AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038435.01

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MsG0780038435.01.T01 MTR_2g047832 29.375 160 96 4 13 159 173 328 4.52e-13 66.2
MsG0780038435.01.T01 MTR_1g058190 26.786 168 88 7 11 159 149 300 6.02e-13 65.9
MsG0780038435.01.T01 MTR_3g006640 28.000 175 87 7 10 159 56 216 6.09e-13 65.5
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MsG0780038435.01.T01 MTR_1g094210 28.387 155 84 5 11 159 195 328 7.00e-13 65.9
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MsG0780038435.01.T01 MTR_7g056560 55.556 54 23 1 65 118 129 181 7.20e-12 61.6
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MsG0780038435.01.T01 MTR_7g007300 30.719 153 77 8 11 159 247 374 1.13e-11 62.4
MsG0780038435.01.T01 MTR_3g007270 28.025 157 83 7 11 157 201 337 1.59e-11 62.0
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MsG0780038435.01.T01 MTR_3g006670 25.455 165 90 5 8 159 188 332 2.27e-11 61.2
MsG0780038435.01.T01 MTR_2g078850 30.189 159 80 7 11 159 172 309 2.59e-11 61.2
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MsG0780038435.01.T01 MTR_3g013740 30.061 163 82 7 11 159 194 338 3.77e-11 60.8
MsG0780038435.01.T01 MTR_3g030250 26.667 150 86 5 11 159 180 306 4.06e-11 60.5
MsG0780038435.01.T01 MTR_2g025960 23.718 156 95 4 13 159 71 211 5.28e-11 60.1
MsG0780038435.01.T01 MTR_4g133170 23.899 159 95 4 11 159 143 285 5.35e-11 60.5
MsG0780038435.01.T01 MTR_6g048120 33.540 161 76 8 8 159 188 326 5.68e-11 60.1
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score

Find 38 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 51 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TCAGTTTGAGTGATAATATT+TGG 0.250438 7:-46814321 MsG0780038435.01.T01:CDS
ATGGATTGGTCTGTTTGGTT+GGG 0.296749 7:-46814533 MsG0780038435.01.T01:CDS
TTGGTTTGCCATTAGAAATA+AGG 0.304535 7:-46814209 MsG0780038435.01.T01:CDS
ACCGACTATTGCTGTGTTGA+TGG 0.320221 7:-46814059 MsG0780038435.01.T01:CDS
ATAAAAGGCCTTATTTCTAA+TGG 0.337008 7:+46814201 None:intergenic
TAATTCAACTGGAACTTATA+AGG 0.353065 7:-46814377 MsG0780038435.01.T01:CDS
GCAGGCCCAGGTTCACATTT+GGG 0.353553 7:-46814405 MsG0780038435.01.T01:intron
AATGGATTGGTCTGTTTGGT+TGG 0.357853 7:-46814534 MsG0780038435.01.T01:CDS
TGCAGGCCCAGGTTCACATT+TGG 0.373972 7:-46814406 MsG0780038435.01.T01:intron
ATGATTATCTCCCTTGATCT+TGG 0.376628 7:-46814142 MsG0780038435.01.T01:CDS
ATTTGAGTGGCACTGTTAAT+TGG 0.377373 7:-46814228 MsG0780038435.01.T01:CDS
AATTCGGAGTTGAACAATCT+TGG 0.379003 7:-46813976 MsG0780038435.01.T01:CDS
TTTGGGTATGATAATTCAAC+TGG 0.380424 7:-46814388 MsG0780038435.01.T01:CDS
TGGATTGGTCTGTTTGGTTG+GGG 0.393955 7:-46814532 MsG0780038435.01.T01:intron
CTGTAATGGATTGGTCTGTT+TGG 0.395218 7:-46814538 None:intergenic
GCAATAGTCGGTTCAACATA+TGG 0.436346 7:+46814070 None:intergenic
AAGGTGGTACACTTGTGTTC+TGG 0.445008 7:-46814358 MsG0780038435.01.T01:CDS
ATATGGCAGATGTCGGAATT+CGG 0.451853 7:-46813992 MsG0780038435.01.T01:CDS
TGTTGGTTGCTGTAATGGAT+TGG 0.472270 7:-46814547 None:intergenic
CACTCCCTCGTTCTTACTAA+AGG 0.487356 7:+46814252 None:intergenic
ATCATACCCAAATGTGAACC+TGG 0.503428 7:+46814399 None:intergenic
ATGTCTCAGTACCAAGATCA+AGG 0.516686 7:+46814131 None:intergenic
CAAGCAATTTCAGACCCCTC+AGG 0.518384 7:-46814107 MsG0780038435.01.T01:CDS
AGAGTAACAGCATGGTCAAA+AGG 0.520558 7:+46814277 None:intergenic
GCACTTCATCAACACCCTGA+GGG 0.560236 7:+46814092 None:intergenic
AAGCAATTTCAGACCCCTCA+GGG 0.576844 7:-46814106 MsG0780038435.01.T01:CDS
TGTCTCAGTACCAAGATCAA+GGG 0.619126 7:+46814132 None:intergenic
GATAATCATGAATTGCTCAA+CGG 0.640236 7:+46814156 None:intergenic
TCCATCAACACAGCAATAGT+CGG 0.643076 7:+46814058 None:intergenic
GTAACAGCATGGTCAAAAGG+AGG 0.647707 7:+46814280 None:intergenic
AACGAGGGAGTGTATTTGAG+TGG 0.648692 7:-46814241 MsG0780038435.01.T01:CDS
CTTACCTTTAGTAAGAACGA+GGG 0.654806 7:-46814256 MsG0780038435.01.T01:CDS
CACTTCATCAACACCCTGAG+GGG 0.658014 7:+46814093 None:intergenic
TCATACCCAAATGTGAACCT+GGG 0.660507 7:+46814400 None:intergenic
TCTTACCTTTAGTAAGAACG+AGG 0.662007 7:-46814257 MsG0780038435.01.T01:CDS
TAAAGGTAAGAGTAACAGCA+TGG 0.663178 7:+46814269 None:intergenic
TTCAACTGGAACTTATAAGG+TGG 0.664875 7:-46814374 MsG0780038435.01.T01:CDS
GGCACTTCATCAACACCCTG+AGG 0.684230 7:+46814091 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! CTTTTATAGTTCTTGTAAAA+AGG - Chr7:46814285-46814304 MsG0780038435.01.T01:CDS 20.0%
!!! CTTTTTACAAGAACTATAAA+AGG + Chr7:46814287-46814306 None:intergenic 20.0%
! TAATTCAACTGGAACTTATA+AGG - Chr7:46814093-46814112 MsG0780038435.01.T01:CDS 25.0%
! TCAGTTTGAGTGATAATATT+TGG - Chr7:46814149-46814168 MsG0780038435.01.T01:CDS 25.0%
! TGATATAGTGAGAAAAACAA+AGG + Chr7:46814441-46814460 None:intergenic 25.0%
!!! AGAGAACTCATTTTGTTATA+TGG - Chr7:46814461-46814480 MsG0780038435.01.T01:intron 25.0%
!!! ATAAAAGGCCTTATTTCTAA+TGG + Chr7:46814272-46814291 None:intergenic 25.0%
GATAATCATGAATTGCTCAA+CGG + Chr7:46814317-46814336 None:intergenic 30.0%
GGGATGATATCTGAAAAATT+AGG - Chr7:46814017-46814036 MsG0780038435.01.T01:CDS 30.0%
TTTGGGTATGATAATTCAAC+TGG - Chr7:46814082-46814101 MsG0780038435.01.T01:CDS 30.0%
!! TTGGTTTGCCATTAGAAATA+AGG - Chr7:46814261-46814280 MsG0780038435.01.T01:CDS 30.0%
!! TTTTGTTATATGGCAGATGT+CGG - Chr7:46814471-46814490 MsG0780038435.01.T01:intron 30.0%
AATTCGGAGTTGAACAATCT+TGG - Chr7:46814494-46814513 MsG0780038435.01.T01:intron 35.0%
ATGATTATCTCCCTTGATCT+TGG - Chr7:46814328-46814347 MsG0780038435.01.T01:CDS 35.0%
ATTTGAGTGGCACTGTTAAT+TGG - Chr7:46814242-46814261 MsG0780038435.01.T01:CDS 35.0%
CTTACCTTTAGTAAGAACGA+GGG - Chr7:46814214-46814233 MsG0780038435.01.T01:CDS 35.0%
GTATCTGACACTGAGAAATT+TGG - Chr7:46813960-46813979 MsG0780038435.01.T01:CDS 35.0%
TAAAGGTAAGAGTAACAGCA+TGG + Chr7:46814204-46814223 None:intergenic 35.0%
TCTTACCTTTAGTAAGAACG+AGG - Chr7:46814213-46814232 MsG0780038435.01.T01:CDS 35.0%
TTCAACTGGAACTTATAAGG+TGG - Chr7:46814096-46814115 MsG0780038435.01.T01:CDS 35.0%
!! TTTTTCAGATATCATCCCAG+TGG + Chr7:46814015-46814034 None:intergenic 35.0%
AACAAACCTGTGTGTATTGC+AGG - Chr7:46814047-46814066 MsG0780038435.01.T01:CDS 40.0%
AGAGTAACAGCATGGTCAAA+AGG + Chr7:46814196-46814215 None:intergenic 40.0%
ATATGGCAGATGTCGGAATT+CGG - Chr7:46814478-46814497 MsG0780038435.01.T01:intron 40.0%
ATCATACCCAAATGTGAACC+TGG + Chr7:46814074-46814093 None:intergenic 40.0%
ATGTCTCAGTACCAAGATCA+AGG + Chr7:46814342-46814361 None:intergenic 40.0%
CTGAGAAATTTGGACGTACT+TGG - Chr7:46813970-46813989 MsG0780038435.01.T01:CDS 40.0%
TCATACCCAAATGTGAACCT+GGG + Chr7:46814073-46814092 None:intergenic 40.0%
TCCATCAACACAGCAATAGT+CGG + Chr7:46814415-46814434 None:intergenic 40.0%
TGTCTCAGTACCAAGATCAA+GGG + Chr7:46814341-46814360 None:intergenic 40.0%
! GCAATAGTCGGTTCAACATA+TGG + Chr7:46814403-46814422 None:intergenic 40.0%
!! ATGGATTGGTCTGTTTGGTT+GGG - Chr7:46813937-46813956 MsG0780038435.01.T01:CDS 40.0%
AAGCAATTTCAGACCCCTCA+GGG - Chr7:46814364-46814383 MsG0780038435.01.T01:CDS 45.0%
AAGGTGGTACACTTGTGTTC+TGG - Chr7:46814112-46814131 MsG0780038435.01.T01:CDS 45.0%
ACCGACTATTGCTGTGTTGA+TGG - Chr7:46814411-46814430 MsG0780038435.01.T01:intron 45.0%
CACTCCCTCGTTCTTACTAA+AGG + Chr7:46814221-46814240 None:intergenic 45.0%
GACGTACTTGGTTTCGTATC+TGG - Chr7:46813982-46814001 MsG0780038435.01.T01:CDS 45.0%
GTAACAGCATGGTCAAAAGG+AGG + Chr7:46814193-46814212 None:intergenic 45.0%
! AACGAGGGAGTGTATTTGAG+TGG - Chr7:46814229-46814248 MsG0780038435.01.T01:CDS 45.0%
!! TGGATTGGTCTGTTTGGTTG+GGG - Chr7:46813938-46813957 MsG0780038435.01.T01:CDS 45.0%
CAAGCAATTTCAGACCCCTC+AGG - Chr7:46814363-46814382 MsG0780038435.01.T01:CDS 50.0%
CACTTCATCAACACCCTGAG+GGG + Chr7:46814380-46814399 None:intergenic 50.0%
GCACTTCATCAACACCCTGA+GGG + Chr7:46814381-46814400 None:intergenic 50.0%
TCAGATATCATCCCAGTGGC+TGG + Chr7:46814011-46814030 None:intergenic 50.0%
! GTATCTGGAATCCAGCCACT+GGG - Chr7:46813997-46814016 MsG0780038435.01.T01:CDS 50.0%
GCAGGCCCAGGTTCACATTT+GGG - Chr7:46814065-46814084 MsG0780038435.01.T01:CDS 55.0%
GGCACTTCATCAACACCCTG+AGG + Chr7:46814382-46814401 None:intergenic 55.0%
TGCAGGCCCAGGTTCACATT+TGG - Chr7:46814064-46814083 MsG0780038435.01.T01:CDS 55.0%
! CGTATCTGGAATCCAGCCAC+TGG - Chr7:46813996-46814015 MsG0780038435.01.T01:CDS 55.0%
CCTGGGCCTGCAATACACAC+AGG + Chr7:46814056-46814075 None:intergenic 60.0%
CCTGTGTGTATTGCAGGCCC+AGG - Chr7:46814053-46814072 MsG0780038435.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 46813937 46814555 46813937 ID=MsG0780038435.01;Name=MsG0780038435.01
Chr7 mRNA 46813937 46814555 46813937 ID=MsG0780038435.01.T01;Parent=MsG0780038435.01;Name=MsG0780038435.01.T01;_AED=0.47;_eAED=0.49;_QI=0|0|0|1|1|1|2|0|169
Chr7 exon 46814533 46814555 46814533 ID=MsG0780038435.01.T01:exon:4325;Parent=MsG0780038435.01.T01
Chr7 exon 46813937 46814423 46813937 ID=MsG0780038435.01.T01:exon:4324;Parent=MsG0780038435.01.T01
Chr7 CDS 46814533 46814555 46814533 ID=MsG0780038435.01.T01:cds;Parent=MsG0780038435.01.T01
Chr7 CDS 46813937 46814423 46813937 ID=MsG0780038435.01.T01:cds;Parent=MsG0780038435.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780038435.01.T01

ATGGATTGGTCTGTTTGGTTGGGGCCCAGGTTCACATTTGGGTATGATAATTCAACTGGAACTTATAAGGTGGTACACTTGTGTTCTGGTGAGCTGAAAGTTTTCAGTTTGAGTGATAATATTTGGAGAAAAATTTCAAGTTTTCCTCCTTTTGACCATGCTGTTACTCTTACCTTTAGTAAGAACGAGGGAGTGTATTTGAGTGGCACTGTTAATTGGTTTGCCATTAGAAATAAGGCCTTTTATAGTTCTTGTAAAAAGGATATTACCGTTGAGCAATTCATGATTATCTCCCTTGATCTTGGTACTGAGACATACAAGCAATTTCAGACCCCTCAGGGTGTTGATGAAGTGCCATATGTTGAACCGACTATTGCTGTGTTGATGGACTGCCTTTGTTTTTCTCACTATATCAAGAGAACTCATTTTGTTATATGGCAGATGTCGGAATTCGGAGTTGAACAATCTTGGACTCAATCATCAAAATCAGTTTTCAGAATGTTGAAGTAG
Protein sequence

>MsG0780038435.01.T01

MDWSVWLGPRFTFGYDNSTGTYKVVHLCSGELKVFSLSDNIWRKISSFPPFDHAVTLTFSKNEGVYLSGTVNWFAIRNKAFYSSCKKDITVEQFMIISLDLGTETYKQFQTPQGVDEVPYVEPTIAVLMDCLCFSHYIKRTHFVIWQMSEFGVEQSWTQSSKSVFRMLK*