AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780040503.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0780040503.01.T01 AT3G23880 26.250 320 176 12 13 304 14 301 1.31e-12 68.2

Find 74 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 82 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CTATTTCTGGGACGGTGTTC+TGG 0.116314 7:+78470916 MsG0780040503.01.T01:CDS
CCCAAAAGCTGGGCTATTTC+TGG 0.135435 7:+78470903 MsG0780040503.01.T01:CDS
AGGTGGAGTTTCACAAATTT+AGG 0.206823 7:-78470614 None:intergenic
CTTCCCAATGATCCTCATTA+TGG 0.234234 7:+78470755 MsG0780040503.01.T01:CDS
TTGGCCCATCCAAGTGAATT+TGG 0.258389 7:+78471170 MsG0780040503.01.T01:CDS
CTTGGTTATTCTCCCCTTCA+TGG 0.284508 7:+78470836 MsG0780040503.01.T01:CDS
TGATCCTCATTATGGATTAA+TGG 0.291759 7:+78470763 MsG0780040503.01.T01:CDS
ATTTGAATGGAAGTCTTAAT+TGG 0.293761 7:+78471147 MsG0780040503.01.T01:CDS
CCCAGAAATAGCCCAGCTTT+TGG 0.296602 7:-78470904 None:intergenic
TAAGGTTGTGATGTTACTTT+TGG 0.298649 7:+78470994 MsG0780040503.01.T01:CDS
CTATGGAAGATGGAAGAATT+TGG 0.313695 7:+78471389 MsG0780040503.01.T01:CDS
TATTTCTGGGACGGTGTTCT+GGG 0.358143 7:+78470917 MsG0780040503.01.T01:CDS
TAACTCATCGCAGACTTATA+AGG 0.368622 7:+78470976 MsG0780040503.01.T01:CDS
GGTTTCTTGCAGATCGCTTA+AGG 0.382162 7:-78470634 None:intergenic
ATACATACCGATGGCTCAAT+AGG 0.391680 7:-78471314 None:intergenic
TGTGATTGTTTCACTTGATC+TGG 0.393603 7:+78471238 MsG0780040503.01.T01:CDS
ACACCACCATCATTCACATT+AGG 0.398594 7:-78471122 None:intergenic
AATTTGGAGTTGAAGAGTCT+TGG 0.399949 7:+78471405 MsG0780040503.01.T01:CDS
TTCTCTCTTAAACGACTAAC+GGG 0.407023 7:-78470719 None:intergenic
GATGGTGGTGTTTATTTGAA+TGG 0.411285 7:+78471134 MsG0780040503.01.T01:CDS
CCGTAAAATGTCCCAAAAGC+TGG 0.415692 7:+78470892 MsG0780040503.01.T01:CDS
TAATCCATAATGAGGATCAT+TGG 0.418896 7:-78470759 None:intergenic
AATGGATTGCTCTGTTTGCT+TGG 0.419207 7:+78470818 MsG0780040503.01.T01:CDS
CCAAAAGCTGGGCTATTTCT+GGG 0.421289 7:+78470904 MsG0780040503.01.T01:CDS
ATTTATTAAAATACAGTGTC+AGG 0.424995 7:-78470661 None:intergenic
GAAAGATGTGGTTCCGTTTG+TGG 0.441014 7:+78470858 MsG0780040503.01.T01:CDS
GCCATCGGTATGTATATTGT+TGG 0.447780 7:+78471322 MsG0780040503.01.T01:CDS
AACGACTGTAAATATGTTGT+TGG 0.454824 7:+78470788 MsG0780040503.01.T01:CDS
TGTAACCAAATTCACTTGGA+TGG 0.460400 7:-78471175 None:intergenic
AAATTAGCTATCAAAATCTT+CGG 0.467034 7:+78471441 MsG0780040503.01.T01:CDS
AATCCATAATGAGGATCATT+GGG 0.468518 7:-78470758 None:intergenic
ACTTCAGTGACAAGTTCATC+GGG 0.477216 7:-78470515 None:intergenic
GAATGGAAGTCTTAATTGGT+TGG 0.481493 7:+78471151 MsG0780040503.01.T01:CDS
ATACACACCTCATTTGCATA+AGG 0.494799 7:-78470562 None:intergenic
CGTAAAATGTCCCAAAAGCT+GGG 0.504370 7:+78470893 MsG0780040503.01.T01:CDS
GGATAGCAGGATTCCACAAA+CGG 0.511108 7:-78470871 None:intergenic
CTTAAACGACTAACGGGGAA+TGG 0.517328 7:-78470713 None:intergenic
TATGTTGTTGGTTCTTGCAA+TGG 0.518091 7:+78470800 MsG0780040503.01.T01:CDS
CCGTCTCATCACCTTTGATC+GGG 0.518775 7:-78470484 None:intergenic
ACCGTCTCATCACCTTTGAT+CGG 0.521181 7:-78470485 None:intergenic
TGAGGTGTGTATGCAAGTCT+TGG 0.534227 7:+78470573 MsG0780040503.01.T01:CDS
AACTTCAGTGACAAGTTCAT+CGG 0.535257 7:-78470516 None:intergenic
TAAAATACAGTGTCAGGTGA+GGG 0.554025 7:-78470655 None:intergenic
GGAACCACATCTTTCCATGA+AGG 0.562041 7:-78470850 None:intergenic
TTATCCATTAATCCATAATG+AGG 0.567266 7:-78470767 None:intergenic
TTCTTGCAGATCGCTTAAGG+TGG 0.575619 7:-78470631 None:intergenic
GTTCTCTCTTAAACGACTAA+CGG 0.580888 7:-78470720 None:intergenic
TTAATGTAACCAAATTCACT+TGG 0.583018 7:-78471179 None:intergenic
TTAAAATACAGTGTCAGGTG+AGG 0.584685 7:-78470656 None:intergenic
AGTATGAGATTCCCGATCAA+AGG 0.586363 7:+78470473 None:intergenic
AATGTCACCTATTGAGCCAT+CGG 0.588151 7:+78471307 MsG0780040503.01.T01:CDS
CATAATGAGGATCATTGGGA+AGG 0.589688 7:-78470754 None:intergenic
GTAACCAAATTCACTTGGAT+GGG 0.590235 7:-78471174 None:intergenic
AACCACATCTTTCCATGAAG+GGG 0.592373 7:-78470848 None:intergenic
CCCGATCAAAGGTGATGAGA+CGG 0.592887 7:+78470484 MsG0780040503.01.T01:CDS
GTGTATCACCATGATCAGAA+AGG 0.594058 7:-78471512 None:intergenic
CTCCCCTTCATGGAAAGATG+TGG 0.599250 7:+78470846 MsG0780040503.01.T01:CDS
TGAAGTTCCTTATGCAAATG+AGG 0.600616 7:+78470555 MsG0780040503.01.T01:CDS
AAGCTGGGCTATTTCTGGGA+CGG 0.606935 7:+78470908 MsG0780040503.01.T01:CDS
AATAAATCGATTATTTATCG+AGG 0.614033 7:+78470677 MsG0780040503.01.T01:CDS
GAACCACATCTTTCCATGAA+GGG 0.622284 7:-78470849 None:intergenic
ACTGAACCTAATGTGAATGA+TGG 0.623801 7:+78471116 MsG0780040503.01.T01:CDS
ATAATGAGGATCATTGGGAA+GGG 0.625734 7:-78470753 None:intergenic
TCCAACAATATACATACCGA+TGG 0.630746 7:-78471323 None:intergenic
ACAAAGTTGATGCCTCCTTG+TGG 0.647934 7:+78471275 MsG0780040503.01.T01:CDS
TAGTCGTTTAAGAGAGAACA+CGG 0.671391 7:+78470724 MsG0780040503.01.T01:CDS
TTGCATAAGGAACTTCACAT+CGG 0.673194 7:-78470549 None:intergenic
CAGTGACAAGTTCATCGGGG+AGG 0.707942 7:-78470511 None:intergenic
GAACCTAATGTGAATGATGG+TGG 0.724297 7:+78471119 MsG0780040503.01.T01:CDS
GACATTTCATCAAAACCACA+AGG 0.725590 7:-78471290 None:intergenic
TCTCTCTTAAACGACTAACG+GGG 0.739955 7:-78470718 None:intergenic
AATCTTCGGAGTATACATCG+TGG 0.772266 7:+78471455 MsG0780040503.01.T01:CDS
ATTTCATCAAAACCACAAGG+AGG 0.774467 7:-78471287 None:intergenic
CTTCAGTGACAAGTTCATCG+GGG 0.778416 7:-78470514 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAATTAGCTATCAAAATCTT+CGG + Chr7:78471441-78471460 MsG0780040503.01.T01:CDS 20.0%
!! AATAAATCGATTATTTATCG+AGG + Chr7:78470677-78470696 MsG0780040503.01.T01:CDS 20.0%
!! ATTTATTAAAATACAGTGTC+AGG - Chr7:78470664-78470683 None:intergenic 20.0%
!!! GTTACATTAATTTTTATGCT+TGG + Chr7:78471192-78471211 MsG0780040503.01.T01:CDS 20.0%
! ATTTGAATGGAAGTCTTAAT+TGG + Chr7:78471147-78471166 MsG0780040503.01.T01:CDS 25.0%
! TTAATGTAACCAAATTCACT+TGG - Chr7:78471182-78471201 None:intergenic 25.0%
! TTATCCATTAATCCATAATG+AGG - Chr7:78470770-78470789 None:intergenic 25.0%
!!! AGAAAACTGATTTTGTTCTA+TGG + Chr7:78471372-78471391 MsG0780040503.01.T01:CDS 25.0%
AACGACTGTAAATATGTTGT+TGG + Chr7:78470788-78470807 MsG0780040503.01.T01:CDS 30.0%
AATCCATAATGAGGATCATT+GGG - Chr7:78470761-78470780 None:intergenic 30.0%
CAAAAATGAAGAAAAACTGC+AGG - Chr7:78471092-78471111 None:intergenic 30.0%
TAATCCATAATGAGGATCAT+TGG - Chr7:78470762-78470781 None:intergenic 30.0%
! ACTGCAGGAAAATTTTGAAT+AGG - Chr7:78471077-78471096 None:intergenic 30.0%
! TAAATTTGCGTGATAATGTC+TGG + Chr7:78471048-78471067 MsG0780040503.01.T01:intron 30.0%
! TGATCCTCATTATGGATTAA+TGG + Chr7:78470763-78470782 MsG0780040503.01.T01:CDS 30.0%
! TGATTTTGTTCTATGGAAGA+TGG + Chr7:78471379-78471398 MsG0780040503.01.T01:CDS 30.0%
!!! TAAGGTTGTGATGTTACTTT+TGG + Chr7:78470994-78471013 MsG0780040503.01.T01:CDS 30.0%
!!! TTCAGTTTTAAGTTTGCGTT+TGG + Chr7:78470947-78470966 MsG0780040503.01.T01:CDS 30.0%
AACTTCAGTGACAAGTTCAT+CGG - Chr7:78470519-78470538 None:intergenic 35.0%
ACTGAACCTAATGTGAATGA+TGG + Chr7:78471116-78471135 MsG0780040503.01.T01:CDS 35.0%
AGGTGGAGTTTCACAAATTT+AGG - Chr7:78470617-78470636 None:intergenic 35.0%
ATAATGAGGATCATTGGGAA+GGG - Chr7:78470756-78470775 None:intergenic 35.0%
ATACACACCTCATTTGCATA+AGG - Chr7:78470565-78470584 None:intergenic 35.0%
ATTTCATCAAAACCACAAGG+AGG - Chr7:78471290-78471309 None:intergenic 35.0%
CTATGGAAGATGGAAGAATT+TGG + Chr7:78471389-78471408 MsG0780040503.01.T01:CDS 35.0%
GAATGGAAGTCTTAATTGGT+TGG + Chr7:78471151-78471170 MsG0780040503.01.T01:CDS 35.0%
GACATTTCATCAAAACCACA+AGG - Chr7:78471293-78471312 None:intergenic 35.0%
GTAACCAAATTCACTTGGAT+GGG - Chr7:78471177-78471196 None:intergenic 35.0%
GTTCTCTCTTAAACGACTAA+CGG - Chr7:78470723-78470742 None:intergenic 35.0%
TAAAATACAGTGTCAGGTGA+GGG - Chr7:78470658-78470677 None:intergenic 35.0%
TAACTCATCGCAGACTTATA+AGG + Chr7:78470976-78470995 MsG0780040503.01.T01:CDS 35.0%
TAGTCGTTTAAGAGAGAACA+CGG + Chr7:78470724-78470743 MsG0780040503.01.T01:CDS 35.0%
TCCAACAATATACATACCGA+TGG - Chr7:78471326-78471345 None:intergenic 35.0%
TGAAGTTCCTTATGCAAATG+AGG + Chr7:78470555-78470574 MsG0780040503.01.T01:CDS 35.0%
TGTAACCAAATTCACTTGGA+TGG - Chr7:78471178-78471197 None:intergenic 35.0%
TGTGATTGTTTCACTTGATC+TGG + Chr7:78471238-78471257 MsG0780040503.01.T01:CDS 35.0%
TTAAAATACAGTGTCAGGTG+AGG - Chr7:78470659-78470678 None:intergenic 35.0%
TTCTCTCTTAAACGACTAAC+GGG - Chr7:78470722-78470741 None:intergenic 35.0%
TTGCATAAGGAACTTCACAT+CGG - Chr7:78470552-78470571 None:intergenic 35.0%
! AATTTGGAGTTGAAGAGTCT+TGG + Chr7:78471405-78471424 MsG0780040503.01.T01:CDS 35.0%
! GATGGTGGTGTTTATTTGAA+TGG + Chr7:78471134-78471153 MsG0780040503.01.T01:CDS 35.0%
!! TATGTTGTTGGTTCTTGCAA+TGG + Chr7:78470800-78470819 MsG0780040503.01.T01:CDS 35.0%
AACCACATCTTTCCATGAAG+GGG - Chr7:78470851-78470870 None:intergenic 40.0%
AATCTTCGGAGTATACATCG+TGG + Chr7:78471455-78471474 MsG0780040503.01.T01:CDS 40.0%
AATGTCACCTATTGAGCCAT+CGG + Chr7:78471307-78471326 MsG0780040503.01.T01:CDS 40.0%
ACACCACCATCATTCACATT+AGG - Chr7:78471125-78471144 None:intergenic 40.0%
ACTTCAGTGACAAGTTCATC+GGG - Chr7:78470518-78470537 None:intergenic 40.0%
ATACATACCGATGGCTCAAT+AGG - Chr7:78471317-78471336 None:intergenic 40.0%
CATAATGAGGATCATTGGGA+AGG - Chr7:78470757-78470776 None:intergenic 40.0%
CGTAAAATGTCCCAAAAGCT+GGG + Chr7:78470893-78470912 MsG0780040503.01.T01:CDS 40.0%
CTTCCCAATGATCCTCATTA+TGG + Chr7:78470755-78470774 MsG0780040503.01.T01:CDS 40.0%
GAACCACATCTTTCCATGAA+GGG - Chr7:78470852-78470871 None:intergenic 40.0%
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GCCATCGGTATGTATATTGT+TGG + Chr7:78471322-78471341 MsG0780040503.01.T01:CDS 40.0%
TCTCTCTTAAACGACTAACG+GGG - Chr7:78470721-78470740 None:intergenic 40.0%
!! AATGGATTGCTCTGTTTGCT+TGG + Chr7:78470818-78470837 MsG0780040503.01.T01:CDS 40.0%
!!! CCAGCTTTTGGGACATTTTA+CGG - Chr7:78470895-78470914 None:intergenic 40.0%
ACCGTCTCATCACCTTTGAT+CGG - Chr7:78470488-78470507 None:intergenic 45.0%
CCGTAAAATGTCCCAAAAGC+TGG + Chr7:78470892-78470911 MsG0780040503.01.T01:CDS 45.0%
CTTAAACGACTAACGGGGAA+TGG - Chr7:78470716-78470735 None:intergenic 45.0%
CTTCAGTGACAAGTTCATCG+GGG - Chr7:78470517-78470536 None:intergenic 45.0%
CTTGGTTATTCTCCCCTTCA+TGG + Chr7:78470836-78470855 MsG0780040503.01.T01:CDS 45.0%
GAAAGATGTGGTTCCGTTTG+TGG + Chr7:78470858-78470877 MsG0780040503.01.T01:CDS 45.0%
GGAACCACATCTTTCCATGA+AGG - Chr7:78470853-78470872 None:intergenic 45.0%
GGATAGCAGGATTCCACAAA+CGG - Chr7:78470874-78470893 None:intergenic 45.0%
GGTTTCTTGCAGATCGCTTA+AGG - Chr7:78470637-78470656 None:intergenic 45.0%
TGAGGTGTGTATGCAAGTCT+TGG + Chr7:78470573-78470592 MsG0780040503.01.T01:CDS 45.0%
TTCTTGCAGATCGCTTAAGG+TGG - Chr7:78470634-78470653 None:intergenic 45.0%
TTGGCCCATCCAAGTGAATT+TGG + Chr7:78471170-78471189 MsG0780040503.01.T01:CDS 45.0%
! CCAGAAATAGCCCAGCTTTT+GGG - Chr7:78470906-78470925 None:intergenic 45.0%
! TGGGACATTTTACGGATAGC+AGG - Chr7:78470887-78470906 None:intergenic 45.0%
!! ACAAAGTTGATGCCTCCTTG+TGG + Chr7:78471275-78471294 MsG0780040503.01.T01:CDS 45.0%
!! CCAAAAGCTGGGCTATTTCT+GGG + Chr7:78470904-78470923 MsG0780040503.01.T01:CDS 45.0%
!! TATTTCTGGGACGGTGTTCT+GGG + Chr7:78470917-78470936 MsG0780040503.01.T01:CDS 45.0%
CCCGATCAAAGGTGATGAGA+CGG + Chr7:78470484-78470503 MsG0780040503.01.T01:CDS 50.0%
CCGTCTCATCACCTTTGATC+GGG - Chr7:78470487-78470506 None:intergenic 50.0%
CTCCCCTTCATGGAAAGATG+TGG + Chr7:78470846-78470865 MsG0780040503.01.T01:CDS 50.0%
! CCCAAAAGCTGGGCTATTTC+TGG + Chr7:78470903-78470922 MsG0780040503.01.T01:CDS 50.0%
! CCCAGAAATAGCCCAGCTTT+TGG - Chr7:78470907-78470926 None:intergenic 50.0%
!! AAGCTGGGCTATTTCTGGGA+CGG + Chr7:78470908-78470927 MsG0780040503.01.T01:CDS 50.0%
!! CTATTTCTGGGACGGTGTTC+TGG + Chr7:78470916-78470935 MsG0780040503.01.T01:CDS 50.0%
CAGTGACAAGTTCATCGGGG+AGG - Chr7:78470514-78470533 None:intergenic 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 78470476 78471520 78470476 ID=MsG0780040503.01;Name=MsG0780040503.01
Chr7 mRNA 78470476 78471520 78470476 ID=MsG0780040503.01.T01;Parent=MsG0780040503.01;Name=MsG0780040503.01.T01;_AED=0.39;_eAED=0.39;_QI=0|0|0|1|1|1|2|0|328
Chr7 exon 78470476 78471037 78470476 ID=MsG0780040503.01.T01:exon:290;Parent=MsG0780040503.01.T01
Chr7 exon 78471096 78471520 78471096 ID=MsG0780040503.01.T01:exon:291;Parent=MsG0780040503.01.T01
Chr7 CDS 78470476 78471037 78470476 ID=MsG0780040503.01.T01:cds;Parent=MsG0780040503.01.T01
Chr7 CDS 78471096 78471520 78471096 ID=MsG0780040503.01.T01:cds;Parent=MsG0780040503.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780040503.01.T01

ATGAGATTCCCGATCAAAGGTGATGAGACGGTGTTCCTCCCCGATGAACTTGTCACTGAAGTTCTTTCATTTTCCGATGTGAAGTTCCTTATGCAAATGAGGTGTGTATGCAAGTCTTGGAAATCTATCATTTCTGATCCTAAATTTGTGAAACTCCACCTTAAGCGATCTGCAAGAAACCCTCACCTGACACTGTATTTTAATAAATCGATTATTTATCGAGGTTTCAGTGTTGTACCATTCCCCGTTAGTCGTTTAAGAGAGAACACGGTGATCTCCCTTCCCAATGATCCTCATTATGGATTAATGGATAACGACTGTAAATATGTTGTTGGTTCTTGCAATGGATTGCTCTGTTTGCTTGGTTATTCTCCCCTTCATGGAAAGATGTGGTTCCGTTTGTGGAATCCTGCTATCCGTAAAATGTCCCAAAAGCTGGGCTATTTCTGGGACGGTGTTCTGGGTTTATATTTCAGTTTTAAGTTTGCGTTTGGTTATGATAACTCATCGCAGACTTATAAGGTTGTGATGTTACTTTTGGATGAAGCTGAAAACAGAACTCTTTTTCTTCATTTTTGTGATACTGAACCTAATGTGAATGATGGTGGTGTTTATTTGAATGGAAGTCTTAATTGGTTGGCCCATCCAAGTGAATTTGGTTACATTAATTTTTATGCTTGGAAGAAAATGAATGTTAAGAAATTTGTGATTGTTTCACTTGATCTGGAAACAGAGACATACACAAAGTTGATGCCTCCTTGTGGTTTTGATGAAATGTCACCTATTGAGCCATCGGTATGTATATTGTTGGATTGTCTTTGCTTTTATAATGATTACAAGAAAACTGATTTTGTTCTATGGAAGATGGAAGAATTTGGAGTTGAAGAGTCTTGGATTCAACTTATTAAAATTAGCTATCAAAATCTTCGGAGTATACATCGTGGCTTTGTTGACTTAGAACTTTCTAAATACATTGCACCTTTCTGA
Protein sequence

>MsG0780040503.01.T01

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