AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035084.01

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MsG0680035084.01.T01 AT1G74580 24.804 383 239 7 35 378 375 747 4.22e-27 116
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MsG0680035084.01.T01 AT3G09060 27.122 542 359 2 33 539 95 635 2.95e-70 238
MsG0680035084.01.T01 AT3G09060 25.000 488 362 3 32 518 200 684 3.66e-55 197
MsG0680035084.01.T01 AT3G09060 24.113 282 177 2 293 537 38 319 5.54e-20 94.4
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MsG0680035084.01.T01 AT3G54980 27.160 486 347 4 48 530 370 851 1.63e-56 203
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MsG0680035084.01.T01 AT1G30290 26.128 421 307 3 50 469 381 798 2.69e-43 165
MsG0680035084.01.T01 AT1G30290 23.148 324 244 4 34 356 471 790 9.30e-26 112
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MsG0680035084.01.T01 AT1G77360 26.023 342 250 3 192 533 167 505 1.28e-35 140
MsG0680035084.01.T01 AT1G77360 25.893 336 245 4 58 393 174 505 7.81e-31 126
MsG0680035084.01.T01 AT1G77360 24.857 350 257 3 121 467 167 513 5.71e-29 120
MsG0680035084.01.T01 AT1G77360 23.774 265 198 3 49 313 234 494 8.61e-19 90.1
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MsG0680035084.01.T01 AT5G25630 25.879 313 225 4 50 357 186 496 2.05e-26 113
MsG0680035084.01.T01 AT5G25630 23.371 445 305 4 50 492 27 437 2.31e-38 148
MsG0680035084.01.T01 AT5G25630 23.465 456 297 9 94 539 1 414 4.72e-38 147
MsG0680035084.01.T01 AT5G25630 25.949 316 221 5 50 357 135 445 1.11e-26 114
MsG0680035084.01.T01 AT1G19720 24.828 435 310 5 32 462 92 513 3.38e-38 150
MsG0680035084.01.T01 AT1G19720 24.550 444 282 7 132 538 56 483 4.00e-37 147
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MsG0680035084.01.T01 AT4G01400 27.941 204 146 1 336 538 122 325 1.57e-22 101
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MsG0680035084.01.T01 AT1G52640 25.616 203 151 0 336 538 141 343 1.84e-16 82.8
MsG0680035084.01.T01 AT5G06400 23.211 517 341 10 17 525 146 614 5.32e-33 134
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MsG0680035084.01.T01 AT5G06400 25.338 296 205 4 244 539 185 464 2.46e-24 108
MsG0680035084.01.T01 AT5G06400 24.916 297 219 2 89 383 715 1009 4.63e-24 107
MsG0680035084.01.T01 AT5G06400 22.531 324 248 2 214 536 210 531 5.10e-24 107
MsG0680035084.01.T01 AT5G06400 22.905 358 237 4 107 428 665 1019 3.16e-21 98.6
MsG0680035084.01.T01 AT5G06400 25.561 223 164 2 85 307 783 1003 1.52e-20 96.3
MsG0680035084.01.T01 AT3G62540 23.416 363 271 3 151 511 189 546 6.43e-33 133
MsG0680035084.01.T01 AT3G62540 23.837 344 260 2 196 539 198 539 7.64e-31 127
MsG0680035084.01.T01 AT3G62540 22.835 381 287 4 55 433 198 573 2.10e-27 116
MsG0680035084.01.T01 AT3G62540 24.696 247 151 3 326 538 188 433 4.38e-19 91.3
MsG0680035084.01.T01 AT1G74750 28.000 275 198 0 265 539 361 635 1.51e-32 133
MsG0680035084.01.T01 AT1G74750 26.623 308 212 4 152 453 354 653 2.41e-30 126
MsG0680035084.01.T01 AT1G74750 25.466 322 229 1 176 486 342 663 1.77e-28 120
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MsG0680035084.01.T01 AT1G10910 21.786 459 330 10 13 463 67 504 2.90e-20 94.7
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MsG0680035084.01.T01 AT3G13150 25.322 233 174 0 159 391 159 391 5.41e-25 109
MsG0680035084.01.T01 AT3G13150 28.230 209 149 1 333 540 157 365 1.88e-24 107
MsG0680035084.01.T01 AT3G13150 23.316 193 147 1 348 539 137 329 7.24e-17 84.0
MsG0680035084.01.T01 AT3G13150 27.083 240 159 5 55 286 160 391 2.37e-15 79.3
MsG0680035084.01.T01 AT3G13150 20.922 282 220 3 77 357 113 392 1.73e-14 76.6
MsG0680035084.01.T01 AT4G38010 21.469 531 379 10 20 539 39 542 1.14e-25 111
MsG0680035084.01.T01 AT1G56690 27.059 340 212 9 200 539 24 327 1.42e-25 111
MsG0680035084.01.T01 AT1G56690 22.049 449 278 10 124 537 50 461 8.78e-21 96.7
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MsG0680035084.01.T01 AT5G27270 24.153 236 175 1 303 534 154 389 3.62e-13 72.8
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MsG0680035084.01.T01 AT5G27270 22.803 421 307 6 114 526 180 590 1.11e-23 106
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MsG0680035084.01.T01 AT5G27270 24.153 236 175 1 303 534 154 389 6.20e-13 72.4
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MsG0680035084.01.T01 AT3G46610 21.010 495 357 7 51 530 145 620 1.40e-19 92.8
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MsG0680035084.01.T01 AT3G22690 20.287 488 368 6 53 539 100 567 1.05e-22 102
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MsG0680035084.01.T01 AT2G27610 20.980 510 364 14 18 511 113 599 1.46e-16 83.6
MsG0680035084.01.T01 AT2G27610 19.338 393 290 9 115 501 355 726 9.19e-13 71.6
MsG0680035084.01.T01 AT2G27610 25.000 240 162 6 300 534 60 286 1.90e-12 70.5
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MsG0680035084.01.T01 AT2G42920 24.159 327 223 7 216 534 76 385 1.33e-22 102
MsG0680035084.01.T01 AT2G42920 22.549 408 278 11 119 512 123 506 1.53e-21 98.6
MsG0680035084.01.T01 AT2G42920 21.488 484 300 15 39 479 81 527 8.23e-18 87.0
MsG0680035084.01.T01 AT4G18750 21.795 468 340 10 55 517 163 609 1.37e-22 102
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MsG0680035084.01.T01 AT4G18750 25.442 283 187 8 233 510 136 399 3.05e-15 79.7
MsG0680035084.01.T01 AT5G37570 25.145 346 200 9 192 499 144 468 1.54e-22 101
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MsG0680035084.01.T01 AT5G44230 22.727 330 229 10 214 534 99 411 2.18e-14 76.6
MsG0680035084.01.T01 AT5G44230 20.789 279 205 6 262 537 113 378 1.32e-13 73.9
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MsG0680035084.01.T01 AT3G02330 22.564 390 269 9 113 499 474 833 3.09e-18 89.0
MsG0680035084.01.T01 AT3G02330 25.263 285 161 9 82 317 478 759 1.43e-15 80.5
MsG0680035084.01.T01 AT3G02330 21.519 316 234 4 204 517 88 391 2.73e-15 79.7
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MsG0680035084.01.T01 AT2G17210 22.083 480 306 12 100 535 121 576 1.18e-17 87.0
MsG0680035084.01.T01 AT2G17210 19.712 416 277 11 74 451 234 630 2.23e-16 83.2
MsG0680035084.01.T01 AT2G17210 21.839 348 253 6 31 377 298 627 5.06e-14 75.5
MsG0680035084.01.T01 AT1G11900 22.930 314 206 6 194 505 71 350 3.62e-18 86.7
MsG0680035084.01.T01 AT1G11900 27.206 136 89 2 181 306 191 326 8.52e-12 67.4
MsG0680035084.01.T01 AT3G15130 21.881 489 315 17 48 491 68 534 4.16e-18 88.2
MsG0680035084.01.T01 AT3G15130 21.719 442 315 12 84 515 69 489 4.47e-14 75.5
MsG0680035084.01.T01 AT3G15130 22.741 343 235 9 200 528 12 338 1.07e-11 68.2
MsG0680035084.01.T01 AT3G15130 18.546 399 296 8 145 535 29 406 8.75e-11 65.1
MsG0680035084.01.T01 AT3G13770 21.882 425 307 9 120 537 16 422 4.20e-18 88.2
MsG0680035084.01.T01 AT2G36980 20.971 453 299 13 123 539 5 434 4.29e-18 88.2
MsG0680035084.01.T01 AT2G36980 18.433 434 323 12 45 468 162 574 7.86e-13 71.6
MsG0680035084.01.T01 AT5G13270 19.565 506 378 10 16 517 17 497 5.74e-18 88.2
MsG0680035084.01.T01 AT3G20730 20.628 446 291 10 132 535 22 446 6.07e-18 87.4
MsG0680035084.01.T01 AT3G20730 20.211 475 319 11 31 500 63 482 1.63e-15 80.1
MsG0680035084.01.T01 AT1G26900 21.598 463 327 11 83 534 56 493 6.58e-18 87.4
MsG0680035084.01.T01 AT1G12615 33.333 150 85 3 78 219 1 143 6.62e-18 81.6
MsG0680035084.01.T01 AT1G12615 30.612 147 100 1 219 363 1 147 1.35e-15 75.1
MsG0680035084.01.T01 AT1G12615 31.206 141 95 1 293 431 5 145 2.32e-15 74.3
MsG0680035084.01.T01 AT1G12615 27.152 151 106 2 367 515 9 157 6.32e-12 64.3
MsG0680035084.01.T01 AT1G12615 27.344 128 91 1 409 534 16 143 1.12e-11 63.5
MsG0680035084.01.T01 AT1G33350 22.475 396 250 9 145 535 149 492 7.03e-18 87.4
MsG0680035084.01.T01 AT1G33350 20.896 268 192 8 119 380 190 443 9.66e-13 71.2
MsG0680035084.01.T01 AT1G33350 22.475 396 250 9 145 535 149 492 7.03e-18 87.4
MsG0680035084.01.T01 AT1G33350 20.896 268 192 8 119 380 190 443 9.66e-13 71.2
MsG0680035084.01.T01 AT3G26782 24.354 271 191 6 108 375 204 463 8.88e-18 87.4
MsG0680035084.01.T01 AT3G26782 21.850 508 308 17 28 468 35 520 2.12e-17 86.3
MsG0680035084.01.T01 AT3G26782 21.237 372 263 8 159 517 43 397 4.80e-16 81.6
MsG0680035084.01.T01 AT1G17630 20.892 426 282 6 43 460 215 593 9.51e-18 87.4
MsG0680035084.01.T01 AT1G17630 22.943 401 286 8 144 537 180 564 7.23e-17 84.7
MsG0680035084.01.T01 AT1G17630 20.892 426 282 6 43 460 215 593 9.51e-18 87.4
MsG0680035084.01.T01 AT1G17630 22.943 401 286 8 144 537 180 564 7.23e-17 84.7
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 39.316 117 71 0 422 538 489 605 1.13e-17 87.0
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 33.871 124 82 0 282 405 489 612 3.18e-16 82.4
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 37.143 105 66 0 189 293 501 605 1.13e-15 80.5
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 33.333 120 80 0 352 471 489 608 4.59e-15 78.6
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 30.769 117 81 0 317 433 489 605 1.69e-13 73.6
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 32.381 105 71 0 224 328 501 605 1.95e-12 70.5
MsG0680035084.01.T01 AT4G14050 23.256 301 197 8 93 383 93 369 1.25e-17 86.7
MsG0680035084.01.T01 AT4G14050 23.123 333 223 11 214 536 73 382 2.75e-15 79.3
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 39.316 117 71 0 422 538 708 824 1.38e-17 87.0
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 33.871 124 82 0 282 405 708 831 5.21e-16 82.0
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 37.143 105 66 0 189 293 720 824 1.10e-15 80.9
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 33.333 120 80 0 352 471 708 827 6.42e-15 78.6
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 30.769 117 81 0 317 433 708 824 2.82e-13 73.2
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 32.381 105 71 0 224 328 720 824 2.63e-12 70.1
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 39.316 117 71 0 422 538 709 825 1.39e-17 87.0
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 33.871 124 82 0 282 405 709 832 5.12e-16 82.0
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 37.143 105 66 0 189 293 721 825 1.10e-15 80.9
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 33.333 120 80 0 352 471 709 828 6.37e-15 78.6
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 30.769 117 81 0 317 433 709 825 2.83e-13 73.2
MsG0680035084.01.T01 AT3G60040 32.381 105 71 0 224 328 721 825 2.67e-12 70.1
MsG0680035084.01.T01 AT5G65570 23.096 394 256 9 157 517 99 478 1.79e-17 86.7
MsG0680035084.01.T01 AT5G65570 22.835 381 249 9 120 466 163 532 1.25e-16 84.0
MsG0680035084.01.T01 AT2G44880 19.075 519 319 14 57 535 51 508 2.07e-17 85.9
MsG0680035084.01.T01 AT3G25060 23.112 437 302 13 86 514 150 560 2.08e-17 85.9
MsG0680035084.01.T01 AT3G25060 20.823 413 256 10 190 540 148 551 2.08e-15 79.7
MsG0680035084.01.T01 AT2G44880 19.075 519 319 14 57 535 11 468 2.14e-17 85.9
MsG0680035084.01.T01 AT2G44880 19.075 519 319 14 57 535 50 507 2.30e-17 85.9
MsG0680035084.01.T01 AT2G44880 19.075 519 319 14 57 535 52 509 2.39e-17 85.9
MsG0680035084.01.T01 AT2G44880 19.075 519 319 14 57 535 52 509 2.39e-17 85.9
MsG0680035084.01.T01 AT3G13770 23.469 392 238 9 120 467 16 389 2.54e-17 85.9
MsG0680035084.01.T01 AT3G13770 23.161 367 254 13 112 468 108 456 8.35e-17 84.0
MsG0680035084.01.T01 AT2G02980 22.086 326 244 3 70 394 77 393 2.74e-17 85.5
MsG0680035084.01.T01 AT2G02980 19.298 342 231 6 154 459 56 388 4.84e-15 78.6
MsG0680035084.01.T01 AT2G02980 19.683 315 245 2 223 537 54 360 5.77e-15 78.2

Find 93 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 116 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TTATCAGGTTCTTCTGAATA+AGG 0.223446 6:-98610661 MsG0680035084.01.T01:CDS
AAAGATTGAAGGGTTATTAT+TGG 0.223540 6:-98611498 MsG0680035084.01.T01:CDS
ATTTGCAAAGTCCATCAATT+AGG 0.227651 6:+98610922 None:intergenic
ACTTTCAATAGTTTAATCTA+TGG 0.265641 6:-98611353 MsG0680035084.01.T01:CDS
CATCTTAATCATGTTAGTTA+TGG 0.272660 6:-98611581 MsG0680035084.01.T01:CDS
ATATATACTATGATGATTAA+TGG 0.282508 6:-98610618 MsG0680035084.01.T01:CDS
GTGGGGTAGGGTTGTTGATA+TGG 0.284681 6:+98611912 None:intergenic
CATTTCTTTGAAGAGATTTA+CGG 0.291616 6:+98610986 None:intergenic
TTTAATAGATGGATGTTTCT+TGG 0.295936 6:-98611132 MsG0680035084.01.T01:CDS
ATCTTAATCATGTTAGTTAT+GGG 0.306812 6:-98611580 MsG0680035084.01.T01:CDS
ATTGATGGACTTTGCAAATC+AGG 0.317950 6:-98610918 MsG0680035084.01.T01:CDS
GGATGCACAAGAGGTTTATC+AGG 0.323210 6:-98610676 MsG0680035084.01.T01:CDS
ATAGTGTATGTATACATATT+TGG 0.334710 6:+98610735 None:intergenic
TATATACTATGATGATTAAT+GGG 0.335217 6:-98610617 MsG0680035084.01.T01:CDS
ACTTACAGTTCTTTATTAGA+TGG 0.336793 6:-98610828 MsG0680035084.01.T01:CDS
ACTTATAGTTCTTTAATAGA+TGG 0.341077 6:-98611143 MsG0680035084.01.T01:CDS
GTAGTTAACGTTACAGTATT+CGG 0.342406 6:+98611683 None:intergenic
AGCTACAGTGTTATGATTAA+CGG 0.360398 6:-98611038 MsG0680035084.01.T01:CDS
TCGACGAAGAAGAAACGAAT+TGG 0.369436 6:+98612006 None:intergenic
TTTGCAAAGTCCATCAATTA+GGG 0.370444 6:+98610923 None:intergenic
GTCTTCCATTGTTGAGAGTA+AGG 0.391496 6:+98610560 None:intergenic
CAAGGCAGCTCTTGTTTCTC+CGG 0.397606 6:+98611532 None:intergenic
TCATGTTATCATCAATGTTA+AGG 0.400537 6:-98612054 None:intergenic
ACATACACTATACTTGTTGA+TGG 0.402875 6:-98610723 MsG0680035084.01.T01:CDS
GCATACAATTCCCTAATTGA+TGG 0.405695 6:-98610933 MsG0680035084.01.T01:CDS
AATCTTGTTAAATTCAAAGA+TGG 0.407284 6:+98611889 None:intergenic
ATCAAAGGTCTTTGTCTGAA+TGG 0.408485 6:-98611656 MsG0680035084.01.T01:CDS
TATCAGGTTCTTCTGAATAA+GGG 0.412877 6:-98610660 MsG0680035084.01.T01:CDS
GAATTGTATGCTACAGTGTC+AGG 0.423389 6:+98610945 None:intergenic
GTTTCGTAAGTTACAACATC+AGG 0.438353 6:+98610525 None:intergenic
CATGACGATGTTATAGCAAA+GGG 0.447880 6:-98611608 MsG0680035084.01.T01:CDS
AATTCAAAGATGGGTGGGGT+AGG 0.448661 6:+98611899 None:intergenic
AACATCGTCATGAAAGTAAA+GGG 0.453277 6:+98611619 None:intergenic
ATTCAAAGATGGGTGGGGTA+GGG 0.454466 6:+98611900 None:intergenic
ACACTGTAGCTTTGAACATC+AGG 0.454930 6:+98611050 None:intergenic
AGGGAGAATATCTGATGCTT+GGG 0.455565 6:-98610898 MsG0680035084.01.T01:CDS
GAACTATAAGTAACAACATT+GGG 0.458799 6:+98611155 None:intergenic
CACTTGTTTAGAAAGATTGA+AGG 0.460072 6:-98611509 MsG0680035084.01.T01:CDS
GTTATGGGACCTTGATCAAC+GGG 0.465155 6:-98611565 MsG0680035084.01.T01:CDS
CAGGGAGAATATCTGATGCT+TGG 0.469239 6:-98610899 MsG0680035084.01.T01:CDS
CTATTGAAAGTGACGACATC+AGG 0.472211 6:+98611365 None:intergenic
TAACATCGTCATGAAAGTAA+AGG 0.475906 6:+98611618 None:intergenic
GTAGTGAAAGTAAGAACATT+CGG 0.479144 6:+98611260 None:intergenic
GCAGTATACATTATCACATC+AGG 0.479646 6:+98611470 None:intergenic
TTTACATAACCCGTTGATCA+AGG 0.482476 6:+98611556 None:intergenic
CGACGAAGAAGAAACGAATT+GGG 0.484245 6:+98612007 None:intergenic
CATTTCAGAATATAAATCAT+AGG 0.485834 6:+98611406 None:intergenic
AAGAAGAAACGAATTGGGAG+TGG 0.495290 6:+98612012 None:intergenic
ATCAACGGGTTATGTAAATC+CGG 0.499929 6:-98611551 MsG0680035084.01.T01:CDS
AATACGATTGAATGATGAAA+CGG 0.501010 6:+98611937 None:intergenic
TGTTCTTACTTTCACTACAT+TGG 0.502431 6:-98611255 MsG0680035084.01.T01:CDS
TGTTAAATTCAAAGATGGGT+GGG 0.506715 6:+98611894 None:intergenic
ATCTTGTTAAATTCAAAGAT+GGG 0.507477 6:+98611890 None:intergenic
AGGGCTATCATTTAGATGCT+AGG 0.509793 6:-98610641 MsG0680035084.01.T01:CDS
ACATATTTGGCTGAATTCCT+CGG 0.516234 6:+98610748 None:intergenic
GTTAAATTCAAAGATGGGTG+GGG 0.521410 6:+98611895 None:intergenic
GGTAATGATTCAACTTAGCA+AGG 0.533669 6:+98611858 None:intergenic
TTGATGGACTTTGCAAATCA+GGG 0.534189 6:-98610917 MsG0680035084.01.T01:CDS
AGAACTATAAGTAACAACAT+TGG 0.538331 6:+98611154 None:intergenic
ATAGATGAGATGCATGATAG+AGG 0.545633 6:-98610870 MsG0680035084.01.T01:CDS
TCATGACGATGTTATAGCAA+AGG 0.549180 6:-98611609 MsG0680035084.01.T01:CDS
GTCGATGGTTTATGCAAGGA+AGG 0.549445 6:-98611233 MsG0680035084.01.T01:CDS
GGTCAATTCAAAGAAGCAGT+TGG 0.561255 6:-98611317 MsG0680035084.01.T01:CDS
TTGTTAAATTCAAAGATGGG+TGG 0.562178 6:+98611893 None:intergenic
ACTTTCACTACATTGGTCGA+TGG 0.563157 6:-98611248 MsG0680035084.01.T01:CDS
TCAACATTATCAATGAATGA+AGG 0.569108 6:+98611965 None:intergenic
ATTCAACACTATTTCTCGAA+GGG 0.569186 6:-98611081 MsG0680035084.01.T01:CDS
AATCTTTCTAAACAAGTGCA+AGG 0.579114 6:+98611514 None:intergenic
TATTCAACACTATTTCTCGA+AGG 0.585132 6:-98611082 MsG0680035084.01.T01:CDS
AATAGTGTTGAATACATATG+TGG 0.585815 6:+98611091 None:intergenic
ATTGGTCGATGGTTTATGCA+AGG 0.588984 6:-98611237 MsG0680035084.01.T01:CDS
AGTTATGGGACCTTGATCAA+CGG 0.589009 6:-98611566 MsG0680035084.01.T01:CDS
TGTTATGATAAAACAAGGCG+TGG 0.595521 6:-98611180 MsG0680035084.01.T01:CDS
TTATCAATGAATGAAGGTAG+AGG 0.600372 6:+98611971 None:intergenic
ACTTGTTTAGAAAGATTGAA+GGG 0.602082 6:-98611508 MsG0680035084.01.T01:CDS
TGATTGCCTTGTCAACCTGA+TGG 0.602399 6:+98610793 None:intergenic
GTAATGATTCAACTTAGCAA+GGG 0.602421 6:+98611859 None:intergenic
AAGACTTAGGGATGCACAAG+AGG 0.604841 6:-98610685 MsG0680035084.01.T01:CDS
TTGGGTAAGATTCTTAAACT+CGG 0.608823 6:-98611713 MsG0680035084.01.T01:CDS
AGAAGAAACGAATTGGGAGT+GGG 0.613724 6:+98612013 None:intergenic
TTCAACACTATTTCTCGAAG+GGG 0.616465 6:-98611080 MsG0680035084.01.T01:CDS
TGGTTTATGCAAGGAAGGAG+AGG 0.617984 6:-98611228 MsG0680035084.01.T01:CDS
CTTCGTGAAATGATTGCTAG+AGG 0.622987 6:-98610450 MsG0680035084.01.T01:CDS
ATGCAAAATTGATTTGACCC+AGG 0.626906 6:+98611744 None:intergenic
CTGTAAGTGATAATGTTCGC+TGG 0.628987 6:+98610843 None:intergenic
AGGTCTTTGTCTGAATGGTG+AGG 0.634848 6:-98611651 MsG0680035084.01.T01:CDS
ACGTTAACTACACTTATCAA+AGG 0.634928 6:-98611671 MsG0680035084.01.T01:CDS
CAAAATTGATTTGACCCAGG+TGG 0.640644 6:+98611747 None:intergenic
ATTGTCCTTACTCTCAACAA+TGG 0.642208 6:-98610565 MsG0680035084.01.T01:CDS
CTCTCAACAATGGAAGACAA+CGG 0.661400 6:-98610555 MsG0680035084.01.T01:CDS
TTACCTGTTATGATAAAACA+AGG 0.672009 6:-98611185 MsG0680035084.01.T01:CDS
AAACAACAAGAATGATAAGG+CGG 0.684450 6:-98610481 MsG0680035084.01.T01:CDS
TTAATGAAGATCAAGAACCG+AGG 0.723699 6:-98610765 MsG0680035084.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATATATACTATGATGATTAA+TGG - Chr6:98611862-98611881 MsG0680035084.01.T01:CDS 15.0%
!! TATATACTATGATGATTAAT+GGG - Chr6:98611863-98611882 MsG0680035084.01.T01:CDS 15.0%
!!! AATTTTGCATTTTCTATATT+GGG - Chr6:98610749-98610768 MsG0680035084.01.T01:CDS 15.0%
!! AATCTTGTTAAATTCAAAGA+TGG + Chr6:98610594-98610613 None:intergenic 20.0%
!! ACTTATAGTTCTTTAATAGA+TGG - Chr6:98611337-98611356 MsG0680035084.01.T01:CDS 20.0%
!! ACTTTCAATAGTTTAATCTA+TGG - Chr6:98611127-98611146 MsG0680035084.01.T01:CDS 20.0%
!! AGAAATGCATTCAAAAAATA+TGG - Chr6:98611510-98611529 MsG0680035084.01.T01:CDS 20.0%
!! ATAGTGTATGTATACATATT+TGG + Chr6:98611748-98611767 None:intergenic 20.0%
!! ATCTTAATCATGTTAGTTAT+GGG - Chr6:98610900-98610919 MsG0680035084.01.T01:CDS 20.0%
!! ATCTTGTTAAATTCAAAGAT+GGG + Chr6:98610593-98610612 None:intergenic 20.0%
!! CATTTCAGAATATAAATCAT+AGG + Chr6:98611077-98611096 None:intergenic 20.0%
!!! ATTTTGTAAGAATAAAATGG+TGG - Chr6:98611465-98611484 MsG0680035084.01.T01:CDS 20.0%
!!! CAATTTTGCATTTTCTATAT+TGG - Chr6:98610748-98610767 MsG0680035084.01.T01:CDS 20.0%
!!! TATTTCTTTTTCGAAACAAA+TGG - Chr6:98610652-98610671 MsG0680035084.01.T01:CDS 20.0%
! AAAGATTGAAGGGTTATTAT+TGG - Chr6:98610982-98611001 MsG0680035084.01.T01:CDS 25.0%
! AATACGATTGAATGATGAAA+CGG + Chr6:98610546-98610565 None:intergenic 25.0%
! ACTTACAGTTCTTTATTAGA+TGG - Chr6:98611652-98611671 MsG0680035084.01.T01:CDS 25.0%
! ACTTGTTTAGAAAGATTGAA+GGG - Chr6:98610972-98610991 MsG0680035084.01.T01:CDS 25.0%
! AGAACTATAAGTAACAACAT+TGG + Chr6:98611329-98611348 None:intergenic 25.0%
! ATGGTTAAAGTAAAAATGTC+AGG + Chr6:98610695-98610714 None:intergenic 25.0%
! CAAAAACAACAAGAATGATA+AGG - Chr6:98611996-98612015 MsG0680035084.01.T01:CDS 25.0%
! CATCTTAATCATGTTAGTTA+TGG - Chr6:98610899-98610918 MsG0680035084.01.T01:CDS 25.0%
! GAACTATAAGTAACAACATT+GGG + Chr6:98611328-98611347 None:intergenic 25.0%
! GCAAAAACAATTAATCAAGA+TGG + Chr6:98610714-98610733 None:intergenic 25.0%
! TCAACATTATCAATGAATGA+AGG + Chr6:98610518-98610537 None:intergenic 25.0%
! TTACCTGTTATGATAAAACA+AGG - Chr6:98611295-98611314 MsG0680035084.01.T01:CDS 25.0%
! TTTAATAGATGGATGTTTCT+TGG - Chr6:98611348-98611367 MsG0680035084.01.T01:CDS 25.0%
!! AATAGTGTTGAATACATATG+TGG + Chr6:98611392-98611411 None:intergenic 25.0%
!! CATTTCTTTGAAGAGATTTA+CGG + Chr6:98611497-98611516 None:intergenic 25.0%
!! CGGATTTTGTAAGAATAAAA+TGG - Chr6:98611462-98611481 MsG0680035084.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATTAATGGGTTTTGTAAAGA+AGG - Chr6:98611877-98611896 MsG0680035084.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTAATGGGTTTTGTAAAGAA+GGG - Chr6:98611878-98611897 MsG0680035084.01.T01:CDS 25.0%
AAACAACAAGAATGATAAGG+CGG - Chr6:98611999-98612018 MsG0680035084.01.T01:CDS 30.0%
AACATCGTCATGAAAGTAAA+GGG + Chr6:98610864-98610883 None:intergenic 30.0%
AATCTTTCTAAACAAGTGCA+AGG + Chr6:98610969-98610988 None:intergenic 30.0%
ACGTTAACTACACTTATCAA+AGG - Chr6:98610809-98610828 MsG0680035084.01.T01:CDS 30.0%
AGCTACAGTGTTATGATTAA+CGG - Chr6:98611442-98611461 MsG0680035084.01.T01:CDS 30.0%
ATTTGCAAAGTCCATCAATT+AGG + Chr6:98611561-98611580 None:intergenic 30.0%
CACTTGTTTAGAAAGATTGA+AGG - Chr6:98610971-98610990 MsG0680035084.01.T01:CDS 30.0%
GTAATGATTCAACTTAGCAA+GGG + Chr6:98610624-98610643 None:intergenic 30.0%
GTAGTGAAAGTAAGAACATT+CGG + Chr6:98611223-98611242 None:intergenic 30.0%
GTAGTTAACGTTACAGTATT+CGG + Chr6:98610800-98610819 None:intergenic 30.0%
TAACATCGTCATGAAAGTAA+AGG + Chr6:98610865-98610884 None:intergenic 30.0%
TATCAGGTTCTTCTGAATAA+GGG - Chr6:98611820-98611839 MsG0680035084.01.T01:CDS 30.0%
TCGAAAAAGAAATAGCAGTA+GGG + Chr6:98610646-98610665 None:intergenic 30.0%
TGTTAAATTCAAAGATGGGT+GGG + Chr6:98610589-98610608 None:intergenic 30.0%
TGTTCTTACTTTCACTACAT+TGG - Chr6:98611225-98611244 MsG0680035084.01.T01:CDS 30.0%
TTATCAATGAATGAAGGTAG+AGG + Chr6:98610512-98610531 None:intergenic 30.0%
TTATCAGGTTCTTCTGAATA+AGG - Chr6:98611819-98611838 MsG0680035084.01.T01:CDS 30.0%
TTCGAAAAAGAAATAGCAGT+AGG + Chr6:98610647-98610666 None:intergenic 30.0%
TTGGGTAAGATTCTTAAACT+CGG - Chr6:98610767-98610786 MsG0680035084.01.T01:CDS 30.0%
TTGTTAAATTCAAAGATGGG+TGG + Chr6:98610590-98610609 None:intergenic 30.0%
TTTGCAAAGTCCATCAATTA+GGG + Chr6:98611560-98611579 None:intergenic 30.0%
! AATCTATGGATTTTGCATTG+TGG - Chr6:98611141-98611160 MsG0680035084.01.T01:CDS 30.0%
! ACATACACTATACTTGTTGA+TGG - Chr6:98611757-98611776 MsG0680035084.01.T01:CDS 30.0%
! ATCTATGGATTTTGCATTGT+GGG - Chr6:98611142-98611161 MsG0680035084.01.T01:CDS 30.0%
! ATTCAACACTATTTCTCGAA+GGG - Chr6:98611399-98611418 MsG0680035084.01.T01:CDS 30.0%
! TATTCAACACTATTTCTCGA+AGG - Chr6:98611398-98611417 MsG0680035084.01.T01:CDS 30.0%
!!! ATTAATTGTTTTTGCCACCT+GGG - Chr6:98610719-98610738 MsG0680035084.01.T01:CDS 30.0%
!!! TGTTGTTTTTGAACAAAGCA+CGG + Chr6:98611987-98612006 None:intergenic 30.0%
ACATATTTGGCTGAATTCCT+CGG + Chr6:98611735-98611754 None:intergenic 35.0%
ATAGATGAGATGCATGATAG+AGG - Chr6:98611610-98611629 MsG0680035084.01.T01:CDS 35.0%
ATCAAAGGTCTTTGTCTGAA+TGG - Chr6:98610824-98610843 MsG0680035084.01.T01:CDS 35.0%
ATTGTCCTTACTCTCAACAA+TGG - Chr6:98611915-98611934 MsG0680035084.01.T01:CDS 35.0%
CATGACGATGTTATAGCAAA+GGG - Chr6:98610872-98610891 MsG0680035084.01.T01:CDS 35.0%
GCAGTATACATTATCACATC+AGG + Chr6:98611013-98611032 None:intergenic 35.0%
GCATACAATTCCCTAATTGA+TGG - Chr6:98611547-98611566 MsG0680035084.01.T01:CDS 35.0%
GGTAATGATTCAACTTAGCA+AGG + Chr6:98610625-98610644 None:intergenic 35.0%
GTGCAAAAATGGAAGACTTA+GGG - Chr6:98611783-98611802 MsG0680035084.01.T01:CDS 35.0%
GTTAAATTCAAAGATGGGTG+GGG + Chr6:98610588-98610607 None:intergenic 35.0%
GTTTCGTAAGTTACAACATC+AGG + Chr6:98611958-98611977 None:intergenic 35.0%
TCATGACGATGTTATAGCAA+AGG - Chr6:98610871-98610890 MsG0680035084.01.T01:CDS 35.0%
TGTGCAAAAATGGAAGACTT+AGG - Chr6:98611782-98611801 MsG0680035084.01.T01:CDS 35.0%
TGTTATGATAAAACAAGGCG+TGG - Chr6:98611300-98611319 MsG0680035084.01.T01:CDS 35.0%
TTAATGAAGATCAAGAACCG+AGG - Chr6:98611715-98611734 MsG0680035084.01.T01:CDS 35.0%
TTTACATAACCCGTTGATCA+AGG + Chr6:98610927-98610946 None:intergenic 35.0%
! TTCAACACTATTTCTCGAAG+GGG - Chr6:98611400-98611419 MsG0680035084.01.T01:CDS 35.0%
!! ATCAACGGGTTATGTAAATC+CGG - Chr6:98610929-98610948 MsG0680035084.01.T01:CDS 35.0%
!! ATGCAAAATTGATTTGACCC+AGG + Chr6:98610739-98610758 None:intergenic 35.0%
!! ATTGATGGACTTTGCAAATC+AGG - Chr6:98611562-98611581 MsG0680035084.01.T01:CDS 35.0%
!! TTGATGGACTTTGCAAATCA+GGG - Chr6:98611563-98611582 MsG0680035084.01.T01:CDS 35.0%
!!! ACGCCTTGTTTTATCATAAC+AGG + Chr6:98611301-98611320 None:intergenic 35.0%
!!! GATTAATTGTTTTTGCCACC+TGG - Chr6:98610718-98610737 MsG0680035084.01.T01:CDS 35.0%
AAGAAGAAACGAATTGGGAG+TGG + Chr6:98610471-98610490 None:intergenic 40.0%
ACTTTCACTACATTGGTCGA+TGG - Chr6:98611232-98611251 MsG0680035084.01.T01:CDS 40.0%
AGAAGAAACGAATTGGGAGT+GGG + Chr6:98610470-98610489 None:intergenic 40.0%
AGGGAGAATATCTGATGCTT+GGG - Chr6:98611582-98611601 MsG0680035084.01.T01:CDS 40.0%
AGGGCTATCATTTAGATGCT+AGG - Chr6:98611839-98611858 MsG0680035084.01.T01:CDS 40.0%
AGTTATGGGACCTTGATCAA+CGG - Chr6:98610914-98610933 MsG0680035084.01.T01:CDS 40.0%
ATTGGTCGATGGTTTATGCA+AGG - Chr6:98611243-98611262 MsG0680035084.01.T01:CDS 40.0%
CGACGAAGAAGAAACGAATT+GGG + Chr6:98610476-98610495 None:intergenic 40.0%
CTATTGAAAGTGACGACATC+AGG + Chr6:98611118-98611137 None:intergenic 40.0%
CTCTCAACAATGGAAGACAA+CGG - Chr6:98611925-98611944 MsG0680035084.01.T01:CDS 40.0%
CTTCGTGAAATGATTGCTAG+AGG - Chr6:98612030-98612049 MsG0680035084.01.T01:CDS 40.0%
GAATTGTATGCTACAGTGTC+AGG + Chr6:98611538-98611557 None:intergenic 40.0%
GGTCAATTCAAAGAAGCAGT+TGG - Chr6:98611163-98611182 MsG0680035084.01.T01:CDS 40.0%
GTCTTCCATTGTTGAGAGTA+AGG + Chr6:98611923-98611942 None:intergenic 40.0%
TCGACGAAGAAGAAACGAAT+TGG + Chr6:98610477-98610496 None:intergenic 40.0%
TGGATTGTGCAAAAACCATC+AGG - Chr6:98611672-98611691 MsG0680035084.01.T01:CDS 40.0%
! CTGTAAGTGATAATGTTCGC+TGG + Chr6:98611640-98611659 None:intergenic 40.0%
!! ACACTGTAGCTTTGAACATC+AGG + Chr6:98611433-98611452 None:intergenic 40.0%
!! CAAAAACCATCAGGTTGACA+AGG - Chr6:98611681-98611700 MsG0680035084.01.T01:CDS 40.0%
!! CAAAATTGATTTGACCCAGG+TGG + Chr6:98610736-98610755 None:intergenic 40.0%
!! GTTGATGGACTGTGCAAAAA+TGG - Chr6:98611772-98611791 MsG0680035084.01.T01:CDS 40.0%
AAGACTTAGGGATGCACAAG+AGG - Chr6:98611795-98611814 MsG0680035084.01.T01:CDS 45.0%
AATTCAAAGATGGGTGGGGT+AGG + Chr6:98610584-98610603 None:intergenic 45.0%
AGGTCTTTGTCTGAATGGTG+AGG - Chr6:98610829-98610848 MsG0680035084.01.T01:CDS 45.0%
ATTCAAAGATGGGTGGGGTA+GGG + Chr6:98610583-98610602 None:intergenic 45.0%
CAGGGAGAATATCTGATGCT+TGG - Chr6:98611581-98611600 MsG0680035084.01.T01:CDS 45.0%
GGATGCACAAGAGGTTTATC+AGG - Chr6:98611804-98611823 MsG0680035084.01.T01:CDS 45.0%
GTCGATGGTTTATGCAAGGA+AGG - Chr6:98611247-98611266 MsG0680035084.01.T01:CDS 45.0%
GTTATGGGACCTTGATCAAC+GGG - Chr6:98610915-98610934 MsG0680035084.01.T01:CDS 45.0%
TGATTGCCTTGTCAACCTGA+TGG + Chr6:98611690-98611709 None:intergenic 45.0%
TGGTTTATGCAAGGAAGGAG+AGG - Chr6:98611252-98611271 MsG0680035084.01.T01:CDS 45.0%
GTGGGGTAGGGTTGTTGATA+TGG + Chr6:98610571-98610590 None:intergenic 50.0%
! CAAGGCAGCTCTTGTTTCTC+CGG + Chr6:98610951-98610970 None:intergenic 50.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 98610440 98612062 98610440 ID=MsG0680035084.01;Name=MsG0680035084.01
Chr6 mRNA 98610440 98612062 98610440 ID=MsG0680035084.01.T01;Parent=MsG0680035084.01;Name=MsG0680035084.01.T01;_AED=0.42;_eAED=0.42;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|540
Chr6 exon 98610440 98612062 98610440 ID=MsG0680035084.01.T01:exon:14006;Parent=MsG0680035084.01.T01
Chr6 CDS 98610440 98612062 98610440 ID=MsG0680035084.01.T01:cds;Parent=MsG0680035084.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680035084.01.T01

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Protein sequence

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