AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380015953.01

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Find 54 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 57 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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ATTTGAGTGGAACTATTAAC+TGG 0.438008 3:+77090372 MsG0380015953.01.T01:CDS
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GTTCCTCTTATATGGAATGA+TGG 0.458791 3:+77090344 MsG0380015953.01.T01:CDS
ATCTTTCGACGGAGACATAC+AGG 0.459035 3:+77090489 MsG0380015953.01.T01:CDS
CCAAGTTGTCATTGATTGGA+AGG 0.463127 3:-77090706 None:intergenic
AGTTTGGATCTCAAGAGTCT+TGG 0.470221 3:+77090639 MsG0380015953.01.T01:CDS
CCTTCCAATCAATGACAACT+TGG 0.477302 3:+77090706 MsG0380015953.01.T01:CDS
ACGTATCTCCGTTCTTAGAA+AGG 0.499703 3:-77090775 None:intergenic
AAGGTAGTGGCGCTTCATAC+AGG 0.503198 3:+77090215 MsG0380015953.01.T04:CDS
TCGTTTAACTGGGACTTACA+AGG 0.508207 3:+77090196 MsG0380015953.01.T04:CDS
GGCACCTCATTAAAACCTGC+AGG 0.535188 3:-77090524 None:intergenic
TTGACAAATCATGAAGAAGA+AGG 0.535409 3:+77090803 MsG0380015953.01.T01:CDS
TTCCATATAAGAGGAACCAA+AGG 0.544958 3:-77090338 None:intergenic
CCTTTGTACCTTTCTAAGAA+CGG 0.545841 3:+77090767 MsG0380015953.01.T01:intron
TCCATCAGAACCCGAAGAGA+TGG 0.546614 3:-77090557 None:intergenic
GAATTTCCAACGAAATATGC+TGG 0.546807 3:+77090870 MsG0380015953.01.T01:CDS
GAGTGGAACTATTAACTGGT+TGG 0.550518 3:+77090376 MsG0380015953.01.T01:CDS
AACTGGGACTTACAAGGTAG+TGG 0.550572 3:+77090202 MsG0380015953.01.T04:CDS
ATCACCAATTGCTCAACAAG+AGG 0.558304 3:-77090455 None:intergenic
AAAGCTTGGTTTCGACTCGT+TGG 0.566102 3:+77090915 MsG0380015953.01.T01:CDS
GAAAGGTACAAAGGCAACAA+TGG 0.569441 3:-77090758 None:intergenic
CAAGCTTTCAACATAATCAA+AGG 0.569841 3:-77090900 None:intergenic
GAGAGAGAAATAGAGAACGA+AGG 0.571786 3:+77090248 MsG0380015953.01.T04:CDS
TCCATATAAGAGGAACCAAA+GGG 0.576413 3:-77090337 None:intergenic
CGAAGAGATGGCTCAATGCA+TGG 0.580845 3:-77090545 None:intergenic
GATCTCAAGAGTCTTGGACT+CGG 0.583559 3:+77090645 MsG0380015953.01.T01:CDS
TGAAATCGTGTGAAAAGCAA+AGG 0.586913 3:-77090583 None:intergenic
TTGGCTGTGATCGTTTAACT+GGG 0.595775 3:+77090186 MsG0380015953.01.T04:CDS
AGAGGACCAGCATATTTCGT+TGG 0.601993 3:-77090876 None:intergenic
GACTTCGTATCAATTGATTG+TGG 0.609859 3:+77090410 MsG0380015953.01.T01:CDS
AATGATGGTGTGCATTTGAG+TGG 0.609889 3:+77090359 MsG0380015953.01.T01:CDS
TTCAACATAATCAAAGGCAG+AGG 0.612104 3:-77090894 None:intergenic
CGAAGGTTTACGGAGAAGCA+AGG 0.619426 3:+77090265 MsG0380015953.01.T04:CDS
TGTTTCGCTTGATCTTTCGA+CGG 0.632182 3:+77090478 MsG0380015953.01.T01:CDS
ATTTGTGATATGGCAGATGA+AGG 0.634037 3:+77090616 MsG0380015953.01.T01:CDS
CCGTTCTTAGAAAGGTACAA+AGG 0.666854 3:-77090767 None:intergenic
GTAGTGGCGCTTCATACAGG+AGG 0.687478 3:+77090218 MsG0380015953.01.T04:CDS
AGGTTTACGGAGAAGCAAGG+TGG 0.708324 3:+77090268 MsG0380015953.01.T04:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
! ATATATTCAAAGTTTCCCTT+TGG + Chr3:77090322-77090341 MsG0380015953.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTAGTTTTGGTGATAATTGT+TGG + Chr3:77090297-77090316 MsG0380015953.01.T01:CDS 25.0%
AAATAGAGAACGAAGGTTTA+CGG + Chr3:77090255-77090274 MsG0380015953.01.T04:CDS 30.0%
AAATCCAAGTTGTCATTGAT+TGG - Chr3:77090713-77090732 None:intergenic 30.0%
AATGACAACTTGGATTTACT+TGG + Chr3:77090716-77090735 MsG0380015953.01.T01:CDS 30.0%
AGAGAACTGAATTTGTGATA+TGG + Chr3:77090606-77090625 MsG0380015953.01.T01:CDS 30.0%
ATTTGAGTGGAACTATTAAC+TGG + Chr3:77090372-77090391 MsG0380015953.01.T01:CDS 30.0%
CAAGCTTTCAACATAATCAA+AGG - Chr3:77090903-77090922 None:intergenic 30.0%
CTTTGATTATGTTGAAAGCT+TGG + Chr3:77090901-77090920 MsG0380015953.01.T01:CDS 30.0%
TTGACAAATCATGAAGAAGA+AGG + Chr3:77090803-77090822 MsG0380015953.01.T01:CDS 30.0%
!!! AAGGTGGAAGTTTTTAGTTT+TGG + Chr3:77090284-77090303 MsG0380015953.01.T01:CDS 30.0%
ACACCATCATTCCATATAAG+AGG - Chr3:77090350-77090369 None:intergenic 35.0%
ATTTGTGATATGGCAGATGA+AGG + Chr3:77090616-77090635 MsG0380015953.01.T01:CDS 35.0%
CTTGGATTTACTTGGATACA+TGG + Chr3:77090724-77090743 MsG0380015953.01.T01:CDS 35.0%
GAATTTCCAACGAAATATGC+TGG + Chr3:77090870-77090889 MsG0380015953.01.T01:CDS 35.0%
GACTTCGTATCAATTGATTG+TGG + Chr3:77090410-77090429 MsG0380015953.01.T01:CDS 35.0%
GTTCCTCTTATATGGAATGA+TGG + Chr3:77090344-77090363 MsG0380015953.01.T01:CDS 35.0%
TATTCCTCTTGTTGAGCAAT+TGG + Chr3:77090451-77090470 MsG0380015953.01.T01:CDS 35.0%
TCCATATAAGAGGAACCAAA+GGG - Chr3:77090340-77090359 None:intergenic 35.0%
TGAAATCGTGTGAAAAGCAA+AGG - Chr3:77090586-77090605 None:intergenic 35.0%
TTCAACATAATCAAAGGCAG+AGG - Chr3:77090897-77090916 None:intergenic 35.0%
TTCCATATAAGAGGAACCAA+AGG - Chr3:77090341-77090360 None:intergenic 35.0%
! CCTTTGTACCTTTCTAAGAA+CGG + Chr3:77090767-77090786 MsG0380015953.01.T01:intron 35.0%
ACGTATCTCCGTTCTTAGAA+AGG - Chr3:77090778-77090797 None:intergenic 40.0%
AGTTTGGATCTCAAGAGTCT+TGG + Chr3:77090639-77090658 MsG0380015953.01.T01:CDS 40.0%
ATATGGCAGATGAAGGAGTT+TGG + Chr3:77090623-77090642 MsG0380015953.01.T01:CDS 40.0%
ATCACCAATTGCTCAACAAG+AGG - Chr3:77090458-77090477 None:intergenic 40.0%
CCTTCCAATCAATGACAACT+TGG + Chr3:77090706-77090725 MsG0380015953.01.T01:CDS 40.0%
GAGAGAGAAATAGAGAACGA+AGG + Chr3:77090248-77090267 MsG0380015953.01.T04:CDS 40.0%
GAGTGGAACTATTAACTGGT+TGG + Chr3:77090376-77090395 MsG0380015953.01.T01:CDS 40.0%
TCGTTTAACTGGGACTTACA+AGG + Chr3:77090196-77090215 MsG0380015953.01.T04:CDS 40.0%
TGTTTCGCTTGATCTTTCGA+CGG + Chr3:77090478-77090497 MsG0380015953.01.T01:CDS 40.0%
TTGGCTGTGATCGTTTAACT+GGG + Chr3:77090186-77090205 MsG0380015953.01.T04:CDS 40.0%
TTTGGCTGTGATCGTTTAAC+TGG + Chr3:77090185-77090204 MsG0380015953.01.T04:CDS 40.0%
! AATGATGGTGTGCATTTGAG+TGG + Chr3:77090359-77090378 MsG0380015953.01.T01:CDS 40.0%
! ATTAACTGGTTGGCTCTTTG+TGG + Chr3:77090386-77090405 MsG0380015953.01.T01:CDS 40.0%
! CCAAGTTGTCATTGATTGGA+AGG - Chr3:77090709-77090728 None:intergenic 40.0%
! CCGTTCTTAGAAAGGTACAA+AGG - Chr3:77090770-77090789 None:intergenic 40.0%
! GAAAGGTACAAAGGCAACAA+TGG - Chr3:77090761-77090780 None:intergenic 40.0%
! TCCCTTTGGTTCCTCTTATA+TGG + Chr3:77090336-77090355 MsG0380015953.01.T01:CDS 40.0%
AACTGGGACTTACAAGGTAG+TGG + Chr3:77090202-77090221 MsG0380015953.01.T04:CDS 45.0%
AGAGGACCAGCATATTTCGT+TGG - Chr3:77090879-77090898 None:intergenic 45.0%
ATCTTTCGACGGAGACATAC+AGG + Chr3:77090489-77090508 MsG0380015953.01.T01:CDS 45.0%
ATGCATTGAGCCATCTCTTC+GGG + Chr3:77090547-77090566 MsG0380015953.01.T01:CDS 45.0%
CATGCATTGAGCCATCTCTT+CGG + Chr3:77090546-77090565 MsG0380015953.01.T01:CDS 45.0%
GATCTCAAGAGTCTTGGACT+CGG + Chr3:77090645-77090664 MsG0380015953.01.T01:CDS 45.0%
! AAAGCTTGGTTTCGACTCGT+TGG + Chr3:77090915-77090934 MsG0380015953.01.T01:CDS 45.0%
!! GCTTCCTGCAGGTTTTAATG+AGG + Chr3:77090520-77090539 MsG0380015953.01.T01:CDS 45.0%
AGGTTTACGGAGAAGCAAGG+TGG + Chr3:77090268-77090287 MsG0380015953.01.T04:CDS 50.0%
CGAAGAGATGGCTCAATGCA+TGG - Chr3:77090548-77090567 None:intergenic 50.0%
CGAAGGTTTACGGAGAAGCA+AGG + Chr3:77090265-77090284 MsG0380015953.01.T04:CDS 50.0%
GGCACCTCATTAAAACCTGC+AGG - Chr3:77090527-77090546 None:intergenic 50.0%
TCCATCAGAACCCGAAGAGA+TGG - Chr3:77090560-77090579 None:intergenic 50.0%
! AAGGTAGTGGCGCTTCATAC+AGG + Chr3:77090215-77090234 MsG0380015953.01.T04:CDS 50.0%
! AGGCAGTTTTTGCTTCCTGC+AGG + Chr3:77090509-77090528 MsG0380015953.01.T01:CDS 50.0%
GTAGTGGCGCTTCATACAGG+AGG + Chr3:77090218-77090237 MsG0380015953.01.T04:CDS 55.0%
! GCCATCTCTTCGGGTTCTGA+TGG + Chr3:77090556-77090575 MsG0380015953.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr3 gene 77090176 77090943 77090176 ID=MsG0380015953.01;Name=MsG0380015953.01
Chr3 mRNA 77090275 77090943 77090275 ID=MsG0380015953.01.T01;Parent=MsG0380015953.01;Name=MsG0380015953.01.T01;_AED=0.38;_eAED=0.38;_QI=0|0|0|1|0|0|2|0|212
Chr3 exon 77090275 77090745 77090275 ID=MsG0380015953.01.T01:exon:25042;Parent=MsG0380015953.01.T01
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Chr3 CDS 77090776 77090943 77090776 ID=MsG0380015953.01.T01:cds;Parent=MsG0380015953.01.T01
Chr3 mRNA 77090575 77090943 77090575 ID=MsG0380015953.01.T02;Parent=MsG0380015953.01;Name=MsG0380015953.01.T02;_AED=0.44;_eAED=0.44;_QI=0|0|0|1|0|0|2|0|112
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Chr3 exon 77090764 77090943 77090764 ID=MsG0380015953.01.T03:exon:25046;Parent=MsG0380015953.01.T03
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Chr3 exon 77090176 77090943 77090176 ID=MsG0380015953.01.T04:exon:25047;Parent=MsG0380015953.01.T04
Chr3 CDS 77090176 77090943 77090176 ID=MsG0380015953.01.T04:cds;Parent=MsG0380015953.01.T04
Gene Sequence

>MsG0380015953.01.T03

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>MsG0380015953.01.T01

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>MsG0380015953.01.T04

AAGTTCAGTTTTGGCTGTGATCGTTTAACTGGGACTTACAAGGTAGTGGCGCTTCATACAGGAGGAAATGAAGAGAGAGAAATAGAGAACGAAGGTTTACGGAGAAGCAAGGTGGAAGTTTTTAGTTTTGGTGATAATTGTTGGAGATATATTCAAAGTTTCCCTTTGGTTCCTCTTATATGGAATGATGGTGTGCATTTGAGTGGAACTATTAACTGGTTGGCTCTTTGTGGTGACTTCGTATCAATTGATTGTGGAGAAACAAGTAAAGCTTATATTCCTCTTGTTGAGCAATTGGTGATTGTTTCGCTTGATCTTTCGACGGAGACATACAGGCAGTTTTTGCTTCCTGCAGGTTTTAATGAGGTGCCATGCATTGAGCCATCTCTTCGGGTTCTGATGGACTGCCTTTGCTTTTCACACGATTTCAAGAGAACTGAATTTGTGATATGGCAGATGAAGGAGTTTGGATCTCAAGAGTCTTGGACTCGGTTATTTAGAATTGAATACATTAATCTTCAAATGCATAACCTTCCAATCAATGACAACTTGGATTTACTTGGATACATGGAATGTAATATTCCATTGTTGCCTTTGTACCTTTCTAAGAACGGAGATACGTTGATATTGACAAATCATGAAGAAGAAGGAGTAATTATATATAATCAGAGAGATAAGAGAGTAGAGAAAACTAGAATTTCCAACGAAATATGCTGGTCCTCTGCCTTTGATTATGTTGAAAGCTTGGTTTCGACTCGTTGGAAGTAA

>MsG0380015953.01.T02

ATGGACTGCCTTTGCTTTTCACACGATTTCAAGAGAACTGAATTTGTGATATGGCAGATGAAGGAGTTTGGATCTCAAGAGTCTTGGACTCGGTTATTTAGAATTGAATACATTAATCTTCAAATGCATAACCTTCCAATCAATGACAACTTGGATTTACTTGGATACATGCTTTCTAAGAACGGAGATACGTTGATATTGACAAATCATGAAGAAGAAGGAGTAATTATATATAATCAGAGAGATAAGAGAGTAGAGAAAACTAGAATTTCCAACGAAATATGCTGGTCCTCTGCCTTTGATTATGTTGAAAGCTTGGTTTCGACTCGTTGGAAGTAA
Protein sequence

>MsG0380015953.01.T03

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>MsG0380015953.01.T04

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>MsG0380015953.01.T02

MDCLCFSHDFKRTEFVIWQMKEFGSQESWTRLFRIEYINLQMHNLPINDNLDLLGYMLSKNGDTLILTNHEEEGVIIYNQRDKRVEKTRISNEICWSSAFDYVESLVSTRWK*