AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038374.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 89 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 206 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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GGAATGTCTTTCTGTGTTAA+TGG 0.235595 7:-45394543 MsG0780038374.01.T01:CDS
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TTGCTAACTTTGATAATTGA+TGG 0.423367 7:-45394893 MsG0780038374.01.T01:CDS
TCCACTGATGGAGAAAGAAT+TGG 0.426009 7:+45394563 None:intergenic
TCAATTATAATTAGGTATAG+AGG 0.436671 7:-45392336 MsG0780038374.01.T01:intron
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ATTTGAATAATAGTATCAAT+TGG 0.440171 7:-45394718 MsG0780038374.01.T01:CDS
CTCGGTTGTTCTTTCACCAA+CGG 0.445213 7:-45395073 MsG0780038374.01.T01:CDS
CGCAGTCCTTGTAATTGAAT+CGG 0.456056 7:+45395134 None:intergenic
TCTTGTAGCAAAAGAGAAAT+GGG 0.461210 7:+45395208 None:intergenic
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AATGGATTGGTCTGCTTGCT+CGG 0.471700 7:-45395091 MsG0780038374.01.T01:CDS
TGTTAGTTCATGTAATGGAT+TGG 0.474961 7:-45395104 MsG0780038374.01.T01:CDS
GAACTTGCAAACTTCACGAT+GGG 0.479668 7:+45394958 None:intergenic
GAATAATAGTATCAATTGGT+TGG 0.487411 7:-45394714 MsG0780038374.01.T01:CDS
GAACTCGATGATAACTTCGT+TGG 0.492247 7:+45395411 None:intergenic
TCCAATTGTAAAGAATTGCT+TGG 0.493304 7:+45394321 None:intergenic
GAAGTTTGCAAGTTCGCGCT+TGG 0.493403 7:-45394950 MsG0780038374.01.T01:CDS
ATAATAATAATGTTAATGCT+TGG 0.494661 7:-45394811 MsG0780038374.01.T01:CDS
GCCGGTGGATCCACAGCACT+GGG 0.497252 7:+45395451 None:intergenic
GTATAGAAGCAGAGGCGTAT+AGG 0.504673 7:-45392430 MsG0780038374.01.T01:intron
CAGATTTAGTCCTTGTGGCA+GGG 0.504966 7:+45395017 None:intergenic
CTACTACCGATTCAATTACA+AGG 0.506076 7:-45395140 MsG0780038374.01.T01:CDS
TGCTGTGGATCCACCGGCAG+AGG 0.507679 7:-45395446 MsG0780038374.01.T01:CDS
GGGTACAGCTCTACAATCTC+CGG 0.511831 7:+45395228 None:intergenic
TCCAATTCTTTCTCCATCAG+TGG 0.515018 7:-45394564 MsG0780038374.01.T01:CDS
GCCCAGTGCTGTGGATCCAC+CGG 0.516242 7:-45395452 MsG0780038374.01.T01:CDS
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AAATTCAAACAAGTAAATCA+TGG 0.524488 7:+45394187 None:intergenic
TAATTGAATCGGTAGTAGTA+AGG 0.531371 7:+45395145 None:intergenic
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TCATCTTCCGCCCAGTGCTG+TGG 0.533362 7:-45395461 MsG0780038374.01.T01:CDS
GACAATAACATATTGTTCAA+AGG 0.538896 7:+45394661 None:intergenic
GATATTGGTTCTGCATCTGT+TGG 0.551800 7:-45392452 MsG0780038374.01.T01:CDS
GATGGCAACCTTAGAGCTGT+AGG 0.557212 7:-45394875 MsG0780038374.01.T01:CDS
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CRISPR-GE

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!! ATTTGAATAATAGTATCAAT+TGG - Chr7:45393053-45393072 MsG0780038374.01.T01:intron 15.0%
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!!! TTATTTTCAATTTAAAGTCA+TGG - Chr7:45393693-45393712 MsG0780038374.01.T01:intron 15.0%
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!!! TAGTTGTTATTTTGTTGTTA+TGG + Chr7:45395123-45395142 None:intergenic 20.0%
! AATGCAACTTTATAGAGTAA+TGG + Chr7:45394080-45394099 None:intergenic 25.0%
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! CCATTTCATTATATGGAAAA+TGG - Chr7:45393285-45393304 MsG0780038374.01.T01:intron 25.0%
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!! TGGTATTGAACTATTAATTG+TGG + Chr7:45394461-45394480 None:intergenic 25.0%
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!!! TTTTTGAGCTTTTATGTGTA+TGG - Chr7:45393776-45393795 MsG0780038374.01.T01:intron 25.0%
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!! TGTTAGTTCATGTAATGGAT+TGG - Chr7:45392667-45392686 MsG0780038374.01.T01:intron 30.0%
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ATAAAGGGGTTGGAATTAGA+AGG - Chr7:45395080-45395099 MsG0780038374.01.T01:CDS 35.0%
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GGAATGTCTTTCTGTGTTAA+TGG - Chr7:45393228-45393247 MsG0780038374.01.T01:intron 35.0%
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TGAGCATAACAAAAACGATG+TGG + Chr7:45393019-45393038 None:intergenic 35.0%
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! CTTTTACGTTTATGGTGCTT+TGG - Chr7:45393893-45393912 MsG0780038374.01.T01:intron 35.0%
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!! CTACTACCGATTCAATTACA+AGG - Chr7:45392631-45392650 MsG0780038374.01.T01:intron 35.0%
!! TGCTTTTGGGAAGGAATAAA+GGG - Chr7:45395065-45395084 MsG0780038374.01.T01:CDS 35.0%
!! TTGAGAACTTGCTCTCTTTT+TGG - Chr7:45392729-45392748 MsG0780038374.01.T01:intron 35.0%
!!! GTGCTTTATTTTGCTACTGT+GGG + Chr7:45395382-45395401 None:intergenic 35.0%
!!! TGTGCTTTATTTTGCTACTG+TGG + Chr7:45395383-45395402 None:intergenic 35.0%
AAAGCCCCAATAGAATTACG+TGG - Chr7:45393497-45393516 MsG0780038374.01.T01:intron 40.0%
AACACCAACCTAGTTTCCAA+AGG - Chr7:45395235-45395254 MsG0780038374.01.T01:CDS 40.0%
AACTTGCAAACTTCACGATG+GGG + Chr7:45392815-45392834 None:intergenic 40.0%
ACAGAAAGACATTCCACTGA+TGG + Chr7:45393223-45393242 None:intergenic 40.0%
ACTCGATGATAACTTCGTTG+GGG + Chr7:45392361-45392380 None:intergenic 40.0%
AGGGATCCAAAAATTCTCCT+AGG + Chr7:45394796-45394815 None:intergenic 40.0%
ATCTGTTGGTATAGAAGCAG+AGG - Chr7:45395333-45395352 MsG0780038374.01.T01:CDS 40.0%
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CAAAGTGAAAACTCTTGCAG+CGG + Chr7:45392927-45392946 None:intergenic 40.0%
CCTTCACAAAATGGCTAAGA+TGG - Chr7:45394980-45394999 MsG0780038374.01.T01:CDS 40.0%
CGATTCAATTACAAGGACTG+CGG - Chr7:45392638-45392657 MsG0780038374.01.T01:intron 40.0%
CGCAGTCCTTGTAATTGAAT+CGG + Chr7:45392640-45392659 None:intergenic 40.0%
CTATTTGCACTCTACAACCT+TGG + Chr7:45394154-45394173 None:intergenic 40.0%
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GAAGATTGGATCAGAGATGA+TGG + Chr7:45392447-45392466 None:intergenic 40.0%
GATTGAGAACTTCTAATCGG+TGG + Chr7:45394359-45394378 None:intergenic 40.0%
GCAACAGCGTGTTTATATAG+CGG + Chr7:45394932-45394951 None:intergenic 40.0%
GTGCTCCACGTAATTCTATT+GGG + Chr7:45393505-45393524 None:intergenic 40.0%
TACACAAAGAGGCGATCATA+TGG + Chr7:45394837-45394856 None:intergenic 40.0%
TCCAATTCTTTCTCCATCAG+TGG - Chr7:45393207-45393226 MsG0780038374.01.T01:intron 40.0%
TCCACTGATGGAGAAAGAAT+TGG + Chr7:45393211-45393230 None:intergenic 40.0%
TCTGACAAGTCTGAAGATTC+CGG - Chr7:45392524-45392543 MsG0780038374.01.T01:intron 40.0%
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TTCAACTGACACATTCAAGG+TGG - Chr7:45392853-45392872 MsG0780038374.01.T01:intron 40.0%
TTCCCTAAACTTCGACCTAA+TGG - Chr7:45393934-45393953 MsG0780038374.01.T01:intron 40.0%
! AAAGCAGTGTTGTTAAGTGG+AGG + Chr7:45395051-45395070 None:intergenic 40.0%
! AGTTCCAAAGATGCTCTAAG+TGG - Chr7:45395459-45395478 MsG0780038374.01.T01:CDS 40.0%
! CCAAAAGCAGTGTTGTTAAG+TGG + Chr7:45395054-45395073 None:intergenic 40.0%
! CCACTTAACAACACTGCTTT+TGG - Chr7:45395051-45395070 MsG0780038374.01.T01:CDS 40.0%
! CTGCAAGAGTTTTCACTTTG+GGG - Chr7:45392927-45392946 MsG0780038374.01.T01:intron 40.0%
! GCTGCAAGAGTTTTCACTTT+GGG - Chr7:45392926-45392945 MsG0780038374.01.T01:intron 40.0%
! GGTACTAGAATGTTGGTAAG+TGG - Chr7:45394178-45394197 MsG0780038374.01.T01:CDS 40.0%
! TGCAAGAGTTTTCACTTTGG+GGG - Chr7:45392928-45392947 MsG0780038374.01.T01:intron 40.0%
!! ACTTGATGGACTACACAAAG+AGG + Chr7:45394848-45394867 None:intergenic 40.0%
!! AGATGCATTTTGGCGAAGAT+TGG + Chr7:45392461-45392480 None:intergenic 40.0%
!! CCATCTTAGCCATTTTGTGA+AGG + Chr7:45394983-45395002 None:intergenic 40.0%
!! CTGCTTTTGGGAAGGAATAA+AGG - Chr7:45395064-45395083 MsG0780038374.01.T01:CDS 40.0%
!! GATATTGGTTCTGCATCTGT+TGG - Chr7:45395319-45395338 MsG0780038374.01.T01:CDS 40.0%
!! GCTTTTGGGAAGGAATAAAG+GGG - Chr7:45395066-45395085 MsG0780038374.01.T01:CDS 40.0%
!! TAACAACACTGCTTTTGGGA+AGG - Chr7:45395056-45395075 MsG0780038374.01.T01:CDS 40.0%
!!! GTTGGTGTTGCCTTTTCATT+TGG + Chr7:45395224-45395243 None:intergenic 40.0%
ACTTGCAAACTTCACGATGG+GGG + Chr7:45392814-45392833 None:intergenic 45.0%
AGAAAGCTAACGAAGACTGG+TGG - Chr7:45394696-45394715 MsG0780038374.01.T01:CDS 45.0%
AGTATATGATGCCACCATGG+TGG - Chr7:45394952-45394971 MsG0780038374.01.T01:CDS 45.0%
ATGGCAACCTTAGAGCTGTA+GGG - Chr7:45392897-45392916 MsG0780038374.01.T01:intron 45.0%
CAGATTTAGTCCTTGTGGCA+GGG + Chr7:45392757-45392776 None:intergenic 45.0%
CATAGTAAAGTGGAGAGGCT+GGG + Chr7:45393984-45394003 None:intergenic 45.0%
CCATGTTCAGACAGACACAA+TGG + Chr7:45393397-45393416 None:intergenic 45.0%
CCATTGTGTCTGTCTGAACA+TGG - Chr7:45393394-45393413 MsG0780038374.01.T01:intron 45.0%
CGAACTTGCAAACTTCACGA+TGG + Chr7:45392817-45392836 None:intergenic 45.0%
CTCGGTTGTTCTTTCACCAA+CGG - Chr7:45392698-45392717 MsG0780038374.01.T01:intron 45.0%
CTTCAACAGGTTGCATCCTT+TGG + Chr7:45395254-45395273 None:intergenic 45.0%
GGCCATTAGGTCGAAGTTTA+GGG + Chr7:45393939-45393958 None:intergenic 45.0%
GTATATGATGCCACCATGGT+GGG - Chr7:45394953-45394972 MsG0780038374.01.T01:CDS 45.0%
GTTCTCAACATAGTGACCGT+TGG + Chr7:45392717-45392736 None:intergenic 45.0%
TCAGATTTAGTCCTTGTGGC+AGG + Chr7:45392758-45392777 None:intergenic 45.0%
TGCAGTATATGATGCCACCA+TGG - Chr7:45394949-45394968 MsG0780038374.01.T01:CDS 45.0%
TGGCCATTAGGTCGAAGTTT+AGG + Chr7:45393940-45393959 None:intergenic 45.0%
TTGGGAAGGAATAAAGGGGT+TGG - Chr7:45395070-45395089 MsG0780038374.01.T01:CDS 45.0%
! ATCAGAGATGATGGTGTTCC+AGG + Chr7:45392438-45392457 None:intergenic 45.0%
! CATGCCACTATAGCGTTTTG+GGG - Chr7:45393958-45393977 MsG0780038374.01.T01:intron 45.0%
! CCATGCCACTATAGCGTTTT+GGG - Chr7:45393957-45393976 MsG0780038374.01.T01:intron 45.0%
! CGCTGCAAGAGTTTTCACTT+TGG - Chr7:45392925-45392944 MsG0780038374.01.T01:intron 45.0%
! GCAAGAGTTTTCACTTTGGG+GGG - Chr7:45392929-45392948 MsG0780038374.01.T01:intron 45.0%
! GCATCCTTTGGAAACTAGGT+TGG + Chr7:45395242-45395261 None:intergenic 45.0%
! GGTTGCATCCTTTGGAAACT+AGG + Chr7:45395246-45395265 None:intergenic 45.0%
! GTATAGAAGCAGAGGCGTAT+AGG - Chr7:45395341-45395360 MsG0780038374.01.T01:CDS 45.0%
! GTGTTGTTAAGTGGAGGTCA+TGG + Chr7:45395045-45395064 None:intergenic 45.0%
!! AATGGATTGGTCTGCTTGCT+CGG - Chr7:45392680-45392699 MsG0780038374.01.T01:intron 45.0%
!! CTTTGAAGCAGTGTTGTCGA+TGG - Chr7:45394882-45394901 MsG0780038374.01.T01:CDS 45.0%
AATTACGTGGAGCACAGCCA+AGG - Chr7:45393510-45393529 MsG0780038374.01.T01:intron 50.0%
CAAGCTCTCAGCATATGCCT+TGG + Chr7:45393530-45393549 None:intergenic 50.0%
CCCAAAACGCTATAGTGGCA+TGG + Chr7:45393960-45393979 None:intergenic 50.0%
CGATGATAACTTCGTTGGGG+AGG + Chr7:45392358-45392377 None:intergenic 50.0%
GAAGTTTGCAAGTTCGCGCT+TGG - Chr7:45392821-45392840 MsG0780038374.01.T01:intron 50.0%
GATGGCAACCTTAGAGCTGT+AGG - Chr7:45392896-45392915 MsG0780038374.01.T01:intron 50.0%
GCATAGTAAAGTGGAGAGGC+TGG + Chr7:45393985-45394004 None:intergenic 50.0%
GCTATAGTGGCATGGCCATT+AGG + Chr7:45393952-45393971 None:intergenic 50.0%
GGGTACAGCTCTACAATCTC+CGG + Chr7:45392546-45392565 None:intergenic 50.0%
GTCAACGGCGCATAGTAAAG+TGG + Chr7:45393994-45394013 None:intergenic 50.0%
GTGGGCATCCCTTCACAAAA+TGG - Chr7:45394971-45394990 MsG0780038374.01.T01:CDS 50.0%
TCAGAGAGAAGAGCGAGATG+TGG + Chr7:45392509-45392528 None:intergenic 50.0%
TGAAGCAGTGTTGTCGATGG+CGG - Chr7:45394885-45394904 MsG0780038374.01.T01:CDS 50.0%
TGAAGTGCGTGTGTAAGTCC+TGG - Chr7:45392417-45392436 MsG0780038374.01.T01:intron 50.0%
! GACGCCACTTAGAGCATCTT+TGG + Chr7:45395466-45395485 None:intergenic 50.0%
! GCCATGCCACTATAGCGTTT+TGG - Chr7:45393956-45393975 MsG0780038374.01.T01:intron 50.0%
!! TCGATGGCGGAATATGCAGA+TGG - Chr7:45394898-45394917 MsG0780038374.01.T01:CDS 50.0%
!!! CTTTTTGGAACCCTGCCACA+AGG - Chr7:45392744-45392763 MsG0780038374.01.T01:intron 50.0%
AGGAAGATTACCTCTGCCGG+TGG + Chr7:45392338-45392357 None:intergenic 55.0%
ATGGTACCGCCATGGCAGAA+TGG + Chr7:45395026-45395045 None:intergenic 55.0%
CGATGTGGGACAACTACGAC+AGG + Chr7:45393004-45393023 None:intergenic 55.0%
CGGCGCATAGTAAAGTGGAG+AGG + Chr7:45393989-45394008 None:intergenic 55.0%
CGGTTCTCCCTACAGCTCTA+AGG + Chr7:45392907-45392926 None:intergenic 55.0%
GGGAGGAAGATTACCTCTGC+CGG + Chr7:45392341-45392360 None:intergenic 55.0%
TGGGCCCCAAAACGCTATAG+TGG + Chr7:45393965-45393984 None:intergenic 55.0%
TTGTGAAGGGATGCCCACCA+TGG + Chr7:45394969-45394988 None:intergenic 55.0%
!! GGGGGCGCTTCAAATAAGAG+TGG + Chr7:45392796-45392815 None:intergenic 55.0%
ACCGCCATGGCAGAATGGCA+TGG + Chr7:45395021-45395040 None:intergenic 60.0%
CACTGGGCGGAAGATGAGGA+AGG + Chr7:45392307-45392326 None:intergenic 60.0%
GCCATGCCATTCTGCCATGG+CGG - Chr7:45395017-45395036 MsG0780038374.01.T01:CDS 60.0%
GCCATGGCAGAATGGCATGG+CGG + Chr7:45395018-45395037 None:intergenic 60.0%
TCATCTTCCGCCCAGTGCTG+TGG - Chr7:45392310-45392329 MsG0780038374.01.T01:CDS 60.0%
TCCGCCATGCCATTCTGCCA+TGG - Chr7:45395014-45395033 MsG0780038374.01.T01:CDS 60.0%
TGAAGGGATGCCCACCATGG+TGG + Chr7:45394966-45394985 None:intergenic 60.0%
TGGAGGTCATGGTACCGCCA+TGG + Chr7:45395034-45395053 None:intergenic 60.0%
! ACAGCACTGGGCGGAAGATG+AGG + Chr7:45392311-45392330 None:intergenic 60.0%
GCCCAGTGCTGTGGATCCAC+CGG - Chr7:45392319-45392338 MsG0780038374.01.T01:CDS 65.0%
GCCGGTGGATCCACAGCACT+GGG + Chr7:45392323-45392342 None:intergenic 65.0%
TGCCGGTGGATCCACAGCAC+TGG + Chr7:45392324-45392343 None:intergenic 65.0%
TGCTGTGGATCCACCGGCAG+AGG - Chr7:45392325-45392344 MsG0780038374.01.T01:CDS 65.0%
! GGTGGATCCACAGCACTGGG+CGG + Chr7:45392320-45392339 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 45392296 45395497 45392296 ID=MsG0780038374.01;Name=MsG0780038374.01
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Chr7 exon 45394162 45395497 45394162 ID=MsG0780038374.01.T01:exon:4163;Parent=MsG0780038374.01.T01
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Chr7 exon 45392296 45392344 45392296 ID=MsG0780038374.01.T01:exon:4161;Parent=MsG0780038374.01.T01
Chr7 CDS 45394162 45395497 45394162 ID=MsG0780038374.01.T01:cds;Parent=MsG0780038374.01.T01
Chr7 CDS 45392431 45392482 45392431 ID=MsG0780038374.01.T01:cds;Parent=MsG0780038374.01.T01
Chr7 CDS 45392296 45392344 45392296 ID=MsG0780038374.01.T01:cds;Parent=MsG0780038374.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780038374.01.T01

ATGAATATCCTTCCTCATCTTCCGCCCAGTGCTGTGGATCCACCGGCAGAGGTAATCTTCCTCCCCAACGAAGTTATCATCGAGTTCCTAACGTTTCTTGAAGTGAAAGATCTGATGCGCATGAAGTGCGTGTGTAAGTCCTGGAACACCATCATCTCTGATCCAATCTTCGCCAAAATGCATCTTAAGAAGAAGAAGCGAAAAAGGATACCACATCTCGCTCTTCTCTCTGACAAGTCTGAAGATTCCGGAGATTGTAGAGCTGTACCCATTTCTCTTTTGCTACAAGAGATGAATAAGTCTTCGTCGAACCTTACTCATGATGATCTTCCTTACTACTACCGATTCAATTACAAGGACTGCGGTGATATTGTTAGTTCATGTAATGGATTGGTCTGCTTGCTCGGTTGTTCTTTCACCAACGGTCACTATGTTGAGAACTTGCTCTCTTTTTGGAACCCTGCCACAAGGACTAAATCTGATACATTAGTGTTCTTCCACTCTTATTTGAAGCGCCCCCATCGTGAAGTTTGCAAGTTCGCGCTTGGTTATGATAATTCAACTGACACATTCAAGGTGGTGTTGCTAACTTTGATAATTGATGGCAACCTTAGAGCTGTAGGGAGAACCGCTGCAAGAGTTTTCACTTTGGGGGGCGATAATAATAATAATAATGTTAATGCTTGGAGAGTTATTCAATATTTTCCTGTCGTAGTTGTCCCACATCGTTTTTGTTATGCTCAATGCGATACTGTTTATTTGAATAATAGTATCAATTGGTTGGTCTGTCACTGCAAGAAGAAGAAGAATCTTACCTTTGAACAATATGTTATTGTCTCGCTTGATTTGAAGACAGAGACATATGCACAGTTCTTGCTCCCTCGATCTTGTAATAAAGAGCTACTTACTCGTCCAATTCTTTCTCCATCAGTGGAATGTCTTTCTGTGTTAATGGATTGCATGTGTTTTTGTTATGATTTCAAGAAAACCCATTTCATTATATGGAAAATGGACGAATTTGGAGTTGAAAACTCTTGGACTCAATTCCTTAAAATTAGTTATATGAATCTTCAAATAGACCGTCTTCCTCAATTGATTCCATTGTGTCTGTCTGAACATGGTGATACAATCATATTTTCAATCAATCAAGCAAACCAAGCAATTCTTTACAATTGGAGAGATAGCAGAGTAAAGAGAATTAAAAGCCCCAATAGAATTACGTGGAGCACAGCCAAGGCATATGCTGAGAGCTTGATATCGACAGACTTGTTGAAAGTAAGTCCCTGTTCCATGATTTACTTGTTTGAATTTGAGTTAAATCGTGTCCGTGTACAATACTGTGATGATATTGGTTCTGCATCTGTTGGTATAGAAGCAGAGGCGTATAGGTATAGAGGTAGTTCCAAAGATGCTCTAAGTGGCGTCAGAATCAAGAAT
Protein sequence

>MsG0780038374.01.T01

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