AlfalfaGEDB | MS.gene55803

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene55803

KEGG: -
GO: -
PFAM: PF17123.8

Nr:

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MS.gene55803.t1	GAU32601.1	85.6	521	36	2	198	680	47	566	6.70E-238	833.6

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Swissprot:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene55803.t1	P0CH02	35.4	206	122	7	9	211	162	359	1.5e-23	112.8

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Trembl:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene55803.t1	A0A2Z6MMA9	85.6	521	36	2	198	680	47	566	4.9e-238	833.6

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
MS.gene049137	MS.gene55803	0.845279	4.49E-59	-1.69E-46
MS.gene049171	MS.gene55803	0.918246	1.97E-86	-1.69E-46
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MS.gene049217	MS.gene55803	0.884507	1.81E-71	-1.69E-46
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MS.gene049285	MS.gene55803	0.925315	2.17E-90	-1.69E-46
MS.gene049312	MS.gene55803	-0.805132	1.55E-49	-1.69E-46
MS.gene049320	MS.gene55803	0.92742	1.21E-91	-1.69E-46

Showing 1 to 10 of 288 entries

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene55803.t1	MTR_8g099525	90.787	521	10	1	198	680	45	565	0.0	918
MS.gene55803.t1	MTR_8g099515	90.338	207	18	2	6	211	175	380	4.52e-131	393
MS.gene55803.t1	MTR_8g099495	47.596	208	102	4	4	211	190	390	2.02e-45	167
MS.gene55803.t1	MTR_3g091200	40.887	203	114	3	5	205	170	368	8.41e-41	154
MS.gene55803.t1	MTR_7g117350	39.910	223	117	8	3	220	156	366	1.52e-33	132
MS.gene55803.t1	MTR_7g117350	40.171	234	109	11	3	220	156	374	8.91e-32	127
MS.gene55803.t1	MTR_8g027745	41.489	188	102	5	33	216	179	362	1.20e-28	118
MS.gene55803.t1	MTR_5g009190	41.209	182	97	6	34	211	162	337	4.83e-28	116
MS.gene55803.t1	MTR_5g009200	39.896	193	86	7	34	211	216	393	7.03e-28	116
MS.gene55803.t1	MTR_3g012550	41.549	142	77	2	78	216	18	156	8.21e-27	107

Showing 1 to 10 of 17 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene55803.t1	AT1G64430	63.434	495	143	3	216	674	67	559	0.0	639
MS.gene55803.t1	AT1G64430	63.434	495	143	3	216	674	67	559	0.0	639
MS.gene55803.t1	AT1G64430	61.139	404	119	3	216	583	67	468	2.90e-172	501
MS.gene55803.t1	AT5G53110	41.014	217	103	6	7	211	170	373	2.92e-42	157
MS.gene55803.t1	AT2G46495	39.130	184	100	7	35	214	191	366	5.08e-25	107
MS.gene55803.t1	AT2G46494	35.096	208	120	6	9	211	162	359	1.70e-24	106
MS.gene55803.t1	AT2G25410	35.407	209	122	10	6	206	162	365	6.02e-24	104
MS.gene55803.t1	AT5G07040	37.931	145	82	3	73	216	5	142	1.15e-23	98.6
MS.gene55803.t1	AT2G46495	37.158	183	77	5	35	214	191	338	2.54e-23	102
MS.gene55803.t1	AT1G28040	35.326	184	104	4	37	214	125	299	1.08e-21	96.7

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Find 186 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAAGAAGGGAGAGGTTCTA+AGG	0.399720	4.3:+4524584	None:intergenic
AAACAAGTTCATATTGGTAG+CGG	0.603374	4.3:+4520935	None:intergenic
AAATCTTTAAACTTCGTCCA+AGG	0.510030	4.3:+4517321	None:intergenic
AACAAACCACAAAGATGGAC+GGG	0.544397	4.3:-4519708	MS.gene55803:CDS
AACGTGTGAGGTGATTTCAA+CGG	0.666762	4.3:-4528147	MS.gene55803:CDS
AAGAAGTGGAAAGAGGATGG+AGG	0.531428	4.3:+4519631	None:intergenic
AAGACTCTTCTTGGGGAGAG+TGG	0.539722	4.3:-4524522	MS.gene55803:CDS
AAGTATCCCAAGACTCTTCT+TGG	0.363574	4.3:-4524531	MS.gene55803:CDS
AATACCTGAATACCTTGTTG+TGG	0.658017	4.3:+4521621	None:intergenic
AATCGGCATAGCAATGGGAG+TGG	0.604743	4.3:-4524721	MS.gene55803:CDS

Showing 1 to 10 of 186 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr4.3	gene	4517327	4528192	4517327	ID=MS.gene55803
chr4.3	mRNA	4517327	4528192	4517327	ID=MS.gene55803.t1;Parent=MS.gene55803
chr4.3	exon	4527961	4528192	4527961	ID=MS.gene55803.t1.exon1;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	CDS	4527961	4528192	4527961	ID=cds.MS.gene55803.t1;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	exon	4524385	4524762	4524385	ID=MS.gene55803.t1.exon2;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	CDS	4524385	4524762	4524385	ID=cds.MS.gene55803.t1;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	exon	4522485	4522622	4522485	ID=MS.gene55803.t1.exon3;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	CDS	4522485	4522622	4522485	ID=cds.MS.gene55803.t1;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	exon	4521815	4521975	4521815	ID=MS.gene55803.t1.exon4;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	CDS	4521815	4521975	4521815	ID=cds.MS.gene55803.t1;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	exon	4521626	4521703	4521626	ID=MS.gene55803.t1.exon5;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	CDS	4521626	4521703	4521626	ID=cds.MS.gene55803.t1;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	exon	4520898	4520977	4520898	ID=MS.gene55803.t1.exon6;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	CDS	4520898	4520977	4520898	ID=cds.MS.gene55803.t1;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	exon	4520522	4520606	4520522	ID=MS.gene55803.t1.exon7;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	CDS	4520522	4520606	4520522	ID=cds.MS.gene55803.t1;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	exon	4519496	4519915	4519496	ID=MS.gene55803.t1.exon8;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	CDS	4519496	4519915	4519496	ID=cds.MS.gene55803.t1;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	exon	4519064	4519171	4519064	ID=MS.gene55803.t1.exon9;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	CDS	4519064	4519171	4519064	ID=cds.MS.gene55803.t1;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	exon	4518515	4518582	4518515	ID=MS.gene55803.t1.exon10;Parent=MS.gene55803.t1
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chr4.3	exon	4518264	4518351	4518264	ID=MS.gene55803.t1.exon11;Parent=MS.gene55803.t1
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chr4.3	exon	4518073	4518144	4518073	ID=MS.gene55803.t1.exon12;Parent=MS.gene55803.t1
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chr4.3	exon	4517936	4517989	4517936	ID=MS.gene55803.t1.exon13;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	CDS	4517936	4517989	4517936	ID=cds.MS.gene55803.t1;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	exon	4517327	4517407	4517327	ID=MS.gene55803.t1.exon14;Parent=MS.gene55803.t1
chr4.3	CDS	4517327	4517407	4517327	ID=cds.MS.gene55803.t1;Parent=MS.gene55803.t1

Gene Sequence

>MS.gene55803

ATGTCGACAACGGAGTTGTCTCAAACGTGTGAGGTGATTTCAACGGCTTTGGTTCCGTTACCGTGGATGGATATTCCTATGTGGCCATATTGGCCTAATCTTGATAGGGATGTTGAGTTAGTTTGGACCAAACCAAGATGTGGAGACTGTTTACTTGATGGTCAAGTTTGTGGGTTCTCTGAGGATGAAAATAGGTTTCAAGTTGAATGTTTCCCTAGTCCCTCCAATCAAGGTATGCTATCTTCTTCTTGCTTTATCAACTGGCTATGCAACTTTCTTTTTGGGTTTTCATTCTATGGTTGTGATTAATTCCCAACAATACACACACTGACCTTAACATTTTGCTTTTGTTCACGTCAAAAAATAATAATAATTGGTTTTGTTGCCTCAATTTATTCGCTTAGGTAGAATTTTGTCTAGCTAGTAGTATTTCTCTAGGCTCAATATACAAAAACTATTGGTAGTTCCTACATTTTTATAAATATTTCTTTTTTATTTTGGTAAAGAAAAATTAAAGTGAGACGAGGATCCTCATTCTAGAATACAATGACAAATTAATTTAGGGTTAAATATGTTTTTGGTCCTTATAAATATGTCAACTTTTCGTTTTAGTCCCTCTAAAATTTTCCTTCAACATTTAGTCCCTATAAAATTTTCAATCACTACTTTTGGTCCCTATTTTTAATTTAATTTTTGTATCTTTTAATGAAATTGTGCATAAATGTGTAAAATATTCTTAAAAAAATTCCTAAAAAAAATTAGAATTTTTTAACAAAACACAAATTAAATATGAATTTTTAACCGTAAAAAATATAAAAATTCATATTAAATTCAAGTTTTGTTAAAAAATTCTGAATTTTTTTTTGTACTGATTCTTATAATATTTTGAATTTTTCTGGAAAATTTTATTAAATAATATGAATTCTACATATGAGTTTACTTTAAAAGAGGGACCAAAAGTGAAGATTGAAAATTTTATAGGGACTAAAAGTTGAAGGAAAATTTTAGAGGGACTAAAACGAAAAGTTGACATATTTATAGGGATCAAAAACATATTTAACCCATTAATTTATATTTGCCTCCCTCCAAAGAGACTAACCGTGCTATAATTCATTCTCAATAGGCAAATTTAAGGTATGTCTGCTCACGAATTACGACGGCACTATCTTTCATGATTTTTTTTAGGGTCTTGTTATCTTGTGCCCTTAGGGCACAAGTTAAGGAATTCAAAATTAGAAACTTTTTATAGAAAACAATAAAATTTTGACTTTTAAATGTTGATTAAAGTTGAATGCACAACTTTTGAGACAATTGTTTCTATTTTAAATTTCTTATCATGTACCCTTAGGGCACATGTTATCATTTTCCTTTTTTTTATAAATAGTTCTTAAATATTAAATGTATTGTACCCACAAAATGAAAAAGACTAATGTGACATGCTTTTATATATATTTTAAATATTAAATATGAAAGAGACTAATATTTTAGGCACTTAATTAATGGTTTACTTTTTTTTCTTTGGTAAAAATACTTCATTTCCATAACCTTTATTTTATAAAATTAATTGCTTGGAGTTTATAAATAATTTTGTGGTAAAATTTAATATGAAAATTTCATTTTATATGAAAAGTTATGCTTTCTCCTTGGAAGTACTTAAAAAATACCAATTTTATAACCAAATTCATATTTTTAAACTAAATTTGATGTCTTTGATCGTCCATCCAATGGTGTTTAATGAATTTTCAATATGAAGTGTTATTTAGTGAGTCAGATTGTCTACACTTGAGTTTGAGATAATAATGCATTCACCCGGTTATAAGATCTTAGTTGTCTCATCATAATTGAACGACTCATGTTATGATTTTTATAATTAAGGTCCAACAAACAAACATGAAGTCATGCTTAGATAGTCCATGCTGTAATTTCATATAGTTATTCTCAAAAAAGGACAGATGTGTGAAACAAGGAAGAAAGAGATATACATCATATTCAATTCCAATTTGTTTTGGACTTTTTGACACATATCGATGGATAGTAATTGAACAATAGAAGCACGATTTATTAGATAATGAGACAATATGACAAATAAGTTTCTTTCAAGGCTATTTATAAAAAAATTAAAAAGTTTCTTTCAAGGCTTGAGCCTTGAGGCATGCAGCCCTCTTATATTATAAAATAGGATAGGATTAAATATAATTTTAGTTCCTAAAAATATCATTTTTTATTTTAATTCCAATAAATTTTCTAACTATCTATAGTCTCGATTTTAAATAAAAAAACAGATGTTTTTAATCCCTACCATTATACAAACTGGTGGATTGTAAATGATCAAAGAACATTGAGACAAAACTTGAATGTCTCTTAATTTTGTAAGGACTAAAAATATATTCAACAAATAAAGTAGTAAATTCTTAGGGATTTAACATGTTTTGCAAAGAAGTTTTAAGTTTGAATGCATTTTTTTAGTCAAATTATGTTGGCATAGAGAATCATGTTTAAAAAAAAGCTAAAGTTAAAACACCTTTTTGGGGTTAAACCCTTTTTTGTCCTTTATCTTGCATTTGGGGTTTATATTGGTCCTCTAACAAAAAGGTGTGTATAATCCTTTAATTTGATTAAGTTATGTCTGGTTGGTCGTTTCCTTATATCCTATCAGTCAAAGTCAAAATTATGTTAGTCAAAGTCAATATTAGCCAAGTCTCAACAACATCATCAATCATCATCCCAACACCATCTTCTTCAACATTTAACCATTAATTTGATTAAGTTATGTCAGGTTGGTCATTTCCTTACATCCTATCAATCAAAGTCAAAATCATTGTTAGTCAAAGTCAATATTAGCCAAGTCTCAACAACATCATCTATCATCATCCCAACACCATCTTCTTCAACATTTAACTTAATTAAGTTGTGTAAGATAGGGAATTATGGTTTATATTTATTTTGTAGTTTAATTTCAGAATTTAATTTGATTTTTGTTTTAGTTTGTTGGTTTATTTTGATTTGTGAAGAAGATGAGAATTATGATGTTGTTGAGGTTGATGATATTGATGTTGAAGAAGATGAGGTTGGAGATAATGATGAGAAAGAATTCATTGAGGAAGAAGAAAACTTTGGTTAATATTGACTTTGAATAGCATAATAGTTTTTTTTTTAAAAGTTTGATTAACATAATAGATGAATGTGACTGATGGGACACAACTTGATCGAATTAAATGATCAATAGACACATATTTTGTGTGTTAAGTGATTGTTATAAACTCCGAAATAAGATAAGAGATAAAAAAGTTAGGCCAATTTTTATGTAGCAAAAAATGATATTAATTCTTTAAAGTTAAGTTGTTTATATCATTGATTTAGATGACAAATTTCATGGATAAAATAAAAAATGAGGATTGATAAAAAAAAAAAGATAACATATTTCATACAGGCCTTTCAAGAAGTGTCAAAATCGGCATAGCAATGGGAGTGGGAATACCAGGACTTTTGTGTCTGATTGGCTTATGTTGCAGTATATGTGGTAAGATGAGGAGAACGGTACCACTTCATGAACAAAGGAGCTCAAATCTTCCTACAATAACAATTTCCTTAGAACCTCTCCCTTCTTTTGCAATGGGTCTTGATGGTGCCACAATTGAAAAGTATCCCAAGACTCTTCTTGGGGAGAGTGGACGATTATTGAAGCCAAATGACAATACTTGCTCGATTTGCCTATCTGAATATCAACCTAAAGAGACGTTGAGAAGCATCCCTGAGTGCAACCATTATTTCCATGCTGTTTGTATTGATGAGTGGCTCAAAATGAATGGTACATGCCCCATATGTAGAAATTCACCGGAGACATATTCTTCAACTGGTCCTTCTTTTTCTTCATTATTGTTATCCCCAAATTCGTCACCGTTGTCTTCTTCACGATAGATAAATTAGTGGGTTAATGGTGCTTTACCCCCTTGTAATATAGGCCATTTTCAGGTTTACCCCCTGTAAAAAAAAAATTATTTATCCCCTGCAAAAGTTTTTTTTTTCCAGAATACCCCCTAGTAGGTCGTATAAAAACCAAAATTTTTGTAAAAAAAAAATAAAAGGTCGTTTTTGTATGGCCTACTAGGGGGTATTCTGAAAAAAAAATATTTTATAGGGGGTAAACCCGGAAATGACCTATATTACAGGAGGGTAAAACACTATTAACCCTAAATTAGTCACACTTCAAGCCATATATATTTGATGTAAATGTTATATACCGCTGAGAATGGAGTCATTATATGTGTTATACCATTTTATTTTAAAGATAAAAAATAAGGATGTTATTGTTTTTTTTTTTTGTCTTAACTCTTTGGTTGTTAGGGTAAATGATCCACAATGATAAGAAGTTTAACATGGTAGTTAAAGGTCAACTAAATGATTACGGTCAAGGGTTGAACTCGAATATTTCGATGGATTTATAGTAAAATTGATTAATGAGGCTTCCAAACCAAACCCTACATAGTATATTCCATTCATGAATAAGACAATACGCTTGACTGTAAACAATTGAATTTGTTTTTTTTTAGAGGAGTTTGAACGTATTTCTAGTTAGATGGAAAAGAAGGAAACAAAAGAAGGGATAATTTAAAGTTTAATAAAGTATACCCCTAGAACATCCATTGAGCAAAAATACTCGATGATAAACTCATAATGTAGGGAGAAGTCCACGAAGCATTACAAAGAACTTCTATAGGTGCTACTTGCTAGCATTCAATTTTTTTTTAGGAGAGGTGCTAGCATTCATATCGACTAATATGCTAGTATAATGATTTTGCTCTCAAAGGATGAGTAAGTAGAAAACTCAAAAATTATGGTAAAGATAATCTTCAATGGCTTAAATTGAATTTAAACTATTGAAACATAATAACGTGTTAAAATGAACGAACTTCAGAATAAGTTAGTGAAGCACAATAAAATGAGACCAATAAAGTGATAAACTAGTGATACTTTTTATGAGAAGTGTGCGCGGGATCATT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Protein sequence

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