AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780039148.01


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MsG0780039148.01.T01 MTR_7g022580 36.893 103 49 4 64 159 2 95 6.98e-12 63.9
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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 71 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 91 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GCCAACTATTTGTGTGTTAA+TGG 0.125603 7:+58701181 MsG0780039148.01.T01:CDS
TGTGATCATCTCGCTTAATT+TGG 0.142470 7:+58701097 MsG0780039148.01.T01:CDS
ACAGAGCTTCACTACCTTAT+AGG 0.170838 7:-58700883 None:intergenic
TGAAACTTCTTATGCGATTT+AGG 0.174878 7:+58700466 MsG0780039148.01.T01:CDS
TTAGTTTGGGTGATAATATT+TGG 0.213266 7:+58700931 MsG0780039148.01.T01:CDS
GTGATCATCTCGCTTAATTT+GGG 0.263153 7:+58701098 MsG0780039148.01.T01:CDS
CTTCAAACTGATTGTTATAA+TGG 0.268082 7:+58701329 MsG0780039148.01.T01:CDS
CAATCATTACGTTGAAAGTT+TGG 0.275630 7:+58701496 MsG0780039148.01.T01:CDS
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CTACAATTGGAAAACTAATA+TGG 0.296094 7:+58701430 MsG0780039148.01.T01:CDS
TATGGACCTATGTTTGGATT+TGG 0.301257 7:+58700840 MsG0780039148.01.T01:CDS
GTTAAATATGGACCTATGTT+TGG 0.303596 7:+58700834 MsG0780039148.01.T01:CDS
AGGGAGATCAGTTTGTTATA+TGG 0.342171 7:+58701243 MsG0780039148.01.T01:CDS
AATTCCTTAAAATTAGTTAT+CGG 0.362208 7:+58701303 MsG0780039148.01.T01:CDS
TATCACATGATAAGGAATAT+TGG 0.374997 7:+58700348 None:intergenic
ATTTGAGCGGAACTCTTAAC+TGG 0.376723 7:+58701018 MsG0780039148.01.T01:CDS
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ATATGGAAGATGATGAAGTT+TGG 0.433235 7:+58701260 MsG0780039148.01.T01:CDS
TACGCCGTTGGTTCCTGCAA+TGG 0.436152 7:+58700714 MsG0780039148.01.T01:CDS
TCCATTAACACACAAATAGT+TGG 0.436549 7:-58701182 None:intergenic
TTAGGTGCGTTTGCAAGTCT+TGG 0.440748 7:+58700484 MsG0780039148.01.T01:CDS
CATGCATACTAAACCATTGC+AGG 0.444816 7:-58700727 None:intergenic
TTAGACATTCTCCTTGTGGC+CGG 0.449337 7:-58700792 None:intergenic
TAACAAAGTATCACATGATA+AGG 0.451116 7:+58700340 None:intergenic
TTCTCATGCTGAAGGTTACA+AGG 0.458456 7:+58701223 MsG0780039148.01.T01:CDS
TTACGAACATCTGGAAAACT+TGG 0.469632 7:-58700963 None:intergenic
AGGTTCTGGTGAAAAGTTGT+TGG 0.480855 7:+58701154 MsG0780039148.01.T01:CDS
CTGCAATGGTTTAGTATGCA+TGG 0.485466 7:+58700728 MsG0780039148.01.T01:CDS
GGAATATTGGTTCGGCTACA+CGG 0.497526 7:+58700361 MsG0780039148.01.T01:CDS
CATGATAAGGAATATTGGTT+CGG 0.500758 7:+58700353 None:intergenic
AAATCGCATAAGAAGTTTCA+CGG 0.502851 7:-58700463 None:intergenic
CACATATTGAATGAAGAAGA+TGG 0.510956 7:+58700687 MsG0780039148.01.T01:CDS
ACTTCAATGATGAGATCGTC+GGG 0.510986 7:-58700426 None:intergenic
TAGACATTCTCCTTGTGGCC+GGG 0.513661 7:-58700791 None:intergenic
TTTGCCCACGAGTCGTTTAG+TGG 0.520532 7:+58700635 MsG0780039148.01.T01:CDS
GAGCGGAACTCTTAACTGGT+TGG 0.521888 7:+58701022 MsG0780039148.01.T01:CDS
GATGATCACAAAATTATCAA+TGG 0.529323 7:-58701084 None:intergenic
GAAAGGATATTACATATGAC+TGG 0.532594 7:+58701051 MsG0780039148.01.T01:CDS
CGGTGATACATTGATATTGA+GGG 0.539670 7:+58701382 MsG0780039148.01.T01:CDS
GCATAAGAAGTTTCACGGTA+AGG 0.545286 7:-58700458 None:intergenic
TATGCAGCCGCCATCGCCAC+AGG 0.546050 7:+58700395 MsG0780039148.01.T01:CDS
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GACTTCAATGATGAGATCGT+CGG 0.555426 7:-58700427 None:intergenic
TAACTGGTTGGTCATTCGAA+AGG 0.558806 7:+58701034 MsG0780039148.01.T01:CDS
TTGCCCACGAGTCGTTTAGT+GGG 0.560772 7:+58700636 MsG0780039148.01.T01:CDS
GCGGTGATACATTGATATTG+AGG 0.563690 7:+58701381 MsG0780039148.01.T01:CDS
TGATCATCTCGCTTAATTTG+GGG 0.567922 7:+58701099 MsG0780039148.01.T01:CDS
AATGGTTTAGTATGCATGGT+TGG 0.573888 7:+58700732 MsG0780039148.01.T01:CDS
ATATTGAGGGTCCGTAGTGA+AGG 0.585627 7:+58701395 MsG0780039148.01.T01:CDS
GGAAGAAATACCTGTGGCGA+TGG 0.591939 7:-58700405 None:intergenic
AGAAATACCTGTGGCGATGG+CGG 0.595798 7:-58700402 None:intergenic
TAAACCATTGCAGGAACCAA+CGG 0.599750 7:-58700718 None:intergenic
CCATTGTGTCTTTCTGAGAG+CGG 0.600434 7:+58701362 MsG0780039148.01.T01:CDS
TCAATATGTGATCGTTCGTG+AGG 0.600852 7:-58700674 None:intergenic
GTGAAACGAGCAGAGATGCA+AGG 0.608870 7:+58700904 MsG0780039148.01.T01:CDS
GAATTACATGTCCTTCACTA+CGG 0.613594 7:-58701406 None:intergenic
TGCCCACGAGTCGTTTAGTG+GGG 0.615717 7:+58700637 MsG0780039148.01.T01:CDS
CATCTCGCTTAATTTGGGGA+CGG 0.616321 7:+58701103 MsG0780039148.01.T01:CDS
TCTCATGCTGAAGGTTACAA+GGG 0.618351 7:+58701224 MsG0780039148.01.T01:CDS
TTCCCCACTAAACGACTCGT+GGG 0.626702 7:-58700639 None:intergenic
ATGGTTATATTTCTATAACC+CGG 0.627671 7:+58700773 MsG0780039148.01.T01:CDS
GTTCCCCACTAAACGACTCG+TGG 0.629091 7:-58700640 None:intergenic
CAATATGTGATCGTTCGTGA+GGG 0.629511 7:-58700673 None:intergenic
ATTTCTATAACCCGGCCACA+AGG 0.637813 7:+58700781 MsG0780039148.01.T01:CDS
ATCACAAAATTATCAATGGT+AGG 0.647273 7:-58701080 None:intergenic
TACAGTTGTGTGTATTTGAG+CGG 0.667579 7:+58701005 MsG0780039148.01.T01:CDS
CAATTGGAAAACTAATATGG+TGG 0.669082 7:+58701433 MsG0780039148.01.T01:CDS
CCGCTCTCAGAAAGACACAA+TGG 0.729516 7:-58701362 None:intergenic
TCGTCGGGAAGAAATACCTG+TGG 0.733108 7:-58700411 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AATTCCTTAAAATTAGTTAT+CGG + Chr7:58701303-58701322 MsG0780039148.01.T01:CDS 15.0%
!!! ATTTGGTTTTGATATTTTAA+CGG + Chr7:58700857-58700876 MsG0780039148.01.T01:CDS 15.0%
!! GTTATTCTGATTTAAAAAGA+TGG + Chr7:58700754-58700773 MsG0780039148.01.T01:CDS 20.0%
!!! GGTGATTTTTTATAAATTCA+GGG - Chr7:58700527-58700546 None:intergenic 20.0%
!!! TGGTGATTTTTTATAAATTC+AGG - Chr7:58700528-58700547 None:intergenic 20.0%
! AGGAGAATGTCTAAAAAATT+AGG + Chr7:58700801-58700820 MsG0780039148.01.T01:CDS 25.0%
! ATCACAAAATTATCAATGGT+AGG - Chr7:58701083-58701102 None:intergenic 25.0%
! CTACAATTGGAAAACTAATA+TGG + Chr7:58701430-58701449 MsG0780039148.01.T01:CDS 25.0%
! CTTCAAACTGATTGTTATAA+TGG + Chr7:58701329-58701348 MsG0780039148.01.T01:CDS 25.0%
! GATGATCACAAAATTATCAA+TGG - Chr7:58701087-58701106 None:intergenic 25.0%
! GGAGAATGTCTAAAAAATTA+GGG + Chr7:58700802-58700821 MsG0780039148.01.T01:CDS 25.0%
!! ATGGTTATATTTCTATAACC+CGG + Chr7:58700773-58700792 MsG0780039148.01.T01:CDS 25.0%
!! TTAGTTTGGGTGATAATATT+TGG + Chr7:58700931-58700950 MsG0780039148.01.T01:CDS 25.0%
AAATCGCATAAGAAGTTTCA+CGG - Chr7:58700466-58700485 None:intergenic 30.0%
ATATGGAAGATGATGAAGTT+TGG + Chr7:58701260-58701279 MsG0780039148.01.T01:CDS 30.0%
CAATCATTACGTTGAAAGTT+TGG + Chr7:58701496-58701515 MsG0780039148.01.T01:CDS 30.0%
CAATTACTGTAGAAAAAAGG+TGG + Chr7:58701465-58701484 MsG0780039148.01.T01:CDS 30.0%
CAATTGGAAAACTAATATGG+TGG + Chr7:58701433-58701452 MsG0780039148.01.T01:CDS 30.0%
CACATATTGAATGAAGAAGA+TGG + Chr7:58700687-58700706 MsG0780039148.01.T01:CDS 30.0%
CTGCAATTACTGTAGAAAAA+AGG + Chr7:58701462-58701481 MsG0780039148.01.T01:CDS 30.0%
GAAAGGATATTACATATGAC+TGG + Chr7:58701051-58701070 MsG0780039148.01.T01:CDS 30.0%
GACATGTAATTCTCTACAAT+TGG + Chr7:58701417-58701436 MsG0780039148.01.T01:CDS 30.0%
GTTAAATATGGACCTATGTT+TGG + Chr7:58700834-58700853 MsG0780039148.01.T01:CDS 30.0%
TCAAAACCAAATCCAAACAT+AGG - Chr7:58700849-58700868 None:intergenic 30.0%
TCCATTAACACACAAATAGT+TGG - Chr7:58701185-58701204 None:intergenic 30.0%
TGAAACTTCTTATGCGATTT+AGG + Chr7:58700466-58700485 MsG0780039148.01.T01:CDS 30.0%
! GAGTCCGATAACTAATTTTA+AGG - Chr7:58701310-58701329 None:intergenic 30.0%
! GGGACTTTTACTGTTAAATA+TGG + Chr7:58700822-58700841 MsG0780039148.01.T01:CDS 30.0%
! TGTTTCGTTCAGATTTCTTT+TGG - Chr7:58700548-58700567 None:intergenic 30.0%
!!! AGATGCAAGGATTTTTAGTT+TGG + Chr7:58700917-58700936 MsG0780039148.01.T01:CDS 30.0%
!!! GAAAGTTTGGTTTTGACAAA+TGG + Chr7:58701509-58701528 MsG0780039148.01.T01:CDS 30.0%
!!! GATGCAAGGATTTTTAGTTT+GGG + Chr7:58700918-58700937 MsG0780039148.01.T01:CDS 30.0%
!!! TATTTTAACGGACACCTATA+AGG + Chr7:58700869-58700888 MsG0780039148.01.T01:CDS 30.0%
!!! TTTTTTAGACATTCTCCTTG+TGG - Chr7:58700799-58700818 None:intergenic 30.0%
AATGGTTTAGTATGCATGGT+TGG + Chr7:58700732-58700751 MsG0780039148.01.T01:CDS 35.0%
CGGTGATACATTGATATTGA+GGG + Chr7:58701382-58701401 MsG0780039148.01.T01:CDS 35.0%
GAATTACATGTCCTTCACTA+CGG - Chr7:58701409-58701428 None:intergenic 35.0%
GCCAACTATTTGTGTGTTAA+TGG + Chr7:58701181-58701200 MsG0780039148.01.T01:CDS 35.0%
GTGATCATCTCGCTTAATTT+GGG + Chr7:58701098-58701117 MsG0780039148.01.T01:CDS 35.0%
TACAGTTGTGTGTATTTGAG+CGG + Chr7:58701005-58701024 MsG0780039148.01.T01:CDS 35.0%
TATGGACCTATGTTTGGATT+TGG + Chr7:58700840-58700859 MsG0780039148.01.T01:CDS 35.0%
TGTGATCATCTCGCTTAATT+TGG + Chr7:58701097-58701116 MsG0780039148.01.T01:CDS 35.0%
TTACGAACATCTGGAAAACT+TGG - Chr7:58700966-58700985 None:intergenic 35.0%
! ACATGTTTTTCTCATGCTGA+AGG + Chr7:58701215-58701234 MsG0780039148.01.T01:CDS 35.0%
! TGATCATCTCGCTTAATTTG+GGG + Chr7:58701099-58701118 MsG0780039148.01.T01:CDS 35.0%
!! AGGGAGATCAGTTTGTTATA+TGG + Chr7:58701243-58701262 MsG0780039148.01.T01:CDS 35.0%
ACAGAGCTTCACTACCTTAT+AGG - Chr7:58700886-58700905 None:intergenic 40.0%
ACTTCAATGATGAGATCGTC+GGG - Chr7:58700429-58700448 None:intergenic 40.0%
ATTTGAGCGGAACTCTTAAC+TGG + Chr7:58701018-58701037 MsG0780039148.01.T01:CDS 40.0%
CAATATGTGATCGTTCGTGA+GGG - Chr7:58700676-58700695 None:intergenic 40.0%
CATGCATACTAAACCATTGC+AGG - Chr7:58700730-58700749 None:intergenic 40.0%
CTGCAATGGTTTAGTATGCA+TGG + Chr7:58700728-58700747 MsG0780039148.01.T01:CDS 40.0%
GACTTCAATGATGAGATCGT+CGG - Chr7:58700430-58700449 None:intergenic 40.0%
GCATAAGAAGTTTCACGGTA+AGG - Chr7:58700461-58700480 None:intergenic 40.0%
GCGGTGATACATTGATATTG+AGG + Chr7:58701381-58701400 MsG0780039148.01.T01:CDS 40.0%
TAAACCATTGCAGGAACCAA+CGG - Chr7:58700721-58700740 None:intergenic 40.0%
TCAATATGTGATCGTTCGTG+AGG - Chr7:58700677-58700696 None:intergenic 40.0%
TCAGAGAGATTACGAACATC+TGG - Chr7:58700975-58700994 None:intergenic 40.0%
TCTCATGCTGAAGGTTACAA+GGG + Chr7:58701224-58701243 MsG0780039148.01.T01:CDS 40.0%
TTCTCATGCTGAAGGTTACA+AGG + Chr7:58701223-58701242 MsG0780039148.01.T01:CDS 40.0%
! AACTTTTCACCAGAACCTTG+AGG - Chr7:58701152-58701171 None:intergenic 40.0%
! ACTTTTCACCAGAACCTTGA+GGG - Chr7:58701151-58701170 None:intergenic 40.0%
! AGGTTCTGGTGAAAAGTTGT+TGG + Chr7:58701154-58701173 MsG0780039148.01.T01:CDS 40.0%
! AGTTTGGAGTTGAAGAGTCT+TGG + Chr7:58701276-58701295 MsG0780039148.01.T01:CDS 40.0%
! TAACTGGTTGGTCATTCGAA+AGG + Chr7:58701034-58701053 MsG0780039148.01.T01:CDS 40.0%
ATATTGAGGGTCCGTAGTGA+AGG + Chr7:58701395-58701414 MsG0780039148.01.T01:CDS 45.0%
ATTTCTATAACCCGGCCACA+AGG + Chr7:58700781-58700800 MsG0780039148.01.T01:CDS 45.0%
TTAGACATTCTCCTTGTGGC+CGG - Chr7:58700795-58700814 None:intergenic 45.0%
TTAGGTGCGTTTGCAAGTCT+TGG + Chr7:58700484-58700503 MsG0780039148.01.T01:CDS 45.0%
! CATCTCGCTTAATTTGGGGA+CGG + Chr7:58701103-58701122 MsG0780039148.01.T01:CDS 45.0%
! CCATTGTGTCTTTCTGAGAG+CGG + Chr7:58701362-58701381 MsG0780039148.01.T01:CDS 45.0%
! CTTTTCACCAGAACCTTGAG+GGG - Chr7:58701150-58701169 None:intergenic 45.0%
! GAAGATGGTTTTTACGCCGT+TGG + Chr7:58700702-58700721 MsG0780039148.01.T01:CDS 45.0%
! TTTTCACCAGAACCTTGAGG+GGG - Chr7:58701149-58701168 None:intergenic 45.0%
!! GGAATATTGGTTCGGCTACA+CGG + Chr7:58700361-58700380 MsG0780039148.01.T01:CDS 45.0%
ACACAATTGTTGCCCCCTCA+AGG + Chr7:58701134-58701153 MsG0780039148.01.T01:CDS 50.0%
AGAAATACCTGTGGCGATGG+CGG - Chr7:58700405-58700424 None:intergenic 50.0%
CCGCTCTCAGAAAGACACAA+TGG - Chr7:58701365-58701384 None:intergenic 50.0%
GAGCGGAACTCTTAACTGGT+TGG + Chr7:58701022-58701041 MsG0780039148.01.T01:CDS 50.0%
GGAAGAAATACCTGTGGCGA+TGG - Chr7:58700408-58700427 None:intergenic 50.0%
GTGAAACGAGCAGAGATGCA+AGG + Chr7:58700904-58700923 MsG0780039148.01.T01:CDS 50.0%
TAGACATTCTCCTTGTGGCC+GGG - Chr7:58700794-58700813 None:intergenic 50.0%
TCGTCGGGAAGAAATACCTG+TGG - Chr7:58700414-58700433 None:intergenic 50.0%
TTCCCCACTAAACGACTCGT+GGG - Chr7:58700642-58700661 None:intergenic 50.0%
TTGCCCACGAGTCGTTTAGT+GGG + Chr7:58700636-58700655 MsG0780039148.01.T01:CDS 50.0%
TTTGCCCACGAGTCGTTTAG+TGG + Chr7:58700635-58700654 MsG0780039148.01.T01:CDS 50.0%
GTTCCCCACTAAACGACTCG+TGG - Chr7:58700643-58700662 None:intergenic 55.0%
TGCCCACGAGTCGTTTAGTG+GGG + Chr7:58700637-58700656 MsG0780039148.01.T01:CDS 55.0%
TTGTTGCCCCCTCAAGGTTC+TGG + Chr7:58701140-58701159 MsG0780039148.01.T01:CDS 55.0%
!! TACGCCGTTGGTTCCTGCAA+TGG + Chr7:58700714-58700733 MsG0780039148.01.T01:CDS 55.0%
TATGCAGCCGCCATCGCCAC+AGG + Chr7:58700395-58700414 MsG0780039148.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 58700354 58701538 58700354 ID=MsG0780039148.01;Name=MsG0780039148.01
Chr7 mRNA 58700354 58701538 58700354 ID=MsG0780039148.01.T01;Parent=MsG0780039148.01;Name=MsG0780039148.01.T01;_AED=0.47;_eAED=0.47;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|394
Chr7 exon 58700354 58701538 58700354 ID=MsG0780039148.01.T01:exon:6842;Parent=MsG0780039148.01.T01
Chr7 CDS 58700354 58701538 58700354 ID=MsG0780039148.01.T01:cds;Parent=MsG0780039148.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780039148.01.T01

ATGATAAGGAATATTGGTTCGGCTACACGGCGTCATCAAAATATGCAGCCGCCATCGCCACAGGTATTTCTTCCCGACGATCTCATCATTGAAGTCTTATCGTTCCTTACCGTGAAACTTCTTATGCGATTTAGGTGCGTTTGCAAGTCTTGGAATGCTTTAGTCGCTAACCCTGAATTTATAAAAAATCACCAAAAGAAATCTGAACGAAACAAAAACTTAGTGCTGATAGAGAAAGACTACTCTTCTTTTTTCGTGTGCAAACGTATCATAGTCAACTATTTGCCCACGAGTCGTTTAGTGGGGAACTCGTTGATCACCCTCACGAACGATCACATATTGAATGAAGAAGATGGTTTTTACGCCGTTGGTTCCTGCAATGGTTTAGTATGCATGGTTGGTTATTCTGATTTAAAAAGATGGTTATATTTCTATAACCCGGCCACAAGGAGAATGTCTAAAAAATTAGGGACTTTTACTGTTAAATATGGACCTATGTTTGGATTTGGTTTTGATATTTTAACGGACACCTATAAGGTAGTGAAGCTCTGTGAAACGAGCAGAGATGCAAGGATTTTTAGTTTGGGTGATAATATTTGGAGAAGTATTCCAAGTTTTCCAGATGTTCGTAATCTCTCTGAGTTTTCATGCTACAGTTGTGTGTATTTGAGCGGAACTCTTAACTGGTTGGTCATTCGAAAGGATATTACATATGACTGGAAGAATCCTACCATTGATAATTTTGTGATCATCTCGCTTAATTTGGGGACGGAGACATACACACAATTGTTGCCCCCTCAAGGTTCTGGTGAAAAGTTGTTGGTTAAGCCAACTATTTGTGTGTTAATGGATTGTCTTTGTACATGTTTTTCTCATGCTGAAGGTTACAAGGGAGATCAGTTTGTTATATGGAAGATGATGAAGTTTGGAGTTGAAGAGTCTTGGAGTCAATTCCTTAAAATTAGTTATCGGACTCTTCAAACTGATTGTTATAATGGCGAGTTGTTGCCATTGTGTCTTTCTGAGAGCGGTGATACATTGATATTGAGGGTCCGTAGTGAAGGACATGTAATTCTCTACAATTGGAAAACTAATATGGTGGTGAAAACTGCAATTACTGTAGAAAAAAGGTGGTTCTATTTCAATCATTACGTTGAAAGTTTGGTTTTGACAAATGGAAAGTAA

Protein sequence

>MsG0780039148.01.T01

MIRNIGSATRRHQNMQPPSPQVFLPDDLIIEVLSFLTVKLLMRFRCVCKSWNALVANPEFIKNHQKKSERNKNLVLIEKDYSSFFVCKRIIVNYLPTSRLVGNSLITLTNDHILNEEDGFYAVGSCNGLVCMVGYSDLKRWLYFYNPATRRMSKKLGTFTVKYGPMFGFGFDILTDTYKVVKLCETSRDARIFSLGDNIWRSIPSFPDVRNLSEFSCYSCVYLSGTLNWLVIRKDITYDWKNPTIDNFVIISLNLGTETYTQLLPPQGSGEKLLVKPTICVLMDCLCTCFSHAEGYKGDQFVIWKMMKFGVEESWSQFLKISYRTLQTDCYNGELLPLCLSESGDTLILRVRSEGHVILYNWKTNMVVKTAITVEKRWFYFNHYVESLVLTNGK*