AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038732.01

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MsG0780038732.01.T01 MTR_7g021580 52.239 67 27 2 35 96 151 217 4.04e-11 61.6
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MsG0780038732.01.T01 MTR_4g024870 27.841 176 99 7 39 188 185 358 9.43e-11 61.2
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score

Find 33 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 56 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TACAATCATTTCACTTGATC+TGG 0.256358 7:+52028460 MsG0780038732.01.T01:CDS
CACGATACACTCACTGATAT+TGG 0.268345 7:+52028737 MsG0780038732.01.T01:CDS
GGATGGTAGTGTTAATTTCT+TGG 0.274307 7:+52028379 MsG0780038732.01.T01:CDS
ATGAAGATTCACCGTATAAA+AGG 0.280486 7:+52028113 MsG0780038732.01.T01:CDS
CTGATATTGGAAAGCTATCT+TGG 0.310367 7:+52028750 MsG0780038732.01.T01:CDS
AGTATGGAGTTGTAGATTCT+TGG 0.323895 7:+52028627 MsG0780038732.01.T01:CDS
CATATATAATGGCGTGCATT+TGG 0.325256 7:+52028358 MsG0780038732.01.T01:CDS
GCCATCACTATATTTGTTGA+TGG 0.328101 7:+52028544 MsG0780038732.01.T01:CDS
ATACCAACGATCCTTACTAT+AGG 0.363752 7:+52028204 MsG0780038732.01.T01:CDS
ATATGGAAAATGACGGAGTA+TGG 0.378875 7:+52028611 MsG0780038732.01.T01:CDS
TGTCTTAAATTAAAGACAAT+TGG 0.386516 7:-52028780 None:intergenic
TTAGTTTGGGCGATAATGTT+TGG 0.394600 7:+52028306 MsG0780038732.01.T01:CDS
AATGACTTAAGGAGATATAT+AGG 0.401915 7:-52028151 None:intergenic
TAATTCAACTGATACTTATA+AGG 0.407977 7:+52028250 MsG0780038732.01.T01:CDS
TACCAACGATCCTTACTATA+GGG 0.412640 7:+52028205 MsG0780038732.01.T01:CDS
TATAGTGATGGCTCGACATA+TGG 0.413911 7:-52028533 None:intergenic
TTATGAGCCCAGGGATATTA+CGG 0.414825 7:+52028427 MsG0780038732.01.T01:CDS
TATAGGGCGAAGTTTACATT+TGG 0.430721 7:+52028221 MsG0780038732.01.T01:CDS
TATAGTAAGGATCGTTGGTA+TGG 0.455065 7:-52028202 None:intergenic
GTAAACTTCGCCCTATAGTA+AGG 0.467124 7:-52028215 None:intergenic
ACTTTCCAGAAAATGACTTA+AGG 0.479267 7:-52028162 None:intergenic
AACTGATACTTATAAGGTAG+TGG 0.484690 7:+52028256 MsG0780038732.01.T01:CDS
TTGCTCAACCGTAATATCCC+TGG 0.499904 7:-52028435 None:intergenic
TGCTCAACCGTAATATCCCT+GGG 0.516385 7:-52028434 None:intergenic
TAGCTGATTATTATGAGCCC+AGG 0.522118 7:+52028417 MsG0780038732.01.T01:CDS
ACAATCATTTCACTTGATCT+GGG 0.524163 7:+52028461 MsG0780038732.01.T01:CDS
TATAATGGCGTGCATTTGGA+TGG 0.556820 7:+52028362 MsG0780038732.01.T01:CDS
CGCCCTATAGTAAGGATCGT+TGG 0.560375 7:-52028207 None:intergenic
TCCATCAACAAATATAGTGA+TGG 0.573044 7:-52028545 None:intergenic
ATAGTAAGGATCGTTGGTAT+GGG 0.573275 7:-52028201 None:intergenic
GAAAGGTACAATGGAAAGCA+TGG 0.580230 7:-52028707 None:intergenic
AGCTGATTATTATGAGCCCA+GGG 0.614398 7:+52028418 MsG0780038732.01.T01:CDS
GTATGGGTTATCGACTTCGA+CGG 0.615147 7:-52028185 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TTATATATGTAAAAATAGAC+AGG - Chr7:52028347-52028366 None:intergenic 15.0%
!!! GTCTATTTTTACATATATAA+TGG + Chr7:52028347-52028366 MsG0780038732.01.T01:CDS 15.0%
!! TAATTCAACTGATACTTATA+AGG + Chr7:52028250-52028269 MsG0780038732.01.T01:CDS 20.0%
!!! CATTTTCCATATAACAAAAT+GGG - Chr7:52028603-52028622 None:intergenic 20.0%
!!! TCATTTTCCATATAACAAAA+TGG - Chr7:52028604-52028623 None:intergenic 20.0%
!!! TTTTGTTATATGGAAAATGA+CGG + Chr7:52028604-52028623 MsG0780038732.01.T01:CDS 20.0%
! AATGACTTAAGGAGATATAT+AGG - Chr7:52028154-52028173 None:intergenic 25.0%
! GAGATATATAGGTAAAAAAC+TGG - Chr7:52028143-52028162 None:intergenic 25.0%
!! TGAACATTTTAGATTATGAG+TGG + Chr7:52028681-52028700 MsG0780038732.01.T01:CDS 25.0%
AACTGATACTTATAAGGTAG+TGG + Chr7:52028256-52028275 MsG0780038732.01.T01:CDS 30.0%
ACAATCATTTCACTTGATCT+GGG + Chr7:52028461-52028480 MsG0780038732.01.T01:CDS 30.0%
ACTTTCCAGAAAATGACTTA+AGG - Chr7:52028165-52028184 None:intergenic 30.0%
ATGAAGATTCACCGTATAAA+AGG + Chr7:52028113-52028132 MsG0780038732.01.T01:CDS 30.0%
TACAATCATTTCACTTGATC+TGG + Chr7:52028460-52028479 MsG0780038732.01.T01:CDS 30.0%
TCCATCAACAAATATAGTGA+TGG - Chr7:52028548-52028567 None:intergenic 30.0%
TGACAACTTCAGAAAAACAA+AGG - Chr7:52028574-52028593 None:intergenic 30.0%
! AAACTGGTGTTCCTTTTATA+CGG - Chr7:52028127-52028146 None:intergenic 30.0%
!! AGGAAACCCATTTTGTTATA+TGG + Chr7:52028594-52028613 MsG0780038732.01.T01:CDS 30.0%
!! TATCTCCTTAAGTCATTTTC+TGG + Chr7:52028157-52028176 MsG0780038732.01.T01:CDS 30.0%
!! TGATTTTCAGAAAGGTACAA+TGG - Chr7:52028719-52028738 None:intergenic 30.0%
!!! TTGTTTTTCTGAAGTTGTCA+AGG + Chr7:52028574-52028593 MsG0780038732.01.T01:CDS 30.0%
AGTATGGAGTTGTAGATTCT+TGG + Chr7:52028627-52028646 MsG0780038732.01.T01:CDS 35.0%
ATACCAACGATCCTTACTAT+AGG + Chr7:52028204-52028223 MsG0780038732.01.T01:CDS 35.0%
ATAGTAAGGATCGTTGGTAT+GGG - Chr7:52028204-52028223 None:intergenic 35.0%
CATATATAATGGCGTGCATT+TGG + Chr7:52028358-52028377 MsG0780038732.01.T01:CDS 35.0%
CTGATATTGGAAAGCTATCT+TGG + Chr7:52028750-52028769 MsG0780038732.01.T01:CDS 35.0%
TACCAACGATCCTTACTATA+GGG + Chr7:52028205-52028224 MsG0780038732.01.T01:CDS 35.0%
TATAGGGCGAAGTTTACATT+TGG + Chr7:52028221-52028240 MsG0780038732.01.T01:CDS 35.0%
TATAGTAAGGATCGTTGGTA+TGG - Chr7:52028205-52028224 None:intergenic 35.0%
! ATATGGAAAATGACGGAGTA+TGG + Chr7:52028611-52028630 MsG0780038732.01.T01:CDS 35.0%
! GCCATCACTATATTTGTTGA+TGG + Chr7:52028544-52028563 MsG0780038732.01.T01:CDS 35.0%
! GGATGGTAGTGTTAATTTCT+TGG + Chr7:52028379-52028398 MsG0780038732.01.T01:CDS 35.0%
! GTGTATCGTGATTTTCAGAA+AGG - Chr7:52028727-52028746 None:intergenic 35.0%
! TTAGTTTGGGCGATAATGTT+TGG + Chr7:52028306-52028325 MsG0780038732.01.T01:CDS 35.0%
!!! TAAGGTAGTGGTTTTAGAAG+AGG + Chr7:52028268-52028287 MsG0780038732.01.T01:CDS 35.0%
AGCTGATTATTATGAGCCCA+GGG + Chr7:52028418-52028437 MsG0780038732.01.T01:CDS 40.0%
CACGATACACTCACTGATAT+TGG + Chr7:52028737-52028756 MsG0780038732.01.T01:CDS 40.0%
GTAAACTTCGCCCTATAGTA+AGG - Chr7:52028218-52028237 None:intergenic 40.0%
TAGCTGATTATTATGAGCCC+AGG + Chr7:52028417-52028436 MsG0780038732.01.T01:CDS 40.0%
TATAATGGCGTGCATTTGGA+TGG + Chr7:52028362-52028381 MsG0780038732.01.T01:CDS 40.0%
TATAGTGATGGCTCGACATA+TGG - Chr7:52028536-52028555 None:intergenic 40.0%
TTATGAGCCCAGGGATATTA+CGG + Chr7:52028427-52028446 MsG0780038732.01.T01:CDS 40.0%
! CTTTTGATCAAATCCTCGAG+GGG - Chr7:52028513-52028532 None:intergenic 40.0%
! GAAAGGTACAATGGAAAGCA+TGG - Chr7:52028710-52028729 None:intergenic 40.0%
! GCTTTTGATCAAATCCTCGA+GGG - Chr7:52028514-52028533 None:intergenic 40.0%
! TTTTGATCAAATCCTCGAGG+GGG - Chr7:52028512-52028531 None:intergenic 40.0%
AAAGAGTTTATTCCCCCTCG+AGG + Chr7:52028497-52028516 MsG0780038732.01.T01:CDS 45.0%
TGCTCAACCGTAATATCCCT+GGG - Chr7:52028437-52028456 None:intergenic 45.0%
TTGCTCAACCGTAATATCCC+TGG - Chr7:52028438-52028457 None:intergenic 45.0%
! GGCTTTTGATCAAATCCTCG+AGG - Chr7:52028515-52028534 None:intergenic 45.0%
!! GTATGGGTTATCGACTTCGA+CGG - Chr7:52028188-52028207 None:intergenic 45.0%
!!! AGTGGTTTTAGAAGAGGTGG+CGG + Chr7:52028274-52028293 MsG0780038732.01.T01:CDS 45.0%
!!! GCGGCGAGAGTTTTTAGTTT+GGG + Chr7:52028293-52028312 MsG0780038732.01.T01:CDS 45.0%
!!! GGTAGTGGTTTTAGAAGAGG+TGG + Chr7:52028271-52028290 MsG0780038732.01.T01:CDS 45.0%
CGCCCTATAGTAAGGATCGT+TGG - Chr7:52028210-52028229 None:intergenic 50.0%
!!! GGCGGCGAGAGTTTTTAGTT+TGG + Chr7:52028292-52028311 MsG0780038732.01.T01:CDS 50.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 52028113 52028793 52028113 ID=MsG0780038732.01;Name=MsG0780038732.01
Chr7 mRNA 52028113 52028793 52028113 ID=MsG0780038732.01.T01;Parent=MsG0780038732.01;Name=MsG0780038732.01.T01;_AED=0.50;_eAED=0.50;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|226
Chr7 exon 52028113 52028793 52028113 ID=MsG0780038732.01.T01:exon:8250;Parent=MsG0780038732.01.T01
Chr7 CDS 52028113 52028793 52028113 ID=MsG0780038732.01.T01:cds;Parent=MsG0780038732.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780038732.01.T01

ATGAAGATTCACCGTATAAAAGGAACACCAGTTTTTTACCTATATATCTCCTTAAGTCATTTTCTGGAAAGTCCGTCGAAGTCGATAACCCATACCAACGATCCTTACTATAGGGCGAAGTTTACATTTGGTTATGATAATTCAACTGATACTTATAAGGTAGTGGTTTTAGAAGAGGTGGCGGCGAGAGTTTTTAGTTTGGGCGATAATGTTTGGAGAAATATTCATCTTCCTGTCTATTTTTACATATATAATGGCGTGCATTTGGATGGTAGTGTTAATTTCTTGGCAATTCGCGATTACATAGCTGATTATTATGAGCCCAGGGATATTACGGTTGAGCAAGTTACAATCATTTCACTTGATCTGGGTACAGAGACATACAAAGAGTTTATTCCCCCTCGAGGATTTGATCAAAAGCCATATGTCGAGCCATCACTATATTTGTTGATGGATTGCCTTTGTTTTTCTGAAGTTGTCAAGGAAACCCATTTTGTTATATGGAAAATGACGGAGTATGGAGTTGTAGATTCTTGGACTGAATTACTTAAGATTAGTTTTCAAAGTATGAACATTTTAGATTATGAGTGGTTGCCATGCTTTCCATTGTACCTTTCTGAAAATCACGATACACTCACTGATATTGGAAAGCTATCTTGGAAAGCAACCAATTGTCTTTAA
Protein sequence

>MsG0780038732.01.T01

MKIHRIKGTPVFYLYISLSHFLESPSKSITHTNDPYYRAKFTFGYDNSTDTYKVVVLEEVAARVFSLGDNVWRNIHLPVYFYIYNGVHLDGSVNFLAIRDYIADYYEPRDITVEQVTIISLDLGTETYKEFIPPRGFDQKPYVEPSLYLLMDCLCFSEVVKETHFVIWKMTEYGVVDSWTELLKISFQSMNILDYEWLPCFPLYLSENHDTLTDIGKLSWKATNCL*