AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680035246.01

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MsG0680035246.01.T01 AT1G63070 26.582 474 312 2 107 544 55 528 2.07e-58 204
MsG0680035246.01.T01 AT1G63070 29.377 337 237 1 209 544 52 388 1.71e-51 186
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MsG0680035246.01.T01 AT4G26800 22.857 280 180 2 57 301 153 431 7.76e-19 89.7
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MsG0680035246.01.T01 AT1G06710 27.451 357 255 2 79 433 626 980 2.39e-40 157
MsG0680035246.01.T01 AT1G06710 21.519 316 207 4 52 330 671 982 1.12e-18 90.5
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MsG0680035246.01.T01 AT4G11690 29.430 316 222 1 94 408 208 523 1.84e-45 168
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MsG0680035246.01.T01 AT4G11690 28.920 287 204 0 57 343 241 527 1.63e-37 145
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MsG0680035246.01.T01 AT5G61400 27.425 299 214 2 40 337 323 619 4.64e-30 125
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MsG0680035246.01.T01 AT1G52620 27.737 411 297 0 60 470 243 653 1.87e-51 189
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MsG0680035246.01.T01 AT2G15630 26.932 453 323 4 37 487 171 617 4.68e-56 199
MsG0680035246.01.T01 AT2G15630 23.673 245 187 0 33 277 373 617 4.88e-19 91.3
MsG0680035246.01.T01 AT2G15630 28.395 162 113 1 385 543 130 291 1.00e-13 74.3
MsG0680035246.01.T01 AT5G42310 27.310 487 317 2 93 542 198 684 1.59e-56 201
MsG0680035246.01.T01 AT5G42310 23.450 516 351 4 47 522 188 699 2.97e-44 167
MsG0680035246.01.T01 AT5G42310 21.616 458 285 6 87 544 163 546 4.48e-27 116
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MsG0680035246.01.T01 AT2G41720 22.105 285 207 3 269 544 109 387 1.27e-13 74.3
MsG0680035246.01.T01 AT2G41720 25.514 486 360 1 60 543 146 631 2.05e-56 202
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MsG0680035246.01.T01 AT3G16890 21.180 373 219 3 246 543 119 491 1.26e-19 93.2
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MsG0680035246.01.T01 AT5G38730 28.531 354 252 1 60 413 206 558 1.56e-47 175
MsG0680035246.01.T01 AT5G38730 23.953 430 326 1 51 480 127 555 2.40e-43 163
MsG0680035246.01.T01 AT5G38730 21.250 240 188 1 34 273 320 558 1.71e-12 70.5
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MsG0680035246.01.T01 AT1G08610 26.379 417 307 0 126 542 103 519 4.68e-43 162
MsG0680035246.01.T01 AT1G08610 24.036 441 307 5 112 544 31 451 6.49e-43 161
MsG0680035246.01.T01 AT1G08610 23.958 384 291 1 34 417 152 534 6.10e-38 147
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MsG0680035246.01.T01 AT2G35130 22.568 257 193 4 292 543 145 400 1.38e-18 89.7
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MsG0680035246.01.T01 AT4G26680 22.611 314 185 5 251 543 98 374 5.10e-16 81.3
MsG0680035246.01.T01 AT1G07740 26.234 385 283 1 34 418 59 442 3.14e-40 152
MsG0680035246.01.T01 AT1G07740 26.410 390 285 1 111 498 65 454 6.24e-40 151
MsG0680035246.01.T01 AT1G07740 26.963 382 244 3 157 538 76 422 2.19e-38 147
MsG0680035246.01.T01 AT1G07740 26.168 321 234 1 220 540 72 389 2.13e-30 124
MsG0680035246.01.T01 AT1G07740 25.850 294 218 0 249 542 63 356 2.62e-25 109
MsG0680035246.01.T01 AT1G07740 24.242 231 172 1 315 542 56 286 4.61e-14 75.1
MsG0680035246.01.T01 AT1G74850 24.760 416 312 1 124 538 138 553 3.93e-40 156
MsG0680035246.01.T01 AT1G74850 20.513 390 273 4 152 540 97 450 9.99e-33 134
MsG0680035246.01.T01 AT1G74850 19.828 464 361 4 82 539 166 624 3.03e-32 132
MsG0680035246.01.T01 AT1G74850 20.501 439 347 2 82 519 132 569 6.88e-32 131
MsG0680035246.01.T01 AT1G74850 21.536 534 370 11 54 544 173 700 3.59e-31 129
MsG0680035246.01.T01 AT1G74850 20.490 449 304 6 57 493 317 724 1.48e-22 102
MsG0680035246.01.T01 AT1G73710 25.221 452 335 3 94 544 307 756 7.47e-40 155
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MsG0680035246.01.T01 AT1G66345 25.581 344 256 0 196 539 198 541 1.56e-29 122
MsG0680035246.01.T01 AT1G66345 26.115 314 213 3 231 544 112 406 1.49e-24 107
MsG0680035246.01.T01 AT1G66345 22.946 353 223 4 198 543 165 475 3.75e-23 103
MsG0680035246.01.T01 AT1G66345 22.925 253 195 0 76 328 288 540 2.49e-18 88.6
MsG0680035246.01.T01 AT4G01400 28.470 281 195 3 145 425 144 418 2.77e-35 138
MsG0680035246.01.T01 AT4G01400 24.927 341 242 4 200 539 100 427 7.34e-34 134
MsG0680035246.01.T01 AT4G01400 28.736 261 184 2 38 297 136 395 1.54e-32 130
MsG0680035246.01.T01 AT4G01400 27.036 307 211 4 61 367 136 429 1.99e-30 124
MsG0680035246.01.T01 AT4G01400 20.290 276 180 3 35 310 204 439 9.73e-13 70.9
MsG0680035246.01.T01 AT1G52640 25.220 341 254 1 95 434 141 481 3.49e-35 139
MsG0680035246.01.T01 AT1G52640 23.901 364 241 2 156 518 132 460 1.99e-34 137
MsG0680035246.01.T01 AT1G52640 26.459 257 189 0 285 541 156 412 1.39e-30 125
MsG0680035246.01.T01 AT1G52640 25.723 346 242 6 10 353 133 465 8.47e-29 120
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MsG0680035246.01.T01 AT5G06400 20.630 349 269 6 196 541 223 566 2.28e-21 99.0
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MsG0680035246.01.T01 AT1G80550 24.802 379 270 7 173 543 56 427 1.68e-28 118
MsG0680035246.01.T01 AT1G80550 20.900 311 173 3 61 371 193 430 2.85e-19 90.9
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MsG0680035246.01.T01 AT3G09650 19.929 567 387 10 37 541 97 658 4.12e-28 119
MsG0680035246.01.T01 AT3G09650 21.003 319 227 5 15 308 406 724 6.70e-16 81.6
MsG0680035246.01.T01 AT1G14470 22.532 466 332 8 57 521 71 508 3.08e-28 119
MsG0680035246.01.T01 AT1G14470 22.636 349 244 9 195 542 69 392 1.80e-15 79.7
MsG0680035246.01.T01 AT5G46580 24.375 320 205 3 53 336 183 501 3.43e-28 119
MsG0680035246.01.T01 AT5G46580 22.713 317 244 1 196 511 185 501 1.72e-23 105
MsG0680035246.01.T01 AT5G46580 25.397 252 187 1 293 543 212 463 4.62e-22 100
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MsG0680035246.01.T01 AT5G55740 19.211 380 291 4 168 543 175 542 5.15e-20 94.7
MsG0680035246.01.T01 AT5G55740 17.892 408 298 6 77 451 391 794 1.08e-13 74.7
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MsG0680035246.01.T01 AT5G48730 20.977 348 273 2 120 465 143 490 1.13e-19 92.8
MsG0680035246.01.T01 AT5G48730 18.868 318 244 5 88 400 183 491 5.65e-14 75.1
MsG0680035246.01.T01 AT5G48730 20.652 276 217 2 39 312 202 477 9.67e-14 74.3
MsG0680035246.01.T01 AT1G06140 23.207 474 307 10 35 469 53 508 9.58e-26 111
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MsG0680035246.01.T01 AT1G74630 21.372 379 243 10 182 521 33 395 1.82e-13 73.6
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MsG0680035246.01.T01 AT1G08070 21.351 459 327 14 25 474 171 604 5.31e-15 78.6
MsG0680035246.01.T01 AT1G08070 19.704 406 305 8 58 459 135 523 1.42e-14 77.4
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MsG0680035246.01.T01 AT1G11900 23.427 286 196 5 233 505 71 346 4.55e-22 98.6
MsG0680035246.01.T01 AT1G11900 24.306 144 108 1 168 310 183 326 9.02e-12 67.4
MsG0680035246.01.T01 AT1G11900 23.404 188 141 2 78 264 163 348 4.49e-11 65.1
MsG0680035246.01.T01 AT1G11900 20.438 274 215 3 268 538 71 344 9.03e-11 64.3
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MsG0680035246.01.T01 AT2G28050 25.806 217 154 4 122 335 241 453 5.97e-14 74.7
MsG0680035246.01.T01 AT2G28050 22.979 235 179 2 106 338 188 422 5.01e-12 68.6
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MsG0680035246.01.T01 AT1G25360 21.714 350 250 7 128 471 252 583 1.02e-19 93.6
MsG0680035246.01.T01 AT1G25360 21.823 417 258 13 150 522 37 429 4.46e-15 79.0
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MsG0680035246.01.T01 AT5G08490 20.808 495 358 12 57 541 263 733 7.37e-18 87.8
MsG0680035246.01.T01 AT3G23330 22.472 356 246 9 181 525 82 418 7.43e-18 87.4
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MsG0680035246.01.T01 AT5G40410 23.018 391 278 12 89 472 94 468 8.59e-18 87.4
MsG0680035246.01.T01 AT5G40410 20.960 396 280 11 124 507 94 468 1.35e-12 70.9
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MsG0680035246.01.T01 AT1G69350 19.806 515 334 8 90 538 165 666 1.26e-17 87.0
MsG0680035246.01.T01 AT1G69350 21.268 489 333 13 91 543 64 536 4.18e-15 79.0
MsG0680035246.01.T01 AT1G69350 19.536 517 342 11 54 506 229 735 4.10e-13 72.8
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MsG0680035246.01.T01 AT5G44230 23.453 307 209 10 218 515 99 388 1.06e-14 77.4
MsG0680035246.01.T01 AT5G44230 22.222 423 271 13 138 521 59 462 3.41e-13 72.8
MsG0680035246.01.T01 AT4G21300 20.117 512 359 11 61 539 278 772 1.31e-17 87.0
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MsG0680035246.01.T01 AT3G25210 25.786 159 116 1 72 230 203 359 2.86e-13 72.0
MsG0680035246.01.T01 AT3G25210 23.204 181 136 1 95 275 194 371 2.65e-12 68.9
MsG0680035246.01.T01 AT3G25210 27.545 167 115 2 151 316 217 378 4.54e-12 68.2
MsG0680035246.01.T01 AT3G25210 24.286 210 150 3 319 519 161 370 1.75e-11 66.6
MsG0680035246.01.T01 AT5G44230 26.224 286 194 7 197 478 87 359 1.46e-17 86.3
MsG0680035246.01.T01 AT5G44230 23.453 307 209 10 218 515 2 291 9.02e-15 77.4
MsG0680035246.01.T01 AT5G44230 21.644 365 232 10 196 521 16 365 2.82e-13 72.8
MsG0680035246.01.T01 AT2G36730 22.396 384 274 12 63 439 47 413 1.79e-17 85.9
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MsG0680035246.01.T01 AT4G37170 18.721 438 296 15 39 438 138 553 1.04e-14 77.8
MsG0680035246.01.T01 AT4G37170 18.712 497 348 10 63 518 47 528 1.03e-13 74.3
MsG0680035246.01.T01 AT1G74600 21.660 494 304 12 91 519 83 558 2.18e-17 86.3
MsG0680035246.01.T01 AT1G74600 18.798 516 336 13 94 541 318 818 5.00e-14 75.9
MsG0680035246.01.T01 AT1G74600 19.856 418 285 11 96 478 422 824 5.18e-14 75.5
MsG0680035246.01.T01 AT3G53170 20.712 309 233 4 171 469 155 461 2.19e-17 85.5
MsG0680035246.01.T01 AT3G53170 22.414 348 241 3 194 539 141 461 5.03e-17 84.3
MsG0680035246.01.T01 AT3G53170 23.022 278 201 6 274 539 115 391 2.04e-16 82.4
MsG0680035246.01.T01 AT3G53170 21.201 283 181 2 89 363 212 460 7.57e-14 74.3
MsG0680035246.01.T01 AT3G53170 20.866 254 192 2 37 281 195 448 6.90e-11 65.1
MsG0680035246.01.T01 AT2G46050 21.930 456 293 17 57 505 71 470 2.70e-17 85.5
MsG0680035246.01.T01 AT1G15510 18.959 538 383 11 36 540 144 661 3.37e-17 85.9
MsG0680035246.01.T01 AT1G15510 19.917 482 340 10 89 539 259 725 3.42e-14 76.3
MsG0680035246.01.T01 AT3G03580 18.325 633 382 12 22 538 23 636 3.46e-17 85.9
MsG0680035246.01.T01 AT3G03580 20.565 496 336 9 61 521 11 483 6.51e-16 81.6
MsG0680035246.01.T01 AT1G05750 23.362 351 243 10 197 538 36 369 3.48e-17 85.1
MsG0680035246.01.T01 AT1G05750 22.727 352 250 8 127 471 36 372 4.87e-15 78.2
MsG0680035246.01.T01 AT1G05750 23.362 351 243 10 197 538 36 369 3.48e-17 85.1
MsG0680035246.01.T01 AT1G05750 22.727 352 250 8 127 471 36 372 4.87e-15 78.2
MsG0680035246.01.T01 AT4G16470 21.053 342 221 6 124 463 73 367 4.17e-17 84.7
MsG0680035246.01.T01 AT4G16470 20.917 349 261 7 122 468 103 438 1.42e-12 70.5
MsG0680035246.01.T01 AT5G50990 24.468 282 170 5 191 471 92 331 4.17e-17 84.7
MsG0680035246.01.T01 AT1G17630 21.546 427 290 9 61 468 197 597 4.47e-17 85.1
MsG0680035246.01.T01 AT1G17630 21.622 333 243 6 196 521 223 544 4.05e-14 75.9
MsG0680035246.01.T01 AT1G17630 21.546 427 290 9 61 468 197 597 4.47e-17 85.1
MsG0680035246.01.T01 AT1G17630 21.622 333 243 6 196 521 223 544 4.05e-14 75.9
MsG0680035246.01.T01 AT1G77010 18.375 517 346 13 53 527 89 571 5.02e-17 85.1

Find 79 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 95 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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AGCTACAGTGTCATGATTAA+TGG 0.241933 6:+101029368 MsG0680035246.01.T01:CDS
GTATTGAATGTTATAGTATC+AGG 0.293757 6:-101028726 None:intergenic
CATCTCAATGAGGTTAGTTA+TGG 0.294014 6:+101028828 MsG0680035246.01.T01:CDS
AACATATGTATTCAACATTA+TGG 0.307245 6:+101029316 MsG0680035246.01.T01:CDS
AGGGCTATCGTTTAAATGTT+TGG 0.309438 6:+101029765 MsG0680035246.01.T01:CDS
GTTTCGTAAGTTACCGCATT+TGG 0.312416 6:-101029881 None:intergenic
CAGGAAGAATCTCTGATGTT+TGG 0.316869 6:+101029507 MsG0680035246.01.T01:CDS
GAACTGTATGTTACAGTATT+AGG 0.320547 6:-101029461 None:intergenic
TTTCGTAAGTTACCGCATTT+GGG 0.320947 6:-101029880 None:intergenic
CTTCGTGAAATGATTGTTAG+AGG 0.326354 6:+101029956 MsG0680035246.01.T01:CDS
ATTGATGGACTTTGCAAATC+AGG 0.330761 6:+101029488 MsG0680035246.01.T01:CDS
ATAGTGTATGTAAACATATT+TGG 0.334710 6:-101029671 None:intergenic
GAAGTATAATTAACAACATT+AGG 0.341334 6:-101029251 None:intergenic
ACATACACTATACTTGTTGA+TGG 0.341873 6:+101029683 MsG0680035246.01.T01:CDS
TGGATTATGTAAGAATAAAA+TGG 0.343946 6:+101029388 MsG0680035246.01.T01:CDS
CATGATAATGTTATAGCAAA+TGG 0.350744 6:+101028801 MsG0680035246.01.T01:CDS
TTTGTCTTAATGGTCATGTT+AGG 0.351570 6:+101028763 MsG0680035246.01.T01:CDS
CTATTATAAGTTACAACATT+AGG 0.351709 6:-101029041 None:intergenic
GTACCTCAACTTTAACAAAT+AGG 0.352142 6:-101028361 None:intergenic
TGTTAATTATACTTCTTTGA+TGG 0.362454 6:+101029259 MsG0680035246.01.T01:CDS
AAAACCTAGCTTGAGAATCT+TGG 0.373120 6:-101028700 None:intergenic
TGAAATGATTCAACTTAGTA+AGG 0.375026 6:-101028551 None:intergenic
ACATACAGTTCACTTATTGA+TGG 0.376437 6:+101029473 MsG0680035246.01.T01:CDS
AGGAAGAATCTCTGATGTTT+GGG 0.381039 6:+101029508 MsG0680035246.01.T01:CDS
ATCTCAATGAGGTTAGTTAT+GGG 0.391992 6:+101028829 MsG0680035246.01.T01:CDS
GTGTTGTACATGACGACATT+AGG 0.395886 6:-101028936 None:intergenic
CAAAATTAAGTTGATTAAGA+TGG 0.405032 6:-101028662 None:intergenic
GATCTTGTTAAATTCAAAGA+TGG 0.406759 6:-101028520 None:intergenic
GTTGGGTAGGATTCTTCATA+TGG 0.412343 6:-101028497 None:intergenic
GTTAAATTCAAAGATGGGTT+GGG 0.427044 6:-101028514 None:intergenic
TAGAAAGATTGAAGGGTTGT+TGG 0.431796 6:+101028908 MsG0680035246.01.T01:CDS
ACACTGTAGCTATTAACATT+AGG 0.440750 6:-101029356 None:intergenic
ATTATACTTCTTTGATGGAT+GGG 0.442797 6:+101029264 MsG0680035246.01.T01:CDS
AATTATACTTCTTTGATGGA+TGG 0.443453 6:+101029263 MsG0680035246.01.T01:CDS
TGTTAAATTCAAAGATGGGT+TGG 0.447202 6:-101028515 None:intergenic
GTTATGGGATCTTGATCAAC+GGG 0.450956 6:+101028844 MsG0680035246.01.T01:CDS
TTATGATTTATATTCTGAAA+TGG 0.451053 6:+101029001 MsG0680035246.01.T01:CDS
GAAGTAAAATTAAGAACATT+CGG 0.452045 6:-101029146 None:intergenic
ATTCAACATTATGGCTCAAA+GGG 0.453512 6:+101029325 MsG0680035246.01.T01:CDS
ATTGGTCGACGGTTTATGTA+AGG 0.456376 6:+101029169 MsG0680035246.01.T01:CDS
ACATATTTGGCTGAATCCCT+TGG 0.483649 6:-101029658 None:intergenic
CGAAAATGACAAGAATGATA+AGG 0.485597 6:+101029922 MsG0680035246.01.T01:CDS
TGAACGTGTAGACGACGAAT+TGG 0.496192 6:-101028414 None:intergenic
AGAAACAAAAGCCGCCGTGC+AGG 0.499307 6:+101028881 MsG0680035246.01.T01:CDS
ATCAACGGGTTATGTAAATC+CGG 0.499929 6:+101028858 MsG0680035246.01.T01:CDS
GTTAATGCACTTTGTAAAGA+GGG 0.499966 6:+101029803 MsG0680035246.01.T01:CDS
ATCTTGTTAAATTCAAAGAT+GGG 0.501445 6:-101028519 None:intergenic
CATCCTATTTGTTAAAGTTG+AGG 0.504565 6:+101028358 MsG0680035246.01.T01:CDS
CTGTAAGTGATCACATTAGC+TGG 0.513071 6:-101029563 None:intergenic
CAGGTGCTTAGAAAGATTGA+AGG 0.513245 6:+101028900 MsG0680035246.01.T01:CDS
ACTTATAATAGTTTAATACA+TGG 0.516951 6:+101029053 MsG0680035246.01.T01:CDS
GGTTAATGCACTTTGTAAAG+AGG 0.525241 6:+101029802 MsG0680035246.01.T01:CDS
TATTCAACATTATGGCTCAA+AGG 0.527762 6:+101029324 MsG0680035246.01.T01:CDS
AATTCAAAGATGGGTTGGGT+AGG 0.543399 6:-101028510 None:intergenic
TTGTCAATGAACGAAGGAAG+AGG 0.554716 6:-101028438 None:intergenic
ATGGCCAAGATTCTCAAGCT+AGG 0.561146 6:+101028696 MsG0680035246.01.T01:CDS
CAATCGCCTTGTCAACCTGA+TGG 0.562201 6:-101029613 None:intergenic
GAAATGATTCAACTTAGTAA+GGG 0.564185 6:-101028550 None:intergenic
AATGTGATTGAATGTTGAAA+CGG 0.569850 6:-101028472 None:intergenic
TGTTATGATAAAACAAGGTG+TGG 0.570722 6:+101029226 MsG0680035246.01.T01:CDS
ATAGATGAGATGCACAATAG+AGG 0.580207 6:+101029536 MsG0680035246.01.T01:CDS
AGTTATGGGATCTTGATCAA+CGG 0.584719 6:+101028843 MsG0680035246.01.T01:CDS
TAAATAAGATCAAAGACCAA+GGG 0.592166 6:+101029642 MsG0680035246.01.T01:CDS
TTAAATAAGATCAAAGACCA+AGG 0.602830 6:+101029641 MsG0680035246.01.T01:CDS
TGTTTGGATGTATACTGTGA+TGG 0.604130 6:+101029781 MsG0680035246.01.T01:CDS
ACATTCAATACAATTATCAA+AGG 0.606806 6:+101028738 MsG0680035246.01.T01:CDS
AAGACTTAAGGATGCACAAG+AGG 0.607266 6:+101029721 MsG0680035246.01.T01:CDS
GTCGACGGTTTATGTAAGGA+AGG 0.608420 6:+101029173 MsG0680035246.01.T01:CDS
AATCTTTCTAAGCACCTGCA+CGG 0.609695 6:-101028895 None:intergenic
TTCGTAAGTTACCGCATTTG+GGG 0.634508 6:-101029879 None:intergenic
CAATGGCTGCACCCCAAATG+CGG 0.635263 6:+101029868 MsG0680035246.01.T01:CDS
AGGTGCTTAGAAAGATTGAA+GGG 0.645308 6:+101028901 MsG0680035246.01.T01:CDS
AAATGGATTTCATCTCAATG+AGG 0.648809 6:+101028818 MsG0680035246.01.T01:CDS
ATTATGTAAGAATAAAATGG+TGG 0.659806 6:+101029391 MsG0680035246.01.T01:CDS
TCAACATTGTCAATGAACGA+AGG 0.676691 6:-101028444 None:intergenic
TTCAACATTATGGCTCAAAG+GGG 0.714216 6:+101029326 MsG0680035246.01.T01:CDS
TTATCTGTTATGATAAAACA+AGG 0.725336 6:+101029221 MsG0680035246.01.T01:CDS
CTTTCTAAGCACCTGCACGG+CGG 0.773704 6:-101028892 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ACTTATAATAGTTTAATACA+TGG + Chr6:101029053-101029072 MsG0680035246.01.T01:CDS 15.0%
!!! TTATGATTTATATTCTGAAA+TGG + Chr6:101029001-101029020 MsG0680035246.01.T01:CDS 15.0%
!! AACATATGTATTCAACATTA+TGG + Chr6:101029316-101029335 MsG0680035246.01.T01:CDS 20.0%
!! ACATTCAATACAATTATCAA+AGG + Chr6:101028738-101028757 MsG0680035246.01.T01:CDS 20.0%
!! ATAGTGTATGTAAACATATT+TGG - Chr6:101029674-101029693 None:intergenic 20.0%
!! ATCTTGTTAAATTCAAAGAT+GGG - Chr6:101028522-101028541 None:intergenic 20.0%
!! ATTATGTAAGAATAAAATGG+TGG + Chr6:101029391-101029410 MsG0680035246.01.T01:CDS 20.0%
!! CTATTATAAGTTACAACATT+AGG - Chr6:101029044-101029063 None:intergenic 20.0%
!! GAAGTAAAATTAAGAACATT+CGG - Chr6:101029149-101029168 None:intergenic 20.0%
!! GAAGTATAATTAACAACATT+AGG - Chr6:101029254-101029273 None:intergenic 20.0%
!! TGGATTATGTAAGAATAAAA+TGG + Chr6:101029388-101029407 MsG0680035246.01.T01:CDS 20.0%
!! TGTTAATTATACTTCTTTGA+TGG + Chr6:101029259-101029278 MsG0680035246.01.T01:CDS 20.0%
!! TTATCTGTTATGATAAAACA+AGG + Chr6:101029221-101029240 MsG0680035246.01.T01:CDS 20.0%
!!! CAAAATTAAGTTGATTAAGA+TGG - Chr6:101028665-101028684 None:intergenic 20.0%
!!! TAATTTTGCATTTTCTGTAA+TGG + Chr6:101028677-101028696 MsG0680035246.01.T01:CDS 20.0%
!!! TATCAAGATCTTTTGATTAA+GGG + Chr6:101029746-101029765 MsG0680035246.01.T01:CDS 20.0%
!!! TATTTCTTTTTCGAAACAAA+TGG + Chr6:101028581-101028600 MsG0680035246.01.T01:CDS 20.0%
!!! TGTTCTTAATTTTACTTCAT+TGG + Chr6:101029151-101029170 MsG0680035246.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTATCAAGATCTTTTGATTA+AGG + Chr6:101029745-101029764 MsG0680035246.01.T01:CDS 20.0%
! AATGTGATTGAATGTTGAAA+CGG - Chr6:101028475-101028494 None:intergenic 25.0%
! AATTATACTTCTTTGATGGA+TGG + Chr6:101029263-101029282 MsG0680035246.01.T01:CDS 25.0%
! GAAATGATTCAACTTAGTAA+GGG - Chr6:101028553-101028572 None:intergenic 25.0%
! GATCTTGTTAAATTCAAAGA+TGG - Chr6:101028523-101028542 None:intergenic 25.0%
! GTATTGAATGTTATAGTATC+AGG - Chr6:101028729-101028748 None:intergenic 25.0%
! TAAATAAGATCAAAGACCAA+GGG + Chr6:101029642-101029661 MsG0680035246.01.T01:CDS 25.0%
! TGAAATGATTCAACTTAGTA+AGG - Chr6:101028554-101028573 None:intergenic 25.0%
! TTAAATAAGATCAAAGACCA+AGG + Chr6:101029641-101029660 MsG0680035246.01.T01:CDS 25.0%
!! ATTATACTTCTTTGATGGAT+GGG + Chr6:101029264-101029283 MsG0680035246.01.T01:CDS 25.0%
!! CATGATAATGTTATAGCAAA+TGG + Chr6:101028801-101028820 MsG0680035246.01.T01:CDS 25.0%
ACACTGTAGCTATTAACATT+AGG - Chr6:101029359-101029378 None:intergenic 30.0%
ACATACAGTTCACTTATTGA+TGG + Chr6:101029473-101029492 MsG0680035246.01.T01:CDS 30.0%
ATCAAAGGTCTTTGTCTTAA+TGG + Chr6:101028753-101028772 MsG0680035246.01.T01:CDS 30.0%
ATGCAAAAATGGAAGACTTA+AGG + Chr6:101029709-101029728 MsG0680035246.01.T01:CDS 30.0%
ATTCAACATTATGGCTCAAA+GGG + Chr6:101029325-101029344 MsG0680035246.01.T01:CDS 30.0%
CGAAAATGACAAGAATGATA+AGG + Chr6:101029922-101029941 MsG0680035246.01.T01:CDS 30.0%
GAACTGTATGTTACAGTATT+AGG - Chr6:101029464-101029483 None:intergenic 30.0%
GTACCTCAACTTTAACAAAT+AGG - Chr6:101028364-101028383 None:intergenic 30.0%
GTTAATGCACTTTGTAAAGA+GGG + Chr6:101029803-101029822 MsG0680035246.01.T01:CDS 30.0%
TATTCAACATTATGGCTCAA+AGG + Chr6:101029324-101029343 MsG0680035246.01.T01:CDS 30.0%
TGTTAAATTCAAAGATGGGT+TGG - Chr6:101028518-101028537 None:intergenic 30.0%
TGTTATGATAAAACAAGGTG+TGG + Chr6:101029226-101029245 MsG0680035246.01.T01:CDS 30.0%
TTTGTCTTAATGGTCATGTT+AGG + Chr6:101028763-101028782 MsG0680035246.01.T01:CDS 30.0%
! AAATGGATTTCATCTCAATG+AGG + Chr6:101028818-101028837 MsG0680035246.01.T01:CDS 30.0%
! AATTTTACTTCATTGGTCGA+CGG + Chr6:101029158-101029177 MsG0680035246.01.T01:CDS 30.0%
! ACATACACTATACTTGTTGA+TGG + Chr6:101029683-101029702 MsG0680035246.01.T01:CDS 30.0%
! ATCTCAATGAGGTTAGTTAT+GGG + Chr6:101028829-101028848 MsG0680035246.01.T01:CDS 30.0%
! CATCCTATTTGTTAAAGTTG+AGG + Chr6:101028358-101028377 MsG0680035246.01.T01:CDS 30.0%
! GTTAAATTCAAAGATGGGTT+GGG - Chr6:101028517-101028536 None:intergenic 30.0%
AAAACCTAGCTTGAGAATCT+TGG - Chr6:101028703-101028722 None:intergenic 35.0%
AGCTACAGTGTCATGATTAA+TGG + Chr6:101029368-101029387 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
AGGAAGAATCTCTGATGTTT+GGG + Chr6:101029508-101029527 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
AGGGCTATCGTTTAAATGTT+TGG + Chr6:101029765-101029784 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
AGGTGCTTAGAAAGATTGAA+GGG + Chr6:101028901-101028920 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
AGTTATGGGATCTTGATCAA+CGG + Chr6:101028843-101028862 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
ATAGATGAGATGCACAATAG+AGG + Chr6:101029536-101029555 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
CTGTCAAAAATGGAAGACAA+TGG + Chr6:101029851-101029870 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
CTTCGTGAAATGATTGTTAG+AGG + Chr6:101029956-101029975 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
GGTTAATGCACTTTGTAAAG+AGG + Chr6:101029802-101029821 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
TAGAAAGATTGAAGGGTTGT+TGG + Chr6:101028908-101028927 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
TCAACATTGTCAATGAACGA+AGG - Chr6:101028447-101028466 None:intergenic 35.0%
TGTTTGGATGTATACTGTGA+TGG + Chr6:101029781-101029800 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
TTCAACATTATGGCTCAAAG+GGG + Chr6:101029326-101029345 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
TTTCGTAAGTTACCGCATTT+GGG - Chr6:101029883-101029902 None:intergenic 35.0%
! AATACATGGCTTTTGCATTG+TGG + Chr6:101029067-101029086 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
! ATACATGGCTTTTGCATTGT+GGG + Chr6:101029068-101029087 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
! ATTGTCCTTGCTGTCAAAAA+TGG + Chr6:101029841-101029860 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
! CATCTCAATGAGGTTAGTTA+TGG + Chr6:101028828-101028847 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
!! ATCAACGGGTTATGTAAATC+CGG + Chr6:101028858-101028877 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
!! ATTGATGGACTTTGCAAATC+AGG + Chr6:101029488-101029507 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
!! GTTGATGGACTATGCAAAAA+TGG + Chr6:101029698-101029717 MsG0680035246.01.T01:CDS 35.0%
AAGACTTAAGGATGCACAAG+AGG + Chr6:101029721-101029740 MsG0680035246.01.T01:CDS 40.0%
AATCTTTCTAAGCACCTGCA+CGG - Chr6:101028898-101028917 None:intergenic 40.0%
ACATATTTGGCTGAATCCCT+TGG - Chr6:101029661-101029680 None:intergenic 40.0%
ATTGGTCGACGGTTTATGTA+AGG + Chr6:101029169-101029188 MsG0680035246.01.T01:CDS 40.0%
CAGGAAGAATCTCTGATGTT+TGG + Chr6:101029507-101029526 MsG0680035246.01.T01:CDS 40.0%
CAGGTGCTTAGAAAGATTGA+AGG + Chr6:101028900-101028919 MsG0680035246.01.T01:CDS 40.0%
CTGTAAGTGATCACATTAGC+TGG - Chr6:101029566-101029585 None:intergenic 40.0%
GTGTTGTACATGACGACATT+AGG - Chr6:101028939-101028958 None:intergenic 40.0%
GTTATGGGATCTTGATCAAC+GGG + Chr6:101028844-101028863 MsG0680035246.01.T01:CDS 40.0%
GTTGGGTAGGATTCTTCATA+TGG - Chr6:101028500-101028519 None:intergenic 40.0%
GTTTCGTAAGTTACCGCATT+TGG - Chr6:101029884-101029903 None:intergenic 40.0%
TGCTTTGTGCAAAAACCATC+AGG + Chr6:101029598-101029617 MsG0680035246.01.T01:CDS 40.0%
TTCGTAAGTTACCGCATTTG+GGG - Chr6:101029882-101029901 None:intergenic 40.0%
TTGTCAATGAACGAAGGAAG+AGG - Chr6:101028441-101028460 None:intergenic 40.0%
!! AATTCAAAGATGGGTTGGGT+AGG - Chr6:101028513-101028532 None:intergenic 40.0%
!! CAAAAACCATCAGGTTGACA+AGG + Chr6:101029607-101029626 MsG0680035246.01.T01:CDS 40.0%
!! GTCTTCCATTTTTGACAGCA+AGG - Chr6:101029849-101029868 None:intergenic 40.0%
ATGGCCAAGATTCTCAAGCT+AGG + Chr6:101028696-101028715 MsG0680035246.01.T01:CDS 45.0%
GTCGACGGTTTATGTAAGGA+AGG + Chr6:101029173-101029192 MsG0680035246.01.T01:CDS 45.0%
TGAACGTGTAGACGACGAAT+TGG - Chr6:101028417-101028436 None:intergenic 45.0%
CAATCGCCTTGTCAACCTGA+TGG - Chr6:101029616-101029635 None:intergenic 50.0%
AGAAACAAAAGCCGCCGTGC+AGG + Chr6:101028881-101028900 MsG0680035246.01.T01:CDS 55.0%
CAATGGCTGCACCCCAAATG+CGG + Chr6:101029868-101029887 MsG0680035246.01.T01:CDS 55.0%
CTTTCTAAGCACCTGCACGG+CGG - Chr6:101028895-101028914 None:intergenic 55.0%
!! CACGGCGGCTTTTGTTTCTC+CGG - Chr6:101028880-101028899 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 101028354 101029988 101028354 ID=MsG0680035246.01;Name=MsG0680035246.01
Chr6 mRNA 101028354 101029988 101028354 ID=MsG0680035246.01.T01;Parent=MsG0680035246.01;Name=MsG0680035246.01.T01;_AED=0.43;_eAED=0.43;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|544
Chr6 exon 101028354 101029988 101028354 ID=MsG0680035246.01.T01:exon:10521;Parent=MsG0680035246.01.T01
Chr6 CDS 101028354 101029988 101028354 ID=MsG0680035246.01.T01:cds;Parent=MsG0680035246.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680035246.01.T01

ATGTCATCCTATTTGTTAAAGTTGAGGTACGCATCTCTATCTCTCAACAATTTCTTTCTTCCAATTCGTCGTCTACACGTTCAGCCTCTTCCTTCGTTCATTGACAATGTTGATGATGCCGTTTCAACATTCAATCACATTCTCCATATGAAGAATCCTACCCAACCCATCTTTGAATTTAACAAGATCTTATCTTCCCTTACTAAGTTGAATCATTTCAACACTGCTATTTCTTTTTCGAAACAAATGGAACTCAAATGTATTCAACATGACATGTTTACTTTCAACATTTTGATTAATTGTTTCAGCCATCTTAATCAACTTAATTTTGCATTTTCTGTAATGGCCAAGATTCTCAAGCTAGGTTTTCAACCTGATACTATAACATTCAATACAATTATCAAAGGTCTTTGTCTTAATGGTCATGTTAGGAAAGCTCTGCACTTTCATGATAATGTTATAGCAAATGGATTTCATCTCAATGAGGTTAGTTATGGGATCTTGATCAACGGGTTATGTAAATCCGGAGAAACAAAAGCCGCCGTGCAGGTGCTTAGAAAGATTGAAGGGTTGTTGGTTAAACCTAATGTCGTCATGTACAACACAATCATTGATAGTCTCTGCAAAGACAAGCTTGTAAGCGATGCTTATGATTTATATTCTGAAATGGTTGTCAAGAAAATTACTCCTAATGTTGTAACTTATAATAGTTTAATACATGGCTTTTGCATTGTGGGACTGTTTAAAGAAGCAGTTGATTTGTTAAATAAAATGTCGTTGAAAAACATCAGTCCGAATGTTCTTAATTTTACTTCATTGGTCGACGGTTTATGTAAGGAAGGAGAGATGAAAAAAGCTACAAGTGTGTTATCTGTTATGATAAAACAAGGTGTGGAACCTAATGTTGTTAATTATACTTCTTTGATGGATGGGTATTTCTTGTTAAAAGAAGTCAACAAAGCAACATATGTATTCAACATTATGGCTCAAAGGGGAGTGTCTCCTAATGTTAATAGCTACAGTGTCATGATTAATGGATTATGTAAGAATAAAATGGTGGATGAAGCTGTGAAACTTTTCGAAGAAATGCATTTAAAAAACATGACTCCTAATACTGTAACATACAGTTCACTTATTGATGGACTTTGCAAATCAGGAAGAATCTCTGATGTTTGGGATCTTATAGATGAGATGCACAATAGAGGTCAACCAGCTAATGTGATCACTTACAGTTCTTTATTGAATGCTTTGTGCAAAAACCATCAGGTTGACAAGGCGATTGCATTATTAAATAAGATCAAAGACCAAGGGATTCAGCCAAATATGTTTACATACACTATACTTGTTGATGGACTATGCAAAAATGGAAGACTTAAGGATGCACAAGAGGTTTATCAAGATCTTTTGATTAAGGGCTATCGTTTAAATGTTTGGATGTATACTGTGATGGTTAATGCACTTTGTAAAGAGGGCTTGTTTGATGAAGCATTGTCCTTGCTGTCAAAAATGGAAGACAATGGCTGCACCCCAAATGCGGTAACTTACGAAACTCTTATTTGTGCATTGTTCGAAAATGACAAGAATGATAAGGCACTGACACTTCTTCGTGAAATGATTGTTAGAGGTCTACTGTAA
Protein sequence

>MsG0680035246.01.T01

MSSYLLKLRYASLSLNNFFLPIRRLHVQPLPSFIDNVDDAVSTFNHILHMKNPTQPIFEFNKILSSLTKLNHFNTAISFSKQMELKCIQHDMFTFNILINCFSHLNQLNFAFSVMAKILKLGFQPDTITFNTIIKGLCLNGHVRKALHFHDNVIANGFHLNEVSYGILINGLCKSGETKAAVQVLRKIEGLLVKPNVVMYNTIIDSLCKDKLVSDAYDLYSEMVVKKITPNVVTYNSLIHGFCIVGLFKEAVDLLNKMSLKNISPNVLNFTSLVDGLCKEGEMKKATSVLSVMIKQGVEPNVVNYTSLMDGYFLLKEVNKATYVFNIMAQRGVSPNVNSYSVMINGLCKNKMVDEAVKLFEEMHLKNMTPNTVTYSSLIDGLCKSGRISDVWDLIDEMHNRGQPANVITYSSLLNALCKNHQVDKAIALLNKIKDQGIQPNMFTYTILVDGLCKNGRLKDAQEVYQDLLIKGYRLNVWMYTVMVNALCKEGLFDEALSLLSKMEDNGCTPNAVTYETLICALFENDKNDKALTLLREMIVRGLL*