AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780037608.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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MsG0780037608.01.T01 AT1G71320 23.562 365 223 13 3 327 2 350 2.22e-11 65.1

Find 71 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 85 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CCTCGCACTTATGGGCTTTC+GGG 0.131428 7:+29288530 None:intergenic
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CCATTCTCAGAAAGACATAA+TGG 0.371835 7:+29288018 None:intergenic
ACAAAGTCTTGCTGTATTAA+GGG 0.371918 7:-29288178 MsG0780037608.01.T01:CDS
GACATAATGGGAACAATTCA+TGG 0.374722 7:+29288031 None:intergenic
GTAGTTTACGTGATAATGTT+TGG 0.376677 7:-29288428 MsG0780037608.01.T01:CDS
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AAAACTACTGGTTCCATGTC+TGG 0.382509 7:-29288602 MsG0780037608.01.T01:CDS
CACTTATGGGCTTTCGGGGT+CGG 0.386455 7:+29288535 None:intergenic
GCAAGACTTTGTTGAACAAC+TGG 0.410345 7:+29288189 None:intergenic
CAGAGGAATAGCTGTGACTC+TGG 0.429554 7:+29288767 None:intergenic
AGGAAAATATCTCAAAGATT+AGG 0.431530 7:-29288567 MsG0780037608.01.T01:CDS
GCGAGGCTTAGGTTCGCATT+TGG 0.438644 7:-29288513 MsG0780037608.01.T01:CDS
CTTCACCTCTTCGGAAGAAA+AGG 0.438878 7:+29288455 None:intergenic
TTAAATCTCTTATGCGACTA+AGG 0.453399 7:-29288914 MsG0780037608.01.T01:CDS
AATGATTTCACCCGAATAGT+TGG 0.459966 7:-29288678 MsG0780037608.01.T01:CDS
AGCCCATAAGTGCGAGGCTT+AGG 0.462745 7:-29288524 MsG0780037608.01.T01:CDS
ATTTAACCGGAGAATATGAT+AGG 0.474952 7:+29288931 None:intergenic
CATTCTCAGAAAGACATAAT+GGG 0.479687 7:+29288019 None:intergenic
ACTACAAACCTTCACCTCTT+CGG 0.485820 7:+29288446 None:intergenic
CGAATAGTTGGTTCATGCAA+TGG 0.492876 7:-29288666 MsG0780037608.01.T01:CDS
AGTCGCATAAGAGATTTAAC+CGG 0.503291 7:+29288918 None:intergenic
TATTCCTCTGAATCATCTAC+TGG 0.508001 7:-29288754 MsG0780037608.01.T01:CDS
ATCTTAGTACCGAGACATAC+AGG 0.508203 7:-29288245 MsG0780037608.01.T01:CDS
ATGTCTCGGTACTAAGATCA+AGG 0.509234 7:+29288250 None:intergenic
CAACTGAGCATCAAAACTAC+TGG 0.514597 7:-29288614 MsG0780037608.01.T01:CDS
CTCGCACTTATGGGCTTTCG+GGG 0.528386 7:+29288531 None:intergenic
AATGGATTGCTAAGTTTGCT+TGG 0.534345 7:-29288648 MsG0780037608.01.T01:CDS
ACACTGATATTACTATGCTC+TGG 0.534454 7:-29287991 MsG0780037608.01.T01:CDS
AACTGAACCTGCGTTGTAGT+AGG 0.534858 7:+29288791 None:intergenic
TAGTGGCTGGGTTCCAGACA+TGG 0.537482 7:+29288589 None:intergenic
ATTGCATGAACCAACTATTC+GGG 0.546681 7:+29288668 None:intergenic
CAATTTGACGAAAGTGGGAT+CGG 0.552224 7:+29288857 None:intergenic
GGAAGTCCTATCATATTCTC+CGG 0.556366 7:-29288937 MsG0780037608.01.T01:CDS
TAAGGTGTGTCTGCAAGTCA+TGG 0.559824 7:-29288896 MsG0780037608.01.T01:CDS
ATGTCTGGAACCCAGCCACT+AGG 0.572660 7:-29288587 MsG0780037608.01.T01:CDS
TGTTTCTTGCAGAACGCTGA+AGG 0.576497 7:+29288832 None:intergenic
AATAGAATAGAGAAAGCTAG+TGG 0.577095 7:-29287937 MsG0780037608.01.T01:CDS
AAGGTGCAATTTGACGAAAG+TGG 0.578947 7:+29288851 None:intergenic
CAGCAAATGCCTGTATGTCT+CGG 0.581040 7:+29288236 None:intergenic
AGGTGCAATTTGACGAAAGT+GGG 0.582709 7:+29288852 None:intergenic
AACTGACAATTACAAGGTGG+TGG 0.583045 7:-29288478 MsG0780037608.01.T01:CDS
TTTGTAACAGTTGCTGTAGA+CGG 0.586914 7:+29288713 None:intergenic
CAAACTTTCAACATAATCCT+CGG 0.588753 7:+29287897 None:intergenic
GACTTCCACGATAAGATCAT+CGG 0.590682 7:+29288953 None:intergenic
AATGAAGGTGTGTATTTGAG+TGG 0.593466 7:-29288360 MsG0780037608.01.T01:CDS
AGAAAGCTAGTGGACATACA+TGG 0.606976 7:-29287927 MsG0780037608.01.T01:CDS
TTCTCCAGTAGATGATTCAG+AGG 0.616023 7:+29288750 None:intergenic
CTGACCTCCTACTACAACGC+AGG 0.616823 7:-29288798 MsG0780037608.01.T01:CDS
TGAACCTGCGTTGTAGTAGG+AGG 0.622888 7:+29288794 None:intergenic
TGTCTCGGTACTAAGATCAA+GGG 0.636959 7:+29288251 None:intergenic
TAATTCAACTGACAATTACA+AGG 0.637360 7:-29288484 MsG0780037608.01.T01:CDS
TACTTCATCAACCTCACGAG+GGG 0.639193 7:+29288212 None:intergenic
CCTCTCCGATGATCTTATCG+TGG 0.645699 7:-29288958 MsG0780037608.01.T01:CDS
CCCGAAAGCCCATAAGTGCG+AGG 0.646745 7:-29288530 MsG0780037608.01.T01:CDS
GGTACTTCATCAACCTCACG+AGG 0.649751 7:+29288210 None:intergenic
GCTGTAGACGGTGATCAATG+AGG 0.662724 7:+29288725 None:intergenic
ACATACATGGTGTTATGCCG+AGG 0.665828 7:-29287914 MsG0780037608.01.T01:CDS
GTACTTCATCAACCTCACGA+GGG 0.686379 7:+29288211 None:intergenic
ACTTCATCAACCTCACGAGG+GGG 0.702937 7:+29288213 None:intergenic
CCACGATAAGATCATCGGAG+AGG 0.725929 7:+29288958 None:intergenic
TTCAACTGACAATTACAAGG+TGG 0.740089 7:-29288481 MsG0780037608.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AGATAAATAACATAAAAACT+TGG + Chr7:29288488-29288507 None:intergenic 15.0%
!! TGAAGTAATTCTTTATAATT+TGG - Chr7:29288916-29288935 MsG0780037608.01.T01:CDS 15.0%
!!! AGTTTTTATGTTATTTATCT+TGG - Chr7:29288488-29288507 MsG0780037608.01.T01:CDS 15.0%
! AGGAAAATATCTCAAAGATT+AGG - Chr7:29288314-29288333 MsG0780037608.01.T01:CDS 25.0%
! TAATTCAACTGACAATTACA+AGG - Chr7:29288397-29288416 MsG0780037608.01.T01:CDS 25.0%
!!! CTTGGCTTTATTTTTAATGA+AGG - Chr7:29288506-29288525 MsG0780037608.01.T01:CDS 25.0%
AATAGAATAGAGAAAGCTAG+TGG - Chr7:29288944-29288963 MsG0780037608.01.T01:CDS 30.0%
ATTTAACCGGAGAATATGAT+AGG + Chr7:29287953-29287972 None:intergenic 30.0%
CAAACTTTCAACATAATCCT+CGG + Chr7:29288987-29289006 None:intergenic 30.0%
CATTCTCAGAAAGACATAAT+GGG + Chr7:29288865-29288884 None:intergenic 30.0%
TTAAATCTCTTATGCGACTA+AGG - Chr7:29287967-29287986 MsG0780037608.01.T01:CDS 30.0%
! AACAAAGTCTTGCTGTATTA+AGG - Chr7:29288702-29288721 MsG0780037608.01.T01:CDS 30.0%
! ACAAAGTCTTGCTGTATTAA+GGG - Chr7:29288703-29288722 MsG0780037608.01.T01:CDS 30.0%
! GTAGTTTACGTGATAATGTT+TGG - Chr7:29288453-29288472 MsG0780037608.01.T01:CDS 30.0%
!! AGAGAACTCATTTTGTTGTA+TGG - Chr7:29288753-29288772 MsG0780037608.01.T01:CDS 30.0%
!! GATTCTGACAACTGATTTTA+AGG + Chr7:29288820-29288839 None:intergenic 30.0%
!!! GAGTTTTAGTTATAGTGAGA+AGG - Chr7:29288577-29288596 MsG0780037608.01.T01:CDS 30.0%
!!! TCTTTGAGATATTTTCCTAG+TGG + Chr7:29288312-29288331 None:intergenic 30.0%
AATGATTTCACCCGAATAGT+TGG - Chr7:29288203-29288222 MsG0780037608.01.T01:CDS 35.0%
ACACTGATATTACTATGCTC+TGG - Chr7:29288890-29288909 MsG0780037608.01.T01:CDS 35.0%
AGTCGCATAAGAGATTTAAC+CGG + Chr7:29287966-29287985 None:intergenic 35.0%
ATTGCATGAACCAACTATTC+GGG + Chr7:29288216-29288235 None:intergenic 35.0%
CATTGCATGAACCAACTATT+CGG + Chr7:29288217-29288236 None:intergenic 35.0%
CCATTCTCAGAAAGACATAA+TGG + Chr7:29288866-29288885 None:intergenic 35.0%
CGAGGATTATGTTGAAAGTT+TGG - Chr7:29288985-29289004 MsG0780037608.01.T01:CDS 35.0%
TATTCCTCTGAATCATCTAC+TGG - Chr7:29288127-29288146 MsG0780037608.01.T01:CDS 35.0%
TGTGCATGTGAGAAAAACAA+AGG + Chr7:29288733-29288752 None:intergenic 35.0%
TTCAACTGACAATTACAAGG+TGG - Chr7:29288400-29288419 MsG0780037608.01.T01:CDS 35.0%
TTTGTAACAGTTGCTGTAGA+CGG + Chr7:29288171-29288190 None:intergenic 35.0%
! AATGAAGGTGTGTATTTGAG+TGG - Chr7:29288521-29288540 MsG0780037608.01.T01:CDS 35.0%
! AATTTGGAGTTGAGCAATCT+TGG - Chr7:29288786-29288805 MsG0780037608.01.T01:CDS 35.0%
! CCATTATGTCTTTCTGAGAA+TGG - Chr7:29288863-29288882 MsG0780037608.01.T01:CDS 35.0%
! GACATAATGGGAACAATTCA+TGG + Chr7:29288853-29288872 None:intergenic 35.0%
!! AAAACTCAACTGCTTTTGAG+TGG + Chr7:29288564-29288583 None:intergenic 35.0%
!! AATGGATTGCTAAGTTTGCT+TGG - Chr7:29288233-29288252 MsG0780037608.01.T01:CDS 35.0%
AACTGACAATTACAAGGTGG+TGG - Chr7:29288403-29288422 MsG0780037608.01.T01:CDS 40.0%
AAGGTGCAATTTGACGAAAG+TGG + Chr7:29288033-29288052 None:intergenic 40.0%
ACTACAAACCTTCACCTCTT+CGG + Chr7:29288438-29288457 None:intergenic 40.0%
AGGTGCAATTTGACGAAAGT+GGG + Chr7:29288032-29288051 None:intergenic 40.0%
ATGTCTCGGTACTAAGATCA+AGG + Chr7:29288634-29288653 None:intergenic 40.0%
ATTTGAGTGGCACTGTTTAC+TGG - Chr7:29288534-29288553 MsG0780037608.01.T01:CDS 40.0%
CAACTGAGCATCAAAACTAC+TGG - Chr7:29288267-29288286 MsG0780037608.01.T01:CDS 40.0%
CAATTTGACGAAAGTGGGAT+CGG + Chr7:29288027-29288046 None:intergenic 40.0%
GACTTCCACGATAAGATCAT+CGG + Chr7:29287931-29287950 None:intergenic 40.0%
GCAAGACTTTGTTGAACAAC+TGG + Chr7:29288695-29288714 None:intergenic 40.0%
GGAAGTCCTATCATATTCTC+CGG - Chr7:29287944-29287963 MsG0780037608.01.T01:CDS 40.0%
GTATGGCAGATGACAGAATT+TGG - Chr7:29288770-29288789 MsG0780037608.01.T01:CDS 40.0%
TGTCTCGGTACTAAGATCAA+GGG + Chr7:29288633-29288652 None:intergenic 40.0%
TTCTCCAGTAGATGATTCAG+AGG + Chr7:29288134-29288153 None:intergenic 40.0%
! AGAAAGCTAGTGGACATACA+TGG - Chr7:29288954-29288973 MsG0780037608.01.T01:CDS 40.0%
! ATCTTAGTACCGAGACATAC+AGG - Chr7:29288636-29288655 MsG0780037608.01.T01:CDS 40.0%
! CGAATAGTTGGTTCATGCAA+TGG - Chr7:29288215-29288234 MsG0780037608.01.T01:CDS 40.0%
! GAGATATTTTCCTAGTGGCT+GGG + Chr7:29288307-29288326 None:intergenic 40.0%
! TGAGATATTTTCCTAGTGGC+TGG + Chr7:29288308-29288327 None:intergenic 40.0%
!! AAAACTACTGGTTCCATGTC+TGG - Chr7:29288279-29288298 MsG0780037608.01.T01:CDS 40.0%
AACCTAAGCCTCGCACTTAT+GGG + Chr7:29288362-29288381 None:intergenic 45.0%
AACTGAACCTGCGTTGTAGT+AGG + Chr7:29288093-29288112 None:intergenic 45.0%
CAGCAAATGCCTGTATGTCT+CGG + Chr7:29288648-29288667 None:intergenic 45.0%
CTTCACCTCTTCGGAAGAAA+AGG + Chr7:29288429-29288448 None:intergenic 45.0%
GTACTTCATCAACCTCACGA+GGG + Chr7:29288673-29288692 None:intergenic 45.0%
TAAGGTGTGTCTGCAAGTCA+TGG - Chr7:29287985-29288004 MsG0780037608.01.T01:CDS 45.0%
TACTTCATCAACCTCACGAG+GGG + Chr7:29288672-29288691 None:intergenic 45.0%
TGTTTCTTGCAGAACGCTGA+AGG + Chr7:29288052-29288071 None:intergenic 45.0%
! CTTTTCTTCCGAAGAGGTGA+AGG - Chr7:29288427-29288446 MsG0780037608.01.T01:CDS 45.0%
!! ACATACATGGTGTTATGCCG+AGG - Chr7:29288967-29288986 MsG0780037608.01.T01:CDS 45.0%
ACTTCATCAACCTCACGAGG+GGG + Chr7:29288671-29288690 None:intergenic 50.0%
CAGAGGAATAGCTGTGACTC+TGG + Chr7:29288117-29288136 None:intergenic 50.0%
CCACGATAAGATCATCGGAG+AGG + Chr7:29287926-29287945 None:intergenic 50.0%
CCTCTCCGATGATCTTATCG+TGG - Chr7:29287923-29287942 MsG0780037608.01.T01:CDS 50.0%
GAACCTAAGCCTCGCACTTA+TGG + Chr7:29288363-29288382 None:intergenic 50.0%
GCTGTAGACGGTGATCAATG+AGG + Chr7:29288159-29288178 None:intergenic 50.0%
GGTACTTCATCAACCTCACG+AGG + Chr7:29288674-29288693 None:intergenic 50.0%
TGAACCTGCGTTGTAGTAGG+AGG + Chr7:29288090-29288109 None:intergenic 50.0%
AGCCCATAAGTGCGAGGCTT+AGG - Chr7:29288357-29288376 MsG0780037608.01.T01:CDS 55.0%
CACTTATGGGCTTTCGGGGT+CGG + Chr7:29288349-29288368 None:intergenic 55.0%
CCTCGCACTTATGGGCTTTC+GGG + Chr7:29288354-29288373 None:intergenic 55.0%
CTCGCACTTATGGGCTTTCG+GGG + Chr7:29288353-29288372 None:intergenic 55.0%
CTGACCTCCTACTACAACGC+AGG - Chr7:29288083-29288102 MsG0780037608.01.T01:CDS 55.0%
GCCTCGCACTTATGGGCTTT+CGG + Chr7:29288355-29288374 None:intergenic 55.0%
GCGAGGCTTAGGTTCGCATT+TGG - Chr7:29288368-29288387 MsG0780037608.01.T01:CDS 55.0%
TAGTGGCTGGGTTCCAGACA+TGG + Chr7:29288295-29288314 None:intergenic 55.0%
! ATGTCTGGAACCCAGCCACT+AGG - Chr7:29288294-29288313 MsG0780037608.01.T01:CDS 55.0%
! GGTGGCCTTTTCTTCCGAAG+AGG - Chr7:29288421-29288440 MsG0780037608.01.T01:CDS 55.0%
CCCGAAAGCCCATAAGTGCG+AGG - Chr7:29288351-29288370 MsG0780037608.01.T01:CDS 60.0%
! GCATTTGCTGCCCCCTCGTG+AGG - Chr7:29288658-29288677 MsG0780037608.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 29287882 29289021 29287882 ID=MsG0780037608.01;Name=MsG0780037608.01
Chr7 mRNA 29287882 29289021 29287882 ID=MsG0780037608.01.T01;Parent=MsG0780037608.01;Name=MsG0780037608.01.T01;_AED=0.45;_eAED=0.45;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|379
Chr7 exon 29287882 29289021 29287882 ID=MsG0780037608.01.T01:exon:4372;Parent=MsG0780037608.01.T01
Chr7 CDS 29287882 29289021 29287882 ID=MsG0780037608.01.T01:cds;Parent=MsG0780037608.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780037608.01.T01

ATGTCGCAGCACTCTAAAATCACTCGAATCTCAAGCATAATCCTCTCCGATGATCTTATCGTGGAAGTCCTATCATATTCTCCGGTTAAATCTCTTATGCGACTAAGGTGTGTCTGCAAGTCATGGAACACACTCATCTCTTCCGATCCCACTTTCGTCAAATTGCACCTTCAGCGTTCTGCAAGAAACAAACACATAGCACTGACCTCCTACTACAACGCAGGTTCAGTTTCCAGAGTCACAGCTATTCCTCTGAATCATCTACTGGAGAACTCCTCATTGATCACCGTCTACAGCAACTGTTACAAACGACTCGAGTTTAATGATTTCACCCGAATAGTTGGTTCATGCAATGGATTGCTAAGTTTGCTTGGTCGTTCTAACACAACTGAGCATCAAAACTACTGGTTCCATGTCTGGAACCCAGCCACTAGGAAAATATCTCAAAGATTAGGATCTTTTCACCGACCCCGAAAGCCCATAAGTGCGAGGCTTAGGTTCGCATTTGGTTATGATAATTCAACTGACAATTACAAGGTGGTGGCCTTTTCTTCCGAAGAGGTGAAGGTTTGTAGTTTACGTGATAATGTTTGGAGAAATATTCCAAGTTTTTATGTTATTTATCTTGGCTTTATTTTTAATGAAGGTGTGTATTTGAGTGGCACTGTTTACTGGTTTGCCACTCAAAAGCAGTTGAGTTTTAGTTATAGTGAGAAGGATTTTAATGTTGAGAAAATTATGATTATATCCCTTGATCTTAGTACCGAGACATACAGGCATTTGCTGCCCCCTCGTGAGGTTGATGAAGTACCAGTTGTTCAACAAAGTCTTGCTGTATTAAGGGACAGCCTTTGTTTTTCTCACATGCACAAGAGAACTCATTTTGTTGTATGGCAGATGACAGAATTTGGAGTTGAGCAATCTTGGACTCAATTCCTTAAAATCAGTTGTCAGAATCTTGAGAAATACCATGAATTGTTCCCATTATGTCTTTCTGAGAATGGACATACACTGATATTACTATGCTCTGGAGATGAAGTAATTCTTTATAATTTGGTAGAAAATAGAATAGAGAAAGCTAGTGGACATACATGGTGTTATGCCGAGGATTATGTTGAAAGTTTGGCTTCAATTTGTTGA
Protein sequence

>MsG0780037608.01.T01

MSQHSKITRISSIILSDDLIVEVLSYSPVKSLMRLRCVCKSWNTLISSDPTFVKLHLQRSARNKHIALTSYYNAGSVSRVTAIPLNHLLENSSLITVYSNCYKRLEFNDFTRIVGSCNGLLSLLGRSNTTEHQNYWFHVWNPATRKISQRLGSFHRPRKPISARLRFAFGYDNSTDNYKVVAFSSEEVKVCSLRDNVWRNIPSFYVIYLGFIFNEGVYLSGTVYWFATQKQLSFSYSEKDFNVEKIMIISLDLSTETYRHLLPPREVDEVPVVQQSLAVLRDSLCFSHMHKRTHFVVWQMTEFGVEQSWTQFLKISCQNLEKYHELFPLCLSENGHTLILLCSGDEVILYNLVENRIEKASGHTWCYAEDYVESLASIC*