AlfalfaGEDB | MS.gene052916

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene052916

KEGG: K22013
GO: -
PFAM: PF12638.10

Nr:

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MS.gene052916.t1	XP_013461341.1	97.1	204	6	0	7	210	52	255	3.10E-109	404.8

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Swissprot:

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MS.gene052916.t1	Q94AQ9	59.1	203	78	3	7	205	59	260	2.7e-61	236.9

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Trembl:

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MS.gene052916.t1	A0A072V135	97.1	204	6	0	7	210	52	255	2.2e-109	404.8

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
MS.gene049171	MS.gene052916	0.850662	1.47E-60	-1.69E-46
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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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MS.gene052916.t1	MTR_3g088795	97.059	204	6	0	7	210	52	255	4.43e-149	417
MS.gene052916.t1	MTR_5g011120	50.867	173	80	3	8	176	41	212	1.99e-53	174

Showing 1 to 2 of 2 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene052916.t1	AT1G44000	60.000	205	75	4	6	205	58	260	3.32e-78	238
MS.gene052916.t1	AT4G11910	51.397	179	80	4	1	175	36	211	4.49e-53	174
MS.gene052916.t1	AT4G22920	51.136	176	79	4	8	177	45	219	2.03e-52	172
MS.gene052916.t1	AT4G22920	51.136	176	79	4	8	177	45	219	2.03e-52	172
MS.gene052916.t1	AT4G11911	50.920	163	75	3	10	168	3	164	1.18e-46	156
MS.gene052916.t1	AT4G11911	50.932	161	74	3	12	168	45	204	9.00e-46	155

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Find 62 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAACTGAAGGTTGTTCTAT+TGG	0.270997	3.1:+72005935	MS.gene052916:CDS
AAACGAGCGGATCAGTTACA+AGG	0.534539	3.1:+72007946	MS.gene052916:CDS
AACGAGCGGATCAGTTACAA+GGG	0.682090	3.1:+72007947	MS.gene052916:CDS
AAGAGACATGGGATGCGACA+CGG	0.597945	3.1:+72011000	MS.gene052916:CDS
AATACAATAGAATGGAATGT+TGG	0.405010	3.1:+72007362	MS.gene052916:CDS
ACAATAGAATGGAATGTTGG+GGG	0.673943	3.1:+72007365	MS.gene052916:CDS
ACATACCAAAGTCATTTCCT+TGG	0.502450	3.1:-72006500	None:intergenic
ACCTCCATTGCATCCTTTAG+AGG	0.283350	3.1:-72007388	None:intergenic
ACTATAGAATCCAGCAATTC+TGG	0.262310	3.1:-72007310	None:intergenic
AGAGACATGGGATGCGACAC+GGG	0.568369	3.1:+72011001	MS.gene052916:CDS

Showing 1 to 10 of 62 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr3.1	gene	72001521	72011163	72001521	ID=MS.gene052916
chr3.1	mRNA	72001521	72011163	72001521	ID=MS.gene052916.t1;Parent=MS.gene052916
chr3.1	exon	72001521	72001550	72001521	ID=MS.gene052916.t1.exon1;Parent=MS.gene052916.t1
chr3.1	CDS	72001521	72001550	72001521	ID=cds.MS.gene052916.t1;Parent=MS.gene052916.t1
chr3.1	exon	72005894	72006070	72005894	ID=MS.gene052916.t1.exon2;Parent=MS.gene052916.t1
chr3.1	CDS	72005894	72006070	72005894	ID=cds.MS.gene052916.t1;Parent=MS.gene052916.t1
chr3.1	exon	72006361	72006516	72006361	ID=MS.gene052916.t1.exon3;Parent=MS.gene052916.t1
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chr3.1	CDS	72007262	72007408	72007262	ID=cds.MS.gene052916.t1;Parent=MS.gene052916.t1
chr3.1	exon	72007943	72008062	72007943	ID=MS.gene052916.t1.exon5;Parent=MS.gene052916.t1
chr3.1	CDS	72007943	72008062	72007943	ID=cds.MS.gene052916.t1;Parent=MS.gene052916.t1
chr3.1	exon	72010975	72011163	72010975	ID=MS.gene052916.t1.exon6;Parent=MS.gene052916.t1
chr3.1	CDS	72010975	72011163	72010975	ID=cds.MS.gene052916.t1;Parent=MS.gene052916.t1

Gene Sequence

>MS.gene052916

ATGAAATTCAGGTTAGTGATAATAGAAAAGGTAAAAATAGTTTCATAAGTTTGACTCAAGTGGTAGGAATAATGCATTATGTCACTTAGTTCAGTTGGTAAGGACAATGCATAATATATGCAAGGTTCGGTGTTCGAACCCCGAACAAACACCACCAAAAAAATGCATTATAATATGTATTGGTGGAGGGTTTGATCTATTCGATCTATTTTCTATCAAAAAACAATTTTTAGTTTCCTAAAAAAAAATTATGTATTGGTGGAGGGTTTGATCTATTCGATCTATTTTCTATCAAAAAACAATTTTTAGTTTCCTAAAAAAAAATTGGGACATGTAAGATGGGTATATTTTATGATATTCTGTCGTGAATGAATATGGTTCTCGTTAAATTAATTAGGAACCAATATGTACTCGTGAGTTTAGCTCAGTTGATATGGACAATGAATAATGTTTATTTTAGGGGATTTTCATAATATGATTAGAAACTAAATTTTATTATTTATTGGCGCGGAAGAATAGTTATGTAATAGAATAATTTATTGAATCACAAGATACAAGAGTTTAATTTTAAGAAACCAAAGTTAGTCATCTGGAAAGACATGAAAGTGAAGATTATACCCTTAGAGTGGGGTATGGAAGTTAAGAAAACTCAAGATGGAGAGAGACATGGAAGCTAAAATTGATAAGTTTGAAATGTATATGGCAACTAAGAAGAAAATGTACTTGAAATGCAAGTTAAATTGAAAGATATATTATAAATCATAATTAAGCAATATGTATGTCTTGTTTTTAAATGTTCTAATTTTTTTTTTAGACAAAATGGCAAAGTCATTATAAACTCACACACACAAGTGGAGGTATTGGGGTTCGAACCTCGGTCATAACGTCCGACCTAACAATTTCGGCATTTTGCTAGTTGAGCTAGGACTTATGGACTAAATGTTCTAATTTTAATAAATTAATTATTGATGTTTTAATTTTTTTAATTTAATATCAATTTTTGGTTTATTGTTTTAGTTATATTTTATTATAATATTTGAATTTTGTATATGTTAAATAAAAAATTATATGAATAAATCGGTAATTTAGTTTTTTATCCTATTTTATACATTTTTAATTCATCATATTAATAAGGATTAATTATTGAAATTGACCCTGTAATATATGCGAAATCTGAAAAAATGACTCTTTAAAATAAAAAATACATATTTTAACCCTGTAATCTGAGATTCTTATTATTTTTTACCCTGTAATATAGTTGAAATCCGAAAAAGCTACTTAGATGTTGAATTTATTCATGATTTTTTCAGGCATGTTTAGGACGTTAAAATATGAATTTACATAAAAAATTAGAATTTTTTAACTAAGGACGAAAAAATTATGAATTTTTAAAGCGTCAAAAACTCAAAAAAACAAAACAATGAAAACATCAACCTAAAAATCGAATTTTGAGCTGATTGTTTGCAGAAGCGTCTATAGAAATACATAAAAAAGATATGTAAAGTTTCGTAACATTTCAAAGACATTTCATTTTATTTTTACTTTTCAACCAAAACGTGCGAAATTGCAATTTTGTTGCAAGTAAACGTATACTCACGGGTCAAATTCCGTTATCTAATTTTGTAAGCATAGTTAGAATATCATAAGAACCTTCCCCATAAAATTTTGGAGTTTTTAAACGAGATTCAAACTGATTATGAATTGTTTAAGAAATTCATAATTTTGGGGAATAAAAATTCATTATAAATTCTTCCCCATTCGGAAAAAACTAATTTTTTTGTGTAAAACCATGTTTTAAAATCCTAAAGATGCTTGAAAAAAATCATGATGAAATTCAATTTTTAGATCACTTTATGGACCACACACATATTTATATGGTCAAAAATAAGAAGAATCTCAAATCACAGGGTTAAATATTGTATTTTTTATTTTACAGGGTTATTTTTCAGACATTGTGTATTTTACAGGGCCAATTTAAACAATTAATCCTATTAATAATAGAGATTTCAACTAGAGATGCATGATAGAACAAGTTTGATGATAACCCACTTAAGTTGACCTAGTGGTATTGACTTGGGATCTGGGAGTGTGCTCCTCCTTAAGATCTCATGTATGATTCTCTTTAGTGTCAATTTATGTGAGTTAATTTAGTTTCTTAAAAAAAAAGTTTGATGATTAGTTTATCATATCAAACAATATATTGAGATAGAATATGACACGGTGTAAAAATAGAAAATTAGTCTAATGGTGGTGGAAATGTAACATAGTAAAAAAAAAAAGTTTTAGATATGATTTTAACCATTTGCATTGCGACTAACATTTTTTTCCCTATGAATTTTTTACTTGCATTGGGTCCATGCAAATTAAAAAAGAAAACAAAAAAAAAACTTTTAATGAGTTCCGGGCGCGTTGGGATGATTCGGAATCCGAAGTGCCGCCCCAAGTAAAGAAAGCCACGTCATAACATTATCCATCCAATCCAAATGGTATCGAAATTTTGAGTTTCTTGATGGCGTGGCACAACGTTCAATTAATCTCATTCTCTAGTTAAATACTACTCCATCCATTTCAATATGAGTGTCGTTTTAACAAAAAAAATTGTTTCAAAATGAATGTACTTTCGGTTTTCAATGCTATAATAACTTTTTCTTTTCAATTATACCCTTCAATTAATACTATGTTACACTACTTCCAAAGTATTATTTTTTCATTAATGAAAAACAAACCAATAGTTGATTAGGATAATTTGGTAAAATTGCTATGACATTTGACTACTTTATTCTTTTCCTTAATCTGTGTGCAATTGGCTAAAGCGACACTCATTTTGAAACGGAAGGAGTATGTTTTTCTGAGTGTGCGCTCTCATTATACTCCCTCCGTTTTAAAATGAGTGTCGTTTTAAGCTTTGACACACAGATTAAGAAATTGAATGAAATAATCATTGGATATAACACTTTTACTAAACTGCCCTTATTTTATAAGAAAAAAACAAAATTAAAGTTACATTGAAAATTGTGTGAGAGAAAAGTTGGAGTATTTATTGAGGATAAAGTTGAAAGAAAAAAATTAAAGTTGTATTGAAAATGTAAAGTGACATTCATTTTGAAACAAATTTTTTTTGCTAAACTGACACTTATTTTGAAACGGAGGGAGTACTATTTTCTTACTACCATTTATTAATTAATTAAAAAAGAAAGAAAATGTGTGGAAGGAATTGATTGGTTGAGATTTTTGGAGTAGTGTTGTGGTGTCTGAATGGAAGCACACAGTCCACATGAACCAATCAAACTGAGAACACAAAATTCCCACATCACTTTTCTTTCTCCTTCTTTCTTCTCTGTCTTAACAAGAAAAAGAAGATAATGGTGGTGGCATGTGAAACATGAAGAGGAAGATTATATTACTGTTATGCATCTTCAATGGCATCATCATTGTGTTATAATAATCTTTACAATGCCTTTTCATTTTCACCAACCAAACTATTATTCCCTTTTATGTTAAAGCCATCATCTTTCAGATGCTCCTCCTCTTCCTCAATCACTACTACTAATTCCACTCCTTCCTACAATTCACTTGTTTATGAGGTATTCAGGTTTCTTCCCTTTTTAATTTCCACCATTTTATTATATTTATTTATTTATTTATTTATTTTATGGCTACAAAATCCTTTCTATACTTTGTACTGCTTCTAGTGAATAACCCTTTTTATTCTTTCACAGTTTCTTAAATTAATATTAATGTGCAAATCTCAAGTCAAGTCCCAAAGACCCAGCATTGTGTATTGACCATCTTCTTTGTTAATGTAGAAAGTTTCAATTTTTAGACCATGTGCATGTGAAATTCCATGTTTACTCAAGTTACTCTTTTCTTTGAAAACCTAATTACTCATATGTGAATGTGTAGAACAAATTATGCTTACTGTATTTTACTACATTATCTGTTGGGATATTACACTGTCCAACATTTTTACTTGTATTGCCTTGTTATAATTGCATTCTTTGAACTTTTGATGCATTGAAGTTATCACTGAATTAGGGATAATCAGCTTACTATGAGTGACTTCCTTTTGGTTCTGGAATCCAGTACAAAATTAAGATTTCTAATCTTGATTCATGCCGAAACTAATGTGCTTATGAGATAATTCCTTTCAATTGAAGATCTGTCTATAGGAATGTGATGATTGCTCACAATAGTCAATTATTGTTATTGGAATGAACAAAACTGTGAATTTCCTTCTTTCTCTTTCTTGAATTCAAATTGACTTTACAACTTTGGACCTTGTTATTTCTCATAGCAGTACAAAATATTATTCTGTGTTGTGAGTACTGAGTACGTTAATATTCATTTTACAATATTACTTTTTTGTATCTTAGACTGTTAGGCTCTTGGGTCCTCCGGCAAAATTTGAAGCTTCAAAACTGAAGGTTGTTCTATTGGAAGATCAGATTAACAGATATGCAAGTATTATTCCAAGAACCTACATTCTATCCCACTGTGACTTAACAGCTAATCTCACTTTAGCTGTTTCCAATGTCATCAAATTAGAGCAGGTTTGTGTCTTTACCTTTTGCCTACTTGGTATTGGAATTAGTATTTAATGCATATTTTAAACGACCACAAATGCTAACAAGTGCCTTTAGGGCAACGGTTAAAGAAATAAATGTGGAAAATATGCATGAAAAGAAAAATCATGTATTGCATTAAAAATACACAAGTTATTTGATACTAGGGTGTCCTGACCACATAAGGTGTTCATTAGTAGGATCCTTTGTGCAAAAATACAAGTTTTCGCTTAACTTACACATATTTGATGCCTTCCATTCCTTCTGTGAAATGGCAGTTGAGAGGGTGGTATATGAAGGATGATGTTGTAGCTGAATGGAAGAAAGTGAAAAATGAAATGTGCCTACATGTTCATTGCTTTGTCAGTGGTCCTACCTTCCTGGATCTAGCTGCTGAGTTTAGATATCACATATTCTCCAAGGAAATGACTTTGGTAT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Protein sequence

>MS.gene052916.t1

MKFRLVIIEKTVRLLGPPAKFEASKLKVVLLEDQINRYASIIPRTYILSHCDLTANLTLAVSNVIKLEQLRGWYMKDDVVAEWKKVKNEMCLHVHCFVSGPTFLDLAAEFRYHIFSKEMTLVLKAIQYGDSVLFQEHPELLDSIVRVYFHSSSKKYNRMECWGPLKDAMEGKRADQLQGLINRDRPPEKLGSPMSNFQALFAFLLSNVLLKLELRMSHEETWDATRVFNFVLSRGSTNCSFFSEYSILGEDVDTDKSIILVRQSWLQLVLFH