - Chr6:58413170-58413189 MsG0680033170.01.T01:CDS 40.0%
TGGATTCCATTTGTCTGGAA+AGG + Chr6:58413179-58413198 None:intergenic 40.0%
TTAAAAGTGACAACAGTGGG+AGG + Chr6:58413630-58413649 None:intergenic 40.0%
TTCCAGACAAATGGAATCCA+AGG - Chr6:58413179-58413198 MsG0680033170.01.T01:CDS 40.0%
! ATTGATGGTTTGTGCAAAGC+AGG - Chr6:58414077-58414096 MsG0680033170.01.T01:CDS 40.0%
! GAATGCACAAGATGTTTTCC+AGG - Chr6:58414319-58414338 MsG0680033170.01.T01:CDS 40.0%
! TTGATGGTTTGTGCAAAGCA+GGG - Chr6:58414078-58414097 MsG0680033170.01.T01:CDS 40.0%
!! GGTCTTGTTGTCAAAAATGG+AGG - Chr6:58414433-58414452 MsG0680033170.01.T01:CDS 40.0%
ACATACTTGGTTGAATGCCC+TGG + Chr6:58414250-58414269 None:intergenic 45.0%
AGACCTCTGCTTCATCAAAC+AGG + Chr6:58414418-58414437 None:intergenic 45.0%
ATCAACAAGCTCCCAAGCAT+AGG + Chr6:58414111-58414130 None:intergenic 45.0%
CAGAGGAATTGCTCCTGATA+AGG - Chr6:58414037-58414056 MsG0680033170.01.T01:CDS 45.0%
CTGGAAAGGGAAAGAACAGT+GGG + Chr6:58413165-58413184 None:intergenic 45.0%
TCAACAAGCTCCCAAGCATA+GGG + Chr6:58414110-58414129 None:intergenic 45.0%
TCCCTTGGATTCCATTTGTC+TGG + Chr6:58413184-58413203 None:intergenic 45.0%
TCTGGAAAGGGAAAGAACAG+TGG + Chr6:58413166-58413185 None:intergenic 45.0%
TGGAAAGGGAAAGAACAGTG+GGG + Chr6:58413164-58413183 None:intergenic 45.0%
! TGTGATGATGAAAGAAGGCG+TGG - Chr6:58413815-58413834 MsG0680033170.01.T01:CDS 45.0%
AGGCCTGTTTGATGAAGCAG+AGG - Chr6:58414412-58414431 MsG0680033170.01.T01:CDS 50.0%
AGGGAGAATCCCCTATGCTT+GGG - Chr6:58414097-58414116 MsG0680033170.01.T01:CDS 50.0%
CAACAAGCTCCCAAGCATAG+GGG + Chr6:58414109-58414128 None:intergenic 50.0%
TCGCCTTAACAACTGCAAGG+CGG + Chr6:58413484-58413503 None:intergenic 50.0%
CAGGGAGAATCCCCTATGCT+TGG - Chr6:58414096-58414115 MsG0680033170.01.T01:CDS 55.0%
GAGCCGCCTTGCAGTTGTTA+AGG - Chr6:58413478-58413497 MsG0680033170.01.T01:CDS 55.0%
GGGAAAGAACAGTGGGGTAG+TGG + Chr6:58413158-58413177 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 58413090 58414577 58413090 ID=MsG0680033170.01;Name=MsG0680033170.01
Chr6 mRNA 58413090 58414577 58413090 ID=MsG0680033170.01.T01;Parent=MsG0680033170.01;Name=MsG0680033170.01.T01;_AED=0.40;_eAED=0.40;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|495
Chr6 exon 58413090 58414577 58413090 ID=MsG0680033170.01.T01:exon:4166;Parent=MsG0680033170.01.T01
Chr6 CDS 58413090 58414577 58413090 ID=MsG0680033170.01.T01:cds;Parent=MsG0680033170.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680033170.01.T01

ATGCGTCATGCTCCATCCATTGTTGAATTCACCAAGATCTTAACTTCCCTTGTTAAGACTAAAAACCACTACCCCACTGTTCTTTCCCTTTCCAGACAAATGGAATCCAAGGGAATTAAGCCTGATTTATTTACTTTGAGCATCTTGATTAATTGTTATTGCCATTTAGGTCAAATGAATTTCTCTTTTTCTATTTTCGCCAAGATTCTTAAGATGGGTTATCACCCAGATATCATAACCTTGACTACTCTTATCAAAGGTTTGTGTCTTAATGGTAAGGTCAATGAAGCTCTTCACTTTCATGACCATGTACTTTCACTTGGATTTCACTTTGATAAAGTTACTTATGCGACCTTGATCAATGGATTATGTAAAATGGGAAAGACAGGAGCCGCCTTGCAGTTGTTAAGGCGAATTGAAGGAAAATTGGTCAAGATCGATGCTGTTATGCACAACACAATCATCGATAGTTTGTGTAAAGATAAACTAGTAACTGATGCCTATGGTTTATATTCAGAAATGATTGTAAAGAGAATTCCTCCCACTGTTGTCACTTTTAATGCTCTGATCTATGGATATTGCATTGTTGGTCAATTGAAAGAAGCATTTGGTTTGTTCCGTGAAATGGTATTGAAAAACATCAACCCTGATGTTTATACTTTTAATATATTGGTTGATGCTCTTTGTAAGGAAGAAAAGATTAAAGAAGCTAAAAATGTTATAGTTGTGATGATGAAAGAAGGCGTGGAACCTACTGTTGTTACATATAATACATTAATGGATGGGTATTGCCTAGTTAATGAAGTCAATAAGGCCAAACATGTGTTGAGCATTATTTCTCGAATGAGAGTGGCTCCTGATGCTCATAGCTATAATATTATTATTAATGGATTCTGTAAGATAAAAATGGTCGATGAAGCCTTAAGTCTCTTTAATGAAATGCGTTGCAGAGGAATTGCTCCTGATAAGGTAACTTATAATTCTCTCATTGATGGTTTGTGCAAAGCAGGGAGAATCCCCTATGCTTGGGAGCTTGTTGATGAGATGCGTAATAATGGTATACCAGCCAACATATTAACTTACAATTCTTTGATAGATGTTTTATGCAAAAACCATCATATTGACAAAGCTATTGCATTAGTTAAGAAAATTAAAGACCAGGGCATTCAACCAAGTATGTACACATACAATATACTTATTGATGGACTATGTAAAGGAGGACGACTTAAGAATGCACAAGATGTTTTCCAGGATCTTTTGATTAAGGGTTATAGTGTAAATGCTTGGACGTATAATATCATGATCAATGGACTTTGTAAAGAAGGCCTGTTTGATGAAGCAGAGGTCTTGTTGTCAAAAATGGAGGACAATGGTATCATTCCTGATGTTGTAACGTATGAAACTATCATCCCGGCTCTCTTTCATAAAGATGAGAACGAAAAGGCGGAGAAACTTCTTCGTGAAATGATCATTAGAGGTCTCCTATAA
Protein sequence

>MsG0680033170.01.T01

MRHAPSIVEFTKILTSLVKTKNHYPTVLSLSRQMESKGIKPDLFTLSILINCYCHLGQMNFSFSIFAKILKMGYHPDIITLTTLIKGLCLNGKVNEALHFHDHVLSLGFHFDKVTYATLINGLCKMGKTGAALQLLRRIEGKLVKIDAVMHNTIIDSLCKDKLVTDAYGLYSEMIVKRIPPTVVTFNALIYGYCIVGQLKEAFGLFREMVLKNINPDVYTFNILVDALCKEEKIKEAKNVIVVMMKEGVEPTVVTYNTLMDGYCLVNEVNKAKHVLSIISRMRVAPDAHSYNIIINGFCKIKMVDEALSLFNEMRCRGIAPDKVTYNSLIDGLCKAGRIPYAWELVDEMRNNGIPANILTYNSLIDVLCKNHHIDKAIALVKKIKDQGIQPSMYTYNILIDGLCKGGRLKNAQDVFQDLLIKGYSVNAWTYNIMINGLCKEGLFDEAEVLLSKMEDNGIIPDVVTYETIIPALFHKDENEKAEKLLREMIIRGLL*