AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180002191.01

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MsG0180002191.01.T04 AT4G12560 26.667 210 117 8 3 189 140 335 4.98e-11 62.4

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ACGAATACTGGCTCCGTTTA+TGG 0.127122 1:-34480772 None:intergenic
CATGCCATTGTTTCTTTCTA+AGG 0.153135 1:-34480132 MsG0180002191.01.T01:intron
TACGGTTTCGTCTTCAATTT+TGG 0.200627 1:-34480698 MsG0180002191.01.T01:CDS
GTTATTGTTTCACTTGATTT+GGG 0.215339 1:-34480404 MsG0180002191.01.T01:CDS
TGTTATTGTTTCACTTGATT+TGG 0.231569 1:-34480405 MsG0180002191.01.T01:CDS
CGTGAGAATTATCAAGGATT+TGG 0.265498 1:-34480539 MsG0180002191.01.T01:CDS
GGGAAGCAATTATCTATAAT+TGG 0.275107 1:-34480073 MsG0180002191.01.T01:CDS
TCAATTAAAATATCACTTTA+CGG 0.277881 1:-34480183 MsG0180002191.01.T01:CDS
ATATGGCAGATGAAGGAATT+TGG 0.289311 1:-34480254 MsG0180002191.01.T01:CDS
CATCTGCCATATAATAAAAT+TGG 0.348350 1:+34480265 None:intergenic
GAGAAATATTGAAAGTTTCC+CGG 0.361687 1:-34480573 MsG0180002191.01.T01:CDS
GAGCCAACTGTTGGTGTGTT+GGG 0.364076 1:-34480323 MsG0180002191.01.T01:CDS
TCAGTTTAGGTGATAATGAT+TGG 0.368649 1:-34480595 MsG0180002191.01.T01:CDS
CTGAGACATTTAATCAATAT+CGG 0.373351 1:-34480379 MsG0180002191.01.T01:CDS
TTCTCACGGAGAGGAATAAC+CGG 0.374540 1:+34480554 None:intergenic
GTTTATGGAACCCAGCCATT+AGG 0.391993 1:-34480757 MsG0180002191.01.T01:CDS
AATCACTAGGTATAGTGATA+TGG 0.396471 1:-34480456 MsG0180002191.01.T01:CDS
AATTTGGCGTTGACGAGTCT+TGG 0.411930 1:-34480238 MsG0180002191.01.T01:CDS
TAATCAATATCGGTTGCCTC+GGG 0.421791 1:-34480369 MsG0180002191.01.T01:CDS
ATATCACTATACCTAGTGAT+TGG 0.429611 1:+34480458 None:intergenic
ACGGATCCTGAGAACCATCT+AGG 0.442868 1:-34480164 MsG0180002191.01.T01:intron
TAATGGCTGGGTTCCATAAA+CGG 0.446770 1:+34480759 None:intergenic
GCATGAGATAACAACCTAGA+TGG 0.461909 1:+34480150 None:intergenic
CCATTGTTTCTTTCTAAGGA+TGG 0.464632 1:-34480128 MsG0180002191.01.T01:intron
CCTCTCCGTGAGAATTATCA+AGG 0.466147 1:-34480545 MsG0180002191.01.T01:CDS
TAAGCTTTCAACATAACCAT+TGG 0.480902 1:+34479962 None:intergenic
TTAATCAATATCGGTTGCCT+CGG 0.481110 1:-34480370 MsG0180002191.01.T01:CDS
GTATAGTGATATGGCGGTGG+AGG 0.487508 1:-34480447 MsG0180002191.01.T01:CDS
ATTGAGGAGTAATAGAGAAA+GGG 0.488724 1:-34480093 MsG0180002191.01.T01:CDS
TATCACTATACCTAGTGATT+GGG 0.491291 1:+34480459 None:intergenic
TAACAACCTAGATGGTTCTC+AGG 0.492128 1:+34480158 None:intergenic
GATCGTAGAGTGGAGCGAAC+AGG 0.496854 1:-34480047 MsG0180002191.01.T01:CDS
AGAGCCAACTGTTGGTGTGT+TGG 0.501997 1:-34480324 MsG0180002191.01.T01:CDS
TATTGAGGAGTAATAGAGAA+AGG 0.508829 1:-34480094 MsG0180002191.01.T01:CDS
TTTGGTTGTGATAATTCCAC+TGG 0.512118 1:-34480680 MsG0180002191.01.T01:CDS
TTATTGTTTCACTTGATTTG+GGG 0.519198 1:-34480403 MsG0180002191.01.T01:CDS
CATAAAACTAGTATTGATGA+TGG 0.544893 1:-34480014 MsG0180002191.01.T01:CDS
AGCCAACTGTTGGTGTGTTG+GGG 0.570455 1:-34480322 MsG0180002191.01.T01:CDS
CAAATCCTTGATAATTCTCA+CGG 0.578293 1:+34480540 None:intergenic
AGCAATTATCTATAATTGGA+GGG 0.588833 1:-34480069 MsG0180002191.01.T01:CDS
AAGCAATTATCTATAATTGG+AGG 0.599315 1:-34480070 MsG0180002191.01.T01:CDS
TAGGTATAGTGATATGGCGG+TGG 0.599504 1:-34480450 MsG0180002191.01.T01:CDS
ACAATGACGTCCCAATCACT+AGG 0.613170 1:-34480469 MsG0180002191.01.T01:CDS
CCAACAGTTGGCTCTATAAG+CGG 0.623841 1:+34480332 None:intergenic
CCGCTTATAGAGCCAACTGT+TGG 0.630731 1:-34480332 MsG0180002191.01.T01:CDS
CCATCCTTAGAAAGAAACAA+TGG 0.636498 1:+34480128 None:intergenic
TCTCACGGAGAGGAATAACC+GGG 0.641049 1:+34480555 None:intergenic
CACTAGGTATAGTGATATGG+CGG 0.643319 1:-34480453 MsG0180002191.01.T01:CDS
GCCAACTGTTGGTGTGTTGG+GGG 0.643941 1:-34480321 MsG0180002191.01.T01:CDS
CCTTGATAATTCTCACGGAG+AGG 0.645332 1:+34480545 None:intergenic
AATCAATATCGGTTGCCTCG+GGG 0.645958 1:-34480368 MsG0180002191.01.T01:CDS
TAATTGGAGGGATCGTAGAG+TGG 0.653332 1:-34480057 MsG0180002191.01.T01:CDS
ATGGTGATACACTCATATTG+AGG 0.664814 1:-34480109 MsG0180002191.01.T01:CDS
AACCACTTTAAAAGTGCCAG+TGG 0.684438 1:+34480664 None:intergenic
GGCACCTCATCAAAACCCCG+AGG 0.729996 1:+34480353 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TATAAGTATAAGAAAAACAA+AGG + Chr1:34480414-34480433 None:intergenic 15.0%
!! TCAATTAAAATATCACTTTA+CGG - Chr1:34480522-34480541 MsG0180002191.01.T01:CDS 15.0%
!!! AACTAAAAGTACTTTATTTT+TGG - Chr1:34480714-34480733 MsG0180002191.01.T01:CDS 15.0%
!! AGGAAAATATCTCAAAAAAT+TGG - Chr1:34479968-34479987 MsG0180002191.01.T01:CDS 20.0%
!! GGAAAATATCTCAAAAAATT+GGG - Chr1:34479969-34479988 MsG0180002191.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAGTACTTTATTTTTGGAAA+TGG - Chr1:34480720-34480739 MsG0180002191.01.T01:CDS 20.0%
!!! AGATGACCAATTTTATTATA+TGG - Chr1:34480434-34480453 MsG0180002191.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTCTTAATGACACTTTTAAT+TGG - Chr1:34480203-34480222 MsG0180002191.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTTTGAGATATTTTCCTAA+TGG + Chr1:34479966-34479985 None:intergenic 20.0%
! AAGCAATTATCTATAATTGG+AGG - Chr1:34480635-34480654 MsG0180002191.01.T01:CDS 25.0%
! AGCAATTATCTATAATTGGA+GGG - Chr1:34480636-34480655 MsG0180002191.01.T01:CDS 25.0%
! CATCTGCCATATAATAAAAT+TGG + Chr1:34480443-34480462 None:intergenic 25.0%
! CTGAGACATTTAATCAATAT+CGG - Chr1:34480326-34480345 MsG0180002191.01.T01:CDS 25.0%
! GTTATTGTTTCACTTGATTT+GGG - Chr1:34480301-34480320 MsG0180002191.01.T01:CDS 25.0%
! TGTTATTGTTTCACTTGATT+TGG - Chr1:34480300-34480319 MsG0180002191.01.T01:CDS 25.0%
!! TTATTGTTTCACTTGATTTG+GGG - Chr1:34480302-34480321 MsG0180002191.01.T01:CDS 25.0%
!! TTTTATTATATGGCAGATGA+AGG - Chr1:34480444-34480463 MsG0180002191.01.T01:CDS 25.0%
!!! CATAAAACTAGTATTGATGA+TGG - Chr1:34480691-34480710 MsG0180002191.01.T01:CDS 25.0%
!!! TAATGACACTTTTAATTGGT+TGG - Chr1:34480207-34480226 MsG0180002191.01.T01:CDS 25.0%
AATCACTAGGTATAGTGATA+TGG - Chr1:34480249-34480268 MsG0180002191.01.T01:CDS 30.0%
ATATCACTATACCTAGTGAT+TGG + Chr1:34480250-34480269 None:intergenic 30.0%
ATTGAGGAGTAATAGAGAAA+GGG - Chr1:34480612-34480631 MsG0180002191.01.T01:CDS 30.0%
GAGAAATATTGAAAGTTTCC+CGG - Chr1:34480132-34480151 MsG0180002191.01.T01:intron 30.0%
GGGAAGCAATTATCTATAAT+TGG - Chr1:34480632-34480651 MsG0180002191.01.T01:CDS 30.0%
TAAGCTTTCAACATAACCAT+TGG + Chr1:34480746-34480765 None:intergenic 30.0%
TATCACTATACCTAGTGATT+GGG + Chr1:34480249-34480268 None:intergenic 30.0%
TATTGAGGAGTAATAGAGAA+AGG - Chr1:34480611-34480630 MsG0180002191.01.T01:CDS 30.0%
! CAAATCCTTGATAATTCTCA+CGG + Chr1:34480168-34480187 None:intergenic 30.0%
! TCAGTTTAGGTGATAATGAT+TGG - Chr1:34480110-34480129 MsG0180002191.01.T01:CDS 30.0%
!!! TTATTTTTGGAAATGGCCAA+TGG - Chr1:34480727-34480746 MsG0180002191.01.T01:CDS 30.0%
ATATGGCAGATGAAGGAATT+TGG - Chr1:34480451-34480470 MsG0180002191.01.T01:CDS 35.0%
ATGGTGATACACTCATATTG+AGG - Chr1:34480596-34480615 MsG0180002191.01.T01:CDS 35.0%
CCATCCTTAGAAAGAAACAA+TGG + Chr1:34480580-34480599 None:intergenic 35.0%
CGTGAGAATTATCAAGGATT+TGG - Chr1:34480166-34480185 MsG0180002191.01.T01:intron 35.0%
TTTGGTTGTGATAATTCCAC+TGG - Chr1:34480025-34480044 MsG0180002191.01.T01:CDS 35.0%
! CATGCCATTGTTTCTTTCTA+AGG - Chr1:34480573-34480592 MsG0180002191.01.T01:CDS 35.0%
! CCATTGTTTCTTTCTAAGGA+TGG - Chr1:34480577-34480596 MsG0180002191.01.T01:CDS 35.0%
! GAGATATTTTCCTAATGGCT+GGG + Chr1:34479961-34479980 None:intergenic 35.0%
! GATGTGAGAGTTTTCAGTTT+AGG - Chr1:34480097-34480116 MsG0180002191.01.T01:CDS 35.0%
! TACGGTTTCGTCTTCAATTT+TGG - Chr1:34480007-34480026 MsG0180002191.01.T01:CDS 35.0%
! TGAGATATTTTCCTAATGGC+TGG + Chr1:34479962-34479981 None:intergenic 35.0%
! TTAATCAATATCGGTTGCCT+CGG - Chr1:34480335-34480354 MsG0180002191.01.T01:CDS 35.0%
CACTAGGTATAGTGATATGG+CGG - Chr1:34480252-34480271 MsG0180002191.01.T01:CDS 40.0%
GCATGAGATAACAACCTAGA+TGG + Chr1:34480558-34480577 None:intergenic 40.0%
TAACAACCTAGATGGTTCTC+AGG + Chr1:34480550-34480569 None:intergenic 40.0%
! GGGTCTTTTCGTGATGTATA+CGG - Chr1:34479989-34480008 MsG0180002191.01.T01:CDS 40.0%
! TAATCAATATCGGTTGCCTC+GGG - Chr1:34480336-34480355 MsG0180002191.01.T01:CDS 40.0%
!! AACCACTTTAAAAGTGCCAG+TGG + Chr1:34480044-34480063 None:intergenic 40.0%
!! TTCCACTGGCACTTTTAAAG+TGG - Chr1:34480039-34480058 MsG0180002191.01.T01:CDS 40.0%
ACAATGACGTCCCAATCACT+AGG - Chr1:34480236-34480255 MsG0180002191.01.T01:CDS 45.0%
CCTCTCCGTGAGAATTATCA+AGG - Chr1:34480160-34480179 MsG0180002191.01.T01:intron 45.0%
GTTTATGGAACCCAGCCATT+AGG - Chr1:34479948-34479967 MsG0180002191.01.T01:CDS 45.0%
TAATTGGAGGGATCGTAGAG+TGG - Chr1:34480648-34480667 MsG0180002191.01.T01:CDS 45.0%
TAGGTATAGTGATATGGCGG+TGG - Chr1:34480255-34480274 MsG0180002191.01.T01:CDS 45.0%
TTCTCACGGAGAGGAATAAC+CGG + Chr1:34480154-34480173 None:intergenic 45.0%
! AATCAATATCGGTTGCCTCG+GGG - Chr1:34480337-34480356 MsG0180002191.01.T01:CDS 45.0%
! CCTTGATAATTCTCACGGAG+AGG + Chr1:34480163-34480182 None:intergenic 45.0%
!! AATTTGGCGTTGACGAGTCT+TGG - Chr1:34480467-34480486 MsG0180002191.01.T01:CDS 45.0%
!! CCAACAGTTGGCTCTATAAG+CGG + Chr1:34480376-34480395 None:intergenic 45.0%
ACGGATCCTGAGAACCATCT+AGG - Chr1:34480541-34480560 MsG0180002191.01.T01:CDS 50.0%
AGAGCCAACTGTTGGTGTGT+TGG - Chr1:34480381-34480400 MsG0180002191.01.T01:CDS 50.0%
AGCCAACTGTTGGTGTGTTG+GGG - Chr1:34480383-34480402 MsG0180002191.01.T01:CDS 50.0%
CCGCTTATAGAGCCAACTGT+TGG - Chr1:34480373-34480392 MsG0180002191.01.T01:CDS 50.0%
GAGCCAACTGTTGGTGTGTT+GGG - Chr1:34480382-34480401 MsG0180002191.01.T01:CDS 50.0%
GTATAGTGATATGGCGGTGG+AGG - Chr1:34480258-34480277 MsG0180002191.01.T01:CDS 50.0%
TCTCACGGAGAGGAATAACC+GGG + Chr1:34480153-34480172 None:intergenic 50.0%
GATCGTAGAGTGGAGCGAAC+AGG - Chr1:34480658-34480677 MsG0180002191.01.T01:CDS 55.0%
GCCAACTGTTGGTGTGTTGG+GGG - Chr1:34480384-34480403 MsG0180002191.01.T01:CDS 55.0%
TCCCCCAACACACCAACAGT+TGG + Chr1:34480388-34480407 None:intergenic 55.0%
!! GTTGCCTCGGGGTTTTGATG+AGG - Chr1:34480348-34480367 MsG0180002191.01.T01:CDS 55.0%
GGCACCTCATCAAAACCCCG+AGG + Chr1:34480355-34480374 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 34479947 34480780 34479947 ID=MsG0180002191.01;Name=MsG0180002191.01
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Chr1 exon 34480169 34480780 34480169 ID=MsG0180002191.01.T01:exon:6865;Parent=MsG0180002191.01.T01
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Gene Sequence

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