AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780036886.01


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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 79 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 99 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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AACCGACGCTTATAAGGTTG+TGG 0.476039 7:-15694777 MsG0780036886.01.T01:CDS
CCGGGATAACCTCGTCGGGT+AGG 0.480119 7:+15695257 None:intergenic
TGGTGGCGGGGTTCCAGAAA+CGG 0.482124 7:+15694885 None:intergenic
TATTGGTTCATGCAATGGAT+TGG 0.487342 7:-15694960 MsG0780036886.01.T01:CDS
CCACCAGGAAAATATCTGAT+AGG 0.489963 7:-15694868 MsG0780036886.01.T01:CDS
AGGAAAATATCTGATAGGTT+AGG 0.494077 7:-15694863 MsG0780036886.01.T01:CDS
TCAAATGTGTGAGCAAGTCT+TGG 0.509757 7:-15695195 MsG0780036886.01.T01:CDS
CCTACCCGACGAGGTTATCC+CGG 0.516730 7:-15695257 MsG0780036886.01.T01:CDS
CAACTGCACGGTTAACTGGT+TGG 0.522129 7:-15694603 MsG0780036886.01.T01:CDS
TGTCGACAACCCCATGGTTG+AGG 0.527487 7:-15694735 MsG0780036886.01.T01:CDS
TTATCCCGGAAATCTTATCA+TGG 0.532845 7:-15695243 MsG0780036886.01.T01:CDS
ACAAAGTTGATGCTCCCTCC+TGG 0.540813 7:-15694465 MsG0780036886.01.T01:CDS
TCAAGTTATAGAGAATTGCT+TGG 0.541342 7:+15694178 None:intergenic
ATTTCCGGGATAACCTCGTC+GGG 0.544582 7:+15695253 None:intergenic
AGTTTCGTACCATTTCCTGC+TGG 0.548181 7:-15695061 MsG0780036886.01.T01:CDS
AAAATGCTCACCTCAACCAT+GGG 0.550905 7:+15694725 None:intergenic
AATTTGGAGATGACCGGTCA+TGG 0.552903 7:-15694338 MsG0780036886.01.T01:CDS
ACTGTACTCATCATCAAATG+TGG 0.554644 7:+15695081 None:intergenic
TAACTATAGAGAAGCTGAAG+AGG 0.556337 7:+15694653 None:intergenic
GTTTCTGGAACCCCGCCACC+AGG 0.557074 7:-15694883 MsG0780036886.01.T01:CDS
TCAAGAATTGAGTCCATGAC+CGG 0.558858 7:+15694325 None:intergenic
ATTATGGATCGAATTCTTGG+AGG 0.559789 7:-15694823 MsG0780036886.01.T01:CDS
AGTTATTGGAGAACGTATGA+AGG 0.560811 7:-15694635 MsG0780036886.01.T01:CDS
TGACAGAATTTGGAGATGAC+CGG 0.561184 7:-15694344 MsG0780036886.01.T01:CDS
ATTCAAGTGTTGTTTACTCG+TGG 0.573499 7:-15694269 MsG0780036886.01.T01:CDS
TTATCTAATAAACGACCAGC+AGG 0.577192 7:+15695046 None:intergenic
CGTGTCGACTTCTCAGCACC+AGG 0.586711 7:+15694447 None:intergenic
TAAGAGACTAACGAGAAGTG+TGG 0.589482 7:+15695112 None:intergenic
CCTTAGGAAAAGTGATATGA+CGG 0.596485 7:+15695023 None:intergenic
CGAAGACGCCGCGAGTTCGG+TGG 0.596719 7:+15695310 None:intergenic
CCATCTTCGGAAAGATGCAA+TGG 0.600744 7:+15694234 None:intergenic
AGCCACAACCTTATAAGCGT+CGG 0.608219 7:+15694775 None:intergenic
CTGTACTCATCATCAAATGT+GGG 0.621034 7:+15695082 None:intergenic
GTGATCTTGAGAGAAGCAGA+AGG 0.621201 7:+15694395 None:intergenic
AAGAGACTAACGAGAAGTGT+GGG 0.630695 7:+15695113 None:intergenic
GATTTCCGGGATAACCTCGT+CGG 0.646349 7:+15695252 None:intergenic
ATACACAACCACCGAACTCG+CGG 0.654383 7:-15695318 MsG0780036886.01.T01:CDS
TCGACTTCTCAGCACCAGGA+GGG 0.654447 7:+15694451 None:intergenic
TCGCAATGTCGACAACCCCA+TGG 0.655079 7:-15694741 MsG0780036886.01.T01:CDS
TCGTCGGGTAGGGTTACTGA+CGG 0.669887 7:+15695268 None:intergenic
AGGTGTACAATTCAACTGCA+CGG 0.676889 7:-15694615 MsG0780036886.01.T01:CDS
GTCGACTTCTCAGCACCAGG+AGG 0.677863 7:+15694450 None:intergenic
TGCTTCTCTCAAGATCACAA+CGG 0.688335 7:-15694390 MsG0780036886.01.T01:CDS
AAATGCTCACCTCAACCATG+GGG 0.716258 7:+15694726 None:intergenic
TCGGGTAGGGTTACTGACGG+CGG 0.731357 7:+15695271 None:intergenic
GTCAGTAACCCTACCCGACG+AGG 0.734157 7:-15695266 MsG0780036886.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATAAATAATAGTAGTATCAT+TGG + Chr7:15694881-15694900 None:intergenic 15.0%
! AATAGATAATAAGGATCCTT+AGG + Chr7:15694404-15694423 None:intergenic 25.0%
! AGTTTCGATGATTTCAATTA+TGG - Chr7:15694569-15694588 MsG0780036886.01.T01:intron 25.0%
! TTGTCATGCAATAGATAATA+AGG + Chr7:15694413-15694432 None:intergenic 25.0%
AAAGATTGTCGTGAAGTTAT+TGG - Chr7:15694431-15694450 MsG0780036886.01.T01:CDS 30.0%
AGGAAAATATCTGATAGGTT+AGG - Chr7:15694545-15694564 MsG0780036886.01.T01:intron 30.0%
ATATGGAAGATGACAGAATT+TGG - Chr7:15695054-15695073 MsG0780036886.01.T01:CDS 30.0%
GAGTCAACAAAAAGATATGT+TGG - Chr7:15695277-15695296 MsG0780036886.01.T01:CDS 30.0%
GATGGTGATACAATAGTATT+CGG - Chr7:15695192-15695211 MsG0780036886.01.T01:CDS 30.0%
TACTATTGTATCACCATCTT+CGG + Chr7:15695190-15695209 None:intergenic 30.0%
TCAAGTTATAGAGAATTGCT+TGG + Chr7:15695233-15695252 None:intergenic 30.0%
TCAATTATGGATCGAATTCT+TGG - Chr7:15694582-15694601 MsG0780036886.01.T01:intron 30.0%
TGATTATTTCACTACACCTA+GGG - Chr7:15694908-15694927 MsG0780036886.01.T01:CDS 30.0%
TTCAGCTTCTCTATAGTTAT+TGG - Chr7:15694759-15694778 MsG0780036886.01.T01:CDS 30.0%
! ACGGAACAGATTTTCTTATA+TGG - Chr7:15695037-15695056 MsG0780036886.01.T01:CDS 30.0%
! TAACCTATCAGATATTTTCC+TGG + Chr7:15694546-15694565 None:intergenic 30.0%
! TGTTTGTTGGGTTATTCTTA+CGG - Chr7:15694473-15694492 MsG0780036886.01.T01:CDS 30.0%
! TTACTTTGGGTGATAATGTT+TGG - Chr7:15694705-15694724 MsG0780036886.01.T01:CDS 30.0%
!! AGGTGCATTTTGATGAATTT+AGG + Chr7:15694257-15694276 None:intergenic 30.0%
ACTGTACTCATCATCAAATG+TGG + Chr7:15694330-15694349 None:intergenic 35.0%
AGAGAATTGCTTGGTTATCT+AGG + Chr7:15695224-15695243 None:intergenic 35.0%
AGTTATTGGAGAACGTATGA+AGG - Chr7:15694773-15694792 MsG0780036886.01.T01:CDS 35.0%
ATCTGCATCAAAGATCTTAC+AGG + Chr7:15694194-15694213 None:intergenic 35.0%
ATTATGGATCGAATTCTTGG+AGG - Chr7:15694585-15694604 MsG0780036886.01.T01:intron 35.0%
CCAGATAGAGTAAGAATTGA+AGG + Chr7:15694501-15694520 None:intergenic 35.0%
CCTTAGGAAAAGTGATATGA+CGG + Chr7:15694388-15694407 None:intergenic 35.0%
CCTTCAATTCTTACTCTATC+TGG - Chr7:15694498-15694517 MsG0780036886.01.T01:intron 35.0%
CTGTACTCATCATCAAATGT+GGG + Chr7:15694329-15694348 None:intergenic 35.0%
GTGATTATTTCACTACACCT+AGG - Chr7:15694907-15694926 MsG0780036886.01.T01:CDS 35.0%
TAACTATAGAGAAGCTGAAG+AGG + Chr7:15694758-15694777 None:intergenic 35.0%
TAATTCAACCGACGCTTATA+AGG - Chr7:15694625-15694644 MsG0780036886.01.T01:CDS 35.0%
TTATCCCGGAAATCTTATCA+TGG - Chr7:15694165-15694184 MsG0780036886.01.T01:CDS 35.0%
TTATCTAATAAACGACCAGC+AGG + Chr7:15694365-15694384 None:intergenic 35.0%
! GAGGTGAGCATTTTTACTTT+GGG - Chr7:15694692-15694711 MsG0780036886.01.T01:CDS 35.0%
! TGAGGTGAGCATTTTTACTT+TGG - Chr7:15694691-15694710 MsG0780036886.01.T01:CDS 35.0%
!! AATGGATTGGTCTGTTTGTT+GGG - Chr7:15694461-15694480 MsG0780036886.01.T01:CDS 35.0%
!! ATTCAAGTGTTGTTTACTCG+TGG - Chr7:15695139-15695158 MsG0780036886.01.T01:CDS 35.0%
!! GAAGTTATTGGTTCATGCAA+TGG - Chr7:15694443-15694462 MsG0780036886.01.T01:CDS 35.0%
!! GATATGTTGGTTCTCTATCA+AGG - Chr7:15695290-15695309 MsG0780036886.01.T01:CDS 35.0%
!! TATTGGTTCATGCAATGGAT+TGG - Chr7:15694448-15694467 MsG0780036886.01.T01:CDS 35.0%
AAAAATGCTCACCTCAACCA+TGG + Chr7:15694687-15694706 None:intergenic 40.0%
AAAATGCTCACCTCAACCAT+GGG + Chr7:15694686-15694705 None:intergenic 40.0%
AATAAACGACCAGCAGGAAA+TGG + Chr7:15694359-15694378 None:intergenic 40.0%
AATTCAACTGCACGGTTAAC+TGG - Chr7:15694801-15694820 MsG0780036886.01.T01:CDS 40.0%
AGGTGTACAATTCAACTGCA+CGG - Chr7:15694793-15694812 MsG0780036886.01.T01:CDS 40.0%
CAAGGATTATGTCGAAAGTC+TGG - Chr7:15695308-15695327 MsG0780036886.01.T01:CDS 40.0%
CCACCAGGAAAATATCTGAT+AGG - Chr7:15694540-15694559 MsG0780036886.01.T01:intron 40.0%
CTGAAACATACACTGTTGAC+TGG - Chr7:15694849-15694868 MsG0780036886.01.T01:CDS 40.0%
GAAGCCATGATAAGATTTCC+GGG + Chr7:15694172-15694191 None:intergenic 40.0%
GGAAGCCATGATAAGATTTC+CGG + Chr7:15694173-15694192 None:intergenic 40.0%
GGTTTCGTGCAGATCTATTA+AGG + Chr7:15694277-15694296 None:intergenic 40.0%
TAAGAGACTAACGAGAAGTG+TGG + Chr7:15694299-15694318 None:intergenic 40.0%
TCAAATGTGTGAGCAAGTCT+TGG - Chr7:15694213-15694232 MsG0780036886.01.T01:CDS 40.0%
TCAAGAATTGAGTCCATGAC+CGG + Chr7:15695086-15695105 None:intergenic 40.0%
TGACAGAATTTGGAGATGAC+CGG - Chr7:15695064-15695083 MsG0780036886.01.T01:CDS 40.0%
TGCTTCTCTCAAGATCACAA+CGG - Chr7:15695018-15695037 MsG0780036886.01.T01:CDS 40.0%
! AAGAGACTAACGAGAAGTGT+GGG + Chr7:15694298-15694317 None:intergenic 40.0%
! ATCAGATATTTTCCTGGTGG+CGG + Chr7:15694540-15694559 None:intergenic 40.0%
! CCTATCAGATATTTTCCTGG+TGG + Chr7:15694543-15694562 None:intergenic 40.0%
!! CAATGGATTGGTCTGTTTGT+TGG - Chr7:15694460-15694479 MsG0780036886.01.T01:CDS 40.0%
!! CCGTCATATCACTTTTCCTA+AGG - Chr7:15694385-15694404 MsG0780036886.01.T01:CDS 40.0%
AAATGCTCACCTCAACCATG+GGG + Chr7:15694685-15694704 None:intergenic 45.0%
AACCGACGCTTATAAGGTTG+TGG - Chr7:15694631-15694650 MsG0780036886.01.T01:CDS 45.0%
AATTTGGAGATGACCGGTCA+TGG - Chr7:15695070-15695089 MsG0780036886.01.T01:CDS 45.0%
ACAGTGTATGTTTCAGTCCC+TGG + Chr7:15694845-15694864 None:intergenic 45.0%
AGCCACAACCTTATAAGCGT+CGG + Chr7:15694636-15694655 None:intergenic 45.0%
AGTTTCGTACCATTTCCTGC+TGG - Chr7:15694347-15694366 MsG0780036886.01.T01:CDS 45.0%
CCATCTTCGGAAAGATGCAA+TGG + Chr7:15695177-15695196 None:intergenic 45.0%
CCATTGCATCTTTCCGAAGA+TGG - Chr7:15695174-15695193 MsG0780036886.01.T01:CDS 45.0%
GTGATCTTGAGAGAAGCAGA+AGG + Chr7:15695016-15695035 None:intergenic 45.0%
! GTCGAAAGTCTGGTTTCAAC+CGG - Chr7:15695318-15695337 MsG0780036886.01.T01:CDS 45.0%
! TCAGATATTTTCCTGGTGGC+GGG + Chr7:15694539-15694558 None:intergenic 45.0%
ATACACAACCACCGAACTCG+CGG - Chr7:15694090-15694109 MsG0780036886.01.T01:CDS 50.0%
ATTTCCGGGATAACCTCGTC+GGG + Chr7:15694158-15694177 None:intergenic 50.0%
CAACTGCACGGTTAACTGGT+TGG - Chr7:15694805-15694824 MsG0780036886.01.T01:CDS 50.0%
GATTTCCGGGATAACCTCGT+CGG + Chr7:15694159-15694178 None:intergenic 50.0%
TTAACTGGTTGGCACGCAGT+CGG - Chr7:15694816-15694835 MsG0780036886.01.T01:CDS 50.0%
TTGTGTACGTCTCAGTCCCT+AGG + Chr7:15694927-15694946 None:intergenic 50.0%
! ACTCTATCTGGCTCCGTTTC+TGG - Chr7:15694510-15694529 MsG0780036886.01.T01:intron 50.0%
!! ACAAAGTTGATGCTCCCTCC+TGG - Chr7:15694943-15694962 MsG0780036886.01.T01:CDS 50.0%
!! CAGATATTTTCCTGGTGGCG+GGG + Chr7:15694538-15694557 None:intergenic 50.0%
TCGACTTCTCAGCACCAGGA+GGG + Chr7:15694960-15694979 None:intergenic 55.0%
TCGCAATGTCGACAACCCCA+TGG - Chr7:15694667-15694686 MsG0780036886.01.T01:CDS 55.0%
TCGTCGGGTAGGGTTACTGA+CGG + Chr7:15694143-15694162 None:intergenic 55.0%
TGTCGACAACCCCATGGTTG+AGG - Chr7:15694673-15694692 MsG0780036886.01.T01:CDS 55.0%
CCTACCCGACGAGGTTATCC+CGG - Chr7:15694151-15694170 MsG0780036886.01.T01:CDS 60.0%
CGGGATAACCTCGTCGGGTA+GGG + Chr7:15694153-15694172 None:intergenic 60.0%
GGTTACTGACGGCGGCAGAT+TGG + Chr7:15694132-15694151 None:intergenic 60.0%
GTCAGTAACCCTACCCGACG+AGG - Chr7:15694142-15694161 MsG0780036886.01.T01:CDS 60.0%
TCGGGTAGGGTTACTGACGG+CGG + Chr7:15694140-15694159 None:intergenic 60.0%
TGGCACGCAGTCGGATTCCA+GGG - Chr7:15694825-15694844 MsG0780036886.01.T01:CDS 60.0%
TTGGCACGCAGTCGGATTCC+AGG - Chr7:15694824-15694843 MsG0780036886.01.T01:CDS 60.0%
! GTCGACTTCTCAGCACCAGG+AGG + Chr7:15694961-15694980 None:intergenic 60.0%
!! CGTGTCGACTTCTCAGCACC+AGG + Chr7:15694964-15694983 None:intergenic 60.0%
!! TGGTGGCGGGGTTCCAGAAA+CGG + Chr7:15694526-15694545 None:intergenic 60.0%
CCGGGATAACCTCGTCGGGT+AGG + Chr7:15694154-15694173 None:intergenic 65.0%
GAGCGAAGACGCCGCGAGTT+CGG + Chr7:15694104-15694123 None:intergenic 65.0%
!! GTTTCTGGAACCCCGCCACC+AGG - Chr7:15694525-15694544 MsG0780036886.01.T01:intron 65.0%
CGAAGACGCCGCGAGTTCGG+TGG + Chr7:15694101-15694120 None:intergenic 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 15694086 15695344 15694086 ID=MsG0780036886.01;Name=MsG0780036886.01
Chr7 mRNA 15694086 15695344 15694086 ID=MsG0780036886.01.T01;Parent=MsG0780036886.01;Name=MsG0780036886.01.T01;_AED=0.50;_eAED=0.50;_QI=0|0|0|1|1|1|2|0|387
Chr7 exon 15694597 15695344 15694597 ID=MsG0780036886.01.T01:exon:2763;Parent=MsG0780036886.01.T01
Chr7 exon 15694086 15694501 15694086 ID=MsG0780036886.01.T01:exon:2762;Parent=MsG0780036886.01.T01
Chr7 CDS 15694597 15695344 15694597 ID=MsG0780036886.01.T01:cds;Parent=MsG0780036886.01.T01
Chr7 CDS 15694086 15694501 15694086 ID=MsG0780036886.01.T01:cds;Parent=MsG0780036886.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780036886.01.T01

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Protein sequence

>MsG0780036886.01.T01

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