AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0480020505.01


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MsG0480020505.01.T01 AT1G12280 28.800 375 218 14 22 365 261 617 7.15e-22 100
MsG0480020505.01.T01 AT1G59780 25.776 419 278 12 20 410 261 674 8.77e-22 99.8
MsG0480020505.01.T01 AT1G59780 25.776 419 278 12 20 410 256 669 9.25e-22 99.8
MsG0480020505.01.T01 AT5G43730 24.750 501 290 16 7 439 232 713 3.29e-21 97.8
MsG0480020505.01.T01 AT5G43730 24.750 501 290 16 7 439 232 713 3.29e-21 97.8
MsG0480020505.01.T01 AT5G43730 24.750 501 290 16 7 439 232 713 3.29e-21 97.8
MsG0480020505.01.T01 AT5G43730 24.750 501 290 16 7 439 232 713 3.29e-21 97.8
MsG0480020505.01.T01 AT5G43730 24.750 501 290 16 7 439 232 713 3.29e-21 97.8
MsG0480020505.01.T01 AT1G12290 28.740 254 166 6 17 264 255 499 6.42e-21 97.1
MsG0480020505.01.T01 AT1G12290 28.740 254 166 6 17 264 213 457 6.68e-21 97.1
MsG0480020505.01.T01 AT1G12290 28.740 254 166 6 17 264 213 457 6.68e-21 97.1
MsG0480020505.01.T01 AT1G12290 28.740 254 166 6 17 264 213 457 6.68e-21 97.1
MsG0480020505.01.T01 AT1G61300 26.099 364 237 9 20 374 144 484 1.21e-20 95.9
MsG0480020505.01.T01 AT5G48620 26.424 439 249 17 19 410 266 677 1.47e-20 95.9
MsG0480020505.01.T01 AT5G48620 26.424 439 249 17 19 410 266 677 1.47e-20 95.9
MsG0480020505.01.T01 AT5G48620 26.424 439 249 17 19 410 266 677 1.47e-20 95.9
MsG0480020505.01.T01 AT5G48620 26.424 439 249 17 19 410 266 677 1.47e-20 95.9
MsG0480020505.01.T01 AT5G48620 26.424 439 249 17 19 410 266 677 1.47e-20 95.9
MsG0480020505.01.T01 AT5G48620 26.424 439 249 17 19 410 266 677 1.47e-20 95.9
MsG0480020505.01.T01 AT1G12220 26.977 430 272 13 22 424 140 554 1.62e-20 95.9
MsG0480020505.01.T01 AT1G12220 27.294 436 263 14 22 424 261 675 2.16e-20 95.5
MsG0480020505.01.T01 AT1G12220 27.294 436 263 14 22 424 261 675 2.16e-20 95.5
MsG0480020505.01.T01 AT4G10780 24.055 582 321 18 17 491 253 820 2.87e-20 95.1
MsG0480020505.01.T01 AT4G10780 24.055 582 321 18 17 491 253 820 3.01e-20 95.1
MsG0480020505.01.T01 AT1G61190 26.617 402 241 14 20 409 256 615 3.35e-20 94.7
MsG0480020505.01.T01 AT1G61190 26.741 359 226 11 20 365 256 590 3.44e-20 94.7
MsG0480020505.01.T01 AT1G61190 26.617 402 241 14 20 409 256 615 4.70e-20 94.4
MsG0480020505.01.T01 AT1G61190 26.617 402 241 14 20 409 256 615 4.70e-20 94.4
MsG0480020505.01.T01 AT4G26090 26.769 523 301 23 18 481 254 753 4.87e-20 94.4
MsG0480020505.01.T01 AT1G61300 25.266 376 235 10 20 390 144 478 1.07e-19 93.2
MsG0480020505.01.T01 AT1G10920 26.096 456 288 16 19 437 141 584 1.37e-19 92.8
MsG0480020505.01.T01 AT1G10920 26.096 456 288 16 19 437 141 584 1.37e-19 92.8
MsG0480020505.01.T01 AT1G10920 26.096 456 288 16 19 437 141 584 1.37e-19 92.8
MsG0480020505.01.T01 AT1G63360 26.097 433 257 15 22 412 257 668 1.83e-19 92.4
MsG0480020505.01.T01 AT1G63360 26.097 433 257 15 22 412 222 633 2.19e-19 92.4
MsG0480020505.01.T01 AT1G61310 25.935 428 250 16 9 409 237 624 4.60e-19 91.3
MsG0480020505.01.T01 AT1G58410 26.128 421 242 16 19 410 265 645 4.88e-19 91.3
MsG0480020505.01.T01 AT5G05400 27.014 422 258 18 14 410 83 479 2.07e-18 89.0
MsG0480020505.01.T01 AT5G05400 27.014 422 258 18 14 410 83 479 2.07e-18 89.0
MsG0480020505.01.T01 AT1G62630 24.533 428 272 13 22 412 257 670 2.29e-18 89.0
MsG0480020505.01.T01 AT5G05400 27.014 422 258 18 14 410 252 648 3.78e-18 88.6
MsG0480020505.01.T01 AT1G15890 24.619 394 250 10 6 365 73 453 5.73e-18 87.8
MsG0480020505.01.T01 AT1G15890 24.619 394 250 10 6 365 233 613 7.82e-18 87.4
MsG0480020505.01.T01 AT5G47250 23.919 393 255 10 20 389 261 632 4.57e-17 85.1
MsG0480020505.01.T01 AT1G10920 27.298 359 231 12 104 437 61 414 1.06e-16 83.2
MsG0480020505.01.T01 AT1G10920 27.298 359 231 12 104 437 61 414 1.06e-16 83.2
MsG0480020505.01.T01 AT5G43740 25.823 395 243 15 7 365 231 611 1.26e-16 83.6
MsG0480020505.01.T01 AT5G43740 25.823 395 243 15 7 365 231 611 1.26e-16 83.6
MsG0480020505.01.T01 AT2G14080 25.704 533 306 20 14 500 330 818 2.14e-16 83.2
MsG0480020505.01.T01 AT2G14080 25.328 533 308 19 14 500 197 685 2.16e-16 83.2
MsG0480020505.01.T01 AT1G51480 25.462 487 304 19 22 469 257 723 8.03e-16 81.3
MsG0480020505.01.T01 AT5G45250 25.000 496 277 23 13 465 300 743 7.68e-15 78.2
MsG0480020505.01.T01 AT5G18350 25.388 516 283 24 49 494 338 821 1.70e-14 77.0
MsG0480020505.01.T01 AT5G11250 25.698 537 304 22 14 492 336 835 3.13e-14 76.3
MsG0480020505.01.T01 AT5G11250 25.788 539 301 22 14 492 254 753 4.77e-14 75.5
MsG0480020505.01.T01 AT5G11250 25.788 539 301 22 14 492 254 753 4.77e-14 75.5
MsG0480020505.01.T01 AT5G47260 23.513 353 250 9 49 387 273 619 5.04e-14 75.5
MsG0480020505.01.T01 AT5G17680 25.813 523 297 20 18 461 287 797 5.48e-13 72.4
MsG0480020505.01.T01 AT5G17680 25.813 523 297 20 18 461 288 798 5.87e-13 72.4
MsG0480020505.01.T01 AT5G17880 33.333 153 96 3 314 465 752 899 1.11e-12 71.2
MsG0480020505.01.T01 AT5G17880 33.333 153 96 3 314 465 752 899 1.22e-12 71.2
MsG0480020505.01.T01 AT5G44870 33.987 153 95 3 314 465 793 940 1.43e-11 67.8
MsG0480020505.01.T01 AT5G44870 33.987 153 95 3 314 465 529 676 2.01e-11 67.0
MsG0480020505.01.T01 AT5G45230 32.022 178 115 3 289 465 729 901 2.14e-11 67.4
MsG0480020505.01.T01 AT5G66900 24.405 504 270 21 22 449 273 741 3.61e-11 66.2
MsG0480020505.01.T01 AT1G27170 33.659 205 128 6 267 465 693 895 3.73e-11 66.6
MsG0480020505.01.T01 AT1G27170 33.659 205 128 6 267 465 693 895 4.28e-11 66.2
MsG0480020505.01.T01 AT5G66900 24.405 504 270 21 22 449 321 789 5.06e-11 65.9

Find 99 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 127 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TTCCCAATCTCCAACAATTT+TGG 0.145187 4:-42535708 None:intergenic
TGGAGTTTGCACACTGAATT+AGG 0.147515 4:-42536464 None:intergenic
TGAAGCTTTCTTGAACATTT+TGG 0.164682 4:+42536313 MsG0480020505.01.T01:CDS
GATTCAAAGTTTGCAGATTC+TGG 0.174585 4:-42536484 None:intergenic
GCACATCCTTGCAACCATTT+AGG 0.231758 4:-42536887 None:intergenic
TTATCAAGGACAGTGAAATT+TGG 0.246122 4:+42535823 MsG0480020505.01.T01:CDS
GGAACCAGGATCGTGTTAAA+TGG 0.283521 4:+42535499 MsG0480020505.01.T01:CDS
AACTTGTGAGTATTCCTAAA+TGG 0.288386 4:+42536873 MsG0480020505.01.T01:CDS
GAGAGTTTGCCCTGCTCTAT+TGG 0.290307 4:+42536386 MsG0480020505.01.T01:CDS
TATCCAAAATTGTTGGAGAT+TGG 0.310593 4:+42535705 MsG0480020505.01.T01:CDS
GAGAACTCCCCAATGTTCTA+AGG 0.312082 4:-42535767 None:intergenic
CCTTTGGCCCTTAGAACATT+GGG 0.320020 4:+42535759 MsG0480020505.01.T01:CDS
CGTTGTCAGTATTTGTGAAA+TGG 0.320245 4:+42535655 MsG0480020505.01.T01:CDS
TCCAAGGATTTACCTCTGTT+TGG 0.320679 4:-42536017 None:intergenic
TATCAAGGACAGTGAAATTT+GGG 0.331852 4:+42535824 MsG0480020505.01.T01:CDS
AACTTTGCAATCTCTTTGTC+TGG 0.347575 4:-42536602 None:intergenic
ACCAATCAATAAATACTCTA+AGG 0.348359 4:-42536768 None:intergenic
GGTTGATTATTTATTCTTGT+TGG 0.348978 4:+42536711 MsG0480020505.01.T01:CDS
ATCCAAAATTGTTGGAGATT+GGG 0.351947 4:+42535706 MsG0480020505.01.T01:CDS
TGTATTGGTGCCCATCATTT+CGG 0.356956 4:-42535598 None:intergenic
ACCTTAGAGTATTTATTGAT+TGG 0.359723 4:+42536767 MsG0480020505.01.T01:CDS
AGCTTGTCTTGGACGATGTA+TGG 0.366865 4:+42535478 MsG0480020505.01.T01:intron
GAAACTTCAGCTTTAACTTC+GGG 0.371235 4:-42536829 None:intergenic
TTCAGTTTCTGCATGAGCTT+TGG 0.379074 4:+42536051 MsG0480020505.01.T01:CDS
TCTTCAGATTGTCACAATCT+TGG 0.381372 4:-42536649 None:intergenic
CTGCAAACTTTGAATCTCCT+TGG 0.384058 4:+42536491 MsG0480020505.01.T01:CDS
ATCAAATTTCCTATTCCATT+GGG 0.384235 4:-42536536 None:intergenic
CTGAAGACCTTGGTGCTTGA+TGG 0.386712 4:+42536665 MsG0480020505.01.T01:CDS
CTAATTGCAATTTCAACCTA+TGG 0.391035 4:-42536796 None:intergenic
GTTCTTAGACCTGTAGGAAT+TGG 0.393031 4:-42536263 None:intergenic
CAAACATTACCCAATGGAAT+AGG 0.400360 4:+42536527 MsG0480020505.01.T01:CDS
GGAGTTTGCACACTGAATTA+GGG 0.400426 4:-42536463 None:intergenic
GTTGTCAGTATTTGTGAAAT+GGG 0.401617 4:+42535656 MsG0480020505.01.T01:CDS
GACCTGTAGGAATTGGTGTT+TGG 0.403342 4:-42536256 None:intergenic
GCTCTTTCTTCAGCTTGTCT+TGG 0.403610 4:+42535467 MsG0480020505.01.T01:intron
TTGCTTCTCCCTCTTTGAAA+AGG 0.408287 4:+42535932 MsG0480020505.01.T01:CDS
ATCAAGGTGCAAATTCTTGC+GGG 0.413697 4:+42536337 MsG0480020505.01.T01:CDS
TCCTTTGGCCCTTAGAACAT+TGG 0.415498 4:+42535758 MsG0480020505.01.T01:CDS
GTATTGATGTTCATGTGTTA+TGG 0.415827 4:+42535970 MsG0480020505.01.T01:CDS
GATCAAATTTCCTATTCCAT+TGG 0.421940 4:-42536537 None:intergenic
TTTCAAAATGTATGATGTAT+TGG 0.429675 4:-42535613 None:intergenic
CAATGTCTTCAATATCTTGA+AGG 0.432780 4:-42536085 None:intergenic
CCACTCAATTGCCGAAATGA+TGG 0.449377 4:+42535587 MsG0480020505.01.T01:CDS
TATTGATGTTCATGTGTTAT+GGG 0.463074 4:+42535971 MsG0480020505.01.T01:CDS
TTTATTGAAAATGATTTGCT+TGG 0.464208 4:+42536233 MsG0480020505.01.T01:CDS
AAAATGTGGAGGGCTTCCTT+TGG 0.466071 4:+42535743 MsG0480020505.01.T01:CDS
GATTTACCTCTGTTTGGTTG+TGG 0.467129 4:-42536011 None:intergenic
AAGAACTATCATATTTCCTA+AGG 0.474428 4:+42536280 MsG0480020505.01.T01:CDS
TCATAACTTAATTTGATAGC+AGG 0.475984 4:-42535876 None:intergenic
AGAAACTTCAGCTTTAACTT+CGG 0.477359 4:-42536830 None:intergenic
GAACCAGGATCGTGTTAAAT+GGG 0.486967 4:+42535500 MsG0480020505.01.T01:CDS
ATGATAGTTCTTAGACCTGT+AGG 0.491369 4:-42536269 None:intergenic
GCTTCATCGTTGGCTCCCTT+AGG 0.495459 4:-42536296 None:intergenic
TATTGATTGGTAATTGCCAT+AGG 0.497702 4:+42536780 MsG0480020505.01.T01:CDS
CTTCAAGATATTGAAGACAT+TGG 0.501729 4:+42536086 MsG0480020505.01.T01:CDS
TACAACTTTCTAATCTAAAG+TGG 0.507980 4:+42536690 MsG0480020505.01.T01:CDS
TAAAAGTTGATGTAGAAGAG+TGG 0.514076 4:+42535796 MsG0480020505.01.T01:CDS
CAAACTCTCATATGTAGAAC+CGG 0.517719 4:-42536372 None:intergenic
CACTCAATTGCCGAAATGAT+GGG 0.518918 4:+42535588 MsG0480020505.01.T01:CDS
CTGAATGCTAATATCTTCCA+AGG 0.519478 4:-42536033 None:intergenic
CATCAAGGTGCAAATTCTTG+CGG 0.519931 4:+42536336 MsG0480020505.01.T01:CDS
TGAAGACCTTGGTGCTTGAT+GGG 0.522818 4:+42536666 MsG0480020505.01.T01:CDS
ACCAAACAGAGGTAAATCCT+TGG 0.524981 4:+42536016 MsG0480020505.01.T01:CDS
TAGTTATAGCTAGCCGCCGT+AGG 0.531988 4:-42536562 None:intergenic
ATCAATAAATACTCTAAGGT+GGG 0.535887 4:-42536764 None:intergenic
CAAGATATTGAAGACATTGG+TGG 0.536615 4:+42536089 MsG0480020505.01.T01:CDS
CTTTGGCCCTTAGAACATTG+GGG 0.541230 4:+42535760 MsG0480020505.01.T01:CDS
GGCCAAACACCAATTCCTAC+AGG 0.547406 4:+42536254 MsG0480020505.01.T01:CDS
CAACCCATTTAACACGATCC+TGG 0.549799 4:-42535503 None:intergenic
TTTGAAAGGTCTCTCGAGGA+AGG 0.550040 4:+42535629 MsG0480020505.01.T01:CDS
AATCAATAAATACTCTAAGG+TGG 0.552815 4:-42536765 None:intergenic
GCTTCCACTTCCTATGCTTG+AGG 0.555790 4:-42535319 None:intergenic
TTAATACAAGTAGGTGCTGA+AGG 0.555991 4:+42535537 MsG0480020505.01.T01:CDS
CATGTGTTATGGGAGGCACT+TGG 0.558524 4:+42535981 MsG0480020505.01.T01:CDS
TTGAAGAATTTAATACAAGT+AGG 0.559987 4:+42535528 MsG0480020505.01.T01:CDS
CAGTCAGCAATTTCATGTGT+CGG 0.561513 4:-42536909 None:intergenic
CTTGGACGATGTATGGAACC+AGG 0.564969 4:+42535485 MsG0480020505.01.T01:CDS
AAGTCCTCAAGCATAGGAAG+TGG 0.573357 4:+42535315 MsG0480020505.01.T01:CDS
TTAGGAATACTCACAAGTTG+TGG 0.576370 4:-42536869 None:intergenic
CCCAATGTTCTAAGGGCCAA+AGG 0.577885 4:-42535759 None:intergenic
GTTCAAGAAAGCTTCATCGT+TGG 0.578238 4:-42536306 None:intergenic
TTTGAAGCTTTATGCAACCA+AGG 0.579409 4:-42536508 None:intergenic
AGAACTCCCCAATGTTCTAA+GGG 0.587840 4:-42535766 None:intergenic
AGAAGAGTGGAAGTTTATCA+AGG 0.589216 4:+42535809 MsG0480020505.01.T01:CDS
CCATCATTTCGGCAATTGAG+TGG 0.591034 4:-42535587 None:intergenic
AAATGGAAGTCCTCAAGCAT+AGG 0.592530 4:+42535309 None:intergenic
AGAACTATCATATTTCCTAA+GGG 0.597020 4:+42536281 MsG0480020505.01.T01:CDS
GGAAGCATCGTCCTCAGAGT+CGG 0.617606 4:+42535336 MsG0480020505.01.T01:CDS
TAGGAAATTTGATCAGCCTA+CGG 0.622998 4:+42536546 MsG0480020505.01.T01:CDS
CGACTATGAGTCCGACTCTG+AGG 0.626590 4:-42535347 None:intergenic
AAGCTTCAAACATTACCCAA+TGG 0.631933 4:+42536521 MsG0480020505.01.T01:CDS
AGTATTCCTAAATGGTTGCA+AGG 0.642643 4:+42536881 MsG0480020505.01.T01:CDS
TCTAAGGTGGGAAGAACATG+AGG 0.649975 4:-42536752 None:intergenic
TGATGTTCATGTGTTATGGG+AGG 0.655495 4:+42535974 MsG0480020505.01.T01:CDS
GTTTGCACACTGAATTAGGG+AGG 0.656466 4:-42536460 None:intergenic
TTTCTTCCACAACCAAACAG+AGG 0.688811 4:+42536005 MsG0480020505.01.T01:CDS
TTGTATCCCATCAAGCACCA+AGG 0.692640 4:-42536672 None:intergenic
GAAATTTGATCAGCCTACGG+CGG 0.698588 4:+42536549 MsG0480020505.01.T01:CDS
TTGTGACAATCTGAAGACCT+TGG 0.712120 4:+42536655 MsG0480020505.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AAACATCTTTTTAAATAAGT+AGG - Chr4:42535909-42535928 None:intergenic 15.0%
!! GAAAAAATATCCAAAATTGT+TGG + Chr4:42535698-42535717 MsG0480020505.01.T01:CDS 20.0%
!! TTGAAGAATTTAATACAAGT+AGG + Chr4:42535528-42535547 MsG0480020505.01.T01:CDS 20.0%
!! TTTCAAAATGTATGATGTAT+TGG - Chr4:42535616-42535635 None:intergenic 20.0%
!!! AATACATCATACATTTTGAA+AGG + Chr4:42535615-42535634 MsG0480020505.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTATTGAAAATGATTTGCT+TGG + Chr4:42536233-42536252 MsG0480020505.01.T01:CDS 20.0%
! AAATTGTACAAAAATGTGGA+GGG + Chr4:42535733-42535752 MsG0480020505.01.T01:CDS 25.0%
! AACGAAATTGTACAAAAATG+TGG + Chr4:42535729-42535748 MsG0480020505.01.T01:CDS 25.0%
! AAGAACTATCATATTTCCTA+AGG + Chr4:42536280-42536299 MsG0480020505.01.T01:CDS 25.0%
! ACCAATCAATAAATACTCTA+AGG - Chr4:42536771-42536790 None:intergenic 25.0%
! AGAACTATCATATTTCCTAA+GGG + Chr4:42536281-42536300 MsG0480020505.01.T01:CDS 25.0%
! ATCAAATTTCCTATTCCATT+GGG - Chr4:42536539-42536558 None:intergenic 25.0%
! GGTTGATTATTTATTCTTGT+TGG + Chr4:42536711-42536730 MsG0480020505.01.T01:CDS 25.0%
! TACAACTTTCTAATCTAAAG+TGG + Chr4:42536690-42536709 MsG0480020505.01.T01:CDS 25.0%
! TATTGATGTTCATGTGTTAT+GGG + Chr4:42535971-42535990 MsG0480020505.01.T01:CDS 25.0%
!! AAAATGTCATCTTCTTTTTG+TGG - Chr4:42535855-42535874 None:intergenic 25.0%
!! AATCAATAAATACTCTAAGG+TGG - Chr4:42536768-42536787 None:intergenic 25.0%
!! ACCTTAGAGTATTTATTGAT+TGG + Chr4:42536767-42536786 MsG0480020505.01.T01:CDS 25.0%
!! TCATAACTTAATTTGATAGC+AGG - Chr4:42535879-42535898 None:intergenic 25.0%
!!! ATCAATAAATACTCTAAGGT+GGG - Chr4:42536767-42536786 None:intergenic 25.0%
!!! TTTAATTTTCCAATAGAGCA+GGG - Chr4:42536398-42536417 None:intergenic 25.0%
!!! TTTTAATTTTCCAATAGAGC+AGG - Chr4:42536399-42536418 None:intergenic 25.0%
AACTTGTGAGTATTCCTAAA+TGG + Chr4:42536873-42536892 MsG0480020505.01.T01:CDS 30.0%
ATCCAAAATTGTTGGAGATT+GGG + Chr4:42535706-42535725 MsG0480020505.01.T01:CDS 30.0%
CAATGTCTTCAATATCTTGA+AGG - Chr4:42536088-42536107 None:intergenic 30.0%
CTAATTGCAATTTCAACCTA+TGG - Chr4:42536799-42536818 None:intergenic 30.0%
CTTCAAGATATTGAAGACAT+TGG + Chr4:42536086-42536105 MsG0480020505.01.T01:CDS 30.0%
GAAATTGTACAAAAATGTGG+AGG + Chr4:42535732-42535751 MsG0480020505.01.T01:CDS 30.0%
GATCAAATTTCCTATTCCAT+TGG - Chr4:42536540-42536559 None:intergenic 30.0%
GTTGTCAGTATTTGTGAAAT+GGG + Chr4:42535656-42535675 MsG0480020505.01.T01:CDS 30.0%
TATCAAGGACAGTGAAATTT+GGG + Chr4:42535824-42535843 MsG0480020505.01.T01:CDS 30.0%
TATCCAAAATTGTTGGAGAT+TGG + Chr4:42535705-42535724 MsG0480020505.01.T01:CDS 30.0%
TTATCAAGGACAGTGAAATT+TGG + Chr4:42535823-42535842 MsG0480020505.01.T01:CDS 30.0%
! AGAAACTTCAGCTTTAACTT+CGG - Chr4:42536833-42536852 None:intergenic 30.0%
! ATTGAAAGTCCTTTTCAAAG+AGG - Chr4:42535944-42535963 None:intergenic 30.0%
! GTATTGATGTTCATGTGTTA+TGG + Chr4:42535970-42535989 MsG0480020505.01.T01:CDS 30.0%
! TATTGATTGGTAATTGCCAT+AGG + Chr4:42536780-42536799 MsG0480020505.01.T01:CDS 30.0%
! TGAAGCTTTCTTGAACATTT+TGG + Chr4:42536313-42536332 MsG0480020505.01.T01:CDS 30.0%
! TTGAAAGTCCTTTTCAAAGA+GGG - Chr4:42535943-42535962 None:intergenic 30.0%
!! TAAAAGTTGATGTAGAAGAG+TGG + Chr4:42535796-42535815 MsG0480020505.01.T01:CDS 30.0%
AACTTTGCAATCTCTTTGTC+TGG - Chr4:42536605-42536624 None:intergenic 35.0%
AAGCTTCAAACATTACCCAA+TGG + Chr4:42536521-42536540 MsG0480020505.01.T01:CDS 35.0%
AGAAAGATAGACTGCTTATG+AGG - Chr4:42535420-42535439 None:intergenic 35.0%
AGAAGAGTGGAAGTTTATCA+AGG + Chr4:42535809-42535828 MsG0480020505.01.T01:CDS 35.0%
AGTATTCCTAAATGGTTGCA+AGG + Chr4:42536881-42536900 MsG0480020505.01.T01:CDS 35.0%
ATGATAGTTCTTAGACCTGT+AGG - Chr4:42536272-42536291 None:intergenic 35.0%
CAAACATTACCCAATGGAAT+AGG + Chr4:42536527-42536546 MsG0480020505.01.T01:CDS 35.0%
CAAACTCTCATATGTAGAAC+CGG - Chr4:42536375-42536394 None:intergenic 35.0%
CAAGATATTGAAGACATTGG+TGG + Chr4:42536089-42536108 MsG0480020505.01.T01:CDS 35.0%
CGTTGTCAGTATTTGTGAAA+TGG + Chr4:42535655-42535674 MsG0480020505.01.T01:CDS 35.0%
CTGAATGCTAATATCTTCCA+AGG - Chr4:42536036-42536055 None:intergenic 35.0%
GAAAGATAGACTGCTTATGA+GGG - Chr4:42535419-42535438 None:intergenic 35.0%
GATTCAAAGTTTGCAGATTC+TGG - Chr4:42536487-42536506 None:intergenic 35.0%
TAGGAAATTTGATCAGCCTA+CGG + Chr4:42536546-42536565 MsG0480020505.01.T01:CDS 35.0%
TCTTCAGATTGTCACAATCT+TGG - Chr4:42536652-42536671 None:intergenic 35.0%
TTAGGAATACTCACAAGTTG+TGG - Chr4:42536872-42536891 None:intergenic 35.0%
! GAAACTTCAGCTTTAACTTC+GGG - Chr4:42536832-42536851 None:intergenic 35.0%
! TTCCCAATCTCCAACAATTT+TGG - Chr4:42535711-42535730 None:intergenic 35.0%
! TTTGAAGCTTTATGCAACCA+AGG - Chr4:42536511-42536530 None:intergenic 35.0%
!! GTGAAATGGGCTTTTAAAGA+GGG + Chr4:42535669-42535688 MsG0480020505.01.T01:CDS 35.0%
!! TCTTGAACATTTTGGCATCA+AGG + Chr4:42536321-42536340 MsG0480020505.01.T01:CDS 35.0%
!! TGTGAAATGGGCTTTTAAAG+AGG + Chr4:42535668-42535687 MsG0480020505.01.T01:CDS 35.0%
!! TTAATACAAGTAGGTGCTGA+AGG + Chr4:42535537-42535556 MsG0480020505.01.T01:CDS 35.0%
ACCAAACAGAGGTAAATCCT+TGG + Chr4:42536016-42536035 MsG0480020505.01.T01:CDS 40.0%
AGAACTCCCCAATGTTCTAA+GGG - Chr4:42535769-42535788 None:intergenic 40.0%
AGTATCGTGCATAGAAGTCA+CGG + Chr4:42535371-42535390 MsG0480020505.01.T01:intron 40.0%
ATCAAGGTGCAAATTCTTGC+GGG + Chr4:42536337-42536356 MsG0480020505.01.T01:CDS 40.0%
CACTCAATTGCCGAAATGAT+GGG + Chr4:42535588-42535607 MsG0480020505.01.T01:CDS 40.0%
CATCAAGGTGCAAATTCTTG+CGG + Chr4:42536336-42536355 MsG0480020505.01.T01:CDS 40.0%
CTGCAAACTTTGAATCTCCT+TGG + Chr4:42536491-42536510 MsG0480020505.01.T01:CDS 40.0%
GAACCAGGATCGTGTTAAAT+GGG + Chr4:42535500-42535519 MsG0480020505.01.T01:CDS 40.0%
GATTTACCTCTGTTTGGTTG+TGG - Chr4:42536014-42536033 None:intergenic 40.0%
GGAGTTTGCACACTGAATTA+GGG - Chr4:42536466-42536485 None:intergenic 40.0%
GTTCAAGAAAGCTTCATCGT+TGG - Chr4:42536309-42536328 None:intergenic 40.0%
GTTCTTAGACCTGTAGGAAT+TGG - Chr4:42536266-42536285 None:intergenic 40.0%
TCCAAGGATTTACCTCTGTT+TGG - Chr4:42536020-42536039 None:intergenic 40.0%
TGATGTTCATGTGTTATGGG+AGG + Chr4:42535974-42535993 MsG0480020505.01.T01:CDS 40.0%
TGGAGTTTGCACACTGAATT+AGG - Chr4:42536467-42536486 None:intergenic 40.0%
TTCAGTTTCTGCATGAGCTT+TGG + Chr4:42536051-42536070 MsG0480020505.01.T01:CDS 40.0%
TTGTGACAATCTGAAGACCT+TGG + Chr4:42536655-42536674 MsG0480020505.01.T01:CDS 40.0%
TTTCTCCTCAATCTCTCTCT+TGG + Chr4:42535435-42535454 MsG0480020505.01.T01:intron 40.0%
TTTCTTCCACAACCAAACAG+AGG + Chr4:42536005-42536024 MsG0480020505.01.T01:CDS 40.0%
! GCAAATTCTTGCGGGTTTTA+CGG + Chr4:42536345-42536364 MsG0480020505.01.T01:CDS 40.0%
! TGTATTGGTGCCCATCATTT+CGG - Chr4:42535601-42535620 None:intergenic 40.0%
! TTGCTTCTCCCTCTTTGAAA+AGG + Chr4:42535932-42535951 MsG0480020505.01.T01:CDS 40.0%
!! ACATTTTGAAAGGTCTCTCG+AGG + Chr4:42535625-42535644 MsG0480020505.01.T01:CDS 40.0%
AAAATGTGGAGGGCTTCCTT+TGG + Chr4:42535743-42535762 MsG0480020505.01.T01:CDS 45.0%
AAGTCCTCAAGCATAGGAAG+TGG + Chr4:42535315-42535334 MsG0480020505.01.T01:CDS 45.0%
AGCTTGTCTTGGACGATGTA+TGG + Chr4:42535478-42535497 MsG0480020505.01.T01:intron 45.0%
CAACCCATTTAACACGATCC+TGG - Chr4:42535506-42535525 None:intergenic 45.0%
CCACTCAATTGCCGAAATGA+TGG + Chr4:42535587-42535606 MsG0480020505.01.T01:CDS 45.0%
CCATCATTTCGGCAATTGAG+TGG - Chr4:42535590-42535609 None:intergenic 45.0%
CCTTTGGCCCTTAGAACATT+GGG + Chr4:42535759-42535778 MsG0480020505.01.T01:CDS 45.0%
CTTTGGCCCTTAGAACATTG+GGG + Chr4:42535760-42535779 MsG0480020505.01.T01:CDS 45.0%
GAAATTTGATCAGCCTACGG+CGG + Chr4:42536549-42536568 MsG0480020505.01.T01:CDS 45.0%
GAGAACTCCCCAATGTTCTA+AGG - Chr4:42535770-42535789 None:intergenic 45.0%
GCACATCCTTGCAACCATTT+AGG - Chr4:42536890-42536909 None:intergenic 45.0%
GCTCTTTCTTCAGCTTGTCT+TGG + Chr4:42535467-42535486 MsG0480020505.01.T01:intron 45.0%
GCTGAAGAAAGAGCTAGCTA+AGG - Chr4:42535461-42535480 None:intergenic 45.0%
GGAACCAGGATCGTGTTAAA+TGG + Chr4:42535499-42535518 MsG0480020505.01.T01:CDS 45.0%
GTATCGTGCATAGAAGTCAC+GGG + Chr4:42535372-42535391 MsG0480020505.01.T01:intron 45.0%
GTTTGCACACTGAATTAGGG+AGG - Chr4:42536463-42536482 None:intergenic 45.0%
TAAGGCCAAGAGAGAGATTG+AGG - Chr4:42535443-42535462 None:intergenic 45.0%
TCCTTTGGCCCTTAGAACAT+TGG + Chr4:42535758-42535777 MsG0480020505.01.T01:CDS 45.0%
TTGTATCCCATCAAGCACCA+AGG - Chr4:42536675-42536694 None:intergenic 45.0%
TTTGAAAGGTCTCTCGAGGA+AGG + Chr4:42535629-42535648 MsG0480020505.01.T01:CDS 45.0%
! GACCTGTAGGAATTGGTGTT+TGG - Chr4:42536259-42536278 None:intergenic 45.0%
! TCTAAGGTGGGAAGAACATG+AGG - Chr4:42536755-42536774 None:intergenic 45.0%
!! TGAAGACCTTGGTGCTTGAT+GGG + Chr4:42536666-42536685 MsG0480020505.01.T01:CDS 45.0%
CTTGGACGATGTATGGAACC+AGG + Chr4:42535485-42535504 MsG0480020505.01.T01:CDS 50.0%
GAGAGTTTGCCCTGCTCTAT+TGG + Chr4:42536386-42536405 MsG0480020505.01.T01:CDS 50.0%
GCTTCCACTTCCTATGCTTG+AGG - Chr4:42535322-42535341 None:intergenic 50.0%
GGCCAAACACCAATTCCTAC+AGG + Chr4:42536254-42536273 MsG0480020505.01.T01:CDS 50.0%
TAGTTATAGCTAGCCGCCGT+AGG - Chr4:42536565-42536584 None:intergenic 50.0%
! TTGCGGGTTTTACGGTTGAC+CGG + Chr4:42536353-42536372 MsG0480020505.01.T01:CDS 50.0%
!! CATGTGTTATGGGAGGCACT+TGG + Chr4:42535981-42536000 MsG0480020505.01.T01:CDS 50.0%
!! CCCAATGTTCTAAGGGCCAA+AGG - Chr4:42535762-42535781 None:intergenic 50.0%
!! CTGAAGACCTTGGTGCTTGA+TGG + Chr4:42536665-42536684 MsG0480020505.01.T01:CDS 50.0%
AGGGACTCCAAGAGAGCTAG+GGG - Chr4:42535400-42535419 None:intergenic 55.0%
CGACTATGAGTCCGACTCTG+AGG - Chr4:42535350-42535369 None:intergenic 55.0%
GAGGGACTCCAAGAGAGCTA+GGG - Chr4:42535401-42535420 None:intergenic 55.0%
TGAGGGACTCCAAGAGAGCT+AGG - Chr4:42535402-42535421 None:intergenic 55.0%
!! GCTTCATCGTTGGCTCCCTT+AGG - Chr4:42536299-42536318 None:intergenic 55.0%
!! GGAAGCATCGTCCTCAGAGT+CGG + Chr4:42535336-42535355 MsG0480020505.01.T01:CDS 55.0%
GGACTCCAAGAGAGCTAGGG+GGG - Chr4:42535398-42535417 None:intergenic 60.0%
GGGACTCCAAGAGAGCTAGG+GGG - Chr4:42535399-42535418 None:intergenic 60.0%
! ACGGGCCCCCCTAGCTCTCT+TGG + Chr4:42535390-42535409 MsG0480020505.01.T01:intron 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr4 gene 42535311 42536919 42535311 ID=MsG0480020505.01;Name=MsG0480020505.01
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Chr4 exon 42535311 42535376 42535311 ID=MsG0480020505.01.T01:exon:4522;Parent=MsG0480020505.01.T01
Chr4 exon 42535480 42536919 42535480 ID=MsG0480020505.01.T01:exon:4523;Parent=MsG0480020505.01.T01
Chr4 CDS 42535311 42535376 42535311 ID=MsG0480020505.01.T01:cds;Parent=MsG0480020505.01.T01
Chr4 CDS 42535480 42536919 42535480 ID=MsG0480020505.01.T01:cds;Parent=MsG0480020505.01.T01
Gene Sequence

>MsG0480020505.01.T01

ATGGAAGTCCTCAAGCATAGGAAGTGGAAGCATCGTCCTCAGAGTCGGACTCATAGTCGCAGTATCCTTGTCTTGGACGATGTATGGAACCAGGATCGTGTTAAATGGGTTGAGTTGAAGAATTTAATACAAGTAGGTGCTGAAGGAAGTAAAGTCTTAGTGACTACACGTAGCCACTCAATTGCCGAAATGATGGGCACCAATACATCATACATTTTGAAAGGTCTCTCGAGGAAGGATTCGTTGTCAGTATTTGTGAAATGGGCTTTTAAAGAGGGAGAAGAGAAAAAATATCCAAAATTGTTGGAGATTGGGAACGAAATTGTACAAAAATGTGGAGGGCTTCCTTTGGCCCTTAGAACATTGGGGAGTTCTCTATTCTTAAAAGTTGATGTAGAAGAGTGGAAGTTTATCAAGGACAGTGAAATTTGGGATTTACCACAAAAAGAAGATGACATTTTGCCTGCTATCAAATTAAGTTATGATCAATTACCTACTTATTTAAAAAGATGTTTTGCTTGCTTCTCCCTCTTTGAAAAGGACTTTCAATTTACTAGTATTGATGTTCATGTGTTATGGGAGGCACTTGGTTTTCTTCCACAACCAAACAGAGGTAAATCCTTGGAAGATATTAGCATTCAGTTTCTGCATGAGCTTTGGTCAAGATCATTCCTTCAAGATATTGAAGACATTGGTGGTGTTTGTTACTTTAACTTGCATGATTTAGTGCACGATTTTGCATTGTATGTTGCAAAAGATGAGTTTCAATTGTTGAAATCTCATAATGAAAATATATCAGAGAATGTTCTTCATCTGTCATTTATTGAAAATGATTTGCTTGGCCAAACACCAATTCCTACAGGTCTAAGAACTATCATATTTCCTAAGGGAGCCAACGATGAAGCTTTCTTGAACATTTTGGCATCAAGGTGCAAATTCTTGCGGGTTTTACGGTTGACCGGTTCTACATATGAGAGTTTGCCCTGCTCTATTGGAAAATTAAAATTTTTAAGATATCTCAATCTTGAAAATAATGAATTGAAGAGCCTCCCTAATTCAGTGTGCAAACTCCAGAATCTGCAAACTTTGAATCTCCTTGGTTGCATAAAGCTTCAAACATTACCCAATGGAATAGGAAATTTGATCAGCCTACGGCGGCTAGCTATAACTACAAAGCAATTTAATTTTCCAGACAAAGAGATTGCAAAGTTGACATCTTTAGAATTATTAGCTGTCCAAGATTGTGACAATCTGAAGACCTTGGTGCTTGATGGGATACAACTTTCTAATCTAAAGTGGTTGATTATTTATTCTTGTTGGAATCTACAGTCTATGACACCTCATGTTCTTCCCACCTTAGAGTATTTATTGATTGGTAATTGCCATAGGTTGAAATTGCAATTAGATAACGATATCCCGAAGTTAAAGCTGAAGTTTCTACATCTTGTATCTTTGCCACAACTTGTGAGTATTCCTAAATGGTTGCAAGGATGTGCCGACACATGA

Protein sequence

>MsG0480020505.01.T01

MEVLKHRKWKHRPQSRTHSRSILVLDDVWNQDRVKWVELKNLIQVGAEGSKVLVTTRSHSIAEMMGTNTSYILKGLSRKDSLSVFVKWAFKEGEEKKYPKLLEIGNEIVQKCGGLPLALRTLGSSLFLKVDVEEWKFIKDSEIWDLPQKEDDILPAIKLSYDQLPTYLKRCFACFSLFEKDFQFTSIDVHVLWEALGFLPQPNRGKSLEDISIQFLHELWSRSFLQDIEDIGGVCYFNLHDLVHDFALYVAKDEFQLLKSHNENISENVLHLSFIENDLLGQTPIPTGLRTIIFPKGANDEAFLNILASRCKFLRVLRLTGSTYESLPCSIGKLKFLRYLNLENNELKSLPNSVCKLQNLQTLNLLGCIKLQTLPNGIGNLISLRRLAITTKQFNFPDKEIAKLTSLELLAVQDCDNLKTLVLDGIQLSNLKWLIIYSCWNLQSMTPHVLPTLEYLLIGNCHRLKLQLDNDIPKLKLKFLHLVSLPQLVSIPKWLQGCADT*