AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180001315.01


Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0180001315.01.T01 MTR_1g035420 100.000 107 0 0 1 107 250 356 2.64e-70 221
MsG0180001315.01.T01 MTR_1g035400 85.321 109 14 2 1 107 167 275 1.28e-56 184
MsG0180001315.01.T01 MTR_8g070070 81.481 108 17 2 3 107 360 467 1.40e-54 181
MsG0180001315.01.T01 MTR_8g071030 78.182 110 21 2 1 107 338 447 1.21e-52 176
MsG0180001315.01.T01 MTR_8g070075 73.394 109 26 2 2 107 352 460 7.93e-48 162
MsG0180001315.01.T01 MTR_6g044690 67.593 108 27 3 1 107 170 270 1.46e-38 135
MsG0180001315.01.T01 MTR_7g088370 54.717 106 45 2 2 107 297 399 1.27e-31 117
MsG0180001315.01.T01 MTR_0376s0030 56.075 107 39 3 1 107 170 268 1.36e-30 113
MsG0180001315.01.T01 MTR_6g061270 45.631 103 52 2 7 107 265 365 1.45e-25 99.8
MsG0180001315.01.T01 MTR_8g042750 48.113 106 52 2 3 107 263 366 1.61e-24 96.7
MsG0180001315.01.T01 MTR_7g084090 44.660 103 53 2 7 107 328 428 1.01e-23 94.4
MsG0180001315.01.T01 MTR_7g084090 44.660 103 53 2 7 107 328 428 1.75e-23 93.6
MsG0180001315.01.T01 MTR_6g061200 43.689 103 54 2 7 107 265 365 2.53e-23 93.2
MsG0180001315.01.T01 MTR_3g011440 46.602 103 52 2 6 107 239 339 4.16e-23 92.8
MsG0180001315.01.T01 MTR_6g043960 60.920 87 26 3 1 86 109 188 2.04e-21 87.8
MsG0180001315.01.T01 MTR_4g010550 47.525 101 49 3 8 107 85 182 6.21e-21 86.3
MsG0180001315.01.T01 MTR_5g013420 44.545 110 53 3 1 107 672 776 1.04e-20 85.9
MsG0180001315.01.T01 MTR_5g013420 44.545 110 53 3 1 107 672 776 1.05e-20 85.9
MsG0180001315.01.T01 MTR_2g054460 61.972 71 20 2 1 71 119 182 4.56e-19 80.9
MsG0180001315.01.T01 MTR_4g010830 46.465 99 45 3 8 103 571 664 1.70e-18 79.7
MsG0180001315.01.T01 MTR_5g098680 41.346 104 55 1 9 106 301 404 1.41e-17 77.0
MsG0180001315.01.T01 MTR_8g102580 38.462 104 58 1 9 106 295 398 3.16e-16 73.2
MsG0180001315.01.T01 MTR_3g114910 36.842 95 56 1 9 103 221 311 1.43e-13 65.5
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0180001315.01.T01 AT4G13460 75.701 107 24 1 1 107 242 346 1.06e-50 169
MsG0180001315.01.T01 AT4G13460 75.701 107 24 1 1 107 242 346 1.06e-50 169
MsG0180001315.01.T01 AT2G33290 70.755 106 29 1 2 107 245 348 2.38e-46 157
MsG0180001315.01.T01 AT2G33290 70.755 106 29 1 2 107 245 348 2.38e-46 157
MsG0180001315.01.T01 AT2G33290 70.755 106 29 1 2 107 245 348 2.38e-46 157
MsG0180001315.01.T01 AT2G33290 70.755 106 29 1 2 107 245 348 2.38e-46 157
MsG0180001315.01.T01 AT5G04940 49.020 102 49 1 6 107 253 351 3.00e-26 101
MsG0180001315.01.T01 AT5G04940 49.020 102 49 1 6 107 253 351 3.00e-26 101
MsG0180001315.01.T01 AT1G73100 48.571 105 52 1 3 107 247 349 2.78e-25 99.0
MsG0180001315.01.T01 AT5G13960 44.660 103 53 2 7 107 196 296 9.54e-24 94.7
MsG0180001315.01.T01 AT5G13960 44.660 103 53 2 7 107 62 162 1.78e-23 93.6
MsG0180001315.01.T01 AT2G35160 45.794 107 54 2 5 107 367 473 2.30e-20 85.1
MsG0180001315.01.T01 AT2G35160 45.794 107 54 2 5 107 403 509 2.35e-20 84.7
MsG0180001315.01.T01 AT2G35160 45.794 107 54 2 5 107 403 509 2.35e-20 84.7
MsG0180001315.01.T01 AT2G35160 45.794 107 54 2 5 107 403 509 2.35e-20 84.7
MsG0180001315.01.T01 AT2G35160 45.794 107 54 2 5 107 403 509 2.35e-20 84.7
MsG0180001315.01.T01 AT2G24740 45.918 98 42 2 7 104 353 439 5.79e-20 84.0
MsG0180001315.01.T01 AT1G17770 41.584 101 52 3 9 107 272 367 3.25e-18 79.0
MsG0180001315.01.T01 AT1G57820 40.594 101 54 1 9 103 311 411 4.36e-18 78.6
MsG0180001315.01.T01 AT1G57820 40.594 101 54 1 9 103 311 411 4.36e-18 78.6
MsG0180001315.01.T01 AT2G22740 40.187 107 57 1 8 107 370 476 1.85e-17 76.6
MsG0180001315.01.T01 AT2G22740 40.187 107 57 1 8 107 370 476 1.85e-17 76.6
MsG0180001315.01.T01 AT1G57820 39.796 98 56 1 9 103 311 408 1.18e-16 74.3
MsG0180001315.01.T01 AT2G05900 39.806 103 60 1 5 107 26 126 4.32e-16 72.0
MsG0180001315.01.T01 AT5G39550 36.634 101 58 1 9 103 296 396 1.91e-15 70.9
MsG0180001315.01.T01 AT1G66040 37.255 102 58 1 9 104 296 397 3.42e-15 70.1
MsG0180001315.01.T01 AT1G66050 37.255 102 58 1 9 104 296 397 3.42e-15 70.1
MsG0180001315.01.T01 AT1G57800 37.255 102 57 2 9 103 323 424 2.04e-14 67.8
MsG0180001315.01.T01 AT1G57800 37.374 99 55 2 9 100 323 421 5.23e-14 66.6
MsG0180001315.01.T01 AT5G47160 42.718 103 53 3 8 107 302 401 5.84e-14 66.6
MsG0180001315.01.T01 AT5G47160 42.718 103 53 3 8 107 302 401 5.84e-14 66.6
MsG0180001315.01.T01 AT5G47160 42.718 103 53 3 8 107 302 401 5.84e-14 66.6
MsG0180001315.01.T01 AT5G47150 41.176 102 55 3 8 107 216 314 2.41e-12 62.0
MsG0180001315.01.T01 AT4G08590 36.364 88 53 1 9 96 271 355 6.08e-12 60.8

Find 35 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 36 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GCTACTAGTGTGATTGTTTC+TGG 0.079078 1:+19331197 MsG0180001315.01.T01:CDS
GATGTTGGTAAAAGTGGTTT+TGG 0.352738 1:+19331464 MsG0180001315.01.T01:CDS
GAAGGTACTTCTTCGACTTC+GGG 0.363101 1:+19331392 MsG0180001315.01.T01:CDS
ATGGAGAGGAGTATGCATTA+TGG 0.365705 1:+19331335 MsG0180001315.01.T01:CDS
TGCATTATGGGATTGAGGTT+AGG 0.376465 1:+19331348 MsG0180001315.01.T01:CDS
GCATTATGGGATTGAGGTTA+GGG 0.381831 1:+19331349 MsG0180001315.01.T01:CDS
TGAAGGTACTTCTTCGACTT+CGG 0.398545 1:+19331391 MsG0180001315.01.T01:CDS
ATGTTTATGATGGTTTGTAT+AGG 0.399652 1:+19331423 MsG0180001315.01.T01:CDS
TGGAGAGGAGTATGCATTAT+GGG 0.415278 1:+19331336 MsG0180001315.01.T01:CDS
TGTATAGGATTATTGAATGC+TGG 0.416427 1:+19331438 MsG0180001315.01.T01:CDS
GGTAAGGTTTATGTTTATGA+TGG 0.452304 1:+19331413 MsG0180001315.01.T01:CDS
GATTGTTTCTGGTGGGTATG+AGG 0.465601 1:+19331208 MsG0180001315.01.T01:CDS
GTTATTATTTACTCGGGTCA+TGG 0.472036 1:+19331251 MsG0180001315.01.T01:CDS
AGGTGATGTTATTATTTACT+CGG 0.473486 1:+19331244 MsG0180001315.01.T01:CDS
TACTTCTTCGACTTCGGGTA+AGG 0.474074 1:+19331397 MsG0180001315.01.T01:CDS
TGGTTTGATGTTGGTAAAAG+TGG 0.475144 1:+19331458 MsG0180001315.01.T01:CDS
GAGTATGCATTATGGGATTG+AGG 0.491128 1:+19331343 MsG0180001315.01.T01:CDS
GGTGATGTTATTATTTACTC+GGG 0.517521 1:+19331245 MsG0180001315.01.T01:CDS
TTACTCGGGTCATGGTGGAC+AGG 0.519127 1:+19331259 MsG0180001315.01.T01:CDS
ATTCGCGGTGTGAGGTATGA+AGG 0.522477 1:+19331374 MsG0180001315.01.T01:CDS
CTAGTGTGATTGTTTCTGGT+GGG 0.526236 1:+19331201 MsG0180001315.01.T01:CDS
ACTAGTGTGATTGTTTCTGG+TGG 0.533046 1:+19331200 MsG0180001315.01.T01:CDS
ATTGAATGCTGGTTTGATGT+TGG 0.540002 1:+19331449 MsG0180001315.01.T01:CDS
ACAATCACACTAGTAGCAAT+CGG 0.540891 1:-19331191 None:intergenic
TTCATCAGAAGCTGGAAGGT+GGG 0.546457 1:+19331303 MsG0180001315.01.T01:CDS
TTTCATCAGAAGCTGGAAGG+TGG 0.563122 1:+19331302 MsG0180001315.01.T01:CDS
GTGGACAGGATAAGAATTCG+AGG 0.571781 1:+19331273 MsG0180001315.01.T01:CDS
CCGGGGAGTATGAGTTCGAA+TGG 0.571907 1:+19331164 None:intergenic
ATTGAGGTTAGGGTTATTCG+CGG 0.572582 1:+19331359 MsG0180001315.01.T01:CDS
ACAGGATAAGAATTCGAGGC+AGG 0.572812 1:+19331277 MsG0180001315.01.T01:CDS
GGAAGGTGGGAATCTTGCTA+TGG 0.576684 1:+19331316 MsG0180001315.01.T01:CDS
TTAGGGTTATTCGCGGTGTG+AGG 0.610018 1:+19331366 MsG0180001315.01.T01:CDS
GTGGGAATCTTGCTATGGAG+AGG 0.630151 1:+19331321 MsG0180001315.01.T01:CDS
TATGAGGATGATGTTGATGA+AGG 0.637266 1:+19331224 MsG0180001315.01.T01:CDS
ATTATTTACTCGGGTCATGG+TGG 0.676989 1:+19331254 MsG0180001315.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
! AGGTGATGTTATTATTTACT+CGG + Chr1:19331244-19331263 MsG0180001315.01.T01:CDS 25.0%
!! ATGTTTATGATGGTTTGTAT+AGG + Chr1:19331423-19331442 MsG0180001315.01.T01:CDS 25.0%
GGTAAGGTTTATGTTTATGA+TGG + Chr1:19331413-19331432 MsG0180001315.01.T01:CDS 30.0%
GGTGATGTTATTATTTACTC+GGG + Chr1:19331245-19331264 MsG0180001315.01.T01:CDS 30.0%
TGTATAGGATTATTGAATGC+TGG + Chr1:19331438-19331457 MsG0180001315.01.T01:CDS 30.0%
ACAATCACACTAGTAGCAAT+CGG - Chr1:19331194-19331213 None:intergenic 35.0%
GTTATTATTTACTCGGGTCA+TGG + Chr1:19331251-19331270 MsG0180001315.01.T01:CDS 35.0%
! TATGAGGATGATGTTGATGA+AGG + Chr1:19331224-19331243 MsG0180001315.01.T01:CDS 35.0%
! TGGTTTGATGTTGGTAAAAG+TGG + Chr1:19331458-19331477 MsG0180001315.01.T01:CDS 35.0%
!! ATTGAATGCTGGTTTGATGT+TGG + Chr1:19331449-19331468 MsG0180001315.01.T01:CDS 35.0%
!! GATGTTGGTAAAAGTGGTTT+TGG + Chr1:19331464-19331483 MsG0180001315.01.T01:CDS 35.0%
ATTATTTACTCGGGTCATGG+TGG + Chr1:19331254-19331273 MsG0180001315.01.T01:CDS 40.0%
ATTGAGGTTAGGGTTATTCG+CGG + Chr1:19331359-19331378 MsG0180001315.01.T01:CDS 40.0%
GAGTATGCATTATGGGATTG+AGG + Chr1:19331343-19331362 MsG0180001315.01.T01:CDS 40.0%
GCATTATGGGATTGAGGTTA+GGG + Chr1:19331349-19331368 MsG0180001315.01.T01:CDS 40.0%
GCTACTAGTGTGATTGTTTC+TGG + Chr1:19331197-19331216 MsG0180001315.01.T01:CDS 40.0%
TGCATTATGGGATTGAGGTT+AGG + Chr1:19331348-19331367 MsG0180001315.01.T01:CDS 40.0%
! ATGGAGAGGAGTATGCATTA+TGG + Chr1:19331335-19331354 MsG0180001315.01.T01:CDS 40.0%
! GTTTTTCATCAGAAGCTGGA+AGG + Chr1:19331299-19331318 MsG0180001315.01.T01:CDS 40.0%
! TGGAGAGGAGTATGCATTAT+GGG + Chr1:19331336-19331355 MsG0180001315.01.T01:CDS 40.0%
!! ACTAGTGTGATTGTTTCTGG+TGG + Chr1:19331200-19331219 MsG0180001315.01.T01:CDS 40.0%
!! CTAGTGTGATTGTTTCTGGT+GGG + Chr1:19331201-19331220 MsG0180001315.01.T01:CDS 40.0%
!! TGAAGGTACTTCTTCGACTT+CGG + Chr1:19331391-19331410 MsG0180001315.01.T01:CDS 40.0%
ACAGGATAAGAATTCGAGGC+AGG + Chr1:19331277-19331296 MsG0180001315.01.T01:CDS 45.0%
GTGGACAGGATAAGAATTCG+AGG + Chr1:19331273-19331292 MsG0180001315.01.T01:CDS 45.0%
TACTTCTTCGACTTCGGGTA+AGG + Chr1:19331397-19331416 MsG0180001315.01.T01:CDS 45.0%
TTCATCAGAAGCTGGAAGGT+GGG + Chr1:19331303-19331322 MsG0180001315.01.T01:CDS 45.0%
TTTCATCAGAAGCTGGAAGG+TGG + Chr1:19331302-19331321 MsG0180001315.01.T01:CDS 45.0%
! GCAGGTTTTTCATCAGAAGC+TGG + Chr1:19331295-19331314 MsG0180001315.01.T01:CDS 45.0%
!! GAAGGTACTTCTTCGACTTC+GGG + Chr1:19331392-19331411 MsG0180001315.01.T01:CDS 45.0%
!! GATTGTTTCTGGTGGGTATG+AGG + Chr1:19331208-19331227 MsG0180001315.01.T01:CDS 45.0%
ATTCGCGGTGTGAGGTATGA+AGG + Chr1:19331374-19331393 MsG0180001315.01.T01:CDS 50.0%
GGAAGGTGGGAATCTTGCTA+TGG + Chr1:19331316-19331335 MsG0180001315.01.T01:CDS 50.0%
TTAGGGTTATTCGCGGTGTG+AGG + Chr1:19331366-19331385 MsG0180001315.01.T01:CDS 50.0%
! GTGGGAATCTTGCTATGGAG+AGG + Chr1:19331321-19331340 MsG0180001315.01.T01:CDS 50.0%
!! TTACTCGGGTCATGGTGGAC+AGG + Chr1:19331259-19331278 MsG0180001315.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 19331173 19331496 19331173 ID=MsG0180001315.01;Name=MsG0180001315.01
Chr1 mRNA 19331173 19331496 19331173 ID=MsG0180001315.01.T01;Parent=MsG0180001315.01;Name=MsG0180001315.01.T01;_AED=0.47;_eAED=0.47;_QI=0|-1|0|1|-1|0|1|0|107
Chr1 exon 19331173 19331496 19331173 ID=MsG0180001315.01.T01:exon:25891;Parent=MsG0180001315.01.T01
Chr1 CDS 19331173 19331496 19331173 ID=MsG0180001315.01.T01:cds;Parent=MsG0180001315.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180001315.01.T01

ATGAGTTCGAATGGTGAACCGATTGCTACTAGTGTGATTGTTTCTGGTGGGTATGAGGATGATGTTGATGAAGGTGATGTTATTATTTACTCGGGTCATGGTGGACAGGATAAGAATTCGAGGCAGGTTTTTCATCAGAAGCTGGAAGGTGGGAATCTTGCTATGGAGAGGAGTATGCATTATGGGATTGAGGTTAGGGTTATTCGCGGTGTGAGGTATGAAGGTACTTCTTCGACTTCGGGTAAGGTTTATGTTTATGATGGTTTGTATAGGATTATTGAATGCTGGTTTGATGTTGGTAAAAGTGGTTTTGGTGTTTTTTAA

Protein sequence

>MsG0180001315.01.T01

MSSNGEPIATSVIVSGGYEDDVDEGDVIIYSGHGGQDKNSRQVFHQKLEGGNLAMERSMHYGIEVRVIRGVRYEGTSSTSGKVYVYDGLYRIIECWFDVGKSGFGVF*