AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038624.01

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CCATTGTATATTTCTGAGAA+TGG 0.419703 7:-50078374 MsG0780038624.01.T01:CDS
CTACGGAGTATAAGAAAGTC+TGG 0.428293 7:-50078967 MsG0780038624.01.T01:CDS
CAAATTTGCGGGGTTGAAGA+TGG 0.432902 7:-50078725 MsG0780038624.01.T01:CDS
AATTGTGGTGGCTAAATTTG+AGG 0.452894 7:+50078444 None:intergenic
CAAGCATATCAATCCATTGC+AGG 0.456670 7:+50079012 None:intergenic
TTGAAACAACCTTTATCAAA+CGG 0.459453 7:+50079077 None:intergenic
ACATTCCCTCTTCAAATTTG+CGG 0.459763 7:-50078737 MsG0780038624.01.T01:CDS
CTTTGACTGTAAGGCGGGAT+AGG 0.461002 7:+50079275 None:intergenic
CAAAGGTTATGTCGAAAGCT+TGG 0.464842 7:-50078240 MsG0780038624.01.T01:CDS
CAATTTCAATGGAACCGACT+TGG 0.466665 7:-50078516 MsG0780038624.01.T01:CDS
AATTTGGAGATGAAAGGTCT+TGG 0.470205 7:-50078475 MsG0780038624.01.T01:CDS
TATGAGAAATATCATTCAAA+TGG 0.474884 7:-50078668 MsG0780038624.01.T01:CDS
AAAGTTACTGGTTCCTGCAA+TGG 0.478793 7:-50079025 MsG0780038624.01.T01:CDS
CATAATTCATTGGAAAATTG+TGG 0.479248 7:+50078429 None:intergenic
AACTGAAATTTATAAGGTGG+TGG 0.480490 7:-50078837 MsG0780038624.01.T01:CDS
GCATCAGATCTTTGACTGTA+AGG 0.483186 7:+50079266 None:intergenic
GGAAGACTTGGTGGCAGAGA+TGG 0.486976 7:+50079319 None:intergenic
GTAAGTTCTTCGGGAAGACT+TGG 0.495355 7:+50079307 None:intergenic
ACTTGGTGGCAGAGATGGAT+CGG 0.505735 7:+50079324 None:intergenic
ATAAGTTGGTTCTCAATCAA+AGG 0.514971 7:-50078257 MsG0780038624.01.T01:CDS
TATAACCGAAGAACTAAGAA+AGG 0.518612 7:-50078305 MsG0780038624.01.T01:CDS
CAGATCTTTGACTGTAAGGC+GGG 0.520111 7:+50079270 None:intergenic
TGTGATCACCATCCTTTGTA+GGG 0.525898 7:+50079137 None:intergenic
GAATTGCACTGTTAATTGGT+TGG 0.528923 7:-50078693 MsG0780038624.01.T01:CDS
ATGAGATATTGTTCTCGTTG+CGG 0.534625 7:+50078928 None:intergenic
CCCATAAAATCACATTCTCA+GGG 0.546779 7:+50078579 None:intergenic
TTCTGAGAATGGTAATACAT+TGG 0.548334 7:-50078363 MsG0780038624.01.T01:CDS
TTCAACTGAAATTTATAAGG+TGG 0.549880 7:-50078840 MsG0780038624.01.T01:CDS
ACTTAAGACTCTCACCTTGG+TGG 0.549905 7:+50078790 None:intergenic
CTTGGTTATATGGCAACTGA+TGG 0.552735 7:-50078498 MsG0780038624.01.T01:CDS
TGAAATGTGTGAGTAAGTCT+TGG 0.561973 7:-50079240 MsG0780038624.01.T01:CDS
GAGATATTGTTCTCGTTGCG+GGG 0.565112 7:+50078930 None:intergenic
CTTGGTGGCAGAGATGGATC+GGG 0.566262 7:+50079325 None:intergenic
GGACTACCGAGGATAAGTTA+GGG 0.569891 7:+50079158 None:intergenic
TGATGGAATTTGGAGATGAA+AGG 0.572992 7:-50078481 MsG0780038624.01.T01:CDS
TCTCATAAATTAGGGTGCAA+TGG 0.576426 7:-50078911 MsG0780038624.01.T01:CDS
CAACCCCGCAAATTTGAAGA+GGG 0.578602 7:+50078732 None:intergenic
TTATTCTTACAATGAAACTA+CGG 0.582043 7:-50078984 MsG0780038624.01.T01:CDS
TCGGTAGTCCCTACAAAGGA+TGG 0.586421 7:-50079145 MsG0780038624.01.T01:CDS
AGTTCTTCGGGAAGACTTGG+TGG 0.590889 7:+50079310 None:intergenic
TCAACCCCGCAAATTTGAAG+AGG 0.593786 7:+50078731 None:intergenic
CCATTCTCAGAAATATACAA+TGG 0.595709 7:+50078374 None:intergenic
AATTCATTGGAAAATTGTGG+TGG 0.611701 7:+50078432 None:intergenic
TGTAAGGCGGGATAGGATGT+CGG 0.621963 7:+50079282 None:intergenic
AAGAAACCCTAACTTATCCT+CGG 0.622471 7:-50079164 MsG0780038624.01.T01:CDS
CAAACTTAAGACTCTCACCT+TGG 0.623807 7:+50078787 None:intergenic
AATGGATTGATATGCTTGCA+CGG 0.640952 7:-50079007 MsG0780038624.01.T01:CDS
TTTCAAGTAAATGACTCACA+TGG 0.649812 7:+50079101 None:intergenic
CAGTTGCCATATAACCAAGT+CGG 0.651349 7:+50078502 None:intergenic
CATAAAATCACATTCTCAGG+GGG 0.661552 7:+50078581 None:intergenic
TCAGATCTTTGACTGTAAGG+CGG 0.661600 7:+50079269 None:intergenic
ATTCCCTCTTCAAATTTGCG+GGG 0.670769 7:-50078735 MsG0780038624.01.T01:CDS
GCGCTGCTTTGATGAATACA+CGG 0.673022 7:-50079375 None:intergenic
GAGATGGATCGGGTTGACAG+CGG 0.691655 7:+50079335 None:intergenic
CCATAAAATCACATTCTCAG+GGG 0.715980 7:+50078580 None:intergenic
ATCCTCGGTAGTCCCTACAA+AGG 0.730156 7:-50079149 MsG0780038624.01.T01:CDS
AAGGCGGGATAGGATGTCGG+CGG 0.732029 7:+50079285 None:intergenic
ATCCTTTGTAGGGACTACCG+AGG 0.761052 7:+50079147 None:intergenic
CTGCTTTGATGAATACACGG+CGG 0.802558 7:-50079372 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! TAATTCAACTGAAATTTATA+AGG - Chr7:50078747-50078766 MsG0780038624.01.T01:CDS 15.0%
!!! AATATACAATGGTTTTAATT+CGG + Chr7:50079208-50079227 None:intergenic 15.0%
!! AGAACAATATCTCATAAATT+AGG - Chr7:50078670-50078689 MsG0780038624.01.T01:CDS 20.0%
!! ATTTGAATGATATTTCTCAT+AGG + Chr7:50078923-50078942 None:intergenic 20.0%
!! GAACAATATCTCATAAATTA+GGG - Chr7:50078671-50078690 MsG0780038624.01.T01:CDS 20.0%
!! TATGAGAAATATCATTCAAA+TGG - Chr7:50078922-50078941 MsG0780038624.01.T01:CDS 20.0%
!! TTATTCTTACAATGAAACTA+CGG - Chr7:50078606-50078625 MsG0780038624.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAGGATTTTTTTAAAGTTAC+TGG - Chr7:50078553-50078572 MsG0780038624.01.T01:CDS 20.0%
!!! TGTTTTTATGACAATTTCAA+TGG - Chr7:50079063-50079082 MsG0780038624.01.T01:CDS 20.0%
! AACAGATCGATTGAATATTA+AGG - Chr7:50078534-50078553 MsG0780038624.01.T01:CDS 25.0%
! ATTCAAATGGTAATCTTGTT+CGG - Chr7:50078935-50078954 MsG0780038624.01.T01:CDS 25.0%
! ATTTGAATTGCACTGTTAAT+TGG - Chr7:50078893-50078912 MsG0780038624.01.T01:CDS 25.0%
! CATAATTCATTGGAAAATTG+TGG + Chr7:50079164-50079183 None:intergenic 25.0%
! CCAACAAATTCATAATTCAT+TGG + Chr7:50079174-50079193 None:intergenic 25.0%
! CCAATGAATTATGAATTTGT+TGG - Chr7:50079171-50079190 MsG0780038624.01.T01:CDS 25.0%
! GAATTAACAAACTGATAAGT+TGG - Chr7:50079319-50079338 MsG0780038624.01.T01:CDS 25.0%
! TTCAACTGAAATTTATAAGG+TGG - Chr7:50078750-50078769 MsG0780038624.01.T01:CDS 25.0%
! TTGAAACAACCTTTATCAAA+CGG + Chr7:50078516-50078535 None:intergenic 25.0%
!! CTCAAATGCAATTTTATAGA+CGG - Chr7:50079252-50079271 MsG0780038624.01.T01:CDS 25.0%
!! TAAGTTTGAGTGATAATGTT+TGG - Chr7:50078818-50078837 MsG0780038624.01.T01:CDS 25.0%
!!! AATGGTTTTAATTCGGAATT+CGG + Chr7:50079201-50079220 None:intergenic 25.0%
!!! CATTTTGATGAAATTTGGAT+CGG + Chr7:50078389-50078408 None:intergenic 25.0%
AACTGAAATTTATAAGGTGG+TGG - Chr7:50078753-50078772 MsG0780038624.01.T01:CDS 30.0%
AATTCATTGGAAAATTGTGG+TGG + Chr7:50079161-50079180 None:intergenic 30.0%
ACTTGAAAACCGTTTGATAA+AGG - Chr7:50078504-50078523 MsG0780038624.01.T01:CDS 30.0%
AGCAATACTAAGTTTGTGTT+TGG - Chr7:50078718-50078737 MsG0780038624.01.T01:CDS 30.0%
CCATTCTCAGAAATATACAA+TGG + Chr7:50079219-50079238 None:intergenic 30.0%
TATAACCGAAGAACTAAGAA+AGG - Chr7:50079285-50079304 MsG0780038624.01.T01:CDS 30.0%
! CCATTGTATATTTCTGAGAA+TGG - Chr7:50079216-50079235 MsG0780038624.01.T01:CDS 30.0%
! TTCTGAGAATGGTAATACAT+TGG - Chr7:50079227-50079246 MsG0780038624.01.T01:CDS 30.0%
! TTTCAAGTAAATGACTCACA+TGG + Chr7:50078492-50078511 None:intergenic 30.0%
!! AGGTGCATTTTGATGAAATT+TGG + Chr7:50078394-50078413 None:intergenic 30.0%
!! ATAAGTTGGTTCTCAATCAA+AGG - Chr7:50079333-50079352 MsG0780038624.01.T01:CDS 30.0%
!!! ATGGTTTTAATTCGGAATTC+GGG + Chr7:50079200-50079219 None:intergenic 30.0%
AAGAAACCCTAACTTATCCT+CGG - Chr7:50078426-50078445 MsG0780038624.01.T01:CDS 35.0%
AATTGTGGTGGCTAAATTTG+AGG + Chr7:50079149-50079168 None:intergenic 35.0%
AATTTGGAGATGAAAGGTCT+TGG - Chr7:50079115-50079134 MsG0780038624.01.T01:CDS 35.0%
ACATTCCCTCTTCAAATTTG+CGG - Chr7:50078853-50078872 MsG0780038624.01.T01:CDS 35.0%
ATATGGCAACTGATGGAATT+TGG - Chr7:50079099-50079118 MsG0780038624.01.T01:CDS 35.0%
ATGAGATATTGTTCTCGTTG+CGG + Chr7:50078665-50078684 None:intergenic 35.0%
CATAAAATCACATTCTCAGG+GGG + Chr7:50079012-50079031 None:intergenic 35.0%
CCATAAAATCACATTCTCAG+GGG + Chr7:50079013-50079032 None:intergenic 35.0%
CCCATAAAATCACATTCTCA+GGG + Chr7:50079014-50079033 None:intergenic 35.0%
GAATTGCACTGTTAATTGGT+TGG - Chr7:50078897-50078916 MsG0780038624.01.T01:CDS 35.0%
GCAATGGTTACAGGTATAAA+TGG - Chr7:50078695-50078714 MsG0780038624.01.T01:CDS 35.0%
TCAAAGAAAAAAAGCCACCA+AGG - Chr7:50078786-50078805 MsG0780038624.01.T01:CDS 35.0%
TCTCATAAATTAGGGTGCAA+TGG - Chr7:50078679-50078698 MsG0780038624.01.T01:CDS 35.0%
TGAAATGTGTGAGTAAGTCT+TGG - Chr7:50078350-50078369 MsG0780038624.01.T01:CDS 35.0%
TGATGGAATTTGGAGATGAA+AGG - Chr7:50079109-50079128 MsG0780038624.01.T01:CDS 35.0%
! AGAAAGTCTGGTTTCGTTTA+TGG - Chr7:50078635-50078654 MsG0780038624.01.T01:CDS 35.0%
! CCCTGAGAATGTGATTTTAT+GGG - Chr7:50079011-50079030 MsG0780038624.01.T01:CDS 35.0%
! CCTGAGAATGTGATTTTATG+GGG - Chr7:50079012-50079031 MsG0780038624.01.T01:CDS 35.0%
! GCTTTCCTTTCTTAGTTCTT+CGG + Chr7:50079293-50079312 None:intergenic 35.0%
!! AATGGATTGATATGCTTGCA+CGG - Chr7:50078583-50078602 MsG0780038624.01.T01:CDS 35.0%
AATTAGGGTGCAATGGTTAC+AGG - Chr7:50078686-50078705 MsG0780038624.01.T01:CDS 40.0%
ATTCCCTCTTCAAATTTGCG+GGG - Chr7:50078855-50078874 MsG0780038624.01.T01:CDS 40.0%
CAAACTTAAGACTCTCACCT+TGG + Chr7:50078806-50078825 None:intergenic 40.0%
CAAAGGTTATGTCGAAAGCT+TGG - Chr7:50079350-50079369 MsG0780038624.01.T01:CDS 40.0%
CAAGCATATCAATCCATTGC+AGG + Chr7:50078581-50078600 None:intergenic 40.0%
CAATTTCAATGGAACCGACT+TGG - Chr7:50079074-50079093 MsG0780038624.01.T01:CDS 40.0%
CAGTTGCCATATAACCAAGT+CGG + Chr7:50079091-50079110 None:intergenic 40.0%
CATTCCCTCTTCAAATTTGC+GGG - Chr7:50078854-50078873 MsG0780038624.01.T01:CDS 40.0%
CCCCATAAAATCACATTCTC+AGG + Chr7:50079015-50079034 None:intergenic 40.0%
CTACGGAGTATAAGAAAGTC+TGG - Chr7:50078623-50078642 MsG0780038624.01.T01:CDS 40.0%
CTTGGTTATATGGCAACTGA+TGG - Chr7:50079092-50079111 MsG0780038624.01.T01:CDS 40.0%
GCATCAGATCTTTGACTGTA+AGG + Chr7:50078327-50078346 None:intergenic 40.0%
GGGAAATCTTTGTGTGTTGA+TGG - Chr7:50079032-50079051 MsG0780038624.01.T01:CDS 40.0%
GGTTTCTTGCAGATCGATTA+AGG + Chr7:50078414-50078433 None:intergenic 40.0%
TCAGATCTTTGACTGTAAGG+CGG + Chr7:50078324-50078343 None:intergenic 40.0%
TGAGATATTGTTCTCGTTGC+GGG + Chr7:50078664-50078683 None:intergenic 40.0%
TGTGATCACCATCCTTTGTA+GGG + Chr7:50078456-50078475 None:intergenic 40.0%
TTGTGATCACCATCCTTTGT+AGG + Chr7:50078457-50078476 None:intergenic 40.0%
! CCCCTGAGAATGTGATTTTA+TGG - Chr7:50079010-50079029 MsG0780038624.01.T01:CDS 40.0%
!! AAAGTTACTGGTTCCTGCAA+TGG - Chr7:50078565-50078584 MsG0780038624.01.T01:CDS 40.0%
!! ATGGAACCGACTTGGTTATA+TGG - Chr7:50079082-50079101 MsG0780038624.01.T01:CDS 40.0%
ACTTAAGACTCTCACCTTGG+TGG + Chr7:50078803-50078822 None:intergenic 45.0%
CAAATTTGCGGGGTTGAAGA+TGG - Chr7:50078865-50078884 MsG0780038624.01.T01:CDS 45.0%
CAACCCCGCAAATTTGAAGA+GGG + Chr7:50078861-50078880 None:intergenic 45.0%
CAGATCTTTGACTGTAAGGC+GGG + Chr7:50078323-50078342 None:intergenic 45.0%
GAGATATTGTTCTCGTTGCG+GGG + Chr7:50078663-50078682 None:intergenic 45.0%
GGACTACCGAGGATAAGTTA+GGG + Chr7:50078435-50078454 None:intergenic 45.0%
GTAAGTTCTTCGGGAAGACT+TGG + Chr7:50078286-50078305 None:intergenic 45.0%
TCAACCCCGCAAATTTGAAG+AGG + Chr7:50078862-50078881 None:intergenic 45.0%
AGTTCTTCGGGAAGACTTGG+TGG + Chr7:50078283-50078302 None:intergenic 50.0%
ATCCTCGGTAGTCCCTACAA+AGG - Chr7:50078441-50078460 MsG0780038624.01.T01:CDS 50.0%
ATCCTTTGTAGGGACTACCG+AGG + Chr7:50078446-50078465 None:intergenic 50.0%
ATGTCGGCGGTAAGTTCTTC+GGG + Chr7:50078295-50078314 None:intergenic 50.0%
CTTTGACTGTAAGGCGGGAT+AGG + Chr7:50078318-50078337 None:intergenic 50.0%
GATGTCGGCGGTAAGTTCTT+CGG + Chr7:50078296-50078315 None:intergenic 50.0%
GGGACTACCGAGGATAAGTT+AGG + Chr7:50078436-50078455 None:intergenic 50.0%
TCGGTAGTCCCTACAAAGGA+TGG - Chr7:50078445-50078464 MsG0780038624.01.T01:CDS 50.0%
TGTAAGGCGGGATAGGATGT+CGG + Chr7:50078311-50078330 None:intergenic 50.0%
! ACTTGGTGGCAGAGATGGAT+CGG + Chr7:50078269-50078288 None:intergenic 50.0%
! CTTGGTGGCAGAGATGGATC+GGG + Chr7:50078268-50078287 None:intergenic 55.0%
!! GAGATGGATCGGGTTGACAG+CGG + Chr7:50078258-50078277 None:intergenic 55.0%
!! GGAAGACTTGGTGGCAGAGA+TGG + Chr7:50078274-50078293 None:intergenic 55.0%
AAGGCGGGATAGGATGTCGG+CGG + Chr7:50078308-50078327 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 50078226 50079386 50078226 ID=MsG0780038624.01;Name=MsG0780038624.01
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Gene Sequence

>MsG0780038624.01.T02

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Protein sequence

>MsG0780038624.01.T02

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>MsG0780038624.01.T03

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