AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680031479.01


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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 72 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 83 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CAAAATATTTAGTTTGTTTA+TGG 0.094378 6:-21036999 MsG0680031479.01.T01:CDS
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AACTAAAAGACTTGCTTTAT+AGG 0.222761 6:+21036954 None:intergenic
AAAAGTTTGATTTGAGATTA+AGG 0.225731 6:+21037233 None:intergenic
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ATTCAAAATTTCCCCGGTTT+TGG 0.255735 6:-21036760 MsG0680031479.01.T01:CDS
AATCCTGGAATGTATTTAAA+TGG 0.267144 6:-21036724 MsG0680031479.01.T01:CDS
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CCTTATGATTTGTTTGGGTT+TGG 0.296582 6:-21036901 MsG0680031479.01.T01:CDS
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TTCCTTCCACCGATTCAATA+AGG 0.335458 6:+21036347 None:intergenic
TATATTGTTTCACTTGATCT+AGG 0.340980 6:-21036646 MsG0680031479.01.T01:CDS
CTTATACTTTGATTTCAATC+TGG 0.357352 6:+21037077 None:intergenic
TCTTGTCAAAATACCAAAAC+CGG 0.363041 6:+21036747 None:intergenic
GTACCATTTAAATACATTCC+AGG 0.373546 6:+21036721 None:intergenic
TACTATGGTGCAACTAAACT+TGG 0.378704 6:+21036232 None:intergenic
GATTAAGGATTCAAAATACT+TGG 0.389442 6:+21037248 None:intergenic
ATCAAAATCTTTAACAATTG+TGG 0.393977 6:+21037107 None:intergenic
GTTTGGTTACGATAACTTAT+CGG 0.401693 6:-21036884 MsG0680031479.01.T01:CDS
CCATGACCATGAATAAGCTT+TGG 0.403039 6:-21036276 MsG0680031479.01.T01:CDS
ATAGATCCAAAGCTTATTCA+TGG 0.406243 6:+21036270 None:intergenic
ACAACAAACGTGACAATTGT+TGG 0.407035 6:-21036789 MsG0680031479.01.T01:CDS
TGCAATATCCTCACAGATGA+AGG 0.411446 6:+21037326 None:intergenic
TGTTGGTTCTTGTAACGGTT+TGG 0.413207 6:-21037052 MsG0680031479.01.T01:CDS
AAATCAAAGTATAAGGTTGT+TGG 0.415602 6:-21037069 MsG0680031479.01.T01:CDS
CAAACCCAAACAAATCATAA+GGG 0.420278 6:+21036902 None:intergenic
CAAGCATTTGAATCGAATAA+GGG 0.420302 6:+21037272 None:intergenic
TAGGAGAGTGACTTGGTTGA+AGG 0.423494 6:+21036973 None:intergenic
TTATTTGCTCCTTATTGAAT+CGG 0.429126 6:-21036356 MsG0680031479.01.T01:CDS
TCAAGTGAAACAATATAAAC+AGG 0.430409 6:+21036652 None:intergenic
CCAAACCCAAACAAATCATA+AGG 0.430627 6:+21036901 None:intergenic
TCATTCTCAGTCATGGTCAT+GGG 0.437922 6:-21036932 MsG0680031479.01.T01:CDS
TAAGCTTTGGATCTATACTA+AGG 0.451681 6:-21036263 MsG0680031479.01.T01:CDS
AATCGAATAAGGGATTTCAA+TGG 0.463286 6:+21037282 None:intergenic
TTCATTCTCAGTCATGGTCA+TGG 0.465876 6:-21036933 MsG0680031479.01.T01:CDS
TTGCAATTGAAATATTCTTA+CGG 0.474597 6:-21037308 MsG0680031479.01.T01:CDS
CCAAAGCTTATTCATGGTCA+TGG 0.478703 6:+21036276 None:intergenic
GGCGAGCTAAGCCAAGTCTT+GGG 0.479870 6:-21036558 MsG0680031479.01.T01:CDS
TGGCGAGCTAAGCCAAGTCT+TGG 0.484669 6:-21036559 MsG0680031479.01.T01:CDS
TTGTGAAATACCACCTTCAA+AGG 0.490348 6:-21037212 MsG0680031479.01.T01:CDS
AAGGTTGTTGGTTCTTGTAA+CGG 0.499808 6:-21037057 MsG0680031479.01.T01:CDS
TATGGCAGATGAATGAGTAT+GGG 0.509422 6:-21036477 MsG0680031479.01.T01:CDS
TCATTCTTAGAAGTGTCTAA+TGG 0.512312 6:+21036379 None:intergenic
AGAAATATTCAAAATTTCCC+CGG 0.513042 6:-21036766 MsG0680031479.01.T01:CDS
CTTGTCAAAATACCAAAACC+GGG 0.518711 6:+21036748 None:intergenic
TTGATTGCTATCAAGCGTCC+TGG 0.520444 6:-21037024 MsG0680031479.01.T01:CDS
TCTTTCAAAATCCCAAGACT+TGG 0.527457 6:+21036547 None:intergenic
TCCTCACAGATGAAGGTTTG+TGG 0.532243 6:+21037333 None:intergenic
AGGAGAGTGACTTGGTTGAA+GGG 0.545913 6:+21036974 None:intergenic
AAGCCCACCGTGTTGGTCGT+TGG 0.546354 6:-21036579 MsG0680031479.01.T01:CDS
CTCCTTATTGAATCGGTGGA+AGG 0.548716 6:-21036349 MsG0680031479.01.T01:CDS
CAAAGCTTATTCATGGTCAT+GGG 0.559561 6:+21036277 None:intergenic
TGCTTTATAGGAGAGTGACT+TGG 0.562587 6:+21036966 None:intergenic
TTTGATCAAGCCCACCGTGT+TGG 0.565730 6:-21036586 MsG0680031479.01.T01:CDS
CATTCTCAGTCATGGTCATG+GGG 0.572836 6:-21036931 MsG0680031479.01.T01:CDS
TAACTTATCGGACACTTACA+AGG 0.575297 6:-21036872 MsG0680031479.01.T01:CDS
TTTGCTCCTTATTGAATCGG+TGG 0.578506 6:-21036353 MsG0680031479.01.T01:CDS
CAATGATTCATTAAAATCTG+AGG 0.578800 6:-21036821 MsG0680031479.01.T01:CDS
ATGGCAGATGAATGAGTATG+GGG 0.621763 6:-21036476 MsG0680031479.01.T01:CDS
AAACCCAAACAAATCATAAG+GGG 0.622753 6:+21036903 None:intergenic
AACCCAAACAAATCATAAGG+GGG 0.638118 6:+21036904 None:intergenic
TGGGCTTGATCAAAACAAGA+AGG 0.638799 6:+21036595 None:intergenic
TTCTTAGAAGTGTCTAATGG+TGG 0.642222 6:+21036382 None:intergenic
TCGCCAACGACCAACACGGT+GGG 0.648689 6:+21036576 None:intergenic
ACCCAAACAAATCATAAGGG+GGG 0.671791 6:+21036905 None:intergenic
TTGTCAAAATACCAAAACCG+GGG 0.676930 6:+21036749 None:intergenic
CTCGCCAACGACCAACACGG+TGG 0.694141 6:+21036575 None:intergenic
ACCACAAACCTTCATCTGTG+AGG 0.704436 6:-21037334 MsG0680031479.01.T01:CDS
TAGCTCGCCAACGACCAACA+CGG 0.704959 6:+21036572 None:intergenic
CTTATCGGACACTTACAAGG+TGG 0.725611 6:-21036869 MsG0680031479.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AATCAGTAAATTTGATTAAT+AGG + Chr6:21036407-21036426 None:intergenic 15.0%
!!! AAAGAACTCAATTTTTTTTA+TGG - Chr6:21037081-21037100 MsG0680031479.01.T01:CDS 15.0%
!!! ATTGTTAAAGATTTTGATTT+TGG - Chr6:21036474-21036493 MsG0680031479.01.T01:CDS 15.0%
!!! CAAAATATTTAGTTTGTTTA+TGG - Chr6:21036577-21036596 MsG0680031479.01.T01:CDS 15.0%
!! ATCAAAATCTTTAACAATTG+TGG + Chr6:21036472-21036491 None:intergenic 20.0%
!! ATTTAAATGGTACTCTTAAT+TGG - Chr6:21036865-21036884 MsG0680031479.01.T01:CDS 20.0%
!! TGACTAAAGAAAAAGATTTA+AGG + Chr6:21036431-21036450 None:intergenic 20.0%
!! TTGCAATTGAAATATTCTTA+CGG - Chr6:21036268-21036287 MsG0680031479.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAAAGTTTGATTTGAGATTA+AGG + Chr6:21036346-21036365 None:intergenic 20.0%
! AAATCAAAGTATAAGGTTGT+TGG - Chr6:21036507-21036526 MsG0680031479.01.T01:CDS 25.0%
! AATCCTGGAATGTATTTAAA+TGG - Chr6:21036852-21036871 MsG0680031479.01.T01:CDS 25.0%
! AGAAATATTCAAAATTTCCC+CGG - Chr6:21036810-21036829 MsG0680031479.01.T01:CDS 25.0%
! CAATGATTCATTAAAATCTG+AGG - Chr6:21036755-21036774 MsG0680031479.01.T01:CDS 25.0%
! CAGATTGAAATCAAAGTATA+AGG - Chr6:21036500-21036519 MsG0680031479.01.T01:CDS 25.0%
! GATTAAGGATTCAAAATACT+TGG + Chr6:21036331-21036350 None:intergenic 25.0%
! TATATTGTTTCACTTGATCT+AGG - Chr6:21036930-21036949 MsG0680031479.01.T01:CDS 25.0%
! TCAAGTGAAACAATATAAAC+AGG + Chr6:21036927-21036946 None:intergenic 25.0%
! TTATTTGCTCCTTATTGAAT+CGG - Chr6:21037220-21037239 MsG0680031479.01.T01:CDS 25.0%
!! AACTAAAAGACTTGCTTTAT+AGG + Chr6:21036625-21036644 None:intergenic 25.0%
!! CAAACTAAATATTTTGTACC+AGG + Chr6:21036573-21036592 None:intergenic 25.0%
!! CTTATACTTTGATTTCAATC+TGG + Chr6:21036502-21036521 None:intergenic 25.0%
!!! CTTCAAATTTTGATTGTGAT+TGG - Chr6:21036895-21036914 MsG0680031479.01.T01:CDS 25.0%
!!! TATTTTTTTGTGACCTTTGA+AGG + Chr6:21036380-21036399 None:intergenic 25.0%
AAACCCAAACAAATCATAAG+GGG + Chr6:21036676-21036695 None:intergenic 30.0%
AATCGAATAAGGGATTTCAA+TGG + Chr6:21036297-21036316 None:intergenic 30.0%
ACAAGCATTTGAATCGAATA+AGG + Chr6:21036308-21036327 None:intergenic 30.0%
ATAGATCCAAAGCTTATTCA+TGG + Chr6:21037309-21037328 None:intergenic 30.0%
CAAACCCAAACAAATCATAA+GGG + Chr6:21036677-21036696 None:intergenic 30.0%
CAAGCATTTGAATCGAATAA+GGG + Chr6:21036307-21036326 None:intergenic 30.0%
GTACCATTTAAATACATTCC+AGG + Chr6:21036858-21036877 None:intergenic 30.0%
GTTTGGTTACGATAACTTAT+CGG - Chr6:21036692-21036711 MsG0680031479.01.T01:CDS 30.0%
TCTTGTCAAAATACCAAAAC+CGG + Chr6:21036832-21036851 None:intergenic 30.0%
!! TAAGCTTTGGATCTATACTA+AGG - Chr6:21037313-21037332 MsG0680031479.01.T01:CDS 30.0%
!! TCATTCTTAGAAGTGTCTAA+TGG + Chr6:21037200-21037219 None:intergenic 30.0%
!!! GAATTTTAGAATCGTCTTCT+TGG + Chr6:21037280-21037299 None:intergenic 30.0%
!!! TTTTAGTTCATTCTCAGTCA+TGG - Chr6:21036637-21036656 MsG0680031479.01.T01:CDS 30.0%
AACCCAAACAAATCATAAGG+GGG + Chr6:21036675-21036694 None:intergenic 35.0%
ACAACAAACGTGACAATTGT+TGG - Chr6:21036787-21036806 MsG0680031479.01.T01:CDS 35.0%
CAAAGCTTATTCATGGTCAT+GGG + Chr6:21037302-21037321 None:intergenic 35.0%
CCAAACCCAAACAAATCATA+AGG + Chr6:21036678-21036697 None:intergenic 35.0%
CTTGTCAAAATACCAAAACC+GGG + Chr6:21036831-21036850 None:intergenic 35.0%
TAACTTATCGGACACTTACA+AGG - Chr6:21036704-21036723 MsG0680031479.01.T01:CDS 35.0%
TATGGCAGATGAATGAGTAT+GGG - Chr6:21037099-21037118 MsG0680031479.01.T01:CDS 35.0%
TCTTTCAAAATCCCAAGACT+TGG + Chr6:21037032-21037051 None:intergenic 35.0%
TTATGGCAGATGAATGAGTA+TGG - Chr6:21037098-21037117 MsG0680031479.01.T01:CDS 35.0%
TTGTCAAAATACCAAAACCG+GGG + Chr6:21036830-21036849 None:intergenic 35.0%
TTGTGAAATACCACCTTCAA+AGG - Chr6:21036364-21036383 MsG0680031479.01.T01:CDS 35.0%
! ATTCAAAATTTCCCCGGTTT+TGG - Chr6:21036816-21036835 MsG0680031479.01.T01:CDS 35.0%
!! AAGGTTGTTGGTTCTTGTAA+CGG - Chr6:21036519-21036538 MsG0680031479.01.T01:CDS 35.0%
!! CCTTATGATTTGTTTGGGTT+TGG - Chr6:21036675-21036694 MsG0680031479.01.T01:CDS 35.0%
!! TTCTTAGAAGTGTCTAATGG+TGG + Chr6:21037197-21037216 None:intergenic 35.0%
!!! GGTATTTTGACAAGAAATCC+TGG - Chr6:21036837-21036856 MsG0680031479.01.T01:CDS 35.0%
!!! TTTTTTGTGACCTTTGAAGG+TGG + Chr6:21036377-21036396 None:intergenic 35.0%
ACCCAAACAAATCATAAGGG+GGG + Chr6:21036674-21036693 None:intergenic 40.0%
AGTATGGGGTTGAAAGTTCT+TGG - Chr6:21037114-21037133 MsG0680031479.01.T01:CDS 40.0%
ATGGCAGATGAATGAGTATG+GGG - Chr6:21037100-21037119 MsG0680031479.01.T01:CDS 40.0%
CCAAAGCTTATTCATGGTCA+TGG + Chr6:21037303-21037322 None:intergenic 40.0%
CCATGACCATGAATAAGCTT+TGG - Chr6:21037300-21037319 MsG0680031479.01.T01:CDS 40.0%
TCATTCTCAGTCATGGTCAT+GGG - Chr6:21036644-21036663 MsG0680031479.01.T01:CDS 40.0%
TGCAATATCCTCACAGATGA+AGG + Chr6:21036253-21036272 None:intergenic 40.0%
TGCTTTATAGGAGAGTGACT+TGG + Chr6:21036613-21036632 None:intergenic 40.0%
TGGGCTTGATCAAAACAAGA+AGG + Chr6:21036984-21037003 None:intergenic 40.0%
TTCATTCTCAGTCATGGTCA+TGG - Chr6:21036643-21036662 MsG0680031479.01.T01:CDS 40.0%
TTTGCTCCTTATTGAATCGG+TGG - Chr6:21037223-21037242 MsG0680031479.01.T01:CDS 40.0%
!! TGTTGGTTCTTGTAACGGTT+TGG - Chr6:21036524-21036543 MsG0680031479.01.T01:CDS 40.0%
!! TTCCTTCCACCGATTCAATA+AGG + Chr6:21037232-21037251 None:intergenic 40.0%
ACCACAAACCTTCATCTGTG+AGG - Chr6:21036242-21036261 MsG0680031479.01.T01:CDS 45.0%
CATTCTCAGTCATGGTCATG+GGG - Chr6:21036645-21036664 MsG0680031479.01.T01:CDS 45.0%
CTCCTTATTGAATCGGTGGA+AGG - Chr6:21037227-21037246 MsG0680031479.01.T01:CDS 45.0%
CTTATCGGACACTTACAAGG+TGG - Chr6:21036707-21036726 MsG0680031479.01.T01:CDS 45.0%
TCCTCACAGATGAAGGTTTG+TGG + Chr6:21036246-21036265 None:intergenic 45.0%
TTGATTGCTATCAAGCGTCC+TGG - Chr6:21036552-21036571 MsG0680031479.01.T01:CDS 45.0%
!! AGGAGAGTGACTTGGTTGAA+GGG + Chr6:21036605-21036624 None:intergenic 45.0%
!! GCCCCCCTTATGATTTGTTT+GGG - Chr6:21036670-21036689 MsG0680031479.01.T01:CDS 45.0%
!! TAGGAGAGTGACTTGGTTGA+AGG + Chr6:21036606-21036625 None:intergenic 45.0%
!! TGCCCCCCTTATGATTTGTT+TGG - Chr6:21036669-21036688 MsG0680031479.01.T01:CDS 45.0%
TTTGATCAAGCCCACCGTGT+TGG - Chr6:21036990-21037009 MsG0680031479.01.T01:CDS 50.0%
GGCGAGCTAAGCCAAGTCTT+GGG - Chr6:21037018-21037037 MsG0680031479.01.T01:CDS 55.0%
TAGCTCGCCAACGACCAACA+CGG + Chr6:21037007-21037026 None:intergenic 55.0%
TGGCGAGCTAAGCCAAGTCT+TGG - Chr6:21037017-21037036 MsG0680031479.01.T01:CDS 55.0%
TCGCCAACGACCAACACGGT+GGG + Chr6:21037003-21037022 None:intergenic 60.0%
! AAGCCCACCGTGTTGGTCGT+TGG - Chr6:21036997-21037016 MsG0680031479.01.T01:CDS 60.0%
CTCGCCAACGACCAACACGG+TGG + Chr6:21037004-21037023 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 21036234 21037364 21036234 ID=MsG0680031479.01;Name=MsG0680031479.01
Chr6 mRNA 21036234 21037364 21036234 ID=MsG0680031479.01.T01;Parent=MsG0680031479.01;Name=MsG0680031479.01.T01;_AED=0.35;_eAED=0.35;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|376
Chr6 exon 21036234 21037364 21036234 ID=MsG0680031479.01.T01:exon:13383;Parent=MsG0680031479.01.T01
Chr6 CDS 21036234 21037364 21036234 ID=MsG0680031479.01.T01:cds;Parent=MsG0680031479.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680031479.01.T01

ATGACACGACCACAAACCTTCATCTGTGAGGATATTGCAATTGAAATATTCTTACGGCTTCCATTGAAATCCCTTATTCGATTCAAATGCTTGTCCAAGTATTTTGAATCCTTAATCTCAAATCAAACTTTTGTGAAATACCACCTTCAAAGGTCACAAAAAAATACTAACCTATTAATCAAATTTACTGATTGCCTTAAATCTTTTTCTTTAGTCAATGATGATATATCATTATCCACAATTGTTAAAGATTTTGATTTTGGTTCCAGATTGAAATCAAAGTATAAGGTTGTTGGTTCTTGTAACGGTTTGGTTTGTTTGATTGCTATCAAGCGTCCTGGTACAAAATATTTAGTTTGTTTATGGAACCCTTCAACCAAGTCACTCTCCTATAAAGCAAGTCTTTTAGTTCATTCTCAGTCATGGTCATGGGGTTGCCCCCCTTATGATTTGTTTGGGTTTGGTTACGATAACTTATCGGACACTTACAAGGTGGTAGTTGTGAATTTCAAGACTTCTAACAATGATTCATTAAAATCTGAGGTAAATGTTTACAACAAACGTGACAATTGTTGGAGAAATATTCAAAATTTCCCCGGTTTTGGTATTTTGACAAGAAATCCTGGAATGTATTTAAATGGTACTCTTAATTGGTTTGCAACTTCAAATTTTGATTGTGATTGGAAGATTCCTGTTTATATTGTTTCACTTGATCTAGGTAAAGAAACATATAAACAATTGTCTCTGCCTTCTTGTTTTGATCAAGCCCACCGTGTTGGTCGTTGGCGAGCTAAGCCAAGTCTTGGGATTTTGAAAGATCGTTTATGTTTCTCTTATGACGATGTCGAAAGAACTCAATTTTTTTTATGGCAGATGAATGAGTATGGGGTTGAAAGTTCTTGGACTCAATTGTTGAAACTTAGTTATCAAGCTCTTCGAATTGACGAAGAATGTATTTTACCACCATTAGACACTTCTAAGAATGATTATTTGCTCCTTATTGAATCGGTGGAAGGAAGATTGCAAGCAACAACTTTGTATAACCAAGAAGACGATTCTAAAATTCCCATGACCATGAATAAGCTTTGGATCTATACTAAGGATTATTTACCAAGTTTAGTTGCACCATAG

Protein sequence

>MsG0680031479.01.T01

MTRPQTFICEDIAIEIFLRLPLKSLIRFKCLSKYFESLISNQTFVKYHLQRSQKNTNLLIKFTDCLKSFSLVNDDISLSTIVKDFDFGSRLKSKYKVVGSCNGLVCLIAIKRPGTKYLVCLWNPSTKSLSYKASLLVHSQSWSWGCPPYDLFGFGYDNLSDTYKVVVVNFKTSNNDSLKSEVNVYNKRDNCWRNIQNFPGFGILTRNPGMYLNGTLNWFATSNFDCDWKIPVYIVSLDLGKETYKQLSLPSCFDQAHRVGRWRAKPSLGILKDRLCFSYDDVERTQFFLWQMNEYGVESSWTQLLKLSYQALRIDEECILPPLDTSKNDYLLLIESVEGRLQATTLYNQEDDSKIPMTMNKLWIYTKDYLPSLVAP*