AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038524.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score

Find 75 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 99 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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TGCCATTGAACCAAGGTTTG+TGG 0.442624 7:+48169514 None:intergenic
GGCACTTCTCTAAAACCTAT+AGG 0.474134 7:+48169840 None:intergenic
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ATTGTATTCATAAAGACCTA+TGG 0.487089 7:-48170163 MsG0780038524.01.T01:CDS
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CATCGGTGATTTGCTCGTTA+GGG 0.501653 7:+48170567 None:intergenic
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TGAATCACCTATCACCATCA+CGG 0.663268 7:-48170619 MsG0780038524.01.T01:CDS
ATGATGGTAGGACGCCGTGA+TGG 0.682594 7:+48170605 None:intergenic
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CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TTCTGAAAATTAATATATAT+TGG - Chr7:48170522-48170541 MsG0780038524.01.T01:CDS 10.0%
!!! ATCAAAAGATGAATTTTTTT+CGG - Chr7:48170313-48170332 MsG0780038524.01.T01:CDS 15.0%
!! ATATGATCACTTTAATGATT+TGG - Chr7:48169980-48169999 MsG0780038524.01.T01:CDS 20.0%
!! ATCATACTTCAATTATTGAT+AGG + Chr7:48170497-48170516 None:intergenic 20.0%
!! CTTATATATGGTACAAAAAT+CGG + Chr7:48169816-48169835 None:intergenic 20.0%
!! TCCTTTAACAAACTTATATA+TGG + Chr7:48169828-48169847 None:intergenic 20.0%
!!! ACCATATATAAGTTTGTTAA+AGG - Chr7:48169824-48169843 MsG0780038524.01.T01:CDS 20.0%
! AAAACATATTCAATAGACTC+TGG + Chr7:48170272-48170291 None:intergenic 25.0%
! AAAGAGAAACAATCACAAAT+TGG + Chr7:48169737-48169756 None:intergenic 25.0%
! AAATGTATATGTCTTCAGTT+TGG - Chr7:48169569-48169588 MsG0780038524.01.T01:CDS 25.0%
! AACTTACAAACAAACTCATT+TGG - Chr7:48169878-48169897 MsG0780038524.01.T01:CDS 25.0%
! AATGTATATGTCTTCAGTTT+GGG - Chr7:48169570-48169589 MsG0780038524.01.T01:CDS 25.0%
! ATTGTATTCATAAAGACCTA+TGG - Chr7:48169469-48169488 MsG0780038524.01.T01:intron 25.0%
! CAGAATGAATACTCTTTATT+GGG - Chr7:48170356-48170375 MsG0780038524.01.T01:CDS 25.0%
! GCAACAAAATTTAGAAGAAA+AGG + Chr7:48170454-48170473 None:intergenic 25.0%
! TCAGAATGAATACTCTTTAT+TGG - Chr7:48170355-48170374 MsG0780038524.01.T01:CDS 25.0%
!! GTGATTGTTTCTCTTTATTT+GGG - Chr7:48169741-48169760 MsG0780038524.01.T01:CDS 25.0%
!! TATTCATTCTGAGAAATTCT+TGG + Chr7:48170347-48170366 None:intergenic 25.0%
!! TGAATACAATACCCTAATTT+TGG + Chr7:48169459-48169478 None:intergenic 25.0%
!! TGTGATTGTTTCTCTTTATT+TGG - Chr7:48169740-48169759 MsG0780038524.01.T01:CDS 25.0%
!!! ACATATACATTTGTTTTACC+TGG + Chr7:48169561-48169580 None:intergenic 25.0%
AACTATTCAAGATTCTCCTA+TGG - Chr7:48169608-48169627 MsG0780038524.01.T01:CDS 30.0%
ACATAAGCAAAAGTCAAGTT+AGG + Chr7:48169501-48169520 None:intergenic 30.0%
AGGAAAATGTCTCCAAAATT+AGG - Chr7:48169444-48169463 MsG0780038524.01.T01:intron 30.0%
ATGAATACTCTTTATTGGGT+TGG - Chr7:48170360-48170379 MsG0780038524.01.T01:CDS 30.0%
GATAAGTACTCTTAAAAGTG+AGG - Chr7:48170055-48170074 MsG0780038524.01.T01:CDS 30.0%
GGAAAATGTCTCCAAAATTA+GGG - Chr7:48169445-48169464 MsG0780038524.01.T01:intron 30.0%
GTGAGGCAATTCTTTATAAT+TGG - Chr7:48170072-48170091 MsG0780038524.01.T01:CDS 30.0%
TTTGTTACCATTATGCCTTT+CGG - Chr7:48170010-48170029 MsG0780038524.01.T01:CDS 30.0%
! AAAGGCATAATGGTAACAAA+CGG + Chr7:48170010-48170029 None:intergenic 30.0%
! AACAAACTCATTTGGTAGTA+TGG - Chr7:48169886-48169905 MsG0780038524.01.T01:CDS 30.0%
! AATTTGGAGTTGAAGATTCT+TGG - Chr7:48169919-48169938 MsG0780038524.01.T01:CDS 30.0%
! CATGGATTATGTTGAAAGTT+TGG - Chr7:48170139-48170158 MsG0780038524.01.T01:CDS 30.0%
AAGCAAAAGTCAAGTTAGGA+TGG + Chr7:48169497-48169516 None:intergenic 35.0%
AGATCCTAACCATCAACTTA+CGG - Chr7:48169305-48169324 MsG0780038524.01.T01:intron 35.0%
AGTAAGGTGCAATTTGATGA+AGG + Chr7:48169172-48169191 None:intergenic 35.0%
ATCCAGTAATCATGATCCAT+AGG + Chr7:48169627-48169646 None:intergenic 35.0%
ATCTGCATGACTGTATTACT+TGG - Chr7:48169658-48169677 MsG0780038524.01.T01:CDS 35.0%
CAAACAAAGTAATCCATTGC+AGG + Chr7:48169358-48169377 None:intergenic 35.0%
CAATTCAACTGACACTTACA+AGG - Chr7:48169521-48169540 MsG0780038524.01.T01:CDS 35.0%
CGTCACACTATAAAAATCAG+AGG + Chr7:48169397-48169416 None:intergenic 35.0%
GTATGGCAAATGAAGGAATT+TGG - Chr7:48169903-48169922 MsG0780038524.01.T01:CDS 35.0%
TCAAATCTCTCCTTCGATTT+AGG - Chr7:48169106-48169125 MsG0780038524.01.T01:intron 35.0%
TCAGTTTGGGCGATAATATT+TGG - Chr7:48169583-48169602 MsG0780038524.01.T01:CDS 35.0%
TCTGGTAGATTGCTAATGAT+TGG + Chr7:48169285-48169304 None:intergenic 35.0%
TTGAAAGAATCCACAAACCT+TGG - Chr7:48170108-48170127 MsG0780038524.01.T01:CDS 35.0%
! TAGTACATCCACGTTGATTA+GGG - Chr7:48170573-48170592 MsG0780038524.01.T01:CDS 35.0%
! TTTGGTAGTATGGCAAATGA+AGG - Chr7:48169896-48169915 MsG0780038524.01.T01:CDS 35.0%
!! ACTTCTCTAAAACCTATAGG+AGG + Chr7:48169792-48169811 None:intergenic 35.0%
AACCATCAACTTACGGACAA+GGG - Chr7:48169312-48169331 MsG0780038524.01.T01:intron 40.0%
AAGGTGCAATTTGATGAAGG+CGG + Chr7:48169169-48169188 None:intergenic 40.0%
AATCGAAGGAGAGATTTGAC+AGG + Chr7:48169105-48169124 None:intergenic 40.0%
ATCCACAAACCTTGGTTCAA+TGG - Chr7:48170116-48170135 MsG0780038524.01.T01:CDS 40.0%
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CTAATCAACGTGGATGTACT+AGG + Chr7:48170574-48170593 None:intergenic 40.0%
CTCCTATGGATCATGATTAC+TGG - Chr7:48169622-48169641 MsG0780038524.01.T01:CDS 40.0%
GCATGACTGTATTACTTGGT+TGG - Chr7:48169662-48169681 MsG0780038524.01.T01:CDS 40.0%
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TAACCATCAACTTACGGACA+AGG - Chr7:48169311-48169330 MsG0780038524.01.T01:intron 40.0%
TAATCCATGCCATTGAACCA+AGG + Chr7:48170128-48170147 None:intergenic 40.0%
TACTCAAGCACCTAAATCGA+AGG + Chr7:48169119-48169138 None:intergenic 40.0%
TCAAGTTAGGATGGAACCAT+AGG + Chr7:48169488-48169507 None:intergenic 40.0%
TGAATCACCTATCACCATCA+CGG - Chr7:48169013-48169032 MsG0780038524.01.T01:intron 40.0%
TGCTAATGATTGGAGGATTG+TGG + Chr7:48169275-48169294 None:intergenic 40.0%
TTCAACTGACACTTACAAGG+TGG - Chr7:48169524-48169543 MsG0780038524.01.T01:CDS 40.0%
! AAGGTGGTGTATTTAGTTCC+AGG - Chr7:48169540-48169559 MsG0780038524.01.T01:CDS 40.0%
! CGTAAGTTGAGAATGTGTCT+CGG + Chr7:48169769-48169788 None:intergenic 40.0%
! CTAGTACATCCACGTTGATT+AGG - Chr7:48170572-48170591 MsG0780038524.01.T01:CDS 40.0%
! TCGTTAGGGATGAATTTTGG+TGG + Chr7:48169054-48169073 None:intergenic 40.0%
! TCTTGTTTCCCTAATCAACG+TGG + Chr7:48170584-48170603 None:intergenic 40.0%
! TGCTCGTTAGGGATGAATTT+TGG + Chr7:48169057-48169076 None:intergenic 40.0%
!! AATTTTGGTGGCATGATGGT+AGG + Chr7:48169042-48169061 None:intergenic 40.0%
!! AGTTGATGGTTAGGATCTTC+TGG + Chr7:48169303-48169322 None:intergenic 40.0%
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!! TTGTCCGTAAGTTGATGGTT+AGG + Chr7:48169312-48169331 None:intergenic 40.0%
!! TTTGTTGTTGGTTCCTGCAA+TGG - Chr7:48169342-48169361 MsG0780038524.01.T01:intron 40.0%
!! TTTTGGAGACATTTTCCTCG+TGG + Chr7:48169442-48169461 None:intergenic 40.0%
AGGTGCAATTTGATGAAGGC+GGG + Chr7:48169168-48169187 None:intergenic 45.0%
CAAACCTTGGTTCAATGGCA+TGG - Chr7:48170121-48170140 MsG0780038524.01.T01:CDS 45.0%
GAATGCAACATTGCGATCAG+AGG + Chr7:48169232-48169251 None:intergenic 45.0%
GAGAGATTTGACAGGAAGCA+AGG + Chr7:48169097-48169116 None:intergenic 45.0%
GTGTATCACTCTTCTCCGAA+AGG + Chr7:48170028-48170047 None:intergenic 45.0%
TCTCAACTTACGCCTCCTAT+AGG - Chr7:48169777-48169796 MsG0780038524.01.T01:CDS 45.0%
TGCACCTTACTCGATCTTCA+AGG - Chr7:48169181-48169200 MsG0780038524.01.T01:intron 45.0%
TGCCATTGAACCAAGGTTTG+TGG + Chr7:48170121-48170140 None:intergenic 45.0%
! AAGGGCTGTCTCTTTGTTGT+TGG - Chr7:48169330-48169349 MsG0780038524.01.T01:intron 45.0%
! AGGAAGCAAGGAAAGCACAT+CGG + Chr7:48169085-48169104 None:intergenic 45.0%
! CTCTTCTCCGAAAGGCATAA+TGG + Chr7:48170020-48170039 None:intergenic 45.0%
! GTGTGACGTTGCTTCGTTTT+TGG - Chr7:48169409-48169428 MsG0780038524.01.T01:intron 45.0%
!! ACATCGGTGATTTGCTCGTT+AGG + Chr7:48169069-48169088 None:intergenic 45.0%
!! CATCGGTGATTTGCTCGTTA+GGG + Chr7:48169068-48169087 None:intergenic 45.0%
TGCAACATTGCGATCAGAGG+TGG + Chr7:48169229-48169248 None:intergenic 50.0%
! AGCCCTTGTCCGTAAGTTGA+TGG + Chr7:48169317-48169336 None:intergenic 50.0%
! GAGACATTTTCCTCGTGGCT+GGG + Chr7:48169437-48169456 None:intergenic 50.0%
ATGATGGTAGGACGCCGTGA+TGG + Chr7:48169030-48169049 None:intergenic 55.0%
! GGAGACATTTTCCTCGTGGC+TGG + Chr7:48169438-48169457 None:intergenic 55.0%
! TAGGACGCCGTGATGGTGAT+AGG + Chr7:48169023-48169042 None:intergenic 55.0%
!!! GTTTTTGGAACCCAGCCACG+AGG - Chr7:48169424-48169443 MsG0780038524.01.T01:intron 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
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Gene Sequence

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Protein sequence

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