AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680033759.01

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MsG0680033759.01.T01 AT5G65820 22.623 305 223 8 8 305 285 583 2.97e-15 78.2
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MsG0680033759.01.T01 AT1G16830 22.881 354 255 7 13 358 75 418 9.69e-20 92.0
MsG0680033759.01.T01 AT1G66345 22.646 393 281 4 33 404 152 542 1.22e-28 118
MsG0680033759.01.T01 AT4G01030 23.256 387 255 8 10 361 155 534 1.44e-28 118
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MsG0680033759.01.T01 AT2G22410 20.960 396 246 10 45 385 116 499 2.20e-12 69.3
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MsG0680033759.01.T01 AT1G06143 25.316 237 165 4 31 266 240 465 1.94e-15 78.6
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MsG0680033759.01.T01 AT3G14330 20.923 325 238 6 23 341 212 523 1.80e-16 82.0
MsG0680033759.01.T01 AT3G14330 23.970 267 184 5 91 350 210 464 3.02e-13 72.0
MsG0680033759.01.T01 AT4G16835 21.023 352 253 7 6 353 120 450 1.86e-16 82.0
MsG0680033759.01.T01 AT4G16835 19.935 306 212 6 80 385 122 394 1.44e-14 76.3
MsG0680033759.01.T01 AT1G31920 21.562 320 214 6 45 331 95 410 1.91e-16 81.6
MsG0680033759.01.T01 AT2G03380 25.287 261 175 6 80 333 105 352 1.92e-16 82.0
MsG0680033759.01.T01 AT2G03380 21.705 387 233 9 79 407 305 679 9.35e-13 70.5
MsG0680033759.01.T01 AT2G03380 21.096 365 235 8 83 406 243 595 5.85e-11 64.7
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MsG0680033759.01.T01 AT1G31430 19.328 357 258 8 44 390 8 344 5.54e-13 70.9
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MsG0680033759.01.T01 AT4G33990 21.118 322 237 8 25 340 326 636 3.42e-14 75.1
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MsG0680033759.01.T01 AT1G30610 26.165 279 171 8 5 265 588 849 4.15e-14 75.1

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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ACTTATAGTACCTTGATTAA+TGG 0.207444 6:+72933955 MsG0680033759.01.T01:CDS
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TTGATTGCAATTGTTGATAA+AGG 0.221763 6:-72933699 None:intergenic
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TGGATTATGTAAGATTAAAA+TGG 0.244320 6:+72934500 MsG0680033759.01.T01:CDS
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GTTTGATAAGTTACAGCATT+AGG 0.305642 6:-72934899 None:intergenic
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TCAAGGTACTATAAGTAAAT+TGG 0.346413 6:-72933948 None:intergenic
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TGATTGCAATTGTTGATAAA+GGG 0.358197 6:-72933698 None:intergenic
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ATAACCCATCTTAAGAATCT+TGG 0.414505 6:-72933812 None:intergenic
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CGTATTAAAGGTAAAGGTAT+CGG 0.435941 6:-72933839 None:intergenic
ATTAATGGCTTGTGTAAAAT+GGG 0.441485 6:+72933970 MsG0680033759.01.T01:CDS
GTATTAAAGGTAAAGGTATC+GGG 0.445812 6:-72933838 None:intergenic
GGGAAATAGCAGTGGTGTAA+TGG 0.466446 6:-72933678 None:intergenic
TTTACACAAGCCATTAATCA+AGG 0.469489 6:-72933965 None:intergenic
ATATTGTAGCTGTAAACATT+AGG 0.470271 6:-72934468 None:intergenic
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GTATTATATGTAACTACATC+AGG 0.478476 6:-72934363 None:intergenic
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GTTGATGCTCTTTGTAAGGA+AGG 0.487197 6:+72934285 MsG0680033759.01.T01:CDS
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ATTAAATTCAACAATGGATG+GGG 0.515712 6:-72933620 None:intergenic
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ACATATAATACATTAATGGA+TGG 0.517602 6:+72934375 MsG0680033759.01.T01:CDS
ACCTTTAATACGCTTATCAA+AGG 0.520605 6:+72933850 MsG0680033759.01.T01:CDS
GTTGTTGTTATTCTTAACAA+TGG 0.526197 6:-72933656 None:intergenic
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GCTTGCACATGGATTTCACT+TGG 0.542830 6:+72933924 MsG0680033759.01.T01:CDS
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CAAGTGTTGAGACAAATTGA+AGG 0.550962 6:+72934012 MsG0680033759.01.T01:CDS
CAAAATTCATTTCAGTGAGG+TGG 0.556468 6:-72933774 None:intergenic
AATCTTATTAAATTCAACAA+TGG 0.563797 6:-72933626 None:intergenic
CTTGATCAGATGCATGATAG+AGG 0.566685 6:+72934639 MsG0680033759.01.T01:CDS
TGGGAGAGTTTCTCATGCAT+GGG 0.567418 6:+72934611 MsG0680033759.01.T01:CDS
AAATTCAACAATGGATGGGG+TGG 0.568143 6:-72933617 None:intergenic
GTGCCTTAATGGTAAAGTCA+AGG 0.569779 6:+72933876 MsG0680033759.01.T01:CDS
AAGTGTTGAGACAAATTGAA+GGG 0.586836 6:+72934013 MsG0680033759.01.T01:CDS
CATATAATACATTAATGGAT+GGG 0.587385 6:+72934376 MsG0680033759.01.T01:CDS
AGAATATAACTCATATGCCT+CGG 0.588219 6:-72934106 None:intergenic
GGTCGACTGAAAGAAGCGCT+TGG 0.605825 6:+72934201 MsG0680033759.01.T01:CDS
GAAATCCATGTGCAAGCACA+TGG 0.606892 6:-72933918 None:intergenic
CTTCGTGAAATGATTGCTAG+AGG 0.611526 6:+72934974 MsG0680033759.01.T01:CDS
GAAATTGGTCAACACTAATG+TGG 0.616371 6:+72934035 MsG0680033759.01.T01:CDS
AATTCAACAATGGATGGGGT+GGG 0.620402 6:-72933616 None:intergenic
TTGATAAAGGGAAATAGCAG+TGG 0.637874 6:-72933686 None:intergenic
ATGTTGAAAGTAACAATACT+CGG 0.647998 6:-72933733 None:intergenic
TAAAGAGAAATTGGTGACCG+AGG 0.664912 6:+72934089 MsG0680033759.01.T01:CDS
AAAGGATGAGAATGAAAAGG+CGG 0.665556 6:+72934943 MsG0680033759.01.T01:CDS
TATTAAAGGTAAAGGTATCG+GGG 0.694920 6:-72933837 None:intergenic
AGGCAAAATTCATTTCAGTG+AGG 0.709303 6:-72933777 None:intergenic
TATGATGATGAAACAAGGTG+TGG 0.744429 6:+72934338 MsG0680033759.01.T01:CDS
ATAGCTATGATGATGAAACA+AGG 0.788022 6:+72934333 MsG0680033759.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TATTTATACTTTTAATATCT+TGG + Chr6:72934263-72934282 MsG0680033759.01.T01:CDS 10.0%
!! AATCTTATTAAATTCAACAA+TGG - Chr6:72933629-72933648 None:intergenic 15.0%
!! AGTTACATATAATACATTAA+TGG + Chr6:72934371-72934390 MsG0680033759.01.T01:CDS 15.0%
!! ATATTGTATGTGTTAATATT+TGG - Chr6:72934777-72934796 None:intergenic 15.0%
!! CTATATAATATTATGATCAA+TGG + Chr6:72934806-72934825 MsG0680033759.01.T01:intron 15.0%
!!! GTTGAATTTAATAAGATTTT+AGG + Chr6:72933631-72933650 MsG0680033759.01.T01:CDS 15.0%
!! ACATATAATACATTAATGGA+TGG + Chr6:72934375-72934394 MsG0680033759.01.T01:CDS 20.0%
!! AGCTACAATATCATTATTAA+TGG + Chr6:72934480-72934499 MsG0680033759.01.T01:CDS 20.0%
!! ATATTCTCAAATGATTGTAA+AGG + Chr6:72934122-72934141 MsG0680033759.01.T01:CDS 20.0%
!! TATTAAATTCAACAATGGAT+GGG - Chr6:72933624-72933643 None:intergenic 20.0%
!! TGGATTATGTAAGATTAAAA+TGG + Chr6:72934500-72934519 MsG0680033759.01.T01:CDS 20.0%
!! TTATTAAATTCAACAATGGA+TGG - Chr6:72933625-72933644 None:intergenic 20.0%
!!! CATATAATACATTAATGGAT+GGG + Chr6:72934376-72934395 MsG0680033759.01.T01:CDS 20.0%
! ACTTATAGTACCTTGATTAA+TGG + Chr6:72933955-72933974 MsG0680033759.01.T01:CDS 25.0%
! ATATTGTAGCTGTAAACATT+AGG - Chr6:72934471-72934490 None:intergenic 25.0%
! ATGTTGAAAGTAACAATACT+CGG - Chr6:72933736-72933755 None:intergenic 25.0%
! ATTAAATTCAACAATGGATG+GGG - Chr6:72933623-72933642 None:intergenic 25.0%
! GTATTATATGTAACTACATC+AGG - Chr6:72934366-72934385 None:intergenic 25.0%
! TAACACATACAATATACTGA+TGG + Chr6:72934782-72934801 MsG0680033759.01.T01:intron 25.0%
! TATCAACAATTGCAATCAAA+TGG + Chr6:72933703-72933722 MsG0680033759.01.T01:CDS 25.0%
! TTTACATAAAGCATGTAAGA+AGG - Chr6:72934694-72934713 None:intergenic 25.0%
!! ATTAATGGCTTGTGTAAAAT+GGG + Chr6:72933970-72933989 MsG0680033759.01.T01:CDS 25.0%
!! GTTGTTGTTATTCTTAACAA+TGG - Chr6:72933659-72933678 None:intergenic 25.0%
!! TCAAGGTACTATAAGTAAAT+TGG - Chr6:72933951-72933970 None:intergenic 25.0%
!! TGATTGCAATTGTTGATAAA+GGG - Chr6:72933701-72933720 None:intergenic 25.0%
!! TTGATTGCAATTGTTGATAA+AGG - Chr6:72933702-72933721 None:intergenic 25.0%
AAGCATGTATTCAACATCAT+AGG + Chr6:72934429-72934448 MsG0680033759.01.T01:CDS 30.0%
AATTTGTCTCAACACTTGTA+AGG - Chr6:72934010-72934029 None:intergenic 30.0%
ACCTTTAATACGCTTATCAA+AGG + Chr6:72933850-72933869 MsG0680033759.01.T01:CDS 30.0%
ACCTTTGATAAGCGTATTAA+AGG - Chr6:72933854-72933873 None:intergenic 30.0%
ACTTTGAGCTCTCTAATATA+TGG + Chr6:72934165-72934184 MsG0680033759.01.T01:CDS 30.0%
AGAATATAACTCATATGCCT+CGG - Chr6:72934109-72934128 None:intergenic 30.0%
ATAACCCATCTTAAGAATCT+TGG - Chr6:72933815-72933834 None:intergenic 30.0%
ATGTATAGCACAATCATTGA+TGG + Chr6:72934060-72934079 MsG0680033759.01.T01:CDS 30.0%
CATATCCATAAAGAGATTCA+AGG - Chr6:72934535-72934554 None:intergenic 30.0%
GATAAGCGTATTAAAGGTAA+AGG - Chr6:72933848-72933867 None:intergenic 30.0%
GTTTGATAAGTTACAGCATT+AGG - Chr6:72934902-72934921 None:intergenic 30.0%
TAATATTTGGTTGAATGCCT+TGG - Chr6:72934764-72934783 None:intergenic 30.0%
TATGATGTTGAATACATGCT+TGG - Chr6:72934430-72934449 None:intergenic 30.0%
TATTCACGCTCTATTTGAAA+AGG + Chr6:72934925-72934944 MsG0680033759.01.T01:CDS 30.0%
TGAAAAGGATGAGAATGAAA+AGG + Chr6:72934940-72934959 MsG0680033759.01.T01:CDS 30.0%
TGTTTGTCAATACCATTTCA+TGG - Chr6:72934233-72934252 None:intergenic 30.0%
TTTACACAAGCCATTAATCA+AGG - Chr6:72933968-72933987 None:intergenic 30.0%
! ATAGCTATGATGATGAAACA+AGG + Chr6:72934333-72934352 MsG0680033759.01.T01:CDS 30.0%
! ATATATGGATTTTGCATCGT+TGG + Chr6:72934180-72934199 MsG0680033759.01.T01:CDS 30.0%
! ATTGATGGTTTATGCAAATC+TGG + Chr6:72934591-72934610 MsG0680033759.01.T01:CDS 30.0%
! CGTATTAAAGGTAAAGGTAT+CGG - Chr6:72933842-72933861 None:intergenic 30.0%
! GAATTTTGCCTTTTCTATCT+TGG + Chr6:72933789-72933808 MsG0680033759.01.T01:CDS 30.0%
! GATTAATGGCTTGTGTAAAA+TGG + Chr6:72933969-72933988 MsG0680033759.01.T01:CDS 30.0%
! TGGTTTGTGTAAAGAGAAAT+TGG + Chr6:72934080-72934099 MsG0680033759.01.T01:CDS 30.0%
! TTGATGGTTTATGCAAATCT+GGG + Chr6:72934592-72934611 MsG0680033759.01.T01:CDS 30.0%
!! AAGTGTTGAGACAAATTGAA+GGG + Chr6:72934013-72934032 MsG0680033759.01.T01:CDS 30.0%
!! GTATTAAAGGTAAAGGTATC+GGG - Chr6:72933841-72933860 None:intergenic 30.0%
!! TAAAAACCATCAAGTTGACA+AGG + Chr6:72934710-72934729 MsG0680033759.01.T01:intron 30.0%
!! TATTAAAGGTAAAGGTATCG+GGG - Chr6:72933840-72933859 None:intergenic 30.0%
AAAGGATGAGAATGAAAAGG+CGG + Chr6:72934943-72934962 MsG0680033759.01.T01:CDS 35.0%
AATCTTGGCCAAGATAGAAA+AGG - Chr6:72933800-72933819 None:intergenic 35.0%
ACTTACAGCTCTCTTATTGA+TGG + Chr6:72934576-72934595 MsG0680033759.01.T01:CDS 35.0%
AGGCAAAATTCATTTCAGTG+AGG - Chr6:72933780-72933799 None:intergenic 35.0%
ATCAAAGGTTTGTGCCTTAA+TGG + Chr6:72933865-72933884 MsG0680033759.01.T01:CDS 35.0%
CAAAATTCATTTCAGTGAGG+TGG - Chr6:72933777-72933796 None:intergenic 35.0%
CTGTCAAAAATGGAAGACAA+TGG + Chr6:72934869-72934888 MsG0680033759.01.T01:CDS 35.0%
CTTCCTTGACTTTACCATTA+AGG - Chr6:72933882-72933901 None:intergenic 35.0%
GAAATTGGTCAACACTAATG+TGG + Chr6:72934035-72934054 MsG0680033759.01.T01:CDS 35.0%
GAGACAAATTGAAGGGAAAT+TGG + Chr6:72934020-72934039 MsG0680033759.01.T01:CDS 35.0%
GAGCTCAAAGTAACAACATT+AGG - Chr6:72934156-72934175 None:intergenic 35.0%
GCCAAGAAAATTAAAGACCA+AGG + Chr6:72934744-72934763 MsG0680033759.01.T01:intron 35.0%
TGAAGCCTTGAATCTCTTTA+TGG + Chr6:72934527-72934546 MsG0680033759.01.T01:CDS 35.0%
TTGATAAAGGGAAATAGCAG+TGG - Chr6:72933689-72933708 None:intergenic 35.0%
TTGGCCAAGATTCTTAAGAT+GGG + Chr6:72933808-72933827 MsG0680033759.01.T01:CDS 35.0%
TTGTAAGTGATCACATTTGC+AGG - Chr6:72934669-72934688 None:intergenic 35.0%
! TATGATGATGAAACAAGGTG+TGG + Chr6:72934338-72934357 MsG0680033759.01.T01:CDS 35.0%
!! CAAGTGTTGAGACAAATTGA+AGG + Chr6:72934012-72934031 MsG0680033759.01.T01:CDS 35.0%
!! GCCTTGGTCTTTAATTTTCT+TGG - Chr6:72934748-72934767 None:intergenic 35.0%
AAATTCAACAATGGATGGGG+TGG - Chr6:72933620-72933639 None:intergenic 40.0%
AATTCAACAATGGATGGGGT+GGG - Chr6:72933619-72933638 None:intergenic 40.0%
AGTTGACAAGGCAATTGCAT+TGG + Chr6:72934722-72934741 MsG0680033759.01.T01:intron 40.0%
CAATTGCCTTGTCAACTTGA+TGG - Chr6:72934719-72934738 None:intergenic 40.0%
CTTCGTGAAATGATTGCTAG+AGG + Chr6:72934974-72934993 MsG0680033759.01.T01:CDS 40.0%
CTTGATCAGATGCATGATAG+AGG + Chr6:72934639-72934658 MsG0680033759.01.T01:CDS 40.0%
CTTGGCCAAGATTCTTAAGA+TGG + Chr6:72933807-72933826 MsG0680033759.01.T01:CDS 40.0%
GAGCTGTAAGTTAACGTATC+AGG - Chr6:72934567-72934586 None:intergenic 40.0%
GTGCCTTAATGGTAAAGTCA+AGG + Chr6:72933876-72933895 MsG0680033759.01.T01:CDS 40.0%
GTTGATGCTCTTTGTAAGGA+AGG + Chr6:72934285-72934304 MsG0680033759.01.T01:CDS 40.0%
! CTTGGTTGATGCTCTTTGTA+AGG + Chr6:72934281-72934300 MsG0680033759.01.T01:CDS 40.0%
! TAAAGAGAAATTGGTGACCG+AGG + Chr6:72934089-72934108 MsG0680033759.01.T01:CDS 40.0%
!! GCTTGGTTTGTTCCATGAAA+TGG + Chr6:72934218-72934237 MsG0680033759.01.T01:CDS 40.0%
!! GTCTTCCATTTTTGACAGCA+GGG - Chr6:72934867-72934886 None:intergenic 40.0%
!! TGTCTTCCATTTTTGACAGC+AGG - Chr6:72934868-72934887 None:intergenic 40.0%
GAAATCCATGTGCAAGCACA+TGG - Chr6:72933921-72933940 None:intergenic 45.0%
GCTTGCACATGGATTTCACT+TGG + Chr6:72933924-72933943 MsG0680033759.01.T01:CDS 45.0%
GGGAAATAGCAGTGGTGTAA+TGG - Chr6:72933681-72933700 None:intergenic 45.0%
TGAGACCCTGCTGTCAAAAA+TGG + Chr6:72934859-72934878 MsG0680033759.01.T01:CDS 45.0%
TGGGAGAGTTTCTCATGCAT+GGG + Chr6:72934611-72934630 MsG0680033759.01.T01:CDS 45.0%
!!! ATATTAAAAGTATAAATATT+TGG - Chr6:72934261-72934280 None:intergenic 5.0%
CATGACCATGTGCTTGCACA+TGG + Chr6:72933913-72933932 MsG0680033759.01.T01:CDS 50.0%
CTGGGAGAGTTTCTCATGCA+TGG + Chr6:72934610-72934629 MsG0680033759.01.T01:CDS 50.0%
!! GGTCGACTGAAAGAAGCGCT+TGG + Chr6:72934201-72934220 MsG0680033759.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 72933601 72935006 72933601 ID=MsG0680033759.01;Name=MsG0680033759.01
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Chr6 exon 72933601 72934660 72933601 ID=MsG0680033759.01.T01:exon:3905;Parent=MsG0680033759.01.T01
Chr6 exon 72934840 72935006 72934840 ID=MsG0680033759.01.T01:exon:3904;Parent=MsG0680033759.01.T01
Chr6 CDS 72933601 72934660 72933601 ID=MsG0680033759.01.T01:cds;Parent=MsG0680033759.01.T01
Chr6 CDS 72934840 72935006 72934840 ID=MsG0680033759.01.T01:cds;Parent=MsG0680033759.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680033759.01.T01

ATGCTTCGTATGCGTCCCACCCCATCCATTGTTGAATTTAATAAGATTTTAGGTTCCATTGTTAAGAATAACAACAACCATTACACCACTGCTATTTCCCTTTATCAACAATTGCAATCAAATGGTATTACTCCGAGTATTGTTACTTTCAACATCGTCATTAATTGTTACTGCCACCTCACTGAAATGAATTTTGCCTTTTCTATCTTGGCCAAGATTCTTAAGATGGGTTATCACCCCGATACCTTTACCTTTAATACGCTTATCAAAGGTTTGTGCCTTAATGGTAAAGTCAAGGAAGCTCTGCACTTTCATGACCATGTGCTTGCACATGGATTTCACTTGGACCAATTTACTTATAGTACCTTGATTAATGGCTTGTGTAAAATGGGAAAAACAATAGAAGCCTTACAAGTGTTGAGACAAATTGAAGGGAAATTGGTCAACACTAATGTGGTAATGTATAGCACAATCATTGATGGTTTGTGTAAAGAGAAATTGGTGACCGAGGCATATGAGTTATATTCTCAAATGATTGTAAAGGAAATTTCTCCTAATGTTGTTACTTTGAGCTCTCTAATATATGGATTTTGCATCGTTGGTCGACTGAAAGAAGCGCTTGGTTTGTTCCATGAAATGGTATTGACAAACATCAATCCAAATATTTATACTTTTAATATCTTGGTTGATGCTCTTTGTAAGGAAGGAAACGTTAAACAAGCTAAATATATGATAGCTATGATGATGAAACAAGGTGTGGAACCTGATGTAGTTACATATAATACATTAATGGATGGGTATTGCTTAGTTAATGAAGCGACAAAGACCAAGCATGTATTCAACATCATAGGAAAAATGAAAGTAACACCTAATGTTTACAGCTACAATATCATTATTAATGGATTATGTAAGATTAAAATGGTTGATGAAGCCTTGAATCTCTTTATGGATATGCATTGCAAACCTGATACGTTAACTTACAGCTCTCTTATTGATGGTTTATGCAAATCTGGGAGAGTTTCTCATGCATGGGAGCTTCTTGATCAGATGCATGATAGAGAGAGCTTGCTTGATGAAGCTGAGACCCTGCTGTCAAAAATGGAAGACAATGGATGCATTCCTAATGCTGTAACTTATCAAACTATTATTCACGCTCTATTTGAAAAGGATGAGAATGAAAAGGCGGAGAAACTTCTTCGTGAAATGATTGCTAGAGGTCTATTGTAA
Protein sequence

>MsG0680033759.01.T01

MLRMRPTPSIVEFNKILGSIVKNNNNHYTTAISLYQQLQSNGITPSIVTFNIVINCYCHLTEMNFAFSILAKILKMGYHPDTFTFNTLIKGLCLNGKVKEALHFHDHVLAHGFHLDQFTYSTLINGLCKMGKTIEALQVLRQIEGKLVNTNVVMYSTIIDGLCKEKLVTEAYELYSQMIVKEISPNVVTLSSLIYGFCIVGRLKEALGLFHEMVLTNINPNIYTFNILVDALCKEGNVKQAKYMIAMMMKQGVEPDVVTYNTLMDGYCLVNEATKTKHVFNIIGKMKVTPNVYSYNIIINGLCKIKMVDEALNLFMDMHCKPDTLTYSSLIDGLCKSGRVSHAWELLDQMHDRESLLDEAETLLSKMEDNGCIPNAVTYQTIIHALFEKDENEKAEKLLREMIARGLL*