AlfalfaGEDB | MsG0780038828.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038828.01

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
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AATGATAACAAAGGTTCTGT+TGG	0.484412	7:+53696031	None:intergenic
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TCTTTGAACTTAAATCTATG+TGG	0.507830	7:+53695698	None:intergenic
CCACCAATATTTGTATATTG+TGG	0.509018	7:+53696415	None:intergenic
TGCACAACTTGTCTCATACT+TGG	0.511116	7:+53694870	None:intergenic
GCAACCTCAAGTTTGGAACT+TGG	0.511748	7:+53695593	None:intergenic
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CTCCAATTCAACCTCACTGT+TGG	0.548479	7:+53695383	None:intergenic
CCACAATATACAAATATTGG+TGG	0.549061	7:-53696415	MsG0780038828.01.T01:CDS
ATTGCTGAATCTGTTCTCTC+GGG	0.549547	7:-53694726	MsG0780038828.01.T01:CDS
AAATTATGTGTCTGAAGAGG+TGG	0.549595	7:-53694946	MsG0780038828.01.T01:CDS
CAGGTATGGATTGAATATGA+TGG	0.551707	7:-53696112	MsG0780038828.01.T01:CDS
TATTCAATCCATACCTGCAT+AGG	0.553221	7:+53696118	None:intergenic
AAGAGGCTACTAGGAGTTGG+TGG	0.554632	7:-53695644	MsG0780038828.01.T01:CDS
CTTTGAACTTAAATCTATGT+GGG	0.556398	7:+53695699	None:intergenic
CAAATTGAAGAAGTTTGATG+AGG	0.556938	7:-53695750	MsG0780038828.01.T01:CDS
GCATAGGATATCCACTGGAA+AGG	0.558655	7:+53696134	None:intergenic
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CAAAAGGTTTCAGTGAAAAG+AGG	0.564311	7:-53695661	MsG0780038828.01.T01:CDS
TGAATCAAGACAAGGGATGA+GGG	0.565581	7:-53695552	MsG0780038828.01.T01:CDS
GAAAAGAGGCTACTAGGAGT+TGG	0.569632	7:-53695647	MsG0780038828.01.T01:CDS
CTCATACTTGGTCTAGCCAA+AGG	0.570608	7:+53694882	None:intergenic
TAATCTTCATAATATCCTGC+AGG	0.571763	7:+53696178	None:intergenic
TTCCAGTGGATATCCTATGC+AGG	0.575507	7:-53696131	MsG0780038828.01.T01:CDS
GAAAAGAGGTGCCATTCTTG+AGG	0.576230	7:-53694991	MsG0780038828.01.T01:CDS
TACCTGCATAGGATATCCAC+TGG	0.577631	7:+53696129	None:intergenic
ACCAAACTTAGCAAAATCAA+AGG	0.580624	7:+53695806	None:intergenic
GATACCAAGTTCCAAACTTG+AGG	0.583959	7:-53695597	MsG0780038828.01.T01:CDS
GGTATTCATGATAACTTTAG+GGG	0.586272	7:-53695786	MsG0780038828.01.T01:CDS
CACAGATTTAGGATCATCAA+AGG	0.587916	7:-53695359	MsG0780038828.01.T01:CDS
GCTGAATCTGTTCTCTCGGG+TGG	0.595140	7:-53694723	MsG0780038828.01.T01:CDS
GCAATAGACACAGAAGTATG+TGG	0.598849	7:+53694744	None:intergenic
AACAAATTATGTGTCTGAAG+AGG	0.601815	7:-53694949	MsG0780038828.01.T01:CDS
AATAGACCAAGGTATTGACT+TGG	0.602030	7:+53696340	None:intergenic
AGGAATTTATCCCTTTCCAG+TGG	0.602186	7:-53696145	MsG0780038828.01.T01:CDS
CATTGATATCAATACCAACA+TGG	0.602199	7:+53696224	None:intergenic
GATATCAATGATAACCATGT+TGG	0.618451	7:-53696238	MsG0780038828.01.T01:CDS
AGGGATGAGGGAATTTGTGT+CGG	0.622460	7:-53695540	MsG0780038828.01.T01:CDS
CTATTCAATGAATCAAACAA+TGG	0.626223	7:-53696322	MsG0780038828.01.T01:CDS
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TTGATTCATTGAATAGACCA+AGG	0.632635	7:+53696329	None:intergenic
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CRISPR-GE

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!!!	TTTTTGAAAACTATTGGATT+TGG	+	Chr7:53694905-53694924	None:intergenic	20.0%
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!!	TTTTCTGATGTGTTTTCTTT+TGG	-	Chr7:53696285-53696304	MsG0780038828.01.T01:CDS	25.0%
!!!	GAAGTGTTTTTGAAAACTAT+TGG	+	Chr7:53694911-53694930	None:intergenic	25.0%
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!!!	TTGTTATTTCTCCTACAAAA+GGG	-	Chr7:53695017-53695036	MsG0780038828.01.T01:CDS	25.0%
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!!!	TTTTTTTTCTCAGCAAACAC+TGG	+	Chr7:53695544-53695563	None:intergenic	30.0%
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!!!	GGTTGGAGTTTTAAGGTTAA+TGG	-	Chr7:53695478-53695497	MsG0780038828.01.T01:CDS	35.0%
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	ACAACATGAACACAAGTCTG+AGG	+	Chr7:53694724-53694743	None:intergenic	40.0%
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	ACTTGAGGTTGCTGTGAAAA+GGG	-	Chr7:53695813-53695832	MsG0780038828.01.T01:CDS	40.0%
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	CAAGCTCAACACCAAAAACA+TGG	+	Chr7:53695111-53695130	None:intergenic	40.0%
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	GAAAGAAGACACACTTTGAC+TGG	+	Chr7:53694933-53694952	None:intergenic	40.0%
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	GTGTCTCATGAATCAAGACA+AGG	-	Chr7:53695835-53695854	MsG0780038828.01.T01:CDS	40.0%
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	TATACAACCAACCAACAGTG+AGG	-	Chr7:53696001-53696020	MsG0780038828.01.T01:CDS	40.0%
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	TCAGCAAACACTGGTAGTTT+AGG	+	Chr7:53695535-53695554	None:intergenic	40.0%
	TCCAACTTCATGGTTATTGC+AGG	-	Chr7:53695917-53695936	MsG0780038828.01.T01:CDS	40.0%
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	TGCACAACTTGTCTCATACT+TGG	+	Chr7:53696528-53696547	None:intergenic	40.0%
	TGGATAGAAAGCTTGTCCTT+TGG	+	Chr7:53694885-53694904	None:intergenic	40.0%
	TTACTAGCACCAGCACTTAT+TGG	+	Chr7:53695340-53695359	None:intergenic	40.0%
	TTCAGTGAAAAGAGGCTACT+AGG	-	Chr7:53695742-53695761	MsG0780038828.01.T01:CDS	40.0%
	TTTCACAGCAACCTCAAGTT+TGG	+	Chr7:53695812-53695831	None:intergenic	40.0%
!	ACTTTAGCTCCAATAAGTGC+TGG	-	Chr7:53695328-53695347	MsG0780038828.01.T01:CDS	40.0%
!	GCAATAGACACAGAAGTATG+TGG	+	Chr7:53696654-53696673	None:intergenic	40.0%
!	GGATTTGGTAGAGTCTACAA+AGG	-	Chr7:53695772-53695791	MsG0780038828.01.T01:CDS	40.0%
!!	ATCATCAAAGGTGTTGCTTC+AGG	-	Chr7:53696048-53696067	MsG0780038828.01.T01:CDS	40.0%
!!	GCGAAAAAGCGAGTTACTTT+TGG	-	Chr7:53695939-53695958	MsG0780038828.01.T01:CDS	40.0%
!!	GTGGAATTGGTGTTGAAACT+TGG	-	Chr7:53696468-53696487	MsG0780038828.01.T01:CDS	40.0%
!!	TGGGAGATTTTGGTCTTTCA+AGG	-	Chr7:53696166-53696185	MsG0780038828.01.T01:CDS	40.0%
	ACCCATTTGGCTGGAACTAT+TGG	-	Chr7:53696219-53696238	MsG0780038828.01.T01:CDS	45.0%
	AGATCCTCACACAACCCATT+TGG	-	Chr7:53696206-53696225	MsG0780038828.01.T01:CDS	45.0%
	AGGGATGAGGGAATTTGTGT+CGG	-	Chr7:53695855-53695874	MsG0780038828.01.T01:CDS	45.0%
	ATTGCTGAGCTAACCTCAAC+TGG	-	Chr7:53694827-53694846	MsG0780038828.01.T01:CDS	45.0%
	CTCATACTTGGTCTAGCCAA+AGG	+	Chr7:53696516-53696535	None:intergenic	45.0%
	CTCCAATTCAACCTCACTGT+TGG	+	Chr7:53696015-53696034	None:intergenic	45.0%
	GAAAAGAGGCTACTAGGAGT+TGG	-	Chr7:53695748-53695767	MsG0780038828.01.T01:CDS	45.0%
	GCATAGGATATCCACTGGAA+AGG	+	Chr7:53695264-53695283	None:intergenic	45.0%
	GCCTGCAATAACCATGAAGT+TGG	+	Chr7:53695921-53695940	None:intergenic	45.0%
	GTGGATATCCTATGCAGGTA+TGG	-	Chr7:53695269-53695288	MsG0780038828.01.T01:CDS	45.0%
	GTGTTCACATTCAGAGCCTT+TGG	-	Chr7:53696497-53696516	MsG0780038828.01.T01:CDS	45.0%
	GTTTGTAGTAGGAGGCCTAT+AGG	-	Chr7:53696327-53696346	MsG0780038828.01.T01:CDS	45.0%
	TACCTGCATAGGATATCCAC+TGG	+	Chr7:53695269-53695288	None:intergenic	45.0%
	TCAGCTAATTCAACTCCTGC+AGG	-	Chr7:53695202-53695221	MsG0780038828.01.T01:CDS	45.0%
	TGTGTCTGAAGAGGTGGAAT+TGG	-	Chr7:53696455-53696474	MsG0780038828.01.T01:CDS	45.0%
	TTCCAGTGGATATCCTATGC+AGG	-	Chr7:53695264-53695283	MsG0780038828.01.T01:CDS	45.0%
!	GAATCTGGTAGCCCTTTTGT+AGG	+	Chr7:53695031-53695050	None:intergenic	45.0%
!	GCAACCTCAAGTTTGGAACT+TGG	+	Chr7:53695805-53695824	None:intergenic	45.0%
!!	CTACTAGGAGTTGGTGGATT+TGG	-	Chr7:53695757-53695776	MsG0780038828.01.T01:CDS	45.0%
!!	GAAAAGAGGTGCCATTCTTG+AGG	-	Chr7:53696404-53696423	MsG0780038828.01.T01:CDS	45.0%
	AAGAGGCTACTAGGAGTTGG+TGG	-	Chr7:53695751-53695770	MsG0780038828.01.T01:CDS	50.0%
	AGGAGGCCTATAGGTCATGT+AGG	-	Chr7:53696336-53696355	MsG0780038828.01.T01:CDS	50.0%
!!	CAAAGGTGTTGCTTCAGGTG+TGG	-	Chr7:53696053-53696072	MsG0780038828.01.T01:CDS	50.0%
!!	GAGTTTTGGCATGCCAGTTG+AGG	+	Chr7:53694843-53694862	None:intergenic	50.0%
	CCTCACACAACCCATTTGGC+TGG	-	Chr7:53696210-53696229	MsG0780038828.01.T01:CDS	55.0%
	GCTGAATCTGTTCTCTCGGG+TGG	-	Chr7:53696672-53696691	MsG0780038828.01.T01:CDS	55.0%
!	GTATTGGTCGTCTTCGGCAC+AGG	-	Chr7:53695887-53695906	MsG0780038828.01.T01:CDS	55.0%
!!	CCAGCCAAATGGGTTGTGTG+AGG	+	Chr7:53696213-53696232	None:intergenic	55.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
Chr7	gene	53694716	53696701	53694716	ID=MsG0780038828.01;Name=MsG0780038828.01
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Chr7	exon	53694716	53696701	53694716	ID=MsG0780038828.01.T01:exon:10116;Parent=MsG0780038828.01.T01
Chr7	CDS	53694716	53696701	53694716	ID=MsG0780038828.01.T01:cds;Parent=MsG0780038828.01.T01

Gene Sequence

>MsG0780038828.01.T01

ATGTTCCTCAGACTTGTGTTCATGTTGTTTTTTCATGTTACATGGGTAGCAAGTGAAGACAACAATTTCATCTATAATGGTTTCCAATCATCTCATTTGTATCTTAATGGTATTGCTGAGCTAACCTCAACTGGCATGCCAAAACTCACCAATGATACAGAAAGAGCCAAAGGACAAGCTTTCTATCCAAATCCAATAGTTTTCAAAAACACTTCCAGTCAAAGTGTGTCTTCTTTCTCAACTACTTTTGTATTTGCCATAATACCACAATATACAAATATTGGTGGCCATGGAATTGTTTTTGTTATTTCTCCTACAAAAGGGCTACCAGATTCACTACCAAGTCAATACCTTGGTCTATTCAATGAATCAAACAATGGAAACAGTAGCAACCATGTTTTTGGTGTTGAGCTTGACACTCGTCAAAATTTTGAGTTTGATGATATCAATGATAACCATGTTGGTATTGATATCAATGATTTGAAATCAGCTAATTCAACTCCTGCAGGATATTATGAAGATTATGGTCAATTCAGGAATTTATCCCTTTCCAGTGGATATCCTATGCAGGTATGGATTGAATATGATGGAGTGAAGAAAAAGATTGATGTTACTTTAGCTCCAATAAGTGCTGGTGCTAGTAACAAACCAACAGAACCTTTGTTATCATTGACCAAAGATCTTTCTCCAATTCTCAACAATAGAATGTATGTTGGATTCTCATCTTCAACAGGGTTAATGGTAGCTTCTCAGTATATTCTTGGTTGGAGTTTTAAGGTTAATGGTCAAGCTCAAAACCTTGAAATCTCTGAACTTCCTAAACTACCAGTGTTTGCTGAGAAAAAAAAGTCGAAATTTTTAACTGTTGAGTTGCCTTTGATTTTGCTAAGTTTGGTATTCATGATAACTTTAGGGGTTATGTATTATGTCAAATTGAAGAAGTTTGATGAGGTTCTTGAAGATTGGGAACATGAATATGGCCCACATAGATTTAAGTTCAAAGATCTATACTCTGCCACAAAAGGTTTCAGTGAAAAGAGGCTACTAGGAGTTGGTGGATTTGGTAGAGTCTACAAAGGTGTGATACCAAGTTCCAAACTTGAGGTTGCTGTGAAAAGGGTGTCTCATGAATCAAGACAAGGGATGAGGGAATTTGTGTCGGAAATTGTTAGTATTGGTCGTCTTCGGCACAGGAATCTTGTCCAACTTCATGGTTATTGCAGGCGAAAAAGCGAGTTACTTTTGGTTTATGATTACATGCTGAATGGAAGTTTAGACAACTATCTATACAACCAACCAACAGTGAGGTTGAATTGGAGTCACAGATTTAGGATCATCAAAGGTGTTGCTTCAGGTGTGGTTTATCTTCATGAAGAATGGGAGAAAGTTGTTATCCATAGAGACATTAAAGCTAGTAATGTGTTGTTAGATTCTGAATTGAATGCTAGATTGGGAGATTTTGGTCTTTCAAGGTTGCATGATCATGGTGCAGATCCTCACACAACCCATTTGGCTGGAACTATTGGTTATCTTGCTCCTGAACATTTTAGAAATGGTAAGGCTACTACATTTTCTGATGTGTTTTCTTTTGGTGCATTTCTTCTAGAGGTTGTTTGTAGTAGGAGGCCTATAGGTCATGTAGGAGAAAATGAGAGTCTAATTCTAGTTGATTATGTGTTTGAATGTTGGAAAAGAGGTGCCATTCTTGAGGCAAAAGATGTATATTTAGGAACAAATTATGTGTCTGAAGAGGTGGAATTGGTGTTGAAACTTGGATTGTTGTGTTCACATTCAGAGCCTTTGGCTAGACCAAGTATGAGACAAGTTGTGCAGTATTTGGAGAGGAATACACCTTTACCAGATTTTTCTTCGCTTCGTTTATCTTCTTCTGGTTTAACTTTTGGGTACCAATTATTTGTTAATGACGAGACAATGCCACATACTTCTGTGTCTATTGCTGAATCTGTTCTCTCGGGTGGTCGTTGA

Protein sequence

>MsG0780038828.01.T01

MFLRLVFMLFFHVTWVASEDNNFIYNGFQSSHLYLNGIAELTSTGMPKLTNDTERAKGQAFYPNPIVFKNTSSQSVSSFSTTFVFAIIPQYTNIGGHGIVFVISPTKGLPDSLPSQYLGLFNESNNGNSSNHVFGVELDTRQNFEFDDINDNHVGIDINDLKSANSTPAGYYEDYGQFRNLSLSSGYPMQVWIEYDGVKKKIDVTLAPISAGASNKPTEPLLSLTKDLSPILNNRMYVGFSSSTGLMVASQYILGWSFKVNGQAQNLEISELPKLPVFAEKKKSKFLTVELPLILLSLVFMITLGVMYYVKLKKFDEVLEDWEHEYGPHRFKFKDLYSATKGFSEKRLLGVGGFGRVYKGVIPSSKLEVAVKRVSHESRQGMREFVSEIVSIGRLRHRNLVQLHGYCRRKSELLLVYDYMLNGSLDNYLYNQPTVRLNWSHRFRIIKGVASGVVYLHEEWEKVVIHRDIKASNVLLDSELNARLGDFGLSRLHDHGADPHTTHLAGTIGYLAPEHFRNGKATTFSDVFSFGAFLLEVVCSRRPIGHVGENESLILVDYVFECWKRGAILEAKDVYLGTNYVSEEVELVLKLGLLCSHSEPLARPSMRQVVQYLERNTPLPDFSSLRLSSSGLTFGYQLFVNDETMPHTSVSIAESVLSGGR*