AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180006148.01

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MsG0180006148.01.T01 MTR_3g011100 26.599 297 165 14 22 292 332 601 2.42e-13 70.5
MsG0180006148.01.T01 MTR_7g061130 40.449 89 52 1 204 292 1 88 4.18e-13 64.3
MsG0180006148.01.T01 MTR_4g023130 27.336 289 152 14 21 293 60 306 5.04e-13 68.6
MsG0180006148.01.T01 MTR_6g060650 26.246 301 143 14 25 293 113 366 5.27e-13 68.9
MsG0180006148.01.T01 MTR_4g023120 24.104 307 163 13 20 293 94 363 6.45e-13 68.6
MsG0180006148.01.T01 MTR_6g048140 28.185 259 126 14 11 252 139 354 7.06e-13 68.9
MsG0180006148.01.T01 MTR_6g021880 25.776 322 166 17 4 292 100 381 7.34e-13 68.6
MsG0180006148.01.T01 MTR_6g004210 27.232 224 127 10 22 221 129 340 1.09e-12 68.2
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MsG0180006148.01.T01 MTR_4g021785 24.407 295 154 14 21 293 101 348 1.25e-12 67.8
MsG0180006148.01.T01 MTR_2g078850 27.632 228 127 11 13 223 111 317 1.32e-12 67.8
MsG0180006148.01.T01 MTR_3g010390 28.139 231 116 12 16 220 130 336 2.10e-12 67.4
MsG0180006148.01.T01 MTR_6g027910 27.074 229 119 7 17 219 104 310 3.32e-12 66.6
MsG0180006148.01.T01 MTR_3g007430 27.542 236 112 10 22 228 132 337 4.04e-12 66.2
MsG0180006148.01.T01 MTR_7g058660 36.364 110 59 4 188 288 103 210 5.73e-12 64.3
MsG0180006148.01.T01 MTR_5g009060 29.675 246 116 16 12 228 134 351 6.63e-12 65.9
MsG0180006148.01.T01 MTR_3g011060 26.335 281 140 17 18 270 125 366 1.66e-11 64.7
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MsG0180006148.01.T01 MTR_3g010430 28.378 222 104 11 25 221 133 324 4.84e-11 63.2
MsG0180006148.01.T01 MTR_3g083640 25.795 283 158 13 25 292 157 402 5.47e-11 63.2
MsG0180006148.01.T01 MTR_3g096270 30.409 171 79 9 7 167 89 229 7.76e-11 62.0
MsG0180006148.01.T01 MTR_2g435950 25.000 308 175 13 3 292 27 296 8.99e-11 62.0
MsG0180006148.01.T01 MTR_1g056280 31.765 170 88 9 76 232 3 157 9.96e-11 60.8
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0180006148.01.T04 AT3G06240 24.535 269 155 10 17 277 164 392 5.04e-15 75.5
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MsG0180006148.01.T06 AT3G06240 24.535 269 155 10 1 261 164 392 2.53e-15 75.9
MsG0180006148.01.T03 AT3G06240 24.535 269 155 10 25 285 164 392 4.50e-15 75.9
MsG0180006148.01.T03 AT1G33530 27.477 222 117 9 19 230 179 366 2.73e-11 64.3
MsG0180006148.01.T05 AT3G06240 24.535 269 155 10 11 271 164 392 4.24e-15 75.5
MsG0180006148.01.T05 AT1G33530 27.727 220 115 9 5 214 179 364 3.21e-11 63.9
MsG0180006148.01.T07 AT3G06240 23.932 234 136 9 2 226 192 392 5.16e-11 62.4
MsG0180006148.01.T02 AT3G06240 24.419 258 158 9 10 259 164 392 7.77e-15 74.3
MsG0180006148.01.T02 AT1G33530 27.727 220 115 9 4 213 179 364 2.35e-11 64.3
MsG0180006148.01.T01 AT1G33530 27.358 212 119 7 15 215 179 366 4.95e-12 66.2

Find 56 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 72 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AGGAAAATGTCTAGAAAATT+AGG 0.217168 1:+100728974 MsG0180006148.01.T01:intron
ATATGGCAGATGATGGAATT+TGG 0.283368 1:+100729448 MsG0180006148.01.T01:CDS
TCAGTTTGGGTGATAATATA+TGG 0.301152 1:+100729116 MsG0180006148.01.T01:CDS
AGGAAGCTCAAATTCGCATT+TGG 0.322614 1:+100729031 MsG0180006148.01.T01:CDS
ACCAACTATTGCTGTGTTGA+TGG 0.342053 1:+100729381 MsG0180006148.01.T01:CDS
CGAGGATTATGCTGAAAGTT+TGG 0.349622 1:+100729696 MsG0180006148.01.T01:CDS
ATGCAATGGGTTGCTTTGTT+TGG 0.352899 1:+100728889 MsG0180006148.01.T01:CDS
GCAATAGTTGGTTCAACATA+TGG 0.352976 1:-100729370 None:intergenic
ATTTGAGTGGCACTGTTAAC+TGG 0.369255 1:+100729212 MsG0180006148.01.T01:CDS
GGAAGCTCAAATTCGCATTT+GGG 0.371679 1:+100729032 MsG0180006148.01.T01:CDS
CCATTGTTTCTTTCTAAGAA+TGG 0.373143 1:+100729568 MsG0180006148.01.T01:CDS
AACAATCATTGCAATTCAAT+TGG 0.382022 1:-100728850 None:intergenic
GAATGGTGATACACTGATAT+TGG 0.382132 1:+100729585 MsG0180006148.01.T01:CDS
GAGTTACAACATGGTCAAAC+GGG 0.412625 1:-100729159 None:intergenic
CGAGTAGTTGGTTCATGCAA+TGG 0.420794 1:+100728875 MsG0180006148.01.T01:CDS
TATTTACACCTCGAAACATC+TGG 0.443715 1:+100728927 MsG0180006148.01.T01:CDS
AATGCGAATTTGAGCTTCCT+AGG 0.444663 1:-100729028 None:intergenic
GATGTTTCGAGGTGTAAATA+AGG 0.452870 1:-100728924 None:intergenic
TGCTCAACAGTAATATCATT+AGG 0.457706 1:-100729271 None:intergenic
GAGTAGTTGGTTCATGCAAT+GGG 0.460044 1:+100728876 MsG0180006148.01.T01:CDS
CGAGTTACAACATGGTCAAA+CGG 0.489224 1:-100729160 None:intergenic
AGCAAGCTAGTAAATCAGTA+TGG 0.497282 1:+100729665 MsG0180006148.01.T01:CDS
AATGATTGTTTCCGAGTAGT+TGG 0.500125 1:+100728863 MsG0180006148.01.T01:CDS
GTGATTATCTCGCTTGACCT+TGG 0.503475 1:+100729298 MsG0180006148.01.T01:CDS
AGAATCTTCATGTAGATGCT+AGG 0.509471 1:+100729512 MsG0180006148.01.T01:CDS
GAGGTGTAAATAAGGATGAA+TGG 0.522238 1:-100728916 None:intergenic
CATTGCAATTCAATTGGTAT+CGG 0.523775 1:-100728844 None:intergenic
AATTTGGAGTCGAACAATCA+TGG 0.530508 1:+100729464 MsG0180006148.01.T01:CDS
CAATAGTTGGTTCAACATAT+GGG 0.531886 1:-100729369 None:intergenic
ATAACTCAACTTGTTTCGAA+TGG 0.538352 1:-100729239 None:intergenic
ATTGGCAGGCTCTCCTCGAA+TGG 0.542251 1:+100729603 MsG0180006148.01.T01:CDS
CATTGCATGAACCAACTACT+CGG 0.547354 1:-100728874 None:intergenic
ATATGAAACCAGATGTTTCG+AGG 0.547514 1:-100728935 None:intergenic
TAAAATGAGTTCTCTTGAGA+TGG 0.548528 1:-100729423 None:intergenic
GGTGATACACTGATATTGGC+AGG 0.550076 1:+100729589 MsG0180006148.01.T01:CDS
TCCATCAACACAGCAATAGT+TGG 0.555154 1:-100729382 None:intergenic
CTCCTTTGTTCACACTAGCT+AGG 0.563996 1:-100729186 None:intergenic
TAGATGCTAGGTTTAGTGAC+TGG 0.565180 1:+100729524 MsG0180006148.01.T01:CDS
CATTCTTAGAAAGAAACAAT+GGG 0.565429 1:-100729567 None:intergenic
CCATTCTTAGAAAGAAACAA+TGG 0.570083 1:-100729568 None:intergenic
AGAATCGCTCGATCCATTCG+AGG 0.576757 1:-100729616 None:intergenic
CTGGTTTCATATCTTGAACC+CGG 0.580162 1:+100728946 MsG0180006148.01.T01:CDS
CTAGGTACACGATACTCGTA+AGG 0.583107 1:-100729010 None:intergenic
AAACAATTGCTTCTCCCTTG+TGG 0.585727 1:+100729334 MsG0180006148.01.T01:CDS
GTACACGATACTCGTAAGGT+TGG 0.589129 1:-100729006 None:intergenic
ATATCTTGAACCCGGCCACA+AGG 0.612771 1:+100728954 MsG0180006148.01.T01:CDS
CTTACGAGTATCGTGTACCT+AGG 0.617612 1:+100729011 MsG0180006148.01.T01:CDS
GGTATCGGTAGCAACTAGCA+AGG 0.621324 1:-100728829 None:intergenic
GTTTGCATGTCTCTGTACCA+AGG 0.646848 1:-100729315 None:intergenic
GGGACTTCATCAACACCACA+AGG 0.655641 1:-100729349 None:intergenic
CTAGGTCGCGAGTTACAACA+TGG 0.658724 1:-100729168 None:intergenic
GTATCGGTAGCAACTAGCAA+GGG 0.688626 1:-100728828 None:intergenic
GACCTAGCTAGTGTGAACAA+AGG 0.691225 1:+100729184 MsG0180006148.01.T01:CDS
GGACTTCATCAACACCACAA+GGG 0.698091 1:-100729348 None:intergenic
AACAAAGGAGTGTATTTGAG+TGG 0.705858 1:+100729199 MsG0180006148.01.T01:CDS
AGTTACAACATGGTCAAACG+GGG 0.710274 1:-100729158 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AAAACTAATTTTAAGGAATT+GGG - Chr1:100729491-100729510 None:intergenic 15.0%
!!! AGAGAACTCATTTTATTATA+TGG + Chr1:100729431-100729450 MsG0180006148.01.T01:CDS 20.0%
!!! GAAAACTAATTTTAAGGAAT+TGG - Chr1:100729492-100729511 None:intergenic 20.0%
!!! GATTCTGAAAACTAATTTTA+AGG - Chr1:100729498-100729517 None:intergenic 20.0%
!!! TGTTAGCAATTTTAATTGAT+GGG - Chr1:100728807-100728826 None:intergenic 20.0%
!!! TTGTTAGCAATTTTAATTGA+TGG - Chr1:100728808-100728827 None:intergenic 20.0%
! AACAATCATTGCAATTCAAT+TGG - Chr1:100728853-100728872 None:intergenic 25.0%
! AGGAAAATGTCTAGAAAATT+AGG + Chr1:100728974-100728993 MsG0180006148.01.T01:intron 25.0%
! CATTCTTAGAAAGAAACAAT+GGG - Chr1:100729570-100729589 None:intergenic 25.0%
!! TTTTATTATATGGCAGATGA+TGG + Chr1:100729441-100729460 MsG0180006148.01.T01:CDS 25.0%
CATTGCAATTCAATTGGTAT+CGG - Chr1:100728847-100728866 None:intergenic 30.0%
CCATTCTTAGAAAGAAACAA+TGG - Chr1:100729571-100729590 None:intergenic 30.0%
TAAAATGAGTTCTCTTGAGA+TGG - Chr1:100729426-100729445 None:intergenic 30.0%
TCAGTTTGGGTGATAATATA+TGG + Chr1:100729116-100729135 MsG0180006148.01.T01:CDS 30.0%
TGCTCAACAGTAATATCATT+AGG - Chr1:100729274-100729293 None:intergenic 30.0%
! ATAACTCAACTTGTTTCGAA+TGG - Chr1:100729242-100729261 None:intergenic 30.0%
! CAATAGTTGGTTCAACATAT+GGG - Chr1:100729372-100729391 None:intergenic 30.0%
! CCATTGTTTCTTTCTAAGAA+TGG + Chr1:100729568-100729587 MsG0180006148.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTCTAGACATTTTCCTTG+TGG - Chr1:100728972-100728991 None:intergenic 30.0%
AATGATTGTTTCCGAGTAGT+TGG + Chr1:100728863-100728882 MsG0180006148.01.T01:CDS 35.0%
AGAATCTTCATGTAGATGCT+AGG + Chr1:100729512-100729531 MsG0180006148.01.T01:CDS 35.0%
AGCAAGCTAGTAAATCAGTA+TGG + Chr1:100729665-100729684 MsG0180006148.01.T01:CDS 35.0%
ATATGAAACCAGATGTTTCG+AGG - Chr1:100728938-100728957 None:intergenic 35.0%
GAATGGTGATACACTGATAT+TGG + Chr1:100729585-100729604 MsG0180006148.01.T01:CDS 35.0%
GAGGTGTAAATAAGGATGAA+TGG - Chr1:100728919-100728938 None:intergenic 35.0%
GATGTTTCGAGGTGTAAATA+AGG - Chr1:100728927-100728946 None:intergenic 35.0%
TATTTACACCTCGAAACATC+TGG + Chr1:100728927-100728946 MsG0180006148.01.T01:CDS 35.0%
! AACAAAGGAGTGTATTTGAG+TGG + Chr1:100729199-100729218 MsG0180006148.01.T01:CDS 35.0%
! AATTTGGAGTCGAACAATCA+TGG + Chr1:100729464-100729483 MsG0180006148.01.T01:CDS 35.0%
! GCAATAGTTGGTTCAACATA+TGG - Chr1:100729373-100729392 None:intergenic 35.0%
!! ATATGGCAGATGATGGAATT+TGG + Chr1:100729448-100729467 MsG0180006148.01.T01:CDS 35.0%
AAACAATTGCTTCTCCCTTG+TGG + Chr1:100729334-100729353 MsG0180006148.01.T01:CDS 40.0%
AATGCGAATTTGAGCTTCCT+AGG - Chr1:100729031-100729050 None:intergenic 40.0%
ACCAACTATTGCTGTGTTGA+TGG + Chr1:100729381-100729400 MsG0180006148.01.T01:CDS 40.0%
AGGAAGCTCAAATTCGCATT+TGG + Chr1:100729031-100729050 MsG0180006148.01.T01:CDS 40.0%
AGTTACAACATGGTCAAACG+GGG - Chr1:100729161-100729180 None:intergenic 40.0%
ATTTGAGTGGCACTGTTAAC+TGG + Chr1:100729212-100729231 MsG0180006148.01.T01:CDS 40.0%
CATTGCATGAACCAACTACT+CGG - Chr1:100728877-100728896 None:intergenic 40.0%
CGAGGATTATGCTGAAAGTT+TGG + Chr1:100729696-100729715 MsG0180006148.01.T01:CDS 40.0%
CGAGTTACAACATGGTCAAA+CGG - Chr1:100729163-100729182 None:intergenic 40.0%
CTGGTTTCATATCTTGAACC+CGG + Chr1:100728946-100728965 MsG0180006148.01.T01:CDS 40.0%
GAGTTACAACATGGTCAAAC+GGG - Chr1:100729162-100729181 None:intergenic 40.0%
GGAAGCTCAAATTCGCATTT+GGG + Chr1:100729032-100729051 MsG0180006148.01.T01:CDS 40.0%
TAGATGCTAGGTTTAGTGAC+TGG + Chr1:100729524-100729543 MsG0180006148.01.T01:CDS 40.0%
TCCATCAACACAGCAATAGT+TGG - Chr1:100729385-100729404 None:intergenic 40.0%
TGAGATGGTGAGAAAAACAG+AGG - Chr1:100729411-100729430 None:intergenic 40.0%
! GAGGTGCATGTTTTCAGTTT+GGG + Chr1:100729103-100729122 MsG0180006148.01.T01:CDS 40.0%
! GAGTAGTTGGTTCATGCAAT+GGG + Chr1:100728876-100728895 MsG0180006148.01.T01:CDS 40.0%
!! AGAGGTGCATGTTTTCAGTT+TGG + Chr1:100729102-100729121 MsG0180006148.01.T01:CDS 40.0%
!! ATCAGTATGGTGTTTTTGCG+AGG + Chr1:100729678-100729697 MsG0180006148.01.T01:CDS 40.0%
!! ATGCAATGGGTTGCTTTGTT+TGG + Chr1:100728889-100728908 MsG0180006148.01.T01:CDS 40.0%
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CTCCTTTGTTCACACTAGCT+AGG - Chr1:100729189-100729208 None:intergenic 45.0%
GACCTAGCTAGTGTGAACAA+AGG + Chr1:100729184-100729203 MsG0180006148.01.T01:CDS 45.0%
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GGACTTCATCAACACCACAA+GGG - Chr1:100729351-100729370 None:intergenic 45.0%
GGTGATACACTGATATTGGC+AGG + Chr1:100729589-100729608 MsG0180006148.01.T01:CDS 45.0%
GTACACGATACTCGTAAGGT+TGG - Chr1:100729009-100729028 None:intergenic 45.0%
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GTTTGCATGTCTCTGTACCA+AGG - Chr1:100729318-100729337 None:intergenic 45.0%
! CGAGTAGTTGGTTCATGCAA+TGG + Chr1:100728875-100728894 MsG0180006148.01.T01:CDS 45.0%
! CTAGACATTTTCCTTGTGGC+CGG - Chr1:100728968-100728987 None:intergenic 45.0%
! CTTACGAGTATCGTGTACCT+AGG + Chr1:100729011-100729030 MsG0180006148.01.T01:CDS 45.0%
! GTATCGGTAGCAACTAGCAA+GGG - Chr1:100728831-100728850 None:intergenic 45.0%
! TAGACATTTTCCTTGTGGCC+GGG - Chr1:100728967-100728986 None:intergenic 45.0%
!! CGTCGTTTTGTCTTCTAGAG+AGG + Chr1:100729084-100729103 MsG0180006148.01.T01:CDS 45.0%
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ATATCTTGAACCCGGCCACA+AGG + Chr1:100728954-100728973 MsG0180006148.01.T01:CDS 50.0%
CTAGGTCGCGAGTTACAACA+TGG - Chr1:100729171-100729190 None:intergenic 50.0%
GGGACTTCATCAACACCACA+AGG - Chr1:100729352-100729371 None:intergenic 50.0%
!! GGTATCGGTAGCAACTAGCA+AGG - Chr1:100728832-100728851 None:intergenic 50.0%
ATTGGCAGGCTCTCCTCGAA+TGG + Chr1:100729603-100729622 MsG0180006148.01.T01:CDS 55.0%
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Gene Sequence

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