AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038982.01

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MsG0780038982.01.T01 MTR_8g101580 29.878 164 105 5 53 213 238 394 6.24e-11 61.2
MsG0780038982.01.T01 MTR_3g036335 35.503 169 84 10 54 213 242 394 7.58e-11 61.2
MsG0780038982.01.T01 MTR_5g046280 39.785 93 51 4 54 146 100 187 7.92e-11 60.5
MsG0780038982.01.T01 MTR_5g022420 30.286 175 103 9 50 213 211 377 9.99e-11 60.8
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score

Find 36 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 45 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TATTCTTCACTGTCTTTAAC+AGG 0.259072 7:+56338483 MsG0780038982.01.T01:CDS
TGCGACTGATACCATGTTAA+AGG 0.320305 7:+56338193 None:intergenic
ATTTGAGTGGGACTATTAAT+TGG 0.354466 7:+56338531 MsG0780038982.01.T01:CDS
TAATCCCAAGAAAACTGAAT+TGG 0.369392 7:+56338718 MsG0780038982.01.T01:CDS
AATGGGTTACGTAGAAAGTT+TGG 0.399574 7:+56338976 MsG0780038982.01.T01:CDS
AAGCAGTTGCTGCCACCTCC+AGG 0.432559 7:+56338629 MsG0780038982.01.T01:CDS
GACTGGTTCGACCAGGCAAT+GGG 0.438216 7:+56338959 MsG0780038982.01.T01:CDS
AATTGAACAACATGAGTAAG+AGG 0.449784 7:-56338569 None:intergenic
TCCATCAAAACCCTAAGAAC+TGG 0.470130 7:-56338677 None:intergenic
AGTACGGCTTTCAAGAGTCT+TGG 0.476511 7:+56338759 MsG0780038982.01.T01:CDS
TTAAATTATAGATATATGGC+TGG 0.489048 7:-56338895 None:intergenic
AAGCTTGATTTGTGCTTCCA+TGG 0.504079 7:-56338229 None:intergenic
CTAAGAACTGGCTGAAAACA+TGG 0.512945 7:-56338665 None:intergenic
TTTCTACGTAACCCATTGCC+TGG 0.517305 7:-56338970 None:intergenic
GAGTGGGACTATTAATTGGT+TGG 0.518597 7:+56338535 MsG0780038982.01.T01:CDS
AAGTAGGACACAACGTAGAC+TGG 0.521896 7:+56338942 MsG0780038982.01.T01:CDS
TTATGGCAAATGAAGGAGTA+CGG 0.524528 7:+56338743 MsG0780038982.01.T01:CDS
AGGGACTGCCGCCTCAATGA+TGG 0.531767 7:+56338503 MsG0780038982.01.T01:CDS
ACAGTAAAGAGAATTAAAGT+AGG 0.544736 7:+56338926 MsG0780038982.01.T01:CDS
AGACTGGTTCGACCAGGCAA+TGG 0.552460 7:+56338958 MsG0780038982.01.T01:CDS
TGCAATGTGCAAGATGAAGA+AGG 0.555297 7:+56338251 MsG0780038982.01.T01:CDS
AAGGATAATCTCAAACTCCA+TGG 0.556407 7:+56338212 MsG0780038982.01.T01:CDS
AGCAGTTGCTGCCACCTCCA+GGG 0.556665 7:+56338630 MsG0780038982.01.T01:CDS
ATCTCATTAAACCCTGGAGG+TGG 0.558321 7:-56338641 None:intergenic
CAACGTAGACTGGTTCGACC+AGG 0.568703 7:+56338952 MsG0780038982.01.T01:CDS
TGTTTCACTTGATCTTTCGA+CGG 0.571187 7:+56338598 MsG0780038982.01.T01:CDS
GACATGCAAAACCAGCATCA+AGG 0.572410 7:-56338826 None:intergenic
AATGATGGTGTGCATTTGAG+TGG 0.576297 7:+56338518 MsG0780038982.01.T01:CDS
TCTTTATGTAGATAGTGATA+CGG 0.605230 7:+56338847 MsG0780038982.01.T01:CDS
TCAAATGCACACCATCATTG+AGG 0.613140 7:-56338514 None:intergenic
TTTGAGATTATCCTTTAACA+TGG 0.623393 7:-56338204 None:intergenic
ATTCTTCACTGTCTTTAACA+GGG 0.628238 7:+56338484 MsG0780038982.01.T01:CDS
CATGGCATCTCATTAAACCC+TGG 0.644756 7:-56338647 None:intergenic
ATGATGGTGTGCATTTGAGT+GGG 0.655818 7:+56338519 MsG0780038982.01.T01:CDS
AATGCACACCATCATTGAGG+CGG 0.682629 7:-56338511 None:intergenic
GGCATCTCATTAAACCCTGG+AGG 0.693778 7:-56338644 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TCTTTTAAATTATAGATATA+TGG - Chr7:56338902-56338921 None:intergenic 10.0%
!! TTAAATTATAGATATATGGC+TGG - Chr7:56338898-56338917 None:intergenic 20.0%
! ACAGTAAAGAGAATTAAAGT+AGG + Chr7:56338926-56338945 MsG0780038982.01.T01:CDS 25.0%
! TCTTTATGTAGATAGTGATA+CGG + Chr7:56338847-56338866 MsG0780038982.01.T01:CDS 25.0%
!! AAAACCAATTCAGTTTTCTT+GGG - Chr7:56338725-56338744 None:intergenic 25.0%
!! ATTTTACAGCTGTATTAGTT+AGG - Chr7:56338405-56338424 None:intergenic 25.0%
!! TAAAACCAATTCAGTTTTCT+TGG - Chr7:56338726-56338745 None:intergenic 25.0%
!!! AGAAAACTGAATTGGTTTTA+TGG + Chr7:56338726-56338745 MsG0780038982.01.T01:CDS 25.0%
AATTGAACAACATGAGTAAG+AGG - Chr7:56338572-56338591 None:intergenic 30.0%
ATTCTTCACTGTCTTTAACA+GGG + Chr7:56338484-56338503 MsG0780038982.01.T01:CDS 30.0%
ATTTGAGTGGGACTATTAAT+TGG + Chr7:56338531-56338550 MsG0780038982.01.T01:CDS 30.0%
CTAATACTCTAACTCAACTA+TGG + Chr7:56338350-56338369 MsG0780038982.01.T01:intron 30.0%
TAATCCCAAGAAAACTGAAT+TGG + Chr7:56338718-56338737 MsG0780038982.01.T01:CDS 30.0%
TATTCTTCACTGTCTTTAAC+AGG + Chr7:56338483-56338502 MsG0780038982.01.T01:CDS 30.0%
!!! ATTGGTTTTATGGCAAATGA+AGG + Chr7:56338736-56338755 MsG0780038982.01.T01:CDS 30.0%
AAGGATAATCTCAAACTCCA+TGG + Chr7:56338212-56338231 MsG0780038982.01.T01:CDS 35.0%
TGTTTCACTTGATCTTTCGA+CGG + Chr7:56338598-56338617 MsG0780038982.01.T01:CDS 35.0%
TTATGGCAAATGAAGGAGTA+CGG + Chr7:56338743-56338762 MsG0780038982.01.T01:CDS 35.0%
! ATGTTTTCAGCCAGTTCTTA+GGG + Chr7:56338667-56338686 MsG0780038982.01.T01:CDS 35.0%
!! AATGGGTTACGTAGAAAGTT+TGG + Chr7:56338976-56338995 MsG0780038982.01.T01:CDS 35.0%
CAAAAACAACACCTTGATGC+TGG + Chr7:56338815-56338834 MsG0780038982.01.T01:CDS 40.0%
CTAAGAACTGGCTGAAAACA+TGG - Chr7:56338668-56338687 None:intergenic 40.0%
GAGTGGGACTATTAATTGGT+TGG + Chr7:56338535-56338554 MsG0780038982.01.T01:CDS 40.0%
TCAAATGCACACCATCATTG+AGG - Chr7:56338517-56338536 None:intergenic 40.0%
TCCATCAAAACCCTAAGAAC+TGG - Chr7:56338680-56338699 None:intergenic 40.0%
TGCAATGTGCAAGATGAAGA+AGG + Chr7:56338251-56338270 MsG0780038982.01.T01:CDS 40.0%
! AATGATGGTGTGCATTTGAG+TGG + Chr7:56338518-56338537 MsG0780038982.01.T01:CDS 40.0%
! ATGATGGTGTGCATTTGAGT+GGG + Chr7:56338519-56338538 MsG0780038982.01.T01:CDS 40.0%
! CATGTTTTCAGCCAGTTCTT+AGG + Chr7:56338666-56338685 MsG0780038982.01.T01:CDS 40.0%
!! AAGCTTGATTTGTGCTTCCA+TGG - Chr7:56338232-56338251 None:intergenic 40.0%
AAGTAGGACACAACGTAGAC+TGG + Chr7:56338942-56338961 MsG0780038982.01.T01:CDS 45.0%
AATGCACACCATCATTGAGG+CGG - Chr7:56338514-56338533 None:intergenic 45.0%
AGTACGGCTTTCAAGAGTCT+TGG + Chr7:56338759-56338778 MsG0780038982.01.T01:CDS 45.0%
ATCTCATTAAACCCTGGAGG+TGG - Chr7:56338644-56338663 None:intergenic 45.0%
CATGGCATCTCATTAAACCC+TGG - Chr7:56338650-56338669 None:intergenic 45.0%
GACATGCAAAACCAGCATCA+AGG - Chr7:56338829-56338848 None:intergenic 45.0%
TTTCTACGTAACCCATTGCC+TGG - Chr7:56338973-56338992 None:intergenic 45.0%
!! GCCAGTTCTTAGGGTTTTGA+TGG + Chr7:56338676-56338695 MsG0780038982.01.T01:CDS 45.0%
GGCATCTCATTAAACCCTGG+AGG - Chr7:56338647-56338666 None:intergenic 50.0%
!! AGACTGGTTCGACCAGGCAA+TGG + Chr7:56338958-56338977 MsG0780038982.01.T01:CDS 55.0%
!! CAACGTAGACTGGTTCGACC+AGG + Chr7:56338952-56338971 MsG0780038982.01.T01:CDS 55.0%
!! GACTGGTTCGACCAGGCAAT+GGG + Chr7:56338959-56338978 MsG0780038982.01.T01:CDS 55.0%
AAGCAGTTGCTGCCACCTCC+AGG + Chr7:56338629-56338648 MsG0780038982.01.T01:CDS 60.0%
AGCAGTTGCTGCCACCTCCA+GGG + Chr7:56338630-56338649 MsG0780038982.01.T01:CDS 60.0%
AGGGACTGCCGCCTCAATGA+TGG + Chr7:56338503-56338522 MsG0780038982.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 56338206 56339012 56338206 ID=MsG0780038982.01;Name=MsG0780038982.01
Chr7 mRNA 56338206 56339012 56338206 ID=MsG0780038982.01.T01;Parent=MsG0780038982.01;Name=MsG0780038982.01.T01;_AED=0.51;_eAED=0.51;_QI=0|0|0|0.5|0|0|2|0|215
Chr7 exon 56338206 56338278 56338206 ID=MsG0780038982.01.T01:exon:7941;Parent=MsG0780038982.01.T01
Chr7 exon 56338438 56339012 56338438 ID=MsG0780038982.01.T01:exon:7942;Parent=MsG0780038982.01.T01
Chr7 CDS 56338206 56338278 56338206 ID=MsG0780038982.01.T01:cds;Parent=MsG0780038982.01.T01
Chr7 CDS 56338438 56339012 56338438 ID=MsG0780038982.01.T01:cds;Parent=MsG0780038982.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780038982.01.T01

ATGTTAAAGGATAATCTCAAACTCCATGGAAGCACAAATCAAGCTTGCAATGTGCAAGATGAAGAAGGAAAAATTAGTTATACAAGAAAACTTGTTGCGCAAGTTACTGCAACTATCTTATTCTTCACTGTCTTTAACAGGGACTGCCGCCTCAATGATGGTGTGCATTTGAGTGGGACTATTAATTGGTTGGCTATGTACAAGCCTCTTACTCATGTTGTTCAATTTGTTATTGTTTCACTTGATCTTTCGACGGAATCATACAAGCAGTTGCTGCCACCTCCAGGGTTTAATGAGATGCCATGTTTTCAGCCAGTTCTTAGGGTTTTGATGGACAGTCTTTGTTTATCTCATAATCCCAAGAAAACTGAATTGGTTTTATGGCAAATGAAGGAGTACGGCTTTCAAGAGTCTTGGACTCAATTATTTAAGATTAGTTGCAAGAATCTTCAAAAACAACACCTTGATGCTGGTTTTGCATGTCTTTATGTAGATAGTGATACGGTGATTTTTGCAAATAAATACTGCAACCAGCCATATATCTATAATTTAAAAGACAAAACAGTAAAGAGAATTAAAGTAGGACACAACGTAGACTGGTTCGACCAGGCAATGGGTTACGTAGAAAGTTTGGTTTCAGTTCCTTGA
Protein sequence

>MsG0780038982.01.T01

MLKDNLKLHGSTNQACNVQDEEGKISYTRKLVAQVTATILFFTVFNRDCRLNDGVHLSGTINWLAMYKPLTHVVQFVIVSLDLSTESYKQLLPPPGFNEMPCFQPVLRVLMDSLCLSHNPKKTELVLWQMKEYGFQESWTQLFKISCKNLQKQHLDAGFACLYVDSDTVIFANKYCNQPYIYNLKDKTVKRIKVGHNVDWFDQAMGYVESLVSVP*