AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038774.01

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
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TGTGATTATTTCACTTGATT+TGG 0.197057 7:-52890107 MsG0780038774.01.T02:CDS
CAGAATACTTACTGCTAAAA+AGG 0.266095 7:+52890395 None:intergenic
GAGATGCATGGCTTCAGTTT+TGG 0.295716 7:-52890462 MsG0780038774.01.T02:CDS
GTGATTATTTCACTTGATTT+GGG 0.334905 7:-52890106 MsG0780038774.01.T02:CDS
AGGACAAGGTCTGAAAAGTT+AGG 0.346078 7:-52890427 MsG0780038774.01.T02:CDS
TCAGACCTTGTCCTTGTGGA+TGG 0.352161 7:+52890436 None:intergenic
GAATCTTCAAATTGATTACT+TGG 0.354547 7:-52889891 MsG0780038774.01.T02:CDS
TCGGTTTGGGTGAAAACATT+TGG 0.360273 7:-52890261 MsG0780038774.01.T02:CDS
ATATATTATGAATTTACATT+TGG 0.377288 7:-52890367 MsG0780038774.01.T02:CDS
ATTTGAGTGGAACACTTAAT+TGG 0.401762 7:-52890171 MsG0780038774.01.T02:CDS
CAGACCTTGTCCTTGTGGAT+GGG 0.423588 7:+52890437 None:intergenic
CGTATTGTTGGTTCATGCAA+TGG 0.440730 7:-52890526 MsG0780038774.01.T02:intron
AATGGCACCAAATAAAATAT+CGG 0.448132 7:+52889864 None:intergenic
CCATTCAACACGCTGATAGT+TGG 0.453162 7:+52890022 None:intergenic
ATATTTGTTAACAGAATCAA+TGG 0.453540 7:+52890129 None:intergenic
CCAACTATCAGCGTGTTGAA+TGG 0.487654 7:-52890022 MsG0780038774.01.T02:CDS
ATCAATGGGAAAGTCGAAAA+CGG 0.504178 7:+52890144 None:intergenic
GGACAAGGTCTGAAAAGTTA+GGG 0.504946 7:-52890426 MsG0780038774.01.T02:CDS
AATGTAAATTCATAATATAT+CGG 0.527037 7:+52890370 None:intergenic
CCATTGCATCTTTCAGAGGA+TGG 0.532796 7:-52889846 MsG0780038774.01.T02:CDS
TCTTCAAATTGATTACTTGG+AGG 0.537017 7:-52889888 MsG0780038774.01.T02:CDS
CATTATGTTGTGTATTTGAG+TGG 0.541942 7:-52890184 MsG0780038774.01.T02:CDS
GAGTGGAACACTTAATTGGT+TGG 0.546545 7:-52890167 MsG0780038774.01.T02:CDS
TCATAACTAATTTGAAGCAG+TGG 0.551827 7:+52889914 None:intergenic
TCAAATACACAACATAATGC+TGG 0.554955 7:+52890188 None:intergenic
TAACATCACAACCTTAAATG+TGG 0.568900 7:+52890327 None:intergenic
ACACAGATGCGGCTGCCTCA+AGG 0.578372 7:-52890070 MsG0780038774.01.T02:CDS
GGTGCCATTGCATCTTTCAG+AGG 0.578672 7:-52889850 MsG0780038774.01.T02:CDS
CCATCCTCTGAAAGATGCAA+TGG 0.585546 7:+52889846 None:intergenic
TATTTGTTAACAGAATCAAT+GGG 0.593210 7:+52890130 None:intergenic
GGAACCCATCCACAAGGACA+AGG 0.602403 7:-52890441 MsG0780038774.01.T02:CDS
CGTACGTTGAACACTTGAAG+AGG 0.610962 7:+52890211 None:intergenic
AACACTTGAAGAGGAACCAC+GGG 0.612592 7:+52890220 None:intergenic
GACAATTTATCAAAACCTTG+AGG 0.640166 7:+52890055 None:intergenic
AAACATAACAAATTTACCCG+TGG 0.647278 7:-52890236 MsG0780038774.01.T02:CDS
CACGTGGGTATCGAGATGCA+TGG 0.652261 7:-52890474 MsG0780038774.01.T02:CDS
GAACACTTGAAGAGGAACCA+CGG 0.682631 7:+52890219 None:intergenic
CTGAGACATACACACAGATG+CGG 0.690503 7:-52890081 MsG0780038774.01.T02:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AATGTAAATTCATAATATAT+CGG + Chr7:52890213-52890232 None:intergenic 10.0%
!! ATATATTATGAATTTACATT+TGG - Chr7:52890213-52890232 MsG0780038774.01.T02:CDS 10.0%
!! TAATTTAACATCCACATTTA+AGG - Chr7:52890242-52890261 MsG0780038774.01.T02:CDS 20.0%
!!! ATATTTGTTAACAGAATCAA+TGG + Chr7:52890454-52890473 None:intergenic 20.0%
!!! TATTTGTTAACAGAATCAAT+GGG + Chr7:52890453-52890472 None:intergenic 20.0%
! AATGGCACCAAATAAAATAT+CGG + Chr7:52890719-52890738 None:intergenic 25.0%
! AATTACTACTAACATTGAGA+GGG - Chr7:52889921-52889940 MsG0780038774.01.T02:CDS 25.0%
! GAATCTTCAAATTGATTACT+TGG - Chr7:52890689-52890708 MsG0780038774.01.T02:CDS 25.0%
! GTGATTATTTCACTTGATTT+GGG - Chr7:52890474-52890493 MsG0780038774.01.T02:CDS 25.0%
! TAATTACTACTAACATTGAG+AGG - Chr7:52889920-52889939 MsG0780038774.01.T02:CDS 25.0%
! TCACATCATATGAAAAAGAA+AGG + Chr7:52890587-52890606 None:intergenic 25.0%
! TGTGATTATTTCACTTGATT+TGG - Chr7:52890473-52890492 MsG0780038774.01.T02:CDS 25.0%
!!! TCATTTTTACTTATTCACGT+GGG - Chr7:52890091-52890110 MsG0780038774.01.T02:CDS 25.0%
!!! TTTTGTTTTATGGCATATGA+TGG - Chr7:52890617-52890636 MsG0780038774.01.T02:CDS 25.0%
AAACATAACAAATTTACCCG+TGG - Chr7:52890344-52890363 MsG0780038774.01.T02:CDS 30.0%
ATTTGAGTGGAACACTTAAT+TGG - Chr7:52890409-52890428 MsG0780038774.01.T02:CDS 30.0%
CAGAATACTTACTGCTAAAA+AGG + Chr7:52890188-52890207 None:intergenic 30.0%
CATTATGTTGTGTATTTGAG+TGG - Chr7:52890396-52890415 MsG0780038774.01.T02:CDS 30.0%
GACAATTTATCAAAACCTTG+AGG + Chr7:52890528-52890547 None:intergenic 30.0%
TAACATCACAACCTTAAATG+TGG + Chr7:52890256-52890275 None:intergenic 30.0%
TCAAATACACAACATAATGC+TGG + Chr7:52890395-52890414 None:intergenic 30.0%
TCTTCAAATTGATTACTTGG+AGG - Chr7:52890692-52890711 MsG0780038774.01.T02:CDS 30.0%
TGTTAGTAGTAATTAGTGCT+AGG + Chr7:52889915-52889934 None:intergenic 30.0%
! ATACTAGAGACGAAAGTTTT+CGG - Chr7:52890300-52890319 MsG0780038774.01.T02:CDS 30.0%
! TCATAACTAATTTGAAGCAG+TGG + Chr7:52890669-52890688 None:intergenic 30.0%
!! CTCATTTTTACTTATTCACG+TGG - Chr7:52890090-52890109 MsG0780038774.01.T02:CDS 30.0%
!! CTTTTTAGCAGTAAGTATTC+TGG - Chr7:52890186-52890205 MsG0780038774.01.T02:CDS 30.0%
!!! AGCAGACTCATTTTGTTTTA+TGG - Chr7:52890607-52890626 MsG0780038774.01.T02:CDS 30.0%
!!! ATTTTAGAGTTGTAGAGTCT+TGG - Chr7:52890640-52890659 MsG0780038774.01.T02:CDS 30.0%
ATCAATGGGAAAGTCGAAAA+CGG + Chr7:52890439-52890458 None:intergenic 35.0%
TATCAATGTCACCGACAATA+AGG + Chr7:52890014-52890033 None:intergenic 35.0%
TCTAACGTTCATCGTATTGT+TGG - Chr7:52890042-52890061 MsG0780038774.01.T02:CDS 35.0%
! TGGAGGTCCGATATTTTATT+TGG - Chr7:52890709-52890728 MsG0780038774.01.T02:CDS 35.0%
AGGACAAGGTCTGAAAAGTT+AGG - Chr7:52890153-52890172 MsG0780038774.01.T02:CDS 40.0%
CCTCATCAAGGGAAATTGAA+GGG + Chr7:52889981-52890000 None:intergenic 40.0%
GAGTGGAACACTTAATTGGT+TGG - Chr7:52890413-52890432 MsG0780038774.01.T02:CDS 40.0%
GATCCTCACTACCTTATTGT+CGG - Chr7:52890000-52890019 MsG0780038774.01.T02:CDS 40.0%
GATTTCGTGCAGATTGTTGA+AGG + Chr7:52889843-52889862 None:intergenic 40.0%
GGACAAGGTCTGAAAAGTTA+GGG - Chr7:52890154-52890173 MsG0780038774.01.T02:CDS 40.0%
GTAGTAATTAGTGCTAGGTG+AGG + Chr7:52889910-52889929 None:intergenic 40.0%
GTTGTCAAGTAAATTGCGCA+CGG + Chr7:52889959-52889978 None:intergenic 40.0%
TCCTCATCAAGGGAAATTGA+AGG + Chr7:52889982-52890001 None:intergenic 40.0%
TCTTAGTAGTGACCAATGCT+AGG + Chr7:52889870-52889889 None:intergenic 40.0%
TTGTCAAGTAAATTGCGCAC+GGG + Chr7:52889958-52889977 None:intergenic 40.0%
! AGAGACGAAAGTTTTCGGTT+TGG - Chr7:52890305-52890324 MsG0780038774.01.T02:CDS 40.0%
! GAGACGAAAGTTTTCGGTTT+GGG - Chr7:52890306-52890325 MsG0780038774.01.T02:CDS 40.0%
!! CGTATTGTTGGTTCATGCAA+TGG - Chr7:52890054-52890073 MsG0780038774.01.T02:CDS 40.0%
!! TCGGTTTGGGTGAAAACATT+TGG - Chr7:52890319-52890338 MsG0780038774.01.T02:CDS 40.0%
AACACTTGAAGAGGAACCAC+GGG + Chr7:52890363-52890382 None:intergenic 45.0%
ACGAAATCCACACCTAGCAT+TGG - Chr7:52889855-52889874 MsG0780038774.01.T02:CDS 45.0%
CCAACTATCAGCGTGTTGAA+TGG - Chr7:52890558-52890577 MsG0780038774.01.T02:intron 45.0%
CCATTCAACACGCTGATAGT+TGG + Chr7:52890561-52890580 None:intergenic 45.0%
CCATTGCATCTTTCAGAGGA+TGG - Chr7:52890734-52890753 MsG0780038774.01.T02:CDS 45.0%
CCCTTCAATTTCCCTTGATG+AGG - Chr7:52889978-52889997 MsG0780038774.01.T02:CDS 45.0%
CGTACGTTGAACACTTGAAG+AGG + Chr7:52890372-52890391 None:intergenic 45.0%
CTGAGACATACACACAGATG+CGG - Chr7:52890499-52890518 MsG0780038774.01.T02:CDS 45.0%
GAACACTTGAAGAGGAACCA+CGG + Chr7:52890364-52890383 None:intergenic 45.0%
GTAGTGAGGATCCTCATCAA+GGG + Chr7:52889992-52890011 None:intergenic 45.0%
TCACCGACAATAAGGTAGTG+AGG + Chr7:52890006-52890025 None:intergenic 45.0%
TGTCAAGTAAATTGCGCACG+GGG + Chr7:52889957-52889976 None:intergenic 45.0%
! CCATCCTCTGAAAGATGCAA+TGG + Chr7:52890737-52890756 None:intergenic 45.0%
! CTTTTCAGACCTTGTCCTTG+TGG + Chr7:52890151-52890170 None:intergenic 45.0%
! GAGATGCATGGCTTCAGTTT+TGG - Chr7:52890118-52890137 MsG0780038774.01.T02:CDS 45.0%
!! GTCGGTGACATTGATAACGA+AGG - Chr7:52890018-52890037 MsG0780038774.01.T02:CDS 45.0%
!!! AGTTTTGGAACCCATCCACA+AGG - Chr7:52890133-52890152 MsG0780038774.01.T02:CDS 45.0%
AAGTAAATTGCGCACGGGGA+AGG + Chr7:52889953-52889972 None:intergenic 50.0%
AGTAAATTGCGCACGGGGAA+GGG + Chr7:52889952-52889971 None:intergenic 50.0%
CAGACCTTGTCCTTGTGGAT+GGG + Chr7:52890146-52890165 None:intergenic 50.0%
GGTAGTGAGGATCCTCATCA+AGG + Chr7:52889993-52890012 None:intergenic 50.0%
GTAGTGACCAATGCTAGGTG+TGG + Chr7:52889865-52889884 None:intergenic 50.0%
TCAGACCTTGTCCTTGTGGA+TGG + Chr7:52890147-52890166 None:intergenic 50.0%
!! GGTGCCATTGCATCTTTCAG+AGG - Chr7:52890730-52890749 MsG0780038774.01.T02:CDS 50.0%
GGAACCCATCCACAAGGACA+AGG - Chr7:52890139-52890158 MsG0780038774.01.T02:CDS 55.0%
!! CACGTGGGTATCGAGATGCA+TGG - Chr7:52890106-52890125 MsG0780038774.01.T02:CDS 55.0%
ACACAGATGCGGCTGCCTCA+AGG - Chr7:52890510-52890529 MsG0780038774.01.T02:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 52889835 52890767 52889835 ID=MsG0780038774.01;Name=MsG0780038774.01
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Chr7 exon 52889835 52890293 52889835 ID=MsG0780038774.01.T01:exon:19485;Parent=MsG0780038774.01.T01
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Chr7 exon 52889835 52890305 52889835 ID=MsG0780038774.01.T03:exon:19487;Parent=MsG0780038774.01.T03
Chr7 CDS 52889835 52890305 52889835 ID=MsG0780038774.01.T03:cds;Parent=MsG0780038774.01.T03
Gene Sequence

>MsG0780038774.01.T02

ATGCACCTTCAACAATCTGCACGAAATCCACACCTAGCATTGGTCACTACTAAGAAACGATCTGCACAAAATCCTCACCTAGCACTAATTACTACTAACATTGAGAGGGTTATACCCTTCCCCGTGCGCAATTTACTTGACAACCCTTCAATTTCCCTTGATGAGGATCCTCACTACCTTATTGTCGGTTCATGCAATGGATTGATTTGCTTGCTCATTTTTACTTATTCACGTGGGTATCGAGATGCATGGCTTCAGTTTTGGAACCCATCCACAAGGACAAGGTCTGAAAAGTTAGGGTATTTACGCCTTTTTAGCAGTAAGTATTCTGGACCGATATATTATGAATTTACATTTGGTTATGATAATTTAACATCCACATTTAAGGTTGTGATGTTAAGTTATCATAGTAAAAATATGATGATACTAGAGACGAAAGTTTTCGGTTTGGGTGAAAACATTTGGAGAAACATAACAAATTTACCCGTGGTTCCTCTTCAAGTGTTCAACGTACGCCAGCATTATGTTGTGTATTTGAGTGGAACACTTAATTGGTTGGCCGTTTTCGACTTTCCCATTGATTCTGTTAACAAATATGTGATTATTTCACTTGATTTGGGAACTGAGACATACACACAGATGCGGCTGCCTCAAGGTTTTGATAAATTGTCTCAAGTTGATCCAACTATCAGCGTGTTGAATGGACGCCTTTCTTTTTCATATGATGTGAAGCAGACTCATTTTGTTTTATGGCATATGATGGATTTTAGAGTTGTAGAGTCTTGGACTCCACTGCTTCAAATTAGTTATGAGAATCTTCAAATTGATTACTTGGAGGTCCGATATTTTATTTGGTGCCATTGCATCTTTCAGAGGATGGTCAAATACTGA

>MsG0780038774.01.T03

ATGATACTAGAGACGAAAGTTTTCGGTTTGGGTGAAAACATTTGGAGAAACATAACAAATTTACCCGTGGTTCCTCTTCAAGTGTTCAACGTACGCCAGCATTATGTTGTGTATTTGAGTGGAACACTTAATTGGTTGGCCGTTTTCGACTTTCCCATTGATTCTGTTAACAAATATGTGATTATTTCACTTGATTTGGGAACTGAGACATACACACAGATGCGGCTGCCTCAAGGTTTTGATAAATTGTCTCAAGTTGATCCAACTATCAGCGTGTTGAATGGACGCCTTTCTTTTTCATATGATGTGAAGCAGACTCATTTTGTTTTATGGCATATGATGGATTTTAGAGTTGTAGAGTCTTGGACTCCACTGCTTCAAATTAGTTATGAGAATCTTCAAATTGATTACTTGGAGGTCCGATATTTTATTTGGTGCCATTGCATCTTTCAGAGGATGGTCAAATACTGA

>MsG0780038774.01.T01

ATGCACCTTCAACAATCTGCACGAAATCCACACCTAGCATTGGTCACTACTAAGAAACGATCTGCACAAAATCCTCACCTAGCACTAATTACTACTAACATTGAGAGGGTTATACCCTTCCCCGTGCGCAATTTACTTGACAACCCTTCAATTTCCCTTGATGAGGATCCTCACTACCTTATTGTCGGTTCATGCAATGGATTGATTTGCTTGCTCATTTTTACTTATTCACGTGGGTATCGAGATGCATGGCTTCAGTTTTGGAACCCATCCACAAGGACAAGGTCTGAAAAGTTAGGGTATTTACGCCTTTTTAGCAGTAAGTATTCTGGACCGATATATTATGAATTTACATTTGGTTATGATAATTTAACATCCACATTTAAGGTTACGAAAGTTTTCGGTTTGGGTGAAAACATTTGGAGAAACATAACAAATTTACCCGTGGTTCCTCTTCAAGTGTTCAACGTACGCCAGCATTATGTTGTGTATTTGAGTGGAACACTTAATTGGTTGGCCGTTTTCGACTTTCCCATTGATTCTGTTAACAAATATGTGATTATTTCACTTGATTTGGGAACTGAGACATACACACAGATGCGGCTGCCTCAAGGTTTTGATAAATTGTCTCAAGTTGATCCAACTATCAGCGTGTTGAATGGACGCCTTTCTTTTTCATATGATGTGAAGCAGACTCATTTTGTTTTATGGCATATGATGGATTTTAGAGTTGTAGAGTCTTGGACTCCACTGCTTCAAATTAGTTATGAGAATCTTCAAATTGATTACTTGGAGGTCCGATATTTTATTTGGTGCCATTGCATCTTTCAGAGGATGGTCAAATACTGA
Protein sequence

>MsG0780038774.01.T02

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>MsG0780038774.01.T03

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>MsG0780038774.01.T01

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