AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035057.01

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MsG0680035057.01.T01 AT1G63230 32.803 314 206 2 164 476 1 310 3.29e-54 185
MsG0680035057.01.T01 AT1G63230 32.000 275 182 2 205 478 7 277 5.75e-49 171
MsG0680035057.01.T01 AT1G63230 25.552 317 232 1 59 375 1 313 2.09e-39 145
MsG0680035057.01.T01 AT1G63230 28.136 295 208 1 52 346 29 319 2.39e-39 145
MsG0680035057.01.T01 AT1G63230 28.462 260 186 0 38 297 46 305 5.58e-36 136
MsG0680035057.01.T01 AT5G39710 32.889 450 296 3 32 475 129 578 1.89e-79 262
MsG0680035057.01.T01 AT5G39710 28.600 500 322 6 2 484 188 669 5.72e-72 243
MsG0680035057.01.T01 AT5G39710 28.099 363 246 1 52 399 329 691 6.45e-56 199
MsG0680035057.01.T01 AT5G39710 24.259 371 231 5 65 420 412 747 4.85e-31 127
MsG0680035057.01.T01 AT5G39710 32.143 168 112 2 316 481 137 304 1.05e-22 102
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MsG0680035057.01.T01 AT3G53700 32.767 412 275 2 66 475 222 633 8.55e-77 255
MsG0680035057.01.T01 AT3G53700 28.899 436 306 4 50 481 276 711 2.76e-62 216
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MsG0680035057.01.T01 AT2G19280 25.676 370 271 2 107 475 205 571 1.86e-37 146
MsG0680035057.01.T01 AT2G19280 25.134 374 242 2 90 428 293 663 4.90e-35 139
MsG0680035057.01.T01 AT2G19280 27.152 302 217 3 58 357 362 662 6.76e-34 135
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MsG0680035057.01.T01 AT1G53330 26.442 208 151 2 276 481 46 253 6.13e-21 94.7
MsG0680035057.01.T01 AT1G53330 28.342 187 131 3 292 476 28 213 2.81e-17 84.0
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MsG0680035057.01.T01 AT5G25630 25.000 316 233 3 67 379 135 449 4.24e-31 126
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MsG0680035057.01.T01 AT5G25630 25.197 381 235 6 138 475 49 422 8.24e-36 140
MsG0680035057.01.T01 AT5G25630 25.000 316 233 3 67 379 186 500 5.32e-31 126
MsG0680035057.01.T01 AT5G25630 23.929 280 203 5 205 476 77 354 1.22e-23 104
MsG0680035057.01.T01 AT5G25630 25.269 186 135 2 277 458 44 229 2.00e-16 82.4
MsG0680035057.01.T01 AT1G53330 29.508 305 214 1 172 475 151 455 7.14e-42 155
MsG0680035057.01.T01 AT1G53330 27.950 322 229 3 155 474 100 420 2.38e-34 134
MsG0680035057.01.T01 AT1G53330 32.353 238 159 2 241 476 150 387 8.08e-33 130
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MsG0680035057.01.T01 AT2G36240 23.123 333 248 2 34 358 151 483 2.63e-30 123
MsG0680035057.01.T01 AT2G36240 32.618 233 155 2 246 476 160 392 9.50e-30 122
MsG0680035057.01.T01 AT2G36240 30.769 130 84 3 349 474 158 285 1.63e-15 79.3
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MsG0680035057.01.T01 AT5G50280 25.656 343 249 4 136 475 306 645 2.51e-32 131
MsG0680035057.01.T01 AT5G50280 23.035 369 282 2 71 437 276 644 1.93e-30 125
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MsG0680035057.01.T01 AT5G50280 22.727 374 283 4 100 467 232 605 2.36e-28 119
MsG0680035057.01.T01 AT5G50280 26.623 308 223 3 176 480 276 583 6.16e-27 115
MsG0680035057.01.T01 AT5G50280 21.908 283 220 1 38 319 384 666 6.29e-20 93.6
MsG0680035057.01.T01 AT5G50280 26.336 262 178 7 218 470 212 467 8.20e-19 90.1
MsG0680035057.01.T01 AT5G50280 21.495 214 168 0 91 304 473 686 1.89e-13 73.2
MsG0680035057.01.T01 AT4G01400 31.538 260 177 1 50 308 136 395 8.94e-37 141
MsG0680035057.01.T01 AT4G01400 26.429 280 201 3 210 484 121 400 1.48e-31 127
MsG0680035057.01.T01 AT4G01400 27.468 233 168 1 206 437 152 384 3.69e-31 125
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MsG0680035057.01.T01 AT5G08310 26.067 445 291 10 43 476 151 568 3.66e-32 131
MsG0680035057.01.T01 AT5G08310 24.176 455 288 9 38 455 323 757 4.19e-31 127
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MsG0680035057.01.T01 AT2G18940 21.042 480 341 4 34 476 282 760 1.68e-34 138
MsG0680035057.01.T01 AT2G18940 26.301 365 252 6 108 463 110 466 5.68e-32 130
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MsG0680035057.01.T01 AT1G63630 33.835 133 88 0 175 307 12 144 2.21e-21 90.9
MsG0680035057.01.T01 AT1G63630 26.241 141 104 0 129 269 1 141 2.59e-17 79.3
MsG0680035057.01.T01 AT1G63630 36.364 99 62 1 378 475 5 103 4.04e-17 79.0
MsG0680035057.01.T01 AT1G63630 26.241 141 104 0 94 234 1 141 1.05e-13 68.9
MsG0680035057.01.T01 AT1G63630 22.695 141 109 0 59 199 1 141 3.46e-13 67.8
MsG0680035057.01.T01 AT1G63630 29.204 113 80 0 46 158 23 135 6.37e-12 63.9
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MsG0680035057.01.T01 AT5G39980 24.432 352 258 4 130 476 111 459 7.35e-32 129
MsG0680035057.01.T01 AT5G39980 22.049 449 344 3 28 475 151 594 1.02e-31 129
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MsG0680035057.01.T01 AT1G74750 25.256 293 218 1 168 459 354 646 1.33e-32 132
MsG0680035057.01.T01 AT1G74750 22.838 451 301 5 33 443 326 769 5.45e-30 124
MsG0680035057.01.T01 AT1G74750 29.949 197 137 1 280 475 361 557 2.36e-23 104
MsG0680035057.01.T01 AT1G74750 29.286 140 97 2 343 480 354 493 5.41e-14 75.1
MsG0680035057.01.T01 AT1G74750 25.256 293 218 1 168 459 354 646 1.33e-32 132
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MsG0680035057.01.T01 AT1G74750 29.949 197 137 1 280 475 361 557 2.36e-23 104
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MsG0680035057.01.T01 AT1G74750 22.838 451 301 5 33 443 326 769 5.45e-30 124
MsG0680035057.01.T01 AT1G74750 29.949 197 137 1 280 475 361 557 2.36e-23 104
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MsG0680035057.01.T01 AT1G05600 23.962 313 228 5 174 476 117 429 4.86e-24 105
MsG0680035057.01.T01 AT1G05600 25.193 389 247 8 50 394 98 486 1.89e-32 130
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MsG0680035057.01.T01 AT3G17370 27.551 196 129 2 137 332 13 195 9.83e-19 85.1
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MsG0680035057.01.T01 AT3G59040 21.411 397 301 4 18 411 129 517 2.84e-27 115
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MsG0680035057.01.T01 AT3G15200 26.033 242 176 3 236 476 137 376 3.91e-22 99.8
MsG0680035057.01.T01 AT3G15200 24.272 206 146 3 281 481 146 346 1.06e-12 70.5
MsG0680035057.01.T01 AT2G15980 25.081 307 202 4 174 474 163 447 2.21e-31 127
MsG0680035057.01.T01 AT2G15980 24.800 250 182 4 66 310 243 491 1.11e-20 95.1
MsG0680035057.01.T01 AT2G15980 27.039 233 165 4 99 326 241 473 4.00e-20 93.6
MsG0680035057.01.T01 AT2G15980 29.282 181 88 4 296 475 233 374 4.64e-14 74.7
MsG0680035057.01.T01 AT1G62260 24.524 473 283 12 50 474 122 568 3.87e-31 127
MsG0680035057.01.T01 AT1G62260 22.907 454 269 11 73 476 45 467 9.07e-26 111
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MsG0680035057.01.T01 AT1G73710 21.946 442 331 6 39 472 380 815 5.15e-28 118
MsG0680035057.01.T01 AT1G73710 22.353 510 305 9 62 480 139 648 6.84e-26 112
MsG0680035057.01.T01 AT1G73710 21.480 419 316 9 69 480 516 928 1.40e-22 102
MsG0680035057.01.T01 AT1G73710 22.045 440 318 11 13 442 533 957 4.83e-15 78.6
MsG0680035057.01.T01 AT1G55890 28.195 266 189 2 214 477 115 380 2.42e-30 122
MsG0680035057.01.T01 AT1G55890 28.505 214 152 1 194 406 165 378 2.68e-29 119
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MsG0680035057.01.T01 AT1G02420 28.144 334 222 9 152 476 86 410 5.90e-27 114
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MsG0680035057.01.T01 AT1G02420 25.514 243 177 2 171 413 178 416 1.68e-20 94.7
MsG0680035057.01.T01 AT1G02420 24.281 313 231 3 28 340 177 483 4.68e-16 80.9
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MsG0680035057.01.T01 AT1G66345 20.580 379 261 7 107 482 168 509 2.92e-25 109
MsG0680035057.01.T01 AT1G66345 22.364 313 243 0 97 409 228 540 3.53e-19 90.9
MsG0680035057.01.T01 AT1G66345 23.466 277 211 1 29 305 266 541 1.81e-18 88.6
MsG0680035057.01.T01 AT1G66345 20.275 291 232 0 51 341 252 542 3.66e-18 87.8
MsG0680035057.01.T01 AT1G66345 21.613 310 241 2 66 374 232 540 9.12e-18 86.7
MsG0680035057.01.T01 AT1G66345 24.103 195 140 3 48 238 354 544 1.50e-11 67.0
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MsG0680035057.01.T01 AT1G10910 27.848 237 168 3 242 476 131 366 1.75e-20 95.1
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MsG0680035057.01.T01 AT4G38010 20.663 392 288 8 58 443 162 536 9.50e-16 80.1
MsG0680035057.01.T01 AT3G04750 23.543 446 299 14 46 476 111 529 1.75e-24 107
MsG0680035057.01.T01 AT3G04750 24.642 349 166 9 206 476 98 427 9.08e-21 96.3
MsG0680035057.01.T01 AT3G53170 24.397 373 275 5 52 419 77 447 1.75e-24 106
MsG0680035057.01.T01 AT3G53170 24.490 294 186 4 175 466 96 355 4.83e-18 87.0
MsG0680035057.01.T01 AT3G53170 27.039 233 162 6 258 484 73 303 2.29e-16 81.6
MsG0680035057.01.T01 AT1G80150 27.488 211 143 2 207 412 176 381 3.42e-24 104
MsG0680035057.01.T01 AT1G80150 27.184 206 145 2 280 482 179 382 4.39e-18 86.7
MsG0680035057.01.T01 AT1G80150 24.454 229 162 3 85 307 158 381 2.82e-17 84.0
MsG0680035057.01.T01 AT1G09410 27.801 241 147 7 240 478 45 260 3.55e-24 106
MsG0680035057.01.T01 AT1G09410 20.737 434 309 12 46 476 92 493 8.39e-18 87.0
MsG0680035057.01.T01 AT1G09410 25.726 241 152 7 245 483 19 234 1.13e-17 86.7
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MsG0680035057.01.T01 AT2G42920 19.767 430 289 9 48 474 73 449 2.34e-12 69.7
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MsG0680035057.01.T01 AT1G77010 21.121 464 313 13 46 476 168 611 5.41e-12 68.6
MsG0680035057.01.T01 AT1G31430 19.524 420 280 9 101 481 9 409 1.67e-17 85.9
MsG0680035057.01.T01 AT1G31430 21.381 449 300 10 65 476 8 440 2.10e-15 79.3
MsG0680035057.01.T01 AT1G31430 19.457 442 317 11 35 462 114 530 1.40e-11 67.0
MsG0680035057.01.T01 AT1G31430 19.524 420 280 9 101 481 9 409 1.67e-17 85.9
MsG0680035057.01.T01 AT1G31430 21.381 449 300 10 65 476 8 440 2.10e-15 79.3
MsG0680035057.01.T01 AT1G31430 19.457 442 317 11 35 462 114 530 1.40e-11 67.0
MsG0680035057.01.T01 AT3G61170 21.174 477 326 9 34 476 60 520 2.18e-17 85.9
MsG0680035057.01.T01 AT3G61170 23.250 400 248 9 115 476 10 388 5.34e-16 81.3
MsG0680035057.01.T01 AT4G21065 26.316 247 171 4 230 473 10 248 2.53e-17 84.7
MsG0680035057.01.T01 AT4G21065 22.054 331 233 9 152 474 2 315 1.45e-14 76.3
MsG0680035057.01.T01 AT4G21065 24.082 245 168 8 86 326 41 271 6.50e-11 64.7
MsG0680035057.01.T01 AT1G74630 19.662 473 317 12 43 474 45 495 3.12e-17 85.1
MsG0680035057.01.T01 AT1G74630 21.368 351 224 9 161 475 25 359 1.90e-12 70.1
MsG0680035057.01.T01 AT1G74630 19.662 473 317 12 43 474 60 510 3.25e-17 85.1
MsG0680035057.01.T01 AT1G74630 21.368 351 224 9 161 475 40 374 1.75e-12 70.1
MsG0680035057.01.T01 AT4G37380 22.118 425 272 14 46 432 39 442 4.05e-17 84.7
MsG0680035057.01.T01 AT4G37380 22.397 317 194 12 202 481 89 390 3.75e-12 68.9
MsG0680035057.01.T01 AT1G64310 21.535 404 268 8 107 473 75 466 4.51e-17 84.3
MsG0680035057.01.T01 AT1G64310 25.500 200 142 4 100 297 270 464 6.02e-12 68.2
MsG0680035057.01.T01 AT3G25060 22.482 427 277 10 50 472 98 474 5.95e-17 84.0
MsG0680035057.01.T01 AT3G25060 22.992 361 260 7 122 481 38 381 5.32e-12 68.6
MsG0680035057.01.T01 AT1G12615 32.867 143 94 1 94 234 1 143 6.86e-17 78.6
MsG0680035057.01.T01 AT1G12615 27.673 159 111 2 269 425 1 157 1.19e-14 72.0
MsG0680035057.01.T01 AT3G49740 19.814 429 312 11 50 469 273 678 7.61e-17 84.0
MsG0680035057.01.T01 AT3G49740 20.253 395 288 10 90 477 278 652 2.65e-15 79.3
MsG0680035057.01.T01 AT3G49740 20.745 376 260 13 100 466 120 466 1.89e-12 70.1
MsG0680035057.01.T01 AT3G16610 23.454 388 277 8 100 481 268 641 7.70e-17 84.0
MsG0680035057.01.T01 AT4G32430 22.162 370 264 8 107 475 115 461 8.44e-17 84.0
MsG0680035057.01.T01 AT4G32430 20.186 431 284 13 80 471 221 630 2.50e-14 76.3
MsG0680035057.01.T01 AT4G39530 19.780 455 321 7 57 477 304 748 9.83e-17 84.0
MsG0680035057.01.T01 AT4G39530 19.185 417 294 5 100 481 211 619 8.10e-15 77.8
MsG0680035057.01.T01 AT4G39530 21.320 394 251 7 123 475 168 543 1.45e-13 73.9
MsG0680035057.01.T01 AT1G56570 19.617 418 315 10 52 465 95 495 1.05e-16 83.6
MsG0680035057.01.T01 AT1G56570 22.699 326 213 6 190 481 58 378 1.11e-12 70.9
MsG0680035057.01.T01 AT1G56570 19.617 418 315 10 52 465 95 495 1.05e-16 83.6
MsG0680035057.01.T01 AT1G56570 22.699 326 213 6 190 481 58 378 1.11e-12 70.9
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 34.351 131 86 0 290 420 702 832 1.24e-16 83.6
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 33.051 118 79 0 191 308 708 825 2.48e-13 73.2
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 36.036 111 70 1 367 476 709 819 3.43e-13 72.8
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 31.579 114 78 0 261 374 708 821 2.30e-12 70.1
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 28.205 117 84 0 227 343 709 825 4.28e-12 69.3
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 32.710 107 72 0 336 442 713 819 1.02e-11 67.8
MsG0680035057.01.T01 AT2G17210 21.749 423 244 11 90 476 202 573 1.27e-16 83.2
MsG0680035057.01.T01 AT2G17210 19.324 414 308 10 55 461 233 627 1.28e-14 77.0
MsG0680035057.01.T01 AT3G13770 21.695 295 201 6 193 473 103 381 1.30e-16 83.2
MsG0680035057.01.T01 AT3G13770 21.644 365 258 12 128 481 108 455 1.07e-15 80.1
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 34.351 131 86 0 290 420 701 831 1.33e-16 83.6
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 33.051 118 79 0 191 308 707 824 2.59e-13 73.2
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 36.036 111 70 1 367 476 708 818 3.77e-13 72.4
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 31.579 114 78 0 261 374 707 820 2.38e-12 70.1
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 28.205 117 84 0 227 343 708 824 4.50e-12 68.9
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 32.710 107 72 0 336 442 712 818 1.07e-11 67.8
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 34.677 124 81 0 297 420 489 612 1.36e-16 83.2
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 33.051 118 79 0 191 308 488 605 2.63e-13 72.8
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 36.036 111 70 1 367 476 489 599 3.39e-13 72.4
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 31.579 114 78 0 261 374 488 601 2.36e-12 69.7
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 28.205 117 84 0 227 343 489 605 3.89e-12 68.9
MsG0680035057.01.T01 AT3G60040 32.710 107 72 0 336 442 493 599 7.78e-12 68.2
MsG0680035057.01.T01 AT3G49142 20.159 377 289 4 102 476 104 470 1.38e-16 83.2
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MsG0680035057.01.T01 AT5G47460 23.843 281 192 7 183 457 61 325 9.22e-15 77.4
MsG0680035057.01.T01 AT4G33990 21.805 399 273 11 90 477 207 577 1.84e-16 82.8
MsG0680035057.01.T01 AT4G33990 21.374 393 287 11 92 477 302 679 2.23e-15 79.3
MsG0680035057.01.T01 AT4G33990 21.393 402 260 13 109 474 92 473 1.07e-12 70.9
MsG0680035057.01.T01 AT4G15720 21.591 352 262 6 135 482 92 433 1.88e-16 82.4
MsG0680035057.01.T01 AT4G15720 23.011 352 193 8 195 474 50 395 2.32e-13 72.8
MsG0680035057.01.T01 AT4G33170 20.804 423 286 8 89 476 371 779 2.08e-16 82.8
MsG0680035057.01.T01 AT4G33170 24.651 215 149 4 136 345 581 787 3.17e-12 69.7
MsG0680035057.01.T01 AT4G33170 23.210 405 269 12 90 476 96 476 5.04e-11 65.9
MsG0680035057.01.T01 AT4G33990 21.805 399 273 11 90 477 200 570 2.50e-16 82.4
MsG0680035057.01.T01 AT4G33990 21.374 393 287 11 92 477 295 672 2.86e-15 79.3
MsG0680035057.01.T01 AT4G33990 21.393 402 260 13 109 474 85 466 1.55e-12 70.5
MsG0680035057.01.T01 AT5G27270 22.131 366 283 2 78 442 162 526 2.68e-16 82.4
MsG0680035057.01.T01 AT5G27270 21.206 481 341 7 28 476 324 798 2.88e-16 82.4
MsG0680035057.01.T01 AT5G27270 18.206 379 266 4 74 448 264 602 1.44e-13 73.9
MsG0680035057.01.T01 AT5G27270 22.714 339 247 6 91 426 491 817 3.91e-12 69.3
MsG0680035057.01.T01 AT4G35130 20.968 434 277 9 51 475 113 489 3.06e-16 82.0
MsG0680035057.01.T01 AT4G35130 20.455 440 259 12 74 474 269 656 4.75e-16 81.6
MsG0680035057.01.T01 AT4G35130 24.719 267 181 6 215 476 71 322 8.16e-15 77.8

Find 84 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 108 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TGTTACTTATAACTCTTTAA+TGG 0.184388 6:-98300457 MsG0680035057.01.T01:CDS
AGTTATGGAACCTTGATTAA+TGG 0.217055 6:-98300873 MsG0680035057.01.T01:CDS
AGCTACAATATAATGATTAA+TGG 0.241165 6:-98300348 MsG0680035057.01.T01:CDS
TCAAGGTTCCATAACTAAAT+TGG 0.251602 6:+98300880 None:intergenic
ACTCCTCCCAACATCGAATT+TGG 0.265519 6:-98301203 MsG0680035057.01.T01:CDS
CCGGCAACTTGATGGAAAAT+TGG 0.280625 6:-98300808 MsG0680035057.01.T01:CDS
ACATACACTATTCTAATTGA+TGG 0.305417 6:-98300036 MsG0680035057.01.T01:CDS
GTTATGGAACCTTGATTAAT+GGG 0.308148 6:-98300872 MsG0680035057.01.T01:CDS
TTTGTTCAATAAAATGATAT+TGG 0.312248 6:-98300604 MsG0680035057.01.T01:CDS
GTATTCAATGTTATGGTATC+TGG 0.321729 6:+98300990 None:intergenic
CATTTCTTCAAAGAGATTCA+TGG 0.328931 6:+98300296 None:intergenic
TATTAAAAGTACGAACATTC+GGG 0.334862 6:+98300571 None:intergenic
TTTGCACATACCATCAATAA+TGG 0.344010 6:+98300758 None:intergenic
ATTTACAGATACCATCAATA+AGG 0.344470 6:+98300232 None:intergenic
CATCAATTGTTTCTGCCAAA+TGG 0.345051 6:-98301069 MsG0680035057.01.T01:CDS
ATAGTGTATGTGTACATATT+TGG 0.351870 6:+98300048 None:intergenic
GCTACAATATAATGATTAAT+GGG 0.355249 6:-98300347 MsG0680035057.01.T01:CDS
TATTGATGGTATCTGTAAAT+CGG 0.365308 6:-98300229 MsG0680035057.01.T01:CDS
ATGTTGCAATTGACTAAGTT+AGG 0.371203 6:+98301095 None:intergenic
ACTTACAATTCCCTTATTGA+TGG 0.380904 6:-98300243 MsG0680035057.01.T01:CDS
GAATTGCTCCGGCAACTTGA+TGG 0.382047 6:-98300816 MsG0680035057.01.T01:CDS
CAGTTGGACCAATTTAGTTA+TGG 0.382533 6:-98300888 MsG0680035057.01.T01:CDS
GTATTAAAAGTACGAACATT+CGG 0.392720 6:+98300570 None:intergenic
ATCAATTGTTTCTGCCAAAT+GGG 0.393250 6:-98301068 MsG0680035057.01.T01:CDS
ATCTTACCAAATTCGATGTT+GGG 0.401672 6:+98301197 None:intergenic
GTCAATACACAGAAAGCAAA+AGG 0.404992 6:+98301038 None:intergenic
ATTGATGGTATCTGTAAATC+GGG 0.416847 6:-98300228 MsG0680035057.01.T01:CDS
GAATTGTAAGTAATTATATC+AGG 0.424389 6:+98300150 None:intergenic
GAGTTATAAGTAACAACATC+TGG 0.434646 6:+98300465 None:intergenic
GATGAGTGTATTCAATGTTA+TGG 0.435824 6:+98300983 None:intergenic
CATAGTGTTGAATATACGTT+TGG 0.442443 6:+98300401 None:intergenic
AATCTTACCAAATTCGATGT+TGG 0.448262 6:+98301196 None:intergenic
GGTAAAATGAAAGTTGCAAT+TGG 0.454466 6:-98300627 MsG0680035057.01.T01:CDS
TTTACATAACCCATTAATCA+AGG 0.456779 6:+98300863 None:intergenic
GGGAAACAACAGTGTGGTAA+TGG 0.461248 6:+98301150 None:intergenic
CAAACGTATATTCAACACTA+TGG 0.467551 6:-98300400 MsG0680035057.01.T01:CDS
TTGAGGGAGTATCGTTGAAG+AGG 0.472623 6:+98301292 None:intergenic
TCATGACAAGGTGGTGGCGA+TGG 0.472967 6:-98300916 MsG0680035057.01.T01:CDS
CAAAAGGGATAAGACCCATT+TGG 0.473777 6:+98301054 None:intergenic
AACATTGAATACACTCATCA+AGG 0.473833 6:-98300979 MsG0680035057.01.T01:CDS
TTAATCATTATATTGTAGCT+TGG 0.477208 6:+98300351 None:intergenic
TTTACAGATACCATCAATAA+GGG 0.477602 6:+98300233 None:intergenic
ATGTACAATACCATTATTGA+TGG 0.481901 6:-98300768 MsG0680035057.01.T01:CDS
TCATCGTTGTTATGTAATTG+AGG 0.483748 6:+98301275 None:intergenic
CATCGTTGTTATGTAATTGA+GGG 0.494580 6:+98301276 None:intergenic
CATGACAAGGTGGTGGCGAT+GGG 0.497150 6:-98300915 MsG0680035057.01.T01:CDS
GAATTGTAAGTTACCACATC+AGG 0.497337 6:+98300255 None:intergenic
ACTTATAACTCTTTAATGGA+TGG 0.499169 6:-98300453 MsG0680035057.01.T01:CDS
AATCAGCTCTTGAATTGCTC+CGG 0.510374 6:-98300827 MsG0680035057.01.T01:CDS
GTATTGTACATTACCACATC+AGG 0.527747 6:+98300780 None:intergenic
AAATTCGATGTTGGGAGGAG+TGG 0.531600 6:+98301205 None:intergenic
GGTGGCGATGGGATTTCAGT+TGG 0.532538 6:-98300904 MsG0680035057.01.T01:CDS
AATTCGATGTTGGGAGGAGT+GGG 0.540549 6:+98301206 None:intergenic
GAATTATAAGTGACAACGGT+AGG 0.541866 6:+98300675 None:intergenic
GAAGAGGAGAAGCATAAAGA+AGG 0.546250 6:+98301308 None:intergenic
ATTCAACACTATGGCCTCAA+GGG 0.546450 6:-98300391 MsG0680035057.01.T01:CDS
ACATATTTGGTTGGATACCC+AGG 0.551016 6:+98300061 None:intergenic
CTAATTGATGGATTGTGTAA+AGG 0.553268 6:-98300024 MsG0680035057.01.T01:CDS
ATCAAGGGTCTCTGTCTCAA+AGG 0.556847 6:-98300963 MsG0680035057.01.T01:CDS
ATTAACAAAATTGAAAGACC+TGG 0.557056 6:-98300079 MsG0680035057.01.T01:CDS
AACAACAGTGTGGTAATGGT+TGG 0.564764 6:+98301154 None:intergenic
ATTCGTGAGGCATGTTTCTG+AGG 0.569965 6:-98301406 None:intergenic
GTCGATGAGATGAATGATAG+AGG 0.570852 6:-98300180 MsG0680035057.01.T01:CDS
TGTATGTGTACATATTTGGT+TGG 0.573007 6:+98300052 None:intergenic
GCACTTTCATGACAAGGTGG+TGG 0.574073 6:-98300922 MsG0680035057.01.T01:CDS
TATTCAACACTATGGCCTCA+AGG 0.574392 6:-98300392 MsG0680035057.01.T01:CDS
ATTGATGGATTGTGTAAAGG+TGG 0.584398 6:-98300021 MsG0680035057.01.T01:CDS
TCAATACACAGAAAGCAAAA+GGG 0.595092 6:+98301039 None:intergenic
GTGTAAAGGTGGAAGACTAG+AGG 0.597752 6:-98300010 MsG0680035057.01.T01:CDS
GGTAATGGTTGGTCTTAACA+AGG 0.602234 6:+98301165 None:intergenic
TTAACAAAATTGAAAGACCT+GGG 0.606229 6:-98300078 MsG0680035057.01.T01:CDS
AGCATTGCACTTTCATGACA+AGG 0.611476 6:-98300928 MsG0680035057.01.T01:CDS
ACATTGAATACACTCATCAA+GGG 0.616125 6:-98300978 MsG0680035057.01.T01:CDS
TTTGGCAGAAACAATTGATG+AGG 0.619025 6:+98301072 None:intergenic
TTACCAAATTCGATGTTGGG+AGG 0.637981 6:+98301200 None:intergenic
TTCAACACTATGGCCTCAAG+GGG 0.643777 6:-98300390 MsG0680035057.01.T01:CDS
TAAAGAATTATAAGTGACAA+CGG 0.648574 6:+98300671 None:intergenic
ATCATGAGTCGCTCCCCTTG+AGG 0.670789 6:+98300377 None:intergenic
GTAATGGTTGGTCTTAACAA+GGG 0.689187 6:+98301166 None:intergenic
AAAATTGGTTCAGCCTGATG+TGG 0.692730 6:-98300793 MsG0680035057.01.T01:CDS
TTGATGGTATCTGTAAATCG+GGG 0.700186 6:-98300227 MsG0680035057.01.T01:CDS
ATTAAAAGTACGAACATTCG+GGG 0.713841 6:+98300572 None:intergenic
ATTGCACTTTCATGACAAGG+TGG 0.716247 6:-98300925 MsG0680035057.01.T01:CDS
TTAGCTATGATGATTAAACA+AGG 0.720091 6:-98300495 MsG0680035057.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TTTGTTCAATAAAATGATAT+TGG - Chr6:98300754-98300773 MsG0680035057.01.T01:CDS 15.0%
!!! TTTTGATTTATATTCTGAAA+TGG - Chr6:98300643-98300662 MsG0680035057.01.T01:CDS 15.0%
!! AGCTACAATATAATGATTAA+TGG - Chr6:98301010-98301029 MsG0680035057.01.T01:CDS 20.0%
!! GAATTGTAAGTAATTATATC+AGG + Chr6:98301211-98301230 None:intergenic 20.0%
!! GCTACAATATAATGATTAAT+GGG - Chr6:98301011-98301030 MsG0680035057.01.T01:CDS 20.0%
!! TAAAGAATTATAAGTGACAA+CGG + Chr6:98300690-98300709 None:intergenic 20.0%
!! TTAATCATTATATTGTAGCT+TGG + Chr6:98301010-98301029 None:intergenic 20.0%
!!! ATGAAAGTTTTTGAGATATT+TGG - Chr6:98301376-98301395 MsG0680035057.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATGTTCCATTTTTTGAAAAA+GGG + Chr6:98300231-98300250 None:intergenic 20.0%
!!! TATGTTCCATTTTTTGAAAA+AGG + Chr6:98300232-98300251 None:intergenic 20.0%
!!! TGTTACTTATAACTCTTTAA+TGG - Chr6:98300901-98300920 MsG0680035057.01.T01:CDS 20.0%
! ACATACACTATTCTAATTGA+TGG - Chr6:98301322-98301341 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
! ACTTATAACTCTTTAATGGA+TGG - Chr6:98300905-98300924 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
! ATAGTGTATGTGTACATATT+TGG + Chr6:98301313-98301332 None:intergenic 25.0%
! ATGTACAATACCATTATTGA+TGG - Chr6:98300590-98300609 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
! ATTAACAAAATTGAAAGACC+TGG - Chr6:98301279-98301298 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
! ATTTACAGATACCATCAATA+AGG + Chr6:98301129-98301148 None:intergenic 25.0%
! TTAACAAAATTGAAAGACCT+GGG - Chr6:98301280-98301299 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
! TTAGCTATGATGATTAAACA+AGG - Chr6:98300863-98300882 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
! TTGACAAAGATTCTCAAAAA+CGG - Chr6:98300338-98300357 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
! TTTACAGATACCATCAATAA+GGG + Chr6:98301128-98301147 None:intergenic 25.0%
! TTTACATAACCCATTAATCA+AGG + Chr6:98300498-98300517 None:intergenic 25.0%
! TTTCAAAAAATGGAACATAG+AGG - Chr6:98300233-98300252 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
!! ATCGAATTTGGTAAGATTTT+AGG - Chr6:98300167-98300186 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
!! GTATTAAAAGTACGAACATT+CGG + Chr6:98300791-98300810 None:intergenic 25.0%
!! TATTAAAAGTACGAACATTC+GGG + Chr6:98300790-98300809 None:intergenic 25.0%
!! TATTGATGGTATCTGTAAAT+CGG - Chr6:98301129-98301148 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
!! TGTTCGTACTTTTAATACAT+TGG - Chr6:98300793-98300812 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
!!! ACTTTTAATACATTGGTTGA+TGG - Chr6:98300800-98300819 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
!!! CTTTTAATACATTGGTTGAT+GGG - Chr6:98300801-98300820 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
!!! TGGGTTTTGTAAGATTAAAA+AGG - Chr6:98301030-98301049 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
!!! TGTTTCCCTTTTTCAAAAAA+TGG - Chr6:98300223-98300242 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTTTGAGATATTTGGTCAA+AGG - Chr6:98301383-98301402 MsG0680035057.01.T01:CDS 25.0%
AACATTGAATACACTCATCA+AGG - Chr6:98300379-98300398 MsG0680035057.01.T01:CDS 30.0%
AATCTTACCAAATTCGATGT+TGG + Chr6:98300165-98300184 None:intergenic 30.0%
ACATTGAATACACTCATCAA+GGG - Chr6:98300380-98300399 MsG0680035057.01.T01:CDS 30.0%
ACTTACAATTCCCTTATTGA+TGG - Chr6:98301115-98301134 MsG0680035057.01.T01:CDS 30.0%
AGTTATGGAACCTTGATTAA+TGG - Chr6:98300485-98300504 MsG0680035057.01.T01:CDS 30.0%
ATCTTACCAAATTCGATGTT+GGG + Chr6:98300164-98300183 None:intergenic 30.0%
ATGTTGCAATTGACTAAGTT+AGG + Chr6:98300266-98300285 None:intergenic 30.0%
CAAAAACATTATTCCTGATG+TGG - Chr6:98301090-98301109 MsG0680035057.01.T01:CDS 30.0%
CAAAAATCATCATGTTGACA+AGG - Chr6:98301249-98301268 MsG0680035057.01.T01:CDS 30.0%
CAAACGTATATTCAACACTA+TGG - Chr6:98300958-98300977 MsG0680035057.01.T01:CDS 30.0%
CATCGTTGTTATGTAATTGA+GGG + Chr6:98300085-98300104 None:intergenic 30.0%
CATTTCTTCAAAGAGATTCA+TGG + Chr6:98301065-98301084 None:intergenic 30.0%
CCTAGTTAAAAAAGTGAACA+AGG - Chr6:98300934-98300953 MsG0680035057.01.T01:CDS 30.0%
GAGTTATAAGTAACAACATC+TGG + Chr6:98300896-98300915 None:intergenic 30.0%
GATGAGTGTATTCAATGTTA+TGG + Chr6:98300378-98300397 None:intergenic 30.0%
GGTAAAATGAAAGTTGCAAT+TGG - Chr6:98300731-98300750 MsG0680035057.01.T01:CDS 30.0%
GTATTCAATGTTATGGTATC+TGG + Chr6:98300371-98300390 None:intergenic 30.0%
GTTATGGAACCTTGATTAAT+GGG - Chr6:98300486-98300505 MsG0680035057.01.T01:CDS 30.0%
TCAAGGTTCCATAACTAAAT+TGG + Chr6:98300481-98300500 None:intergenic 30.0%
TCAATACACAGAAAGCAAAA+GGG + Chr6:98300322-98300341 None:intergenic 30.0%
TCATCGTTGTTATGTAATTG+AGG + Chr6:98300086-98300105 None:intergenic 30.0%
TGTATGTGTACATATTTGGT+TGG + Chr6:98301309-98301328 None:intergenic 30.0%
TTTGCACATACCATCAATAA+TGG + Chr6:98300603-98300622 None:intergenic 30.0%
! ATTAAAAGTACGAACATTCG+GGG + Chr6:98300789-98300808 None:intergenic 30.0%
! ATTGATGGTATCTGTAAATC+GGG - Chr6:98301130-98301149 MsG0680035057.01.T01:CDS 30.0%
! ATTTGTAGCTTTTGCATTGT+TGG - Chr6:98300710-98300729 MsG0680035057.01.T01:CDS 30.0%
! CATAGTGTTGAATATACGTT+TGG + Chr6:98300960-98300979 None:intergenic 30.0%
! CGAAAAGGATGAAACTTTTT+GGG + Chr6:98299999-98300018 None:intergenic 30.0%
! TCGAAAAGGATGAAACTTTT+TGG + Chr6:98300000-98300019 None:intergenic 30.0%
!! ATCAATTGTTTCTGCCAAAT+GGG - Chr6:98300290-98300309 MsG0680035057.01.T01:CDS 30.0%
!! CTAATTGATGGATTGTGTAA+AGG - Chr6:98301334-98301353 MsG0680035057.01.T01:CDS 30.0%
!!! CCTTGTTCACTTTTTTAACT+AGG + Chr6:98300937-98300956 None:intergenic 30.0%
!!! GTGTTTTTCTGAAATCGAAA+AGG + Chr6:98300014-98300033 None:intergenic 30.0%
CAGTTGGACCAATTTAGTTA+TGG - Chr6:98300470-98300489 MsG0680035057.01.T01:CDS 35.0%
GAATTATAAGTGACAACGGT+AGG + Chr6:98300686-98300705 None:intergenic 35.0%
GAATTGTAAGTTACCACATC+AGG + Chr6:98301106-98301125 None:intergenic 35.0%
GTATTGTACATTACCACATC+AGG + Chr6:98300581-98300600 None:intergenic 35.0%
GTCAATACACAGAAAGCAAA+AGG + Chr6:98300323-98300342 None:intergenic 35.0%
TTTGGCAGAAACAATTGATG+AGG + Chr6:98300289-98300308 None:intergenic 35.0%
! TTGATGGTATCTGTAAATCG+GGG - Chr6:98301131-98301150 MsG0680035057.01.T01:CDS 35.0%
!! ATTGATGGATTGTGTAAAGG+TGG - Chr6:98301337-98301356 MsG0680035057.01.T01:CDS 35.0%
!! CATCAATTGTTTCTGCCAAA+TGG - Chr6:98300289-98300308 MsG0680035057.01.T01:CDS 35.0%
!! GTAATGGTTGGTCTTAACAA+GGG + Chr6:98300195-98300214 None:intergenic 35.0%
!!! ATTGGTTGATGGGTTTTGTA+AGG - Chr6:98300811-98300830 MsG0680035057.01.T01:CDS 35.0%
AATCAGCTCTTGAATTGCTC+CGG - Chr6:98300531-98300550 MsG0680035057.01.T01:CDS 40.0%
ACATATTTGGTTGGATACCC+AGG + Chr6:98301300-98301319 None:intergenic 40.0%
AGCATTGCACTTTCATGACA+AGG - Chr6:98300430-98300449 MsG0680035057.01.T01:CDS 40.0%
ATTCAACACTATGGCCTCAA+GGG - Chr6:98300967-98300986 MsG0680035057.01.T01:CDS 40.0%
ATTGCACTTTCATGACAAGG+TGG - Chr6:98300433-98300452 MsG0680035057.01.T01:CDS 40.0%
CAAAAGGGATAAGACCCATT+TGG + Chr6:98300307-98300326 None:intergenic 40.0%
GAAAAAGGGAAACAACAGTG+TGG + Chr6:98300217-98300236 None:intergenic 40.0%
GTCGATGAGATGAATGATAG+AGG - Chr6:98301178-98301197 MsG0680035057.01.T01:CDS 40.0%
TATTCAACACTATGGCCTCA+AGG - Chr6:98300966-98300985 MsG0680035057.01.T01:CDS 40.0%
TTACCAAATTCGATGTTGGG+AGG + Chr6:98300161-98300180 None:intergenic 40.0%
! AAAATTGGTTCAGCCTGATG+TGG - Chr6:98300565-98300584 MsG0680035057.01.T01:CDS 40.0%
! GAAGAGGAGAAGCATAAAGA+AGG + Chr6:98300053-98300072 None:intergenic 40.0%
!! AACAACAGTGTGGTAATGGT+TGG + Chr6:98300207-98300226 None:intergenic 40.0%
!! CCAATTTTCCATCAAGTTGC+CGG + Chr6:98300553-98300572 None:intergenic 40.0%
!! GGTAATGGTTGGTCTTAACA+AGG + Chr6:98300196-98300215 None:intergenic 40.0%
!!! GTTGATGGGTTTTGTAAGGA+AGG - Chr6:98300815-98300834 MsG0680035057.01.T01:CDS 40.0%
AAATTCGATGTTGGGAGGAG+TGG + Chr6:98300156-98300175 None:intergenic 45.0%
AATTCGATGTTGGGAGGAGT+GGG + Chr6:98300155-98300174 None:intergenic 45.0%
ACTCCTCCCAACATCGAATT+TGG - Chr6:98300155-98300174 MsG0680035057.01.T01:CDS 45.0%
ATCAAGGGTCTCTGTCTCAA+AGG - Chr6:98300395-98300414 MsG0680035057.01.T01:CDS 45.0%
CCGGCAACTTGATGGAAAAT+TGG - Chr6:98300550-98300569 MsG0680035057.01.T01:CDS 45.0%
GGGAAACAACAGTGTGGTAA+TGG + Chr6:98300211-98300230 None:intergenic 45.0%
GTGTAAAGGTGGAAGACTAG+AGG - Chr6:98301348-98301367 MsG0680035057.01.T01:CDS 45.0%
TTCAACACTATGGCCTCAAG+GGG - Chr6:98300968-98300987 MsG0680035057.01.T01:CDS 45.0%
!! TTGAGGGAGTATCGTTGAAG+AGG + Chr6:98300069-98300088 None:intergenic 45.0%
GAATTGCTCCGGCAACTTGA+TGG - Chr6:98300542-98300561 MsG0680035057.01.T01:CDS 50.0%
GCACTTTCATGACAAGGTGG+TGG - Chr6:98300436-98300455 MsG0680035057.01.T01:CDS 50.0%
ATCATGAGTCGCTCCCCTTG+AGG + Chr6:98300984-98301003 None:intergenic 55.0%
GGTGGCGATGGGATTTCAGT+TGG - Chr6:98300454-98300473 MsG0680035057.01.T01:CDS 55.0%
! CATGACAAGGTGGTGGCGAT+GGG - Chr6:98300443-98300462 MsG0680035057.01.T01:CDS 55.0%
! TCATGACAAGGTGGTGGCGA+TGG - Chr6:98300442-98300461 MsG0680035057.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 98299963 98301417 98299963 ID=MsG0680035057.01;Name=MsG0680035057.01
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Chr6 exon 98299963 98301417 98299963 ID=MsG0680035057.01.T01:exon:13982;Parent=MsG0680035057.01.T01
Chr6 CDS 98299963 98301417 98299963 ID=MsG0680035057.01.T01:cds;Parent=MsG0680035057.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680035057.01.T01

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Protein sequence

>MsG0680035057.01.T01

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