AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380014261.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 77 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 92 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TGGAGTACTCTTTCTGTTTC+TGG 0.084053 3:-52090229 MsG0380014261.01.T01:CDS
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TTTGAACCATATAATAAAAT+TGG 0.238387 3:+52089476 None:intergenic
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ATATGGCAAATGAAGGAATT+TGG 0.287930 3:-52089717 MsG0380014261.01.T01:CDS
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TTACTTTGGGTGATAATGTT+TGG 0.342861 3:-52090034 MsG0380014261.01.T01:CDS
AATTTGGAGTTGAAGAATCT+TGG 0.355033 3:-52089701 MsG0380014261.01.T01:CDS
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AGATGCAATTTGTGGAAGAA+TGG 0.433458 3:+52090473 None:intergenic
TGATTGTCTCGCTTGATTTG+AGG 0.434142 3:-52089863 MsG0380014261.01.T01:CDS
GCTTCTTAAGATGCAATTTG+TGG 0.439451 3:+52090465 None:intergenic
ATTATATGGTTCAAAGCAAA+GGG 0.445618 3:-52089468 MsG0380014261.01.T01:CDS
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GGAAGAATGGATCAGAGAAT+AGG 0.452645 3:+52090486 None:intergenic
CATTTGCCATATGACAAAAT+CGG 0.452678 3:+52089728 None:intergenic
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ACATTACAGGCGTCCTTGTA+CGG 0.453332 3:+52090311 None:intergenic
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AAAGGGATATGTTGAAAGCT+TGG 0.472301 3:-52089451 MsG0380014261.01.T01:CDS
CGATCCTTACTGCCCGTACA+AGG 0.475593 3:-52090324 MsG0380014261.01.T01:CDS
TGTTGGTTCATGCAATGGTT+TGG 0.482023 3:-52090288 MsG0380014261.01.T01:CDS
TGAAGTGCGTCTGCAAGTCT+TGG 0.489422 3:-52090514 MsG0380014261.01.T01:CDS
CGCAGAGAAGCTTAATGGAT+GGG 0.489537 3:-52090411 MsG0380014261.01.T01:CDS
CCATTGTGTGTTTCTGAGAA+TGG 0.491871 3:-52089585 MsG0380014261.01.T01:CDS
TCCAATTATAGACAATTGCT+TGG 0.499291 3:+52089529 None:intergenic
TATTATATGGTTCAAAGCAA+AGG 0.500326 3:-52089469 MsG0380014261.01.T01:CDS
AGTCTCCAGCAAACGAGAGA+TGG 0.504191 3:+52090370 None:intergenic
AAGGACGCCTGTAATGTTGT+TGG 0.516755 3:-52090305 MsG0380014261.01.T01:CDS
ATTAAGCTTCTCTGCGAGAA+TGG 0.518295 3:+52090418 None:intergenic
AGCACCGCCACTGTGGGCGG+AGG 0.520815 3:+52090608 None:intergenic
AATGTTGTTGGTTCATGCAA+TGG 0.522036 3:-52090293 MsG0380014261.01.T01:CDS
GCGTCCTTGTACGGGCAGTA+AGG 0.522931 3:+52090320 None:intergenic
CATTACAGGCGTCCTTGTAC+GGG 0.528081 3:+52090312 None:intergenic
CCTTCCTGAAGAACTTATTG+TGG 0.528207 3:-52090576 MsG0380014261.01.T01:CDS
ATATGTTGAAAGCTTGGTAT+CGG 0.531268 3:-52089445 MsG0380014261.01.T01:CDS
TCGTGATTATTTGTTTGCAA+AGG 0.534046 3:-52089973 MsG0380014261.01.T01:CDS
CATTCTCAGAAACACACAAT+GGG 0.540206 3:+52089586 None:intergenic
GATTATTTGTTTGCAAAGGA+TGG 0.545974 3:-52089969 MsG0380014261.01.T01:CDS
ATCTCCTCCGCCCACAGTGG+CGG 0.557189 3:-52090612 MsG0380014261.01.T01:CDS
GTCTCCAGCAAACGAGAGAT+GGG 0.565224 3:+52090371 None:intergenic
CCACAATAAGTTCTTCAGGA+AGG 0.569346 3:+52090576 None:intergenic
TATTCTCTTTGCCATAAAAG+CGG 0.572939 3:+52090165 None:intergenic
AGCAGCACCGCCACTGTGGG+CGG 0.573444 3:+52090605 None:intergenic
TCGCAGAGAAGCTTAATGGA+TGG 0.574182 3:-52090412 MsG0380014261.01.T01:CDS
AACAGCAGCACCGCCACTGT+GGG 0.578516 3:+52090602 None:intergenic
GGGTTATAAATATCCTGCGT+GGG 0.580882 3:-52089640 MsG0380014261.01.T01:CDS
CGATAACGCACTAATACCAC+AGG 0.586764 3:+52089993 None:intergenic
GCAGAGAAGCTTAATGGATG+GGG 0.597001 3:-52090410 MsG0380014261.01.T01:CDS
CTTGTACGGGCAGTAAGGAT+CGG 0.602415 3:+52090325 None:intergenic
TAGTTATCTGAATCTTCAAG+TGG 0.603290 3:-52089661 MsG0380014261.01.T01:CDS
GTTTCTGGAATCCTGCCACA+AGG 0.603379 3:-52090214 MsG0380014261.01.T01:CDS
AGTTATCTGAATCTTCAAGT+GGG 0.612456 3:-52089660 MsG0380014261.01.T01:CDS
TAACAGCAGCACCGCCACTG+TGG 0.623499 3:+52090601 None:intergenic
TAATTCAACAGACACTTACA+AGG 0.626994 3:-52090114 MsG0380014261.01.T01:CDS
TTGAAGTGAAATCTCTAATG+CGG 0.631114 3:-52090538 MsG0380014261.01.T01:CDS
TGGGTTATAAATATCCTGCG+TGG 0.647538 3:-52089641 MsG0380014261.01.T01:CDS
CCATTCTCAGAAACACACAA+TGG 0.655845 3:+52089585 None:intergenic
GCTTCTCTGCGAGAATGGCG+AGG 0.661125 3:+52090423 None:intergenic
GCTCTTCATGACAAAACCGA+GGG 0.663653 3:+52089814 None:intergenic
ACGGGCAGTAAGGATCGGAA+AGG 0.688879 3:+52090330 None:intergenic
AGCTCTTCATGACAAAACCG+AGG 0.694330 3:+52089813 None:intergenic
TTATCATTGTAGTCCCACGC+AGG 0.703069 3:+52089627 None:intergenic
TATATCTCCTCCGCCCACAG+TGG 0.703918 3:-52090615 MsG0380014261.01.T01:CDS
ACAAAGACAATCCATCAACA+CGG 0.727036 3:+52089773 None:intergenic
TTCAACAGACACTTACAAGG+TGG 0.733993 3:-52090111 MsG0380014261.01.T01:CDS
AGAGTACTCCATATACTCAG+CGG 0.759632 3:+52090241 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATTTGAATAATAGCATTAAT+TGG - Chr3:52090116-52090135 MsG0380014261.01.T01:CDS 15.0%
!! TTTGAACCATATAATAAAAT+TGG + Chr3:52090584-52090603 None:intergenic 15.0%
!! TCTTCAAATGACAAAAATAT+CGG + Chr3:52090153-52090172 None:intergenic 20.0%
!!! CAAGTACCAATTTTATTATA+TGG - Chr3:52090575-52090594 MsG0380014261.01.T01:CDS 20.0%
!!! GATAACTAATTTTAAGGAAT+TGG + Chr3:52090384-52090403 None:intergenic 20.0%
!!! GATTCAGATAACTAATTTTA+AGG + Chr3:52090390-52090409 None:intergenic 20.0%
! ATTATATGGTTCAAAGCAAA+GGG - Chr3:52090589-52090608 MsG0380014261.01.T01:CDS 25.0%
! TATTATATGGTTCAAAGCAA+AGG - Chr3:52090588-52090607 MsG0380014261.01.T01:CDS 25.0%
ACCAAGCAATTGTCTATAAT+TGG - Chr3:52090527-52090546 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
AGTTATCTGAATCTTCAAGT+GGG - Chr3:52090397-52090416 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
ATATGGCAAATGAAGGAATT+TGG - Chr3:52090340-52090359 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
ATATGTTGAAAGCTTGGTAT+CGG - Chr3:52090612-52090631 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
ATTTCACTTCAAGGAATGAT+AGG + Chr3:52089511-52089530 None:intergenic 30.0%
CATTTGCCATATGACAAAAT+CGG + Chr3:52090332-52090351 None:intergenic 30.0%
GATTATTTGTTTGCAAAGGA+TGG - Chr3:52090088-52090107 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
TAATTCAACAGACACTTACA+AGG - Chr3:52089943-52089962 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
TAGTTATCTGAATCTTCAAG+TGG - Chr3:52090396-52090415 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
TATTCTCTTTGCCATAAAAG+CGG + Chr3:52089895-52089914 None:intergenic 30.0%
TCCAATTATAGACAATTGCT+TGG + Chr3:52090531-52090550 None:intergenic 30.0%
TCGTGATTATTTGTTTGCAA+AGG - Chr3:52090084-52090103 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
TTGAAGTGAAATCTCTAATG+CGG - Chr3:52089519-52089538 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
! AATTTGGAGTTGAAGAATCT+TGG - Chr3:52090356-52090375 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
! AGTTGTTGCAATTTTGCATT+TGG - Chr3:52089914-52089933 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
! TTACTTTGGGTGATAATGTT+TGG - Chr3:52090023-52090042 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTGTCATATGGCAAATGA+AGG - Chr3:52090333-52090352 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
!! AGAAAACCGATTTTGTCATA+TGG - Chr3:52090323-52090342 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
!! AGATATTGATTGTTTTCCTG+TGG - Chr3:52090048-52090067 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
!! ATAGCATTAATTGGCTTGTT+AGG - Chr3:52090125-52090144 MsG0380014261.01.T01:CDS 30.0%
!! TGTTTCAGATTTTAACCTTG+TGG + Chr3:52089861-52089880 None:intergenic 30.0%
AAAGGGATATGTTGAAAGCT+TGG - Chr3:52090606-52090625 MsG0380014261.01.T01:CDS 35.0%
ACAAAGACAATCCATCAACA+CGG + Chr3:52090287-52090306 None:intergenic 35.0%
ACTTCCACAATAAGTTCTTC+AGG + Chr3:52089488-52089507 None:intergenic 35.0%
AGATGCAATTTGTGGAAGAA+TGG + Chr3:52089587-52089606 None:intergenic 35.0%
AGTAAATCTTTCCGTGTTGA+TGG - Chr3:52090273-52090292 MsG0380014261.01.T01:CDS 35.0%
CAAAGTAAAAACTCTTAGCG+CGG + Chr3:52090011-52090030 None:intergenic 35.0%
CATTCTCAGAAACACACAAT+GGG + Chr3:52090474-52090493 None:intergenic 35.0%
GAAGAATGGATCAGAGAATA+GGG + Chr3:52089573-52089592 None:intergenic 35.0%
GCATTAGAGATTTCACTTCA+AGG + Chr3:52089520-52089539 None:intergenic 35.0%
GCTTCTTAAGATGCAATTTG+TGG + Chr3:52089595-52089614 None:intergenic 35.0%
TAAGGATCGGAAAGGATAAT+GGG + Chr3:52089722-52089741 None:intergenic 35.0%
! GCGCTAAGAGTTTTTACTTT+GGG - Chr3:52090010-52090029 MsG0380014261.01.T01:CDS 35.0%
! TTTTGTCATGAAGAGCTTCA+TGG - Chr3:52090250-52090269 MsG0380014261.01.T01:CDS 35.0%
!! AATGTTGTTGGTTCATGCAA+TGG - Chr3:52089764-52089783 MsG0380014261.01.T01:CDS 35.0%
ATACACAATTGTTGCTCCCT+CGG - Chr3:52090227-52090246 MsG0380014261.01.T01:CDS 40.0%
ATTAAGCTTCTCTGCGAGAA+TGG + Chr3:52089642-52089661 None:intergenic 40.0%
ATTCTCGCAGAGAAGCTTAA+TGG - Chr3:52089641-52089660 MsG0380014261.01.T01:CDS 40.0%
CCACAATAAGTTCTTCAGGA+AGG + Chr3:52089484-52089503 None:intergenic 40.0%
CCATTCTCAGAAACACACAA+TGG + Chr3:52090475-52090494 None:intergenic 40.0%
CCTTCCTGAAGAACTTATTG+TGG - Chr3:52089481-52089500 MsG0380014261.01.T01:CDS 40.0%
GCATGAACCAACAACATTAC+AGG + Chr3:52089762-52089781 None:intergenic 40.0%
GGAAGAATGGATCAGAGAAT+AGG + Chr3:52089574-52089593 None:intergenic 40.0%
GGGTTATAAATATCCTGCGT+GGG - Chr3:52090417-52090436 MsG0380014261.01.T01:CDS 40.0%
GTAAGGATCGGAAAGGATAA+TGG + Chr3:52089723-52089742 None:intergenic 40.0%
TGGGTTATAAATATCCTGCG+TGG - Chr3:52090416-52090435 MsG0380014261.01.T01:CDS 40.0%
TTCAACAGACACTTACAAGG+TGG - Chr3:52089946-52089965 MsG0380014261.01.T01:CDS 40.0%
! AGAGTACTCCATATACTCAG+CGG + Chr3:52089819-52089838 None:intergenic 40.0%
! CCATTGTGTGTTTCTGAGAA+TGG - Chr3:52090472-52090491 MsG0380014261.01.T01:CDS 40.0%
! CGCGCTAAGAGTTTTTACTT+TGG - Chr3:52090009-52090028 MsG0380014261.01.T01:CDS 40.0%
! TGATTGTCTCGCTTGATTTG+AGG - Chr3:52090194-52090213 MsG0380014261.01.T01:CDS 40.0%
! TGGAGTACTCTTTCTGTTTC+TGG - Chr3:52089828-52089847 MsG0380014261.01.T01:CDS 40.0%
!! TCAGATTTTAACCTTGTGGC+AGG + Chr3:52089857-52089876 None:intergenic 40.0%
!! TCGATGTCTTTCCGCTTTTA+TGG - Chr3:52089881-52089900 MsG0380014261.01.T01:CDS 40.0%
!! TGTTGGTTCATGCAATGGTT+TGG - Chr3:52089769-52089788 MsG0380014261.01.T01:CDS 40.0%
AAGGACGCCTGTAATGTTGT+TGG - Chr3:52089752-52089771 MsG0380014261.01.T01:CDS 45.0%
ACATTACAGGCGTCCTTGTA+CGG + Chr3:52089749-52089768 None:intergenic 45.0%
ACTCTTAGCGCGGTTGTAAT+AGG + Chr3:52090001-52090020 None:intergenic 45.0%
AGCTCTTCATGACAAAACCG+AGG + Chr3:52090247-52090266 None:intergenic 45.0%
CGATAACGCACTAATACCAC+AGG + Chr3:52090067-52090086 None:intergenic 45.0%
CTCTTAGCGCGGTTGTAATA+GGG + Chr3:52090000-52090019 None:intergenic 45.0%
GCTCTTCATGACAAAACCGA+GGG + Chr3:52090246-52090265 None:intergenic 45.0%
TCGCAGAGAAGCTTAATGGA+TGG - Chr3:52089645-52089664 MsG0380014261.01.T01:CDS 45.0%
TTATCATTGTAGTCCCACGC+AGG + Chr3:52090433-52090452 None:intergenic 45.0%
! CGCAGAGAAGCTTAATGGAT+GGG - Chr3:52089646-52089665 MsG0380014261.01.T01:CDS 45.0%
! GCAGAGAAGCTTAATGGATG+GGG - Chr3:52089647-52089666 MsG0380014261.01.T01:CDS 45.0%
AGTACCCATCTCTCGTTTGC+TGG - Chr3:52089682-52089701 MsG0380014261.01.T01:CDS 50.0%
AGTCTCCAGCAAACGAGAGA+TGG + Chr3:52089690-52089709 None:intergenic 50.0%
CATTACAGGCGTCCTTGTAC+GGG + Chr3:52089748-52089767 None:intergenic 50.0%
CTTGTACGGGCAGTAAGGAT+CGG + Chr3:52089735-52089754 None:intergenic 50.0%
GTCTCCAGCAAACGAGAGAT+GGG + Chr3:52089689-52089708 None:intergenic 50.0%
TGAAGTGCGTCTGCAAGTCT+TGG - Chr3:52089543-52089562 MsG0380014261.01.T01:CDS 50.0%
!! GTTTCTGGAATCCTGCCACA+AGG - Chr3:52089843-52089862 MsG0380014261.01.T01:CDS 50.0%
ACGGGCAGTAAGGATCGGAA+AGG + Chr3:52089730-52089749 None:intergenic 55.0%
CGATCCTTACTGCCCGTACA+AGG - Chr3:52089733-52089752 MsG0380014261.01.T01:CDS 55.0%
TATATCTCCTCCGCCCACAG+TGG - Chr3:52089442-52089461 MsG0380014261.01.T01:CDS 55.0%
! GTCTCGTGCCGCTGAGTATA+TGG - Chr3:52089808-52089827 MsG0380014261.01.T01:CDS 55.0%
AACAGCAGCACCGCCACTGT+GGG + Chr3:52089458-52089477 None:intergenic 60.0%
GCGTCCTTGTACGGGCAGTA+AGG + Chr3:52089740-52089759 None:intergenic 60.0%
GCTTCTCTGCGAGAATGGCG+AGG + Chr3:52089637-52089656 None:intergenic 60.0%
TAACAGCAGCACCGCCACTG+TGG + Chr3:52089459-52089478 None:intergenic 60.0%
ATCTCCTCCGCCCACAGTGG+CGG - Chr3:52089445-52089464 MsG0380014261.01.T01:CDS 65.0%
AGCAGCACCGCCACTGTGGG+CGG + Chr3:52089455-52089474 None:intergenic 70.0%
AGCACCGCCACTGTGGGCGG+AGG + Chr3:52089452-52089471 None:intergenic 75.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr3 gene 52089437 52090642 52089437 ID=MsG0380014261.01;Name=MsG0380014261.01
Chr3 mRNA 52089437 52090642 52089437 ID=MsG0380014261.01.T01;Parent=MsG0380014261.01;Name=MsG0380014261.01.T01;_AED=0.45;_eAED=0.45;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|401
Chr3 exon 52089437 52090642 52089437 ID=MsG0380014261.01.T01:exon:9620;Parent=MsG0380014261.01.T01
Chr3 CDS 52089437 52090642 52089437 ID=MsG0380014261.01.T01:cds;Parent=MsG0380014261.01.T01
Gene Sequence

>MsG0380014261.01.T01

ATGAATATATCTCCTCCGCCCACAGTGGCGGTGCTGCTGTTAATCCTTCCTGAAGAACTTATTGTGGAAGTCCTATCATTCCTTGAAGTGAAATCTCTAATGCGGATGAAGTGCGTCTGCAAGTCTTGGAAAACCCTATTCTCTGATCCATTCTTCCACAAATTGCATCTTAAGAAGCAGTCTACACGAACGACACACCTCGCCATTCTCGCAGAGAAGCTTAATGGATGGGGAGATTGTATCGCAGTACCCATCTCTCGTTTGCTGGAGACTACTTCAAATCCCATTATCCTTTCCGATCCTTACTGCCCGTACAAGGACGCCTGTAATGTTGTTGGTTCATGCAATGGTTTGGTCTGCTTGCAAAGTTTGTCTCGTGCCGCTGAGTATATGGAGTACTCTTTCTGTTTCTGGAATCCTGCCACAAGGTTAAAATCTGAAACATCGATGTCTTTCCGCTTTTATGGCAAAGAGAATAGTTGTTGCAATTTTGCATTTGGTTATGATAATTCAACAGACACTTACAAGGTGGTGAATATATGTTTGAAATTCGATGCTGACCCTATTACAACCGCGCTAAGAGTTTTTACTTTGGGTGATAATGTTTGGAGAGATATTGATTGTTTTCCTGTGGTATTAGTGCGTTATCGTGATTATTTGTTTGCAAAGGATGGTGCTTATTTGAATAATAGCATTAATTGGCTTGTTAGGCACCGATATTTTTGTCATTTGAAGAATCTTAACATTGAAAAATTTGTGATTGTCTCGCTTGATTTGAGGACAGAGACGTATACACAATTGTTGCTCCCTCGGTTTTGTCATGAAGAGCTTCATGGAGTAAATCTTTCCGTGTTGATGGATTGTCTTTGTGTTCATTATGAGTTCAAGAAAACCGATTTTGTCATATGGCAAATGAAGGAATTTGGAGTTGAAGAATCTTGGATCCAATTCCTTAAAATTAGTTATCTGAATCTTCAAGTGGGTTATAAATATCCTGCGTGGGACTACAATGATAATCATGAATTTATTATAAACCCATTGTGTGTTTCTGAGAATGGTGATTCAGTGATATTTGCAAGCAATTTCGTAGACCAAGCAATTGTCTATAATTGGAGAGATAATAGAGTAAAAAGCATTACAAGTACCAATTTTATTATATGGTTCAAAGCAAAGGGATATGTTGAAAGCTTGGTATCGGCTTCTTGA
Protein sequence

>MsG0380014261.01.T01

MNISPPPTVAVLLLILPEELIVEVLSFLEVKSLMRMKCVCKSWKTLFSDPFFHKLHLKKQSTRTTHLAILAEKLNGWGDCIAVPISRLLETTSNPIILSDPYCPYKDACNVVGSCNGLVCLQSLSRAAEYMEYSFCFWNPATRLKSETSMSFRFYGKENSCCNFAFGYDNSTDTYKVVNICLKFDADPITTALRVFTLGDNVWRDIDCFPVVLVRYRDYLFAKDGAYLNNSINWLVRHRYFCHLKNLNIEKFVIVSLDLRTETYTQLLLPRFCHEELHGVNLSVLMDCLCVHYEFKKTDFVIWQMKEFGVEESWIQFLKISYLNLQVGYKYPAWDYNDNHEFIINPLCVSENGDSVIFASNFVDQAIVYNWRDNRVKSITSTNFIIWFKAKGYVESLVSAS*