AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680034459.01

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MsG0680034459.01.T01 AT5G41170 33.533 501 282 5 32 518 32 495 2.72e-89 284
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MsG0680034459.01.T01 AT5G41170 27.170 265 190 1 54 315 233 497 1.38e-26 113
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MsG0680034459.01.T01 AT1G74580 30.612 490 331 3 71 555 219 704 1.21e-73 249
MsG0680034459.01.T01 AT1G74580 28.817 465 330 1 61 524 244 708 6.30e-71 242
MsG0680034459.01.T01 AT1G74580 27.446 419 304 0 135 553 108 526 4.87e-62 218
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MsG0680034459.01.T01 AT5G55840 26.523 558 336 6 71 555 511 1067 3.99e-50 186
MsG0680034459.01.T01 AT5G55840 25.740 439 325 1 117 555 103 540 2.67e-49 184
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MsG0680034459.01.T01 AT1G13040 27.335 439 279 4 153 554 61 496 7.12e-54 191
MsG0680034459.01.T01 AT1G13040 27.344 384 276 3 173 554 9 391 6.47e-42 158
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MsG0680034459.01.T01 AT2G32630 28.922 408 290 0 88 495 209 616 9.12e-58 204
MsG0680034459.01.T01 AT2G32630 28.883 367 261 0 62 428 253 619 8.25e-54 193
MsG0680034459.01.T01 AT2G32630 26.107 429 317 0 125 553 176 604 1.87e-49 181
MsG0680034459.01.T01 AT2G32630 26.303 403 297 0 152 554 168 570 7.40e-46 171
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MsG0680034459.01.T01 AT1G11710 23.256 301 228 1 257 554 133 433 4.95e-24 106
MsG0680034459.01.T01 AT1G11710 23.048 269 204 1 290 555 131 399 4.15e-19 91.7
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MsG0680034459.01.T01 AT1G53330 29.773 309 211 3 136 441 150 455 6.16e-39 149
MsG0680034459.01.T01 AT1G53330 27.877 391 273 4 171 553 4 393 3.78e-38 146
MsG0680034459.01.T01 AT1G53330 26.284 331 229 4 198 521 74 396 3.47e-31 127
MsG0680034459.01.T01 AT1G53330 32.571 175 117 1 381 554 150 324 7.70e-23 102
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MsG0680034459.01.T01 AT5G46680 26.371 383 275 4 174 554 49 426 3.39e-42 158
MsG0680034459.01.T01 AT5G46680 30.657 274 188 2 281 553 16 288 1.64e-37 145
MsG0680034459.01.T01 AT5G46680 22.581 403 303 5 98 497 43 439 6.84e-32 129
MsG0680034459.01.T01 AT5G46680 23.267 404 266 6 55 456 106 467 5.36e-25 108
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MsG0680034459.01.T01 AT3G62540 21.483 391 301 3 93 483 185 569 4.24e-27 116
MsG0680034459.01.T01 AT3G62540 20.504 278 217 1 65 342 295 568 7.06e-20 94.0
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MsG0680034459.01.T01 AT3G59040 23.181 371 279 2 108 475 151 518 2.20e-33 134
MsG0680034459.01.T01 AT3G59040 26.715 277 197 3 281 554 149 422 2.34e-28 119
MsG0680034459.01.T01 AT3G59040 21.256 207 163 0 59 265 312 518 1.04e-12 71.2
MsG0680034459.01.T01 AT3G59040 24.762 420 296 6 136 545 102 511 1.20e-38 150
MsG0680034459.01.T01 AT3G59040 23.181 371 279 2 108 475 144 511 2.05e-33 134
MsG0680034459.01.T01 AT3G59040 26.715 277 197 3 281 554 142 415 2.79e-28 119
MsG0680034459.01.T01 AT3G59040 21.256 207 163 0 59 265 305 511 8.94e-13 71.2
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MsG0680034459.01.T01 AT3G18110 26.667 315 228 2 242 553 224 538 5.67e-35 141
MsG0680034459.01.T01 AT3G18110 23.677 359 268 5 199 553 147 503 4.20e-31 129
MsG0680034459.01.T01 AT3G18110 22.642 530 351 11 50 532 279 796 2.19e-29 124
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MsG0680034459.01.T01 AT1G73710 21.707 410 273 9 50 452 564 932 9.38e-14 75.1
MsG0680034459.01.T01 AT3G49240 21.692 461 294 6 63 520 125 521 5.83e-35 139
MsG0680034459.01.T01 AT3G49240 25.497 302 213 5 259 549 111 411 7.53e-26 112
MsG0680034459.01.T01 AT3G49240 21.846 325 242 5 239 552 161 484 3.71e-18 88.6
MsG0680034459.01.T01 AT1G03540 25.173 433 300 10 122 550 147 559 1.61e-34 138
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MsG0680034459.01.T01 AT1G03540 25.000 340 227 10 22 356 223 539 6.23e-24 106
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MsG0680034459.01.T01 AT4G39620 25.298 336 241 6 228 555 117 450 2.14e-26 113
MsG0680034459.01.T01 AT4G39620 21.083 351 269 4 74 417 103 452 3.85e-18 88.2
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MsG0680034459.01.T01 AT1G63630 28.244 131 94 0 104 234 11 141 5.52e-12 64.3
MsG0680034459.01.T01 AT1G63630 30.088 113 75 1 46 158 27 135 3.38e-11 62.0
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MsG0680034459.01.T01 AT5G06400 27.508 309 221 3 245 551 715 1022 6.08e-31 129
MsG0680034459.01.T01 AT5G06400 22.543 346 267 1 125 470 211 555 2.99e-27 117
MsG0680034459.01.T01 AT5G06400 25.552 317 233 2 84 398 694 1009 1.65e-25 112
MsG0680034459.01.T01 AT5G06400 22.609 345 266 1 207 551 188 531 4.97e-23 104
MsG0680034459.01.T01 AT3G23020 23.651 482 352 6 83 554 166 641 8.50e-32 131
MsG0680034459.01.T01 AT3G23020 20.508 512 387 9 54 554 320 822 3.99e-27 117
MsG0680034459.01.T01 AT3G23020 22.655 565 351 10 67 549 186 746 5.96e-26 113
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MsG0680034459.01.T01 AT3G14580 25.980 204 151 0 66 269 165 368 1.04e-16 82.8
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MsG0680034459.01.T01 AT3G08820 22.028 286 180 5 240 525 73 315 3.25e-14 76.3
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MsG0680034459.01.T01 AT4G16390 23.265 245 186 1 307 549 167 411 3.24e-21 98.2
MsG0680034459.01.T01 AT4G16390 22.043 186 142 1 369 554 164 346 2.27e-11 67.0
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MsG0680034459.01.T01 AT2G29760 21.789 436 311 9 122 549 79 492 2.19e-22 102
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MsG0680034459.01.T01 AT1G05750 22.656 384 238 11 208 549 36 402 3.85e-21 97.4
MsG0680034459.01.T01 AT1G05750 21.854 302 180 5 272 532 30 316 4.99e-15 78.2
MsG0680034459.01.T01 AT3G06430 21.867 375 280 6 140 506 90 459 2.78e-23 103
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MsG0680034459.01.T01 AT2G45350 21.860 430 299 15 55 475 174 575 4.58e-16 82.0
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MsG0680034459.01.T01 AT1G74630 22.284 359 263 5 192 549 69 412 2.00e-17 86.3
MsG0680034459.01.T01 AT1G74630 20.317 315 235 5 241 554 83 382 1.87e-16 83.2
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MsG0680034459.01.T01 AT5G60960 23.824 319 211 5 178 493 180 469 1.41e-20 95.5
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MsG0680034459.01.T01 AT5G60960 20.619 291 206 6 140 413 177 459 4.11e-11 65.9
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MsG0680034459.01.T01 AT4G37170 24.204 157 107 3 386 542 57 201 7.59e-12 68.6
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MsG0680034459.01.T01 AT3G61170 21.260 508 351 10 59 532 81 573 2.32e-21 99.0
MsG0680034459.01.T01 AT3G61170 21.263 475 309 12 118 549 70 522 6.80e-21 97.4
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MsG0680034459.01.T01 AT5G06540 24.138 348 237 6 196 532 28 359 1.55e-19 92.8
MsG0680034459.01.T01 AT5G66520 23.242 327 229 4 206 532 53 357 9.32e-22 99.8
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MsG0680034459.01.T01 AT5G36300 23.106 264 182 6 86 328 55 318 4.19e-13 71.2
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MsG0680034459.01.T01 AT3G25210 22.549 204 122 3 84 286 203 371 3.96e-12 68.6
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MsG0680034459.01.T01 AT5G59200 21.292 418 308 7 102 518 91 488 1.58e-19 92.4
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MsG0680034459.01.T01 AT1G28690 22.945 292 207 5 241 526 98 377 1.47e-18 89.4
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MsG0680034459.01.T01 AT1G71490 21.867 407 268 9 128 532 134 492 1.37e-15 80.5
MsG0680034459.01.T01 AT4G37380 27.397 292 194 7 237 526 89 364 9.32e-20 93.6
MsG0680034459.01.T01 AT4G37380 20.815 466 296 15 21 479 24 423 2.75e-13 73.2
MsG0680034459.01.T01 AT4G33990 23.404 423 248 13 175 532 218 629 9.36e-20 94.0
MsG0680034459.01.T01 AT4G33990 21.032 504 339 14 86 554 69 548 1.79e-17 86.7
MsG0680034459.01.T01 AT1G77170 26.613 248 163 5 253 497 162 393 1.03e-19 92.4
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MsG0680034459.01.T01 AT2G36730 21.512 344 221 7 245 550 80 412 1.59e-17 85.9
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MsG0680034459.01.T01 AT5G48910 21.853 421 287 9 135 530 125 528 6.56e-19 90.9
MsG0680034459.01.T01 AT1G34160 23.631 347 248 8 137 482 61 391 6.70e-19 90.5
MsG0680034459.01.T01 AT1G34160 22.255 337 212 7 219 554 72 359 4.11e-14 75.5

Find 102 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 118 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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GAGAAGCAACGGATGAAATT+AGG 0.171051 6:+87962365 None:intergenic
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GTCACTTATAATACTTTAAT+TGG 0.211171 6:-87961711 MsG0680034459.01.T01:CDS
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AGCTACAGTATCATGATTAA+TGG 0.271922 6:-87961393 MsG0680034459.01.T01:CDS
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ATTGATGGTTTGTGTAAATC+AGG 0.298782 6:-87961273 MsG0680034459.01.T01:CDS
ATTGGTGGCTTCTGCATTAT+GGG 0.301653 6:-87961693 MsG0680034459.01.T01:CDS
ATTTACACAAACCATCAATA+AGG 0.302156 6:+87961277 None:intergenic
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GAACTGTAAGTAACTATATT+AGG 0.316156 6:+87961195 None:intergenic
CATCTTAATGAAGTTAGTTA+TGG 0.320022 6:-87961933 MsG0680034459.01.T01:CDS
AGTTACTTACAGTTCTATAT+TGG 0.321181 6:-87961187 MsG0680034459.01.T01:CDS
ACTTATAACTCTTTAATTGA+TGG 0.323112 6:-87961498 MsG0680034459.01.T01:CDS
CATTTCTTCAAAGATATTCA+TGG 0.325181 6:+87961341 None:intergenic
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GTTATGGAACCTTGATTAAT+GGG 0.330102 6:-87961917 MsG0680034459.01.T01:CDS
GTAGTGAATGTTATGGCATT+TGG 0.330923 6:+87962035 None:intergenic
ATCCAATTTGGCAAGATTCT+AGG 0.331912 6:-87962236 MsG0680034459.01.T01:CDS
TGGAATTTGAAAATGAAGAT+TGG 0.339710 6:+87962391 None:intergenic
AAGACGGGTCGATGGGAAAT+TGG 0.341061 6:-87961853 MsG0680034459.01.T01:CDS
ATAGTGTATGTGTACATATT+TGG 0.351870 6:+87961090 None:intergenic
AATAGATTTGTTTAATCAAA+TGG 0.356378 6:-87961655 MsG0680034459.01.T01:CDS
ATACTGTAGCTCTGAATATC+AGG 0.365538 6:+87961405 None:intergenic
AGCTTTAATATATTGCTTGA+TGG 0.366414 6:-87961603 MsG0680034459.01.T01:CDS
AGAAGCAACGGATGAAATTA+GGG 0.373091 6:+87962366 None:intergenic
GGAATTTGAAAATGAAGATT+GGG 0.382056 6:+87962392 None:intergenic
ATTTCATAAGTTATAGCATC+TGG 0.398304 6:+87960880 None:intergenic
ACTTACAGTTCCCTTATTGA+TGG 0.398325 6:-87961288 MsG0680034459.01.T01:CDS
CGATAATGATGAAAATGATA+TGG 0.407334 6:-87960839 MsG0680034459.01.T01:CDS
GATCAATTGTTTCTGTCACT+TGG 0.409189 6:-87962114 MsG0680034459.01.T01:CDS
TGTTTCGCTTCATCGAAGTA+TGG 0.416135 6:-87962180 MsG0680034459.01.T01:CDS
CAACGGATGAAATTAGGGTT+TGG 0.421504 6:+87962371 None:intergenic
CATCGAAGTATGGAATTAAA+CGG 0.425509 6:-87962170 MsG0680034459.01.T01:CDS
TAGTGAATGTTATGGCATTT+GGG 0.432470 6:+87962036 None:intergenic
GTATTATAAGTGACAACATT+AGG 0.436635 6:+87961720 None:intergenic
GATTGTGTTCATCATCATCT+TGG 0.441086 6:+87962312 None:intergenic
CACATACACTATTCTTATCA+AGG 0.450654 6:-87961079 MsG0680034459.01.T01:CDS
CAAGCGTATATTCAACACTA+TGG 0.450854 6:-87961445 MsG0680034459.01.T01:CDS
ATTAATGGGTTGTGTAAAGT+TGG 0.452436 6:-87961903 MsG0680034459.01.T01:CDS
ATCAATTGTTTCTGTCACTT+GGG 0.452668 6:-87962113 MsG0680034459.01.T01:CDS
TTTACACAACCCATTAATCA+AGG 0.456779 6:+87961908 None:intergenic
ATTTGATTTATATTCTGAAA+TGG 0.456863 6:-87961760 MsG0680034459.01.T01:CDS
GAGTTATAAGTAACAACATC+AGG 0.464642 6:+87961510 None:intergenic
GACCTCTCGCGATCATTTCA+CGG 0.467377 6:+87960803 None:intergenic
CATCATCATCTTGGTGATGA+TGG 0.471565 6:+87962321 None:intergenic
TTTACACAAACCATCAATAA+GGG 0.473304 6:+87961278 None:intergenic
GGGTCGATGGGAAATTGGTT+CGG 0.482800 6:-87961848 MsG0680034459.01.T01:CDS
AACATTCACTACACTCATCA+AGG 0.482909 6:-87962024 MsG0680034459.01.T01:CDS
TATTAAAGCTATACACAGTT+GGG 0.484961 6:+87961616 None:intergenic
GAACTGTAAGTTACCACATC+AGG 0.489738 6:+87961300 None:intergenic
CTGCCCTGCAGTTGCTAAGA+CGG 0.495196 6:-87961869 MsG0680034459.01.T01:CDS
ATATTAAAGCTATACACAGT+TGG 0.500733 6:+87961615 None:intergenic
TGCCCTGCAGTTGCTAAGAC+GGG 0.501890 6:-87961868 MsG0680034459.01.T01:CDS
ACATATTTGGTTGAATGCCC+TGG 0.513539 6:+87961103 None:intergenic
TCACGACAAGGTGCTAGCAC+AGG 0.516749 6:-87961961 MsG0680034459.01.T01:CDS
ACTTATAATACTTTAATTGG+TGG 0.518111 6:-87961708 MsG0680034459.01.T01:CDS
CGACCCGTCTTAGCAACTGC+AGG 0.520893 6:+87961865 None:intergenic
GGAATAAAGAAAACAGAGAA+AGG 0.522410 6:+87962413 None:intergenic
CAATGTTCACTTCTTTGACA+AGG 0.523211 6:+87961469 None:intergenic
AGCCCTTGTCACAAAACCCT+TGG 0.529690 6:+87960956 None:intergenic
TGCCAAATTGGATGATGGAT+GGG 0.533085 6:+87962246 None:intergenic
AATTGGATGATGGATGGGGT+TGG 0.534493 6:+87962251 None:intergenic
GATGAGTGTAGTGAATGTTA+TGG 0.540188 6:+87962028 None:intergenic
CATAGTGTTGAATATACGCT+TGG 0.540834 6:+87961446 None:intergenic
ATGGAGCAAGCGATTGAATG+AGG 0.543915 6:+87962283 None:intergenic
ACATATAACGTTATGATCCA+AGG 0.548886 6:-87960973 MsG0680034459.01.T01:CDS
TTGATGGTTTGTGTAAATCA+GGG 0.550923 6:-87961272 MsG0680034459.01.T01:CDS
GCATAAACTATCAATAATTG+TGG 0.551958 6:+87961806 None:intergenic
ATGCCAAAGTGGAAAATTGG+AGG 0.555808 6:-87961052 MsG0680034459.01.T01:CDS
CACGACAAGGTGCTAGCACA+GGG 0.556514 6:-87961960 MsG0680034459.01.T01:CDS
AACAGCGGTGAGGAAATGAT+TGG 0.561101 6:+87962199 None:intergenic
GGGCTTGTTTGATGAAGCGT+TGG 0.566160 6:-87960938 MsG0680034459.01.T01:CDS
TTGCCAAATTGGATGATGGA+TGG 0.567829 6:+87962245 None:intergenic
TCATCCGTTGCTTCTCAACA+AGG 0.569029 6:-87962358 MsG0680034459.01.T01:CDS
GCCAAATTGGATGATGGATG+GGG 0.569642 6:+87962247 None:intergenic
ATCAAGGGTCTCTGTCTCAA+AGG 0.571125 6:-87962008 MsG0680034459.01.T01:CDS
AATCTTGCCAAATTGGATGA+TGG 0.573852 6:+87962241 None:intergenic
CAGTTGCTAAGACGGGTCGA+TGG 0.573902 6:-87961861 MsG0680034459.01.T01:CDS
GTTGATGAGATGCATGATAG+AGG 0.576248 6:-87961225 MsG0680034459.01.T01:CDS
GGAAATGATTGGCCTTGACA+AGG 0.576531 6:+87962210 None:intergenic
GATTCTAGGTTCCCTTGTCA+AGG 0.578920 6:-87962222 MsG0680034459.01.T01:CDS
ATTCAACACTATGGCTCAGA+GGG 0.580209 6:-87961436 MsG0680034459.01.T01:CDS
AGTTGCTAAGACGGGTCGAT+GGG 0.581446 6:-87961860 MsG0680034459.01.T01:CDS
CATATAACGTTATGATCCAA+GGG 0.581806 6:-87960972 MsG0680034459.01.T01:CDS
ATTCACAAAATTGAAAGACC+AGG 0.582968 6:-87961121 MsG0680034459.01.T01:CDS
TTCACAAAATTGAAAGACCA+GGG 0.588220 6:-87961120 MsG0680034459.01.T01:CDS
ATCAAGGGACTATGCCAAAG+TGG 0.610490 6:-87961063 MsG0680034459.01.T01:CDS
ACATTCACTACACTCATCAA+GGG 0.615438 6:-87962023 MsG0680034459.01.T01:CDS
GAAATGATTGGCCTTGACAA+GGG 0.617245 6:+87962211 None:intergenic
ATAGCCTTGTTGAGAAGCAA+CGG 0.621225 6:+87962354 None:intergenic
ACATACACTATTCTTATCAA+GGG 0.638818 6:-87961078 MsG0680034459.01.T01:CDS
CTCCGTGAAATGATCGCGAG+AGG 0.639810 6:-87960805 MsG0680034459.01.T01:CDS
AGCATTGAACTTTCACGACA+AGG 0.647769 6:-87961973 MsG0680034459.01.T01:CDS
GACCCGTCTTAGCAACTGCA+GGG 0.648254 6:+87961866 None:intergenic
ACTTCGATGAAGCGAAACAG+CGG 0.660162 6:+87962184 None:intergenic
TATTCAACACTATGGCTCAG+AGG 0.670534 6:-87961437 MsG0680034459.01.T01:CDS
CTGTAAGTAACTATATTAGG+TGG 0.693697 6:+87961198 None:intergenic
GATGAAGCGAAACAGCGGTG+AGG 0.709790 6:+87962189 None:intergenic
TTAGCTATGATGATGAAACA+AGG 0.779554 6:-87961540 MsG0680034459.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AATAGATTTGTTTAATCAAA+TGG - Chr6:87961580-87961599 MsG0680034459.01.T01:CDS 15.0%
!!! ATTTGATTTATATTCTGAAA+TGG - Chr6:87961475-87961494 MsG0680034459.01.T01:CDS 15.0%
!! ACTTATAACTCTTTAATTGA+TGG - Chr6:87961737-87961756 MsG0680034459.01.T01:CDS 20.0%
!! ACTTATAATACTTTAATTGG+TGG - Chr6:87961527-87961546 MsG0680034459.01.T01:CDS 20.0%
!! GTCACTTATAATACTTTAAT+TGG - Chr6:87961524-87961543 MsG0680034459.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAAAGTTTTTGAAGATCTTT+TGG - Chr6:87962213-87962232 MsG0680034459.01.T01:CDS 20.0%
! ACATACACTATTCTTATCAA+GGG - Chr6:87962157-87962176 MsG0680034459.01.T01:CDS 25.0%
! AGTTACTTACAGTTCTATAT+TGG - Chr6:87962048-87962067 MsG0680034459.01.T01:CDS 25.0%
! ATAGTGTATGTGTACATATT+TGG + Chr6:87962148-87962167 None:intergenic 25.0%
! ATATTAAAGCTATACACAGT+TGG + Chr6:87961623-87961642 None:intergenic 25.0%
! ATTGACCAAGATTATCAAAA+AGG - Chr6:87961169-87961188 MsG0680034459.01.T01:CDS 25.0%
! ATTTACACAAACCATCAATA+AGG + Chr6:87961961-87961980 None:intergenic 25.0%
! ATTTCATAAGTTATAGCATC+TGG + Chr6:87962358-87962377 None:intergenic 25.0%
! CATCTTAATGAAGTTAGTTA+TGG - Chr6:87961302-87961321 MsG0680034459.01.T01:CDS 25.0%
! CATTTCTTCAAAGATATTCA+TGG + Chr6:87961897-87961916 None:intergenic 25.0%
! CGATAATGATGAAAATGATA+TGG - Chr6:87962396-87962415 MsG0680034459.01.T01:CDS 25.0%
! GAACTGTAAGTAACTATATT+AGG + Chr6:87962043-87962062 None:intergenic 25.0%
! GCATAAACTATCAATAATTG+TGG + Chr6:87961432-87961451 None:intergenic 25.0%
! GGAATTTGAAAATGAAGATT+GGG + Chr6:87960846-87960865 None:intergenic 25.0%
! GTATTATAAGTGACAACATT+AGG + Chr6:87961518-87961537 None:intergenic 25.0%
! TATTAAAGCTATACACAGTT+GGG + Chr6:87961622-87961641 None:intergenic 25.0%
! TGGAATTTGAAAATGAAGAT+TGG + Chr6:87960847-87960866 None:intergenic 25.0%
! TTGACCAAGATTATCAAAAA+GGG - Chr6:87961170-87961189 MsG0680034459.01.T01:CDS 25.0%
! TTTACACAAACCATCAATAA+GGG + Chr6:87961960-87961979 None:intergenic 25.0%
!! AGCTTTAATATATTGCTTGA+TGG - Chr6:87961632-87961651 MsG0680034459.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATAACCCTTTTTGATAATCT+TGG + Chr6:87961177-87961196 None:intergenic 25.0%
ACATATAACGTTATGATCCA+AGG - Chr6:87962262-87962281 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
AGCTACAGTATCATGATTAA+TGG - Chr6:87961842-87961861 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
AGTTATGGAACCTTGATTAA+TGG - Chr6:87961317-87961336 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
ATTCACAAAATTGAAAGACC+AGG - Chr6:87962114-87962133 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
CACATACACTATTCTTATCA+AGG - Chr6:87962156-87962175 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
CAGAAAAATTATTCCTGATG+TGG - Chr6:87961922-87961941 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
CATATAACGTTATGATCCAA+GGG - Chr6:87962263-87962282 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
CATCGAAGTATGGAATTAAA+CGG - Chr6:87961065-87961084 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
CTGTAAGTAACTATATTAGG+TGG + Chr6:87962040-87962059 None:intergenic 30.0%
GAGTTATAAGTAACAACATC+AGG + Chr6:87961728-87961747 None:intergenic 30.0%
GGAATAAAGAAAACAGAGAA+AGG + Chr6:87960825-87960844 None:intergenic 30.0%
GTTATGGAACCTTGATTAAT+GGG - Chr6:87961318-87961337 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
TAGTGAATGTTATGGCATTT+GGG + Chr6:87961202-87961221 None:intergenic 30.0%
TTCACAAAATTGAAAGACCA+GGG - Chr6:87962115-87962134 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
TTTACACAACCCATTAATCA+AGG + Chr6:87961330-87961349 None:intergenic 30.0%
! ATTGATGGTTTGTGTAAATC+AGG - Chr6:87961962-87961981 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
! TTAGCTATGATGATGAAACA+AGG - Chr6:87961695-87961714 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
! TTGATGGTTTGTGTAAATCA+GGG - Chr6:87961963-87961982 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
! TTTGAAGATCTTTTGGTCAA+AGG - Chr6:87962220-87962239 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
!! ATCAATTGTTTCTGTCACTT+GGG - Chr6:87961122-87961141 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
!! ATTAATGGGTTGTGTAAAGT+TGG - Chr6:87961332-87961351 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
!! ATTGCTTGATGGTTTTTGTA+AGG - Chr6:87961643-87961662 MsG0680034459.01.T01:CDS 30.0%
AACATTCACTACACTCATCA+AGG - Chr6:87961211-87961230 MsG0680034459.01.T01:CDS 35.0%
AACCTAGAATCTTGCCAAAT+TGG + Chr6:87961004-87961023 None:intergenic 35.0%
AATCTTGCCAAATTGGATGA+TGG + Chr6:87960997-87961016 None:intergenic 35.0%
ACATTCACTACACTCATCAA+GGG - Chr6:87961212-87961231 MsG0680034459.01.T01:CDS 35.0%
ACTATGCCAAAGTGGAAAAT+TGG - Chr6:87962180-87962199 MsG0680034459.01.T01:CDS 35.0%
ACTTACAGTTCCCTTATTGA+TGG - Chr6:87961947-87961966 MsG0680034459.01.T01:CDS 35.0%
AGAAGCAACGGATGAAATTA+GGG + Chr6:87960872-87960891 None:intergenic 35.0%
ATCCAATTTGGCAAGATTCT+AGG - Chr6:87960999-87961018 MsG0680034459.01.T01:CDS 35.0%
CAAAAACCATCATGCTGAAA+AGG - Chr6:87962081-87962100 MsG0680034459.01.T01:CDS 35.0%
CAAGCGTATATTCAACACTA+TGG - Chr6:87961790-87961809 MsG0680034459.01.T01:CDS 35.0%
CAATGTTCACTTCTTTGACA+AGG + Chr6:87961769-87961788 None:intergenic 35.0%
CGTGAAAGTTCAATGCTTTA+TGG + Chr6:87961259-87961278 None:intergenic 35.0%
CTGTCAAAAATGGAAGACAA+TGG - Chr6:87962325-87962344 MsG0680034459.01.T01:CDS 35.0%
GATGAGTGTAGTGAATGTTA+TGG + Chr6:87961210-87961229 None:intergenic 35.0%
GATTGTGTTCATCATCATCT+TGG + Chr6:87960926-87960945 None:intergenic 35.0%
GTAGTGAATGTTATGGCATT+TGG + Chr6:87961203-87961222 None:intergenic 35.0%
! CATAGTGTTGAATATACGCT+TGG + Chr6:87961792-87961811 None:intergenic 35.0%
!! ATACTGTAGCTCTGAATATC+AGG + Chr6:87961833-87961852 None:intergenic 35.0%
!! CTTGATGGTTTTTGTAAGGA+AGG - Chr6:87961647-87961666 MsG0680034459.01.T01:CDS 35.0%
!! GATCAATTGTTTCTGTCACT+TGG - Chr6:87961121-87961140 MsG0680034459.01.T01:CDS 35.0%
ACATATTTGGTTGAATGCCC+TGG + Chr6:87962135-87962154 None:intergenic 40.0%
ATGCCAAAGTGGAAAATTGG+AGG - Chr6:87962183-87962202 MsG0680034459.01.T01:CDS 40.0%
ATTCAACACTATGGCTCAGA+GGG - Chr6:87961799-87961818 MsG0680034459.01.T01:CDS 40.0%
CAACGGATGAAATTAGGGTT+TGG + Chr6:87960867-87960886 None:intergenic 40.0%
GAACTGTAAGTTACCACATC+AGG + Chr6:87961938-87961957 None:intergenic 40.0%
GAGAAGCAACGGATGAAATT+AGG + Chr6:87960873-87960892 None:intergenic 40.0%
TATTCAACACTATGGCTCAG+AGG - Chr6:87961798-87961817 MsG0680034459.01.T01:CDS 40.0%
TGTTTCGCTTCATCGAAGTA+TGG - Chr6:87961055-87961074 MsG0680034459.01.T01:CDS 40.0%
! AATTGGTGGCTTCTGCATTA+TGG - Chr6:87961541-87961560 MsG0680034459.01.T01:CDS 40.0%
! AGCATTGAACTTTCACGACA+AGG - Chr6:87961262-87961281 MsG0680034459.01.T01:CDS 40.0%
! ATGGGGTTGGATTCTTTTGA+TGG + Chr6:87960974-87960993 None:intergenic 40.0%
! ATTGGTGGCTTCTGCATTAT+GGG - Chr6:87961542-87961561 MsG0680034459.01.T01:CDS 40.0%
! CAATTGCCTTTTCAGCATGA+TGG + Chr6:87962090-87962109 None:intergenic 40.0%
! CATCCTCCAATTTTCCACTT+TGG + Chr6:87962189-87962208 None:intergenic 40.0%
! GTTGATGAGATGCATGATAG+AGG - Chr6:87962010-87962029 MsG0680034459.01.T01:CDS 40.0%
!! ATAGCCTTGTTGAGAAGCAA+CGG + Chr6:87960884-87960903 None:intergenic 40.0%
!! ATCCAAGGGTTTTGTGACAA+GGG - Chr6:87962277-87962296 MsG0680034459.01.T01:CDS 40.0%
!! CATCATCATCTTGGTGATGA+TGG + Chr6:87960917-87960936 None:intergenic 40.0%
!! GAAATGATTGGCCTTGACAA+GGG + Chr6:87961027-87961046 None:intergenic 40.0%
!! GTCTTCCATTTTTGACAGCA+AGG + Chr6:87962323-87962342 None:intergenic 40.0%
!! TGCCAAATTGGATGATGGAT+GGG + Chr6:87960992-87961011 None:intergenic 40.0%
!! TTGCCAAATTGGATGATGGA+TGG + Chr6:87960993-87961012 None:intergenic 40.0%
AACAGCGGTGAGGAAATGAT+TGG + Chr6:87961039-87961058 None:intergenic 45.0%
ACCCCATCCATCATCCAATT+TGG - Chr6:87960987-87961006 MsG0680034459.01.T01:CDS 45.0%
ACTTCGATGAAGCGAAACAG+CGG + Chr6:87961054-87961073 None:intergenic 45.0%
ATCAAGGGACTATGCCAAAG+TGG - Chr6:87962172-87962191 MsG0680034459.01.T01:CDS 45.0%
ATCAAGGGTCTCTGTCTCAA+AGG - Chr6:87961227-87961246 MsG0680034459.01.T01:CDS 45.0%
ATGGAGCAAGCGATTGAATG+AGG + Chr6:87960955-87960974 None:intergenic 45.0%
GATTCTAGGTTCCCTTGTCA+AGG - Chr6:87961013-87961032 MsG0680034459.01.T01:CDS 45.0%
TCATCCGTTGCTTCTCAACA+AGG - Chr6:87960877-87960896 MsG0680034459.01.T01:CDS 45.0%
!! AATTGGATGATGGATGGGGT+TGG + Chr6:87960987-87961006 None:intergenic 45.0%
!! GATCCAAGGGTTTTGTGACA+AGG - Chr6:87962276-87962295 MsG0680034459.01.T01:CDS 45.0%
!! GCCAAATTGGATGATGGATG+GGG + Chr6:87960991-87961010 None:intergenic 45.0%
!! GGAAATGATTGGCCTTGACA+AGG + Chr6:87961028-87961047 None:intergenic 45.0%
!! GTTGGCCTTGCTGTCAAAAA+TGG - Chr6:87962315-87962334 MsG0680034459.01.T01:CDS 45.0%
AAGACGGGTCGATGGGAAAT+TGG - Chr6:87961382-87961401 MsG0680034459.01.T01:CDS 50.0%
AGCCCTTGTCACAAAACCCT+TGG + Chr6:87962282-87962301 None:intergenic 50.0%
AGTTGCTAAGACGGGTCGAT+GGG - Chr6:87961375-87961394 MsG0680034459.01.T01:CDS 50.0%
GACCTCTCGCGATCATTTCA+CGG + Chr6:87962435-87962454 None:intergenic 50.0%
GGGTCGATGGGAAATTGGTT+CGG - Chr6:87961387-87961406 MsG0680034459.01.T01:CDS 50.0%
! GGGCTTGTTTGATGAAGCGT+TGG - Chr6:87962297-87962316 MsG0680034459.01.T01:CDS 50.0%
CAGTTGCTAAGACGGGTCGA+TGG - Chr6:87961374-87961393 MsG0680034459.01.T01:CDS 55.0%
CTCCGTGAAATGATCGCGAG+AGG - Chr6:87962430-87962449 MsG0680034459.01.T01:CDS 55.0%
CTGCCCTGCAGTTGCTAAGA+CGG - Chr6:87961366-87961385 MsG0680034459.01.T01:CDS 55.0%
GACCCGTCTTAGCAACTGCA+GGG + Chr6:87961372-87961391 None:intergenic 55.0%
GATGAAGCGAAACAGCGGTG+AGG + Chr6:87961049-87961068 None:intergenic 55.0%
TGCCCTGCAGTTGCTAAGAC+GGG - Chr6:87961367-87961386 MsG0680034459.01.T01:CDS 55.0%
! CACGACAAGGTGCTAGCACA+GGG - Chr6:87961275-87961294 MsG0680034459.01.T01:CDS 55.0%
! TCACGACAAGGTGCTAGCAC+AGG - Chr6:87961274-87961293 MsG0680034459.01.T01:CDS 55.0%
CGACCCGTCTTAGCAACTGC+AGG + Chr6:87961373-87961392 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 87960795 87962462 87960795 ID=MsG0680034459.01;Name=MsG0680034459.01
Chr6 mRNA 87960795 87962462 87960795 ID=MsG0680034459.01.T01;Parent=MsG0680034459.01;Name=MsG0680034459.01.T01;_AED=0.19;_eAED=0.19;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|555
Chr6 exon 87960795 87962462 87960795 ID=MsG0680034459.01.T01:exon:7524;Parent=MsG0680034459.01.T01
Chr6 CDS 87960795 87962462 87960795 ID=MsG0680034459.01.T01:cds;Parent=MsG0680034459.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680034459.01.T01

ATGTCGTTTTCAAAGTTAAGGTTTGTTCCTTTCTCTGTTTTCTTTATTCCCAATCTTCATTTTCAAATTCCAAACCCTAATTTCATCCGTTGCTTCTCAACAAGGCTATACTCTCAATTCCATCATCACCAAGATGATGATGAACACAATCTCGTTACCTCATTCAATCGCTTGCTCCATCAAAAGAATCCAACCCCATCCATCATCCAATTTGGCAAGATTCTAGGTTCCCTTGTCAAGGCCAATCATTTCCTCACCGCTGTTTCGCTTCATCGAAGTATGGAATTAAACGGAATTGCTTCAAATTTAGTCACTTTGAGCATCTTGATCAATTGTTTCTGTCACTTGGGTCAAAACTCTCTTTCTTTTTCTGTATTGACCAAGATTATCAAAAAGGGTTATCACCCAAATGCCATAACATTCACTACACTCATCAAGGGTCTCTGTCTCAAAGGCGAGCTCCATAAAGCATTGAACTTTCACGACAAGGTGCTAGCACAGGGATTTCATCTTAATGAAGTTAGTTATGGAACCTTGATTAATGGGTTGTGTAAAGTTGGTGAAACAAAAGCTGCCCTGCAGTTGCTAAGACGGGTCGATGGGAAATTGGTTCGGCTTAATGTGATAATGTACACCACAATTATTGATAGTTTATGCAAAGATAAACTTGTTAATGATGCATTTGATTTATATTCTGAAATGGTTGCTAAGAGAATTTATCCTAATGTTGTCACTTATAATACTTTAATTGGTGGCTTCTGCATTATGGGTCAATTGAAAGAAGCAATAGATTTGTTTAATCAAATGGCATTGAAAAACATCAACCCAACTGTGTATAGCTTTAATATATTGCTTGATGGTTTTTGTAAGGAAGGAAAAGTGAAAGAAGCTAAAAATGTGTTAGCTATGATGATGAAACAAGGCATCAAACCTGATGTTGTTACTTATAACTCTTTAATTGATGGATATTGCCTTGTCAAAGAAGTGAACATTGCCAAGCGTATATTCAACACTATGGCTCAGAGGGAAGTGAAACCTGATATTCAGAGCTACAGTATCATGATTAATGGATTTTGTAAGATTAAAATGATTGATGAAGCCATGAATATCTTTGAAGAAATGCATTGCAGAAAAATTATTCCTGATGTGGTAACTTACAGTTCCCTTATTGATGGTTTGTGTAAATCAGGGAGAATCTCTCATGCTTTGAAGCTAGTTGATGAGATGCATGATAGAGGTCAACCACCTAATATAGTTACTTACAGTTCTATATTGGACGCTTTATTCAAAAACCATCATGCTGAAAAGGCAATTGCATTATTCACAAAATTGAAAGACCAGGGCATTCAACCAAATATGTACACATACACTATTCTTATCAAGGGACTATGCCAAAGTGGAAAATTGGAGGATGCACGAAAAGTTTTTGAAGATCTTTTGGTCAAAGGCTATAATCTAGATGTCTGTACATATAACGTTATGATCCAAGGGTTTTGTGACAAGGGCTTGTTTGATGAAGCGTTGGCCTTGCTGTCAAAAATGGAAGACAATGGCTGCATTCCAGATGCTATAACTTATGAAATAATTATCGTTGCTCTGTTCGATAATGATGAAAATGATATGGCAGAGAAATTTCTCCGTGAAATGATCGCGAGAGGTCTACTGTAA
Protein sequence

>MsG0680034459.01.T01

MSFSKLRFVPFSVFFIPNLHFQIPNPNFIRCFSTRLYSQFHHHQDDDEHNLVTSFNRLLHQKNPTPSIIQFGKILGSLVKANHFLTAVSLHRSMELNGIASNLVTLSILINCFCHLGQNSLSFSVLTKIIKKGYHPNAITFTTLIKGLCLKGELHKALNFHDKVLAQGFHLNEVSYGTLINGLCKVGETKAALQLLRRVDGKLVRLNVIMYTTIIDSLCKDKLVNDAFDLYSEMVAKRIYPNVVTYNTLIGGFCIMGQLKEAIDLFNQMALKNINPTVYSFNILLDGFCKEGKVKEAKNVLAMMMKQGIKPDVVTYNSLIDGYCLVKEVNIAKRIFNTMAQREVKPDIQSYSIMINGFCKIKMIDEAMNIFEEMHCRKIIPDVVTYSSLIDGLCKSGRISHALKLVDEMHDRGQPPNIVTYSSILDALFKNHHAEKAIALFTKLKDQGIQPNMYTYTILIKGLCQSGKLEDARKVFEDLLVKGYNLDVCTYNVMIQGFCDKGLFDEALALLSKMEDNGCIPDAITYEIIIVALFDNDENDMAEKFLREMIARGLL*