AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880042584.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 84 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 101 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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CATGTTAGAGTTATGAGTTT+GGG 0.419974 8:-10972525 MsG0880042584.01.T01:CDS
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TGGCTGATTGTCCGGCCATC+CGG 0.434045 8:+10972290 None:intergenic
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CCGCTGTACCTTTCTAAGAA+TGG 0.441528 8:-10972105 MsG0880042584.01.T01:CDS
TGAAGAGTTGGCTGATTGTC+CGG 0.449562 8:+10972282 None:intergenic
TGCGACGATCTTGTAAGTTC+CGG 0.450343 8:+10972569 None:intergenic
ATTTGAGTGGCACTGTTAGT+TGG 0.453010 8:-10972434 MsG0880042584.01.T01:CDS
TGAGTTTGGGTGATAATTGT+TGG 0.458566 8:-10972512 MsG0880042584.01.T01:CDS
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TAGAGGTGAGAGGAATCAAA+GGG 0.471389 8:+10972472 None:intergenic
AGGATTGGACACTCTTAATA+GGG 0.472283 8:+10972841 None:intergenic
AATGACGGACGGGGAAGGAT+TGG 0.480175 8:+10972826 None:intergenic
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ATGACGGTTGCTATTGTAAT+GGG 0.480367 8:+10972779 None:intergenic
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ATGAATACCAGCGGCGGCAA+TGG 0.511122 8:+10973044 None:intergenic
TCCATAAGAACCTGAAGAGT+TGG 0.520535 8:+10972270 None:intergenic
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TTAGAGGTGAGAGGAATCAA+AGG 0.526790 8:+10972471 None:intergenic
CTGATTGTCCGGCCATCCGG+AGG 0.529275 8:+10972293 None:intergenic
GAGTGGCACTGTTAGTTGGT+TGG 0.530512 8:-10972430 MsG0880042584.01.T01:CDS
GTGGTGTGAGTATGATGTGT+GGG 0.536477 8:+10972880 None:intergenic
ATGATGGGTGGCCCTCCGGA+TGG 0.537731 8:-10972305 MsG0880042584.01.T01:CDS
GGGTATCTCTTCTTTGATGG+TGG 0.539027 8:+10972861 None:intergenic
AGGTATCACCATTCTTAGAA+AGG 0.543460 8:+10972097 None:intergenic
ATTCTTTAATAAATGACGGA+CGG 0.550553 8:+10972815 None:intergenic
TAATCTTGTGCTTGGAATGA+CGG 0.551453 8:+10972763 None:intergenic
AATGACGGTTGCTATTGTAA+TGG 0.551753 8:+10972778 None:intergenic
AAGAATTCTTTAATAAATGA+CGG 0.559571 8:+10972811 None:intergenic
GATTTCAGCGATGAGTTCGT+CGG 0.563091 8:+10973019 None:intergenic
TATAATAGTGTGCATTTGAG+TGG 0.564104 8:-10972447 MsG0880042584.01.T01:CDS
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TAATAAATGACGGACGGGGA+AGG 0.571474 8:+10972821 None:intergenic
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TGATTGTCCGGCCATCCGGA+GGG 0.585430 8:+10972294 None:intergenic
GCTATTGTAATGGGAAACAA+TGG 0.592249 8:+10972788 None:intergenic
CTATTATATTTAGAGGTGAG+AGG 0.614405 8:+10972462 None:intergenic
ATGGTGCATTGGATTCGACT+TGG 0.626836 8:+10973063 None:intergenic
ATGAGGTGCTGGATGATGGG+TGG 0.632144 8:-10972317 MsG0880042584.01.T01:CDS
GGTGGTGTGAGTATGATGTG+TGG 0.635046 8:+10972879 None:intergenic
TCTTTAATAAATGACGGACG+GGG 0.636367 8:+10972817 None:intergenic
TGTCTCCGTCGAAAGATCAA+GGG 0.648367 8:+10972371 None:intergenic
AATCATGCGAAAAGCAAAGG+TGG 0.668590 8:+10972247 None:intergenic
GTGAACTCAACAGAGGAGTG+CGG 0.682872 8:+10972612 None:intergenic
ATATTCATATGTCAATAACA+AGG 0.686288 8:+10972077 None:intergenic
TCGGGAATGAATACCAGCGG+CGG 0.693476 8:+10973038 None:intergenic
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TTATTGACATATGAATATGG+TGG 0.714814 8:-10972072 MsG0880042584.01.T01:CDS
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CCATTCTTAGAAAGGTACAG+CGG 0.746330 8:+10972105 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAGAATTCTTTAATAAATGA+CGG + Chr8:10972199-10972218 None:intergenic 15.0%
!! AATTGTTGGAGAAATATTAT+TGG - Chr8:10972509-10972528 MsG0880042584.01.T01:CDS 20.0%
!! ATATTCATATGTCAATAACA+AGG + Chr8:10972933-10972952 None:intergenic 20.0%
!!! TTGTTATTGACATATGAATA+TGG - Chr8:10972932-10972951 MsG0880042584.01.T01:CDS 20.0%
! AAGATTATTAATTCCTGCAA+TGG - Chr8:10972260-10972279 MsG0880042584.01.T01:CDS 25.0%
! AGAAAAAAATCTGCAGAATT+TGG - Chr8:10972356-10972375 MsG0880042584.01.T01:CDS 25.0%
! ATGCACACTATTATATTTAG+AGG + Chr8:10972555-10972574 None:intergenic 25.0%
! CATTTGCCATATAACAAATT+CGG + Chr8:10972795-10972814 None:intergenic 25.0%
! GAAAAAAATCTGCAGAATTT+GGG - Chr8:10972357-10972376 MsG0880042584.01.T01:CDS 25.0%
! TTATTGACATATGAATATGG+TGG - Chr8:10972935-10972954 MsG0880042584.01.T01:CDS 25.0%
! TTCAAATTCTCGTAAAATGA+AGG - Chr8:10972298-10972317 MsG0880042584.01.T01:CDS 25.0%
!! ATTCTTTAATAAATGACGGA+CGG + Chr8:10972195-10972214 None:intergenic 25.0%
!!! AAATTCTGCAGATTTTTTTC+TGG + Chr8:10972357-10972376 None:intergenic 25.0%
!!! AGAAAACCGAATTTGTTATA+TGG - Chr8:10972786-10972805 MsG0880042584.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATCATTATCGCTTTTGTTTA+TGG - Chr8:10972321-10972340 MsG0880042584.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATTTGTTATATGGCAAATGA+AGG - Chr8:10972796-10972815 MsG0880042584.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTGGTTGTGATATTTTAAC+CGG - Chr8:10972419-10972438 MsG0880042584.01.T01:CDS 25.0%
AGAGAGAAAATAGAGTAGTA+GGG - Chr8:10972978-10972997 MsG0880042584.01.T01:CDS 30.0%
CATGTTAGAGTTATGAGTTT+GGG - Chr8:10972482-10972501 MsG0880042584.01.T01:CDS 30.0%
CTATTATATTTAGAGGTGAG+AGG + Chr8:10972548-10972567 None:intergenic 30.0%
GGAATTAATAATCTTGTGCT+TGG + Chr8:10972255-10972274 None:intergenic 30.0%
GTCTTGGAAAATTCTCATAT+CGG - Chr8:10972061-10972080 MsG0880042584.01.T01:CDS 30.0%
TATAATAGTGTGCATTTGAG+TGG - Chr8:10972560-10972579 MsG0880042584.01.T01:CDS 30.0%
TCATGTTAGAGTTATGAGTT+TGG - Chr8:10972481-10972500 MsG0880042584.01.T01:CDS 30.0%
!! TTAGAGCATTGAGCTATTAT+CGG - Chr8:10973005-10973024 MsG0880042584.01.T01:CDS 30.0%
!! TTCTTTAATAAATGACGGAC+GGG + Chr8:10972194-10972213 None:intergenic 30.0%
AAGGATTGGACACTCTTAAT+AGG + Chr8:10972170-10972189 None:intergenic 35.0%
AGAGAACAGACATGCTTTAT+CGG + Chr8:10973044-10973063 None:intergenic 35.0%
AGGATTGGACACTCTTAATA+GGG + Chr8:10972169-10972188 None:intergenic 35.0%
AGGTATCACCATTCTTAGAA+AGG + Chr8:10972913-10972932 None:intergenic 35.0%
ATATGGCAAATGAAGGAGTT+TGG - Chr8:10972803-10972822 MsG0880042584.01.T01:CDS 35.0%
CAGAGAGAAAATAGAGTAGT+AGG - Chr8:10972977-10972996 MsG0880042584.01.T01:CDS 35.0%
TAATCTTGTGCTTGGAATGA+CGG + Chr8:10972247-10972266 None:intergenic 35.0%
TATGGCAAATGAAGGAGTTT+GGG - Chr8:10972804-10972823 MsG0880042584.01.T01:CDS 35.0%
TGAAATCATGCGAAAAGCAA+AGG + Chr8:10972766-10972785 None:intergenic 35.0%
TGAGTTTGGGTGATAATTGT+TGG - Chr8:10972495-10972514 MsG0880042584.01.T01:CDS 35.0%
! AATGACGGTTGCTATTGTAA+TGG + Chr8:10972232-10972251 None:intergenic 35.0%
! ATAGGGTATCTCTTCTTTGA+TGG + Chr8:10972152-10972171 None:intergenic 35.0%
! ATGACGGTTGCTATTGTAAT+GGG + Chr8:10972231-10972250 None:intergenic 35.0%
! GCAAAATGGTTTTCACATCA+AGG + Chr8:10972022-10972041 None:intergenic 35.0%
! GCTATTGTAATGGGAAACAA+TGG + Chr8:10972222-10972241 None:intergenic 35.0%
! TTTTCACATCAAGGAACGAT+AGG + Chr8:10972013-10972032 None:intergenic 35.0%
!! TAGAGCATTGAGCTATTATC+GGG - Chr8:10973006-10973025 MsG0880042584.01.T01:CDS 35.0%
!! TCTTTAATAAATGACGGACG+GGG + Chr8:10972193-10972212 None:intergenic 35.0%
!!! TTCTGCAGATTTTTTTCTGG+TGG + Chr8:10972354-10972373 None:intergenic 35.0%
AATCATGCGAAAAGCAAAGG+TGG + Chr8:10972763-10972782 None:intergenic 40.0%
ACCAAAAGTGAACTCAACAG+AGG + Chr8:10972405-10972424 None:intergenic 40.0%
ATCCAGCACCTCATAAAAAC+CGG + Chr8:10972684-10972703 None:intergenic 40.0%
ATTTGAGTGGCACTGTTAGT+TGG - Chr8:10972573-10972592 MsG0880042584.01.T01:CDS 40.0%
GTTCTCTCACGTTGAAAGTT+TGG - Chr8:10973057-10973076 MsG0880042584.01.T01:CDS 40.0%
TAGAGGTGAGAGGAATCAAA+GGG + Chr8:10972538-10972557 None:intergenic 40.0%
TCCATAAGAACCTGAAGAGT+TGG + Chr8:10972740-10972759 None:intergenic 40.0%
TGTTTCCCTTGATCTTTCGA+CGG - Chr8:10972631-10972650 MsG0880042584.01.T01:CDS 40.0%
TTAGAGGTGAGAGGAATCAA+AGG + Chr8:10972539-10972558 None:intergenic 40.0%
! AAACAGTTTTTGCTGCCTTC+CGG - Chr8:10972662-10972681 MsG0880042584.01.T01:CDS 40.0%
! AGTTTGGGATTCAAGAGTCT+TGG - Chr8:10972819-10972838 MsG0880042584.01.T01:CDS 40.0%
! CCATTCTTAGAAAGGTACAG+CGG + Chr8:10972905-10972924 None:intergenic 40.0%
! TCCTCTGTTGAGTTCACTTT+TGG - Chr8:10972401-10972420 MsG0880042584.01.T01:CDS 40.0%
! TGTTAGTTGGTTGGCTCTTA+GGG - Chr8:10972586-10972605 MsG0880042584.01.T01:CDS 40.0%
!! ACGACTTCTTTAGCTGCTTT+TGG + Chr8:10972100-10972119 None:intergenic 40.0%
!! TTTATGAGGTGCTGGATGAT+GGG - Chr8:10972687-10972706 MsG0880042584.01.T01:CDS 40.0%
!!! TTTTATGAGGTGCTGGATGA+TGG - Chr8:10972686-10972705 MsG0880042584.01.T01:CDS 40.0%
AAAGCAGAGCAATCCATTGC+AGG + Chr8:10972276-10972295 None:intergenic 45.0%
AGCACCTCATAAAAACCGGA+AGG + Chr8:10972680-10972699 None:intergenic 45.0%
ATGGTGCATTGGATTCGACT+TGG + Chr8:10971947-10971966 None:intergenic 45.0%
ATTTCAGCGATGAGTTCGTC+GGG + Chr8:10971990-10972009 None:intergenic 45.0%
CACGCATTTGAGTCGCAAAA+TGG + Chr8:10972036-10972055 None:intergenic 45.0%
GATTTCAGCGATGAGTTCGT+CGG + Chr8:10971991-10972010 None:intergenic 45.0%
GGGTATCTCTTCTTTGATGG+TGG + Chr8:10972149-10972168 None:intergenic 45.0%
GTGGTGTGAGTATGATGTGT+GGG + Chr8:10972130-10972149 None:intergenic 45.0%
TCAAATGCGTGAGCAAGTCT+TGG - Chr8:10972045-10972064 MsG0880042584.01.T01:CDS 45.0%
TGAAGAGTTGGCTGATTGTC+CGG + Chr8:10972728-10972747 None:intergenic 45.0%
TGCGACGATCTTGTAAGTTC+CGG + Chr8:10972441-10972460 None:intergenic 45.0%
TGTCTCCGTCGAAAGATCAA+GGG + Chr8:10972639-10972658 None:intergenic 45.0%
! CCGCTGTACCTTTCTAAGAA+TGG - Chr8:10972902-10972921 MsG0880042584.01.T01:CDS 45.0%
! CTGTTAGTTGGTTGGCTCTT+AGG - Chr8:10972585-10972604 MsG0880042584.01.T01:CDS 45.0%
! GCCAACTCTTCAGGTTCTTA+TGG - Chr8:10972736-10972755 MsG0880042584.01.T01:CDS 45.0%
! TTCCGGTTTTTATGAGGTGC+TGG - Chr8:10972679-10972698 MsG0880042584.01.T01:CDS 45.0%
!! TAATAAATGACGGACGGGGA+AGG + Chr8:10972189-10972208 None:intergenic 45.0%
!!! CTTTAGCTGCTTTTGGACGA+AGG + Chr8:10972093-10972112 None:intergenic 45.0%
!!! GCAGATTTTTTTCTGGTGGC+AGG + Chr8:10972350-10972369 None:intergenic 45.0%
GAGTGGCACTGTTAGTTGGT+TGG - Chr8:10972577-10972596 MsG0880042584.01.T01:CDS 50.0%
GGACAATCAGCCAACTCTTC+AGG - Chr8:10972727-10972746 MsG0880042584.01.T01:CDS 50.0%
GGTGGTGTGAGTATGATGTG+TGG + Chr8:10972131-10972150 None:intergenic 50.0%
GTGAACTCAACAGAGGAGTG+CGG + Chr8:10972398-10972417 None:intergenic 50.0%
GTGTCTCCGTCGAAAGATCA+AGG + Chr8:10972640-10972659 None:intergenic 50.0%
TCGTCGGGAATGAATACCAG+CGG + Chr8:10971975-10971994 None:intergenic 50.0%
! GCTGCCTTCCGGTTTTTATG+AGG - Chr8:10972673-10972692 MsG0880042584.01.T01:CDS 50.0%
!!! AGCTGCTTTTGGACGAAGGT+TGG + Chr8:10972089-10972108 None:intergenic 50.0%
ATGAATACCAGCGGCGGCAA+TGG + Chr8:10971966-10971985 None:intergenic 55.0%
TCGGGAATGAATACCAGCGG+CGG + Chr8:10971972-10971991 None:intergenic 55.0%
!! AATGACGGACGGGGAAGGAT+TGG + Chr8:10972184-10972203 None:intergenic 55.0%
!! ATGAGGTGCTGGATGATGGG+TGG - Chr8:10972690-10972709 MsG0880042584.01.T01:CDS 55.0%
TGATTGTCCGGCCATCCGGA+GGG + Chr8:10972716-10972735 None:intergenic 60.0%
TGGCTGATTGTCCGGCCATC+CGG + Chr8:10972720-10972739 None:intergenic 60.0%
CAATGCACCATTGCCGCCGC+TGG - Chr8:10971956-10971975 MsG0880042584.01.T01:CDS 65.0%
CAGCGGCGGCAATGGTGCAT+TGG + Chr8:10971958-10971977 None:intergenic 65.0%
CTGATTGTCCGGCCATCCGG+AGG + Chr8:10972717-10972736 None:intergenic 65.0%
!! ATGATGGGTGGCCCTCCGGA+TGG - Chr8:10972702-10972721 MsG0880042584.01.T01:CDS 65.0%
!! CTGGATGATGGGTGGCCCTC+CGG - Chr8:10972698-10972717 MsG0880042584.01.T01:CDS 65.0%
TGGGTGGCCCTCCGGATGGC+CGG - Chr8:10972706-10972725 MsG0880042584.01.T01:CDS 75.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 10971936 10973093 10971936 ID=MsG0880042584.01;Name=MsG0880042584.01
Chr8 mRNA 10971936 10973093 10971936 ID=MsG0880042584.01.T01;Parent=MsG0880042584.01;Name=MsG0880042584.01.T01;_AED=0.41;_eAED=0.41;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|385
Chr8 exon 10971936 10973093 10971936 ID=MsG0880042584.01.T01:exon:4491;Parent=MsG0880042584.01.T01
Chr8 CDS 10971936 10973093 10971936 ID=MsG0880042584.01.T01:cds;Parent=MsG0880042584.01.T01
Gene Sequence

>MsG0880042584.01.T01

ATGAGCAGCCAAGTCGAATCCAATGCACCATTGCCGCCGCTGGTATTCATTCCCGACGAACTCATCGCTGAAATCCTATCGTTCCTTGATGTGAAAACCATTTTGCGACTCAAATGCGTGAGCAAGTCTTGGAAAATTCTCATATCGGATCCAACCTTCGTCCAAAAGCAGCTAAAGAAGTCGTCACAAAACCCACACATCATACTCACACCACCATCAAAGAAGAGATACCCTATTAAGAGTGTCCAATCCTTCCCCGTCCGTCATTTATTAAAGAATTCTTCCATTGTTTCCCATTACAATAGCAACCGTCATTCCAAGCACAAGATTATTAATTCCTGCAATGGATTGCTCTGCTTTCTTTCAAATTCTCGTAAAATGAAGGATCATTATCGCTTTTGTTTATGGAATCCTGCCACCAGAAAAAAATCTGCAGAATTTGGGACTTTAGATAAATCTCCGCACTCCTCTGTTGAGTTCACTTTTGGTTGTGATATTTTAACCGGAACTTACAAGATCGTCGCATTATATGCAAAACAAAATACTCATGTTAGAGTTATGAGTTTGGGTGATAATTGTTGGAGAAATATTATTGGTTTCCCTTTGATTCCTCTCACCTCTAAATATAATAGTGTGCATTTGAGTGGCACTGTTAGTTGGTTGGCTCTTAGGGATCATGTTGAGCGATTTGTGATTGTTTCCCTTGATCTTTCGACGGAGACACTTAAACAGTTTTTGCTGCCTTCCGGTTTTTATGAGGTGCTGGATGATGGGTGGCCCTCCGGATGGCCGGACAATCAGCCAACTCTTCAGGTTCTTATGGACCACCTTTGCTTTTCGCATGATTTCAAGAAAACCGAATTTGTTATATGGCAAATGAAGGAGTTTGGGATTCAAGAGTCTTGGATTCAGTTATTTAGAATTGATTACTTCAATCTTGAAATGCATAGTAATCTATTATTGTTGCCGCTGTACCTTTCTAAGAATGGTGATACCTTGTTATTGACATATGAATATGGTGGCATAACAATTATCTATAATCAGAGAGAAAATAGAGTAGTAGGGAGAATTAGAGCATTGAGCTATTATCGGGCATTGAGCTATTCCGATAAAGCATGTCTGTTCTCTCACGTTGAAAGTTTGGTTTCGACTGATTGA
Protein sequence

>MsG0880042584.01.T01

MSSQVESNAPLPPLVFIPDELIAEILSFLDVKTILRLKCVSKSWKILISDPTFVQKQLKKSSQNPHIILTPPSKKRYPIKSVQSFPVRHLLKNSSIVSHYNSNRHSKHKIINSCNGLLCFLSNSRKMKDHYRFCLWNPATRKKSAEFGTLDKSPHSSVEFTFGCDILTGTYKIVALYAKQNTHVRVMSLGDNCWRNIIGFPLIPLTSKYNSVHLSGTVSWLALRDHVERFVIVSLDLSTETLKQFLLPSGFYEVLDDGWPSGWPDNQPTLQVLMDHLCFSHDFKKTEFVIWQMKEFGIQESWIQLFRIDYFNLEMHSNLLLLPLYLSKNGDTLLLTYEYGGITIIYNQRENRVVGRIRALSYYRALSYSDKACLFSHVESLVSTD*