AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035052.01

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MsG0680035052.01.T01 AT5G41170 25.888 394 271 4 92 468 27 416 9.03e-43 158
MsG0680035052.01.T01 AT1G64583 32.265 437 290 3 39 471 54 488 3.08e-72 237
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MsG0680035052.01.T01 AT2G15630 27.778 162 114 1 312 470 130 291 1.63e-14 76.6
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MsG0680035052.01.T01 AT4G19440 28.676 272 189 2 60 327 556 826 3.93e-31 127
MsG0680035052.01.T01 AT4G19440 26.630 184 120 4 60 239 661 833 8.13e-12 68.2
MsG0680035052.01.T01 AT4G19440 28.505 428 262 5 60 446 381 805 6.73e-51 185
MsG0680035052.01.T01 AT4G19440 27.805 410 290 3 63 468 245 652 1.64e-49 181
MsG0680035052.01.T01 AT4G19440 29.049 389 272 2 86 471 233 620 1.11e-48 179
MsG0680035052.01.T01 AT4G19440 26.573 429 275 4 82 471 368 795 9.39e-46 171
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MsG0680035052.01.T01 AT3G16890 23.877 423 251 5 118 470 140 561 1.35e-36 143
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MsG0680035052.01.T01 AT1G19290 31.333 300 196 3 177 471 209 503 8.88e-39 150
MsG0680035052.01.T01 AT1G19290 29.518 332 226 3 135 462 202 529 1.95e-37 146
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MsG0680035052.01.T01 AT5G46680 20.848 283 210 6 36 312 169 443 2.47e-11 66.2
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MsG0680035052.01.T01 AT2G35130 27.907 301 207 6 176 470 136 432 2.71e-27 115
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MsG0680035052.01.T01 AT5G40400 26.190 378 270 4 93 462 167 543 9.09e-32 129
MsG0680035052.01.T01 AT5G40400 26.036 338 239 6 71 400 250 584 6.14e-27 114
MsG0680035052.01.T01 AT5G40400 27.731 238 170 1 211 446 146 383 1.41e-24 107
MsG0680035052.01.T01 AT5G40400 24.709 344 222 2 159 466 167 509 2.08e-24 107
MsG0680035052.01.T01 AT5G40400 25.105 239 178 1 192 430 165 402 1.59e-23 104
MsG0680035052.01.T01 AT5G40400 22.609 230 160 2 259 470 108 337 1.93e-11 66.6
MsG0680035052.01.T01 AT5G40400 27.793 367 256 6 87 446 302 666 7.99e-38 147
MsG0680035052.01.T01 AT5G40400 26.190 378 270 4 93 462 238 614 1.11e-31 129
MsG0680035052.01.T01 AT5G40400 26.036 338 239 6 71 400 321 655 9.01e-27 114
MsG0680035052.01.T01 AT5G40400 27.731 238 170 1 211 446 217 454 1.53e-24 107
MsG0680035052.01.T01 AT5G40400 24.709 344 222 2 159 466 238 580 1.79e-24 107
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MsG0680035052.01.T01 AT5G25630 24.542 273 198 4 205 469 56 328 3.80e-22 100
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MsG0680035052.01.T01 AT3G62540 25.600 250 181 2 87 332 328 576 1.09e-19 92.4
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MsG0680035052.01.T01 AT3G60050 28.223 287 197 3 118 400 179 460 2.37e-28 117
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MsG0680035052.01.T01 AT3G49730 28.626 262 185 2 210 470 183 443 1.46e-30 125
MsG0680035052.01.T01 AT3G49730 21.471 340 229 2 63 399 173 477 3.16e-28 118
MsG0680035052.01.T01 AT3G49730 26.562 256 171 4 232 471 120 374 8.47e-25 108
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MsG0680035052.01.T01 AT1G05600 26.203 187 135 3 125 309 300 485 5.49e-12 68.2
MsG0680035052.01.T01 AT1G05600 23.419 427 277 9 32 445 92 481 7.88e-27 113
MsG0680035052.01.T01 AT1G05600 22.739 387 285 7 98 471 87 472 1.44e-24 106
MsG0680035052.01.T01 AT1G05600 26.203 187 135 3 125 309 300 485 5.49e-12 68.2
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MsG0680035052.01.T01 AT1G63630 27.972 143 102 1 184 326 1 142 2.16e-16 76.6
MsG0680035052.01.T01 AT1G63630 34.615 104 68 0 367 470 8 111 3.02e-14 70.5
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MsG0680035052.01.T01 AT1G63630 24.806 129 93 1 60 184 13 141 5.75e-12 63.9
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MsG0680035052.01.T01 AT3G13150 21.186 236 180 2 92 322 157 391 7.93e-18 86.7
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MsG0680035052.01.T01 AT3G13150 23.790 248 183 3 52 294 152 398 1.54e-12 70.1
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MsG0680035052.01.T01 AT4G01030 22.086 326 217 7 98 391 266 586 7.28e-12 68.2
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MsG0680035052.01.T01 AT1G55890 20.149 268 206 4 61 322 113 378 3.30e-15 77.8
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MsG0680035052.01.T01 AT2G17670 29.545 176 123 1 295 469 155 330 8.96e-24 102
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MsG0680035052.01.T01 AT1G61870 26.360 239 175 1 225 462 147 385 3.19e-25 107
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MsG0680035052.01.T01 AT1G61870 26.829 246 140 4 87 328 182 391 5.17e-17 83.2
MsG0680035052.01.T01 AT1G61870 22.396 192 148 1 279 469 131 322 1.50e-12 69.7
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MsG0680035052.01.T01 AT1G79490 22.642 212 164 0 259 470 273 484 4.64e-18 87.8
MsG0680035052.01.T01 AT1G79490 23.324 343 259 4 125 466 245 584 1.94e-16 82.8
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MsG0680035052.01.T01 AT1G77405 28.136 295 191 7 108 383 111 403 3.01e-22 99.4
MsG0680035052.01.T01 AT1G77405 27.624 181 118 2 298 465 164 344 6.45e-17 83.6
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MsG0680035052.01.T01 AT1G77405 23.473 311 169 10 37 341 181 428 1.11e-14 76.6
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MsG0680035052.01.T01 AT3G12770 22.754 334 238 7 98 426 27 345 1.72e-14 76.6
MsG0680035052.01.T01 AT5G48730 24.922 321 232 6 132 448 161 476 1.24e-23 103
MsG0680035052.01.T01 AT5G48730 21.493 335 229 6 60 392 188 490 6.17e-19 89.7
MsG0680035052.01.T01 AT5G48730 23.913 322 207 4 143 463 137 421 5.51e-18 87.0
MsG0680035052.01.T01 AT5G48730 21.652 351 270 2 89 434 147 497 9.21e-18 86.3
MsG0680035052.01.T01 AT4G02750 21.204 382 272 8 89 470 154 506 1.84e-23 104
MsG0680035052.01.T01 AT4G02750 22.368 380 256 11 91 469 63 404 6.98e-22 99.8
MsG0680035052.01.T01 AT4G02750 21.698 424 243 11 37 395 173 572 9.58e-15 77.4
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MsG0680035052.01.T01 AT3G53170 23.616 271 202 5 204 470 118 387 4.01e-17 84.3
MsG0680035052.01.T01 AT3G53170 21.495 321 239 4 86 397 173 489 4.42e-16 80.9
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MsG0680035052.01.T01 AT5G27270 21.372 379 263 4 118 462 13 390 1.10e-11 67.8
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MsG0680035052.01.T01 AT4G38150 27.338 139 100 1 128 266 136 273 1.13e-11 66.2
MsG0680035052.01.T01 AT4G38150 29.870 154 105 1 281 434 116 266 8.69e-18 84.3
MsG0680035052.01.T01 AT4G38150 29.221 154 106 1 251 404 121 271 2.67e-16 80.1
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MsG0680035052.01.T01 AT4G38150 29.870 154 105 1 281 434 116 266 8.69e-18 84.3
MsG0680035052.01.T01 AT4G38150 29.221 154 106 1 251 404 121 271 2.67e-16 80.1
MsG0680035052.01.T01 AT4G38150 32.432 111 75 0 339 449 136 246 6.05e-15 75.9
MsG0680035052.01.T01 AT4G38150 32.456 114 74 1 356 469 121 231 1.09e-13 72.0
MsG0680035052.01.T01 AT4G38150 27.000 200 105 4 144 342 120 279 3.10e-13 70.9
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MsG0680035052.01.T01 AT1G13410 23.432 303 175 7 183 448 17 299 1.90e-15 79.0
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MsG0680035052.01.T01 AT2G44880 20.963 353 256 10 53 403 181 512 7.57e-12 68.2
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MsG0680035052.01.T01 AT1G17630 25.238 210 143 6 263 465 223 425 4.15e-13 72.0
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MsG0680035052.01.T01 AT1G05750 23.229 353 240 10 124 465 37 369 8.12e-14 73.9
MsG0680035052.01.T01 AT1G05750 21.429 266 194 5 208 470 50 303 1.84e-11 66.6
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MsG0680035052.01.T01 AT1G31430 25.161 310 195 8 152 448 5 290 9.33e-13 70.9
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MsG0680035052.01.T01 AT3G22150 22.222 459 323 13 24 465 207 648 1.44e-13 73.6
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MsG0680035052.01.T01 AT5G44230 22.443 352 256 7 48 395 109 447 1.47e-13 73.6
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MsG0680035052.01.T01 AT3G23330 21.164 378 222 11 124 434 99 467 3.35e-13 72.4
MsG0680035052.01.T01 AT3G23330 23.871 310 186 10 142 448 82 344 7.46e-13 71.2
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MsG0680035052.01.T01 AT1G56570 20.574 418 272 12 37 448 61 424 8.59e-11 64.7
MsG0680035052.01.T01 AT2G03380 21.244 386 250 9 122 468 241 611 4.15e-13 72.0
MsG0680035052.01.T01 AT4G33170 20.299 468 264 16 81 448 338 796 4.15e-13 72.4
MsG0680035052.01.T01 AT5G66520 19.847 393 298 8 44 434 103 480 4.29e-13 72.0
MsG0680035052.01.T01 AT5G66520 20.000 295 221 6 155 448 77 357 4.01e-11 65.9
MsG0680035052.01.T01 AT1G64310 18.854 419 284 11 53 465 67 435 4.40e-13 71.6
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MsG0680035052.01.T01 AT4G21880 24.373 279 198 5 189 465 345 612 4.63e-13 72.0
MsG0680035052.01.T01 AT3G13770 21.739 345 218 9 143 448 103 434 5.07e-13 71.6
MsG0680035052.01.T01 AT2G27610 19.162 501 327 13 23 468 113 590 5.68e-13 72.0
MsG0680035052.01.T01 AT2G27610 21.978 364 264 9 111 470 46 393 8.53e-11 65.1
MsG0680035052.01.T01 AT4G33990 21.690 355 236 10 125 448 218 561 6.00e-13 71.6
MsG0680035052.01.T01 AT4G08210 24.651 215 148 5 258 471 34 235 6.09e-13 71.6
MsG0680035052.01.T01 AT5G16860 21.965 346 234 10 135 466 144 467 6.15e-13 71.6
MsG0680035052.01.T01 AT5G16860 20.769 390 283 8 91 465 263 641 1.79e-12 70.1
MsG0680035052.01.T01 AT4G33990 21.690 355 236 10 125 448 211 554 6.82e-13 71.6
MsG0680035052.01.T01 AT5G48910 22.492 329 202 10 91 379 207 522 9.24e-13 70.9
MsG0680035052.01.T01 AT4G14050 21.377 276 169 6 228 466 117 381 9.26e-13 70.9
MsG0680035052.01.T01 AT1G09220 26.331 338 214 15 111 434 177 493 9.38e-13 70.5
MsG0680035052.01.T01 AT5G47460 22.628 274 186 9 143 409 71 325 1.11e-12 70.5
MsG0680035052.01.T01 AT4G32430 24.176 364 233 14 48 395 301 637 1.32e-12 70.5
MsG0680035052.01.T01 AT4G32430 19.340 424 292 13 65 466 207 602 6.61e-11 65.1
MsG0680035052.01.T01 AT4G32430 24.176 364 233 14 48 395 169 505 1.45e-12 70.5
MsG0680035052.01.T01 AT4G32430 19.340 424 292 13 65 466 75 470 7.56e-11 65.1
MsG0680035052.01.T01 AT3G62890 23.906 297 200 8 180 466 49 329 1.85e-12 69.7
MsG0680035052.01.T01 AT3G62890 21.918 365 256 9 82 434 87 434 9.80e-11 64.3
MsG0680035052.01.T01 AT4G21300 21.136 440 304 10 60 466 343 772 2.17e-12 70.1
MsG0680035052.01.T01 AT4G21300 18.072 415 285 7 36 446 85 448 1.19e-11 67.8
MsG0680035052.01.T01 AT5G67570 26.415 212 150 6 260 468 337 545 2.22e-12 70.1
MsG0680035052.01.T01 AT5G67570 22.321 224 153 5 232 454 258 461 3.86e-11 65.9
MsG0680035052.01.T01 AT5G67570 21.053 228 175 3 225 448 337 563 9.23e-11 64.7
MsG0680035052.01.T01 AT3G02010 20.619 388 254 10 87 471 43 379 2.44e-12 69.7
MsG0680035052.01.T01 AT4G04790 23.282 262 188 4 189 446 232 484 2.50e-12 69.7
MsG0680035052.01.T01 AT5G61800 21.739 345 252 8 87 426 147 478 2.54e-12 69.3
MsG0680035052.01.T01 AT5G61800 22.997 287 208 4 180 465 102 376 1.01e-11 67.4
MsG0680035052.01.T01 AT1G09190 19.830 353 267 8 44 391 120 461 2.96e-12 68.9
MsG0680035052.01.T01 AT4G04790 23.282 262 188 4 189 446 365 617 3.10e-12 69.3
MsG0680035052.01.T01 AT4G04790 23.282 262 188 4 189 446 369 621 3.25e-12 69.3
MsG0680035052.01.T01 AT5G59200 21.290 310 227 4 156 465 90 382 4.26e-12 68.6
MsG0680035052.01.T01 AT5G59200 22.330 309 228 8 93 399 190 488 1.62e-11 67.0
MsG0680035052.01.T01 AT5G59200 20.952 315 233 7 122 434 188 488 6.63e-11 65.1
MsG0680035052.01.T01 AT3G49142 19.393 428 325 7 25 448 8 419 5.55e-12 68.6
MsG0680035052.01.T01 AT2G33680 20.000 380 279 7 98 470 234 595 6.69e-12 68.6
MsG0680035052.01.T01 AT2G33680 21.921 406 256 13 87 448 119 507 3.31e-11 66.2
MsG0680035052.01.T01 AT2G34400 19.444 468 323 9 36 464 111 563 6.78e-12 68.2
MsG0680035052.01.T01 AT2G33680 20.000 380 279 7 98 470 214 575 6.79e-12 68.6
MsG0680035052.01.T01 AT2G33680 21.921 406 256 13 87 448 99 487 3.45e-11 66.2

Find 77 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 102 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GATCACTTACAATTCTTTAA+TGG 0.190610 6:+98236196 MsG0680035052.01.T01:CDS
AGTTATGGGACCTTGATAAA+TGG 0.213462 6:+98235466 MsG0680035052.01.T01:CDS
GAATTGTATGTTACAGTATT+AGG 0.282383 6:-98236083 None:intergenic
TAATCAACATCATGGCTCTA+AGG 0.291281 6:+98235946 MsG0680035052.01.T01:CDS
CATCTTAATGAGGTTAGTTA+TGG 0.294014 6:+98235451 MsG0680035052.01.T01:CDS
GTTTGGTAAGTTACCGCATT+TGG 0.312416 6:-98236503 None:intergenic
AGGGCTATCGTTTAGATGTT+TGG 0.313089 6:+98236387 MsG0680035052.01.T01:CDS
TTTGGTAAGTTACCGCATTT+GGG 0.322558 6:-98236502 None:intergenic
CAGGAAGAGTCTCTGATGTT+TGG 0.323257 6:+98236129 MsG0680035052.01.T01:CDS
CGGATTATGTAAGAATAAAA+TGG 0.324520 6:+98236010 MsG0680035052.01.T01:CDS
CTTCGTGAAATGATTGTTAG+AGG 0.326354 6:+98236578 MsG0680035052.01.T01:CDS
ACTTACAATACTCTAATATA+TGG 0.334281 6:+98235676 MsG0680035052.01.T01:CDS
ATGTTTAAAGTAACAATGTT+AGG 0.336743 6:-98235247 None:intergenic
TGTTACTTATACTTCTTTGA+TGG 0.343831 6:+98235881 MsG0680035052.01.T01:CDS
CTTCTTTCATTTGACCCAAA+TGG 0.346624 6:-98235704 None:intergenic
ATGCTATACATTACCACATT+AGG 0.351542 6:-98235559 None:intergenic
ACATACAATTCACTTATTGA+TGG 0.356398 6:+98236095 MsG0680035052.01.T01:CDS
GTACCTCAACTTCAACAAAT+AGG 0.365620 6:-98234987 None:intergenic
AGATTGAAGGGTTATTGATT+AGG 0.367497 6:+98235536 MsG0680035052.01.T01:CDS
GAAGTATAAGTAACAACATT+AGG 0.368065 6:-98235873 None:intergenic
GTTGTGTATGTACACATATT+TGG 0.370784 6:-98236293 None:intergenic
ATTGATGGACTTCGGAAATC+AGG 0.380866 6:+98236110 MsG0680035052.01.T01:CDS
ACAAAGCACAAATAAGAGTT+TGG 0.383295 6:-98236520 None:intergenic
AGGAAGAGTCTCTGATGTTT+GGG 0.383335 6:+98236130 MsG0680035052.01.T01:CDS
GTTTGGTAGGATTCTTCATA+TGG 0.384093 6:-98235123 None:intergenic
ACCAAACCCATCTTCGAATT+CGG 0.390202 6:+98235139 MsG0680035052.01.T01:CDS
ATCTTAATGAGGTTAGTTAT+GGG 0.394882 6:+98235452 MsG0680035052.01.T01:CDS
AGCTACAATGTCATGATTAA+CGG 0.395544 6:+98235990 MsG0680035052.01.T01:CDS
ACATTGTAGCTATTAACATT+AGG 0.403102 6:-98235978 None:intergenic
GTTATGGGACCTTGATAAAT+GGG 0.418173 6:+98235467 MsG0680035052.01.T01:CDS
CGAAATTGAGTTGATTCAAA+TGG 0.420900 6:-98235288 None:intergenic
CTTATACTTCTTTGATGGAT+GGG 0.429900 6:+98235886 MsG0680035052.01.T01:CDS
ACATACACAACACTTGTTGA+TGG 0.430409 6:+98236305 MsG0680035052.01.T01:CDS
AATCTTACCGAATTCGAAGA+TGG 0.443818 6:-98235146 None:intergenic
ACCGAATTCGAAGATGGGTT+TGG 0.451516 6:-98235140 None:intergenic
ACTTATACTTCTTTGATGGA+TGG 0.452238 6:+98235885 MsG0680035052.01.T01:CDS
TAGGGCAGCTCTTGTTTCTC+CGG 0.452496 6:-98235500 None:intergenic
TTTACATAACCCATTTATCA+AGG 0.453419 6:-98235476 None:intergenic
ATAAATGGGTTATGTAAATC+CGG 0.456159 6:+98235481 MsG0680035052.01.T01:CDS
TGAACGTGTAATCGACGAAT+TGG 0.456995 6:-98235040 None:intergenic
ATAGATGAGATGCATCATAA+AGG 0.472769 6:+98236158 MsG0680035052.01.T01:CDS
CATCCTATTTGTTGAAGTTG+AGG 0.481864 6:+98234984 MsG0680035052.01.T01:CDS
CAGTTGCTTAGAAAGATTGA+AGG 0.482000 6:+98235523 MsG0680035052.01.T01:CDS
CATTTCAGAATATAAATCAT+AGG 0.486244 6:-98235623 None:intergenic
AAAAGGATTTCATCTTAATG+AGG 0.497130 6:+98235441 MsG0680035052.01.T01:CDS
CAATCTTTCTAAGCAACTGT+AGG 0.509119 6:-98235519 None:intergenic
GTATTGTAAGTGACAACATC+AGG 0.515559 6:-98235664 None:intergenic
GGTTAATGCGCTTTGTAAAG+AGG 0.517508 6:+98236424 MsG0680035052.01.T01:CDS
TGCTTTGTGCAAAATCCATC+AGG 0.519913 6:+98236220 MsG0680035052.01.T01:CDS
CGAAAACGACAAGAATGATA+AGG 0.526016 6:+98236544 MsG0680035052.01.T01:CDS
ATCTTACCGAATTCGAAGAT+GGG 0.529214 6:-98235145 None:intergenic
TTGTAAGTGATCACATCAGC+AGG 0.531361 6:-98236185 None:intergenic
ATTCACTTATTGATGGACTT+CGG 0.533435 6:+98236102 MsG0680035052.01.T01:CDS
AATCAACATCATGGCTCTAA+GGG 0.535897 6:+98235947 MsG0680035052.01.T01:CDS
GTTAATGCGCTTTGTAAAGA+GGG 0.536783 6:+98236425 MsG0680035052.01.T01:CDS
CAATTGCCTTGTCAACCTGA+TGG 0.542661 6:-98236235 None:intergenic
AACGTATGTAATCAACATCA+TGG 0.545689 6:+98235938 MsG0680035052.01.T01:CDS
TCTCATCAAATGGAAATCAA+AGG 0.546058 6:+98235217 MsG0680035052.01.T01:CDS
TTGTCAATGAACGAAGGAAG+AGG 0.554716 6:-98235064 None:intergenic
AATTCGAAGATGGGTTTGGT+AGG 0.555811 6:-98235136 None:intergenic
AATCTTTCTAAGCAACTGTA+GGG 0.575448 6:-98235518 None:intergenic
CAAAATCCATCAGGTTGACA+AGG 0.577378 6:+98236229 MsG0680035052.01.T01:CDS
TGTTATGATAAAACAAGGTG+TGG 0.583140 6:+98235848 MsG0680035052.01.T01:CDS
AGTTGCTTAGAAAGATTGAA+GGG 0.583321 6:+98235524 MsG0680035052.01.T01:CDS
GTTATTGATTAGGCCTAATG+TGG 0.585904 6:+98235546 MsG0680035052.01.T01:CDS
TGAACTGATTCATCTTAACA+AGG 0.603231 6:-98235177 None:intergenic
ATTATGTAAGAATAAAATGG+TGG 0.609528 6:+98236013 MsG0680035052.01.T01:CDS
TGGTTTATGTAAGGAAGGAG+AGG 0.616257 6:+98235800 MsG0680035052.01.T01:intron
TGTTTGGATGTATAGTGTGA+TGG 0.623453 6:+98236403 MsG0680035052.01.T01:CDS
GAACTGATTCATCTTAACAA+GGG 0.630135 6:-98235176 None:intergenic
CAATGGCTGCACCCCAAATG+CGG 0.635263 6:+98236490 MsG0680035052.01.T01:CDS
TTAATGAAGATGAAAGACGA+AGG 0.639867 6:+98236263 MsG0680035052.01.T01:CDS
TTGGTAAGTTACCGCATTTG+GGG 0.651727 6:-98236501 None:intergenic
AAGTGATCACATCAGCAGGT+TGG 0.669409 6:-98236181 None:intergenic
TTAACATTGTCAATGAACGA+AGG 0.677985 6:-98235070 None:intergenic
TTACCTGTTATGATAAAACA+AGG 0.680478 6:+98235843 MsG0680035052.01.T01:CDS
ATCAACATCATGGCTCTAAG+GGG 0.684860 6:+98235948 MsG0680035052.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ACATTCAATACAATTATCAA+AGG + Chr6:98235363-98235382 MsG0680035052.01.T01:intron 20.0%
!! ACTTACAATACTCTAATATA+TGG + Chr6:98235676-98235695 MsG0680035052.01.T01:CDS 20.0%
!! ATTATGTAAGAATAAAATGG+TGG + Chr6:98236013-98236032 MsG0680035052.01.T01:CDS 20.0%
!! CATTTCAGAATATAAATCAT+AGG - Chr6:98235626-98235645 None:intergenic 20.0%
!!! AATATATGGTTTTTCCATTT+GGG + Chr6:98235690-98235709 MsG0680035052.01.T01:CDS 20.0%
!!! AATTTCGCTTTTTCTATATT+CGG + Chr6:98235304-98235323 MsG0680035052.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATGTTTAAAGTAACAATGTT+AGG - Chr6:98235250-98235269 None:intergenic 20.0%
!!! TAATATATGGTTTTTCCATT+TGG + Chr6:98235689-98235708 MsG0680035052.01.T01:CDS 20.0%
!!! TATCAAGATCTTTTGAATAA+GGG + Chr6:98236368-98236387 MsG0680035052.01.T01:CDS 20.0%
!!! TATTTCATTTTCTCATCAAA+TGG + Chr6:98235207-98235226 MsG0680035052.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTATCAAGATCTTTTGAATA+AGG + Chr6:98236367-98236386 MsG0680035052.01.T01:CDS 20.0%
! AAAAGGATTTCATCTTAATG+AGG + Chr6:98235441-98235460 MsG0680035052.01.T01:CDS 25.0%
! ACATACAATTCACTTATTGA+TGG + Chr6:98236095-98236114 MsG0680035052.01.T01:CDS 25.0%
! ACATTGTAGCTATTAACATT+AGG - Chr6:98235981-98236000 None:intergenic 25.0%
! CGGATTATGTAAGAATAAAA+TGG + Chr6:98236010-98236029 MsG0680035052.01.T01:CDS 25.0%
! GAAGTATAAGTAACAACATT+AGG - Chr6:98235876-98235895 None:intergenic 25.0%
! GAATTGTATGTTACAGTATT+AGG - Chr6:98236086-98236105 None:intergenic 25.0%
! GATCACTTACAATTCTTTAA+TGG + Chr6:98236196-98236215 MsG0680035052.01.T01:CDS 25.0%
! GTATTGAATGTTACAGTATT+AGG - Chr6:98235354-98235373 None:intergenic 25.0%
! TTACCTGTTATGATAAAACA+AGG + Chr6:98235843-98235862 MsG0680035052.01.T01:CDS 25.0%
! TTTACATAACCCATTTATCA+AGG - Chr6:98235479-98235498 None:intergenic 25.0%
!! ATCTTAATGAGGTTAGTTAT+GGG + Chr6:98235452-98235471 MsG0680035052.01.T01:CDS 25.0%
!! CATGATAATGTTATAGCAAA+AGG + Chr6:98235424-98235443 MsG0680035052.01.T01:intron 25.0%
!! GTATTAAAAGTACGAACATT+CGG - Chr6:98235771-98235790 None:intergenic 25.0%
!! TATTAAAAGTACGAACATTC+GGG - Chr6:98235770-98235789 None:intergenic 25.0%
!! TGTTACTTATACTTCTTTGA+TGG + Chr6:98235881-98235900 MsG0680035052.01.T01:CDS 25.0%
!! TGTTCGTACTTTTAATACAT+TGG + Chr6:98235773-98235792 MsG0680035052.01.T01:intron 25.0%
!!! ACTTTTAATACATTGGTTGA+TGG + Chr6:98235780-98235799 MsG0680035052.01.T01:intron 25.0%
!!! ATAAATGGGTTATGTAAATC+CGG + Chr6:98235481-98235500 MsG0680035052.01.T01:CDS 25.0%
AACGTATGTAATCAACATCA+TGG + Chr6:98235938-98235957 MsG0680035052.01.T01:CDS 30.0%
AATCTTTCTAAGCAACTGTA+GGG - Chr6:98235521-98235540 None:intergenic 30.0%
ACAAAGCACAAATAAGAGTT+TGG - Chr6:98236523-98236542 None:intergenic 30.0%
ACTTATACTTCTTTGATGGA+TGG + Chr6:98235885-98235904 MsG0680035052.01.T01:CDS 30.0%
AGCTACAATGTCATGATTAA+CGG + Chr6:98235990-98236009 MsG0680035052.01.T01:CDS 30.0%
AGTTGCTTAGAAAGATTGAA+GGG + Chr6:98235524-98235543 MsG0680035052.01.T01:CDS 30.0%
ATAGATGAGATGCATCATAA+AGG + Chr6:98236158-98236177 MsG0680035052.01.T01:CDS 30.0%
ATCAAAGGTCTTTGTCTTAA+TGG + Chr6:98235378-98235397 MsG0680035052.01.T01:intron 30.0%
ATGCAAAAATGGAAGACTAA+AGG + Chr6:98236331-98236350 MsG0680035052.01.T01:CDS 30.0%
ATGCTATACATTACCACATT+AGG - Chr6:98235562-98235581 None:intergenic 30.0%
ATTCGGTAAGATTCTTAACT+AGG + Chr6:98235321-98235340 MsG0680035052.01.T01:intron 30.0%
CTATCAAAAATGGAAGACAA+TGG + Chr6:98236473-98236492 MsG0680035052.01.T01:CDS 30.0%
GTTGTGTATGTACACATATT+TGG - Chr6:98236296-98236315 None:intergenic 30.0%
TCTCATCAAATGGAAATCAA+AGG + Chr6:98235217-98235236 MsG0680035052.01.T01:CDS 30.0%
TCTTTGTCTTAATGGTCATT+AGG + Chr6:98235386-98235405 MsG0680035052.01.T01:intron 30.0%
TGTTATGATAAAACAAGGTG+TGG + Chr6:98235848-98235867 MsG0680035052.01.T01:CDS 30.0%
TTAACATTGTCAATGAACGA+AGG - Chr6:98235073-98235092 None:intergenic 30.0%
TTAATGAAGATGAAAGACGA+AGG + Chr6:98236263-98236282 MsG0680035052.01.T01:CDS 30.0%
! AGATTGAAGGGTTATTGATT+AGG + Chr6:98235536-98235555 MsG0680035052.01.T01:CDS 30.0%
! ATTAAAAGTACGAACATTCG+GGG - Chr6:98235769-98235788 None:intergenic 30.0%
! ATTGTCCTTGCTATCAAAAA+TGG + Chr6:98236463-98236482 MsG0680035052.01.T01:CDS 30.0%
! CATCTTAATGAGGTTAGTTA+TGG + Chr6:98235451-98235470 MsG0680035052.01.T01:CDS 30.0%
! CTTATACTTCTTTGATGGAT+GGG + Chr6:98235886-98235905 MsG0680035052.01.T01:CDS 30.0%
! GAACTGATTCATCTTAACAA+GGG - Chr6:98235179-98235198 None:intergenic 30.0%
! TGAACTGATTCATCTTAACA+AGG - Chr6:98235180-98235199 None:intergenic 30.0%
!! ATTCACTTATTGATGGACTT+CGG + Chr6:98236102-98236121 MsG0680035052.01.T01:CDS 30.0%
!! ATTGGTTGATGGTTTATGTA+AGG + Chr6:98235791-98235810 MsG0680035052.01.T01:intron 30.0%
!! CGAAATTGAGTTGATTCAAA+TGG - Chr6:98235291-98235310 None:intergenic 30.0%
!!! ACACCTTGTTTTATCATAAC+AGG - Chr6:98235849-98235868 None:intergenic 30.0%
AATCTTACCGAATTCGAAGA+TGG - Chr6:98235149-98235168 None:intergenic 35.0%
AGTTATGGGACCTTGATAAA+TGG + Chr6:98235466-98235485 MsG0680035052.01.T01:CDS 35.0%
ATCTTACCGAATTCGAAGAT+GGG - Chr6:98235148-98235167 None:intergenic 35.0%
CAATCTTTCTAAGCAACTGT+AGG - Chr6:98235522-98235541 None:intergenic 35.0%
CAGTTGCTTAGAAAGATTGA+AGG + Chr6:98235523-98235542 MsG0680035052.01.T01:CDS 35.0%
CGAAAACGACAAGAATGATA+AGG + Chr6:98236544-98236563 MsG0680035052.01.T01:CDS 35.0%
CTTCGTGAAATGATTGTTAG+AGG + Chr6:98236578-98236597 MsG0680035052.01.T01:CDS 35.0%
CTTCTTTCATTTGACCCAAA+TGG - Chr6:98235707-98235726 None:intergenic 35.0%
GTACCTCAACTTCAACAAAT+AGG - Chr6:98234990-98235009 None:intergenic 35.0%
GTATTGTAAGTGACAACATC+AGG - Chr6:98235667-98235686 None:intergenic 35.0%
GTTAATGCGCTTTGTAAAGA+GGG + Chr6:98236425-98236444 MsG0680035052.01.T01:CDS 35.0%
GTTATGGGACCTTGATAAAT+GGG + Chr6:98235467-98235486 MsG0680035052.01.T01:CDS 35.0%
GTTTGGTAGGATTCTTCATA+TGG - Chr6:98235126-98235145 None:intergenic 35.0%
TGTTTGGATGTATAGTGTGA+TGG + Chr6:98236403-98236422 MsG0680035052.01.T01:CDS 35.0%
TTTGGTAAGTTACCGCATTT+GGG - Chr6:98236505-98236524 None:intergenic 35.0%
! ACATACACAACACTTGTTGA+TGG + Chr6:98236305-98236324 MsG0680035052.01.T01:CDS 35.0%
! CATCCTATTTGTTGAAGTTG+AGG + Chr6:98234984-98235003 MsG0680035052.01.T01:CDS 35.0%
! GTTATTGATTAGGCCTAATG+TGG + Chr6:98235546-98235565 MsG0680035052.01.T01:CDS 35.0%
! TAATCAACATCATGGCTCTA+AGG + Chr6:98235946-98235965 MsG0680035052.01.T01:CDS 35.0%
!! AATCAACATCATGGCTCTAA+GGG + Chr6:98235947-98235966 MsG0680035052.01.T01:CDS 35.0%
!! GTCTTCCATTTTTGATAGCA+AGG - Chr6:98236471-98236490 None:intergenic 35.0%
!! GTTGATGGACTATGCAAAAA+TGG + Chr6:98236320-98236339 MsG0680035052.01.T01:CDS 35.0%
!! GTTGATGGTTTATGTAAGGA+AGG + Chr6:98235795-98235814 MsG0680035052.01.T01:intron 35.0%
ACCAAACCCATCTTCGAATT+CGG + Chr6:98235139-98235158 MsG0680035052.01.T01:CDS 40.0%
AGGAAGAGTCTCTGATGTTT+GGG + Chr6:98236130-98236149 MsG0680035052.01.T01:CDS 40.0%
AGGGCTATCGTTTAGATGTT+TGG + Chr6:98236387-98236406 MsG0680035052.01.T01:CDS 40.0%
GGTTAATGCGCTTTGTAAAG+AGG + Chr6:98236424-98236443 MsG0680035052.01.T01:CDS 40.0%
GTTTGGTAAGTTACCGCATT+TGG - Chr6:98236506-98236525 None:intergenic 40.0%
TGAACGTGTAATCGACGAAT+TGG - Chr6:98235043-98235062 None:intergenic 40.0%
TGCTTTGTGCAAAATCCATC+AGG + Chr6:98236220-98236239 MsG0680035052.01.T01:CDS 40.0%
TGGTTTATGTAAGGAAGGAG+AGG + Chr6:98235800-98235819 MsG0680035052.01.T01:intron 40.0%
TTGGTAAGTTACCGCATTTG+GGG - Chr6:98236504-98236523 None:intergenic 40.0%
TTGTAAGTGATCACATCAGC+AGG - Chr6:98236188-98236207 None:intergenic 40.0%
TTGTCAATGAACGAAGGAAG+AGG - Chr6:98235067-98235086 None:intergenic 40.0%
! AATTCGAAGATGGGTTTGGT+AGG - Chr6:98235139-98235158 None:intergenic 40.0%
!! ATCAACATCATGGCTCTAAG+GGG + Chr6:98235948-98235967 MsG0680035052.01.T01:CDS 40.0%
!! ATTGATGGACTTCGGAAATC+AGG + Chr6:98236110-98236129 MsG0680035052.01.T01:CDS 40.0%
!! CAAAATCCATCAGGTTGACA+AGG + Chr6:98236229-98236248 MsG0680035052.01.T01:CDS 40.0%
AAGTGATCACATCAGCAGGT+TGG - Chr6:98236184-98236203 None:intergenic 45.0%
CAATTGCCTTGTCAACCTGA+TGG - Chr6:98236238-98236257 None:intergenic 45.0%
CAGGAAGAGTCTCTGATGTT+TGG + Chr6:98236129-98236148 MsG0680035052.01.T01:CDS 45.0%
! ACCGAATTCGAAGATGGGTT+TGG - Chr6:98235143-98235162 None:intergenic 45.0%
! TAGGGCAGCTCTTGTTTCTC+CGG - Chr6:98235503-98235522 None:intergenic 50.0%
CAATGGCTGCACCCCAAATG+CGG + Chr6:98236490-98236509 MsG0680035052.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 98234980 98236610 98234980 ID=MsG0680035052.01;Name=MsG0680035052.01
Chr6 mRNA 98234980 98236610 98234980 ID=MsG0680035052.01.T01;Parent=MsG0680035052.01;Name=MsG0680035052.01.T01;_AED=0.42;_eAED=0.42;_QI=0|0|0|1|1|1|3|0|471
Chr6 exon 98234980 98235325 98234980 ID=MsG0680035052.01.T01:exon:13964;Parent=MsG0680035052.01.T01
Chr6 exon 98235440 98235711 98235440 ID=MsG0680035052.01.T01:exon:13965;Parent=MsG0680035052.01.T01
Chr6 exon 98235813 98236610 98235813 ID=MsG0680035052.01.T01:exon:13966;Parent=MsG0680035052.01.T01
Chr6 CDS 98234980 98235325 98234980 ID=MsG0680035052.01.T01:cds;Parent=MsG0680035052.01.T01
Chr6 CDS 98235440 98235711 98235440 ID=MsG0680035052.01.T01:cds;Parent=MsG0680035052.01.T01
Chr6 CDS 98235813 98236610 98235813 ID=MsG0680035052.01.T01:cds;Parent=MsG0680035052.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680035052.01.T01

ATGTCATCCTATTTGTTGAAGTTGAGGTACGCATCTCTATCTCTCAACAATTTCTTTCTTCCAATTCGTCGATTACACGTTCAGCCTCTTCCTTCGTTCATTGACAATGTTAATGATGCTGTTTCTTCGTTCAATCGCATTCTCCATATGAAGAATCCTACCAAACCCATCTTCGAATTCGGTAAGATTTTATCTTCCCTTGTTAAGATGAATCAGTTCAACACTGTTATTTCATTTTCTCATCAAATGGAAATCAAAGGAATTCAACCTAACATTGTTACTTTAAACATCTTGATTAATTCTTTCTGCCATTTGAATCAACTCAATTTCGCTTTTTCTATATTCGCAAAAGGATTTCATCTTAATGAGGTTAGTTATGGGACCTTGATAAATGGGTTATGTAAATCCGGAGAAACAAGAGCTGCCCTACAGTTGCTTAGAAAGATTGAAGGGTTATTGATTAGGCCTAATGTGGTAATGTATAGCATAATCATAGATAGTCTATGCAAAGATAAGCTCGTAATTGACGCCTATGATTTATATTCTGAAATGATTGTTAAGAAAATTTGTCCTGATGTTGTCACTTACAATACTCTAATATATGGTTTTTCCATTTGGGAAGGAGAGGTCAAAAAAGCTACAAGCGTGTTACCTGTTATGATAAAACAAGGTGTGGAACCTAATGTTGTTACTTATACTTCTTTGATGGATGGGTATTTCTTAGTAAAAGAAGTCTACAAAGCAACGTATGTAATCAACATCATGGCTCTAAGGGGAGTGTCTCCTAATGTTAATAGCTACAATGTCATGATTAACGGATTATGTAAGAATAAAATGGTGGATGAAGCTGTGAATCTTTTCAAAGAAATGCATTTAAAAAACATGACTCCTAATACTGTAACATACAATTCACTTATTGATGGACTTCGGAAATCAGGAAGAGTCTCTGATGTTTGGGATCTTATAGATGAGATGCATCATAAAGGCCAACCTGCTGATGTGATCACTTACAATTCTTTAATGGATGCTTTGTGCAAAATCCATCAGGTTGACAAGGCAATTGCGTTGTTAATGAAGATGAAAGACGAAGGAGTTCAGCCAAATATGTGTACATACACAACACTTGTTGATGGACTATGCAAAAATGGAAGACTAAAGGATGCACAAGAGATTTATCAAGATCTTTTGAATAAGGGCTATCGTTTAGATGTTTGGATGTATAGTGTGATGGTTAATGCGCTTTGTAAAGAGGGCTTGTTTGATGAAGCATTGTCCTTGCTATCAAAAATGGAAGACAATGGCTGCACCCCAAATGCGGTAACTTACCAAACTCTTATTTGTGCTTTGTTCGAAAACGACAAGAATGATAAGGCGCTGACACTTCTTCGTGAAATGATTGTTAGAGGTCTACTGTAA
Protein sequence

>MsG0680035052.01.T01

MSSYLLKLRYASLSLNNFFLPIRRLHVQPLPSFIDNVNDAVSSFNRILHMKNPTKPIFEFGKILSSLVKMNQFNTVISFSHQMEIKGIQPNIVTLNILINSFCHLNQLNFAFSIFAKGFHLNEVSYGTLINGLCKSGETRAALQLLRKIEGLLIRPNVVMYSIIIDSLCKDKLVIDAYDLYSEMIVKKICPDVVTYNTLIYGFSIWEGEVKKATSVLPVMIKQGVEPNVVTYTSLMDGYFLVKEVYKATYVINIMALRGVSPNVNSYNVMINGLCKNKMVDEAVNLFKEMHLKNMTPNTVTYNSLIDGLRKSGRVSDVWDLIDEMHHKGQPADVITYNSLMDALCKIHQVDKAIALLMKMKDEGVQPNMCTYTTLVDGLCKNGRLKDAQEIYQDLLNKGYRLDVWMYSVMVNALCKEGLFDEALSLLSKMEDNGCTPNAVTYQTLICALFENDKNDKALTLLREMIVRGLL*