AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0480018856.01

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MsG0480018856.01.T01 MTR_2g426060 23.692 325 189 15 1 294 45 341 9.95e-11 62.8
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score

Find 67 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 89 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ATACTTCATGGCTCTGTTTC+TGG 0.090396 4:-10667614 MsG0480018856.01.T01:CDS
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TCATTTGCCATATAACAAAA+TGG 0.220120 4:+10667097 None:intergenic
ATATGGCAAATGAAGGATTT+TGG 0.229384 4:-10667087 MsG0480018856.01.T01:CDS
CGCTACCACCTTATAAGTTT+TGG 0.237062 4:+10667506 None:intergenic
ACTCGATAATTCATCGATTC+AGG 0.239273 4:-10667724 MsG0480018856.01.T01:CDS
CACCATGTTCCTTCGTTATA+CGG 0.243606 4:+10667481 None:intergenic
TGGCTGTTCGCGACTACTTT+GGG 0.245414 4:-10667311 MsG0480018856.01.T01:CDS
TTATCGAGTAAACAAGAAAT+TGG 0.252426 4:+10667738 None:intergenic
GACAATAGAGTAGAGAAAAT+TGG 0.284089 4:-10666898 MsG0480018856.01.T01:CDS
TTGGTTTCCTTGTGTTAATA+AGG 0.284907 4:-10667373 MsG0480018856.01.T01:CDS
TCCTTTGACCAAAACTTATA+AGG 0.293134 4:-10667514 MsG0480018856.01.T01:CDS
CAAGGGTTATGTTGAAAGTT+TGG 0.316888 4:-10666845 MsG0480018856.01.T01:CDS
AGAAAATTGGAATTACTAAT+AGG 0.358716 4:-10666885 MsG0480018856.01.T01:CDS
CTAATAGGATAATGTGGTCT+TGG 0.361399 4:-10666870 MsG0480018856.01.T01:CDS
TGATTAATGTGTATACTTCA+TGG 0.362474 4:-10667626 MsG0480018856.01.T01:CDS
TGAAAAGAATCATCCGAAAA+AGG 0.362678 4:+10667555 None:intergenic
TTGATAAGGTGCCACTTTAT+CGG 0.371891 4:-10667176 MsG0480018856.01.T01:CDS
TGAGTCGTGGCACCGTTAAC+TGG 0.378461 4:-10667335 MsG0480018856.01.T01:CDS
TTGGCTGTTCGCGACTACTT+TGG 0.394320 4:-10667312 MsG0480018856.01.T01:CDS
CACTCAACTATTGCTGCCTC+GGG 0.404826 4:-10667202 MsG0480018856.01.T01:CDS
CCATTGTATCTTTCTGAGAA+TGG 0.422372 4:-10666979 MsG0480018856.01.T01:CDS
CATTTGCCATATAACAAAAT+GGG 0.434548 4:+10667098 None:intergenic
TCCATCAAAACCACAAGCTT+TGG 0.436431 4:+10667153 None:intergenic
ATTGTTTGTCTTTGAAACAT+AGG 0.443386 4:-10667284 MsG0480018856.01.T01:CDS
GATCATTTCTATCGATTGCC+CGG 0.444538 4:-10667699 MsG0480018856.01.T01:CDS
CAGCAATAGGGTATGAATGT+TGG 0.445786 4:-10667011 MsG0480018856.01.T01:CDS
ACACTCAACTATTGCTGCCT+CGG 0.445872 4:-10667203 MsG0480018856.01.T01:CDS
TATCGAGTAAACAAGAAATT+GGG 0.459639 4:+10667739 None:intergenic
GACAAATGATCGAGATGAAA+GGG 0.464293 4:-10666941 MsG0480018856.01.T01:CDS
TAATAGGATAATGTGGTCTT+GGG 0.472408 4:-10666869 MsG0480018856.01.T01:CDS
TTAAATTTAGTCCTAGTGGA+TGG 0.480696 4:+10667588 None:intergenic
GCGAACAGCCAACCAGTTAA+CGG 0.492332 4:+10667323 None:intergenic
ATCATTTCTATCGATTGCCC+GGG 0.492406 4:-10667698 MsG0480018856.01.T01:CDS
GATAATGTGGTCTTGGGCCA+AGG 0.493245 4:-10666863 MsG0480018856.01.T01:CDS
TTTCCTTGTGTTAATAAGGA+TGG 0.496662 4:-10667369 MsG0480018856.01.T01:CDS
ACAAGCTTTGGCCGATAAAG+TGG 0.506250 4:+10667165 None:intergenic
CAAACTTTCAACATAACCCT+TGG 0.511873 4:+10666846 None:intergenic
AAAATTAAATTTAGTCCTAG+TGG 0.517141 4:+10667584 None:intergenic
TAAATTTAGTCCTAGTGGAT+GGG 0.523612 4:+10667589 None:intergenic
TCGATTGCTGGTTCATGCAA+TGG 0.527308 4:-10667660 MsG0480018856.01.T01:CDS
AAGGTTGTGACATCAAAGTC+TGG 0.530577 4:+10667762 None:intergenic
ACACAAGGAAACCAATAAAG+TGG 0.534303 4:+10667381 None:intergenic
ACTTTATCGGCCAAAGCTTG+TGG 0.538038 4:-10667163 MsG0480018856.01.T01:CDS
AACCAATAAAGTGGAATCAC+AGG 0.547914 4:+10667390 None:intergenic
CCTTGTGTTAATAAGGATGG+TGG 0.552661 4:-10667366 MsG0480018856.01.T01:CDS
ATAATGTGGTCTTGGGCCAA+GGG 0.553227 4:-10666862 MsG0480018856.01.T01:CDS
CTCCGTATAACGAAGGAACA+TGG 0.556056 4:-10667483 MsG0480018856.01.T01:CDS
TGACAAATGATCGAGATGAA+AGG 0.559899 4:-10666942 MsG0480018856.01.T01:CDS
GGCTGTTCGCGACTACTTTG+GGG 0.586755 4:-10667310 MsG0480018856.01.T01:CDS
AACAAAGTTAGTGCTAGATG+TGG 0.596867 4:+10667786 None:intergenic
ACAAAGTTAGTGCTAGATGT+GGG 0.597159 4:+10667787 None:intergenic
TTTGACCAAAACTTATAAGG+TGG 0.602645 4:-10667511 MsG0480018856.01.T01:CDS
CCACCATCCTTATTAACACA+AGG 0.603253 4:+10667366 None:intergenic
TCATTTCTATCGATTGCCCG+GGG 0.607460 4:-10667697 MsG0480018856.01.T01:CDS
GTTTCTGGAACCCATCCACT+AGG 0.608191 4:-10667599 MsG0480018856.01.T01:CDS
GAATTACTAATAGGATAATG+TGG 0.616262 4:-10666876 MsG0480018856.01.T01:CDS
CCATTCTCAGAAAGATACAA+TGG 0.642849 4:+10666979 None:intergenic
TCGTGGCACCGTTAACTGGT+TGG 0.645206 4:-10667331 MsG0480018856.01.T01:CDS
GGTGGTGTGTATTTGAGTCG+TGG 0.656279 4:-10667348 MsG0480018856.01.T01:CDS
TAGTTGAGTGTATGTCTCAG+TGG 0.660677 4:+10667215 None:intergenic
GAGTAAACAAGAAATTGGGA+AGG 0.671423 4:+10667743 None:intergenic
TGGTGATGCAGCAAGAAGCA+TGG 0.678768 4:-10667463 MsG0480018856.01.T01:CDS
CATTTCTATCGATTGCCCGG+GGG 0.694526 4:-10667696 MsG0480018856.01.T01:CDS
ACTCAACTATTGCTGCCTCG+GGG 0.711687 4:-10667201 MsG0480018856.01.T01:CDS
GGTAGCGCTCCGTATAACGA+AGG 0.721515 4:-10667490 MsG0480018856.01.T01:CDS
GGCACCTTATCAAAACCCCG+AGG 0.783868 4:+10667186 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TAATTTTTTTTTACCTTTTT+CGG - Chr4:10667076-10667095 MsG0480018856.01.T01:CDS 10.0%
!! AAAATTAAATTTAGTCCTAG+TGG + Chr4:10667063-10667082 None:intergenic 20.0%
!! AGAAAATTGGAATTACTAAT+AGG - Chr4:10667759-10667778 MsG0480018856.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAGAATTTATTTTCAGCAAT+AGG - Chr4:10667620-10667639 MsG0480018856.01.T01:CDS 20.0%
!!! AGAATTTATTTTCAGCAATA+GGG - Chr4:10667621-10667640 MsG0480018856.01.T01:CDS 20.0%
! CATTTGCCATATAACAAAAT+GGG + Chr4:10667549-10667568 None:intergenic 25.0%
! GAATTACTAATAGGATAATG+TGG - Chr4:10667768-10667787 MsG0480018856.01.T01:CDS 25.0%
! TATCGAGTAAACAAGAAATT+GGG + Chr4:10666908-10666927 None:intergenic 25.0%
! TCATTTGCCATATAACAAAA+TGG + Chr4:10667550-10667569 None:intergenic 25.0%
! TGATTAATGTGTATACTTCA+TGG - Chr4:10667018-10667037 MsG0480018856.01.T01:CDS 25.0%
! TTATCGAGTAAACAAGAAAT+TGG + Chr4:10666909-10666928 None:intergenic 25.0%
!! ATGGTGAAATTTTTCACTTT+GGG - Chr4:10667200-10667219 MsG0480018856.01.T01:CDS 25.0%
!! GATTCTTTTCATTACTCTTT+TGG - Chr4:10667101-10667120 MsG0480018856.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATTGTTTGTCTTTGAAACAT+AGG - Chr4:10667360-10667379 MsG0480018856.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTTGTTATATGGCAAATGA+AGG - Chr4:10667550-10667569 MsG0480018856.01.T01:CDS 25.0%
GACAATAGAGTAGAGAAAAT+TGG - Chr4:10667746-10667765 MsG0480018856.01.T01:CDS 30.0%
TAATAGGATAATGTGGTCTT+GGG - Chr4:10667775-10667794 MsG0480018856.01.T01:CDS 30.0%
TCCTTTGACCAAAACTTATA+AGG - Chr4:10667130-10667149 MsG0480018856.01.T01:CDS 30.0%
TGAAAAGAATCATCCGAAAA+AGG + Chr4:10667092-10667111 None:intergenic 30.0%
TTAAATTTAGTCCTAGTGGA+TGG + Chr4:10667059-10667078 None:intergenic 30.0%
TTGGTTTCCTTGTGTTAATA+AGG - Chr4:10667271-10667290 MsG0480018856.01.T01:CDS 30.0%
TTTCCTTGTGTTAATAAGGA+TGG - Chr4:10667275-10667294 MsG0480018856.01.T01:CDS 30.0%
TTTGACCAAAACTTATAAGG+TGG - Chr4:10667133-10667152 MsG0480018856.01.T01:CDS 30.0%
! ATATGGCAAATGAAGGATTT+TGG - Chr4:10667557-10667576 MsG0480018856.01.T01:CDS 30.0%
! CATGGTGAAATTTTTCACTT+TGG - Chr4:10667199-10667218 MsG0480018856.01.T01:CDS 30.0%
! TAAATTTAGTCCTAGTGGAT+GGG + Chr4:10667058-10667077 None:intergenic 30.0%
! TGGTGAAATTTTTCACTTTG+GGG - Chr4:10667201-10667220 MsG0480018856.01.T01:CDS 30.0%
!! ACCTTATAAGTTTTGGTCAA+AGG + Chr4:10667134-10667153 None:intergenic 30.0%
!!! TTGTTTTTGTCATGATTACG+AGG - Chr4:10667520-10667539 MsG0480018856.01.T01:CDS 30.0%
AACAAAGTTAGTGCTAGATG+TGG + Chr4:10666861-10666880 None:intergenic 35.0%
AACCAATAAAGTGGAATCAC+AGG + Chr4:10667257-10667276 None:intergenic 35.0%
ACAAAGTTAGTGCTAGATGT+GGG + Chr4:10666860-10666879 None:intergenic 35.0%
ACACAAGGAAACCAATAAAG+TGG + Chr4:10667266-10667285 None:intergenic 35.0%
CAAACTTTCAACATAACCCT+TGG + Chr4:10667801-10667820 None:intergenic 35.0%
CAAGGGTTATGTTGAAAGTT+TGG - Chr4:10667799-10667818 MsG0480018856.01.T01:CDS 35.0%
CCATTCTCAGAAAGATACAA+TGG + Chr4:10667668-10667687 None:intergenic 35.0%
CTAATAGGATAATGTGGTCT+TGG - Chr4:10667774-10667793 MsG0480018856.01.T01:CDS 35.0%
GACAAATGATCGAGATGAAA+GGG - Chr4:10667703-10667722 MsG0480018856.01.T01:CDS 35.0%
GAGTAAACAAGAAATTGGGA+AGG + Chr4:10666904-10666923 None:intergenic 35.0%
TGACAAATGATCGAGATGAA+AGG - Chr4:10667702-10667721 MsG0480018856.01.T01:CDS 35.0%
! CCATTGTATCTTTCTGAGAA+TGG - Chr4:10667665-10667684 MsG0480018856.01.T01:CDS 35.0%
! GGTGAAATTTTTCACTTTGG+GGG - Chr4:10667202-10667221 MsG0480018856.01.T01:CDS 35.0%
!! ACTCGATAATTCATCGATTC+AGG - Chr4:10666920-10666939 MsG0480018856.01.T01:CDS 35.0%
!! AGGCAACCCATTTTGTTATA+TGG - Chr4:10667540-10667559 MsG0480018856.01.T01:CDS 35.0%
!! TTGATAAGGTGCCACTTTAT+CGG - Chr4:10667468-10667487 MsG0480018856.01.T01:CDS 35.0%
!!! ATTTTGGAGTTCAAGAGTCT+TGG - Chr4:10667573-10667592 MsG0480018856.01.T01:CDS 35.0%
AAGGTTGTGACATCAAAGTC+TGG + Chr4:10666885-10666904 None:intergenic 40.0%
CACCATGTTCCTTCGTTATA+CGG + Chr4:10667166-10667185 None:intergenic 40.0%
CAGCAATAGGGTATGAATGT+TGG - Chr4:10667633-10667652 MsG0480018856.01.T01:CDS 40.0%
CCACCATCCTTATTAACACA+AGG + Chr4:10667281-10667300 None:intergenic 40.0%
CCTTGTGTTAATAAGGATGG+TGG - Chr4:10667278-10667297 MsG0480018856.01.T01:CDS 40.0%
TAGTTGAGTGTATGTCTCAG+TGG + Chr4:10667432-10667451 None:intergenic 40.0%
TCCATCAAAACCACAAGCTT+TGG + Chr4:10667494-10667513 None:intergenic 40.0%
TGCCTGTGATTCCACTTTAT+TGG - Chr4:10667252-10667271 MsG0480018856.01.T01:CDS 40.0%
! ATACTTCATGGCTCTGTTTC+TGG - Chr4:10667030-10667049 MsG0480018856.01.T01:CDS 40.0%
! ATCATTTCTATCGATTGCCC+GGG - Chr4:10666946-10666965 MsG0480018856.01.T01:CDS 40.0%
! CGCTACCACCTTATAAGTTT+TGG + Chr4:10667141-10667160 None:intergenic 40.0%
! GATCATTTCTATCGATTGCC+CGG - Chr4:10666945-10666964 MsG0480018856.01.T01:CDS 40.0%
ACACTCAACTATTGCTGCCT+CGG - Chr4:10667441-10667460 MsG0480018856.01.T01:CDS 45.0%
ACTTTATCGGCCAAAGCTTG+TGG - Chr4:10667481-10667500 MsG0480018856.01.T01:CDS 45.0%
CTCCGTATAACGAAGGAACA+TGG - Chr4:10667161-10667180 MsG0480018856.01.T01:CDS 45.0%
! ACAAGCTTTGGCCGATAAAG+TGG + Chr4:10667482-10667501 None:intergenic 45.0%
! ATAATGTGGTCTTGGGCCAA+GGG - Chr4:10667782-10667801 MsG0480018856.01.T01:CDS 45.0%
! TCACTTTGGGGGATAGTTCT+TGG - Chr4:10667213-10667232 MsG0480018856.01.T01:CDS 45.0%
! TCATTTCTATCGATTGCCCG+GGG - Chr4:10666947-10666966 MsG0480018856.01.T01:CDS 45.0%
!! TCGATTGCTGGTTCATGCAA+TGG - Chr4:10666984-10667003 MsG0480018856.01.T01:CDS 45.0%
!!! GCCAAAGCTTGTGGTTTTGA+TGG - Chr4:10667490-10667509 MsG0480018856.01.T01:CDS 45.0%
ACTCAACTATTGCTGCCTCG+GGG - Chr4:10667443-10667462 MsG0480018856.01.T01:CDS 50.0%
CACTCAACTATTGCTGCCTC+GGG - Chr4:10667442-10667461 MsG0480018856.01.T01:CDS 50.0%
GCGAACAGCCAACCAGTTAA+CGG + Chr4:10667324-10667343 None:intergenic 50.0%
GGTGGTGTGTATTTGAGTCG+TGG - Chr4:10667296-10667315 MsG0480018856.01.T01:CDS 50.0%
TGGCTGTTCGCGACTACTTT+GGG - Chr4:10667333-10667352 MsG0480018856.01.T01:CDS 50.0%
TTGGCTGTTCGCGACTACTT+TGG - Chr4:10667332-10667351 MsG0480018856.01.T01:CDS 50.0%
! CATTTCTATCGATTGCCCGG+GGG - Chr4:10666948-10666967 MsG0480018856.01.T01:CDS 50.0%
! CTTTGGGGGATAGTTCTTGG+AGG - Chr4:10667216-10667235 MsG0480018856.01.T01:CDS 50.0%
! GATAATGTGGTCTTGGGCCA+AGG - Chr4:10667781-10667800 MsG0480018856.01.T01:CDS 50.0%
! TGGTGATGCAGCAAGAAGCA+TGG - Chr4:10667181-10667200 MsG0480018856.01.T01:CDS 50.0%
!! GTTTCTGGAACCCATCCACT+AGG - Chr4:10667045-10667064 MsG0480018856.01.T01:CDS 50.0%
!!! GACGGTTTTTGGTCGATTGC+TGG - Chr4:10666972-10666991 MsG0480018856.01.T01:CDS 50.0%
GGCACCTTATCAAAACCCCG+AGG + Chr4:10667461-10667480 None:intergenic 55.0%
GGCTGTTCGCGACTACTTTG+GGG - Chr4:10667334-10667353 MsG0480018856.01.T01:CDS 55.0%
GGTAGCGCTCCGTATAACGA+AGG - Chr4:10667154-10667173 MsG0480018856.01.T01:CDS 55.0%
TCGTGGCACCGTTAACTGGT+TGG - Chr4:10667313-10667332 MsG0480018856.01.T01:CDS 55.0%
TGAGTCGTGGCACCGTTAAC+TGG - Chr4:10667309-10667328 MsG0480018856.01.T01:CDS 55.0%
!! GCTGCCTCGGGGTTTTGATA+AGG - Chr4:10667454-10667473 MsG0480018856.01.T01:CDS 55.0%
CGACCAAAAACCGTCACCCC+CGG + Chr4:10666967-10666986 None:intergenic 60.0%
GACCAAAAACCGTCACCCCC+GGG + Chr4:10666966-10666985 None:intergenic 60.0%
! TATCGATTGCCCGGGGGTGA+CGG - Chr4:10666954-10666973 MsG0480018856.01.T01:CDS 60.0%
!! TGCCCGGGGGTGACGGTTTT+TGG - Chr4:10666961-10666980 MsG0480018856.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr4 gene 10666831 10667835 10666831 ID=MsG0480018856.01;Name=MsG0480018856.01
Chr4 mRNA 10666831 10667835 10666831 ID=MsG0480018856.01.T01;Parent=MsG0480018856.01;Name=MsG0480018856.01.T01;_AED=0.34;_eAED=0.34;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|334
Chr4 exon 10666831 10667835 10666831 ID=MsG0480018856.01.T01:exon:3604;Parent=MsG0480018856.01.T01
Chr4 CDS 10666831 10667835 10666831 ID=MsG0480018856.01.T01:cds;Parent=MsG0480018856.01.T01
Gene Sequence

>MsG0480018856.01.T01

ATGCATCTCAACAAATCATCACGAAACCCACATCTAGCACTAACTTTGTTACCAGACTTTGATGTCACAACCTTCCCAATTTCTTGTTTACTCGATAATTCATCGATTCAGGATGATCATTTCTATCGATTGCCCGGGGGTGACGGTTTTTGGTCGATTGCTGGTTCATGCAATGGATTGATCTGTTTGATTAATGTGTATACTTCATGGCTCTGTTTCTGGAACCCATCCACTAGGACTAAATTTAATTTTTTTTTACCTTTTTCGGATGATTCTTTTCATTACTCTTTTGGTTATGATCCTTTGACCAAAACTTATAAGGTGGTAGCGCTCCGTATAACGAAGGAACATGGTGATGCAGCAAGAAGCATGGTGAAATTTTTCACTTTGGGGGATAGTTCTTGGAGGAATATTCAATATTTGCCTGTGATTCCACTTTATTGGTTTCCTTGTGTTAATAAGGATGGTGGTGTGTATTTGAGTCGTGGCACCGTTAACTGGTTGGCTGTTCGCGACTACTTTGGGGAAGATTGTTTGTCTTTGAAACATAGGAGTATTATTACTATTGAGCAATATGTGATTCTTTCACTTGATCTCTCCACTGAGACATACACTCAACTATTGCTGCCTCGGGGTTTTGATAAGGTGCCACTTTATCGGCCAAAGCTTGTGGTTTTGATGGACAGTCTTTGTTTTTGTCATGATTACGAGGCAACCCATTTTGTTATATGGCAAATGAAGGATTTTGGAGTTCAAGAGTCTTGGATTCAATTATATAAAATCAGTTATAAGAATTTATTTTCAGCAATAGGGTATGAATGTTGGAATTTGTTGCCATTGTATCTTTCTGAGAATGGTGATACACTAATATTGACAAATGATCGAGATGAAAGGGCATTAATCTATAATTGCAGAGACAATAGAGTAGAGAAAATTGGAATTACTAATAGGATAATGTGGTCTTGGGCCAAGGGTTATGTTGAAAGTTTGGTTTCAACTCGTTGA
Protein sequence

>MsG0480018856.01.T01

MHLNKSSRNPHLALTLLPDFDVTTFPISCLLDNSSIQDDHFYRLPGGDGFWSIAGSCNGLICLINVYTSWLCFWNPSTRTKFNFFLPFSDDSFHYSFGYDPLTKTYKVVALRITKEHGDAARSMVKFFTLGDSSWRNIQYLPVIPLYWFPCVNKDGGVYLSRGTVNWLAVRDYFGEDCLSLKHRSIITIEQYVILSLDLSTETYTQLLLPRGFDKVPLYRPKLVVLMDSLCFCHDYEATHFVIWQMKDFGVQESWIQLYKISYKNLFSAIGYECWNLLPLYLSENGDTLILTNDRDERALIYNCRDNRVEKIGITNRIMWSWAKGYVESLVSTR*