AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038242.01

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MsG0780038242.01.T01 MTR_8g467140 30.526 190 102 10 3 176 142 317 7.42e-14 69.7
MsG0780038242.01.T01 MTR_3g024110 29.730 185 100 6 5 180 218 381 8.13e-14 70.1
MsG0780038242.01.T01 MTR_3g009300 30.052 193 95 7 3 177 119 289 1.04e-13 69.3
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MsG0780038242.01.T01 MTR_3g007360 32.821 195 91 9 3 177 165 339 1.10e-13 69.7
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MsG0780038242.01.T01 MTR_7g013590 29.703 202 99 7 6 183 149 331 3.12e-12 65.5
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MsG0780038242.01.T01 MTR_7g062070 35.135 111 66 3 115 220 75 184 5.09e-12 63.2
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MsG0780038242.01.T01 MTR_3g023930 29.032 217 110 9 3 214 144 321 7.72e-12 64.3
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MsG0780038242.01.T01 MTR_4g055060 30.481 187 96 7 5 173 148 318 3.79e-11 62.0
MsG0780038242.01.T01 MTR_6g053260 32.432 185 90 11 5 173 456 621 4.61e-11 62.4
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MsG0780038242.01.T01 MTR_3g006670 28.571 189 96 7 5 173 164 333 6.86e-11 61.6
MsG0780038242.01.T01 MTR_5g007610 29.612 206 97 9 2 177 150 337 8.11e-11 61.2
MsG0780038242.01.T01 MTR_1g115185 32.484 157 82 7 28 176 186 326 8.57e-11 61.2
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score

Find 42 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 51 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TCTGATATTGTCCTGGTTTC+AGG 0.092468 7:+42662355 None:intergenic
AGGACAATATCAGATAAATT+AGG 0.208237 7:-42662346 MsG0780038242.01.T01:CDS
TGTGATTATTTCACTTGATT+TGG 0.214492 7:-42662056 MsG0780038242.01.T01:CDS
GCCATCTATTTGTCTGTTGA+TGG 0.262898 7:-42661972 MsG0780038242.01.T01:CDS
CACTACCTTATAAGTGTCTT+TGG 0.280689 7:+42662270 None:intergenic
TACAGTTATGATTTGACATT+TGG 0.318869 7:-42662304 MsG0780038242.01.T01:CDS
ACGAGATGTTGTTCTGGTTC+TGG 0.320816 7:-42662381 None:intergenic
GTGATTATTTCACTTGATTT+GGG 0.327469 7:-42662055 MsG0780038242.01.T01:CDS
AGCAAACTCATCTTGTTATA+TGG 0.335526 7:-42661922 MsG0780038242.01.T01:CDS
CTGATATTGTCCTGGTTTCA+GGG 0.362113 7:+42662356 None:intergenic
ATATGGAAGATGACAGATTA+TGG 0.370718 7:-42661905 MsG0780038242.01.T01:CDS
CCATTCTTTGTATGATTACA+AGG 0.371198 7:-42662098 MsG0780038242.01.T01:CDS
AAATTATGATGCACTCATAT+TGG 0.385285 7:-42661777 MsG0780038242.01.T01:CDS
GGACAATATCAGATAAATTA+GGG 0.398089 7:-42662345 MsG0780038242.01.T01:CDS
CCTTGTAATCATACAAAGAA+TGG 0.400887 7:+42662098 None:intergenic
TAGTGGTATTGTTAATTACT+TGG 0.403580 7:-42662140 MsG0780038242.01.T01:CDS
ACAACCACGAACTTCTATTA+CGG 0.419148 7:+42661733 None:intergenic
AGTCTGACGAGATGTTGTTC+TGG 0.429502 7:-42662387 None:intergenic
CAACCACGAACTTCTATTAC+GGG 0.431890 7:+42661734 None:intergenic
TAATTTATCTGATATTGTCC+TGG 0.437462 7:+42662348 None:intergenic
TAATTCCAAAGACACTTATA+AGG 0.451187 7:-42662275 MsG0780038242.01.T01:CDS
ATTATGGAGTTCAAGAGTCT+TGG 0.455445 7:-42661889 MsG0780038242.01.T01:CDS
TTAGTCTGGGTGATAATGCT+TGG 0.458034 7:-42662222 MsG0780038242.01.T01:CDS
TCAAATTATTGATTATAACT+TGG 0.463038 7:-42661843 MsG0780038242.01.T01:CDS
TCCATCAACAGACAAATAGA+TGG 0.502123 7:+42661971 None:intergenic
CTTGTAATCATACAAAGAAT+GGG 0.502872 7:+42662099 None:intergenic
AAATGTCAAATCATAACTGT+AGG 0.514531 7:+42662306 None:intergenic
CAAATAGATGGCTTAATACA+TGG 0.529657 7:+42661983 None:intergenic
AGGTAGTGAACTTATATCGA+GGG 0.552139 7:-42662255 MsG0780038242.01.T01:CDS
AATGTCAAATCATAACTGTA+GGG 0.566567 7:+42662307 None:intergenic
GGTTCTGGAACCCTGAAACC+AGG 0.574444 7:-42662366 MsG0780038242.01.T01:CDS
GATCATCAGCTAAGTTGTGA+TGG 0.600070 7:-42662172 MsG0780038242.01.T01:CDS
TATTTCACTTGATTTGGGCA+CGG 0.612849 7:-42662050 MsG0780038242.01.T01:CDS
CTTAGCTGATGATCCTCCAC+CGG 0.621935 7:+42662181 None:intergenic
CTACCCGTAATAGAAGTTCG+TGG 0.630842 7:-42661737 MsG0780038242.01.T01:CDS
GTACTTCAACAAAACCTCGA+GGG 0.636346 7:+42662005 None:intergenic
TACTTCAACAAAACCTCGAG+GGG 0.639585 7:+42662006 None:intergenic
AAGGTAGTGAACTTATATCG+AGG 0.654847 7:-42662256 MsG0780038242.01.T01:CDS
GGTAGTGAACTTATATCGAG+GGG 0.661925 7:-42662254 MsG0780038242.01.T01:CDS
GGTACTTCAACAAAACCTCG+AGG 0.702246 7:+42662004 None:intergenic
TGATTACAAGGATCTTACTG+TGG 0.709697 7:-42662086 MsG0780038242.01.T01:CDS
ACTTCAACAAAACCTCGAGG+GGG 0.746432 7:+42662007 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TCAAATTATTGATTATAACT+TGG - Chr7:42662260-42662279 MsG0780038242.01.T01:CDS 15.0%
! AAATGTCAAATCATAACTGT+AGG + Chr7:42661800-42661819 None:intergenic 25.0%
! AAATTATGATGCACTCATAT+TGG - Chr7:42662326-42662345 MsG0780038242.01.T01:CDS 25.0%
! AATGTCAAATCATAACTGTA+GGG + Chr7:42661799-42661818 None:intergenic 25.0%
! AGGACAATATCAGATAAATT+AGG - Chr7:42661757-42661776 MsG0780038242.01.T01:CDS 25.0%
! CTTGTAATCATACAAAGAAT+GGG + Chr7:42662007-42662026 None:intergenic 25.0%
! GGACAATATCAGATAAATTA+GGG - Chr7:42661758-42661777 MsG0780038242.01.T01:CDS 25.0%
! GTGATTATTTCACTTGATTT+GGG - Chr7:42662048-42662067 MsG0780038242.01.T01:CDS 25.0%
! TAATTCCAAAGACACTTATA+AGG - Chr7:42661828-42661847 MsG0780038242.01.T01:CDS 25.0%
! TAATTTATCTGATATTGTCC+TGG + Chr7:42661758-42661777 None:intergenic 25.0%
! TACAGTTATGATTTGACATT+TGG - Chr7:42661799-42661818 MsG0780038242.01.T01:CDS 25.0%
! TAGTGGTATTGTTAATTACT+TGG - Chr7:42661963-42661982 MsG0780038242.01.T01:CDS 25.0%
! TGGAGAAAAAATTTGATTCT+CGG - Chr7:42662280-42662299 MsG0780038242.01.T01:CDS 25.0%
! TGTGATTATTTCACTTGATT+TGG - Chr7:42662047-42662066 MsG0780038242.01.T01:CDS 25.0%
!! GAGAAATATTCAAAGTTTTC+CGG - Chr7:42661903-42661922 MsG0780038242.01.T01:CDS 25.0%
!!! GTGCATCATAATTTTTAGAA+AGG + Chr7:42662320-42662339 None:intergenic 25.0%
!!! TAATTTTTAGAAAGGTGCAA+TGG + Chr7:42662312-42662331 None:intergenic 25.0%
AGAAAAAATTTGATTCTCGG+TGG - Chr7:42662283-42662302 MsG0780038242.01.T01:CDS 30.0%
ATATGGAAGATGACAGATTA+TGG - Chr7:42662198-42662217 MsG0780038242.01.T01:CDS 30.0%
CAAATAGATGGCTTAATACA+TGG + Chr7:42662123-42662142 None:intergenic 30.0%
CCATTCTTTGTATGATTACA+AGG - Chr7:42662005-42662024 MsG0780038242.01.T01:CDS 30.0%
CCTTGTAATCATACAAAGAA+TGG + Chr7:42662008-42662027 None:intergenic 30.0%
! AAATATTCAAAGTTTTCCGG+TGG - Chr7:42661906-42661925 MsG0780038242.01.T01:CDS 30.0%
! AGCAAACTCATCTTGTTATA+TGG - Chr7:42662181-42662200 MsG0780038242.01.T01:CDS 30.0%
AAGGTAGTGAACTTATATCG+AGG - Chr7:42661847-42661866 MsG0780038242.01.T01:CDS 35.0%
ACAACCACGAACTTCTATTA+CGG + Chr7:42662373-42662392 None:intergenic 35.0%
AGGTAGTGAACTTATATCGA+GGG - Chr7:42661848-42661867 MsG0780038242.01.T01:CDS 35.0%
ATTATGGAGTTCAAGAGTCT+TGG - Chr7:42662214-42662233 MsG0780038242.01.T01:CDS 35.0%
CACTACCTTATAAGTGTCTT+TGG + Chr7:42661836-42661855 None:intergenic 35.0%
TCCATCAACAGACAAATAGA+TGG + Chr7:42662135-42662154 None:intergenic 35.0%
TGATTACAAGGATCTTACTG+TGG - Chr7:42662017-42662036 MsG0780038242.01.T01:CDS 35.0%
!! TATTTCACTTGATTTGGGCA+CGG - Chr7:42662053-42662072 MsG0780038242.01.T01:CDS 35.0%
CAACCACGAACTTCTATTAC+GGG + Chr7:42662372-42662391 None:intergenic 40.0%
CTGATATTGTCCTGGTTTCA+GGG + Chr7:42661750-42661769 None:intergenic 40.0%
GATCATCAGCTAAGTTGTGA+TGG - Chr7:42661931-42661950 MsG0780038242.01.T01:CDS 40.0%
GCCATCTATTTGTCTGTTGA+TGG - Chr7:42662131-42662150 MsG0780038242.01.T01:CDS 40.0%
GGTAGTGAACTTATATCGAG+GGG - Chr7:42661849-42661868 MsG0780038242.01.T01:CDS 40.0%
GTACTTCAACAAAACCTCGA+GGG + Chr7:42662101-42662120 None:intergenic 40.0%
TACTTCAACAAAACCTCGAG+GGG + Chr7:42662100-42662119 None:intergenic 40.0%
TCTGATATTGTCCTGGTTTC+AGG + Chr7:42661751-42661770 None:intergenic 40.0%
! TATTCAAAGTTTTCCGGTGG+AGG - Chr7:42661909-42661928 MsG0780038242.01.T01:CDS 40.0%
! TTAGTCTGGGTGATAATGCT+TGG - Chr7:42661881-42661900 MsG0780038242.01.T01:CDS 40.0%
!! TGTGATGGTGTGCATTTTAG+TGG - Chr7:42661946-42661965 MsG0780038242.01.T01:CDS 40.0%
!!! AGGGGCGAAATTTTTTAGTC+TGG - Chr7:42661867-42661886 MsG0780038242.01.T01:CDS 40.0%
!!! GGGGCGAAATTTTTTAGTCT+GGG - Chr7:42661868-42661887 MsG0780038242.01.T01:CDS 40.0%
AAATATTTGCTTCCCCCTCG+AGG - Chr7:42662084-42662103 MsG0780038242.01.T01:CDS 45.0%
ACTTCAACAAAACCTCGAGG+GGG + Chr7:42662099-42662118 None:intergenic 45.0%
CTACCCGTAATAGAAGTTCG+TGG - Chr7:42662366-42662385 MsG0780038242.01.T01:CDS 45.0%
GGTACTTCAACAAAACCTCG+AGG + Chr7:42662102-42662121 None:intergenic 45.0%
CTTAGCTGATGATCCTCCAC+CGG + Chr7:42661925-42661944 None:intergenic 50.0%
!! GGTTCTGGAACCCTGAAACC+AGG - Chr7:42661737-42661756 MsG0780038242.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 42661727 42662398 42661727 ID=MsG0780038242.01;Name=MsG0780038242.01
Chr7 mRNA 42661727 42662398 42661727 ID=MsG0780038242.01.T01;Parent=MsG0780038242.01;Name=MsG0780038242.01.T01;_AED=0.42;_eAED=0.42;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|223
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Protein sequence

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