AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038454.01

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MsG0780038454.01.T01 AT4G38870 27.612 268 152 9 8 256 49 293 3.25e-11 65.1

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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AAGATAACAAGGAATATAAT+TGG 0.222073 7:-47077095 MsG0780038454.01.T01:CDS
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GCGTGAGTTGTTTATGTTCC+CGG 0.280795 7:-47076776 MsG0780038454.01.T01:CDS
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CAAGTGAGATGATCACAAAT+TGG 0.390391 7:+47077055 None:intergenic
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TGAGATGTGTTTGCAAGTCT+TGG 0.448794 7:-47077731 MsG0780038454.01.T01:CDS
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CGAACAAGAGTGTAATGTAA+AGG 0.472173 7:+47077649 None:intergenic
CAGTCGTGTGAGAGATTTCA+CGG 0.482682 7:+47077752 None:intergenic
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CTTGTTATCTTGATTTCGAA+TGG 0.497435 7:+47077107 None:intergenic
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ATTATGGCGATCAAGTCATC+GGG 0.504766 7:+47077789 None:intergenic
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TAGCAGCACTCTTAATTGGT+TGG 0.513543 7:-47077130 MsG0780038454.01.T01:CDS
AATAAGTTGATACTGGGATA+CGG 0.521880 7:-47076733 MsG0780038454.01.T01:CDS
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TAAGGGGAAGGGTATAACAT+TGG 0.530402 7:+47077602 None:intergenic
AATTTGGAATTGAAGAGTCA+TGG 0.535313 7:-47076882 MsG0780038454.01.T01:CDS
CGCAGTCATTCTTTCTACAG+TGG 0.540107 7:-47077474 MsG0780038454.01.T01:CDS
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TATAACAAAATAGTTATCAT+CGG 0.590710 7:+47076918 None:intergenic
AATGGCAATAAGTTGATACT+GGG 0.594618 7:-47076739 MsG0780038454.01.T01:CDS
TTGATACTGGGATACGGGGA+AGG 0.595490 7:-47076727 MsG0780038454.01.T01:CDS
ATATTGCGGAAAGGAACCAC+AGG 0.596333 7:+47077189 None:intergenic
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TTTCTGGTGAGGAAATGTAA+TGG 0.615802 7:+47077557 None:intergenic
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GGTGAGGAAATGTAATGGAT+GGG 0.621384 7:+47077562 None:intergenic
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ACATAGAACGTTCTATATTG+CGG 0.637527 7:+47077175 None:intergenic
CAAGTCATCGGGGAGGACTG+CGG 0.644254 7:+47077800 None:intergenic
CCTGAGGGAGTAACAACTGA+CGG 0.653736 7:+47077013 None:intergenic
TCCATCAACACAGAAATAGA+CGG 0.657398 7:+47076964 None:intergenic
TAAGTTGATACTGGGATACG+GGG 0.709266 7:-47076731 MsG0780038454.01.T01:CDS
GTTGTGGCGTCTCGTCCACG+AGG 0.723596 7:-47077282 MsG0780038454.01.T01:CDS
GGGACTCTATCAAAACCCTG+AGG 0.724375 7:+47076997 None:intergenic
TGGCGATCAAGTCATCGGGG+AGG 0.729761 7:+47077793 None:intergenic
GTGTGAGAGATTTCACGGTG+AGG 0.730201 7:+47077757 None:intergenic
ATATATTCAAGATTTCCCTG+TGG 0.747640 7:-47077205 MsG0780038454.01.T01:CDS
TATTGCGGAAAGGAACCACA+GGG 0.752445 7:+47077190 None:intergenic
TTATGGCGATCAAGTCATCG+GGG 0.788094 7:+47077790 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAATCTATATAATAATACTT+TGG + Chr7:47077131-47077150 None:intergenic 10.0%
!! TATAACAAAATAGTTATCAT+CGG + Chr7:47077585-47077604 None:intergenic 15.0%
!!! ATGATAACTATTTTGTTATA+TGG - Chr7:47077585-47077604 MsG0780038454.01.T01:CDS 15.0%
!! AAGATAACAAGGAATATAAT+TGG - Chr7:47077405-47077424 MsG0780038454.01.T01:CDS 20.0%
!! ACTCATTATCTAACAAAATT+AGG - Chr7:47077084-47077103 MsG0780038454.01.T01:CDS 20.0%
!! AGATAACAAGGAATATAATT+GGG - Chr7:47077406-47077425 MsG0780038454.01.T01:CDS 20.0%
!! CTCATTATCTAACAAAATTA+GGG - Chr7:47077085-47077104 MsG0780038454.01.T01:CDS 20.0%
!! TCTGTAAAATTATAGACAAT+TGG + Chr7:47077806-47077825 None:intergenic 20.0%
!! TTTGGTTATGATAATACAAA+AGG - Chr7:47077185-47077204 MsG0780038454.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAGTGAAAGTTTTTAGTTTA+GGG - Chr7:47077258-47077277 MsG0780038454.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTTCTAATAAACGAGTTAA+GGG + Chr7:47076918-47076937 None:intergenic 20.0%
!!! TTTTGTATTATCATAACCAA+AGG + Chr7:47077186-47077205 None:intergenic 20.0%
! GGATCTTATAATTATTCCTT+TGG - Chr7:47077167-47077186 MsG0780038454.01.T01:CDS 25.0%
! TTTCTAATAAACGAGTTAAG+GGG + Chr7:47076917-47076936 None:intergenic 25.0%
!! GTTTTCTAATAAACGAGTTA+AGG + Chr7:47076919-47076938 None:intergenic 25.0%
!! TGTAATGTAAAGGTTTCTTT+TGG + Chr7:47076844-47076863 None:intergenic 25.0%
!!! AATGATTGTCACTTTTTTGT+TGG - Chr7:47076978-47076997 MsG0780038454.01.T01:CDS 25.0%
!!! AGTGAAAGTTTTTAGTTTAG+GGG - Chr7:47077259-47077278 MsG0780038454.01.T01:CDS 25.0%
!!! CATTTTTTGTCAATAGTTTC+TGG + Chr7:47076962-47076981 None:intergenic 25.0%
!!! GAAGTGAAAGTTTTTAGTTT+AGG - Chr7:47077257-47077276 MsG0780038454.01.T01:CDS 25.0%
AAGGTGTAATTTGATGAATG+AGG + Chr7:47076814-47076833 None:intergenic 30.0%
ACATAGAACGTTCTATATTG+CGG + Chr7:47077328-47077347 None:intergenic 30.0%
AGGTGTAATTTGATGAATGA+GGG + Chr7:47076813-47076832 None:intergenic 30.0%
ATATATTCAAGATTTCCCTG+TGG - Chr7:47077295-47077314 MsG0780038454.01.T01:CDS 30.0%
ATTACACTCTTGTTCGAATT+CGG - Chr7:47076858-47076877 MsG0780038454.01.T01:CDS 30.0%
CATTCGAAATCAAGATAACA+AGG - Chr7:47077394-47077413 MsG0780038454.01.T01:CDS 30.0%
TGATCATCTCACTTGATTTA+GGG - Chr7:47077453-47077472 MsG0780038454.01.T01:CDS 30.0%
TTAGTTTAGGGGATAATATC+TGG - Chr7:47077270-47077289 MsG0780038454.01.T01:CDS 30.0%
! AATTTGGAATTGAAGAGTCA+TGG - Chr7:47077618-47077637 MsG0780038454.01.T01:CDS 30.0%
! CTTGTTATCTTGATTTCGAA+TGG + Chr7:47077396-47077415 None:intergenic 30.0%
!! AAAAGGCATTCATAAAGTTG+TGG - Chr7:47077202-47077221 MsG0780038454.01.T01:CDS 30.0%
!! AAATGGCAATAAGTTGATAC+TGG - Chr7:47077760-47077779 MsG0780038454.01.T01:CDS 30.0%
!! AATAAGTTGATACTGGGATA+CGG - Chr7:47077767-47077786 MsG0780038454.01.T01:CDS 30.0%
!! AATGGCAATAAGTTGATACT+GGG - Chr7:47077761-47077780 MsG0780038454.01.T01:CDS 30.0%
!! GATTTTGAAGACGATGAATT+TGG - Chr7:47077146-47077165 MsG0780038454.01.T01:CDS 30.0%
!! TAGATAATGAGTTTGTTGCA+GGG + Chr7:47077076-47077095 None:intergenic 30.0%
!! TTAGATAATGAGTTTGTTGC+AGG + Chr7:47077077-47077096 None:intergenic 30.0%
!! TTTTGTTATATGGCAGATGA+AGG - Chr7:47077595-47077614 MsG0780038454.01.T01:CDS 30.0%
AATAAACGAGTTAAGGGGAA+GGG + Chr7:47076912-47076931 None:intergenic 35.0%
ATAAACAACTCACGCCAATA+TGG + Chr7:47077719-47077738 None:intergenic 35.0%
ATATGGCAGATGAAGGAATT+TGG - Chr7:47077602-47077621 MsG0780038454.01.T01:CDS 35.0%
ATGTTAGCAGCACTCTTAAT+TGG - Chr7:47077366-47077385 MsG0780038454.01.T01:CDS 35.0%
ATTCAGCAGTCTGATAACTA+GGG + Chr7:47077691-47077710 None:intergenic 35.0%
CAAGTGAGATGATCACAAAT+TGG + Chr7:47077448-47077467 None:intergenic 35.0%
GTGATCATCTCACTTGATTT+AGG - Chr7:47077452-47077471 MsG0780038454.01.T01:CDS 35.0%
TAAACAACTCACGCCAATAT+GGG + Chr7:47077718-47077737 None:intergenic 35.0%
TAATAAACGAGTTAAGGGGA+AGG + Chr7:47076913-47076932 None:intergenic 35.0%
TCCATCAACACAGAAATAGA+CGG + Chr7:47077539-47077558 None:intergenic 35.0%
! CATTTTCAGAAAGACAAACC+GGG + Chr7:47077745-47077764 None:intergenic 35.0%
! CCATTTTCAGAAAGACAAAC+CGG + Chr7:47077746-47077765 None:intergenic 35.0%
! CGAACAAGAGTGTAATGTAA+AGG + Chr7:47076854-47076873 None:intergenic 35.0%
! TTTCTGGTGAGGAAATGTAA+TGG + Chr7:47076946-47076965 None:intergenic 35.0%
!! ATAAGTTGATACTGGGATAC+GGG - Chr7:47077768-47077787 MsG0780038454.01.T01:CDS 35.0%
!! TTTGTCAATAGTTTCTGGTG+AGG + Chr7:47076957-47076976 None:intergenic 35.0%
!!! TTGTTGCAGGGTTTTGAAAA+CGG + Chr7:47077064-47077083 None:intergenic 35.0%
!!! TTTTTTGTTGGTTCCTGCAA+TGG - Chr7:47076990-47077009 MsG0780038454.01.T01:CDS 35.0%
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AAATAGACGGTTCCTGTTGT+GGG + Chr7:47077526-47077545 None:intergenic 40.0%
ATTATGGCGATCAAGTCATC+GGG + Chr7:47076714-47076733 None:intergenic 40.0%
CATTCAGCAGTCTGATAACT+AGG + Chr7:47077692-47077711 None:intergenic 40.0%
CGTTCTATGTGTGTGAATGT+TGG - Chr7:47077338-47077357 MsG0780038454.01.T01:CDS 40.0%
CTAGTTATCAGACTGCTGAA+TGG - Chr7:47077690-47077709 MsG0780038454.01.T01:CDS 40.0%
CTTGTTCGAATTCGGATATC+AGG - Chr7:47076866-47076885 MsG0780038454.01.T01:CDS 40.0%
GAACGTTCTATATTGCGGAA+AGG + Chr7:47077323-47077342 None:intergenic 40.0%
GATTATGGCGATCAAGTCAT+CGG + Chr7:47076715-47076734 None:intergenic 40.0%
GGTGAGGAACGATAAGATTA+TGG + Chr7:47076730-47076749 None:intergenic 40.0%
TAGCAGCACTCTTAATTGGT+TGG - Chr7:47077370-47077389 MsG0780038454.01.T01:CDS 40.0%
TGAGATGTGTTTGCAAGTCT+TGG - Chr7:47076769-47076788 MsG0780038454.01.T01:CDS 40.0%
! CCGGTTTGTCTTTCTGAAAA+TGG - Chr7:47077743-47077762 MsG0780038454.01.T01:CDS 40.0%
! GGTTTCTTTTGGATCGTTGA+AGG + Chr7:47076833-47076852 None:intergenic 40.0%
! TAAGGGGAAGGGTATAACAT+TGG + Chr7:47076901-47076920 None:intergenic 40.0%
! TGGTGAGGAAATGTAATGGA+TGG + Chr7:47076942-47076961 None:intergenic 40.0%
! TTTTGATAGAGTCCCACAAC+AGG - Chr7:47077511-47077530 MsG0780038454.01.T01:CDS 40.0%
!! ACCGTCTATTTCTGTGTTGA+TGG - Chr7:47077535-47077554 MsG0780038454.01.T01:CDS 40.0%
!! CGGTGTTGTGAGAAAAACAT+AGG + Chr7:47077565-47077584 None:intergenic 40.0%
!! GGTGAGGAAATGTAATGGAT+GGG + Chr7:47076941-47076960 None:intergenic 40.0%
!! TAAGTTGATACTGGGATACG+GGG - Chr7:47077769-47077788 MsG0780038454.01.T01:CDS 40.0%
ATATTGCGGAAAGGAACCAC+AGG + Chr7:47077314-47077333 None:intergenic 45.0%
CAGTCGTGTGAGAGATTTCA+CGG + Chr7:47076751-47076770 None:intergenic 45.0%
CGCAGTCATTCTTTCTACAG+TGG - Chr7:47077026-47077045 MsG0780038454.01.T01:CDS 45.0%
GAAATAGACGGTTCCTGTTG+TGG + Chr7:47077527-47077546 None:intergenic 45.0%
GCGTGAGTTGTTTATGTTCC+CGG - Chr7:47077724-47077743 MsG0780038454.01.T01:CDS 45.0%
GGACTCTATCAAAACCCTGA+GGG + Chr7:47077505-47077524 None:intergenic 45.0%
TATTGCGGAAAGGAACCACA+GGG + Chr7:47077313-47077332 None:intergenic 45.0%
TTATGGCGATCAAGTCATCG+GGG + Chr7:47076713-47076732 None:intergenic 45.0%
CCTGAGGGAGTAACAACTGA+CGG + Chr7:47077490-47077509 None:intergenic 50.0%
CGTCAGTTGTTACTCCCTCA+GGG - Chr7:47077488-47077507 MsG0780038454.01.T01:CDS 50.0%
CTGCTGAATGGCTCCCATAT+TGG - Chr7:47077702-47077721 MsG0780038454.01.T01:CDS 50.0%
GGGACTCTATCAAAACCCTG+AGG + Chr7:47077506-47077525 None:intergenic 50.0%
GTGTGAGAGATTTCACGGTG+AGG + Chr7:47076746-47076765 None:intergenic 50.0%
TTGATACTGGGATACGGGGA+AGG - Chr7:47077773-47077792 MsG0780038454.01.T01:CDS 50.0%
CCGTCAGTTGTTACTCCCTC+AGG - Chr7:47077487-47077506 MsG0780038454.01.T01:CDS 55.0%
CAAGTCATCGGGGAGGACTG+CGG + Chr7:47076703-47076722 None:intergenic 60.0%
TGGCGATCAAGTCATCGGGG+AGG + Chr7:47076710-47076729 None:intergenic 60.0%
ACGAGGAGAGGGGGAAGGAG+TGG - Chr7:47077235-47077254 MsG0780038454.01.T01:CDS 65.0%
ACTCCTTCCCCCTCTCCTCG+TGG + Chr7:47077236-47077255 None:intergenic 65.0%
CGTCTCGTCCACGAGGAGAG+GGG - Chr7:47077225-47077244 MsG0780038454.01.T01:CDS 65.0%
GCGTCTCGTCCACGAGGAGA+GGG - Chr7:47077224-47077243 MsG0780038454.01.T01:CDS 65.0%
GTCTCGTCCACGAGGAGAGG+GGG - Chr7:47077226-47077245 MsG0780038454.01.T01:CDS 65.0%
GTTGTGGCGTCTCGTCCACG+AGG - Chr7:47077218-47077237 MsG0780038454.01.T01:CDS 65.0%
CGGGGAGGACTGCGGAGTGT+CGG + Chr7:47076695-47076714 None:intergenic 70.0%
CGTCCACGAGGAGAGGGGGA+AGG - Chr7:47077230-47077249 MsG0780038454.01.T01:CDS 70.0%
GGCGTCTCGTCCACGAGGAG+AGG - Chr7:47077223-47077242 MsG0780038454.01.T01:CDS 70.0%
!! GGAGGACTGCGGAGTGTCGG+AGG + Chr7:47076692-47076711 None:intergenic 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 47076675 47077847 47076675 ID=MsG0780038454.01;Name=MsG0780038454.01
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Chr7 exon 47076675 47077847 47076675 ID=MsG0780038454.01.T01:exon:4920;Parent=MsG0780038454.01.T01
Chr7 CDS 47076675 47077847 47076675 ID=MsG0780038454.01.T01:cds;Parent=MsG0780038454.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780038454.01.T01

ATGAAATCTTATCGCCTCCGACACTCCGCAGTCCTCCCCGATGACTTGATCGCCATAATCTTATCGTTCCTCACCGTGAAATCTCTCACACGACTGAGATGTGTTTGCAAGTCTTGGAATTCTCTCATCTCTGAACCCTCATTCATCAAATTACACCTTCAACGATCCAAAAGAAACCTTTACATTACACTCTTGTTCGAATTCGGATATCAGGACTTTGATTCCAATGTTATACCCTTCCCCTTAACTCGTTTATTAGAAAACCCATCCATTACATTTCCTCACCAGAAACTATTGACAAAAAATGATTGTCACTTTTTTGTTGGTTCCTGCAATGGATTGCTTTGCTTTCGCAGTCATTCTTTCTACAGTGGAGATGTCTCGCTCCGTTTTCAAAACCCTGCAACAAACTCATTATCTAACAAAATTAGGGTTTATGACAATAATATAAAGCCAAAGTATTATTATATAGATTTTGAAGACGATGAATTTGGATCTTATAATTATTCCTTTGGTTATGATAATACAAAAGGCATTCATAAAGTTGTGGCGTCTCGTCCACGAGGAGAGGGGGAAGGAGTGGAAGTGAAAGTTTTTAGTTTAGGGGATAATATCTGGAGATATATTCAAGATTTCCCTGTGGTTCCTTTCCGCAATATAGAACGTTCTATGTGTGTGAATGTTGGTGTGTATGTTAGCAGCACTCTTAATTGGTTGGCCATTCGAAATCAAGATAACAAGGAATATAATTGGGAATTTATTAATGTCAACCAATTTGTGATCATCTCACTTGATTTAGGGAAAGAAACGTACCGTCAGTTGTTACTCCCTCAGGGTTTTGATAGAGTCCCACAACAGGAACCGTCTATTTCTGTGTTGATGGATTACCTATGTTTTTCTCACAACACCGATGATAACTATTTTGTTATATGGCAGATGAAGGAATTTGGAATTGAAGAGTCATGGACTCTGTTACTTAAAATTAGTTATCAAAGTCTTCAAAATGCTTTTATCCCTAGTTATCAGACTGCTGAATGGCTCCCATATTGGCGTGAGTTGTTTATGTTCCCGGTTTGTCTTTCTGAAAATGGCAATAAGTTGATACTGGGATACGGGGAAGGATACGATCCAATTGTCTATAATTTTACAGAAAATAGAGCAGAAAAAAATTAG
Protein sequence

>MsG0780038454.01.T01

MKSYRLRHSAVLPDDLIAIILSFLTVKSLTRLRCVCKSWNSLISEPSFIKLHLQRSKRNLYITLLFEFGYQDFDSNVIPFPLTRLLENPSITFPHQKLLTKNDCHFFVGSCNGLLCFRSHSFYSGDVSLRFQNPATNSLSNKIRVYDNNIKPKYYYIDFEDDEFGSYNYSFGYDNTKGIHKVVASRPRGEGEGVEVKVFSLGDNIWRYIQDFPVVPFRNIERSMCVNVGVYVSSTLNWLAIRNQDNKEYNWEFINVNQFVIISLDLGKETYRQLLLPQGFDRVPQQEPSISVLMDYLCFSHNTDDNYFVIWQMKEFGIEESWTLLLKISYQSLQNAFIPSYQTAEWLPYWRELFMFPVCLSENGNKLILGYGEGYDPIVYNFTENRAEKN*