AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180003916.01


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MsG0180003916.01.T01 MTR_2g024110 25.153 326 189 13 20 332 7 290 8.48e-12 66.6
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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0180003916.01.T01 AT3G06240 25.400 437 227 14 14 402 33 418 2.57e-23 101
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Find 81 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 89 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CGTGCCATTATTATTATTAA+AGG 0.174096 1:+70107167 None:intergenic
AGGACAATGTCTGATAAATT+TGG 0.178699 1:-70107375 MsG0180003916.01.T01:CDS
AAGAGACTTGGCTCCGTATT+TGG 0.182739 1:-70107410 MsG0180003916.01.T01:CDS
TATCGATTGTTTGACTATAA+TGG 0.232006 1:-70107543 MsG0180003916.01.T01:CDS
AGCGAGCAATTCTCTATAAT+TGG 0.242728 1:-70106741 MsG0180003916.01.T01:CDS
CGTGATGATGATGTGAAATA+TGG 0.243592 1:-70107345 MsG0180003916.01.T01:CDS
GCCAGGTGTTTCTGTGTTAA+TGG 0.250127 1:-70106962 MsG0180003916.01.T01:CDS
ATATGGAAGATGACAAAATT+TGG 0.276695 1:-70106895 MsG0180003916.01.T01:CDS
TGTGAGAACTCAAAAGAAAT+TGG 0.303708 1:+70107012 None:intergenic
GTGATTATTTCGCTTGATCT+AGG 0.330776 1:-70107066 MsG0180003916.01.T01:CDS
AACTCCACTCTTAATTGGTT+AGG 0.348358 1:-70107123 MsG0180003916.01.T01:CDS
TCGTCCTTTAATAATAATAA+TGG 0.354820 1:-70107171 MsG0180003916.01.T01:CDS
TCAGACATTGTCCTGGTGGC+GGG 0.376718 1:+70107384 None:intergenic
CAAGGTTGTGGCGTTTCGTA+TGG 0.379299 1:-70107283 MsG0180003916.01.T01:CDS
GAGAAGAACTTACTTTCAAC+TGG 0.394532 1:+70106633 None:intergenic
GGACAATGTCTGATAAATTT+GGG 0.400385 1:-70107374 MsG0180003916.01.T01:CDS
AATGGACTGGTCTGCTTGTT+CGG 0.401817 1:-70107504 MsG0180003916.01.T01:CDS
ACTCCACTCTTAATTGGTTA+GGG 0.403640 1:-70107122 MsG0180003916.01.T01:CDS
TCATTGCTGAAATCCTTTCC+TGG 0.405940 1:-70107782 MsG0180003916.01.T01:CDS
GAACCAAGCTTTCGACATAA+TGG 0.416143 1:+70106659 None:intergenic
TTTGACTATAATGGAGTTGT+TGG 0.429965 1:-70107534 MsG0180003916.01.T01:CDS
ACTGTAATCACAGCGATGTT+CGG 0.430538 1:+70107632 None:intergenic
ATCAGACATTGTCCTGGTGG+CGG 0.430882 1:+70107383 None:intergenic
TGTTGGTTCCTGCAATGGAC+TGG 0.435131 1:-70107517 MsG0180003916.01.T01:CDS
GCGATGTTCGGATACTATAT+AGG 0.449871 1:+70107644 None:intergenic
GAGGTGAGAATTCTTAGTTT+TGG 0.450378 1:-70107243 MsG0180003916.01.T01:CDS
TGGTGGCGGGGTTCCAAATA+CGG 0.455168 1:+70107397 None:intergenic
CAAGCAGACCAGTCCATTGC+AGG 0.455394 1:+70107509 None:intergenic
AGAACTTACTTTCAACTGGT+TGG 0.456425 1:+70106637 None:intergenic
AAATATGGGCAGTTTGTGTT+TGG 0.456640 1:-70107330 MsG0180003916.01.T01:CDS
GTCATTCATCAAATCATTAA+CGG 0.461561 1:+70107596 None:intergenic
CGACGGCGACATTGGTGGTT+GGG 0.462093 1:+70107836 None:intergenic
ATCAAATCATTAACGGAGAA+AGG 0.465620 1:+70107603 None:intergenic
AATCGATAGTAACTATCCTT+AGG 0.474007 1:+70107558 None:intergenic
AAATTAGCTATCATAATCTT+CGG 0.474227 1:-70106843 MsG0180003916.01.T01:CDS
CAATTCAACTGACACTTACA+AGG 0.477237 1:-70107301 MsG0180003916.01.T01:CDS
AAACCATTATGTCGAAAGCT+TGG 0.479518 1:-70106662 MsG0180003916.01.T01:CDS
GACGACGGCGACGGCGACAT+TGG 0.494741 1:+70107828 None:intergenic
GACGACTGAAGAAGCCTCAC+AGG 0.501759 1:+70107189 None:intergenic
AACTGACACTTACAAGGTTG+TGG 0.513005 1:-70107295 MsG0180003916.01.T01:CDS
GGAGTTGTTGGTTCCTGCAA+TGG 0.515443 1:-70107522 MsG0180003916.01.T01:CDS
ACACATTTCATCTTCATCAA+AGG 0.516437 1:+70107747 None:intergenic
AGCGAAATAATCACAAATTG+AGG 0.518594 1:+70107075 None:intergenic
AAGGTGTCGCATGCATGGCC+AGG 0.525309 1:-70106979 MsG0180003916.01.T01:CDS
GCGACGGCGACATTGGTGGT+TGG 0.527657 1:+70107835 None:intergenic
TATTTAAGGTGTCGCATGCA+TGG 0.532559 1:-70106984 MsG0180003916.01.T01:CDS
ATGATATCGTCGGTAAAGAC+TGG 0.535025 1:+70107801 None:intergenic
TTGTTTATATCATGATTTCG+AGG 0.540564 1:-70106932 MsG0180003916.01.T01:CDS
CTTCGGATGAACTTGAAACC+TGG 0.540824 1:-70106826 MsG0180003916.01.T01:CDS
GATAGTAACTATCCTTAGGA+AGG 0.542432 1:+70107562 None:intergenic
CCGCTCAATCACCCTTCCTA+AGG 0.545557 1:-70107574 MsG0180003916.01.T01:CDS
AATAATGGCACGGTGTATGC+TGG 0.560518 1:-70107156 MsG0180003916.01.T01:CDS
AAGGTTGTGGCGTTTCGTAT+GGG 0.563452 1:-70107282 MsG0180003916.01.T01:CDS
AAATTTATCAGACATTGTCC+TGG 0.573735 1:+70107377 None:intergenic
GTATTTGGAACCCCGCCACC+AGG 0.575568 1:-70107395 MsG0180003916.01.T01:CDS
AGCATGAGTATAAAGAGACT+TGG 0.580426 1:-70107422 MsG0180003916.01.T01:CDS
TGAAATCCTTTCCTGGCTCA+CGG 0.585215 1:-70107775 MsG0180003916.01.T01:CDS
GTGATGATGATGTGAAATAT+GGG 0.589916 1:-70107344 MsG0180003916.01.T01:CDS
GACGGCGACGGCGACATTGG+TGG 0.594629 1:+70107831 None:intergenic
ACTGGTGAAGACGACGGCGA+CGG 0.597885 1:+70107819 None:intergenic
AGAACTCAAAAGAAATTGGA+GGG 0.599133 1:+70107016 None:intergenic
GAGAACTCAAAAGAAATTGG+AGG 0.603063 1:+70107015 None:intergenic
CAGACATTGTCCTGGTGGCG+GGG 0.603737 1:+70107385 None:intergenic
AACTCAAAAGAAATTGGAGG+GGG 0.605420 1:+70107018 None:intergenic
AATTTGGAGATGAAAAGTCG+TGG 0.607695 1:-70106879 MsG0180003916.01.T01:CDS
ATATTCAAAGTTTCCCTGTG+AGG 0.611445 1:-70107203 MsG0180003916.01.T01:CDS
AAACCCTAACCAATTAAGAG+TGG 0.618213 1:+70107119 None:intergenic
CTTTAATAATAATAATGGCA+CGG 0.623270 1:-70107166 MsG0180003916.01.T01:CDS
TGAAATGTGTGAGTAAGTCA+TGG 0.624183 1:-70107734 MsG0180003916.01.T01:CDS
AGTTTGAACATTGAGATACC+AGG 0.625570 1:+70106808 None:intergenic
ATTTGGAGATGAAAAGTCGT+GGG 0.626061 1:-70106878 MsG0180003916.01.T01:CDS
ATAGTAACTATCCTTAGGAA+GGG 0.627631 1:+70107563 None:intergenic
GATTTCAGCAATGATATCGT+CGG 0.635419 1:+70107791 None:intergenic
TCCATTAACACAGAAACACC+TGG 0.647607 1:+70106961 None:intergenic
ACGACTGAAGAAGCCTCACA+GGG 0.659735 1:+70107190 None:intergenic
TTTATCAGACATTGTCCTGG+TGG 0.660593 1:+70107380 None:intergenic
CCTTAGGAAGGGTGATTGAG+CGG 0.662525 1:+70107574 None:intergenic
GAACTCAAAAGAAATTGGAG+GGG 0.678440 1:+70107017 None:intergenic
GTAAAGACTGGTGAAGACGA+CGG 0.713760 1:+70107813 None:intergenic
TATGGGTAGCAATATGACAA+CGG 0.714921 1:-70107265 MsG0180003916.01.T01:CDS
GGGTAGCAATATGACAACGG+AGG 0.756928 1:-70107262 MsG0180003916.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAATTAGCTATCATAATCTT+CGG - Chr1:70107648-70107667 MsG0180003916.01.T01:CDS 20.0%
!! CTTTAATAATAATAATGGCA+CGG - Chr1:70107325-70107344 MsG0180003916.01.T01:CDS 20.0%
!! TCGTCCTTTAATAATAATAA+TGG - Chr1:70107320-70107339 MsG0180003916.01.T01:CDS 20.0%
!!! GTTCTCACATATTTTATTTA+AGG - Chr1:70107493-70107512 MsG0180003916.01.T01:CDS 20.0%
!!! TATAATGACTTTTATGTTGA+AGG - Chr1:70107029-70107048 MsG0180003916.01.T01:CDS 20.0%
! ATATGGAAGATGACAAAATT+TGG - Chr1:70107596-70107615 MsG0180003916.01.T01:CDS 25.0%
! GAGTAAACAAAAAGATATGT+TGG - Chr1:70107798-70107817 MsG0180003916.01.T01:CDS 25.0%
! GTCATTCATCAAATCATTAA+CGG + Chr1:70106898-70106917 None:intergenic 25.0%
! TTGTTTATATCATGATTTCG+AGG - Chr1:70107559-70107578 MsG0180003916.01.T01:CDS 25.0%
!! CGTGCCATTATTATTATTAA+AGG + Chr1:70107327-70107346 None:intergenic 25.0%
!! TATCGATTGTTTGACTATAA+TGG - Chr1:70106948-70106967 MsG0180003916.01.T01:CDS 25.0%
!!! AGGAAACTGATTTTGTTATA+TGG - Chr1:70107579-70107598 MsG0180003916.01.T01:CDS 25.0%
!!! ATTTTAACTCCACTCTTAAT+TGG - Chr1:70107363-70107382 MsG0180003916.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTAGTTTTGGTAATAACGTT+TGG - Chr1:70107261-70107280 MsG0180003916.01.T01:CDS 25.0%
AAATTTATCAGACATTGTCC+TGG + Chr1:70107117-70107136 None:intergenic 30.0%
AATCGATAGTAACTATCCTT+AGG + Chr1:70106936-70106955 None:intergenic 30.0%
ACACATTTCATCTTCATCAA+AGG + Chr1:70106747-70106766 None:intergenic 30.0%
AGAACTCAAAAGAAATTGGA+GGG + Chr1:70107478-70107497 None:intergenic 30.0%
AGCGAAATAATCACAAATTG+AGG + Chr1:70107419-70107438 None:intergenic 30.0%
AGGACAATGTCTGATAAATT+TGG - Chr1:70107116-70107135 MsG0180003916.01.T01:CDS 30.0%
ATAGTAACTATCCTTAGGAA+GGG + Chr1:70106931-70106950 None:intergenic 30.0%
ATCAAATCATTAACGGAGAA+AGG + Chr1:70106891-70106910 None:intergenic 30.0%
GGACAATGTCTGATAAATTT+GGG - Chr1:70107117-70107136 MsG0180003916.01.T01:CDS 30.0%
TGTGAGAACTCAAAAGAAAT+TGG + Chr1:70107482-70107501 None:intergenic 30.0%
! GTGATGATGATGTGAAATAT+GGG - Chr1:70107147-70107166 MsG0180003916.01.T01:CDS 30.0%
! TTTGACTATAATGGAGTTGT+TGG - Chr1:70106957-70106976 MsG0180003916.01.T01:CDS 30.0%
AAACCATTATGTCGAAAGCT+TGG - Chr1:70107829-70107848 MsG0180003916.01.T01:CDS 35.0%
AAACCCTAACCAATTAAGAG+TGG + Chr1:70107375-70107394 None:intergenic 35.0%
AAATATGGGCAGTTTGTGTT+TGG - Chr1:70107161-70107180 MsG0180003916.01.T01:CDS 35.0%
AACTCAAAAGAAATTGGAGG+GGG + Chr1:70107476-70107495 None:intergenic 35.0%
AACTCCACTCTTAATTGGTT+AGG - Chr1:70107368-70107387 MsG0180003916.01.T01:CDS 35.0%
AATTTGGAGATGAAAAGTCG+TGG - Chr1:70107612-70107631 MsG0180003916.01.T01:CDS 35.0%
ACTCCACTCTTAATTGGTTA+GGG - Chr1:70107369-70107388 MsG0180003916.01.T01:CDS 35.0%
AGCATGAGTATAAAGAGACT+TGG - Chr1:70107069-70107088 MsG0180003916.01.T01:CDS 35.0%
AGCGAGCAATTCTCTATAAT+TGG - Chr1:70107750-70107769 MsG0180003916.01.T01:CDS 35.0%
AGTTTGAACATTGAGATACC+AGG + Chr1:70107686-70107705 None:intergenic 35.0%
ATATTCAAAGTTTCCCTGTG+AGG - Chr1:70107288-70107307 MsG0180003916.01.T01:CDS 35.0%
ATTTGGAGATGAAAAGTCGT+GGG - Chr1:70107613-70107632 MsG0180003916.01.T01:CDS 35.0%
CAATTCAACTGACACTTACA+AGG - Chr1:70107190-70107209 MsG0180003916.01.T01:CDS 35.0%
GAACTCAAAAGAAATTGGAG+GGG + Chr1:70107477-70107496 None:intergenic 35.0%
GAGAACTCAAAAGAAATTGG+AGG + Chr1:70107479-70107498 None:intergenic 35.0%
GATAGTAACTATCCTTAGGA+AGG + Chr1:70106932-70106951 None:intergenic 35.0%
GATTTCAGCAATGATATCGT+CGG + Chr1:70106703-70106722 None:intergenic 35.0%
GTGATTATTTCGCTTGATCT+AGG - Chr1:70107425-70107444 MsG0180003916.01.T01:CDS 35.0%
TATGGGTAGCAATATGACAA+CGG - Chr1:70107226-70107245 MsG0180003916.01.T01:CDS 35.0%
TGAAATGTGTGAGTAAGTCA+TGG - Chr1:70106757-70106776 MsG0180003916.01.T01:CDS 35.0%
! CGTGATGATGATGTGAAATA+TGG - Chr1:70107146-70107165 MsG0180003916.01.T01:CDS 35.0%
! GAGGTGAGAATTCTTAGTTT+TGG - Chr1:70107248-70107267 MsG0180003916.01.T01:CDS 35.0%
AACTGACACTTACAAGGTTG+TGG - Chr1:70107196-70107215 MsG0180003916.01.T01:CDS 40.0%
ACTGTAATCACAGCGATGTT+CGG + Chr1:70106862-70106881 None:intergenic 40.0%
ATGATATCGTCGGTAAAGAC+TGG + Chr1:70106693-70106712 None:intergenic 40.0%
GAACCAAGCTTTCGACATAA+TGG + Chr1:70107835-70107854 None:intergenic 40.0%
GCGATGTTCGGATACTATAT+AGG + Chr1:70106850-70106869 None:intergenic 40.0%
TCATTGCTGAAATCCTTTCC+TGG - Chr1:70106709-70106728 MsG0180003916.01.T01:CDS 40.0%
TCCATTAACACAGAAACACC+TGG + Chr1:70107533-70107552 None:intergenic 40.0%
TTTATCAGACATTGTCCTGG+TGG + Chr1:70107114-70107133 None:intergenic 40.0%
! AGAGAATTGCTCGCTCTTTT+TGG + Chr1:70107745-70107764 None:intergenic 40.0%
! CTTTTATGTTGAAGGCGATG+AGG - Chr1:70107037-70107056 MsG0180003916.01.T01:CDS 40.0%
!! TATTTAAGGTGTCGCATGCA+TGG - Chr1:70107507-70107526 MsG0180003916.01.T01:CDS 40.0%
AAGAGACTTGGCTCCGTATT+TGG - Chr1:70107081-70107100 MsG0180003916.01.T01:CDS 45.0%
AAGGTTGTGGCGTTTCGTAT+GGG - Chr1:70107209-70107228 MsG0180003916.01.T01:CDS 45.0%
AATAATGGCACGGTGTATGC+TGG - Chr1:70107335-70107354 MsG0180003916.01.T01:CDS 45.0%
CTTCGGATGAACTTGAAACC+TGG - Chr1:70107665-70107684 MsG0180003916.01.T01:CDS 45.0%
GTAAAGACTGGTGAAGACGA+CGG + Chr1:70106681-70106700 None:intergenic 45.0%
TGAAATCCTTTCCTGGCTCA+CGG - Chr1:70106716-70106735 MsG0180003916.01.T01:CDS 45.0%
! GCCAGGTGTTTCTGTGTTAA+TGG - Chr1:70107529-70107548 MsG0180003916.01.T01:CDS 45.0%
!! AATGGACTGGTCTGCTTGTT+CGG - Chr1:70106987-70107006 MsG0180003916.01.T01:CDS 45.0%
ACGACTGAAGAAGCCTCACA+GGG + Chr1:70107304-70107323 None:intergenic 50.0%
ATCAGACATTGTCCTGGTGG+CGG + Chr1:70107111-70107130 None:intergenic 50.0%
CAAGGTTGTGGCGTTTCGTA+TGG - Chr1:70107208-70107227 MsG0180003916.01.T01:CDS 50.0%
CCTTAGGAAGGGTGATTGAG+CGG + Chr1:70106920-70106939 None:intergenic 50.0%
GGGTAGCAATATGACAACGG+AGG - Chr1:70107229-70107248 MsG0180003916.01.T01:CDS 50.0%
! CAAAGGTTTTACCGTGAGCC+AGG + Chr1:70106730-70106749 None:intergenic 50.0%
! GTTTTACCGTGAGCCAGGAA+AGG + Chr1:70106725-70106744 None:intergenic 50.0%
!! GGAGTTGTTGGTTCCTGCAA+TGG - Chr1:70106969-70106988 MsG0180003916.01.T01:CDS 50.0%
!! TGTTGGTTCCTGCAATGGAC+TGG - Chr1:70106974-70106993 MsG0180003916.01.T01:CDS 50.0%
CAAGCAGACCAGTCCATTGC+AGG + Chr1:70106985-70107004 None:intergenic 55.0%
CCGCTCAATCACCCTTCCTA+AGG - Chr1:70106917-70106936 MsG0180003916.01.T01:CDS 55.0%
GACGACTGAAGAAGCCTCAC+AGG + Chr1:70107305-70107324 None:intergenic 55.0%
TCAGACATTGTCCTGGTGGC+GGG + Chr1:70107110-70107129 None:intergenic 55.0%
!! TGGTGGCGGGGTTCCAAATA+CGG + Chr1:70107097-70107116 None:intergenic 55.0%
ACTGGTGAAGACGACGGCGA+CGG + Chr1:70106675-70106694 None:intergenic 60.0%
! CAGACATTGTCCTGGTGGCG+GGG + Chr1:70107109-70107128 None:intergenic 60.0%
! CGACGGCGACATTGGTGGTT+GGG + Chr1:70106658-70106677 None:intergenic 60.0%
! GTATTTGGAACCCCGCCACC+AGG - Chr1:70107096-70107115 MsG0180003916.01.T01:CDS 60.0%
!! AAGGTGTCGCATGCATGGCC+AGG - Chr1:70107512-70107531 MsG0180003916.01.T01:CDS 60.0%
! GCGACGGCGACATTGGTGGT+TGG + Chr1:70106659-70106678 None:intergenic 65.0%
GACGACGGCGACGGCGACAT+TGG + Chr1:70106666-70106685 None:intergenic 70.0%
GACGGCGACGGCGACATTGG+TGG + Chr1:70106663-70106682 None:intergenic 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 70106648 70107865 70106648 ID=MsG0180003916.01;Name=MsG0180003916.01
Chr1 mRNA 70106648 70107865 70106648 ID=MsG0180003916.01.T01;Parent=MsG0180003916.01;Name=MsG0180003916.01.T01;_AED=0.44;_eAED=0.44;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|405
Chr1 exon 70106648 70107865 70106648 ID=MsG0180003916.01.T01:exon:6098;Parent=MsG0180003916.01.T01
Chr1 CDS 70106648 70107865 70106648 ID=MsG0180003916.01.T01:cds;Parent=MsG0180003916.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180003916.01.T01

ATGAATACCCAACCACCAATGTCGCCGTCGCCGTCGTCTTCACCAGTCTTTACCGACGATATCATTGCTGAAATCCTTTCCTGGCTCACGGTAAAACCTTTGATGAAGATGAAATGTGTGAGTAAGTCATGGAACACTCTTATCTCTGATTCTAATTTCGTTAAAATGCATCTCAATCGATCTGCACGACACTCACAATCCTATATAGTATCCGAACATCGCTGTGATTACAGTTTCGTACCTTTCTCCGTTAATGATTTGATGAATGACCGCTCAATCACCCTTCCTAAGGATAGTTACTATCGATTGTTTGACTATAATGGAGTTGTTGGTTCCTGCAATGGACTGGTCTGCTTGTTCGGTTATTCTTTCAACGAGTTTTATAATGACTTTTATGTTGAAGGCGATGAGGAGAATGATGAGCATGAGTATAAAGAGACTTGGCTCCGTATTTGGAACCCCGCCACCAGGACAATGTCTGATAAATTTGGGTATTTTCGTGATGATGATGTGAAATATGGGCAGTTTGTGTTTGGTTATGACAATTCAACTGACACTTACAAGGTTGTGGCGTTTCGTATGGGTAGCAATATGACAACGGAGGTGAGAATTCTTAGTTTTGGTAATAACGTTTGGAGAGATATTCAAAGTTTCCCTGTGAGGCTTCTTCAGTCGTCCTTTAATAATAATAATGGCACGGTGTATGCTGGTGTACATTTTAACTCCACTCTTAATTGGTTAGGGTTTATTCACGACGATAATCTTGCTCCTCAATTTGTGATTATTTCGCTTGATCTAGGTACAGAGACATACACACAATTTCTGCCCCCTCCAATTTCTTTTGAGTTCTCACATATTTTATTTAAGGTGTCGCATGCATGGCCAGGTGTTTCTGTGTTAATGGATTCACTTTGTTTATATCATGATTTCGAGGAAACTGATTTTGTTATATGGAAGATGACAAAATTTGGAGATGAAAAGTCGTGGGCTCAATTACTTAAAATTAGCTATCATAATCTTCGGATGAACTTGAAACCTGGTATCTCAATGTTCAAACTTTATGTGAACGATGATACACTCGTGTTTGTAGACGACCAAAAAGAGCGAGCAATTCTCTATAATTGGAGAAATACTAGAGTAGTGAAAACTAGAGTAAACAAAAAGATATGTTGGTTCTCTTTAAACCATTATGTCGAAAGCTTGGTTCCAACCAGTTGA

Protein sequence

>MsG0180003916.01.T01

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