AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038741.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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MsG0780038741.01.T01 AT1G33530 27.742 310 178 13 7 304 91 366 5.27e-15 76.6
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Find 92 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 101 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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TTGTCCGTCAGTTGATAGTA+AGG 0.461930 7:-52136770 None:intergenic
CTTAGATTAGGTATAACAAT+TGG 0.462188 7:-52137283 None:intergenic
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CACTTCTGTGATAAGTTCGT+CGG 0.517933 7:-52136534 None:intergenic
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GATAGTAAGGATCTCTTGCA+GGG 0.546825 7:-52136757 None:intergenic
TCCCCTATGATTCATCATCA+TGG 0.549739 7:+52137085 MsG0780038741.01.T01:CDS
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AATATACCTTGGTGGTCCAA+TGG 0.554085 7:+52137583 MsG0780038741.01.T01:CDS
CTATGATTCATCATCATGGC+CGG 0.555210 7:+52137089 MsG0780038741.01.T01:CDS
AAGGGTTGCCGCTACATCGT+TGG 0.568410 7:+52136791 MsG0780038741.01.T01:CDS
GCCTGCAACTGAGATGGAGG+GGG 0.570209 7:-52136503 None:intergenic
TGCCTGCAACTGAGATGGAG+GGG 0.572609 7:-52136504 None:intergenic
ATGCCTGCAACTGAGATGGA+GGG 0.574794 7:-52136505 None:intergenic
TAACCAAACGTGAAATGCGA+AGG 0.577858 7:-52136959 None:intergenic
GGTGATGATTATAATTGCAA+GGG 0.579117 7:+52137169 MsG0780038741.01.T01:CDS
GCATGAGAGATTTGACAGAA+AGG 0.580903 7:-52136565 None:intergenic
TCACATGCACAACCTTCATC+CGG 0.581354 7:-52137108 None:intergenic
GAGAAATGATCAATATACCT+TGG 0.587845 7:+52137572 MsG0780038741.01.T01:CDS
AAATGATCAATATACCTTGG+TGG 0.592093 7:+52137575 MsG0780038741.01.T01:CDS
AATGCCTGCAACTGAGATGG+AGG 0.592466 7:-52136506 None:intergenic
TTACTATCAACTGACGGACA+AGG 0.595967 7:+52136772 MsG0780038741.01.T01:CDS
GAGAGGTAGTGTTAATTGGT+TGG 0.601438 7:+52137129 MsG0780038741.01.T01:CDS
TGCAGGAACCAACGATGTAG+CGG 0.605978 7:-52136799 None:intergenic
GGATTGCTTTGCTTATTCGG+TGG 0.608609 7:+52136824 MsG0780038741.01.T01:CDS
TACTATCAACTGACGGACAA+GGG 0.609956 7:+52136773 MsG0780038741.01.T01:CDS
AGTATAGAGCGGACGAAGGG+GGG 0.613698 7:+52136852 MsG0780038741.01.T01:CDS
TTTCTGTCAAATCTCTCATG+CGG 0.614577 7:+52136567 MsG0780038741.01.T01:CDS
GAGTATAGAGCGGACGAAGG+GGG 0.621530 7:+52136851 MsG0780038741.01.T01:CDS
GTGTTTGGAACCCGGCCACA+AGG 0.621913 7:+52136894 MsG0780038741.01.T01:CDS
AACCAAACGTGAAATGCGAA+GGG 0.627334 7:-52136958 None:intergenic
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CTGTGATAAGTTCGTCGGGG+AGG 0.634742 7:-52136529 None:intergenic
TGAAGTGTTTGAGTAAGTCA+TGG 0.635640 7:+52136591 MsG0780038741.01.T01:CDS
AGGAAAGACTCTGAAGAACA+CGG 0.641427 7:-52136723 None:intergenic
TTCAACAGAAACTTATAAGG+TGG 0.647911 7:+52136988 MsG0780038741.01.T01:CDS
GGCACTTCATTGAAACCATG+AGG 0.654786 7:-52137262 None:intergenic
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AGTGAGTATAGAGCGGACGA+AGG 0.665527 7:+52136848 MsG0780038741.01.T01:CDS
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ATGAAGGTTGTGCATGTGAG+AGG 0.672670 7:+52137112 MsG0780038741.01.T01:CDS
CCTGCAACTGAGATGGAGGG+GGG 0.674722 7:-52136502 None:intergenic
ACTTCATTGAAACCATGAGG+AGG 0.695362 7:-52137259 None:intergenic
TTCTGACCATTGGACCACCA+AGG 0.699070 7:-52137589 None:intergenic
CGGTGGAAGTGAGTATAGAG+CGG 0.717404 7:+52136841 MsG0780038741.01.T01:CDS
CATCGTATGATACAAATGTG+CGG 0.733989 7:-52136679 None:intergenic
GCCATGATGATGAATCATAG+GGG 0.738632 7:-52137086 None:intergenic
CTTCTGTGATAAGTTCGTCG+GGG 0.742249 7:-52136532 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAAAACTCATTATGTTATA+TGG + Chr7:52137344-52137363 MsG0780038741.01.T01:CDS 15.0%
!! GAAAAATTAAATTGTGATGA+TGG + Chr7:52136926-52136945 MsG0780038741.01.T01:CDS 20.0%
!! TATAATTTGAGAGATAATAG+AGG + Chr7:52137550-52137569 MsG0780038741.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAATGTTAGAGTTTTTAGTT+TGG + Chr7:52137033-52137052 MsG0780038741.01.T01:CDS 20.0%
!!! AATGTTAGAGTTTTTAGTTT+GGG + Chr7:52137034-52137053 MsG0780038741.01.T01:CDS 20.0%
!!! TCTTTGAAGATAATCATTTA+TGG - Chr7:52137518-52137537 None:intergenic 20.0%
! CTTAGATTAGGTATAACAAT+TGG - Chr7:52137286-52137305 None:intergenic 25.0%
! GTGATTATTTCACTTGATTT+GGG + Chr7:52137211-52137230 MsG0780038741.01.T01:CDS 25.0%
! TCTCTCAAATTATAGAGAAT+TGG - Chr7:52137544-52137563 None:intergenic 25.0%
! TGATTCAACAGAAACTTATA+AGG + Chr7:52136985-52137004 MsG0780038741.01.T01:CDS 25.0%
! TGTGATTATTTCACTTGATT+TGG + Chr7:52137210-52137229 MsG0780038741.01.T01:CDS 25.0%
! TTATGTTATATGGCAAATGA+AGG + Chr7:52137354-52137373 MsG0780038741.01.T01:CDS 25.0%
!! CATCAAAGTGATAATCATTT+TGG - Chr7:52137435-52137454 None:intergenic 25.0%
!! TCATTTAAGACACTTAGATT+AGG - Chr7:52137298-52137317 None:intergenic 25.0%
AAATGATCAATATACCTTGG+TGG + Chr7:52137575-52137594 MsG0780038741.01.T01:CDS 30.0%
ATATGGCAAATGAAGGAATT+TGG + Chr7:52137361-52137380 MsG0780038741.01.T01:CDS 30.0%
GAGAAATGATCAATATACCT+TGG + Chr7:52137572-52137591 MsG0780038741.01.T01:CDS 30.0%
GGTGATGATTATAATTGCAA+GGG + Chr7:52137169-52137188 MsG0780038741.01.T01:CDS 30.0%
TTCAACAGAAACTTATAAGG+TGG + Chr7:52136988-52137007 MsG0780038741.01.T01:CDS 30.0%
TTCAACATAATTCTGACCAT+TGG - Chr7:52137602-52137621 None:intergenic 30.0%
TTGGCAATTCACAATTACAT+TGG + Chr7:52137148-52137167 MsG0780038741.01.T01:CDS 30.0%
! TGGTGATGATTATAATTGCA+AGG + Chr7:52137168-52137187 MsG0780038741.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTTCTGATATTGTCCTTG+TGG - Chr7:52136912-52136931 None:intergenic 30.0%
!! AATGGATTGCTTTGCTTATT+CGG + Chr7:52136821-52136840 MsG0780038741.01.T01:CDS 30.0%
!! AATTGCAAGGGTATTACTAT+TGG + Chr7:52137181-52137200 MsG0780038741.01.T01:CDS 30.0%
!! ATTGCAAGGGTATTACTATT+GGG + Chr7:52137182-52137201 MsG0780038741.01.T01:CDS 30.0%
!! CATTTTGTGTAGTTCTGTTA+AGG - Chr7:52136655-52136674 None:intergenic 30.0%
AGATCCTTACTATCAACTGA+CGG + Chr7:52136766-52136785 MsG0780038741.01.T01:CDS 35.0%
AGTTCTGTTAAGGTGCAATT+TGG - Chr7:52136645-52136664 None:intergenic 35.0%
ATGTGAGAGGTAGTGTTAAT+TGG + Chr7:52137125-52137144 MsG0780038741.01.T01:CDS 35.0%
CATCGTATGATACAAATGTG+CGG - Chr7:52136682-52136701 None:intergenic 35.0%
GTTTATCGTTCTTCTCCAAA+AGG - Chr7:52137486-52137505 None:intergenic 35.0%
TGCGTATTTCACATCTTACA+AGG + Chr7:52136700-52136719 MsG0780038741.01.T01:CDS 35.0%
TTTCTGTCAAATCTCTCATG+CGG + Chr7:52136567-52136586 MsG0780038741.01.T01:CDS 35.0%
! AATTTGGAGTTCAAGAGTCT+TGG + Chr7:52137377-52137396 MsG0780038741.01.T01:CDS 35.0%
! TGAAGTGTTTGAGTAAGTCA+TGG + Chr7:52136591-52136610 MsG0780038741.01.T01:CDS 35.0%
! TTAGTTTGGGCGTTAATGTT+TGG + Chr7:52137047-52137066 MsG0780038741.01.T01:CDS 35.0%
! TTCTTCTCCAAAAGGCATAA+TGG - Chr7:52137478-52137497 None:intergenic 35.0%
! TTTGTTGCCATTATGCCTTT+TGG + Chr7:52137468-52137487 MsG0780038741.01.T01:CDS 35.0%
!! ACTCTAACATTTGTTGTCTC+TGG - Chr7:52137025-52137044 None:intergenic 35.0%
!! TTAAATTGTGATGATGGCCT+AGG + Chr7:52136932-52136951 MsG0780038741.01.T01:CDS 35.0%
AACCAAACGTGAAATGCGAA+GGG - Chr7:52136961-52136980 None:intergenic 40.0%
ACTTCATTGAAACCATGAGG+AGG - Chr7:52137262-52137281 None:intergenic 40.0%
ACTTCTGTGATAAGTTCGTC+GGG - Chr7:52136536-52136555 None:intergenic 40.0%
CACTTCTGTGATAAGTTCGT+CGG - Chr7:52136537-52136556 None:intergenic 40.0%
CTATGATTCATCATCATGGC+CGG + Chr7:52137089-52137108 MsG0780038741.01.T01:CDS 40.0%
GAGAGATTTGACAGAAAGGA+AGG - Chr7:52136564-52136583 None:intergenic 40.0%
GAGAGGTAGTGTTAATTGGT+TGG + Chr7:52137129-52137148 MsG0780038741.01.T01:CDS 40.0%
GATAGTAAGGATCTCTTGCA+GGG - Chr7:52136760-52136779 None:intergenic 40.0%
GATGAATCATAGGGGAATCT+TGG - Chr7:52137081-52137100 None:intergenic 40.0%
GCATGAGAGATTTGACAGAA+AGG - Chr7:52136568-52136587 None:intergenic 40.0%
TAACCAAACGTGAAATGCGA+AGG - Chr7:52136962-52136981 None:intergenic 40.0%
TAAGCAAAGCAATCCATTGC+AGG - Chr7:52136819-52136838 None:intergenic 40.0%
TCCCCTATGATTCATCATCA+TGG + Chr7:52137085-52137104 MsG0780038741.01.T01:CDS 40.0%
TGATAGTAAGGATCTCTTGC+AGG - Chr7:52136761-52136780 None:intergenic 40.0%
! AATATACCTTGGTGGTCCAA+TGG + Chr7:52137583-52137602 MsG0780038741.01.T01:CDS 40.0%
! AGGAAAGACTCTGAAGAACA+CGG - Chr7:52136726-52136745 None:intergenic 40.0%
! GAGAGAAATGGATTCGTGTT+TGG + Chr7:52136879-52136898 MsG0780038741.01.T01:CDS 40.0%
! GCCATGATGATGAATCATAG+GGG - Chr7:52137089-52137108 None:intergenic 40.0%
! GGCCATGATGATGAATCATA+GGG - Chr7:52137090-52137109 None:intergenic 40.0%
! TACTATCAACTGACGGACAA+GGG + Chr7:52136773-52136792 MsG0780038741.01.T01:CDS 40.0%
! TTACTATCAACTGACGGACA+AGG + Chr7:52136772-52136791 MsG0780038741.01.T01:CDS 40.0%
!! TTGTCCGTCAGTTGATAGTA+AGG - Chr7:52136773-52136792 None:intergenic 40.0%
AAGGTGCAATTTGGCGAAGT+AGG - Chr7:52136636-52136655 None:intergenic 45.0%
ACTAAGTTGTTGCCTCCTCA+TGG + Chr7:52137247-52137266 MsG0780038741.01.T01:CDS 45.0%
AGGTGCAATTTGGCGAAGTA+GGG - Chr7:52136635-52136654 None:intergenic 45.0%
ATGAAGGTTGTGCATGTGAG+AGG + Chr7:52137112-52137131 MsG0780038741.01.T01:CDS 45.0%
CAATTTGGCGAAGTAGGGTT+CGG - Chr7:52136630-52136649 None:intergenic 45.0%
CTTCTGTGATAAGTTCGTCG+GGG - Chr7:52136535-52136554 None:intergenic 45.0%
GGATTGCTTTGCTTATTCGG+TGG + Chr7:52136824-52136843 MsG0780038741.01.T01:CDS 45.0%
GGCACTTCATTGAAACCATG+AGG - Chr7:52137265-52137284 None:intergenic 45.0%
TCACATGCACAACCTTCATC+CGG - Chr7:52137111-52137130 None:intergenic 45.0%
TCTGATATTGTCCTTGTGGC+CGG - Chr7:52136908-52136927 None:intergenic 45.0%
TGAAATGCGAAGGGAAACCT+AGG - Chr7:52136952-52136971 None:intergenic 45.0%
TTCCCTTCGCATTTCACGTT+TGG + Chr7:52136956-52136975 MsG0780038741.01.T01:CDS 45.0%
! AAGGGGGGTATAGAGAGAAA+TGG + Chr7:52136867-52136886 MsG0780038741.01.T01:CDS 45.0%
! ATGGATTCGTGTTTGGAACC+CGG + Chr7:52136886-52136905 MsG0780038741.01.T01:CDS 45.0%
! CGGCCATGATGATGAATCAT+AGG - Chr7:52137091-52137110 None:intergenic 45.0%
!! CTTGCAGGGTTTTTGAGCAA+AGG - Chr7:52136746-52136765 None:intergenic 45.0%
!! TACATCGTTGGTTCCTGCAA+TGG + Chr7:52136803-52136822 MsG0780038741.01.T01:CDS 45.0%
AATGCCTGCAACTGAGATGG+AGG - Chr7:52136509-52136528 None:intergenic 50.0%
AGGAATGCCTGCAACTGAGA+TGG - Chr7:52136512-52136531 None:intergenic 50.0%
AGTGAGTATAGAGCGGACGA+AGG + Chr7:52136848-52136867 MsG0780038741.01.T01:CDS 50.0%
ATGCCTGCAACTGAGATGGA+GGG - Chr7:52136508-52136527 None:intergenic 50.0%
CGAAGTAGGGTTCGGATATG+AGG - Chr7:52136622-52136641 None:intergenic 50.0%
CGGTGGAAGTGAGTATAGAG+CGG + Chr7:52136841-52136860 MsG0780038741.01.T01:CDS 50.0%
CTGATATTGTCCTTGTGGCC+GGG - Chr7:52136907-52136926 None:intergenic 50.0%
GTGAGTATAGAGCGGACGAA+GGG + Chr7:52136849-52136868 MsG0780038741.01.T01:CDS 50.0%
TCATCATCATGGCCGGATGA+AGG + Chr7:52137096-52137115 MsG0780038741.01.T01:CDS 50.0%
TGAGTATAGAGCGGACGAAG+GGG + Chr7:52136850-52136869 MsG0780038741.01.T01:CDS 50.0%
TGCAGGAACCAACGATGTAG+CGG - Chr7:52136802-52136821 None:intergenic 50.0%
TTCTGACCATTGGACCACCA+AGG - Chr7:52137592-52137611 None:intergenic 50.0%
AAGGGTTGCCGCTACATCGT+TGG + Chr7:52136791-52136810 MsG0780038741.01.T01:CDS 55.0%
AGTATAGAGCGGACGAAGGG+GGG + Chr7:52136852-52136871 MsG0780038741.01.T01:CDS 55.0%
CTGTGATAAGTTCGTCGGGG+AGG - Chr7:52136532-52136551 None:intergenic 55.0%
GAGTATAGAGCGGACGAAGG+GGG + Chr7:52136851-52136870 MsG0780038741.01.T01:CDS 55.0%
TGCCTGCAACTGAGATGGAG+GGG - Chr7:52136507-52136526 None:intergenic 55.0%
CCTGCAACTGAGATGGAGGG+GGG - Chr7:52136505-52136524 None:intergenic 60.0%
GCCTGCAACTGAGATGGAGG+GGG - Chr7:52136506-52136525 None:intergenic 60.0%
! GTGTTTGGAACCCGGCCACA+AGG + Chr7:52136894-52136913 MsG0780038741.01.T01:CDS 60.0%
CCCCCCTCCATCTCAGTTGC+AGG + Chr7:52136502-52136521 MsG0780038741.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 52136494 52137642 52136494 ID=MsG0780038741.01;Name=MsG0780038741.01
Chr7 mRNA 52136494 52137642 52136494 ID=MsG0780038741.01.T01;Parent=MsG0780038741.01;Name=MsG0780038741.01.T01;_AED=0.39;_eAED=0.39;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|382
Chr7 exon 52136494 52137642 52136494 ID=MsG0780038741.01.T01:exon:9477;Parent=MsG0780038741.01.T01
Chr7 CDS 52136494 52137642 52136494 ID=MsG0780038741.01.T01:cds;Parent=MsG0780038741.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780038741.01.T01

ATGAATCTCCCCCCTCCATCTCAGTTGCAGGCATTCCTCCCCGACGAACTTATCACAGAAGTGCTTTCCTTCCTTTCTGTCAAATCTCTCATGCGGCTGAAGTGTTTGAGTAAGTCATGGAAGTACCTCATATCCGAACCCTACTTCGCCAAATTGCACCTTAACAGAACTACACAAAATGCAGTCCGCACATTTGTATCATACGATGCGTATTTCACATCTTACAAGGCCGTGTTCTTCAGAGTCTTTCCTTTGCTCAAAAACCCTGCAAGAGATCCTTACTATCAACTGACGGACAAGGGTTGCCGCTACATCGTTGGTTCCTGCAATGGATTGCTTTGCTTATTCGGTGGAAGTGAGTATAGAGCGGACGAAGGGGGGTATAGAGAGAAATGGATTCGTGTTTGGAACCCGGCCACAAGGACAATATCAGAAAAATTAAATTGTGATGATGGCCTAGGTTTCCCTTCGCATTTCACGTTTGGTTATGATGATTCAACAGAAACTTATAAGGTGGTGTATTTCACTCCAGAGACAACAAATGTTAGAGTTTTTAGTTTGGGCGTTAATGTTTGGAGAAATATCCAAGATTCCCCTATGATTCATCATCATGGCCGGATGAAGGTTGTGCATGTGAGAGGTAGTGTTAATTGGTTGGCAATTCACAATTACATTGGTGATGATTATAATTGCAAGGGTATTACTATTGGGCACTTTGTGATTATTTCACTTGATTTGGGCACTGAGACACATACTAAGTTGTTGCCTCCTCATGGTTTCAATGAAGTGCCAATTGTTATACCTAATCTAAGTGTCTTAAATGATTATCTTTGTTTTTCTCATGATTTCAAAAAAACTCATTATGTTATATGGCAAATGAAGGAATTTGGAGTTCAAGAGTCTTGGACTCAATTATTCAAAATTAGTTATCAGAATATCCAAAATGATTATCACTTTGATGACTTGTGTCGTTGTTTGTTGCCATTATGCCTTTTGGAGAAGAACGATAAACTATTATTGACCATAAATGATTATCTTCAAAGACGACCAATTCTCTATAATTTGAGAGATAATAGAGGAGAAATGATCAATATACCTTGGTGGTCCAATGGTCAGAATTATGTTGAAAGCTTGATTTCTTATTGTTGA
Protein sequence

>MsG0780038741.01.T01

MNLPPPSQLQAFLPDELITEVLSFLSVKSLMRLKCLSKSWKYLISEPYFAKLHLNRTTQNAVRTFVSYDAYFTSYKAVFFRVFPLLKNPARDPYYQLTDKGCRYIVGSCNGLLCLFGGSEYRADEGGYREKWIRVWNPATRTISEKLNCDDGLGFPSHFTFGYDDSTETYKVVYFTPETTNVRVFSLGVNVWRNIQDSPMIHHHGRMKVVHVRGSVNWLAIHNYIGDDYNCKGITIGHFVIISLDLGTETHTKLLPPHGFNEVPIVIPNLSVLNDYLCFSHDFKKTHYVIWQMKEFGVQESWTQLFKISYQNIQNDYHFDDLCRCLLPLCLLEKNDKLLLTINDYLQRRPILYNLRDNRGEMINIPWWSNGQNYVESLISYC*