AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680033701.01

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MsG0680033701.01.T01 AT1G74580 29.167 336 237 1 211 546 89 423 1.71e-41 160
MsG0680033701.01.T01 AT1G74580 31.955 266 181 0 281 546 88 353 4.97e-35 140
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MsG0680033701.01.T01 AT2G39230 28.061 392 281 1 63 453 453 844 4.69e-49 182
MsG0680033701.01.T01 AT2G39230 26.238 404 297 1 104 506 459 862 1.68e-43 166
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MsG0680033701.01.T01 AT1G09680 29.351 385 263 3 151 535 227 602 1.29e-54 195
MsG0680033701.01.T01 AT1G09680 29.254 335 237 0 119 453 230 564 6.46e-53 190
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MsG0680033701.01.T01 AT1G09680 28.571 350 247 1 40 389 256 602 5.78e-48 177
MsG0680033701.01.T01 AT1G09680 28.462 390 258 5 47 419 212 597 3.06e-47 174
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MsG0680033701.01.T01 AT5G25630 23.101 316 240 2 57 370 135 449 1.29e-27 117
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MsG0680033701.01.T01 AT2G36240 31.095 283 188 4 272 551 160 438 1.87e-34 137
MsG0680033701.01.T01 AT2G36240 27.244 312 224 3 237 546 160 470 9.89e-33 132
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MsG0680033701.01.T01 AT2G36240 24.412 340 251 3 97 432 160 497 3.41e-32 130
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MsG0680033701.01.T01 AT5G65820 25.543 368 270 3 92 456 216 582 1.29e-30 127
MsG0680033701.01.T01 AT5G65820 26.222 225 162 2 333 554 174 397 1.63e-22 102
MsG0680033701.01.T01 AT5G65820 22.396 384 256 5 57 438 285 628 1.44e-17 86.7
MsG0680033701.01.T01 AT5G65820 26.744 172 120 3 377 545 150 318 3.18e-13 72.8
MsG0680033701.01.T01 AT1G53330 29.866 298 203 3 163 457 47 341 2.42e-39 147
MsG0680033701.01.T01 AT1G53330 30.976 297 203 2 232 527 46 341 8.43e-38 143
MsG0680033701.01.T01 AT1G53330 27.331 311 218 3 91 397 45 351 9.55e-33 129
MsG0680033701.01.T01 AT4G01570 26.880 532 348 11 40 535 264 790 5.44e-39 152
MsG0680033701.01.T01 AT4G01570 21.991 432 315 4 121 530 84 515 1.54e-32 133
MsG0680033701.01.T01 AT4G01570 22.745 510 366 7 48 544 201 695 1.15e-30 127
MsG0680033701.01.T01 AT4G01570 23.317 416 270 7 65 462 133 517 2.98e-30 126
MsG0680033701.01.T01 AT4G01570 24.401 459 311 10 40 466 340 794 5.10e-26 113
MsG0680033701.01.T01 AT1G53330 29.866 298 203 3 163 457 151 445 6.28e-39 149
MsG0680033701.01.T01 AT1G53330 30.976 297 203 2 232 527 150 445 2.73e-37 144
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MsG0680033701.01.T01 AT1G77360 27.874 348 248 3 198 545 133 477 3.36e-35 139
MsG0680033701.01.T01 AT1G77360 23.224 366 278 3 166 531 136 498 1.25e-33 134
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MsG0680033701.01.T01 AT1G19720 22.624 442 302 4 139 549 56 488 9.19e-29 122
MsG0680033701.01.T01 AT1G19720 23.546 361 232 5 57 381 280 632 2.15e-24 108
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MsG0680033701.01.T01 AT1G11290 21.667 360 200 5 235 524 101 448 6.52e-18 88.2
MsG0680033701.01.T01 AT1G11290 23.018 391 281 9 65 451 273 647 8.12e-18 87.8
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MsG0680033701.01.T01 AT3G23020 20.697 488 347 4 93 541 186 672 3.76e-26 114
MsG0680033701.01.T01 AT3G23020 21.881 521 380 8 40 545 314 822 3.31e-24 107
MsG0680033701.01.T01 AT1G62260 23.404 470 266 10 128 523 70 519 4.76e-28 119
MsG0680033701.01.T01 AT1G62260 27.211 294 176 10 273 549 44 316 1.85e-23 105
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MsG0680033701.01.T01 AT1G10910 26.537 309 223 3 234 540 132 438 1.18e-23 105
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MsG0680033701.01.T01 AT1G53600 23.293 498 286 14 93 523 80 548 2.31e-22 102
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MsG0680033701.01.T01 AT1G80550 22.143 420 257 8 163 545 41 427 1.04e-22 101
MsG0680033701.01.T01 AT1G80550 23.404 329 244 6 48 372 105 429 1.20e-22 101
MsG0680033701.01.T01 AT1G32415 23.673 490 289 15 41 464 155 625 2.04e-25 111
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MsG0680033701.01.T01 AT4G19191 23.333 270 190 6 96 355 324 586 6.12e-13 72.0
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MsG0680033701.01.T01 AT3G53360 25.598 418 252 15 118 526 16 383 2.08e-18 89.7
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MsG0680033701.01.T01 AT3G03580 20.502 478 355 9 44 517 56 512 1.06e-17 87.4
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MsG0680033701.01.T01 AT4G39530 17.802 455 351 8 96 545 216 652 2.29e-12 70.5
MsG0680033701.01.T01 AT2G01390 23.211 517 357 14 60 546 12 518 1.24e-17 86.7
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MsG0680033701.01.T01 AT5G61370 23.721 215 157 2 338 545 137 351 1.53e-15 79.7
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MsG0680033701.01.T01 AT5G61370 22.222 279 210 1 271 542 140 418 3.59e-14 75.5
MsG0680033701.01.T01 AT5G61370 24.121 199 144 1 36 227 220 418 5.88e-12 68.6
MsG0680033701.01.T01 AT3G14730 23.095 433 268 10 152 540 83 494 1.41e-17 86.7
MsG0680033701.01.T01 AT3G14730 20.807 322 202 7 87 400 218 494 1.01e-15 80.9
MsG0680033701.01.T01 AT4G22760 25.000 232 165 3 91 320 291 515 1.45e-17 86.7
MsG0680033701.01.T01 AT4G22760 25.562 356 226 12 181 523 112 441 1.91e-15 79.7
MsG0680033701.01.T01 AT4G22760 20.792 404 281 8 94 489 139 511 2.34e-15 79.7
MsG0680033701.01.T01 AT4G21065 23.636 385 241 12 76 455 66 402 1.48e-17 86.7
MsG0680033701.01.T01 AT4G21065 22.713 317 233 6 167 480 88 395 5.34e-16 81.6
MsG0680033701.01.T01 AT2G29760 20.626 543 393 14 8 540 14 528 1.59e-17 86.7
MsG0680033701.01.T01 AT1G77010 20.755 477 311 13 85 523 113 560 1.78e-17 86.7
MsG0680033701.01.T01 AT1G77010 19.455 550 361 16 53 541 118 646 1.45e-14 77.4
MsG0680033701.01.T01 AT5G59200 20.476 420 311 9 92 509 90 488 1.79e-17 86.3
MsG0680033701.01.T01 AT5G59200 25.503 298 194 6 232 523 90 365 5.07e-17 84.7
MsG0680033701.01.T01 AT2G20540 23.263 331 226 8 152 473 66 377 2.48e-17 85.5
MsG0680033701.01.T01 AT2G20540 23.554 242 168 5 59 295 145 374 6.41e-13 71.6
MsG0680033701.01.T01 AT3G49142 21.481 405 261 8 160 523 31 419 2.90e-17 85.9
MsG0680033701.01.T01 AT3G49142 20.352 398 300 7 87 480 97 481 8.13e-14 75.1
MsG0680033701.01.T01 AT3G06430 24.189 339 204 9 249 543 106 435 2.91e-17 85.1
MsG0680033701.01.T01 AT3G06430 22.812 320 239 6 218 532 143 459 1.43e-16 83.2
MsG0680033701.01.T01 AT3G06430 21.829 339 257 4 125 458 120 455 1.42e-15 80.1
MsG0680033701.01.T01 AT2G21090 22.406 424 265 13 126 541 141 508 3.14e-17 85.5
MsG0680033701.01.T01 AT3G13880 18.786 527 368 9 55 537 109 619 4.21e-17 85.5
MsG0680033701.01.T01 AT3G13880 19.959 486 324 15 104 545 92 556 4.66e-14 75.9
MsG0680033701.01.T01 AT3G13880 22.581 248 172 5 91 335 421 651 6.27e-11 65.9
MsG0680033701.01.T01 AT3G14330 22.255 337 248 5 138 472 210 534 4.52e-17 85.5
MsG0680033701.01.T01 AT3G14330 22.333 300 182 7 226 517 185 441 2.92e-11 66.6
MsG0680033701.01.T01 AT5G16860 20.582 447 328 10 40 474 280 711 4.57e-17 85.5
MsG0680033701.01.T01 AT5G16860 24.889 450 283 15 72 510 66 471 6.08e-16 82.0
MsG0680033701.01.T01 AT5G16860 22.246 472 284 16 59 470 193 641 7.57e-15 78.6
MsG0680033701.01.T01 AT5G19020 19.727 512 334 9 93 540 106 604 4.65e-17 85.1
MsG0680033701.01.T01 AT5G19020 19.570 419 290 8 65 480 239 613 1.75e-15 80.1
MsG0680033701.01.T01 AT5G19020 22.603 292 203 8 258 545 64 336 4.88e-13 72.4
MsG0680033701.01.T01 AT3G57430 21.672 646 357 19 2 523 7 627 5.08e-17 85.5
MsG0680033701.01.T01 AT3G57430 23.373 338 228 8 120 441 431 753 2.52e-11 67.0
MsG0680033701.01.T01 AT2G40720 21.412 425 312 9 62 480 341 749 5.73e-17 85.1
MsG0680033701.01.T01 AT2G40720 22.326 430 316 5 96 523 274 687 6.79e-12 68.9
MsG0680033701.01.T01 AT3G47840 19.101 445 338 8 40 481 159 584 8.30e-17 84.3
MsG0680033701.01.T01 AT5G36300 24.590 305 212 6 237 526 14 315 9.28e-17 82.0
MsG0680033701.01.T01 AT5G36300 21.250 320 203 6 91 362 8 326 1.39e-12 69.7
MsG0680033701.01.T01 AT5G36300 23.320 253 177 4 307 545 14 263 5.53e-11 64.7
MsG0680033701.01.T01 AT4G37380 28.000 300 194 9 228 523 89 370 9.29e-17 84.3
MsG0680033701.01.T01 AT4G37380 23.342 377 235 11 90 463 91 416 2.44e-12 70.1
MsG0680033701.01.T01 AT5G08510 24.590 305 218 4 237 540 50 343 1.18e-16 83.6
MsG0680033701.01.T01 AT5G08510 22.368 380 277 8 95 471 48 412 1.29e-16 83.2
MsG0680033701.01.T01 AT3G22690 21.218 509 350 15 29 523 8 479 1.26e-16 84.3
MsG0680033701.01.T01 AT3G22690 20.896 402 298 9 90 488 333 717 2.40e-11 67.4
MsG0680033701.01.T01 AT2G39620 16.930 443 356 4 65 506 337 768 1.28e-16 84.0
MsG0680033701.01.T01 AT2G39620 18.975 527 325 11 94 543 233 734 1.08e-13 74.7
MsG0680033701.01.T01 AT2G39620 27.835 194 125 6 205 389 29 216 1.21e-11 68.2
MsG0680033701.01.T01 AT3G22690 21.218 509 350 15 29 523 8 479 1.43e-16 84.0
MsG0680033701.01.T01 AT5G48910 23.077 338 235 7 218 542 78 403 1.67e-16 83.6
MsG0680033701.01.T01 AT5G48910 21.902 347 238 7 126 456 125 454 5.66e-15 78.6
MsG0680033701.01.T01 AT3G23330 19.945 361 273 6 183 540 82 429 1.71e-16 83.2
MsG0680033701.01.T01 AT3G23330 20.789 380 259 6 163 509 97 467 1.79e-16 83.2
MsG0680033701.01.T01 AT3G23330 17.753 445 304 8 36 474 79 467 5.71e-15 78.6
MsG0680033701.01.T01 AT3G22690 21.218 509 350 15 29 523 8 479 1.83e-16 83.6
MsG0680033701.01.T01 AT3G22690 20.896 402 298 9 90 488 333 717 3.72e-11 66.6
MsG0680033701.01.T01 AT2G27800 27.660 235 149 6 342 557 210 442 3.02e-16 81.6
MsG0680033701.01.T01 AT2G27800 28.571 203 135 3 89 282 240 441 4.27e-14 75.1
MsG0680033701.01.T01 AT2G27800 24.473 237 166 4 198 422 206 441 8.54e-14 74.3
MsG0680033701.01.T01 AT3G15130 24.935 385 232 12 197 541 39 406 3.23e-16 82.4
MsG0680033701.01.T01 AT3G15130 19.654 463 280 11 93 480 40 485 4.60e-12 69.3
MsG0680033701.01.T01 AT3G15130 21.429 336 210 12 58 352 172 494 2.27e-11 67.0
MsG0680033701.01.T01 AT4G25270 21.326 347 231 9 218 534 146 480 4.32e-16 81.6
MsG0680033701.01.T01 AT4G33990 19.362 439 322 10 93 523 215 629 4.36e-16 82.4
MsG0680033701.01.T01 AT4G33990 21.493 335 241 11 56 383 310 629 1.69e-13 73.9
MsG0680033701.01.T01 AT4G18520 19.086 372 288 4 59 430 249 607 4.71e-16 82.0
MsG0680033701.01.T01 AT4G18520 19.172 459 312 9 126 545 145 583 3.79e-15 79.0
MsG0680033701.01.T01 AT4G18520 21.396 444 322 11 81 521 175 594 2.20e-11 67.0
MsG0680033701.01.T01 AT1G80150 33.333 141 84 2 195 330 173 308 4.73e-16 80.1
MsG0680033701.01.T01 AT1G15510 20.273 439 302 10 136 540 66 490 4.94e-16 82.0
MsG0680033701.01.T01 AT1G15510 22.166 397 279 11 126 514 360 734 1.51e-15 80.5
MsG0680033701.01.T01 AT1G15510 19.312 523 360 11 58 540 159 659 7.26e-15 78.6

Find 97 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 113 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GATCAATGGTCTTTGTTTAA+AGG 0.133527 6:-71888739 MsG0680033701.01.T01:CDS
ATCAATGGACTCTGCAAAAT+TGG 0.153892 6:-71889683 MsG0680033701.01.T01:CDS
ATGAAAGGTTTGTGTCTTAA+TGG 0.180312 6:-71889788 MsG0680033701.01.T01:CDS
AGCTACAATATCATTATTAA+TGG 0.202684 6:-71889173 MsG0680033701.01.T01:CDS
TATTTCCCTTTCTCACAAAT+TGG 0.207055 6:-71889960 MsG0680033701.01.T01:CDS
AATTGGAATTCAATGAAATT+AGG 0.243491 6:-71889943 MsG0680033701.01.T01:CDS
TGTTACATATAATACATTAA+TGG 0.273502 6:-71889282 MsG0680033701.01.T01:CDS
CCTAGCTAATGAAGTGAATA+AGG 0.285527 6:-71889249 MsG0680033701.01.T01:CDS
ATCAATGGTCTTTGTTTAAA+GGG 0.291889 6:-71888738 MsG0680033701.01.T01:CDS
ATGTTGTATGTGGTCATATT+TGG 0.300761 6:+71888870 None:intergenic
GAGAAAGATTGATGGGAAAT+TGG 0.304084 6:-71889633 MsG0680033701.01.T01:CDS
TAGTTTGTGTAAAGGTAAAT+TGG 0.324200 6:-71889573 MsG0680033701.01.T01:CDS
AAGGCTATAATTTAACTGTT+TGG 0.327400 6:-71888776 MsG0680033701.01.T01:CDS
TGGCTTATGTAAGATTAAAA+TGG 0.329393 6:-71889153 MsG0680033701.01.T01:CDS
AAACATGTATTCAACATCAT+AGG 0.335413 6:-71889224 MsG0680033701.01.T01:CDS
CAATTAGATCAAGTTAGTTA+TGG 0.343097 6:-71889713 MsG0680033701.01.T01:CDS
TGAATTCCAATTTGTGAGAA+AGG 0.362980 6:+71889954 None:intergenic
GTTTCATAAGTTACAACATC+TGG 0.363192 6:+71888660 None:intergenic
CATAAGTGTAGTCACGGTTA+TGG 0.366137 6:+71889808 None:intergenic
ATATTAAAAGTATAAACATT+TGG 0.371253 6:+71889395 None:intergenic
TCAATGGACTCTGCAAAATT+GGG 0.375819 6:-71889682 MsG0680033701.01.T01:CDS
ACTTACAATTCTCTCATTGA+TGG 0.378731 6:-71889068 MsG0680033701.01.T01:CDS
TCATATTTGGTTGAATTCCT+TGG 0.389426 6:+71888883 None:intergenic
ATTTGGTTTGTTCCATCAAA+TGG 0.391410 6:-71889435 MsG0680033701.01.T01:CDS
TGTCTTCCATCTTTGACAGC+AGG 0.419826 6:+71888694 None:intergenic
GAATTGTAAGTTACCTCATC+AGG 0.421044 6:+71889080 None:intergenic
TGTTGACAAGGCAATTGAAT+TGG 0.423838 6:-71888922 MsG0680033701.01.T01:CDS
AGAGTGTAGTGTTCTTAAGA+AGG 0.431666 6:+71890123 None:intergenic
GGTCAACTGAAAGAAGCATT+TGG 0.434255 6:-71889452 MsG0680033701.01.T01:CDS
ATAACCCATCTTGAGAATCT+TGG 0.439272 6:+71889841 None:intergenic
ATTGGTCGATGCTCTTTGTA+AGG 0.442342 6:-71889372 MsG0680033701.01.T01:CDS
ATGATTTCAAATTAAAACTA+AGG 0.446243 6:+71888400 None:intergenic
GCACTAAAAGTGACAACATC+AGG 0.449764 6:+71889500 None:intergenic
CACGACCATGTGGTGGCAAA+GGG 0.452263 6:-71889740 MsG0680033701.01.T01:CDS
GGGAAATAACAGTGGGGTAA+TGG 0.455888 6:+71889975 None:intergenic
GAGTGTAGTGTTCTTAAGAA+GGG 0.458897 6:+71890124 None:intergenic
TTTGCAGAGTCCATTGATCA+AGG 0.466529 6:+71889688 None:intergenic
CCTTATTCACTTCATTAGCT+AGG 0.469067 6:+71889249 None:intergenic
AACAGCATTATCAACAGCAT+TGG 0.470141 6:+71890084 None:intergenic
TGTAGTCACGGTTATGGTAT+CGG 0.471797 6:+71889814 None:intergenic
TTTACATAAAGCATGTAAGA+AGG 0.474082 6:+71888953 None:intergenic
ATTGGCCAAGATTCTCAAGA+TGG 0.474726 6:-71889846 MsG0680033701.01.T01:CDS
AGTTATGGAACCTTGATCAA+TGG 0.476010 6:-71889698 MsG0680033701.01.T01:CDS
ATCATTGATAGTTTGTGTAA+AGG 0.478161 6:-71889581 MsG0680033701.01.T01:CDS
GTCGATGCTCTTTGTAAGGA+TGG 0.484400 6:-71889368 MsG0680033701.01.T01:CDS
AAGGGAATAATAAGAAAAGA+AGG 0.484479 6:+71890142 None:intergenic
CTGTAAGTGATTACATTGGC+AGG 0.487788 6:+71888978 None:intergenic
GAATTCCAATTTGTGAGAAA+GGG 0.487872 6:+71889955 None:intergenic
CATTTCAGAATATAACTCAT+AGG 0.490638 6:+71889541 None:intergenic
GTAGTCACGGTTATGGTATC+GGG 0.492730 6:+71889815 None:intergenic
AATCTTTCTCAACATTTGCA+AGG 0.493291 6:+71889646 None:intergenic
ACAGTAGCAATTAATTAAGA+TGG 0.495218 6:+71889901 None:intergenic
ACAGCATTATCAACAGCATT+GGG 0.502485 6:+71890085 None:intergenic
ACATATAATACATTAATGGA+TGG 0.504936 6:-71889278 MsG0680033701.01.T01:CDS
GCCAATATAGAAAATGCAAA+AGG 0.506250 6:+71889863 None:intergenic
CAAATGTTGAGAAAGATTGA+TGG 0.506629 6:-71889641 MsG0680033701.01.T01:CDS
TATTCAACATCATAGGGAAA+AGG 0.508671 6:-71889217 MsG0680033701.01.T01:CDS
GTCTTCCATCTTTGACAGCA+GGG 0.508745 6:+71888695 None:intergenic
CAGAAAGAATCTCTCATGCA+TGG 0.512512 6:-71889034 MsG0680033701.01.T01:CDS
TCACGACCATGTGGTGGCAA+AGG 0.516020 6:-71889741 MsG0680033701.01.T01:CDS
AGGTTTGTGTCTTAATGGTA+AGG 0.517066 6:-71889783 MsG0680033701.01.T01:CDS
AACATGTATTCAACATCATA+GGG 0.518579 6:-71889223 MsG0680033701.01.T01:CDS
ATCGATGGACTATGCAAAGA+AGG 0.523361 6:-71888843 MsG0680033701.01.T01:CDS
TTGTTAAATTGAATGATGGA+TGG 0.526825 6:+71890025 None:intergenic
ATATTGTAGCTGTGAACATC+AGG 0.527233 6:+71889185 None:intergenic
TGTTAAATTGAATGATGGAT+GGG 0.527692 6:+71890026 None:intergenic
TTTAATGAAATGTGTTGCAA+AGG 0.531764 6:-71889110 MsG0680033701.01.T01:CDS
ACATATAATATCATGATCAA+TGG 0.532469 6:-71888753 MsG0680033701.01.T01:CDS
TGTGACCCTGCTGTCAAAGA+TGG 0.552892 6:-71888700 MsG0680033701.01.T01:CDS
CTTGATCAGATGCATGATAG+AGG 0.554315 6:-71889005 MsG0680033701.01.T01:CDS
ATCGATAAGTATGTTGTATG+TGG 0.556853 6:+71888860 None:intergenic
AATTGAATGATGGATGGGAT+AGG 0.557565 6:+71890031 None:intergenic
ACCTTTCATAAGTGTAGTCA+CGG 0.562803 6:+71889802 None:intergenic
TGAGAAAGGGAAATAACAGT+GGG 0.573281 6:+71889968 None:intergenic
ACATACAACATACTTATCGA+TGG 0.576873 6:-71888858 MsG0680033701.01.T01:CDS
AAATGTTGAGAAAGATTGAT+GGG 0.583920 6:-71889640 MsG0680033701.01.T01:CDS
TTGGCCAAGATTCTCAAGAT+GGG 0.585081 6:-71889845 MsG0680033701.01.T01:CDS
CATATAATACATTAATGGAT+GGG 0.587385 6:-71889277 MsG0680033701.01.T01:CDS
GAAATCCCTTTGCCACCACA+TGG 0.587668 6:+71889735 None:intergenic
AGAAAGAATCTCTCATGCAT+GGG 0.589753 6:-71889033 MsG0680033701.01.T01:CDS
ACCGTGACTACACTTATGAA+AGG 0.593071 6:-71889803 MsG0680033701.01.T01:CDS
CATTTCATTAAAGAGACTCA+AGG 0.597113 6:+71889121 None:intergenic
GTATTATATGTAACAACAGT+AGG 0.601050 6:+71889290 None:intergenic
CAAAGGAATTACTCCTGATG+AGG 0.605098 6:-71889093 MsG0680033701.01.T01:CDS
CAATGGACTCTGCAAAATTG+GGG 0.609856 6:-71889681 MsG0680033701.01.T01:CDS
TTAGCTGTGATGATGAAAGA+AGG 0.613198 6:-71889320 MsG0680033701.01.T01:CDS
GTGAGAAAGGGAAATAACAG+TGG 0.627547 6:+71889967 None:intergenic
GTCAAGAAGATCAAAGACCA+AGG 0.650158 6:-71888900 MsG0680033701.01.T01:CDS
ACACTTTCACGACCATGTGG+TGG 0.652314 6:-71889747 MsG0680033701.01.T01:CDS
CTACGTGAAATGATTGCTCG+AGG 0.663577 6:-71888585 MsG0680033701.01.T01:CDS
ATGGTTCAACCTAACAAGTG+AGG 0.669093 6:+71889994 None:intergenic
GGAGCTGTAAGTGATTACAT+TGG 0.674058 6:+71888974 None:intergenic
TGTGATGATGAAAGAAGGTG+TGG 0.702432 6:-71889315 MsG0680033701.01.T01:CDS
TCTACACTTTCACGACCATG+TGG 0.702499 6:-71889750 MsG0680033701.01.T01:CDS
CTGTCAAAGATGGAAGACAA+TGG 0.729511 6:-71888690 MsG0680033701.01.T01:CDS
GAAATTGGTCAAGATCAATG+TGG 0.737810 6:-71889618 MsG0680033701.01.T01:CDS
GAGAAAGGGAAATAACAGTG+GGG 0.758252 6:+71889969 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATTAAAATGAATGAATAATT+AGG + Chr6:71890121-71890140 None:intergenic 10.0%
!!! ATATTAAAAGTATAAACATT+TGG + Chr6:71889207-71889226 None:intergenic 10.0%
!!! TGTTTATACTTTTAATATAT+TGG - Chr6:71889209-71889228 MsG0680033701.01.T01:CDS 10.0%
!! TGTTACATATAATACATTAA+TGG - Chr6:71889317-71889336 MsG0680033701.01.T01:CDS 15.0%
!!! AATTTTGTTAAATTGAATGA+TGG + Chr6:71888581-71888600 None:intergenic 15.0%
!! AATTGGAATTCAATGAAATT+AGG - Chr6:71888656-71888675 MsG0680033701.01.T01:CDS 20.0%
!! ACATATAATACATTAATGGA+TGG - Chr6:71889321-71889340 MsG0680033701.01.T01:CDS 20.0%
!! ACATATAATATCATGATCAA+TGG - Chr6:71889846-71889865 MsG0680033701.01.T01:CDS 20.0%
!! AGCTACAATATCATTATTAA+TGG - Chr6:71889426-71889445 MsG0680033701.01.T01:CDS 20.0%
!! ATGGTAAAAGTAAAAATATC+AGG + Chr6:71888682-71888701 None:intergenic 20.0%
!! TAAAAATGATGAGAATGATA+AGG - Chr6:71889980-71889999 MsG0680033701.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATCATTTCTTGTTACTTATT+AGG - Chr6:71890064-71890083 MsG0680033701.01.T01:CDS 20.0%
!!! CATATAATACATTAATGGAT+GGG - Chr6:71889322-71889341 MsG0680033701.01.T01:CDS 20.0%
!!! TCATTTTAATGTTTGCTTAA+TGG - Chr6:71890131-71890150 MsG0680033701.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTCAAGATCTTTTGATTAA+AGG - Chr6:71889804-71889823 MsG0680033701.01.T01:CDS 20.0%
! AAACATGTATTCAACATCAT+AGG - Chr6:71889375-71889394 MsG0680033701.01.T01:CDS 25.0%
! AAATGTTGAGAAAGATTGAT+GGG - Chr6:71888959-71888978 MsG0680033701.01.T01:CDS 25.0%
! AACATGTATTCAACATCATA+GGG - Chr6:71889376-71889395 MsG0680033701.01.T01:CDS 25.0%
! AAGGCTATAATTTAACTGTT+TGG - Chr6:71889823-71889842 MsG0680033701.01.T01:CDS 25.0%
! AAGGGAATAATAAGAAAAGA+AGG + Chr6:71888460-71888479 None:intergenic 25.0%
! ACAGTAGCAATTAATTAAGA+TGG + Chr6:71888701-71888720 None:intergenic 25.0%
! CAATTAGATCAAGTTAGTTA+TGG - Chr6:71888886-71888905 MsG0680033701.01.T01:CDS 25.0%
! CATTTCAGAATATAACTCAT+AGG + Chr6:71889061-71889080 None:intergenic 25.0%
! GTATTATATGTAACAACAGT+AGG + Chr6:71889312-71889331 None:intergenic 25.0%
! TGGCTTATGTAAGATTAAAA+TGG - Chr6:71889446-71889465 MsG0680033701.01.T01:CDS 25.0%
! TTAGAAGAAGAAGAAAAAGA+AGG + Chr6:71888436-71888455 None:intergenic 25.0%
! TTTAATGAAATGTGTTGCAA+AGG - Chr6:71889489-71889508 MsG0680033701.01.T01:CDS 25.0%
! TTTACATAAAGCATGTAAGA+AGG + Chr6:71889649-71889668 None:intergenic 25.0%
!! ACTTTTAGTGCTCTAATTTA+TGG - Chr6:71889111-71889130 MsG0680033701.01.T01:CDS 25.0%
!! ATCAATGGTCTTTGTTTAAA+GGG - Chr6:71889861-71889880 MsG0680033701.01.T01:CDS 25.0%
!! ATCATTGATAGTTTGTGTAA+AGG - Chr6:71889018-71889037 MsG0680033701.01.T01:CDS 25.0%
!! ATTTATGGATTTTGCATTGT+TGG - Chr6:71889126-71889145 MsG0680033701.01.T01:CDS 25.0%
!! TAGTTTGTGTAAAGGTAAAT+TGG - Chr6:71889026-71889045 MsG0680033701.01.T01:CDS 25.0%
!! TTGTTAAATTGAATGATGGA+TGG + Chr6:71888577-71888596 None:intergenic 25.0%
!!! AAATTTTAACCTCACTTGTT+AGG - Chr6:71888596-71888615 MsG0680033701.01.T01:CDS 25.0%
!!! TGTTAAATTGAATGATGGAT+GGG + Chr6:71888576-71888595 None:intergenic 25.0%
!!! TGTTTTTCAATACCATTTGA+TGG + Chr6:71889179-71889198 None:intergenic 25.0%
AATCTTTCTCAACATTTGCA+AGG + Chr6:71888956-71888975 None:intergenic 30.0%
ACATACAACATACTTATCGA+TGG - Chr6:71889741-71889760 MsG0680033701.01.T01:CDS 30.0%
ACTTACAATTCTCTCATTGA+TGG - Chr6:71889531-71889550 MsG0680033701.01.T01:CDS 30.0%
ATCGATAAGTATGTTGTATG+TGG + Chr6:71889742-71889761 None:intergenic 30.0%
ATGAAAGGTTTGTGTCTTAA+TGG - Chr6:71888811-71888830 MsG0680033701.01.T01:CDS 30.0%
ATGTTGTATGTGGTCATATT+TGG + Chr6:71889732-71889751 None:intergenic 30.0%
CAAATGTTGAGAAAGATTGA+TGG - Chr6:71888958-71888977 MsG0680033701.01.T01:CDS 30.0%
CATTTCATTAAAGAGACTCA+AGG + Chr6:71889481-71889500 None:intergenic 30.0%
GAATTCCAATTTGTGAGAAA+GGG + Chr6:71888647-71888666 None:intergenic 30.0%
GCCAATATAGAAAATGCAAA+AGG + Chr6:71888739-71888758 None:intergenic 30.0%
GTTTCATAAGTTACAACATC+TGG + Chr6:71889942-71889961 None:intergenic 30.0%
TAAAAATCGTCATGTTGACA+AGG - Chr6:71889665-71889684 MsG0680033701.01.T01:CDS 30.0%
TATTCAACATCATAGGGAAA+AGG - Chr6:71889382-71889401 MsG0680033701.01.T01:CDS 30.0%
TATTTCCCTTTCTCACAAAT+TGG - Chr6:71888639-71888658 MsG0680033701.01.T01:CDS 30.0%
TCATATTTGGTTGAATTCCT+TGG + Chr6:71889719-71889738 None:intergenic 30.0%
TGAATTCCAATTTGTGAGAA+AGG + Chr6:71888648-71888667 None:intergenic 30.0%
! GATCAATGGTCTTTGTTTAA+AGG - Chr6:71889860-71889879 MsG0680033701.01.T01:CDS 30.0%
! GCCTTTTGCATTTTCTATAT+TGG - Chr6:71888735-71888754 MsG0680033701.01.T01:CDS 30.0%
!! ATTTGGTTTGTTCCATCAAA+TGG - Chr6:71889164-71889183 MsG0680033701.01.T01:CDS 30.0%
!! CATCATTTTTAAAGAGAGCA+CGG + Chr6:71889971-71889990 None:intergenic 30.0%
AACAGCATTATCAACAGCAT+TGG + Chr6:71888518-71888537 None:intergenic 35.0%
ACAGCATTATCAACAGCATT+GGG + Chr6:71888517-71888536 None:intergenic 35.0%
ACCTTTCATAAGTGTAGTCA+CGG + Chr6:71888800-71888819 None:intergenic 35.0%
AGAAAGAATCTCTCATGCAT+GGG - Chr6:71889566-71889585 MsG0680033701.01.T01:CDS 35.0%
AGAGTGTAGTGTTCTTAAGA+AGG + Chr6:71888479-71888498 None:intergenic 35.0%
AGGTTTGTGTCTTAATGGTA+AGG - Chr6:71888816-71888835 MsG0680033701.01.T01:CDS 35.0%
AGTTATGGAACCTTGATCAA+TGG - Chr6:71888901-71888920 MsG0680033701.01.T01:CDS 35.0%
ATAACCCATCTTGAGAATCT+TGG + Chr6:71888761-71888780 None:intergenic 35.0%
ATATTGTAGCTGTGAACATC+AGG + Chr6:71889417-71889436 None:intergenic 35.0%
CCTAGCTAATGAAGTGAATA+AGG - Chr6:71889350-71889369 MsG0680033701.01.T01:CDS 35.0%
CCTTATTCACTTCATTAGCT+AGG + Chr6:71889353-71889372 None:intergenic 35.0%
GAAATTGGTCAAGATCAATG+TGG - Chr6:71888981-71889000 MsG0680033701.01.T01:CDS 35.0%
GAATTGTAAGTTACCTCATC+AGG + Chr6:71889522-71889541 None:intergenic 35.0%
GAGAAAGATTGATGGGAAAT+TGG - Chr6:71888966-71888985 MsG0680033701.01.T01:CDS 35.0%
GAGTGTAGTGTTCTTAAGAA+GGG + Chr6:71888478-71888497 None:intergenic 35.0%
TGAGAAAGGGAAATAACAGT+GGG + Chr6:71888634-71888653 None:intergenic 35.0%
TGTTGACAAGGCAATTGAAT+TGG - Chr6:71889677-71889696 MsG0680033701.01.T01:CDS 35.0%
! ATCAATGGACTCTGCAAAAT+TGG - Chr6:71888916-71888935 MsG0680033701.01.T01:CDS 35.0%
! TCAATGGACTCTGCAAAATT+GGG - Chr6:71888917-71888936 MsG0680033701.01.T01:CDS 35.0%
! TGTTTTCGTTTTCATGCTTC+AGG - Chr6:71888407-71888426 MsG0680033701.01.T01:CDS 35.0%
! TTAGCTGTGATGATGAAAGA+AGG - Chr6:71889279-71889298 MsG0680033701.01.T01:CDS 35.0%
!! AATTGAATGATGGATGGGAT+AGG + Chr6:71888571-71888590 None:intergenic 35.0%
ACCGTGACTACACTTATGAA+AGG - Chr6:71888796-71888815 MsG0680033701.01.T01:CDS 40.0%
ATGGTTCAACCTAACAAGTG+AGG + Chr6:71888608-71888627 None:intergenic 40.0%
ATTGGCCAAGATTCTCAAGA+TGG - Chr6:71888753-71888772 MsG0680033701.01.T01:CDS 40.0%
ATTGGTCGATGCTCTTTGTA+AGG - Chr6:71889227-71889246 MsG0680033701.01.T01:CDS 40.0%
CAAAGGAATTACTCCTGATG+AGG - Chr6:71889506-71889525 MsG0680033701.01.T01:CDS 40.0%
CAGAAAGAATCTCTCATGCA+TGG - Chr6:71889565-71889584 MsG0680033701.01.T01:CDS 40.0%
CATAAGTGTAGTCACGGTTA+TGG + Chr6:71888794-71888813 None:intergenic 40.0%
CTGTAAGTGATTACATTGGC+AGG + Chr6:71889624-71889643 None:intergenic 40.0%
CTGTCAAAGATGGAAGACAA+TGG - Chr6:71889909-71889928 MsG0680033701.01.T01:CDS 40.0%
CTTGATCAGATGCATGATAG+AGG - Chr6:71889594-71889613 MsG0680033701.01.T01:CDS 40.0%
GAGAAAGGGAAATAACAGTG+GGG + Chr6:71888633-71888652 None:intergenic 40.0%
GCACTAAAAGTGACAACATC+AGG + Chr6:71889102-71889121 None:intergenic 40.0%
GGAGCTGTAAGTGATTACAT+TGG + Chr6:71889628-71889647 None:intergenic 40.0%
GTCAAGAAGATCAAAGACCA+AGG - Chr6:71889699-71889718 MsG0680033701.01.T01:CDS 40.0%
GTGAGAAAGGGAAATAACAG+TGG + Chr6:71888635-71888654 None:intergenic 40.0%
TGTAGTCACGGTTATGGTAT+CGG + Chr6:71888788-71888807 None:intergenic 40.0%
TTGGCCAAGATTCTCAAGAT+GGG - Chr6:71888754-71888773 MsG0680033701.01.T01:CDS 40.0%
TTTGCAGAGTCCATTGATCA+AGG + Chr6:71888914-71888933 None:intergenic 40.0%
! CAATGGACTCTGCAAAATTG+GGG - Chr6:71888918-71888937 MsG0680033701.01.T01:CDS 40.0%
! TGTGATGATGAAAGAAGGTG+TGG - Chr6:71889284-71889303 MsG0680033701.01.T01:CDS 40.0%
!! ATCGATGGACTATGCAAAGA+AGG - Chr6:71889756-71889775 MsG0680033701.01.T01:CDS 40.0%
!! GGTCAACTGAAAGAAGCATT+TGG - Chr6:71889147-71889166 MsG0680033701.01.T01:CDS 40.0%
CTACGTGAAATGATTGCTCG+AGG - Chr6:71890014-71890033 MsG0680033701.01.T01:CDS 45.0%
GGGAAATAACAGTGGGGTAA+TGG + Chr6:71888627-71888646 None:intergenic 45.0%
GTAGTCACGGTTATGGTATC+GGG + Chr6:71888787-71888806 None:intergenic 45.0%
GTCGATGCTCTTTGTAAGGA+TGG - Chr6:71889231-71889250 MsG0680033701.01.T01:CDS 45.0%
GTCTTCCATCTTTGACAGCA+GGG + Chr6:71889907-71889926 None:intergenic 45.0%
TCTACACTTTCACGACCATG+TGG - Chr6:71888849-71888868 MsG0680033701.01.T01:CDS 45.0%
TGTCTTCCATCTTTGACAGC+AGG + Chr6:71889908-71889927 None:intergenic 45.0%
ACACTTTCACGACCATGTGG+TGG - Chr6:71888852-71888871 MsG0680033701.01.T01:CDS 50.0%
GAAATCCCTTTGCCACCACA+TGG + Chr6:71888867-71888886 None:intergenic 50.0%
TGTGACCCTGCTGTCAAAGA+TGG - Chr6:71889899-71889918 MsG0680033701.01.T01:CDS 50.0%
CACGACCATGTGGTGGCAAA+GGG - Chr6:71888859-71888878 MsG0680033701.01.T01:CDS 55.0%
TCACGACCATGTGGTGGCAA+AGG - Chr6:71888858-71888877 MsG0680033701.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 71888406 71890215 71888406 ID=MsG0680033701.01;Name=MsG0680033701.01
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Chr6 CDS 71888406 71888463 71888406 ID=MsG0680033701.01.T01:cds;Parent=MsG0680033701.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680033701.01.T01

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Protein sequence

>MsG0680033701.01.T01

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