AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038758.01

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MsG0780038758.01.T01 AT2G02030 27.152 302 173 12 25 296 39 323 1.36e-15 77.8
MsG0780038758.01.T01 AT4G38870 27.469 324 182 11 1 307 36 323 7.55e-14 73.2
MsG0780038758.01.T01 AT5G10340 23.704 405 243 15 13 379 62 438 3.34e-13 71.2
MsG0780038758.01.T01 AT1G33530 25.826 333 185 11 5 319 76 364 2.26e-12 68.9
MsG0780038758.01.T01 AT4G12560 24.699 332 187 13 25 325 4 303 7.97e-12 67.0
MsG0780038758.01.T01 AT4G12560 24.699 332 187 13 25 325 4 303 7.97e-12 67.0
MsG0780038758.01.T01 AT4G12560 24.699 332 187 13 25 325 4 303 7.97e-12 67.0

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GACTTCCTAACAACCAAATT+TGG 0.086119 7:+52675016 MsG0780038758.01.T01:CDS
TACTAATGGCTTGGTTTGTT+TGG 0.207808 7:+52672521 MsG0780038758.01.T01:CDS
AGGTGGAGTTTGGCGAAATT+AGG 0.236152 7:-52672330 None:intergenic
TAGACAGTGATAATTATAAA+TGG 0.239176 7:+52674599 MsG0780038758.01.T01:CDS
GGATCATACAACACATAAAA+TGG 0.246051 7:+52674444 MsG0780038758.01.T01:CDS
GTTCATCGGCCGCCCAAATT+TGG 0.252933 7:-52675029 None:intergenic
AGCTAATGAAAACACATTTA+AGG 0.255921 7:-52675167 None:intergenic
CCGATCAAAGCCTCTTTCTT+AGG 0.259442 7:-52672131 None:intergenic
ATGAACTTCTTATCAAGTTT+TGG 0.270528 7:+52672574 MsG0780038758.01.T01:CDS
AAGGCACCCAGTTTGAATAT+TGG 0.287570 7:+52672624 MsG0780038758.01.T01:CDS
AATACTCCTCTTGTGTTTCC+TGG 0.288387 7:+52672080 None:intergenic
TTTATAGTTGGTTCTACTAA+TGG 0.289482 7:+52672507 MsG0780038758.01.T01:CDS
TTTAAGGTTAAGATCCAAAA+AGG 0.303562 7:+52672605 MsG0780038758.01.T01:CDS
AATCTGATGAGAAGCTTTAC+TGG 0.304656 7:-52672267 None:intergenic
AGTTGTTGGATCAAAGTCTT+TGG 0.311181 7:+52675233 MsG0780038758.01.T01:three_prime_UTR
TGATCATGCAAATCCTTTCA+TGG 0.312566 7:+52672241 MsG0780038758.01.T01:CDS
GCAAGGCGGTAGCTGTCTTT+CGG 0.315480 7:+52674422 MsG0780038758.01.T01:intron
CAAGGCGGTAGCTGTCTTTC+GGG 0.319344 7:+52674423 MsG0780038758.01.T01:intron
ATCTAAAAGATCTTCTTCTT+TGG 0.328756 7:-52674947 None:intergenic
ACAGGCAACAACAGAAAATT+AGG 0.329834 7:-52674886 None:intergenic
ACTAATGGCTTGGTTTGTTT+GGG 0.333279 7:+52672522 MsG0780038758.01.T01:CDS
TCTTTCTTAGGCGGTGTATA+AGG 0.337923 7:-52672119 None:intergenic
TTGTGGGAAATGAGAGAGTA+TGG 0.346357 7:+52674796 MsG0780038758.01.T01:CDS
CCTGTGTGTTTGTCCGAAAA+TGG 0.347373 7:+52674904 MsG0780038758.01.T01:CDS
GATGAGTGATTTCCAGTGTT+TGG 0.347461 7:-52672301 None:intergenic
GGTGGAGTTTGGCGAAATTA+GGG 0.351987 7:-52672329 None:intergenic
TGTTACCATCCAACAATTAG+TGG 0.360959 7:+52674627 MsG0780038758.01.T01:CDS
TTGGAAGTTCGTAGTAGAAT+TGG 0.361790 7:-52674529 None:intergenic
TCGTGAATGGTAGTGTTAAC+TGG 0.366369 7:+52674560 MsG0780038758.01.T01:CDS
AGCAAGAGCTGGTTCATCTT+CGG 0.368072 7:-52674719 None:intergenic
AGTTTGAATATTGGATTGTA+TGG 0.369475 7:+52672633 MsG0780038758.01.T01:CDS
GCAAGAGCTGGTTCATCTTC+GGG 0.384623 7:-52674718 None:intergenic
CAGTACTTATAACTAGTTGT+TGG 0.386347 7:+52675219 MsG0780038758.01.T01:three_prime_UTR
GCCGCCCAAATTTGGTTGTT+AGG 0.388795 7:-52675021 None:intergenic
TTCTCATGTGATCATAATAA+AGG 0.389013 7:-52674762 None:intergenic
ATACAATCCAATATTCAAAC+TGG 0.389965 7:-52672631 None:intergenic
ACTTCCTAACAACCAAATTT+GGG 0.393090 7:+52675017 MsG0780038758.01.T01:CDS
GTCATCGAGTGCGGTGAGTA+TGG 0.399965 7:-52672379 None:intergenic
CTTCTTTGGTAGCCAGCAAC+AGG 0.400280 7:-52674933 None:intergenic
ATTGTATGGGTGATAGTTGT+TGG 0.425645 7:+52674479 MsG0780038758.01.T01:CDS
TTGTATGGTACGGCGCGGAT+TGG 0.426270 7:+52672648 MsG0780038758.01.T01:CDS
TGATTTGAATGACACATATA+AGG 0.429917 7:+52672683 MsG0780038758.01.T01:CDS
GGAGGGGAGAGTTCATTGTA+TGG 0.434140 7:+52674465 MsG0780038758.01.T01:CDS
CGTAGTAGAATTGGAAAAGT+AGG 0.435910 7:-52674520 None:intergenic
AGTATGGAGTTCAACAATCT+TGG 0.439191 7:+52674812 MsG0780038758.01.T01:CDS
GAAGAAATACAAATTAACTA+TGG 0.440675 7:-52675327 None:intergenic
AGTTGGTTCTACTAATGGCT+TGG 0.449104 7:+52672512 MsG0780038758.01.T01:CDS
ATGAAAGGATTTGCATGATC+AGG 0.454721 7:-52672239 None:intergenic
AAATGGAGATGTCCTGTTGC+TGG 0.455780 7:+52674921 MsG0780038758.01.T01:CDS
GGTACGGCGCGGATTGGATT+CGG 0.466518 7:+52672654 MsG0780038758.01.T01:CDS
CGATGACGAGGAGGATACTA+TGG 0.470777 7:+52672395 MsG0780038758.01.T01:CDS
AGACAGTGATAATTATAAAT+GGG 0.480964 7:+52674600 MsG0780038758.01.T01:CDS
TGGATCTTAACCTTAAACTA+GGG 0.483491 7:-52672599 None:intergenic
AGAGGAGTTTAATGTGGATG+AGG 0.483782 7:-52675078 None:intergenic
TTGGATCTTAACCTTAAACT+AGG 0.489936 7:-52672600 None:intergenic
CGATGAACATATGCATAGCT+TGG 0.507074 7:+52675044 MsG0780038758.01.T01:CDS
TGATTTCCAGTGTTTGGAAA+CGG 0.511048 7:-52672295 None:intergenic
ATCAGGTCTGAAGGGAGAAT+CGG 0.517635 7:-52672222 None:intergenic
TCCAATGGACCATTCGTGAA+TGG 0.523400 7:+52674547 MsG0780038758.01.T01:CDS
TTATACACCGCCTAAGAAAG+AGG 0.524564 7:+52672121 MsG0780038758.01.T01:five_prime_UTR
ATCTGTTTGTGAATCGTCAA+TGG 0.526137 7:+52672182 MsG0780038758.01.T01:CDS
TCACTTCCGTTTCCAAACAC+TGG 0.527248 7:+52672289 MsG0780038758.01.T01:CDS
ACGCACCGGGTATGAAGTTA+CGG 0.531816 7:-52672418 None:intergenic
CCTCTCAAAACAGCAAGAGC+TGG 0.535284 7:-52674730 None:intergenic
ATGACAGAAAAGAGAAAGAA+AGG 0.536027 7:+52672156 MsG0780038758.01.T01:CDS
ACCATTCACGAATGGTCCAT+TGG 0.544884 7:-52674548 None:intergenic
GGAGCGTTGTATATTCCTCC+AGG 0.546644 7:-52672098 None:intergenic
GTTTGGCGAAATTAGGGTCG+AGG 0.547763 7:-52672323 None:intergenic
TCAACAATCTTGGACTCAGT+TGG 0.550541 7:+52674822 MsG0780038758.01.T01:CDS
GTAGTAGAATTGGAAAAGTA+GGG 0.552574 7:-52674519 None:intergenic
TGAAGTAGAGGAGTTTAATG+TGG 0.556590 7:-52675084 None:intergenic
AAAACAAACAATTGAAGTAG+AGG 0.558809 7:-52675096 None:intergenic
ATTTGCATGATCAGGTCTGA+AGG 0.564673 7:-52672231 None:intergenic
GAATATTGGATTGTATGGTA+CGG 0.568154 7:+52672638 MsG0780038758.01.T01:CDS
GTTTAATGTGGATGAGGACG+AGG 0.574577 7:-52675072 None:intergenic
CAAGCTATGCATATGTTCAT+CGG 0.576283 7:-52675043 None:intergenic
ATTCTACTACGAACTTCCAA+TGG 0.577236 7:+52674532 MsG0780038758.01.T01:CDS
GAGGGGAGAGTTCATTGTAT+GGG 0.581732 7:+52674466 MsG0780038758.01.T01:CDS
AAACTATGAAAGTGGTGTGA+TGG 0.587490 7:+52675132 MsG0780038758.01.T01:three_prime_UTR
ATCAAAGCCTCTTTCTTAGG+CGG 0.589729 7:-52672128 None:intergenic
GGCAGCTCATCAAAACCATT+AGG 0.592131 7:-52674697 None:intergenic
ATCCTCCTCGTCATCGAGTG+CGG 0.593435 7:-52672388 None:intergenic
CCTAAGAAAGAGGCTTTGAT+CGG 0.593850 7:+52672131 MsG0780038758.01.T01:five_prime_UTR
GCTTTACTGGAAACCATGAA+AGG 0.598670 7:-52672254 None:intergenic
TCCTAACAACCAAATTTGGG+CGG 0.599170 7:+52675020 MsG0780038758.01.T01:CDS
TGTGATCATAATAAAGGCAG+AGG 0.599661 7:-52674756 None:intergenic
TCATACAACACATAAAATGG+AGG 0.607124 7:+52674447 MsG0780038758.01.T01:CDS
CATACAACACATAAAATGGA+GGG 0.612471 7:+52674448 MsG0780038758.01.T01:CDS
TCGAGTAATAAACTACGCAC+CGG 0.616887 7:-52672432 None:intergenic
TTTGCATGATCAGGTCTGAA+GGG 0.633882 7:-52672230 None:intergenic
CGAGTAATAAACTACGCACC+GGG 0.638482 7:-52672431 None:intergenic
TATGGCCGTAACTTCATACC+CGG 0.639027 7:+52672413 MsG0780038758.01.T01:CDS
AGGTCTGAAGGGAGAATCGG+AGG 0.642866 7:-52672219 None:intergenic
TACAATCCAATATTCAAACT+GGG 0.650037 7:-52672630 None:intergenic
ATACAACACATAAAATGGAG+GGG 0.651848 7:+52674449 MsG0780038758.01.T01:CDS
ACTCCTCTTGTGTTTCCTGG+AGG 0.652415 7:+52672083 None:intergenic
ACTCACCGCACTCGATGACG+AGG 0.656629 7:+52672383 MsG0780038758.01.T01:CDS
TGTTTGTGAATCGTCAATGG+AGG 0.677200 7:+52672185 MsG0780038758.01.T01:CDS
CACCGCACTCGATGACGAGG+AGG 0.677743 7:+52672386 MsG0780038758.01.T01:CDS
TTAACACTACCATTCACGAA+TGG 0.692669 7:-52674556 None:intergenic
AGTGGTGTGATGGCTATCGA+TGG 0.703206 7:+52675142 MsG0780038758.01.T01:three_prime_UTR
TTGGATTGTATGGTACGGCG+CGG 0.713020 7:+52672643 MsG0780038758.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! ATTTTGTTATTATGTATAAT+CGG + Chr7:52674968-52674987 MsG0780038758.01.T01:CDS 10.0%
!! AATAAAAAATTATTGCACAT+TGG + Chr7:52674328-52674347 MsG0780038758.01.T01:intron 15.0%
!!! AAATGTTCTGTTATTTTAAA+AGG + Chr7:52672767-52672786 MsG0780038758.01.T01:intron 15.0%
!! AGACAGTGATAATTATAAAT+GGG + Chr7:52674600-52674619 MsG0780038758.01.T01:CDS 20.0%
!! ATTTAACATGAAAAAACTGA+AGG - Chr7:52672969-52672988 None:intergenic 20.0%
!! GAAGAAATACAAATTAACTA+TGG - Chr7:52675330-52675349 None:intergenic 20.0%
!! TAGACAGTGATAATTATAAA+TGG + Chr7:52674599-52674618 MsG0780038758.01.T01:CDS 20.0%
!! TATGATAGATTCTATGATAA+TGG + Chr7:52672934-52672953 MsG0780038758.01.T01:intron 20.0%
!! TATTGGACTTATAAACAAAT+GGG + Chr7:52674286-52674305 MsG0780038758.01.T01:intron 20.0%
!! TCATGAATGAAATCATTTAT+TGG + Chr7:52672850-52672869 MsG0780038758.01.T01:intron 20.0%
!! TTATTGGACTTATAAACAAA+TGG + Chr7:52674285-52674304 MsG0780038758.01.T01:intron 20.0%
!!! AAACTGATTTATTTTCAAAG+AGG + Chr7:52673568-52673587 MsG0780038758.01.T01:intron 20.0%
!!! AAACTGATTTATTTTGAAAG+AGG + Chr7:52673310-52673329 MsG0780038758.01.T01:intron 20.0%
!!! AACTGATTTATTTTCAAAGA+GGG + Chr7:52673569-52673588 MsG0780038758.01.T01:intron 20.0%
!!! AACTGATTTATTTTGAAAGA+GGG + Chr7:52673311-52673330 MsG0780038758.01.T01:intron 20.0%
!!! TATCACTCTTATTTTATAGT+TGG + Chr7:52672495-52672514 MsG0780038758.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTAGTGATAATTTTGTGTAT+TGG + Chr7:52674193-52674212 MsG0780038758.01.T01:intron 20.0%
! AAAACAAACAATTGAAGTAG+AGG - Chr7:52675099-52675118 None:intergenic 25.0%
! ACAACACTTTATACTAACTA+AGG - Chr7:52673184-52673203 None:intergenic 25.0%
! AGAAATTGCATTTGATGTTA+TGG + Chr7:52673843-52673862 MsG0780038758.01.T01:intron 25.0%
! AGCTAATGAAAACACATTTA+AGG - Chr7:52675170-52675189 None:intergenic 25.0%
! AGTTTGAATATTGGATTGTA+TGG + Chr7:52672633-52672652 MsG0780038758.01.T01:CDS 25.0%
! ATACAATCCAATATTCAAAC+TGG - Chr7:52672634-52672653 None:intergenic 25.0%
! ATCTAAAAGATCTTCTTCTT+TGG - Chr7:52674950-52674969 None:intergenic 25.0%
! ATTCCTCTAACTAATCAATA+TGG + Chr7:52674051-52674070 MsG0780038758.01.T01:intron 25.0%
! ATTTCATCCCAAATAATTCA+AGG + Chr7:52673946-52673965 MsG0780038758.01.T01:intron 25.0%
! TACAATCCAATATTCAAACT+GGG - Chr7:52672633-52672652 None:intergenic 25.0%
! TGATTTGAATGACACATATA+AGG + Chr7:52672683-52672702 MsG0780038758.01.T01:CDS 25.0%
! TTCTCATGTGATCATAATAA+AGG - Chr7:52674765-52674784 None:intergenic 25.0%
!! AATCATTTTGCACAATTTCT+TGG + Chr7:52672726-52672745 MsG0780038758.01.T01:intron 25.0%
!! ATGAACTTCTTATCAAGTTT+TGG + Chr7:52672574-52672593 MsG0780038758.01.T01:CDS 25.0%
!! TTTAAGGTTAAGATCCAAAA+AGG + Chr7:52672605-52672624 MsG0780038758.01.T01:CDS 25.0%
!!! ACTGATTTATTTTCAAAGAG+GGG + Chr7:52673570-52673589 MsG0780038758.01.T01:intron 25.0%
!!! ACTGATTTATTTTGAAAGAG+GGG + Chr7:52673312-52673331 MsG0780038758.01.T01:intron 25.0%
!!! TTTATAGTTGGTTCTACTAA+TGG + Chr7:52672507-52672526 MsG0780038758.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTTGTGTATTGGTTAATGA+TGG + Chr7:52674203-52674222 MsG0780038758.01.T01:intron 25.0%
AAAAACCACTAATTGTTGGA+TGG - Chr7:52674635-52674654 None:intergenic 30.0%
AAACACCAGAATGATCATTA+TGG + Chr7:52673877-52673896 MsG0780038758.01.T01:intron 30.0%
AACATCAAATGCAATTTCTG+AGG - Chr7:52673842-52673861 None:intergenic 30.0%
AACATGAAAAAACTGAAGGT+TGG - Chr7:52672965-52672984 None:intergenic 30.0%
AACCAAGCCTTGAATTATTT+GGG - Chr7:52673956-52673975 None:intergenic 30.0%
AATTTGAACTTCAAAGCCAA+AGG - Chr7:52673742-52673761 None:intergenic 30.0%
ACTTCCTAACAACCAAATTT+GGG + Chr7:52675017-52675036 MsG0780038758.01.T01:CDS 30.0%
ATACAACACATAAAATGGAG+GGG + Chr7:52674449-52674468 MsG0780038758.01.T01:CDS 30.0%
ATGACAGAAAAGAGAAAGAA+AGG + Chr7:52672156-52672175 MsG0780038758.01.T01:CDS 30.0%
ATTTGAACTTCAAAGCCAAA+GGG - Chr7:52673741-52673760 None:intergenic 30.0%
CAAAATTATGCCACAACATT+GGG + Chr7:52673530-52673549 MsG0780038758.01.T01:intron 30.0%
CAATATTATGCCACAACATT+GGG + Chr7:52673272-52673291 MsG0780038758.01.T01:intron 30.0%
CAATATTATGCGACAACATT+GGG + Chr7:52673042-52673061 MsG0780038758.01.T01:intron 30.0%
CAGTACTTATAACTAGTTGT+TGG + Chr7:52675219-52675238 MsG0780038758.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
CATACAACACATAAAATGGA+GGG + Chr7:52674448-52674467 MsG0780038758.01.T01:CDS 30.0%
CTTGGTTAAATAATCAGTCA+TGG + Chr7:52673969-52673988 MsG0780038758.01.T01:intron 30.0%
GAATATTGGATTGTATGGTA+CGG + Chr7:52672638-52672657 MsG0780038758.01.T01:CDS 30.0%
GGATCATACAACACATAAAA+TGG + Chr7:52674444-52674463 MsG0780038758.01.T01:CDS 30.0%
GTAGTAGAATTGGAAAAGTA+GGG - Chr7:52674522-52674541 None:intergenic 30.0%
GTGAAAAAACCACTAATTGT+TGG - Chr7:52674639-52674658 None:intergenic 30.0%
GTTGGGTTAACATATTGATA+AGG - Chr7:52673811-52673830 None:intergenic 30.0%
TAACCAAGCCTTGAATTATT+TGG - Chr7:52673957-52673976 None:intergenic 30.0%
TAAGTGCTCACATTTAATCT+CGG + Chr7:52674376-52674395 MsG0780038758.01.T01:intron 30.0%
TCATACAACACATAAAATGG+AGG + Chr7:52674447-52674466 MsG0780038758.01.T01:CDS 30.0%
TGGATCTTAACCTTAAACTA+GGG - Chr7:52672602-52672621 None:intergenic 30.0%
TTGGATCTTAACCTTAAACT+AGG - Chr7:52672603-52672622 None:intergenic 30.0%
! AAGTATATTTTGCTGCCTAA+TGG + Chr7:52674682-52674701 MsG0780038758.01.T01:CDS 30.0%
! ATTTCTGAGGAATGTTATGT+TGG - Chr7:52673829-52673848 None:intergenic 30.0%
! CTTTTGCTAAACTATGAAAG+TGG + Chr7:52675124-52675143 MsG0780038758.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
! TCTCCATATTGATTAGTTAG+AGG - Chr7:52674057-52674076 None:intergenic 30.0%
! TGAGCTTTTCAATGAGTTAT+TGG + Chr7:52674269-52674288 MsG0780038758.01.T01:intron 30.0%
! TTTCTGAGGAATGTTATGTT+GGG - Chr7:52673828-52673847 None:intergenic 30.0%
! TTTTCTATTTACGTCATGCA+AGG + Chr7:52674405-52674424 MsG0780038758.01.T01:intron 30.0%
!! AGATTAGCTTAGTAACAACT+TGG + Chr7:52673014-52673033 MsG0780038758.01.T01:intron 30.0%
!!! GAGAACACATTTTGTTTTGT+GGG + Chr7:52674780-52674799 MsG0780038758.01.T01:CDS 30.0%
!!! TGAGAACACATTTTGTTTTG+TGG + Chr7:52674779-52674798 MsG0780038758.01.T01:CDS 30.0%
!!! TGTTTTTGGGAGATTTTTGA+AGG - Chr7:52672353-52672372 None:intergenic 30.0%
AAACTATGAAAGTGGTGTGA+TGG + Chr7:52675132-52675151 MsG0780038758.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
AATCTGATGAGAAGCTTTAC+TGG - Chr7:52672270-52672289 None:intergenic 35.0%
ACAACACTTTATACTCGCAA+AGG - Chr7:52673445-52673464 None:intergenic 35.0%
ACAGGCAACAACAGAAAATT+AGG - Chr7:52674889-52674908 None:intergenic 35.0%
AGTATGGAGTTCAACAATCT+TGG + Chr7:52674812-52674831 MsG0780038758.01.T01:CDS 35.0%
AGTTGTTGGATCAAAGTCTT+TGG + Chr7:52675233-52675252 MsG0780038758.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
ATAGTCATGTTGCACAACAT+AGG + Chr7:52673764-52673783 MsG0780038758.01.T01:intron 35.0%
ATCCCAAATAATTCAAGGCT+TGG + Chr7:52673951-52673970 MsG0780038758.01.T01:intron 35.0%
ATCTGTTTGTGAATCGTCAA+TGG + Chr7:52672182-52672201 MsG0780038758.01.T01:CDS 35.0%
ATGAAAGGATTTGCATGATC+AGG - Chr7:52672242-52672261 None:intergenic 35.0%
ATTCTACTACGAACTTCCAA+TGG + Chr7:52674532-52674551 MsG0780038758.01.T01:CDS 35.0%
ATTGTATGGGTGATAGTTGT+TGG + Chr7:52674479-52674498 MsG0780038758.01.T01:CDS 35.0%
CAAGCTATGCATATGTTCAT+CGG - Chr7:52675046-52675065 None:intergenic 35.0%
CGTAGTAGAATTGGAAAAGT+AGG - Chr7:52674523-52674542 None:intergenic 35.0%
GACTTCCTAACAACCAAATT+TGG + Chr7:52675016-52675035 MsG0780038758.01.T01:CDS 35.0%
GCAAAATTATGCCACAACAT+TGG + Chr7:52673529-52673548 MsG0780038758.01.T01:intron 35.0%
GCAATATTATGCCACAACAT+TGG + Chr7:52673271-52673290 MsG0780038758.01.T01:intron 35.0%
GCAATATTATGCGACAACAT+TGG + Chr7:52673041-52673060 MsG0780038758.01.T01:intron 35.0%
GTACTCCATAATGATCATTC+TGG - Chr7:52673885-52673904 None:intergenic 35.0%
TGAAGTAGAGGAGTTTAATG+TGG - Chr7:52675087-52675106 None:intergenic 35.0%
TGATCATGCAAATCCTTTCA+TGG + Chr7:52672241-52672260 MsG0780038758.01.T01:CDS 35.0%
TGATTTCCAGTGTTTGGAAA+CGG - Chr7:52672298-52672317 None:intergenic 35.0%
TGTGATCATAATAAAGGCAG+AGG - Chr7:52674759-52674778 None:intergenic 35.0%
TGTTACCATCCAACAATTAG+TGG + Chr7:52674627-52674646 MsG0780038758.01.T01:CDS 35.0%
TTAACACTACCATTCACGAA+TGG - Chr7:52674559-52674578 None:intergenic 35.0%
TTGGAAGTTCGTAGTAGAAT+TGG - Chr7:52674532-52674551 None:intergenic 35.0%
TTTGAACTTCAAAGCCAAAG+GGG - Chr7:52673740-52673759 None:intergenic 35.0%
! AGTATGGTGTGTGTGTTTTT+GGG - Chr7:52672366-52672385 None:intergenic 35.0%
!! ACTAATGGCTTGGTTTGTTT+GGG + Chr7:52672522-52672541 MsG0780038758.01.T01:CDS 35.0%
!! AGATTTTTGAAGGTGGAGTT+TGG - Chr7:52672343-52672362 None:intergenic 35.0%
!! GTATTGGTTAATGATGGATC+TGG + Chr7:52674209-52674228 MsG0780038758.01.T01:intron 35.0%
!! TACTAATGGCTTGGTTTGTT+TGG + Chr7:52672521-52672540 MsG0780038758.01.T01:CDS 35.0%
!! TTTTGGGAGATTTTTGAAGG+TGG - Chr7:52672350-52672369 None:intergenic 35.0%
!!! AGTTTTGGAACCCTAGTTTA+AGG + Chr7:52672589-52672608 MsG0780038758.01.T01:CDS 35.0%
!!! GATTTATTTTGAAAGAGGGG+AGG + Chr7:52673315-52673334 MsG0780038758.01.T01:intron 35.0%
!!! TGGTTTTTTCACTTGATCTG+CGG + Chr7:52674647-52674666 MsG0780038758.01.T01:CDS 35.0%
AGAGGAGTTTAATGTGGATG+AGG - Chr7:52675081-52675100 None:intergenic 40.0%
AGCTTAGTAACAACTTGGCA+GGG + Chr7:52673019-52673038 MsG0780038758.01.T01:intron 40.0%
AGTTTAGTAGCAACTTGGCA+GGG + Chr7:52673249-52673268 MsG0780038758.01.T01:intron 40.0%
ATCAAAGCCTCTTTCTTAGG+CGG - Chr7:52672131-52672150 None:intergenic 40.0%
ATTTGCATGATCAGGTCTGA+AGG - Chr7:52672234-52672253 None:intergenic 40.0%
CACAACATAGGAAAACACTG+TGG + Chr7:52673776-52673795 MsG0780038758.01.T01:intron 40.0%
CCAAGTTGCTACTAAACTGA+AGG - Chr7:52673247-52673266 None:intergenic 40.0%
CCTTCAGTTTAGTAGCAACT+TGG + Chr7:52673244-52673263 MsG0780038758.01.T01:intron 40.0%
CGATGAACATATGCATAGCT+TGG + Chr7:52675044-52675063 MsG0780038758.01.T01:CDS 40.0%
GATGAGTGATTTCCAGTGTT+TGG - Chr7:52672304-52672323 None:intergenic 40.0%
GCTTTACTGGAAACCATGAA+AGG - Chr7:52672257-52672276 None:intergenic 40.0%
GGATCTGGTTGTTTATTGCT+TGG + Chr7:52674224-52674243 MsG0780038758.01.T01:intron 40.0%
GGCTATCATACCATGCAATA+GGG - Chr7:52673719-52673738 None:intergenic 40.0%
TAGCTTAGTAACAACTTGGC+AGG + Chr7:52673018-52673037 MsG0780038758.01.T01:intron 40.0%
TATATTCCTCCAGGAAACAC+TGG - Chr7:52672092-52672111 None:intergenic 40.0%
TCAACAATCTTGGACTCAGT+TGG + Chr7:52674822-52674841 MsG0780038758.01.T01:CDS 40.0%
TCAGCGATAACATTATTGCG+TGG + Chr7:52673677-52673696 MsG0780038758.01.T01:intron 40.0%
TCCTAACAACCAAATTTGGG+CGG + Chr7:52675020-52675039 MsG0780038758.01.T01:CDS 40.0%
TCGAGTAATAAACTACGCAC+CGG - Chr7:52672435-52672454 None:intergenic 40.0%
TCTATTTACGTCATGCAAGG+CGG + Chr7:52674408-52674427 MsG0780038758.01.T01:intron 40.0%
TCTTTCTTAGGCGGTGTATA+AGG - Chr7:52672122-52672141 None:intergenic 40.0%
TGTTTGTGAATCGTCAATGG+AGG + Chr7:52672185-52672204 MsG0780038758.01.T01:CDS 40.0%
TTATACACCGCCTAAGAAAG+AGG + Chr7:52672121-52672140 MsG0780038758.01.T01:five_prime_UTR 40.0%
TTGTGGGAAATGAGAGAGTA+TGG + Chr7:52674796-52674815 MsG0780038758.01.T01:CDS 40.0%
TTGTTCGAATCCCTATTGCA+TGG + Chr7:52673706-52673725 MsG0780038758.01.T01:intron 40.0%
TTTGCATGATCAGGTCTGAA+GGG - Chr7:52672233-52672252 None:intergenic 40.0%
! AAGGCACCCAGTTTGAATAT+TGG + Chr7:52672624-52672643 MsG0780038758.01.T01:CDS 40.0%
! ATTCAAACTGGGTGCCTTTT+TGG - Chr7:52672622-52672641 None:intergenic 40.0%
! ATTTTCAAAGAGGGGAGAAG+TGG + Chr7:52673578-52673597 MsG0780038758.01.T01:intron 40.0%
! CAACAGGACATCTCCATTTT+CGG - Chr7:52674920-52674939 None:intergenic 40.0%
! CCTAAGAAAGAGGCTTTGAT+CGG + Chr7:52672131-52672150 MsG0780038758.01.T01:five_prime_UTR 40.0%
! GAGTATGGTGTGTGTGTTTT+TGG - Chr7:52672367-52672386 None:intergenic 40.0%
! TCGTGAATGGTAGTGTTAAC+TGG + Chr7:52674560-52674579 MsG0780038758.01.T01:CDS 40.0%
! TTTTTCACTTGATCTGCGGA+AGG + Chr7:52674651-52674670 MsG0780038758.01.T01:CDS 40.0%
!! AGTTGGTTCTACTAATGGCT+TGG + Chr7:52672512-52672531 MsG0780038758.01.T01:CDS 40.0%
AAATGGAGATGTCCTGTTGC+TGG + Chr7:52674921-52674940 MsG0780038758.01.T01:CDS 45.0%
ACCATTCACGAATGGTCCAT+TGG - Chr7:52674551-52674570 None:intergenic 45.0%
AGGTGGAGTTTGGCGAAATT+AGG - Chr7:52672333-52672352 None:intergenic 45.0%
ATCAGGTCTGAAGGGAGAAT+CGG - Chr7:52672225-52672244 None:intergenic 45.0%
CAGTTTAGTAGCAACTTGGC+AGG + Chr7:52673248-52673267 MsG0780038758.01.T01:intron 45.0%
CCGATCAAAGCCTCTTTCTT+AGG - Chr7:52672134-52672153 None:intergenic 45.0%
CCTGTGTGTTTGTCCGAAAA+TGG + Chr7:52674904-52674923 MsG0780038758.01.T01:CDS 45.0%
CGAGTAATAAACTACGCACC+GGG - Chr7:52672434-52672453 None:intergenic 45.0%
GAGGGGAGAGTTCATTGTAT+GGG + Chr7:52674466-52674485 MsG0780038758.01.T01:CDS 45.0%
GGCAGCTCATCAAAACCATT+AGG - Chr7:52674700-52674719 None:intergenic 45.0%
GGGCTATCATACCATGCAAT+AGG - Chr7:52673720-52673739 None:intergenic 45.0%
GGTGGAGTTTGGCGAAATTA+GGG - Chr7:52672332-52672351 None:intergenic 45.0%
GTTTAATGTGGATGAGGACG+AGG - Chr7:52675075-52675094 None:intergenic 45.0%
TATGGCCGTAACTTCATACC+CGG + Chr7:52672413-52672432 MsG0780038758.01.T01:CDS 45.0%
TCACTTCCGTTTCCAAACAC+TGG + Chr7:52672289-52672308 MsG0780038758.01.T01:CDS 45.0%
TCCAATGGACCATTCGTGAA+TGG + Chr7:52674547-52674566 MsG0780038758.01.T01:CDS 45.0%
! AGCAAGAGCTGGTTCATCTT+CGG - Chr7:52674722-52674741 None:intergenic 45.0%
! CCATTTTCGGACAAACACAC+AGG - Chr7:52674907-52674926 None:intergenic 45.0%
! TCGATGTGTTGGCAAAACTG+AGG + Chr7:52673066-52673085 MsG0780038758.01.T01:intron 45.0%
!! ATTTTGAAAGAGGGGAGGAG+CGG + Chr7:52673320-52673339 MsG0780038758.01.T01:intron 45.0%
ACACATCGAGCCCAATGTTG+TGG - Chr7:52673055-52673074 None:intergenic 50.0%
ACGCACCGGGTATGAAGTTA+CGG - Chr7:52672421-52672440 None:intergenic 50.0%
AGTGGTGTGATGGCTATCGA+TGG + Chr7:52675142-52675161 MsG0780038758.01.T01:three_prime_UTR 50.0%
CAACATTGGGCTCGATGTGT+TGG + Chr7:52673055-52673074 MsG0780038758.01.T01:intron 50.0%
CCTCTCAAAACAGCAAGAGC+TGG - Chr7:52674733-52674752 None:intergenic 50.0%
CGATGACGAGGAGGATACTA+TGG + Chr7:52672395-52672414 MsG0780038758.01.T01:CDS 50.0%
GCATGGTATGATAGCCCCTT+TGG + Chr7:52673723-52673742 MsG0780038758.01.T01:intron 50.0%
GCCGCCCAAATTTGGTTGTT+AGG - Chr7:52675024-52675043 None:intergenic 50.0%
GGAGGGGAGAGTTCATTGTA+TGG + Chr7:52674465-52674484 MsG0780038758.01.T01:CDS 50.0%
GTTTGGCGAAATTAGGGTCG+AGG - Chr7:52672326-52672345 None:intergenic 50.0%
TTCAAAGAGGGGAGAAGTGG+AGG + Chr7:52673581-52673600 MsG0780038758.01.T01:intron 50.0%
TTGGATTGTATGGTACGGCG+CGG + Chr7:52672643-52672662 MsG0780038758.01.T01:CDS 50.0%
! CTTCTTTGGTAGCCAGCAAC+AGG - Chr7:52674936-52674955 None:intergenic 50.0%
! GCAAGAGCTGGTTCATCTTC+GGG - Chr7:52674721-52674740 None:intergenic 50.0%
!! GGAGCGTTGTATATTCCTCC+AGG - Chr7:52672101-52672120 None:intergenic 50.0%
!!! CCAGCTCTTGCTGTTTTGAG+AGG + Chr7:52674730-52674749 MsG0780038758.01.T01:CDS 50.0%
AAGAGGGGAGAAGTGGAGGA+AGG + Chr7:52673585-52673604 MsG0780038758.01.T01:intron 55.0%
AGGTCTGAAGGGAGAATCGG+AGG - Chr7:52672222-52672241 None:intergenic 55.0%
ATCCTCCTCGTCATCGAGTG+CGG - Chr7:52672391-52672410 None:intergenic 55.0%
CAAGGCGGTAGCTGTCTTTC+GGG + Chr7:52674423-52674442 MsG0780038758.01.T01:intron 55.0%
GCAAGGCGGTAGCTGTCTTT+CGG + Chr7:52674422-52674441 MsG0780038758.01.T01:intron 55.0%
GTCATCGAGTGCGGTGAGTA+TGG - Chr7:52672382-52672401 None:intergenic 55.0%
GTTCATCGGCCGCCCAAATT+TGG - Chr7:52675032-52675051 None:intergenic 55.0%
TTGTATGGTACGGCGCGGAT+TGG + Chr7:52672648-52672667 MsG0780038758.01.T01:CDS 55.0%
ACTCACCGCACTCGATGACG+AGG + Chr7:52672383-52672402 MsG0780038758.01.T01:CDS 60.0%
TTGAAAGAGGGGAGGAGCGG+AGG + Chr7:52673323-52673342 MsG0780038758.01.T01:intron 60.0%
!! GGTACGGCGCGGATTGGATT+CGG + Chr7:52672654-52672673 MsG0780038758.01.T01:CDS 60.0%
AAGAGGGGAGGAGCGGAGGA+AGG + Chr7:52673327-52673346 MsG0780038758.01.T01:intron 65.0%
CACCGCACTCGATGACGAGG+AGG + Chr7:52672386-52672405 MsG0780038758.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 52672092 52675375 52672092 ID=MsG0780038758.01;Name=MsG0780038758.01
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Chr7 five_prime_UTR 52672092 52672155 52672092 ID=MsG0780038758.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0780038758.01.T01
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Chr7 three_prime_UTR 52675093 52675375 52675093 ID=MsG0780038758.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0780038758.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780038758.01.T01

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Protein sequence

>MsG0780038758.01.T01

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