AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780039195.01

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MsG0780039195.01.T02 AT3G24700 21.719 221 155 5 23 228 2 219 4.22e-11 63.2
MsG0780039195.01.T02 AT5G15660 24.912 285 192 10 26 293 28 307 6.11e-11 63.9
MsG0780039195.01.T02 AT1G47730 24.490 294 190 12 26 299 25 306 7.93e-11 63.5
MsG0780039195.01.T02 AT2G16450 28.761 226 133 7 22 224 3 223 8.23e-11 63.5
MsG0780039195.01.T02 AT1G11620 24.918 305 177 12 26 297 6 291 8.91e-11 63.2
MsG0780039195.01.T04 AT3G23880 31.405 363 220 9 26 374 14 361 1.93e-45 160
MsG0780039195.01.T04 AT3G06240 27.400 427 236 16 5 376 15 422 1.80e-30 121
MsG0780039195.01.T04 AT3G16210 28.438 320 191 12 26 332 5 299 1.28e-23 100
MsG0780039195.01.T04 AT4G12560 25.543 368 223 14 23 355 1 352 8.63e-22 96.3
MsG0780039195.01.T04 AT4G12560 25.543 368 223 14 23 355 1 352 8.63e-22 96.3
MsG0780039195.01.T04 AT4G12560 25.543 368 223 14 23 355 1 352 8.63e-22 96.3
MsG0780039195.01.T04 AT3G07870 26.525 377 218 13 23 352 25 389 3.14e-21 94.7
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MsG0780039195.01.T04 AT1G47790 29.839 248 148 10 22 258 21 253 1.25e-15 78.2
MsG0780039195.01.T04 AT5G42430 29.208 202 131 5 18 217 2 193 4.74e-15 76.3
MsG0780039195.01.T04 AT4G19940 26.689 296 187 12 22 295 31 318 2.34e-14 74.3
MsG0780039195.01.T04 AT1G50870 26.911 327 188 16 10 310 13 314 6.00e-14 73.2
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MsG0780039195.01.T04 AT3G49980 24.771 327 170 15 26 310 5 297 1.67e-13 71.6
MsG0780039195.01.T04 AT3G24700 23.318 223 162 6 23 240 2 220 9.92e-13 68.2
MsG0780039195.01.T04 AT3G10240 30.000 220 132 10 26 237 27 232 1.00e-12 69.3
MsG0780039195.01.T04 AT3G62380 30.493 223 122 10 116 312 59 274 1.35e-12 68.6
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MsG0780039195.01.T04 AT4G22390 22.956 318 188 12 27 309 5 300 1.68e-12 68.6
MsG0780039195.01.T04 AT3G21410 25.000 200 110 7 26 211 38 211 1.69e-12 68.9
MsG0780039195.01.T04 AT3G24700 22.973 222 162 6 23 239 2 219 2.47e-12 66.6
MsG0780039195.01.T04 AT3G52320 30.978 184 110 6 23 204 24 192 3.73e-12 67.8
MsG0780039195.01.T04 AT4G09190 23.958 288 186 10 26 302 22 287 4.63e-12 67.4
MsG0780039195.01.T04 AT1G46840 25.080 311 198 12 11 304 16 308 5.25e-12 67.4
MsG0780039195.01.T04 AT1G51320 24.775 222 136 8 25 238 5 203 5.62e-12 67.0
MsG0780039195.01.T04 AT2G16450 29.279 222 141 6 26 235 6 223 1.38e-11 65.9
MsG0780039195.01.T04 AT1G70380 25.301 166 117 2 20 185 3 161 1.81e-11 65.5
MsG0780039195.01.T04 AT3G16590 25.749 334 196 16 23 328 1 310 2.84e-11 64.7
MsG0780039195.01.T04 AT3G21120 24.737 190 135 4 26 213 3 186 3.31e-11 64.7
MsG0780039195.01.T04 AT2G40925 24.272 309 193 12 26 308 27 320 3.48e-11 64.7
MsG0780039195.01.T04 AT4G38870 24.852 338 206 16 5 315 34 350 4.99e-11 64.3
MsG0780039195.01.T04 AT3G25460 23.123 333 215 14 23 332 3 317 7.29e-11 63.5
MsG0780039195.01.T04 AT1G47730 24.242 297 198 12 26 310 25 306 9.78e-11 63.2
MsG0780039195.01.T05 AT3G23880 28.902 173 110 4 5 170 195 361 3.17e-12 63.9

Find 104 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 126 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ATTTGCAAAATTGCCCTCTT+TGG 0.234100 7:+59542373 MsG0780039195.01.T01:intron
CTGTTGCGTGGTGGCGGCTG+TGG 0.241298 7:-59542225 None:intergenic
TGCATACTTTCTTCTCATAT+TGG 0.257514 7:+59542743 MsG0780039195.01.T01:CDS
CCAAACTCATGTGCATACTA+TGG 0.264324 7:+59542505 MsG0780039195.01.T01:CDS
GAGCTATTGCTGCCTGATTA+TGG 0.271487 7:+59542671 MsG0780039195.01.T01:CDS
ATGTGTTCCGTAAATCCTTA+TGG 0.298726 7:+59542702 MsG0780039195.01.T01:CDS
CGATCGTAGTTTAGACAGTT+TGG 0.305082 7:-59542269 None:intergenic
AAGTATTGTTTCTCTTGATT+TGG 0.308551 7:+59542631 MsG0780039195.01.T01:CDS
GTTTGGCTTATGAAGGAGTA+TGG 0.318033 7:+59542779 MsG0780039195.01.T01:CDS
ATTGTTCCATGTTCCTCTAA+TGG 0.320882 7:+59542823 MsG0780039195.01.T01:CDS
CGCAATCTTTATAAAGAATC+AGG 0.333390 7:+59542563 MsG0780039195.01.T01:CDS
TTGTTCCATGTTCCTCTAAT+GGG 0.345011 7:+59542824 MsG0780039195.01.T01:CDS
ATCGGAGATGAAAGATTTCC+AGG 0.346331 7:-59542066 None:intergenic
AGACAGTTTGGATTGCTAAA+AGG 0.353667 7:-59542257 None:intergenic
CCATAGTATGCACATGAGTT+TGG 0.359813 7:-59542505 None:intergenic
CTCGTTGTGACGGTTGTTCT+CGG 0.359898 7:-59541918 None:intergenic
TTGGTGGTTCTTCAGAGGTT+TGG 0.360036 7:+59542762 MsG0780039195.01.T01:CDS
TGTTGCGTGGTGGCGGCTGT+GGG 0.360842 7:-59542224 None:intergenic
CAACTAACACCTCCCATTAG+AGG 0.371788 7:-59542836 None:intergenic
TCAACACCCATAAGGATTTA+CGG 0.376129 7:-59542709 None:intergenic
GAGGTACTCGAACGAGCCTT+TGG 0.378017 7:-59542156 None:intergenic
AGCACAATATGTAGCGGCTT+TGG 0.395087 7:+59542410 MsG0780039195.01.T01:intron
GTTTCTCTTGATTTGGAGAA+GGG 0.398912 7:+59542638 MsG0780039195.01.T01:CDS
GTGCCATTTGCGAGCGTGGC+GGG 0.399226 7:-59541896 None:intergenic
TGATTCTTTATAAAGATTGC+GGG 0.402814 7:-59542561 None:intergenic
AGGTACTCGAACGAGCCTTT+GGG 0.432885 7:-59542155 None:intergenic
TTCAGAGGTTTGGCTTATGA+AGG 0.438106 7:+59542772 MsG0780039195.01.T01:CDS
ATTTCTAACACAAGATTGAA+TGG 0.438901 7:-59541990 None:intergenic
ATACTTTCTTCTCATATTGG+TGG 0.439346 7:+59542746 MsG0780039195.01.T01:CDS
ATTCCACAAAATAATGTAAC+CGG 0.445481 7:-59542336 None:intergenic
AGTATGGAAATAGAGATTCT+TGG 0.447501 7:+59542795 MsG0780039195.01.T01:CDS
ACAATACTTGAATAATCATA+TGG 0.448302 7:-59542617 None:intergenic
CACAAGATTGAATGGAAGAG+TGG 0.448873 7:-59541982 None:intergenic
TTGCGTGGTGGCGGCTGTGG+GGG 0.450366 7:-59542222 None:intergenic
ATCTAACTGTTGCGTGGTGG+CGG 0.461545 7:-59542231 None:intergenic
ACATACGTCGATCCATAATC+AGG 0.463180 7:-59542683 None:intergenic
CTTCCCGCCACGCTCGCAAA+TGG 0.467206 7:+59541893 MsG0780039195.01.T01:CDS
TCAAATGTGTATGCAAATCC+TGG 0.467230 7:+59542048 MsG0780039195.01.T01:intron
CGGCCTTTGAACTCCTCCAC+TGG 0.467303 7:+59541945 MsG0780039195.01.T01:CDS
TGTGTTCCGTAAATCCTTAT+GGG 0.467494 7:+59542703 MsG0780039195.01.T01:CDS
TGTTTCTCTTGATTTGGAGA+AGG 0.468578 7:+59542637 MsG0780039195.01.T01:CDS
CTCGGTGCCATTTGCGAGCG+TGG 0.470198 7:-59541900 None:intergenic
TAAATCCTTATGGGTGTTGA+AGG 0.473920 7:+59542712 MsG0780039195.01.T01:CDS
ACGAGCCTTTGGGTTTATGA+TGG 0.478123 7:-59542145 None:intergenic
CGCATCCGTGGCTCTTGCCA+CGG 0.487374 7:+59542290 MsG0780039195.01.T01:intron
AAACTCTCTTGAAAGACCTC+TGG 0.488370 7:-59543001 None:intergenic
TCTAGTGCTGTTAGAGTTCG+TGG 0.492378 7:+59542898 MsG0780039195.01.T01:CDS
AGAAACCTCATTATAGTATG+TGG 0.493568 7:-59542477 None:intergenic
TTCTTCCACATACTATAATG+AGG 0.500662 7:+59542472 MsG0780039195.01.T01:CDS
GTTGCGTGGTGGCGGCTGTG+GGG 0.503151 7:-59542223 None:intergenic
CTGATTCTTTATAAAGATTG+CGG 0.507638 7:-59542562 None:intergenic
AGGCCGCCGCCTCGTTGTGA+CGG 0.514678 7:-59541928 None:intergenic
TTAGTTGTGGTATTTATGAG+AGG 0.517206 7:+59542852 MsG0780039195.01.T01:CDS
CTTTGTATCGTACTCTATAC+CGG 0.520400 7:+59542317 MsG0780039195.01.T01:intron
GTTGTTTACAATTCTAGAGA+TGG 0.529923 7:+59542929 MsG0780039195.01.T01:CDS
GCAATCCTTCAACACCCATA+AGG 0.534472 7:-59542717 None:intergenic
TCATATTGGTGGTTCTTCAG+AGG 0.538024 7:+59542757 MsG0780039195.01.T01:CDS
TTTCTCTTGATTTGGAGAAG+GGG 0.542303 7:+59542639 MsG0780039195.01.T01:CDS
GTTAGAGTTCGTGGGGAAGT+TGG 0.544212 7:+59542907 MsG0780039195.01.T01:CDS
CAACCGTCACAACGAGGCGG+CGG 0.548778 7:+59541925 MsG0780039195.01.T01:CDS
TTGTGTTAGAAATTCTCTGT+AGG 0.555380 7:+59542000 MsG0780039195.01.T01:CDS
TTGTGAAAATAGTCGAGAGA+GGG 0.555676 7:-59542190 None:intergenic
CACCTCCCATTAGAGGAACA+TGG 0.558668 7:-59542829 None:intergenic
CTAATGGGAGGTGTTAGTTG+TGG 0.561458 7:+59542839 MsG0780039195.01.T01:CDS
TCAAATCAATCAAAGATGCA+AGG 0.561813 7:+59541739 None:intergenic
TTCCATGTTCCTCTAATGGG+AGG 0.562959 7:+59542827 MsG0780039195.01.T01:CDS
TATGATGGAAGAAGAGATGG+TGG 0.565762 7:-59542130 None:intergenic
AATTGCGTGAGAGACTTGAC+TGG 0.566658 7:-59542026 None:intergenic
AATGGAAGAGTGGGAAGTGG+TGG 0.567352 7:-59541972 None:intergenic
CAAACTCATGTGCATACTAT+GGG 0.570872 7:+59542506 MsG0780039195.01.T01:CDS
TAGTTGTGGTATTTATGAGA+GGG 0.571893 7:+59542853 MsG0780039195.01.T01:CDS
ACAAGATTGAATGGAAGAGT+GGG 0.571976 7:-59541981 None:intergenic
TTTCCAGTGGAGGAGTTCAA+AGG 0.572167 7:-59541948 None:intergenic
CTAAACTACGATCGCATCCG+TGG 0.573574 7:+59542278 MsG0780039195.01.T01:intron
GTTTATGATGGAAGAAGAGA+TGG 0.586099 7:-59542133 None:intergenic
TCAAAGATGCAAGGCAGCCG+CGG 0.589375 7:+59541748 None:intergenic
GAAGAAGAGATGGTGGGACG+TGG 0.592107 7:-59542123 None:intergenic
CTAGTGCTGTTAGAGTTCGT+GGG 0.595511 7:+59542899 MsG0780039195.01.T01:CDS
TTGCGTAGAATTTCCAAAGA+GGG 0.596910 7:-59542386 None:intergenic
TGAAGAAGAACAACTGCACC+AGG 0.601755 7:+59541774 MsG0780039195.01.T01:CDS
TCATTCTAATGATACTTACA+AGG 0.602000 7:+59542439 MsG0780039195.01.T01:intron
TTCTTCCATCATAAACCCAA+AGG 0.607301 7:+59542140 MsG0780039195.01.T01:intron
CGCAATAGCACAATATGTAG+CGG 0.607311 7:+59542404 MsG0780039195.01.T01:intron
CTCGTTCGAGTACCTCGTCA+AGG 0.613919 7:+59542163 MsG0780039195.01.T01:intron
TTTGTGAAAATAGTCGAGAG+AGG 0.617818 7:-59542191 None:intergenic
TTGAATGGAAGAGTGGGAAG+TGG 0.619019 7:-59541975 None:intergenic
GTATGCCGTGGCAAGAGCCA+CGG 0.623553 7:-59542295 None:intergenic
GGTGCCATTTGCGAGCGTGG+CGG 0.626970 7:-59541897 None:intergenic
AAGTGGTGGATTTCCAGTGG+AGG 0.629229 7:-59541958 None:intergenic
GGGAAGTGGTGGATTTCCAG+TGG 0.631371 7:-59541961 None:intergenic
GATTCTTTATAAAGATTGCG+GGG 0.634301 7:-59542560 None:intergenic
AGGATAATCTAACTGTTGCG+TGG 0.645630 7:-59542237 None:intergenic
TAGTGCTGTTAGAGTTCGTG+GGG 0.655371 7:+59542900 MsG0780039195.01.T01:CDS
ATAATCTAACTGTTGCGTGG+TGG 0.659767 7:-59542234 None:intergenic
TTCTAATGATACTTACAAGG+TGG 0.662218 7:+59542442 MsG0780039195.01.T01:intron
AGATTCTACTATTAAGAACA+AGG 0.667622 7:-59543031 None:intergenic
ATGATGGAAGAAGAGATGGT+GGG 0.668588 7:-59542129 None:intergenic
AGAGAGGGCAAGCCTTGACG+AGG 0.675596 7:-59542175 None:intergenic
ATTGCGTAGAATTTCCAAAG+AGG 0.685938 7:-59542387 None:intergenic
GTACGATACAAAGTATGCCG+TGG 0.686247 7:-59542307 None:intergenic
GAACAACCGTCACAACGAGG+CGG 0.687587 7:+59541922 MsG0780039195.01.T01:CDS
CGGTGGTTGGATGATTCCAG+AGG 0.692581 7:+59542985 MsG0780039195.01.T01:CDS
CGAGAACAACCGTCACAACG+AGG 0.706645 7:+59541919 MsG0780039195.01.T01:CDS
GTTGTTCTTCTTCATCACCG+CGG 0.772260 7:-59541765 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! CTTAAAATTAAAAAACAACA+CGG + Chr7:59542965-59542984 MsG0780039195.01.T01:CDS 15.0%
!! ACAATACTTGAATAATCATA+TGG - Chr7:59542620-59542639 None:intergenic 20.0%
!!! CAATTTTGCAAATTTTCTAA+TGG - Chr7:59542366-59542385 None:intergenic 20.0%
! AAAATTAAAAAACAACACGG+TGG + Chr7:59542968-59542987 MsG0780039195.01.T01:CDS 25.0%
! AATGAAATCGAAGTAAACAA+AGG - Chr7:59541835-59541854 None:intergenic 25.0%
! ATGAAATCGAAGTAAACAAA+GGG - Chr7:59541834-59541853 None:intergenic 25.0%
! ATTCCACAAAATAATGTAAC+CGG - Chr7:59542339-59542358 None:intergenic 25.0%
! ATTTCTAACACAAGATTGAA+TGG - Chr7:59541993-59542012 None:intergenic 25.0%
! CTGATTCTTTATAAAGATTG+CGG - Chr7:59542565-59542584 None:intergenic 25.0%
! TCATTCTAATGATACTTACA+AGG + Chr7:59542439-59542458 MsG0780039195.01.T01:intron 25.0%
! TGATTCTTTATAAAGATTGC+GGG - Chr7:59542564-59542583 None:intergenic 25.0%
!! AAGTATTGTTTCTCTTGATT+TGG + Chr7:59542631-59542650 MsG0780039195.01.T01:CDS 25.0%
!! TTTGCAAATTTTCTAATGGA+AGG - Chr7:59542362-59542381 None:intergenic 25.0%
!!! GAATCAGGAAAATATTTTAG+CGG + Chr7:59542578-59542597 MsG0780039195.01.T01:CDS 25.0%
AGAAACCTCATTATAGTATG+TGG - Chr7:59542480-59542499 None:intergenic 30.0%
AGTATGGAAATAGAGATTCT+TGG + Chr7:59542795-59542814 MsG0780039195.01.T01:CDS 30.0%
ATACTTTCTTCTCATATTGG+TGG + Chr7:59542746-59542765 MsG0780039195.01.T01:CDS 30.0%
CGCAATCTTTATAAAGAATC+AGG + Chr7:59542563-59542582 MsG0780039195.01.T01:CDS 30.0%
GATTCTTTATAAAGATTGCG+GGG - Chr7:59542563-59542582 None:intergenic 30.0%
TAGTTGTGGTATTTATGAGA+GGG + Chr7:59542853-59542872 MsG0780039195.01.T01:CDS 30.0%
TGCATACTTTCTTCTCATAT+TGG + Chr7:59542743-59542762 MsG0780039195.01.T01:CDS 30.0%
TTAGTTGTGGTATTTATGAG+AGG + Chr7:59542852-59542871 MsG0780039195.01.T01:CDS 30.0%
TTCTAATGATACTTACAAGG+TGG + Chr7:59542442-59542461 MsG0780039195.01.T01:intron 30.0%
TTCTTCCACATACTATAATG+AGG + Chr7:59542472-59542491 MsG0780039195.01.T01:CDS 30.0%
TTGTGTTAGAAATTCTCTGT+AGG + Chr7:59542000-59542019 MsG0780039195.01.T01:CDS 30.0%
! ATACTATGGGTACCAATTTT+TGG + Chr7:59542519-59542538 MsG0780039195.01.T01:CDS 30.0%
! GTTGTTTACAATTCTAGAGA+TGG + Chr7:59542929-59542948 MsG0780039195.01.T01:CDS 30.0%
!! ATACCGGTTACATTATTTTG+TGG + Chr7:59542333-59542352 MsG0780039195.01.T01:intron 30.0%
!!! TGAAACACAAAAGTGCTTTT+TGG - Chr7:59542102-59542121 None:intergenic 30.0%
ACAAGATTGAATGGAAGAGT+GGG - Chr7:59541984-59542003 None:intergenic 35.0%
AGACAGTTTGGATTGCTAAA+AGG - Chr7:59542260-59542279 None:intergenic 35.0%
ATCGAAGTAAACAAAGGGAA+AGG - Chr7:59541829-59541848 None:intergenic 35.0%
ATGTGTTCCGTAAATCCTTA+TGG + Chr7:59542702-59542721 MsG0780039195.01.T01:CDS 35.0%
ATTGCGTAGAATTTCCAAAG+AGG - Chr7:59542390-59542409 None:intergenic 35.0%
ATTGTTCCATGTTCCTCTAA+TGG + Chr7:59542823-59542842 MsG0780039195.01.T01:CDS 35.0%
ATTTGCAAAATTGCCCTCTT+TGG + Chr7:59542373-59542392 MsG0780039195.01.T01:intron 35.0%
CAAACTCATGTGCATACTAT+GGG + Chr7:59542506-59542525 MsG0780039195.01.T01:CDS 35.0%
CTGAATCCTTCTCCAAAAAT+TGG - Chr7:59542534-59542553 None:intergenic 35.0%
CTTTGTATCGTACTCTATAC+CGG + Chr7:59542317-59542336 MsG0780039195.01.T01:intron 35.0%
TCAAATGTGTATGCAAATCC+TGG + Chr7:59542048-59542067 MsG0780039195.01.T01:intron 35.0%
TCAACACCCATAAGGATTTA+CGG - Chr7:59542712-59542731 None:intergenic 35.0%
TGTGTTCCGTAAATCCTTAT+GGG + Chr7:59542703-59542722 MsG0780039195.01.T01:CDS 35.0%
TTAAAAAACAACACGGTGGT+TGG + Chr7:59542972-59542991 MsG0780039195.01.T01:CDS 35.0%
TTCTTCCATCATAAACCCAA+AGG + Chr7:59542140-59542159 MsG0780039195.01.T01:intron 35.0%
TTGCGTAGAATTTCCAAAGA+GGG - Chr7:59542389-59542408 None:intergenic 35.0%
TTGTGAAAATAGTCGAGAGA+GGG - Chr7:59542193-59542212 None:intergenic 35.0%
TTGTTCCATGTTCCTCTAAT+GGG + Chr7:59542824-59542843 MsG0780039195.01.T01:CDS 35.0%
TTTGTGAAAATAGTCGAGAG+AGG - Chr7:59542194-59542213 None:intergenic 35.0%
! GTTTATGATGGAAGAAGAGA+TGG - Chr7:59542136-59542155 None:intergenic 35.0%
!! AAAGTGCTTTTTGGCGAATT+TGG - Chr7:59542093-59542112 None:intergenic 35.0%
!! AAGTGCTTTTTGGCGAATTT+GGG - Chr7:59542092-59542111 None:intergenic 35.0%
!! ATTTTAGCGGCACTCTTAAT+TGG + Chr7:59542591-59542610 MsG0780039195.01.T01:CDS 35.0%
!! GTTTCTCTTGATTTGGAGAA+GGG + Chr7:59542638-59542657 MsG0780039195.01.T01:CDS 35.0%
!! TAAATCCTTATGGGTGTTGA+AGG + Chr7:59542712-59542731 MsG0780039195.01.T01:CDS 35.0%
!! TGTTTCTCTTGATTTGGAGA+AGG + Chr7:59542637-59542656 MsG0780039195.01.T01:CDS 35.0%
!! TTTCTCTTGATTTGGAGAAG+GGG + Chr7:59542639-59542658 MsG0780039195.01.T01:CDS 35.0%
AAACTCTCTTGAAAGACCTC+TGG - Chr7:59543004-59543023 None:intergenic 40.0%
ACATACGTCGATCCATAATC+AGG - Chr7:59542686-59542705 None:intergenic 40.0%
AGGATAATCTAACTGTTGCG+TGG - Chr7:59542240-59542259 None:intergenic 40.0%
ATAATCTAACTGTTGCGTGG+TGG - Chr7:59542237-59542256 None:intergenic 40.0%
ATCGGAGATGAAAGATTTCC+AGG - Chr7:59542069-59542088 None:intergenic 40.0%
CACAAGATTGAATGGAAGAG+TGG - Chr7:59541985-59542004 None:intergenic 40.0%
CCAAACTCATGTGCATACTA+TGG + Chr7:59542505-59542524 MsG0780039195.01.T01:CDS 40.0%
CCATAGTATGCACATGAGTT+TGG - Chr7:59542508-59542527 None:intergenic 40.0%
CGATCGTAGTTTAGACAGTT+TGG - Chr7:59542272-59542291 None:intergenic 40.0%
CGCAATAGCACAATATGTAG+CGG + Chr7:59542404-59542423 MsG0780039195.01.T01:intron 40.0%
TAAAAACTCACAGACTGACC+TGG - Chr7:59541795-59541814 None:intergenic 40.0%
! AGGTCAGTCTGTGAGTTTTT+AGG + Chr7:59541794-59541813 MsG0780039195.01.T01:intron 40.0%
! ATGATGGAAGAAGAGATGGT+GGG - Chr7:59542132-59542151 None:intergenic 40.0%
! GGTCAGTCTGTGAGTTTTTA+GGG + Chr7:59541795-59541814 MsG0780039195.01.T01:intron 40.0%
! GTTTGGCTTATGAAGGAGTA+TGG + Chr7:59542779-59542798 MsG0780039195.01.T01:CDS 40.0%
! TATGATGGAAGAAGAGATGG+TGG - Chr7:59542133-59542152 None:intergenic 40.0%
! TCATATTGGTGGTTCTTCAG+AGG + Chr7:59542757-59542776 MsG0780039195.01.T01:CDS 40.0%
! TTCAGAGGTTTGGCTTATGA+AGG + Chr7:59542772-59542791 MsG0780039195.01.T01:CDS 40.0%
!! CTTTTTGGCGAATTTGGGAT+CGG - Chr7:59542087-59542106 None:intergenic 40.0%
!! TGGGTACCAATTTTTGGAGA+AGG + Chr7:59542525-59542544 MsG0780039195.01.T01:CDS 40.0%
AATTGCGTGAGAGACTTGAC+TGG - Chr7:59542029-59542048 None:intergenic 45.0%
AGCACAATATGTAGCGGCTT+TGG + Chr7:59542410-59542429 MsG0780039195.01.T01:intron 45.0%
CAACTAACACCTCCCATTAG+AGG - Chr7:59542839-59542858 None:intergenic 45.0%
CATTCATATGTATGCCCTGC+AGG + Chr7:59541863-59541882 MsG0780039195.01.T01:intron 45.0%
GAGCTATTGCTGCCTGATTA+TGG + Chr7:59542671-59542690 MsG0780039195.01.T01:CDS 45.0%
GCAATCCTTCAACACCCATA+AGG - Chr7:59542720-59542739 None:intergenic 45.0%
GTACGATACAAAGTATGCCG+TGG - Chr7:59542310-59542329 None:intergenic 45.0%
GTTGTTCTTCTTCATCACCG+CGG - Chr7:59541768-59541787 None:intergenic 45.0%
TGAAGAAGAACAACTGCACC+AGG + Chr7:59541774-59541793 MsG0780039195.01.T01:CDS 45.0%
TTCCATGTTCCTCTAATGGG+AGG + Chr7:59542827-59542846 MsG0780039195.01.T01:CDS 45.0%
TTGAATGGAAGAGTGGGAAG+TGG - Chr7:59541978-59541997 None:intergenic 45.0%
TTTCCAGTGGAGGAGTTCAA+AGG - Chr7:59541951-59541970 None:intergenic 45.0%
! ACGAGCCTTTGGGTTTATGA+TGG - Chr7:59542148-59542167 None:intergenic 45.0%
! CTAGTGCTGTTAGAGTTCGT+GGG + Chr7:59542899-59542918 MsG0780039195.01.T01:CDS 45.0%
! TAGTGCTGTTAGAGTTCGTG+GGG + Chr7:59542900-59542919 MsG0780039195.01.T01:CDS 45.0%
! TCTAGTGCTGTTAGAGTTCG+TGG + Chr7:59542898-59542917 MsG0780039195.01.T01:CDS 45.0%
! TTGGTGGTTCTTCAGAGGTT+TGG + Chr7:59542762-59542781 MsG0780039195.01.T01:CDS 45.0%
!! CTAATGGGAGGTGTTAGTTG+TGG + Chr7:59542839-59542858 MsG0780039195.01.T01:CDS 45.0%
AATGGAAGAGTGGGAAGTGG+TGG - Chr7:59541975-59541994 None:intergenic 50.0%
AGGTACTCGAACGAGCCTTT+GGG - Chr7:59542158-59542177 None:intergenic 50.0%
ATCTAACTGTTGCGTGGTGG+CGG - Chr7:59542234-59542253 None:intergenic 50.0%
CACCTCCCATTAGAGGAACA+TGG - Chr7:59542832-59542851 None:intergenic 50.0%
CTAAACTACGATCGCATCCG+TGG + Chr7:59542278-59542297 MsG0780039195.01.T01:intron 50.0%
CTCGTTGTGACGGTTGTTCT+CGG - Chr7:59541921-59541940 None:intergenic 50.0%
GTTAGAGTTCGTGGGGAAGT+TGG + Chr7:59542907-59542926 MsG0780039195.01.T01:CDS 50.0%
TCATATGTATGCCCTGCAGG+AGG + Chr7:59541866-59541885 MsG0780039195.01.T01:intron 50.0%
!! AAGTGGTGGATTTCCAGTGG+AGG - Chr7:59541961-59541980 None:intergenic 50.0%
CGAGAACAACCGTCACAACG+AGG + Chr7:59541919-59541938 MsG0780039195.01.T01:CDS 55.0%
CGGTGGTTGGATGATTCCAG+AGG + Chr7:59542985-59543004 MsG0780039195.01.T01:CDS 55.0%
CTCGTTCGAGTACCTCGTCA+AGG + Chr7:59542163-59542182 MsG0780039195.01.T01:intron 55.0%
GAACAACCGTCACAACGAGG+CGG + Chr7:59541922-59541941 MsG0780039195.01.T01:CDS 55.0%
! GAGGTACTCGAACGAGCCTT+TGG - Chr7:59542159-59542178 None:intergenic 55.0%
!! GAAGAAGAGATGGTGGGACG+TGG - Chr7:59542126-59542145 None:intergenic 55.0%
!! GGGAAGTGGTGGATTTCCAG+TGG - Chr7:59541964-59541983 None:intergenic 55.0%
AGAGAGGGCAAGCCTTGACG+AGG - Chr7:59542178-59542197 None:intergenic 60.0%
CGGCCTTTGAACTCCTCCAC+TGG + Chr7:59541945-59541964 MsG0780039195.01.T01:CDS 60.0%
CGGGAAGCTAACCTCCTGCA+GGG - Chr7:59541880-59541899 None:intergenic 60.0%
GTATGCCGTGGCAAGAGCCA+CGG - Chr7:59542298-59542317 None:intergenic 60.0%
CAACCGTCACAACGAGGCGG+CGG + Chr7:59541925-59541944 MsG0780039195.01.T01:CDS 65.0%
CGCATCCGTGGCTCTTGCCA+CGG + Chr7:59542290-59542309 MsG0780039195.01.T01:intron 65.0%
CTTCCCGCCACGCTCGCAAA+TGG + Chr7:59541893-59541912 MsG0780039195.01.T01:CDS 65.0%
GCGGGAAGCTAACCTCCTGC+AGG - Chr7:59541881-59541900 None:intergenic 65.0%
!! CTCGGTGCCATTTGCGAGCG+TGG - Chr7:59541903-59541922 None:intergenic 65.0%
!! GGTGCCATTTGCGAGCGTGG+CGG - Chr7:59541900-59541919 None:intergenic 65.0%
!! GTGCCATTTGCGAGCGTGGC+GGG - Chr7:59541899-59541918 None:intergenic 65.0%
!! TGTTGCGTGGTGGCGGCTGT+GGG - Chr7:59542227-59542246 None:intergenic 65.0%
AGGCCGCCGCCTCGTTGTGA+CGG - Chr7:59541931-59541950 None:intergenic 70.0%
!! CTGTTGCGTGGTGGCGGCTG+TGG - Chr7:59542228-59542247 None:intergenic 70.0%
!! GTTGCGTGGTGGCGGCTGTG+GGG - Chr7:59542226-59542245 None:intergenic 70.0%
!! TTGCGTGGTGGCGGCTGTGG+GGG - Chr7:59542225-59542244 None:intergenic 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 59541754 59543042 59541754 ID=MsG0780039195.01;Name=MsG0780039195.01
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Chr7 exon 59542461 59543042 59542461 ID=MsG0780039195.01.T01:exon:15959;Parent=MsG0780039195.01.T01
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