AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180004022.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 83 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 101 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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AATCGATAGTAAGGATCATT+GGG 0.485735 1:-71994547 None:intergenic
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GAGTCAACCATAAGATATGT+TGG 0.599245 1:+71995352 MsG0180004022.01.T01:CDS
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AAGTGACTAGTGAGAAATGT+GGG 0.630480 1:-71994441 None:intergenic
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TTCTGAAAATGGTGATACAG+TGG 0.641574 1:+71995260 MsG0180004022.01.T01:CDS
GTTACGATAAGAAAGTTATG+TGG 0.643485 1:+71994629 MsG0180004022.01.T01:CDS
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TTACTATCGATTGGATGACA+AGG 0.649201 1:+71994558 MsG0180004022.01.T01:CDS
GGACACAACCTTATAAGTGT+CGG 0.655478 1:-71994764 None:intergenic
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TCGGGGAAGAACACTGACGG+AGG 0.715459 1:-71994280 None:intergenic
TAAGTGACTAGTGAGAAATG+TGG 0.734253 1:-71994442 None:intergenic
TATCCGTGATAACCTCGTCG+GGG 0.743205 1:-71994297 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AGGAAAATATCTAATAAATT+AGG + Chr1:71994676-71994695 MsG0180004022.01.T01:CDS 15.0%
!! GGAAAATATCTAATAAATTA+GGG + Chr1:71994677-71994696 MsG0180004022.01.T01:CDS 15.0%
!!! TAATTTATTAGATATTTTCC+TGG - Chr1:71994677-71994696 None:intergenic 15.0%
!! CAATGATCATTATCAAAATT+AGG - Chr1:71994964-71994983 None:intergenic 20.0%
!!! ACAAAACTGATTTTGTTATA+TGG + Chr1:71995115-71995134 MsG0180004022.01.T01:CDS 20.0%
!!! TATAACAAAATCAGTTTTGT+TGG - Chr1:71995115-71995134 None:intergenic 20.0%
! AAACTAAAAATGCTCACATT+TGG - Chr1:71994811-71994830 None:intergenic 25.0%
! AACACACAAATATTTGATGA+AGG - Chr1:71995063-71995082 None:intergenic 25.0%
! TGTTGTGATAGCTAAATTTA+AGG - Chr1:71995182-71995201 None:intergenic 25.0%
!! ACCATAATCATATTTTTCTG+TGG - Chr1:71994476-71994495 None:intergenic 25.0%
!! CCATAATCATATTTTTCTGT+GGG - Chr1:71994475-71994494 None:intergenic 25.0%
!! TTTATTAGATATTTTCCTGG+TGG - Chr1:71994674-71994693 None:intergenic 25.0%
!! TTTGTTGCTTAGATAATGTA+AGG - Chr1:71994788-71994807 None:intergenic 25.0%
!!! AAATGTGAGCATTTTTAGTT+TGG + Chr1:71994810-71994829 MsG0180004022.01.T01:CDS 25.0%
!!! AAGTGCATTTTGATGAATTT+AGG - Chr1:71994400-71994419 None:intergenic 25.0%
!!! TTTTGTTATATGGAAGATGA+CGG + Chr1:71995125-71995144 MsG0180004022.01.T01:CDS 25.0%
AATCGATAGTAAGGATCATT+GGG - Chr1:71994550-71994569 None:intergenic 30.0%
ATCAAAATTAGGACTCCATT+TGG - Chr1:71994953-71994972 None:intergenic 30.0%
CCCACAGAAAAATATGATTA+TGG + Chr1:71994472-71994491 MsG0180004022.01.T01:CDS 30.0%
GGAATCATGAGAAAAACAAA+AGG - Chr1:71995094-71995113 None:intergenic 30.0%
GTTACGATAAGAAAGTTATG+TGG + Chr1:71994629-71994648 MsG0180004022.01.T01:CDS 30.0%
TAAGGATTATGTTGAAAGTC+TGG + Chr1:71995383-71995402 MsG0180004022.01.T01:CDS 30.0%
TAATTCAACCGACACTTATA+AGG + Chr1:71994756-71994775 MsG0180004022.01.T01:CDS 30.0%
TAGAGAACCAACATATCTTA+TGG - Chr1:71995362-71995381 None:intergenic 30.0%
TATTTCGCTTGATCTAAGTA+CGG + Chr1:71994990-71995009 MsG0180004022.01.T01:CDS 30.0%
TCAAAATTAGGACTCCATTT+GGG - Chr1:71994952-71994971 None:intergenic 30.0%
TCAAGTTATAGAGAATTGCT+TGG - Chr1:71995308-71995327 None:intergenic 30.0%
TCAATTATCGTTCGAATTTG+TGG + Chr1:71994713-71994732 MsG0180004022.01.T01:CDS 30.0%
! CCATTGTATCTTTCTGAAAA+TGG + Chr1:71995249-71995268 MsG0180004022.01.T01:CDS 30.0%
! CCATTTTCAGAAAGATACAA+TGG - Chr1:71995252-71995271 None:intergenic 30.0%
! GAATTTAGGATCAGAGATTA+GGG - Chr1:71994386-71994405 None:intergenic 30.0%
! GTTTTCCAATAAATCAGTGA+CGG - Chr1:71994512-71994531 None:intergenic 30.0%
! TGAATTTAGGATCAGAGATT+AGG - Chr1:71994387-71994406 None:intergenic 30.0%
! TTAGTTTGGCTGATAATGTT+TGG + Chr1:71994824-71994843 MsG0180004022.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTCCAATAAATCAGTGAC+GGG - Chr1:71994511-71994530 None:intergenic 30.0%
!! GATATGTTGGTTCTCTATTA+AGG + Chr1:71995365-71995384 MsG0180004022.01.T01:CDS 30.0%
!! TGGCTTTAAATTCAAACTCA+CGG - Chr1:71995232-71995251 None:intergenic 30.0%
AAGTGACTAGTGAGAAATGT+GGG - Chr1:71994444-71994463 None:intergenic 35.0%
AATTTGGAGATGACAAGTCT+TGG + Chr1:71995148-71995167 MsG0180004022.01.T01:CDS 35.0%
ATTATCGTTCGAATTTGTGG+AGG + Chr1:71994716-71994735 MsG0180004022.01.T01:CDS 35.0%
CAATCGATAGTAAGGATCAT+TGG - Chr1:71994551-71994570 None:intergenic 35.0%
CAATGATCCTTACTATCGAT+TGG + Chr1:71994549-71994568 MsG0180004022.01.T01:CDS 35.0%
CATTGGGAATGATGATACTA+CGG - Chr1:71994534-71994553 None:intergenic 35.0%
GAGTCAACCATAAGATATGT+TGG + Chr1:71995352-71995371 MsG0180004022.01.T01:CDS 35.0%
TAAGTGACTAGTGAGAAATG+TGG - Chr1:71994445-71994464 None:intergenic 35.0%
TCTTCTTATCGGAAACTGTA+TGG + Chr1:71994889-71994908 MsG0180004022.01.T01:CDS 35.0%
TTGTCATCCAATCGATAGTA+AGG - Chr1:71994559-71994578 None:intergenic 35.0%
TTTCCAATAAATCAGTGACG+GGG - Chr1:71994510-71994529 None:intergenic 35.0%
! ACATATCTTATGGTTGACTC+TGG - Chr1:71995352-71995371 None:intergenic 35.0%
! ATTAGATATTTTCCTGGTGG+CGG - Chr1:71994671-71994690 None:intergenic 35.0%
! TTACTATCGATTGGATGACA+AGG + Chr1:71994558-71994577 MsG0180004022.01.T01:CDS 35.0%
! TTCAGGTTCTCTCTTCTTAT+CGG + Chr1:71994878-71994897 MsG0180004022.01.T01:CDS 35.0%
! TTCTGAAAATGGTGATACAG+TGG + Chr1:71995260-71995279 MsG0180004022.01.T01:CDS 35.0%
!! ATATGGAAGATGACGGAATT+TGG + Chr1:71995132-71995151 MsG0180004022.01.T01:CDS 35.0%
!! GGCTTTAAATTCAAACTCAC+GGG - Chr1:71995231-71995250 None:intergenic 35.0%
AGTTCAGTTGCAGTGTTAAC+TGG + Chr1:71994920-71994939 MsG0180004022.01.T01:CDS 40.0%
ATCTTCATCAGAGGTTTGAC+TGG - Chr1:71994337-71994356 None:intergenic 40.0%
GGACACAACCTTATAAGTGT+CGG - Chr1:71994767-71994786 None:intergenic 40.0%
GTTTGACTGGAAGACAAGAT+AGG - Chr1:71994324-71994343 None:intergenic 40.0%
TAAGAAGAGAGAACCTGAAG+AGG - Chr1:71994877-71994896 None:intergenic 40.0%
TCTTATCGGAAACTGTATGG+TGG + Chr1:71994892-71994911 MsG0180004022.01.T01:CDS 40.0%
! AATAAATCAGTGACGGGGAA+GGG - Chr1:71994505-71994524 None:intergenic 40.0%
! TTAGATATTTTCCTGGTGGC+GGG - Chr1:71994670-71994689 None:intergenic 40.0%
! TTGAAAGTCTGGTTTCAGCT+TGG + Chr1:71995394-71995413 MsG0180004022.01.T01:CDS 40.0%
!! AGAGAATTGCTTGGTCTTGT+AGG - Chr1:71995299-71995318 None:intergenic 40.0%
AAGGATTGTTGCGAAGTCGT+TGG + Chr1:71994577-71994596 MsG0180004022.01.T01:CDS 45.0%
ACGCACTTCATCTTCATCAG+AGG - Chr1:71994346-71994365 None:intergenic 45.0%
ATATCCGTGATAACCTCGTC+GGG - Chr1:71994301-71994320 None:intergenic 45.0%
CAGTTGCAGTGTTAACTGGT+TGG + Chr1:71994924-71994943 MsG0180004022.01.T01:CDS 45.0%
GATATCCGTGATAACCTCGT+CGG - Chr1:71994302-71994321 None:intergenic 45.0%
TGAAGTGCGTGAGTAAGTCT+TGG + Chr1:71994356-71994375 MsG0180004022.01.T01:CDS 45.0%
TTAACTGGTTGGCACCCAAA+TGG + Chr1:71994935-71994954 MsG0180004022.01.T01:CDS 45.0%
! CAATAAATCAGTGACGGGGA+AGG - Chr1:71994506-71994525 None:intergenic 45.0%
!! AATGGACTGGTTTGCTTGCT+CGG + Chr1:71994607-71994626 MsG0180004022.01.T01:CDS 45.0%
!! CTTCCCCGTCACTGATTTAT+TGG + Chr1:71994504-71994523 MsG0180004022.01.T01:CDS 45.0%
!! TAGATATTTTCCTGGTGGCG+GGG - Chr1:71994669-71994688 None:intergenic 45.0%
AAGTTATGTGGCTCCGAGTC+TGG + Chr1:71994641-71994660 MsG0180004022.01.T01:CDS 50.0%
CAAGCAAACCAGTCCATTGC+AGG - Chr1:71994605-71994624 None:intergenic 50.0%
CCAAGTTCTCGACACTTGGA+GGG - Chr1:71995038-71995057 None:intergenic 50.0%
TATCCGTGATAACCTCGTCG+GGG - Chr1:71994300-71994319 None:intergenic 50.0%
TTTCCCTCTTGTGCCTCTTC+AGG + Chr1:71994861-71994880 MsG0180004022.01.T01:CDS 50.0%
! AGAACCTGAAGAGGCACAAG+AGG - Chr1:71994868-71994887 None:intergenic 50.0%
! GAACCTGAAGAGGCACAAGA+GGG - Chr1:71994867-71994886 None:intergenic 50.0%
!! ACGGAGGTGGATTGGATTGA+CGG - Chr1:71994267-71994286 None:intergenic 50.0%
!! GAAGTCGTTGGTTCCTGCAA+TGG + Chr1:71994589-71994608 MsG0180004022.01.T01:CDS 50.0%
CTACCCAGCCACGTAAGTCA+CGG + Chr1:71994233-71994252 MsG0180004022.01.T01:CDS 55.0%
CTTCCCCGACGAGGTTATCA+CGG + Chr1:71994294-71994313 MsG0180004022.01.T01:CDS 55.0%
GAACACTGACGGAGGTGGAT+TGG - Chr1:71994275-71994294 None:intergenic 55.0%
GCCAAGTTCTCGACACTTGG+AGG - Chr1:71995039-71995058 None:intergenic 55.0%
GGTGCCAAGTTCTCGACACT+TGG - Chr1:71995042-71995061 None:intergenic 55.0%
TCGTCGGGGAAGAACACTGA+CGG - Chr1:71994286-71994305 None:intergenic 55.0%
!! CCCTCCAAGTGTCGAGAACT+TGG + Chr1:71995035-71995054 MsG0180004022.01.T01:CDS 55.0%
!! CGTTGGTTCCTGCAATGGAC+TGG + Chr1:71994594-71994613 MsG0180004022.01.T01:CDS 55.0%
ACGCCGTGACTTACGTGGCT+GGG - Chr1:71994239-71994258 None:intergenic 60.0%
GGGAAGAACACTGACGGAGG+TGG - Chr1:71994280-71994299 None:intergenic 60.0%
GTCAGTGTTCTTCCCCGACG+AGG + Chr1:71994285-71994304 MsG0180004022.01.T01:CDS 60.0%
TCGGGGAAGAACACTGACGG+AGG - Chr1:71994283-71994302 None:intergenic 60.0%
CGTCGACGCCGTGACTTACG+TGG - Chr1:71994244-71994263 None:intergenic 65.0%
GACGCCGTGACTTACGTGGC+TGG - Chr1:71994240-71994259 None:intergenic 65.0%
!! TGGTGGCGGGGTTCCAGACT+CGG - Chr1:71994657-71994676 None:intergenic 65.0%
! GAGTCTGGAACCCCGCCACC+AGG + Chr1:71994656-71994675 MsG0180004022.01.T01:CDS 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 71994229 71995419 71994229 ID=MsG0180004022.01;Name=MsG0180004022.01
Chr1 mRNA 71994229 71995419 71994229 ID=MsG0180004022.01.T01;Parent=MsG0180004022.01;Name=MsG0180004022.01.T01;_AED=0.47;_eAED=0.47;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|396
Chr1 exon 71994229 71995419 71994229 ID=MsG0180004022.01.T01:exon:11619;Parent=MsG0180004022.01.T01
Chr1 CDS 71994229 71995419 71994229 ID=MsG0180004022.01.T01:cds;Parent=MsG0180004022.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180004022.01.T01

ATGACTACCCAGCCACGTAAGTCACGGCGTCGACGCCGTCAATCCAATCCACCTCCGTCAGTGTTCTTCCCCGACGAGGTTATCACGGATATCCTATCTTGTCTTCCAGTCAAACCTCTGATGAAGATGAAGTGCGTGAGTAAGTCTTGGAAAACCCTAATCTCTGATCCTAAATTCATCAAAATGCACTTCAATCGTTCTGCTGCACGTAACCCACATTTCTCACTAGTCACTTACAAGAAACCCACAGAAAAATATGATTATGGTTTCGTACCCTTCCCCGTCACTGATTTATTGGAAAACCGTAGTATCATCATTCCCAATGATCCTTACTATCGATTGGATGACAAGGATTGTTGCGAAGTCGTTGGTTCCTGCAATGGACTGGTTTGCTTGCTCGGTTACGATAAGAAAGTTATGTGGCTCCGAGTCTGGAACCCCGCCACCAGGAAAATATCTAATAAATTAGGGTATTTGTTCAATGTCAATTATCGTTCGAATTTGTGGAGGTTTGTGTTTTGTTATGATAATTCAACCGACACTTATAAGGTTGTGTCCTTACATTATCTAAGCAACAAACCAAATGTGAGCATTTTTAGTTTGGCTGATAATGTTTGGAGAAGTATTCAAAGTTTCCCTCTTGTGCCTCTTCAGGTTCTCTCTTCTTATCGGAAACTGTATGGTGGTGTACAGTTCAGTTGCAGTGTTAACTGGTTGGCACCCAAATGGAGTCCTAATTTTGATAATGATCATTGTGTGATTATTTCGCTTGATCTAAGTACGGAATCATACACACAGTTGATGCTCCCTCCAAGTGTCGAGAACTTGGCACCTTCATCAAATATTTGTGTGTTGATGAACTCCTTTTGTTTTTCTCATGATTCCAACAAAACTGATTTTGTTATATGGAAGATGACGGAATTTGGAGATGACAAGTCTTGGACTCAGTTCCTTAAATTTAGCTATCACAACAATCTTCGAATGAATAAAAGATTTGATCCCGTGAGTTTGAATTTAAAGCCATTGTATCTTTCTGAAAATGGTGATACAGTGGTATTCGTAAACTGCCTACAAGACCAAGCAATTCTCTATAACTTGAGAAATGATACAGTACAGAAATCCAGAGTCAACCATAAGATATGTTGGTTCTCTATTAAGGATTATGTTGAAAGTCTGGTTTCAGCTTGGTGA
Protein sequence

>MsG0180004022.01.T01

MTTQPRKSRRRRRQSNPPPSVFFPDEVITDILSCLPVKPLMKMKCVSKSWKTLISDPKFIKMHFNRSAARNPHFSLVTYKKPTEKYDYGFVPFPVTDLLENRSIIIPNDPYYRLDDKDCCEVVGSCNGLVCLLGYDKKVMWLRVWNPATRKISNKLGYLFNVNYRSNLWRFVFCYDNSTDTYKVVSLHYLSNKPNVSIFSLADNVWRSIQSFPLVPLQVLSSYRKLYGGVQFSCSVNWLAPKWSPNFDNDHCVIISLDLSTESYTQLMLPPSVENLAPSSNICVLMNSFCFSHDSNKTDFVIWKMTEFGDDKSWTQFLKFSYHNNLRMNKRFDPVSLNLKPLYLSENGDTVVFVNCLQDQAILYNLRNDTVQKSRVNHKICWFSIKDYVESLVSAW*