AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035220.01

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MsG0680035220.01.T01 AT1G06580 30.275 327 228 0 231 557 61 387 5.95e-51 182
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MsG0680035220.01.T01 AT5G02860 27.551 392 281 3 143 532 172 562 1.20e-51 189
MsG0680035220.01.T01 AT5G02860 22.044 499 389 0 57 555 297 795 4.39e-48 179
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MsG0680035220.01.T01 AT2G35130 19.337 362 257 2 55 416 242 568 2.76e-20 95.1
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MsG0680035220.01.T01 AT5G38730 26.509 381 271 2 54 430 183 558 2.05e-47 175
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MsG0680035220.01.T01 AT5G25630 26.119 268 193 3 284 546 45 312 3.08e-24 107
MsG0680035220.01.T01 AT5G25630 21.037 347 236 6 247 559 78 420 5.24e-23 103
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MsG0680035220.01.T01 AT5G40400 25.120 418 311 2 54 469 181 598 4.01e-36 143
MsG0680035220.01.T01 AT5G40400 24.528 371 279 1 104 473 196 566 2.22e-32 132
MsG0680035220.01.T01 AT5G40400 28.340 247 171 3 266 508 146 390 2.43e-29 123
MsG0680035220.01.T01 AT5G40400 23.581 229 173 1 333 561 147 373 9.95e-18 87.0
MsG0680035220.01.T01 AT5G40400 24.598 435 314 6 113 539 241 669 4.34e-44 167
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MsG0680035220.01.T01 AT1G77360 24.260 338 253 3 77 414 135 469 6.33e-34 135
MsG0680035220.01.T01 AT1G77360 23.490 298 226 2 55 352 148 443 2.47e-26 112
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MsG0680035220.01.T01 AT1G77360 29.012 162 113 2 41 202 274 433 1.47e-12 70.5
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MsG0680035220.01.T01 AT5G18950 23.099 342 259 2 70 411 143 480 4.21e-34 135
MsG0680035220.01.T01 AT5G18950 24.490 343 223 3 246 555 110 449 8.27e-31 125
MsG0680035220.01.T01 AT5G18950 25.159 314 233 1 230 543 161 472 2.28e-30 124
MsG0680035220.01.T01 AT5G18950 26.042 192 142 0 65 256 274 465 1.05e-20 95.9
MsG0680035220.01.T01 AT5G18950 26.277 274 185 5 287 556 120 380 4.91e-19 90.5
MsG0680035220.01.T01 AT1G77360 25.936 374 273 4 181 554 136 505 1.17e-39 152
MsG0680035220.01.T01 AT1G77360 27.059 340 245 3 217 556 137 473 3.22e-38 147
MsG0680035220.01.T01 AT1G77360 24.179 335 251 3 80 414 174 505 1.13e-33 134
MsG0680035220.01.T01 AT1G77360 23.490 298 226 2 55 352 184 479 3.94e-26 112
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MsG0680035220.01.T01 AT1G73710 22.350 434 302 6 75 474 516 948 3.01e-24 108
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MsG0680035220.01.T01 AT4G01030 22.799 443 327 6 48 488 133 562 1.30e-33 136
MsG0680035220.01.T01 AT4G01030 22.922 397 273 7 160 539 26 406 3.96e-23 104
MsG0680035220.01.T01 AT4G01030 23.148 324 214 3 263 555 68 387 7.91e-21 97.1
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MsG0680035220.01.T01 AT1G03540 24.714 437 297 12 128 556 147 559 8.84e-33 133
MsG0680035220.01.T01 AT1G03540 22.255 337 206 11 26 327 192 507 1.98e-15 79.7
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MsG0680035220.01.T01 AT4G34830 22.251 382 287 6 177 554 434 809 8.67e-27 116
MsG0680035220.01.T01 AT3G17370 34.906 212 125 2 341 552 1 199 1.39e-32 124
MsG0680035220.01.T01 AT3G17370 30.189 212 135 3 236 447 1 199 5.43e-31 120
MsG0680035220.01.T01 AT3G17370 28.856 201 127 3 113 313 18 202 5.12e-22 95.1
MsG0680035220.01.T01 AT3G17370 24.725 182 124 2 376 557 1 169 3.35e-15 75.1
MsG0680035220.01.T01 AT1G32415 22.993 548 313 15 58 532 61 572 1.43e-32 133
MsG0680035220.01.T01 AT1G32415 24.229 454 239 12 157 538 55 475 8.21e-25 109
MsG0680035220.01.T01 AT1G32415 21.681 452 302 11 70 485 196 631 2.86e-22 101
MsG0680035220.01.T01 AT3G15200 27.517 298 211 3 261 555 152 447 1.57e-32 131
MsG0680035220.01.T01 AT3G15200 24.501 351 259 3 213 561 142 488 2.45e-32 130
MsG0680035220.01.T01 AT3G15200 27.243 301 213 3 93 391 197 493 7.92e-32 129
MsG0680035220.01.T01 AT3G15200 22.255 337 253 4 158 489 154 486 2.11e-28 119
MsG0680035220.01.T01 AT3G15200 20.521 307 194 5 268 537 104 397 1.03e-15 80.5
MsG0680035220.01.T01 AT3G15200 20.168 238 185 2 55 290 263 497 8.27e-12 68.2
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MsG0680035220.01.T01 AT5G55740 23.409 440 307 7 108 538 137 555 5.63e-28 119
MsG0680035220.01.T01 AT5G55740 20.285 562 379 11 8 520 169 710 2.29e-25 111
MsG0680035220.01.T01 AT5G55740 23.333 330 233 6 230 555 224 537 1.93e-22 102
MsG0680035220.01.T01 AT5G55740 21.257 541 375 13 33 561 7 508 9.48e-21 97.1
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MsG0680035220.01.T01 AT5G46580 23.051 295 226 1 209 502 181 475 2.33e-24 108
MsG0680035220.01.T01 AT5G46580 22.129 357 267 5 107 458 151 501 1.71e-22 102
MsG0680035220.01.T01 AT5G46580 21.579 380 259 5 74 449 186 530 1.29e-20 96.3
MsG0680035220.01.T01 AT5G46580 22.984 248 190 1 310 556 212 459 1.09e-19 93.6
MsG0680035220.01.T01 AT5G46580 23.741 278 209 3 43 318 225 501 4.04e-19 91.7
MsG0680035220.01.T01 AT5G46580 22.689 238 184 0 318 555 185 422 2.54e-18 89.4
MsG0680035220.01.T01 AT3G61360 25.503 298 219 2 248 543 175 471 8.12e-31 126
MsG0680035220.01.T01 AT3G61360 23.148 324 244 3 181 500 141 463 2.54e-27 115
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MsG0680035220.01.T01 AT3G53170 22.271 229 168 1 53 281 275 493 3.39e-12 69.3
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MsG0680035220.01.T01 AT1G80880 24.437 311 229 3 181 490 226 531 1.40e-21 99.0
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MsG0680035220.01.T01 AT2G44880 21.333 450 321 11 113 556 87 509 2.77e-26 113
MsG0680035220.01.T01 AT2G44880 21.333 450 321 11 113 556 86 508 2.88e-26 113
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MsG0680035220.01.T01 AT4G04370 24.268 239 162 4 298 532 25 248 7.43e-13 72.0
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MsG0680035220.01.T01 AT1G63320 36.943 157 88 3 409 555 1 156 3.88e-25 103
MsG0680035220.01.T01 AT1G63320 29.891 184 119 2 269 443 1 183 4.31e-23 97.4
MsG0680035220.01.T01 AT1G63320 28.571 175 112 3 199 362 1 173 6.75e-21 91.3
MsG0680035220.01.T01 AT1G63320 27.907 172 115 1 310 472 7 178 1.02e-17 82.0
MsG0680035220.01.T01 AT1G63320 29.936 157 101 1 180 327 17 173 1.48e-16 78.6
MsG0680035220.01.T01 AT1G63320 28.070 171 110 4 94 253 1 169 1.57e-12 67.0
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MsG0680035220.01.T01 AT2G36980 17.944 496 338 12 75 560 130 566 2.68e-15 79.3
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MsG0680035220.01.T01 AT5G27270 21.907 388 285 6 107 489 500 874 2.13e-20 95.9
MsG0680035220.01.T01 AT5G27270 20.077 518 372 7 77 560 261 770 4.84e-19 91.7
MsG0680035220.01.T01 AT5G27270 18.166 589 370 9 56 540 310 890 7.62e-18 87.8
MsG0680035220.01.T01 AT5G27270 18.353 425 346 1 23 447 172 595 1.09e-15 81.3
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MsG0680035220.01.T01 AT5G37570 22.778 360 194 7 246 537 71 414 4.92e-21 97.4
MsG0680035220.01.T01 AT5G37570 21.903 452 295 11 107 555 72 468 8.46e-18 87.0
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MsG0680035220.01.T01 AT5G61800 21.493 335 239 8 230 558 168 484 4.57e-13 72.0
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MsG0680035220.01.T01 AT5G66520 23.793 290 209 3 247 536 78 355 3.97e-23 103
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MsG0680035220.01.T01 AT4G14820 18.267 427 261 11 142 532 74 448 5.03e-14 75.5
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MsG0680035220.01.T01 AT3G22690 22.254 355 197 10 252 539 102 444 1.85e-12 70.9
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MsG0680035220.01.T01 AT3G22150 19.450 509 318 11 105 536 35 528 1.87e-15 80.5
MsG0680035220.01.T01 AT3G62890 22.518 413 288 11 161 556 73 470 8.23e-24 105
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MsG0680035220.01.T01 AT4G18840 23.011 352 226 6 237 555 92 431 2.09e-23 104
MsG0680035220.01.T01 AT4G18840 21.480 419 292 8 69 485 84 467 1.91e-20 95.5
MsG0680035220.01.T01 AT4G18840 23.011 352 226 6 237 555 92 431 2.09e-23 104
MsG0680035220.01.T01 AT4G18840 21.480 419 292 8 69 485 84 467 1.91e-20 95.5
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MsG0680035220.01.T01 AT3G24000 22.857 490 314 16 89 558 83 528 6.49e-23 103
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MsG0680035220.01.T01 AT1G05750 25.773 291 199 6 246 532 33 310 1.23e-20 95.9
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MsG0680035220.01.T01 AT3G02330 21.387 346 247 5 106 450 445 766 3.00e-20 95.5
MsG0680035220.01.T01 AT3G02330 21.296 432 287 8 113 496 351 777 4.65e-20 95.1
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MsG0680035220.01.T01 AT4G21065 22.775 382 275 9 182 558 88 454 1.26e-20 96.3
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MsG0680035220.01.T01 AT3G03580 20.779 385 246 9 212 556 340 705 6.08e-13 72.4
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MsG0680035220.01.T01 AT3G50420 19.316 497 334 10 78 532 136 607 1.59e-21 99.4
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MsG0680035220.01.T01 AT4G22760 21.818 385 267 8 184 555 130 493 7.14e-19 90.5
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MsG0680035220.01.T01 AT2G13600 23.256 387 240 8 108 485 217 555 6.99e-21 97.4
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MsG0680035220.01.T01 AT2G13600 24.255 235 166 3 304 538 40 262 1.31e-16 84.0
MsG0680035220.01.T01 AT2G13600 20.435 460 332 14 55 503 203 639 5.80e-15 78.6
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MsG0680035220.01.T01 AT5G47360 26.587 252 162 5 310 556 104 337 5.31e-22 99.8
MsG0680035220.01.T01 AT5G47360 26.298 289 204 4 260 539 102 390 1.21e-21 98.6
MsG0680035220.01.T01 AT5G47360 25.000 332 224 6 198 514 149 470 4.12e-20 94.0
MsG0680035220.01.T01 AT5G47360 26.389 144 102 2 422 561 163 306 6.58e-11 65.1
MsG0680035220.01.T01 AT1G15510 22.902 441 295 7 78 487 235 661 3.03e-22 101
MsG0680035220.01.T01 AT1G15510 22.409 357 258 8 186 538 66 407 4.46e-18 88.6
MsG0680035220.01.T01 AT1G15510 20.194 515 330 9 108 555 159 659 1.70e-17 86.7
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MsG0680035220.01.T01 AT1G17630 20.767 443 329 7 123 558 137 564 4.45e-19 91.7
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MsG0680035220.01.T01 AT5G08305 21.111 450 300 8 40 486 41 438 2.88e-19 91.7
MsG0680035220.01.T01 AT5G08305 25.758 264 178 7 263 520 154 405 9.62e-17 84.0
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MsG0680035220.01.T01 AT1G34160 21.548 478 316 11 17 488 14 438 2.50e-20 95.1
MsG0680035220.01.T01 AT1G34160 19.878 327 240 8 217 536 71 382 2.75e-11 66.6
MsG0680035220.01.T01 AT5G44230 26.557 305 202 8 235 532 2 291 2.63e-20 95.1
MsG0680035220.01.T01 AT5G44230 23.429 350 244 9 147 488 20 353 2.65e-19 92.0
MsG0680035220.01.T01 AT2G39620 19.249 426 328 5 96 520 357 767 2.89e-20 95.5
MsG0680035220.01.T01 AT2G39620 21.101 436 294 7 158 558 314 734 1.16e-18 90.5
MsG0680035220.01.T01 AT2G39620 22.222 378 277 6 164 538 250 613 9.95e-17 84.3
MsG0680035220.01.T01 AT2G39620 22.826 276 194 7 253 520 27 291 5.61e-15 79.0
MsG0680035220.01.T01 AT2G39620 19.221 411 291 9 74 451 366 768 2.05e-14 77.0
MsG0680035220.01.T01 AT2G39620 21.120 393 269 7 56 415 383 767 2.39e-14 76.6
MsG0680035220.01.T01 AT1G64310 21.792 491 298 12 23 478 25 464 2.93e-20 94.7
MsG0680035220.01.T01 AT1G64310 20.997 381 242 9 216 555 73 435 5.54e-16 81.6
MsG0680035220.01.T01 AT3G09040 20.250 400 306 4 97 496 138 524 3.37e-20 95.5
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MsG0680035220.01.T01 AT3G09040 17.843 510 359 13 54 524 503 991 2.90e-18 89.4
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MsG0680035220.01.T01 AT3G09040 19.223 489 344 7 106 558 415 888 2.38e-19 92.8
MsG0680035220.01.T01 AT3G09040 17.843 510 359 13 54 524 503 991 2.90e-18 89.4
MsG0680035220.01.T01 AT3G09040 18.909 550 359 11 57 537 234 765 5.24e-18 88.6
MsG0680035220.01.T01 AT3G09040 20.250 400 306 4 97 496 113 499 3.54e-20 95.5
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MsG0680035220.01.T01 AT3G09040 20.250 400 306 4 97 496 113 499 3.54e-20 95.5
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MsG0680035220.01.T01 AT4G38150 34.437 151 94 3 200 349 120 266 4.64e-20 91.7
MsG0680035220.01.T01 AT4G38150 29.221 154 106 1 266 419 116 266 4.10e-19 88.6
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MsG0680035220.01.T01 AT4G38150 29.167 144 102 0 184 327 136 279 1.60e-15 78.2
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MsG0680035220.01.T01 AT4G38150 29.167 144 102 0 184 327 136 279 1.60e-15 78.2
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MsG0680035220.01.T01 AT4G38150 29.730 111 78 0 429 539 136 246 4.44e-14 73.6
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MsG0680035220.01.T01 AT3G25060 22.273 440 284 11 156 558 29 447 2.10e-19 92.4
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MsG0680035220.01.T01 AT3G15130 20.567 423 280 9 108 488 71 479 2.29e-19 92.4
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Find 94 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 115 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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CAACAACATCATTGTTATTA+TGG 0.193818 6:-100749352 None:intergenic
AATAAGGAATGGATTTAAAA+TGG 0.206201 6:-100749310 None:intergenic
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AGTTATGGAACCTTGATTAA+TGG 0.268280 6:+100749749 MsG0680035220.01.T01:CDS
ACATACACTATTCTTATTGA+TGG 0.276400 6:+100750589 MsG0680035220.01.T01:CDS
CCGACGAGTTGATGGTAAAT+TGG 0.294050 6:+100749814 MsG0680035220.01.T01:CDS
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ATTTCATAAGTTACGGCGTT+TGG 0.325870 6:-100750787 None:intergenic
GTTATGGAACCTTGATTAAT+GGG 0.330102 6:+100749750 MsG0680035220.01.T01:CDS
ACTTATAGTGCTTTAATTAG+TGG 0.332756 6:+100749959 MsG0680035220.01.T01:CDS
CATGAAAATGCAATGCTTGA+TGG 0.333267 6:-100749688 None:intergenic
TATCGATGGTTTGTCTAAAT+CGG 0.334311 6:+100750393 MsG0680035220.01.T01:CDS
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ATAGTAAAAGTATACACATT+TGG 0.361209 6:-100750052 None:intergenic
ATCGATGGTTTGTCTAAATC+GGG 0.362576 6:+100750394 MsG0680035220.01.T01:CDS
CATTTGGACCAAGTTAGTTA+TGG 0.362825 6:+100749734 MsG0680035220.01.T01:CDS
TATTGCGATGGGATTTCATT+TGG 0.363050 6:+100749718 MsG0680035220.01.T01:CDS
GTAGTCAATGTTATGGTATC+AGG 0.365902 6:-100749632 None:intergenic
GCACTATAAGTGACAACATT+AGG 0.366433 6:-100749947 None:intergenic
TTTGGAACAAAGAGAGAAAC+AGG 0.369294 6:-100749254 None:intergenic
AAGAACAGTGTGGTAATGTT+TGG 0.370051 6:-100749468 None:intergenic
CCTAGTTTCAGTCTTACAAT+AGG 0.371123 6:-100750885 None:intergenic
ATGTTGCAATTGACTAAGTT+AGG 0.371203 6:-100749527 None:intergenic
TAGTAAAAGTATACACATTT+GGG 0.376138 6:-100750051 None:intergenic
ATAGTGTATGTGTACATATT+TGG 0.384139 6:-100750577 None:intergenic
GAATTGCTCCGACGAGTTGA+TGG 0.387822 6:+100749806 MsG0680035220.01.T01:CDS
GTCAATACAGAGAAAGCAAA+AGG 0.406056 6:-100749584 None:intergenic
ATTAACAAAATTGAAAGATC+AGG 0.406658 6:+100750546 MsG0680035220.01.T01:CDS
TGGCTTGTTTGATGAATCAT+TGG 0.408358 6:+100750729 MsG0680035220.01.T01:CDS
ATCTTATTGAATTCGATTGT+GGG 0.415404 6:-100749425 None:intergenic
GAATTGTAAGTAATTATATC+AGG 0.424389 6:-100750472 None:intergenic
ATGTTGTAGCTGTGAATATC+AGG 0.427438 6:-100750262 None:intergenic
GATGATTATTTCATAAGTTA+CGG 0.429862 6:-100750794 None:intergenic
CCTTATTCACTTCTTTAACT+AGG 0.430344 6:-100750198 None:intergenic
ATAAGGAATGGATTTAAAAT+GGG 0.436116 6:-100749309 None:intergenic
GAATTGTAAGTTACCACATC+AGG 0.440746 6:-100750367 None:intergenic
GCTACAACATCATGATTAAC+GGG 0.442549 6:+100750275 MsG0680035220.01.T01:CDS
AGCTACAACATCATGATTAA+CGG 0.443004 6:+100750274 MsG0680035220.01.T01:CDS
ATTAATGGGTTGTGTAAAGT+TGG 0.452436 6:+100749764 MsG0680035220.01.T01:CDS
ACATATACCGTTATGATTCA+AGG 0.454998 6:+100750694 MsG0680035220.01.T01:CDS
AATCTTATTGAATTCGATTG+TGG 0.455826 6:-100749426 None:intergenic
TTTACACAACCCATTAATCA+AGG 0.456779 6:-100749759 None:intergenic
GAGTTATAAGTAACAACATC+AGG 0.464642 6:-100750157 None:intergenic
CAACTCGTCGGAGCAATTCA+AGG 0.465670 6:-100749802 None:intergenic
CATAGTGTTGAATATACTCT+TGG 0.473483 6:-100750221 None:intergenic
CATGATAAGGTTATTGCGAT+GGG 0.479710 6:+100749707 MsG0680035220.01.T01:CDS
ATGTACAATACCGTTATTGA+TGG 0.481901 6:+100749854 MsG0680035220.01.T01:CDS
TCAAGGTTCCATAACTAACT+TGG 0.483114 6:-100749742 None:intergenic
GATGAATGTAGTCAATGTTA+TGG 0.488956 6:-100749639 None:intergenic
TGATAACGATGAAAATGATA+AGG 0.496244 6:+100750828 MsG0680035220.01.T01:CDS
TATCAAAATATGGAATATAG+AGG 0.497877 6:+100749497 MsG0680035220.01.T01:CDS
AATTCGATTGTGGGTGGAGT+GGG 0.498127 6:-100749416 None:intergenic
ACTTATAACTCTTTAATGGA+TGG 0.499169 6:+100750169 MsG0680035220.01.T01:CDS
CATATACCGTTATGATTCAA+GGG 0.503715 6:+100750695 MsG0680035220.01.T01:CDS
AACATTGACTACATTCATCA+AGG 0.505339 6:+100749643 MsG0680035220.01.T01:CDS
CTTATTGATGGATTGTGTAA+AGG 0.509350 6:+100750601 MsG0680035220.01.T01:CDS
TGAAGTTGAAGAATAAGGAA+TGG 0.511660 6:-100749321 None:intergenic
CATCGTTATCAAACAGAGAA+CGG 0.522275 6:-100750816 None:intergenic
ATCATTGTTATTATGGAATG+TGG 0.529180 6:-100749345 None:intergenic
GAGTGGGATTCTGACGAAGC+AGG 0.531265 6:-100749400 None:intergenic
TCATGATAAGGTTATTGCGA+TGG 0.542370 6:+100749706 MsG0680035220.01.T01:CDS
ACTTACAATTCTCTTATCGA+TGG 0.547184 6:+100750379 MsG0680035220.01.T01:CDS
GTGTAAAGGTGGAAGACTAA+AGG 0.547833 6:+100750615 MsG0680035220.01.T01:CDS
ACAAAACCCTTGAATCATAA+CGG 0.551384 6:-100750701 None:intergenic
ATCAAGGGTCTCTGTCTCAA+AGG 0.556847 6:+100749659 MsG0680035220.01.T01:CDS
TTTACACATACCATCAATAA+CGG 0.558078 6:-100749864 None:intergenic
GTCGATGAGATGCATGATAG+AGG 0.558821 6:+100750442 MsG0680035220.01.T01:CDS
TAGAAAACTAATTCCTGATG+TGG 0.560548 6:+100750354 MsG0680035220.01.T01:CDS
CAATTGCCTTGTCAACCTGA+TGG 0.562036 6:-100750519 None:intergenic
TTAACAAAATTGAAAGATCA+GGG 0.569638 6:+100750547 MsG0680035220.01.T01:CDS
AAAGAGATTCATAGCTTCAT+CGG 0.572127 6:-100750317 None:intergenic
TTATTGAATTCGATTGTGGG+TGG 0.586895 6:-100749422 None:intergenic
ATTCAACACTATGTCTCAGA+GGG 0.587843 6:+100750231 MsG0680035220.01.T01:CDS
GAATTCGATTGTGGGTGGAG+TGG 0.592356 6:-100749417 None:intergenic
ATGATTCATCAAACAAGCCA+TGG 0.597176 6:-100750726 None:intergenic
ATTGATGGATTGTGTAAAGG+TGG 0.599049 6:+100750604 MsG0680035220.01.T01:CDS
CTTCTTCTTCGATGTTGCCG+AGG 0.600334 6:+100749219 MsG0680035220.01.T01:CDS
TCAATACAGAGAAAGCAAAA+GGG 0.601958 6:-100749583 None:intergenic
AACTCGTCGGAGCAATTCAA+GGG 0.605482 6:-100749801 None:intergenic
ACATTGACTACATTCATCAA+GGG 0.616125 6:+100749644 MsG0680035220.01.T01:CDS
GTGGAAGACTAAAGGATGCA+CGG 0.617199 6:+100750623 MsG0680035220.01.T01:CDS
TTGTAAGTAATTATATCAGG+TGG 0.634612 6:-100750469 None:intergenic
TCGATGGTTTGTCTAAATCG+GGG 0.642840 6:+100750395 MsG0680035220.01.T01:CDS
CCAATTTACCATCAACTCGT+CGG 0.655455 6:-100749814 None:intergenic
TAACGATGAAAATGATAAGG+CGG 0.658707 6:+100750831 MsG0680035220.01.T01:CDS
TATTCAACACTATGTCTCAG+AGG 0.666190 6:+100750230 MsG0680035220.01.T01:CDS
TAAATTGGTTCAGCTTAATG+CGG 0.669107 6:+100749829 MsG0680035220.01.T01:CDS
ACAGGAACAACATAGTACCT+CGG 0.689676 6:-100749236 None:intergenic
GATAAAGGGAAAGAACAGTG+TGG 0.701103 6:-100749478 None:intergenic
TTCAACACTATGTCTCAGAG+GGG 0.744895 6:+100750232 MsG0680035220.01.T01:CDS
TTAGCTATGATGATGAAACA+AGG 0.779554 6:+100750127 MsG0680035220.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! ATATTCCATATTTTGATAAA+GGG - Chr6:100749495-100749514 None:intergenic 15.0%
!!! TATATTCCATATTTTGATAA+AGG - Chr6:100749496-100749515 None:intergenic 15.0%
!!! TTTTGATTTATATTCTGAAA+TGG + Chr6:100749907-100749926 MsG0680035220.01.T01:CDS 15.0%
!! ATTAACAAAATTGAAAGATC+AGG + Chr6:100750546-100750565 MsG0680035220.01.T01:CDS 20.0%
!! GAATTGTAAGTAATTATATC+AGG - Chr6:100750475-100750494 None:intergenic 20.0%
!! GATGATTATTTCATAAGTTA+CGG - Chr6:100750797-100750816 None:intergenic 20.0%
!! TATCAAAATATGGAATATAG+AGG + Chr6:100749497-100749516 MsG0680035220.01.T01:CDS 20.0%
!! TTAACAAAATTGAAAGATCA+GGG + Chr6:100750547-100750566 MsG0680035220.01.T01:CDS 20.0%
!!! AATAAGGAATGGATTTAAAA+TGG - Chr6:100749313-100749332 None:intergenic 20.0%
!!! ATAAGGAATGGATTTAAAAT+GGG - Chr6:100749312-100749331 None:intergenic 20.0%
!!! ATAGTAAAAGTATACACATT+TGG - Chr6:100750055-100750074 None:intergenic 20.0%
!!! ATCGAATTCAATAAGATTTT+AGG + Chr6:100749431-100749450 MsG0680035220.01.T01:CDS 20.0%
!!! TAGTAAAAGTATACACATTT+GGG - Chr6:100750054-100750073 None:intergenic 20.0%
!!! TGAAAAGAATGAAACTTTTT+TGG - Chr6:100749275-100749294 None:intergenic 20.0%
!!! TGTGTATACTTTTACTATAT+TGG + Chr6:100750057-100750076 MsG0680035220.01.T01:CDS 20.0%
!!! TGTTACTTATAACTCTTTAA+TGG + Chr6:100750165-100750184 MsG0680035220.01.T01:CDS 20.0%
! AATCTTATTGAATTCGATTG+TGG - Chr6:100749429-100749448 None:intergenic 25.0%
! ACATACACTATTCTTATTGA+TGG + Chr6:100750589-100750608 MsG0680035220.01.T01:CDS 25.0%
! ACTTATAACTCTTTAATGGA+TGG + Chr6:100750169-100750188 MsG0680035220.01.T01:CDS 25.0%
! ACTTATAGTGCTTTAATTAG+TGG + Chr6:100749959-100749978 MsG0680035220.01.T01:CDS 25.0%
! ATAGTGTATGTGTACATATT+TGG - Chr6:100750580-100750599 None:intergenic 25.0%
! ATCAATTCTTTCTGTCAATT+GGG + Chr6:100749554-100749573 MsG0680035220.01.T01:CDS 25.0%
! ATCTTATTGAATTCGATTGT+GGG - Chr6:100749428-100749447 None:intergenic 25.0%
! TCTTTCCCTTTATCAAAATA+TGG + Chr6:100749487-100749506 MsG0680035220.01.T01:CDS 25.0%
! TTGACTAAGATTCTCAAAAA+CGG + Chr6:100749602-100749621 MsG0680035220.01.T01:CDS 25.0%
! TTGTAAGTAATTATATCAGG+TGG - Chr6:100750472-100750491 None:intergenic 25.0%
! TTTACACATACCATCAATAA+CGG - Chr6:100749867-100749886 None:intergenic 25.0%
!! ATCATTGTTATTATGGAATG+TGG - Chr6:100749348-100749367 None:intergenic 25.0%
!! CAACAACATCATTGTTATTA+TGG - Chr6:100749355-100749374 None:intergenic 25.0%
!! TGATAACGATGAAAATGATA+AGG + Chr6:100750828-100750847 MsG0680035220.01.T01:CDS 25.0%
!!! ACTTTTACTATATTGGTTGA+TGG + Chr6:100750064-100750083 MsG0680035220.01.T01:CDS 25.0%
AAAGAGATTCATAGCTTCAT+CGG - Chr6:100750320-100750339 None:intergenic 30.0%
ACAAAACCCTTGAATCATAA+CGG - Chr6:100750704-100750723 None:intergenic 30.0%
ACATATACCGTTATGATTCA+AGG + Chr6:100750694-100750713 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
ACTTACAATTCTCTTATCGA+TGG + Chr6:100750379-100750398 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
AGCTACAACATCATGATTAA+CGG + Chr6:100750274-100750293 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
AGTTATGGAACCTTGATTAA+TGG + Chr6:100749749-100749768 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
ATGTACAATACCGTTATTGA+TGG + Chr6:100749854-100749873 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
ATGTTGCAATTGACTAAGTT+AGG - Chr6:100749530-100749549 None:intergenic 30.0%
CATATACCGTTATGATTCAA+GGG + Chr6:100750695-100750714 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
CATCAATTCTTTCTGTCAAT+TGG + Chr6:100749553-100749572 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
CCTAGTTAAAGAAGTGAATA+AGG + Chr6:100750198-100750217 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
CCTTATTCACTTCTTTAACT+AGG - Chr6:100750201-100750220 None:intergenic 30.0%
CTGTCAAAAATGGAAGAAAA+TGG + Chr6:100750757-100750776 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
GAGTTATAAGTAACAACATC+AGG - Chr6:100750160-100750179 None:intergenic 30.0%
GATGAATGTAGTCAATGTTA+TGG - Chr6:100749642-100749661 None:intergenic 30.0%
GTTATGGAACCTTGATTAAT+GGG + Chr6:100749750-100749769 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
TAACGATGAAAATGATAAGG+CGG + Chr6:100750831-100750850 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
TAGAAAACTAATTCCTGATG+TGG + Chr6:100750354-100750373 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
TCAATACAGAGAAAGCAAAA+GGG - Chr6:100749586-100749605 None:intergenic 30.0%
TGAAGTTGAAGAATAAGGAA+TGG - Chr6:100749324-100749343 None:intergenic 30.0%
TTTACACAACCCATTAATCA+AGG - Chr6:100749762-100749781 None:intergenic 30.0%
! AACATTGACTACATTCATCA+AGG + Chr6:100749643-100749662 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
! ACATTGACTACATTCATCAA+GGG + Chr6:100749644-100749663 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
! AGCATTGCATTTTCATGATA+AGG + Chr6:100749694-100749713 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
! CATAGTGTTGAATATACTCT+TGG - Chr6:100750224-100750243 None:intergenic 30.0%
! TAAATTGGTTCAGCTTAATG+CGG + Chr6:100749829-100749848 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
! TATCGATGGTTTGTCTAAAT+CGG + Chr6:100750393-100750412 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
! TTAGCTATGATGATGAAACA+AGG + Chr6:100750127-100750146 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
! TTTGAGGATCTTTTAGTCAA+GGG + Chr6:100750652-100750671 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
!! ATTAATGGGTTGTGTAAAGT+TGG + Chr6:100749764-100749783 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
!! CTTATTGATGGATTGTGTAA+AGG + Chr6:100750601-100750620 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
!! TTTTGAGGATCTTTTAGTCA+AGG + Chr6:100750651-100750670 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
!!! ATTAGTGGATTTTGCATTGT+TGG + Chr6:100749974-100749993 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
!!! ATTGGTTGATGGTTTTTGTA+AGG + Chr6:100750075-100750094 MsG0680035220.01.T01:CDS 30.0%
ATGATTCATCAAACAAGCCA+TGG - Chr6:100750729-100750748 None:intergenic 35.0%
ATGTTGTAGCTGTGAATATC+AGG - Chr6:100750265-100750284 None:intergenic 35.0%
ATTCAACACTATGTCTCAGA+GGG + Chr6:100750231-100750250 MsG0680035220.01.T01:CDS 35.0%
ATTTCATAAGTTACGGCGTT+TGG - Chr6:100750790-100750809 None:intergenic 35.0%
CATCGTTATCAAACAGAGAA+CGG - Chr6:100750819-100750838 None:intergenic 35.0%
CATGAAAATGCAATGCTTGA+TGG - Chr6:100749691-100749710 None:intergenic 35.0%
CATGATAAGGTTATTGCGAT+GGG + Chr6:100749707-100749726 MsG0680035220.01.T01:CDS 35.0%
CATTTGGACCAAGTTAGTTA+TGG + Chr6:100749734-100749753 MsG0680035220.01.T01:CDS 35.0%
GAATTGTAAGTTACCACATC+AGG - Chr6:100750370-100750389 None:intergenic 35.0%
GCACTATAAGTGACAACATT+AGG - Chr6:100749950-100749969 None:intergenic 35.0%
GCTACAACATCATGATTAAC+GGG + Chr6:100750275-100750294 MsG0680035220.01.T01:CDS 35.0%
GTAGTCAATGTTATGGTATC+AGG - Chr6:100749635-100749654 None:intergenic 35.0%
GTCAATACAGAGAAAGCAAA+AGG - Chr6:100749587-100749606 None:intergenic 35.0%
GTGGATGAAGTTGAAGAATA+AGG - Chr6:100749329-100749348 None:intergenic 35.0%
TATTCAACACTATGTCTCAG+AGG + Chr6:100750230-100750249 MsG0680035220.01.T01:CDS 35.0%
TATTGCGATGGGATTTCATT+TGG + Chr6:100749718-100749737 MsG0680035220.01.T01:CDS 35.0%
TCAAGGTTCCATAACTAACT+TGG - Chr6:100749745-100749764 None:intergenic 35.0%
TCATGATAAGGTTATTGCGA+TGG + Chr6:100749706-100749725 MsG0680035220.01.T01:CDS 35.0%
TGCTTTATGCAAAAACCATC+AGG + Chr6:100750504-100750523 MsG0680035220.01.T01:CDS 35.0%
TTATTGAATTCGATTGTGGG+TGG - Chr6:100749425-100749444 None:intergenic 35.0%
! AAGAACAGTGTGGTAATGTT+TGG - Chr6:100749471-100749490 None:intergenic 35.0%
! ATCGATGGTTTGTCTAAATC+GGG + Chr6:100750394-100750413 MsG0680035220.01.T01:CDS 35.0%
! ATGGTTTTTGTAAGGAAGGA+AGG + Chr6:100750083-100750102 MsG0680035220.01.T01:CDS 35.0%
! TGGTTTTTGTAAGGAAGGAA+GGG + Chr6:100750084-100750103 MsG0680035220.01.T01:CDS 35.0%
! TTTGGAACAAAGAGAGAAAC+AGG - Chr6:100749257-100749276 None:intergenic 35.0%
!! ATTGATGGATTGTGTAAAGG+TGG + Chr6:100750604-100750623 MsG0680035220.01.T01:CDS 35.0%
!! ATTGGCTTTGCTGTCAAAAA+TGG + Chr6:100750747-100750766 MsG0680035220.01.T01:CDS 35.0%
!! TGGCTTGTTTGATGAATCAT+TGG + Chr6:100750729-100750748 MsG0680035220.01.T01:CDS 35.0%
!!! GTTGATGGTTTTTGTAAGGA+AGG + Chr6:100750079-100750098 MsG0680035220.01.T01:CDS 35.0%
ACAGGAACAACATAGTACCT+CGG - Chr6:100749239-100749258 None:intergenic 40.0%
CCAATTTACCATCAACTCGT+CGG - Chr6:100749817-100749836 None:intergenic 40.0%
GATAAAGGGAAAGAACAGTG+TGG - Chr6:100749481-100749500 None:intergenic 40.0%
GTGTAAAGGTGGAAGACTAA+AGG + Chr6:100750615-100750634 MsG0680035220.01.T01:CDS 40.0%
TTCAACACTATGTCTCAGAG+GGG + Chr6:100750232-100750251 MsG0680035220.01.T01:CDS 40.0%
! TCGATGGTTTGTCTAAATCG+GGG + Chr6:100750395-100750414 MsG0680035220.01.T01:CDS 40.0%
!! ATTCAAGGGTTTTGTAGCCA+TGG + Chr6:100750709-100750728 MsG0680035220.01.T01:CDS 40.0%
!! CAAAAACCATCAGGTTGACA+AGG + Chr6:100750513-100750532 MsG0680035220.01.T01:CDS 40.0%
!! GGATGCACGGAATATTTTTG+AGG + Chr6:100750636-100750655 MsG0680035220.01.T01:CDS 40.0%
AACTCGTCGGAGCAATTCAA+GGG - Chr6:100749804-100749823 None:intergenic 45.0%
AATTCGATTGTGGGTGGAGT+GGG - Chr6:100749419-100749438 None:intergenic 45.0%
ATCAAGGGTCTCTGTCTCAA+AGG + Chr6:100749659-100749678 MsG0680035220.01.T01:CDS 45.0%
CAATTGCCTTGTCAACCTGA+TGG - Chr6:100750522-100750541 None:intergenic 45.0%
GTCGATGAGATGCATGATAG+AGG + Chr6:100750442-100750461 MsG0680035220.01.T01:CDS 45.0%
GTGGAAGACTAAAGGATGCA+CGG + Chr6:100750623-100750642 MsG0680035220.01.T01:CDS 45.0%
!! CCGACGAGTTGATGGTAAAT+TGG + Chr6:100749814-100749833 MsG0680035220.01.T01:CDS 45.0%
CAACTCGTCGGAGCAATTCA+AGG - Chr6:100749805-100749824 None:intergenic 50.0%
CTTCTTCTTCGATGTTGCCG+AGG + Chr6:100749219-100749238 MsG0680035220.01.T01:CDS 50.0%
GAATTCGATTGTGGGTGGAG+TGG - Chr6:100749420-100749439 None:intergenic 50.0%
! GAATTGCTCCGACGAGTTGA+TGG + Chr6:100749806-100749825 MsG0680035220.01.T01:CDS 50.0%
GAGTGGGATTCTGACGAAGC+AGG - Chr6:100749403-100749422 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 100749209 100750894 100749209 ID=MsG0680035220.01;Name=MsG0680035220.01
Chr6 mRNA 100749209 100750894 100749209 ID=MsG0680035220.01.T01;Parent=MsG0680035220.01;Name=MsG0680035220.01.T01;_AED=0.41;_eAED=0.41;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|561
Chr6 exon 100749209 100750894 100749209 ID=MsG0680035220.01.T01:exon:20650;Parent=MsG0680035220.01.T01
Chr6 CDS 100749209 100750894 100749209 ID=MsG0680035220.01.T01:cds;Parent=MsG0680035220.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680035220.01.T01

ATGTTTCATTCTTCTTCTTCGATGTTGCCGAGGTACTATGTTGTTCCTGTTTCTCTCTTTGTTCCAAAAAAGTTTCATTCTTTTCAATTTCTGAGAAACACCCATTTTAAATCCATTCCTTATTCTTCAACTTCATCCACATTCCATAATAACAATGATGTTGTTGATGATGCTGTTTCTTTGTTCAATCGCCTGCTTCGTCAGAATCCCACTCCACCCACAATCGAATTCAATAAGATTTTAGGTTCACTTGTCAAATCCAAACATTACCACACTGTTCTTTCCCTTTATCAAAATATGGAATATAGAGGAATTAAACCTAACTTAGTCAATTGCAACATTCTCATCAATTCTTTCTGTCAATTGGGTCTTATCCCTTTTGCTTTCTCTGTATTGACTAAGATTCTCAAAAACGGTTACGAGCCTGATACCATAACATTGACTACATTCATCAAGGGTCTCTGTCTCAAAGGTCAGATCCATCAAGCATTGCATTTTCATGATAAGGTTATTGCGATGGGATTTCATTTGGACCAAGTTAGTTATGGAACCTTGATTAATGGGTTGTGTAAAGTTGGTGAAACAAGAGCAGCCCTTGAATTGCTCCGACGAGTTGATGGTAAATTGGTTCAGCTTAATGCGGTAATGTACAATACCGTTATTGATGGTATGTGTAAAGATAAACACGTTAATGATGCTTTTGATTTATATTCTGAAATGGTTGCTAAGAGAATTTCTCCTAATGTTGTCACTTATAGTGCTTTAATTAGTGGATTTTGCATTGTTGGTAAACTGAGAGATGCAATTGATTTCTTTAATAAAATGATATTCGAAAACATCAACCCAAATGTGTATACTTTTACTATATTGGTTGATGGTTTTTGTAAGGAAGGAAGGGTGAAAGAAGCTAAAATTGTGTTAGCTATGATGATGAAACAAGGCATCAAACCTGATGTTGTTACTTATAACTCTTTAATGGATGGATACTGCCTAGTTAAAGAAGTGAATAAGGCCAAGAGTATATTCAACACTATGTCTCAGAGGGGAATGAATCCTGATATTCACAGCTACAACATCATGATTAACGGGTTTTGTAAGATTAAAATGACCGATGAAGCTATGAATCTCTTTGAAGAAATGCATTGTAGAAAACTAATTCCTGATGTGGTAACTTACAATTCTCTTATCGATGGTTTGTCTAAATCGGGGAAAATCTCTAATGCTTTGAAGCTAGTCGATGAGATGCATGATAGAGGTCAACCACCTGATATAATTACTTACAATTCTATATTAGATGCTTTATGCAAAAACCATCAGGTTGACAAGGCAATTGCAATATTAACAAAATTGAAAGATCAGGGTATTCGACCAAATATGTACACATACACTATTCTTATTGATGGATTGTGTAAAGGTGGAAGACTAAAGGATGCACGGAATATTTTTGAGGATCTTTTAGTCAAGGGCTATAATGTAACTGTCAACACATATACCGTTATGATTCAAGGGTTTTGTAGCCATGGCTTGTTTGATGAATCATTGGCTTTGCTGTCAAAAATGGAAGAAAATGGTTGCATTCCAAACGCCGTAACTTATGAAATAATCATCCGTTCTCTGTTTGATAACGATGAAAATGATAAGGCGGAGAAACTTCTTCGTGAAATGATTACGAGAAGCCTATTGTAA
Protein sequence

>MsG0680035220.01.T01

MFHSSSSMLPRYYVVPVSLFVPKKFHSFQFLRNTHFKSIPYSSTSSTFHNNNDVVDDAVSLFNRLLRQNPTPPTIEFNKILGSLVKSKHYHTVLSLYQNMEYRGIKPNLVNCNILINSFCQLGLIPFAFSVLTKILKNGYEPDTITLTTFIKGLCLKGQIHQALHFHDKVIAMGFHLDQVSYGTLINGLCKVGETRAALELLRRVDGKLVQLNAVMYNTVIDGMCKDKHVNDAFDLYSEMVAKRISPNVVTYSALISGFCIVGKLRDAIDFFNKMIFENINPNVYTFTILVDGFCKEGRVKEAKIVLAMMMKQGIKPDVVTYNSLMDGYCLVKEVNKAKSIFNTMSQRGMNPDIHSYNIMINGFCKIKMTDEAMNLFEEMHCRKLIPDVVTYNSLIDGLSKSGKISNALKLVDEMHDRGQPPDIITYNSILDALCKNHQVDKAIAILTKLKDQGIRPNMYTYTILIDGLCKGGRLKDARNIFEDLLVKGYNVTVNTYTVMIQGFCSHGLFDESLALLSKMEENGCIPNAVTYEIIIRSLFDNDENDKAEKLLREMITRSLL*