AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035265.01

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MsG0680035265.01.T01 AT1G13630 26.719 509 355 4 31 525 251 755 4.23e-56 201
MsG0680035265.01.T01 AT1G13630 28.831 385 272 2 142 525 220 603 3.18e-47 176
MsG0680035265.01.T01 AT1G13630 27.569 399 263 6 139 524 112 497 3.22e-41 159
MsG0680035265.01.T01 AT1G13630 31.818 242 164 1 286 526 223 464 6.76e-33 134
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MsG0680035265.01.T01 AT1G52620 26.775 493 337 6 25 501 268 752 4.00e-53 193
MsG0680035265.01.T01 AT1G52620 26.950 423 302 3 29 451 237 652 2.67e-50 185
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MsG0680035265.01.T01 AT1G52620 26.939 245 139 3 320 526 135 377 1.44e-19 93.2
MsG0680035265.01.T01 AT1G52620 23.620 326 159 8 32 271 446 767 3.61e-15 79.3
MsG0680035265.01.T01 AT1G13630 27.668 506 342 7 38 525 299 798 1.78e-59 211
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MsG0680035265.01.T01 AT1G13630 28.831 385 272 2 142 525 233 616 4.01e-47 176
MsG0680035265.01.T01 AT1G13630 28.333 360 244 4 166 524 164 510 1.25e-40 157
MsG0680035265.01.T01 AT1G13630 31.818 242 164 1 286 526 236 477 7.69e-33 134
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MsG0680035265.01.T01 AT5G24830 27.027 444 319 3 83 522 131 573 1.28e-46 172
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MsG0680035265.01.T01 AT2G06000 27.010 311 193 3 250 526 104 414 3.83e-31 127
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MsG0680035265.01.T01 AT2G32630 28.873 426 290 5 50 469 201 619 4.31e-54 193
MsG0680035265.01.T01 AT2G32630 28.255 361 224 1 200 525 210 570 2.00e-47 174
MsG0680035265.01.T01 AT2G32630 24.107 560 365 6 21 524 49 604 8.00e-45 167
MsG0680035265.01.T01 AT2G32630 28.070 399 282 2 38 434 224 619 1.44e-43 164
MsG0680035265.01.T01 AT2G32630 26.510 298 219 0 228 525 168 465 9.93e-35 138
MsG0680035265.01.T01 AT3G61520 26.778 478 335 6 58 524 244 717 2.01e-54 196
MsG0680035265.01.T01 AT3G61520 24.101 473 352 2 43 508 264 736 4.08e-45 169
MsG0680035265.01.T01 AT3G61520 25.000 468 288 8 77 525 189 612 2.62e-39 153
MsG0680035265.01.T01 AT3G61520 26.096 456 283 9 41 448 297 746 1.10e-38 151
MsG0680035265.01.T01 AT2G15630 26.058 449 328 2 78 526 160 604 2.92e-54 193
MsG0680035265.01.T01 AT2G15630 27.704 379 242 1 179 525 155 533 1.89e-48 177
MsG0680035265.01.T01 AT2G15630 27.411 394 253 2 38 399 225 617 4.28e-40 154
MsG0680035265.01.T01 AT2G15630 29.843 191 129 3 32 221 428 614 5.45e-19 90.9
MsG0680035265.01.T01 AT2G15630 27.778 162 114 1 367 525 130 291 2.16e-12 70.1
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MsG0680035265.01.T01 AT5G46680 24.784 464 304 7 64 525 6 426 4.64e-40 151
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MsG0680035265.01.T01 AT1G74900 23.832 214 162 1 313 526 85 297 4.29e-17 84.3
MsG0680035265.01.T01 AT1G74900 24.103 195 145 2 32 226 226 417 4.56e-14 74.7
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MsG0680035265.01.T01 AT5G25630 24.938 401 294 5 38 433 80 478 1.50e-38 149
MsG0680035265.01.T01 AT5G25630 25.157 318 231 4 31 343 181 496 1.06e-25 111
MsG0680035265.01.T01 AT5G25630 24.123 456 294 9 80 525 1 414 1.92e-40 153
MsG0680035265.01.T01 AT5G25630 24.938 401 294 5 38 433 29 427 7.02e-39 149
MsG0680035265.01.T01 AT5G25630 25.157 318 231 4 31 343 130 445 8.56e-26 111
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MsG0680035265.01.T01 AT5G43820 19.845 388 309 1 60 447 138 523 4.87e-25 109
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MsG0680035265.01.T01 AT4G01570 22.699 489 337 9 71 526 287 767 5.79e-27 115
MsG0680035265.01.T01 AT4G01570 24.034 466 323 8 63 500 314 776 5.21e-26 113
MsG0680035265.01.T01 AT4G01570 29.677 155 108 1 250 404 631 784 8.44e-16 81.3
MsG0680035265.01.T01 AT4G01570 31.788 151 102 1 216 366 632 781 3.25e-14 76.3
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MsG0680035265.01.T01 AT3G59040 26.065 399 272 9 106 493 102 488 1.19e-35 140
MsG0680035265.01.T01 AT3G59040 23.409 440 318 7 20 446 78 511 1.74e-32 131
MsG0680035265.01.T01 AT3G59040 21.893 338 253 3 196 525 116 450 4.43e-23 103
MsG0680035265.01.T01 AT3G59040 19.811 212 169 1 63 274 304 514 3.93e-12 69.3
MsG0680035265.01.T01 AT3G22670 28.754 313 214 5 216 521 168 478 2.59e-35 139
MsG0680035265.01.T01 AT3G22670 25.240 313 230 2 145 454 205 516 7.84e-31 126
MsG0680035265.01.T01 AT3G22670 24.848 330 242 4 41 366 206 533 6.08e-27 115
MsG0680035265.01.T01 AT3G22670 27.404 208 149 2 319 525 203 409 3.57e-19 91.3
MsG0680035265.01.T01 AT3G22670 26.923 208 111 4 356 524 168 373 4.53e-15 78.6
MsG0680035265.01.T01 AT3G22670 24.242 231 171 2 35 262 305 534 3.61e-11 66.2
MsG0680035265.01.T01 AT3G04130 26.344 372 229 7 160 526 102 433 4.24e-35 138
MsG0680035265.01.T01 AT3G04130 25.199 377 242 7 147 520 159 498 3.53e-28 118
MsG0680035265.01.T01 AT3G04130 23.824 340 254 4 110 446 157 494 1.46e-25 110
MsG0680035265.01.T01 AT3G04130 23.585 318 238 5 42 356 159 474 3.48e-22 100
MsG0680035265.01.T01 AT3G04130 21.986 282 181 3 31 275 219 498 7.73e-15 77.4
MsG0680035265.01.T01 AT3G04130 26.344 372 229 7 160 526 102 433 4.24e-35 138
MsG0680035265.01.T01 AT3G04130 25.199 377 242 7 147 520 159 498 3.53e-28 118
MsG0680035265.01.T01 AT3G04130 23.824 340 254 4 110 446 157 494 1.46e-25 110
MsG0680035265.01.T01 AT3G04130 23.585 318 238 5 42 356 159 474 3.48e-22 100
MsG0680035265.01.T01 AT3G04130 21.986 282 181 3 31 275 219 498 7.73e-15 77.4
MsG0680035265.01.T01 AT1G19720 23.560 382 282 3 70 450 143 515 5.13e-35 140
MsG0680035265.01.T01 AT1G19720 24.396 455 294 8 105 524 44 483 1.92e-34 139
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MsG0680035265.01.T01 AT2G35130 20.698 430 263 4 165 520 167 592 4.84e-25 109
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MsG0680035265.01.T01 AT1G05600 22.469 405 302 8 41 435 84 486 9.20e-24 105
MsG0680035265.01.T01 AT1G05600 27.273 275 157 9 67 300 220 492 4.70e-19 90.5
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MsG0680035265.01.T01 AT1G73400 25.243 309 226 2 145 450 236 542 3.15e-30 124
MsG0680035265.01.T01 AT1G73400 25.982 331 229 3 146 473 213 530 3.46e-30 124
MsG0680035265.01.T01 AT1G73400 23.762 303 228 2 70 370 231 532 8.56e-26 111
MsG0680035265.01.T01 AT2G35030 24.368 435 282 12 70 497 43 437 3.41e-32 131
MsG0680035265.01.T01 AT2G35030 25.795 283 183 8 244 526 41 296 1.40e-27 117
MsG0680035265.01.T01 AT2G35030 20.809 519 323 12 34 489 73 566 3.33e-23 103
MsG0680035265.01.T01 AT2G35030 25.668 187 124 5 340 526 32 203 1.26e-12 70.9
MsG0680035265.01.T01 AT5G14820 22.946 353 269 2 137 489 188 537 1.52e-31 129
MsG0680035265.01.T01 AT5G14820 27.559 254 182 2 248 501 193 444 2.65e-28 119
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MsG0680035265.01.T01 AT5G14820 22.701 348 267 2 178 525 193 538 4.16e-28 119
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MsG0680035265.01.T01 AT1G53600 23.810 546 319 16 23 503 35 548 8.49e-26 112
MsG0680035265.01.T01 AT1G53600 23.158 380 268 10 69 446 306 663 8.03e-17 84.3
MsG0680035265.01.T01 AT1G63320 37.748 151 85 1 379 520 6 156 1.18e-25 104
MsG0680035265.01.T01 AT1G63320 32.065 184 115 2 339 513 1 183 1.70e-25 103
MsG0680035265.01.T01 AT1G63320 28.723 188 123 3 306 483 3 189 2.60e-23 97.8
MsG0680035265.01.T01 AT1G63320 27.982 218 112 3 200 408 2 183 3.68e-22 94.7
MsG0680035265.01.T01 AT1G63320 30.178 169 108 3 133 292 6 173 5.29e-17 79.7
MsG0680035265.01.T01 AT1G63320 30.000 170 110 2 107 268 15 183 5.20e-14 71.2
MsG0680035265.01.T01 AT1G63320 27.108 166 111 2 62 218 5 169 8.27e-12 64.7
MsG0680035265.01.T01 AT5G37570 23.647 499 272 13 71 517 72 513 1.21e-25 110
MsG0680035265.01.T01 AT5G37570 23.133 415 283 11 54 460 91 477 2.53e-23 103
MsG0680035265.01.T01 AT5G37570 23.647 499 272 13 71 517 72 513 1.21e-25 110
MsG0680035265.01.T01 AT5G37570 23.133 415 283 11 54 460 91 477 2.53e-23 103
MsG0680035265.01.T01 AT4G16835 24.000 350 237 8 155 503 73 394 1.26e-25 111
MsG0680035265.01.T01 AT4G16835 22.488 418 288 11 38 450 61 447 2.18e-24 107
MsG0680035265.01.T01 AT1G77010 21.577 482 344 9 34 510 120 572 1.46e-25 111
MsG0680035265.01.T01 AT1G77010 20.174 461 319 10 44 474 193 634 4.06e-15 79.0
MsG0680035265.01.T01 AT1G77010 24.554 448 259 16 97 503 50 459 4.83e-14 75.5
MsG0680035265.01.T01 AT1G79490 26.032 315 224 4 214 524 209 518 1.73e-25 111
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MsG0680035265.01.T01 AT4G18750 20.588 340 219 5 197 501 147 470 1.24e-14 77.4
MsG0680035265.01.T01 AT2G34400 23.163 449 319 12 12 453 68 497 5.47e-24 106
MsG0680035265.01.T01 AT2G34400 22.632 380 277 6 142 520 95 458 2.37e-18 89.0
MsG0680035265.01.T01 AT2G34400 21.348 356 253 9 70 417 195 531 7.13e-16 81.3
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MsG0680035265.01.T01 AT1G02420 25.984 254 180 3 64 315 237 484 6.39e-13 71.6
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MsG0680035265.01.T01 AT3G46610 21.681 452 320 6 46 466 192 640 6.25e-24 106
MsG0680035265.01.T01 AT3G46610 21.142 473 316 9 69 518 183 621 9.46e-19 90.1
MsG0680035265.01.T01 AT3G46610 21.316 380 261 6 181 525 148 524 3.25e-12 69.7
MsG0680035265.01.T01 AT5G39350 21.138 492 369 6 34 521 76 552 7.13e-24 106
MsG0680035265.01.T01 AT5G39350 22.006 309 198 9 144 415 285 587 6.85e-15 78.2
MsG0680035265.01.T01 AT4G39530 21.333 525 323 13 34 485 210 717 7.17e-24 106
MsG0680035265.01.T01 AT4G39530 20.000 375 287 5 46 420 427 788 3.07e-16 82.4
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MsG0680035265.01.T01 AT2G02980 19.741 309 240 2 215 523 60 360 4.51e-15 78.6
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MsG0680035265.01.T01 AT3G53360 21.053 380 272 7 79 451 311 669 1.61e-15 80.1
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MsG0680035265.01.T01 AT3G53170 24.671 304 211 7 212 501 142 441 5.04e-16 81.3
MsG0680035265.01.T01 AT3G53170 23.011 352 199 7 36 383 176 459 3.13e-15 78.6
MsG0680035265.01.T01 AT3G53170 24.627 268 184 6 249 503 146 408 2.91e-13 72.4
MsG0680035265.01.T01 AT1G30610 20.972 391 272 8 149 524 475 843 4.22e-18 88.6
MsG0680035265.01.T01 AT1G12615 30.000 190 93 5 64 251 1 152 6.26e-18 81.6
MsG0680035265.01.T01 AT1G12615 29.070 172 85 2 248 417 9 145 1.64e-16 77.4
MsG0680035265.01.T01 AT1G12615 28.986 138 96 1 353 488 9 146 6.35e-14 70.1
MsG0680035265.01.T01 AT1G12615 27.891 147 104 1 205 349 1 147 9.98e-14 69.7
MsG0680035265.01.T01 AT1G12615 24.800 125 92 1 314 436 5 129 3.29e-11 62.4
MsG0680035265.01.T01 AT1G12615 28.682 129 89 2 136 262 3 130 6.07e-11 61.6
MsG0680035265.01.T01 AT1G12615 25.000 128 94 1 395 520 16 143 7.43e-11 61.2
MsG0680035265.01.T01 AT5G50390 21.414 481 326 9 45 489 94 558 7.65e-18 87.4
MsG0680035265.01.T01 AT3G16610 19.718 497 334 12 32 485 99 573 8.85e-18 87.0
MsG0680035265.01.T01 AT3G16610 20.774 491 298 10 107 524 67 539 1.11e-15 80.5
MsG0680035265.01.T01 AT5G08490 21.413 453 322 11 38 481 263 690 9.53e-18 87.0
MsG0680035265.01.T01 AT5G08490 21.413 453 322 11 38 481 263 690 9.53e-18 87.0
MsG0680035265.01.T01 AT5G08490 21.413 453 322 11 38 481 263 690 9.53e-18 87.0
MsG0680035265.01.T01 AT5G36300 23.226 310 220 6 217 511 14 320 1.05e-17 84.7
MsG0680035265.01.T01 AT5G36300 21.338 314 199 6 146 412 14 326 1.25e-14 75.5
MsG0680035265.01.T01 AT1G71460 23.566 488 284 18 30 512 35 438 1.07e-17 87.0
MsG0680035265.01.T01 AT5G08305 23.770 366 249 8 87 444 56 399 1.12e-17 86.7
MsG0680035265.01.T01 AT3G57430 21.118 483 322 13 44 520 68 497 1.22e-17 87.0
MsG0680035265.01.T01 AT3G57430 19.400 433 324 6 41 460 270 690 3.60e-17 85.5
MsG0680035265.01.T01 AT3G57430 19.796 490 330 11 79 520 170 644 2.33e-14 76.6
MsG0680035265.01.T01 AT4G04370 20.578 554 343 11 21 501 27 556 1.48e-17 86.7
MsG0680035265.01.T01 AT4G04370 20.700 343 222 7 217 524 14 341 1.11e-13 74.3
MsG0680035265.01.T01 AT4G04370 18.066 393 301 7 34 421 307 683 4.92e-12 68.9
MsG0680035265.01.T01 AT3G49710 22.403 491 330 17 38 512 74 529 1.52e-17 86.7
MsG0680035265.01.T01 AT3G49710 20.860 465 325 12 69 520 39 473 1.06e-15 80.9
MsG0680035265.01.T01 AT3G49710 19.143 350 267 9 107 451 204 542 1.74e-11 67.4
MsG0680035265.01.T01 AT3G46790 21.446 415 302 8 43 450 51 448 1.72e-17 86.3
MsG0680035265.01.T01 AT3G46790 22.565 421 288 12 114 520 52 448 2.29e-17 85.9
MsG0680035265.01.T01 AT3G46790 20.551 399 285 14 36 421 141 520 5.17e-13 72.0
MsG0680035265.01.T01 AT2G46050 20.465 430 310 12 67 490 171 574 1.84e-17 85.9

Find 94 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 115 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TGTTACTTATAGTTCTTTAA+TGG 0.168156 6:+101235546 MsG0680035265.01.T01:CDS
ATCAAAGGTCTTTGTCTTAA+TGG 0.168522 6:+101235037 MsG0680035265.01.T01:CDS
CATGATGAAGTTCTAATAAA+AGG 0.195617 6:+101235085 MsG0680035265.01.T01:CDS
ATTTGCAAAGTCCATCAATT+AGG 0.227651 6:-101235771 None:intergenic
TTATCAGGATCTTCTGAATA+AGG 0.245872 6:+101236032 MsG0680035265.01.T01:CDS
TTTGTCTTAATGGTCAAATT+AGG 0.263981 6:+101235047 MsG0680035265.01.T01:CDS
ACTTTCAATAGTTTGATCTA+TGG 0.265641 6:+101235340 MsG0680035265.01.T01:CDS
TTTAATGGATGGGTGTTTCT+TGG 0.265722 6:+101235561 MsG0680035265.01.T01:CDS
TTACGAATAATAAACGAATT+AGG 0.273163 6:-101234728 None:intergenic
AGAACTATAAGTAACAATAT+TGG 0.278256 6:-101235539 None:intergenic
GAACTATAAGTAACAATATT+GGG 0.313986 6:-101235538 None:intergenic
GGATGCACAAAGGGTTTATC+AGG 0.314551 6:+101236017 MsG0680035265.01.T01:CDS
ATTGATGGACTTTGCAAATC+AGG 0.317950 6:+101235775 MsG0680035265.01.T01:CDS
CATCTTAACGAGGTTAGTTA+TGG 0.319248 6:+101235112 MsG0680035265.01.T01:CDS
ACCCAACCCATCTTCGATTT+CGG 0.320866 6:+101234797 MsG0680035265.01.T01:CDS
ATAGTGTATGTATACATATT+TGG 0.334710 6:-101235958 None:intergenic
ATATATACTGTGATGATTAA+TGG 0.335093 6:+101236075 MsG0680035265.01.T01:CDS
ACTTACAGTTCTTTATTAGA+TGG 0.336793 6:+101235865 MsG0680035265.01.T01:CDS
TGTGTATACCTTCAATATAT+TGG 0.344193 6:+101235438 MsG0680035265.01.T01:CDS
ACCTTCAATATATTGGTTGA+TGG 0.350503 6:+101235445 MsG0680035265.01.T01:CDS
AGCTACAGTGTTATGATTAA+CGG 0.360398 6:+101235655 MsG0680035265.01.T01:CDS
TTTGCAAAGTCCATCAATTA+GGG 0.370444 6:-101235770 None:intergenic
GTAGTTAAAGTTACAGTGTT+AGG 0.372294 6:-101235010 None:intergenic
GAATTGTATGTTACAGTGTT+AGG 0.375927 6:-101235748 None:intergenic
GGTTGGGTAGGGTTGATGTT+GGG 0.385985 6:-101234782 None:intergenic
ACATACAATTCCCTAATTGA+TGG 0.398075 6:+101235760 MsG0680035265.01.T01:CDS
ATCTTAACGAGGTTAGTTAT+GGG 0.399023 6:+101235113 MsG0680035265.01.T01:CDS
TATATACTGTGATGATTAAT+GGG 0.399410 6:+101236076 MsG0680035265.01.T01:CDS
CTATTGAAAGTGACGACATT+AGG 0.401813 6:-101235328 None:intergenic
ACATACACTATACTTGTTGA+TGG 0.402875 6:+101235970 MsG0680035265.01.T01:CDS
AAAGATTGAAGGGTTATCAT+TGG 0.403528 6:+101235195 MsG0680035265.01.T01:CDS
ATTAATGGGCTTTGTAAAGA+AGG 0.409709 6:+101236090 MsG0680035265.01.T01:CDS
TATTCAACACTATTGCTAGA+AGG 0.411337 6:+101235611 MsG0680035265.01.T01:CDS
AGGGCTATCATTTAGATGCT+TGG 0.420310 6:+101236052 MsG0680035265.01.T01:CDS
ATTGGTTGATGGTTTATGTA+AGG 0.428388 6:+101235456 MsG0680035265.01.T01:CDS
TATCAGGATCTTCTGAATAA+GGG 0.441894 6:+101236033 MsG0680035265.01.T01:CDS
TAGAGCAGCTCTTGTTTCTC+CGG 0.442378 6:-101235161 None:intergenic
ACTTATAGTTCTTTAATGGA+TGG 0.449255 6:+101235550 MsG0680035265.01.T01:CDS
ATTTCATAAGTTACACCATC+AGG 0.451114 6:-101236168 None:intergenic
TTTGTTTGAAAGCAATAGAA+AGG 0.451635 6:+101236203 MsG0680035265.01.T01:CDS
AGGGAGAATATCTGATGCTT+GGG 0.455565 6:+101235795 MsG0680035265.01.T01:CDS
GTTATGGGACATTGATCAAC+GGG 0.457672 6:+101235128 MsG0680035265.01.T01:CDS
TATTTCATTCTCTCATCAAA+TGG 0.462657 6:+101234865 MsG0680035265.01.T01:CDS
ATATTGAAGGTATACACATC+GGG 0.463172 6:-101235433 None:intergenic
TGAAAGCAATAGAAAGGATA+AGG 0.464128 6:+101236209 MsG0680035265.01.T01:CDS
TGACAAGGTCATCACTGTTA+AGG 0.464136 6:+101234696 MsG0680035265.01.T01:CDS
CTTATAGTTCTTTAATGGAT+GGG 0.467093 6:+101235551 MsG0680035265.01.T01:CDS
GCACTGTACATTATCACATC+AGG 0.467372 6:-101235223 None:intergenic
AATCATTGATAGTTTCTGTA+AGG 0.467881 6:+101235246 MsG0680035265.01.T01:CDS
TACCGAAATCGAAGATGGGT+TGG 0.468196 6:-101234799 None:intergenic
ACCATCAACCAATATATTGA+AGG 0.468444 6:-101235446 None:intergenic
CAGGGAGAATATCTGATGCT+TGG 0.469239 6:+101235794 MsG0680035265.01.T01:CDS
GTTGATGGTTTATGTAAGGA+AGG 0.470136 6:+101235460 MsG0680035265.01.T01:CDS
CAGTTGCTTAGAAAGATTGA+AGG 0.482000 6:+101235184 MsG0680035265.01.T01:CDS
CATTTCAGAATATAAATCAT+AGG 0.486244 6:-101235287 None:intergenic
TAAACAAACCAACTGCTTCG+TGG 0.488072 6:-101235384 None:intergenic
ACCGAAATCGAAGATGGGTT+GGG 0.493308 6:-101234798 None:intergenic
GGGTTGGGTAGGGTTGATGT+TGG 0.498525 6:-101234783 None:intergenic
TCTCATCAAATGGAACTCAA+TGG 0.502472 6:+101234875 MsG0680035265.01.T01:CDS
ATGCTTAAAGTATATATGTC+AGG 0.508593 6:-101234905 None:intergenic
TTAATGGGCTTTGTAAAGAA+GGG 0.514597 6:+101236091 MsG0680035265.01.T01:CDS
ACATATTTGGCTGAATTCCT+CGG 0.516234 6:-101235945 None:intergenic
CAAAATTGATTTGACCCAGA+TGG 0.522449 6:-101234946 None:intergenic
AAGACTTAAGGATGCACAAA+GGG 0.523211 6:+101236008 MsG0680035265.01.T01:CDS
TTGGGTAAGATTCTTAAGCT+AGG 0.523318 6:+101234980 MsG0680035265.01.T01:CDS
ATTCAACACTATTGCTAGAA+GGG 0.527114 6:+101235612 MsG0680035265.01.T01:CDS
TTGATGGACTTTGCAAATCA+GGG 0.534189 6:+101235776 MsG0680035265.01.T01:CDS
CTTGGTTAAAGAAGTGAACA+AGG 0.539074 6:+101235579 MsG0680035265.01.T01:CDS
CACTATTGCTAGAAGGGGAG+TGG 0.543656 6:+101235618 MsG0680035265.01.T01:CDS
GTAGATGAGATGCATGATAG+AGG 0.545633 6:+101235823 MsG0680035265.01.T01:CDS
GTTGATGTTGGGAATGAATG+AGG 0.560529 6:-101234771 None:intergenic
AATCGAAGATGGGTTGGGTA+GGG 0.560583 6:-101234793 None:intergenic
AAATCGAAGATGGGTTGGGT+AGG 0.561332 6:-101234794 None:intergenic
TATATTGAAGGTATACACAT+CGG 0.576810 6:-101235434 None:intergenic
AGTTGCTTAGAAAGATTGAA+GGG 0.583321 6:+101235185 MsG0680035265.01.T01:CDS
GGTCAATTCCACGAAGCAGT+TGG 0.585457 6:+101235376 MsG0680035265.01.T01:CDS
TTGATGTTGGGAATGAATGA+GGG 0.597336 6:-101234770 None:intergenic
TTCAACACTATTGCTAGAAG+GGG 0.601960 6:+101235613 MsG0680035265.01.T01:CDS
TGATTGCCTTGTCAACCTGA+TGG 0.602399 6:-101235900 None:intergenic
CTTCATGAAATGATTGCTAG+AGG 0.602771 6:+101236243 MsG0680035265.01.T01:CDS
TGAACTGATTCATCTTAACA+AGG 0.603231 6:-101234835 None:intergenic
ACTTTAACTACACTTATCAA+AGG 0.607692 6:+101235022 MsG0680035265.01.T01:CDS
GACAATGGGTGCACTCCTGA+TGG 0.608173 6:+101236153 MsG0680035265.01.T01:CDS
TGGTTTATGTAAGGAAGGAG+AGG 0.616257 6:+101235465 MsG0680035265.01.T01:CDS
AGTTATGGGACATTGATCAA+CGG 0.622450 6:+101235127 MsG0680035265.01.T01:CDS
CTGTAAGTGATAATGTTCGC+TGG 0.628987 6:-101235850 None:intergenic
GAACTGATTCATCTTAACAA+GGG 0.630135 6:-101234834 None:intergenic
GAAGACTTAAGGATGCACAA+AGG 0.667286 6:+101236007 MsG0680035265.01.T01:CDS
AAAAGGATTTCATCTTAACG+AGG 0.685513 6:+101235102 MsG0680035265.01.T01:CDS
CAACCAAAGACACTATGACA+AGG 0.690387 6:+101234681 None:intergenic
TTTACGAAGATCAAGAACCG+AGG 0.706474 6:+101235928 MsG0680035265.01.T01:CDS
AAGCAATAGAAAGGATAAGG+CGG 0.711742 6:+101236212 MsG0680035265.01.T01:CDS
TATTGAAGGTATACACATCG+GGG 0.721970 6:-101235432 None:intergenic
TTGGCTGTTATGATAAAACA+AGG 0.765138 6:+101235508 MsG0680035265.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AATTTTGCATTTTCTATATT+GGG + Chr6:101234962-101234981 MsG0680035265.01.T01:CDS 15.0%
!! AGAACTATAAGTAACAATAT+TGG - Chr6:101235542-101235561 None:intergenic 20.0%
!! ATAGTGTATGTATACATATT+TGG - Chr6:101235961-101235980 None:intergenic 20.0%
!! ATATATACTGTGATGATTAA+TGG + Chr6:101236075-101236094 MsG0680035265.01.T01:CDS 20.0%
!! CATTTCAGAATATAAATCAT+AGG - Chr6:101235290-101235309 None:intergenic 20.0%
!! GAACTATAAGTAACAATATT+GGG - Chr6:101235541-101235560 None:intergenic 20.0%
!! TATATACTGTGATGATTAAT+GGG + Chr6:101236076-101236095 MsG0680035265.01.T01:CDS 20.0%
!! TTACGAATAATAAACGAATT+AGG - Chr6:101234731-101234750 None:intergenic 20.0%
!!! ATTTTGTAAGAATAAAATGG+TGG + Chr6:101235678-101235697 MsG0680035265.01.T01:CDS 20.0%
!!! CAATTTTGCATTTTCTATAT+TGG + Chr6:101234961-101234980 MsG0680035265.01.T01:CDS 20.0%
!!! TGTTACTTATAGTTCTTTAA+TGG + Chr6:101235546-101235565 MsG0680035265.01.T01:CDS 20.0%
! AAAAAAAGCAAGAAATGTGT+TGG + Chr6:101235489-101235508 MsG0680035265.01.T01:CDS 25.0%
! ACTTACAGTTCTTTATTAGA+TGG + Chr6:101235865-101235884 MsG0680035265.01.T01:CDS 25.0%
! ACTTATAGTTCTTTAATGGA+TGG + Chr6:101235550-101235569 MsG0680035265.01.T01:CDS 25.0%
! ACTTTAACTACACTTATCAA+AGG + Chr6:101235022-101235041 MsG0680035265.01.T01:CDS 25.0%
! ACTTTCAATAGTTTGATCTA+TGG + Chr6:101235340-101235359 MsG0680035265.01.T01:CDS 25.0%
! AGAAATGCATTCCAAAAATA+TGG + Chr6:101235723-101235742 MsG0680035265.01.T01:CDS 25.0%
! ATGCTTAAAGTATATATGTC+AGG - Chr6:101234908-101234927 None:intergenic 25.0%
! TATTTCATTCTCTCATCAAA+TGG + Chr6:101234865-101234884 MsG0680035265.01.T01:CDS 25.0%
! TGTGTATACCTTCAATATAT+TGG + Chr6:101235438-101235457 MsG0680035265.01.T01:CDS 25.0%
! TTTGTCTTAATGGTCAAATT+AGG + Chr6:101235047-101235066 MsG0680035265.01.T01:CDS 25.0%
! TTTGTTTGAAAGCAATAGAA+AGG + Chr6:101236203-101236222 MsG0680035265.01.T01:CDS 25.0%
!! AATCATTGATAGTTTCTGTA+AGG + Chr6:101235246-101235265 MsG0680035265.01.T01:CDS 25.0%
!! CATGATGAAGTTCTAATAAA+AGG + Chr6:101235085-101235104 MsG0680035265.01.T01:CDS 25.0%
!! CGGATTTTGTAAGAATAAAA+TGG + Chr6:101235675-101235694 MsG0680035265.01.T01:CDS 25.0%
!! CTTATAGTTCTTTAATGGAT+GGG + Chr6:101235551-101235570 MsG0680035265.01.T01:CDS 25.0%
!! TATATTGAAGGTATACACAT+CGG - Chr6:101235437-101235456 None:intergenic 25.0%
!!! ATTAATTGTTTTTGCCATCT+GGG + Chr6:101234932-101234951 MsG0680035265.01.T01:CDS 25.0%
AAAAGGATTTCATCTTAACG+AGG + Chr6:101235102-101235121 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
AAAGATTGAAGGGTTATCAT+TGG + Chr6:101235195-101235214 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
ACATACAATTCCCTAATTGA+TGG + Chr6:101235760-101235779 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
ACCATCAACCAATATATTGA+AGG - Chr6:101235449-101235468 None:intergenic 30.0%
AGCTACAGTGTTATGATTAA+CGG + Chr6:101235655-101235674 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
AGTTGCTTAGAAAGATTGAA+GGG + Chr6:101235185-101235204 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
ATCAAAGGTCTTTGTCTTAA+TGG + Chr6:101235037-101235056 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
ATTCAACACTATTGCTAGAA+GGG + Chr6:101235612-101235631 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
ATTGTCCTTACTCTCAAAAA+TGG + Chr6:101236128-101236147 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
ATTTCATAAGTTACACCATC+AGG - Chr6:101236171-101236190 None:intergenic 30.0%
ATTTGCAAAGTCCATCAATT+AGG - Chr6:101235774-101235793 None:intergenic 30.0%
GAATTGTATGTTACAGTGTT+AGG - Chr6:101235751-101235770 None:intergenic 30.0%
GTAGTTAAAGTTACAGTGTT+AGG - Chr6:101235013-101235032 None:intergenic 30.0%
TATCAGGATCTTCTGAATAA+GGG + Chr6:101236033-101236052 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
TATTCAACACTATTGCTAGA+AGG + Chr6:101235611-101235630 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
TCTCAAAAATGGAAGACAAT+GGG + Chr6:101236139-101236158 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
TGAAAGCAATAGAAAGGATA+AGG + Chr6:101236209-101236228 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
TTATCAGGATCTTCTGAATA+AGG + Chr6:101236032-101236051 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
TTGGCTGTTATGATAAAACA+AGG + Chr6:101235508-101235527 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
TTTGCAAAGTCCATCAATTA+GGG - Chr6:101235773-101235792 None:intergenic 30.0%
! AATTTTACCGAAATCGAAGA+TGG - Chr6:101234807-101234826 None:intergenic 30.0%
! ACATACACTATACTTGTTGA+TGG + Chr6:101235970-101235989 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
! ACCTTCAATATATTGGTTGA+TGG + Chr6:101235445-101235464 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
! AGTGTTAGGAACCATATTTT+TGG - Chr6:101235737-101235756 None:intergenic 30.0%
! ATATTGAAGGTATACACATC+GGG - Chr6:101235436-101235455 None:intergenic 30.0%
! ATCTATGGATTTTGCATTGT+GGG + Chr6:101235355-101235374 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
! ATCTTAACGAGGTTAGTTAT+GGG + Chr6:101235113-101235132 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
! ATTTTACCGAAATCGAAGAT+GGG - Chr6:101234806-101234825 None:intergenic 30.0%
! GAACTGATTCATCTTAACAA+GGG - Chr6:101234837-101234856 None:intergenic 30.0%
! TGAACTGATTCATCTTAACA+AGG - Chr6:101234838-101234857 None:intergenic 30.0%
!! ATTAATGGGCTTTGTAAAGA+AGG + Chr6:101236090-101236109 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
!! ATTGGTTGATGGTTTATGTA+AGG + Chr6:101235456-101235475 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
!! TTAATGGGCTTTGTAAAGAA+GGG + Chr6:101236091-101236110 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
!!! GATTAATTGTTTTTGCCATC+TGG + Chr6:101234931-101234950 MsG0680035265.01.T01:CDS 30.0%
AAGACTTAAGGATGCACAAA+GGG + Chr6:101236008-101236027 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
AAGCAATAGAAAGGATAAGG+CGG + Chr6:101236212-101236231 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
ACATATTTGGCTGAATTCCT+CGG - Chr6:101235948-101235967 None:intergenic 35.0%
AGTTATGGGACATTGATCAA+CGG + Chr6:101235127-101235146 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
CAGTTGCTTAGAAAGATTGA+AGG + Chr6:101235184-101235203 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
CTATTGAAAGTGACGACATT+AGG - Chr6:101235331-101235350 None:intergenic 35.0%
CTCTCAAAAATGGAAGACAA+TGG + Chr6:101236138-101236157 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
CTTCATGAAATGATTGCTAG+AGG + Chr6:101236243-101236262 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
CTTGGTTAAAGAAGTGAACA+AGG + Chr6:101235579-101235598 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
GTGCAAAAATGGAAGACTTA+AGG + Chr6:101235996-101236015 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
TCTCATCAAATGGAACTCAA+TGG + Chr6:101234875-101234894 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
TGGATTATGCAAAAACCATC+AGG + Chr6:101235885-101235904 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
TTCAACACTATTGCTAGAAG+GGG + Chr6:101235613-101235632 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
TTGATGTTGGGAATGAATGA+GGG - Chr6:101234773-101234792 None:intergenic 35.0%
TTGGGTAAGATTCTTAAGCT+AGG + Chr6:101234980-101234999 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
! CATCTTAACGAGGTTAGTTA+TGG + Chr6:101235112-101235131 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
! GATCTATGGATTTTGCATTG+TGG + Chr6:101235354-101235373 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
! TATTGAAGGTATACACATCG+GGG - Chr6:101235435-101235454 None:intergenic 35.0%
! TTTAATGGATGGGTGTTTCT+TGG + Chr6:101235561-101235580 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
!! ATTGATGGACTTTGCAAATC+AGG + Chr6:101235775-101235794 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
!! CAAAATTGATTTGACCCAGA+TGG - Chr6:101234949-101234968 None:intergenic 35.0%
!! GTCTTCCATTTTTGAGAGTA+AGG - Chr6:101236136-101236155 None:intergenic 35.0%
!! GTTGATGGTTTATGTAAGGA+AGG + Chr6:101235460-101235479 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
!! TTGATGGACTTTGCAAATCA+GGG + Chr6:101235776-101235795 MsG0680035265.01.T01:CDS 35.0%
AGGGAGAATATCTGATGCTT+GGG + Chr6:101235795-101235814 MsG0680035265.01.T01:CDS 40.0%
AGGGCTATCATTTAGATGCT+TGG + Chr6:101236052-101236071 MsG0680035265.01.T01:CDS 40.0%
GAAGACTTAAGGATGCACAA+AGG + Chr6:101236007-101236026 MsG0680035265.01.T01:CDS 40.0%
GCACTGTACATTATCACATC+AGG - Chr6:101235226-101235245 None:intergenic 40.0%
GTAGATGAGATGCATGATAG+AGG + Chr6:101235823-101235842 MsG0680035265.01.T01:CDS 40.0%
GTTATGGGACATTGATCAAC+GGG + Chr6:101235128-101235147 MsG0680035265.01.T01:CDS 40.0%
GTTGATGTTGGGAATGAATG+AGG - Chr6:101234774-101234793 None:intergenic 40.0%
TAAACAAACCAACTGCTTCG+TGG - Chr6:101235387-101235406 None:intergenic 40.0%
TGACAAGGTCATCACTGTTA+AGG + Chr6:101234696-101234715 MsG0680035265.01.T01:CDS 40.0%
TGGTTTATGTAAGGAAGGAG+AGG + Chr6:101235465-101235484 MsG0680035265.01.T01:CDS 40.0%
TTTACGAAGATCAAGAACCG+AGG + Chr6:101235928-101235947 MsG0680035265.01.T01:CDS 40.0%
! CTGTAAGTGATAATGTTCGC+TGG - Chr6:101235853-101235872 None:intergenic 40.0%
!! ATCAACGGGTTTTGTAAAGC+CGG + Chr6:101235142-101235161 MsG0680035265.01.T01:CDS 40.0%
!! CAAAAACCATCAGGTTGACA+AGG + Chr6:101235894-101235913 MsG0680035265.01.T01:CDS 40.0%
!! GTTGATGGACTGTGCAAAAA+TGG + Chr6:101235985-101236004 MsG0680035265.01.T01:CDS 40.0%
ACCCAACCCATCTTCGATTT+CGG + Chr6:101234797-101234816 MsG0680035265.01.T01:CDS 45.0%
CAGGGAGAATATCTGATGCT+TGG + Chr6:101235794-101235813 MsG0680035265.01.T01:CDS 45.0%
GGATGCACAAAGGGTTTATC+AGG + Chr6:101236017-101236036 MsG0680035265.01.T01:CDS 45.0%
TACCGAAATCGAAGATGGGT+TGG - Chr6:101234802-101234821 None:intergenic 45.0%
TGATTGCCTTGTCAACCTGA+TGG - Chr6:101235903-101235922 None:intergenic 45.0%
! ACCGAAATCGAAGATGGGTT+GGG - Chr6:101234801-101234820 None:intergenic 45.0%
! TAGAGCAGCTCTTGTTTCTC+CGG - Chr6:101235164-101235183 None:intergenic 45.0%
!! AAATCGAAGATGGGTTGGGT+AGG - Chr6:101234797-101234816 None:intergenic 45.0%
!! AATCGAAGATGGGTTGGGTA+GGG - Chr6:101234796-101234815 None:intergenic 45.0%
CACTATTGCTAGAAGGGGAG+TGG + Chr6:101235618-101235637 MsG0680035265.01.T01:CDS 50.0%
GGTCAATTCCACGAAGCAGT+TGG + Chr6:101235376-101235395 MsG0680035265.01.T01:CDS 50.0%
!! GGTTGGGTAGGGTTGATGTT+GGG - Chr6:101234785-101234804 None:intergenic 50.0%
GACAATGGGTGCACTCCTGA+TGG + Chr6:101236153-101236172 MsG0680035265.01.T01:CDS 55.0%
!! GGGTTGGGTAGGGTTGATGT+TGG - Chr6:101234786-101234805 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 101234695 101236275 101234695 ID=MsG0680035265.01;Name=MsG0680035265.01
Chr6 mRNA 101234695 101236275 101234695 ID=MsG0680035265.01.T01;Parent=MsG0680035265.01;Name=MsG0680035265.01.T01;_AED=0.46;_eAED=0.46;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|526
Chr6 exon 101234695 101236275 101234695 ID=MsG0680035265.01.T01:exon:20698;Parent=MsG0680035265.01.T01
Chr6 CDS 101234695 101236275 101234695 ID=MsG0680035265.01.T01:cds;Parent=MsG0680035265.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680035265.01.T01

ATGACAAGGTCATCACTGTTAAGGTACGCAACTCCTAATTCGTTTATTATTCGTAAATTACACATTCAATCTCTTCCCTCATTCATTCCCAACATCAACCCTACCCAACCCATCTTCGATTTCGGTAAAATTCTATCTTCCCTTGTTAAGATGAATCAGTTCAACACTGCTATTTCATTCTCTCATCAAATGGAACTCAATGGAATTCAACCTGACATATATACTTTAAGCATCTTGATTAATTGTTTTTGCCATCTGGGTCAAATCAATTTTGCATTTTCTATATTGGGTAAGATTCTTAAGCTAGGTTATGAGCCTAACACTGTAACTTTAACTACACTTATCAAAGGTCTTTGTCTTAATGGTCAAATTAGGAAAGCACTTCTCTTTCATGATGAAGTTCTAATAAAAGGATTTCATCTTAACGAGGTTAGTTATGGGACATTGATCAACGGGTTTTGTAAAGCCGGAGAAACAAGAGCTGCTCTACAGTTGCTTAGAAAGATTGAAGGGTTATCATTGGTTAAACCTGATGTGATAATGTACAGTGCAATCATTGATAGTTTCTGTAAGGATAAACTCGTAATTGACGCCTATGATTTATATTCTGAAATGATTGTTAAGAAAATTTATCCTAATGTCGTCACTTTCAATAGTTTGATCTATGGATTTTGCATTGTGGGTCAATTCCACGAAGCAGTTGGTTTGTTTAGTGAAATGATACTCAAAAACAACAACCCCGATGTGTATACCTTCAATATATTGGTTGATGGTTTATGTAAGGAAGGAGAGGTAAAAAAAGCAAGAAATGTGTTGGCTGTTATGATAAAACAAGGCGTGAAACCCAATATTGTTACTTATAGTTCTTTAATGGATGGGTGTTTCTTGGTTAAAGAAGTGAACAAGGCAACATATGTATTCAACACTATTGCTAGAAGGGGAGTGGCTCATGATGTTCAGAGCTACAGTGTTATGATTAACGGATTTTGTAAGAATAAAATGGTGGATGAAGCTGTAAATCTCTTCAAAGAAATGCATTCCAAAAATATGGTTCCTAACACTGTAACATACAATTCCCTAATTGATGGACTTTGCAAATCAGGGAGAATATCTGATGCTTGGGATTTTGTAGATGAGATGCATGATAGAGGTCAACCAGCGAACATTATCACTTACAGTTCTTTATTAGATGGATTATGCAAAAACCATCAGGTTGACAAGGCAATCACATTGTTTACGAAGATCAAGAACCGAGGAATTCAGCCAAATATGTATACATACACTATACTTGTTGATGGACTGTGCAAAAATGGAAGACTTAAGGATGCACAAAGGGTTTATCAGGATCTTCTGAATAAGGGCTATCATTTAGATGCTTGGATATATACTGTGATGATTAATGGGCTTTGTAAAGAAGGGTTTTTTGATGAAGCATTGTCCTTACTCTCAAAAATGGAAGACAATGGGTGCACTCCTGATGGTGTAACTTATGAAATTATCATTTGTGCTTTGTTTGAAAGCAATAGAAAGGATAAGGCGGCGATACTTCTTCATGAAATGATTGCTAGAGGTCTACTCTAA
Protein sequence

>MsG0680035265.01.T01

MTRSSLLRYATPNSFIIRKLHIQSLPSFIPNINPTQPIFDFGKILSSLVKMNQFNTAISFSHQMELNGIQPDIYTLSILINCFCHLGQINFAFSILGKILKLGYEPNTVTLTTLIKGLCLNGQIRKALLFHDEVLIKGFHLNEVSYGTLINGFCKAGETRAALQLLRKIEGLSLVKPDVIMYSAIIDSFCKDKLVIDAYDLYSEMIVKKIYPNVVTFNSLIYGFCIVGQFHEAVGLFSEMILKNNNPDVYTFNILVDGLCKEGEVKKARNVLAVMIKQGVKPNIVTYSSLMDGCFLVKEVNKATYVFNTIARRGVAHDVQSYSVMINGFCKNKMVDEAVNLFKEMHSKNMVPNTVTYNSLIDGLCKSGRISDAWDFVDEMHDRGQPANIITYSSLLDGLCKNHQVDKAITLFTKIKNRGIQPNMYTYTILVDGLCKNGRLKDAQRVYQDLLNKGYHLDAWIYTVMINGLCKEGFFDEALSLLSKMEDNGCTPDGVTYEIIICALFESNRKDKAAILLHEMIARGLL*