AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780037954.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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MsG0780037954.01.T04 AT3G23880 26.599 297 181 10 2 289 33 301 9.95e-18 84.0
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MsG0780037954.01.T01 AT3G23880 26.523 279 163 10 51 317 111 359 1.46e-13 70.9
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MsG0780037954.01.T01 AT4G12560 23.569 297 177 9 52 317 91 368 3.76e-12 67.0
MsG0780037954.01.T01 AT4G12560 23.569 297 177 9 52 317 91 368 3.76e-12 67.0

Find 72 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 85 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GGACCGAAAATTTCGTAATT+TGG 0.094710 7:+36879037 MsG0780037954.01.T02:intron
CGAAGACTGGATCAGATATT+AGG 0.198950 7:-36878185 None:intergenic
TCATTTGCCATATGACAAAA+TGG 0.201065 7:-36878950 None:intergenic
TCTAACTCTTTCTGTGTTGA+TGG 0.216216 7:+36878893 MsG0780037954.01.T02:CDS
GTGATTATCTCGTTTGATTT+GGG 0.223542 7:+36878798 MsG0780037954.01.T02:CDS
ACGAGTACTCGCTCAGTTTC+TGG 0.255335 7:+36878454 MsG0780037954.01.T02:CDS
CAACAATCCGACCGGCGTTT+TGG 0.257134 7:-36878377 None:intergenic
TGTGATTATCTCGTTTGATT+TGG 0.281841 7:+36878797 MsG0780037954.01.T02:CDS
AATTTGAAGAATAACCTTTC+AGG 0.285620 7:-36878422 None:intergenic
ATATGGCAAATGAAGGAATT+TGG 0.287930 7:+36878960 MsG0780037954.01.T02:CDS
GCACCTAAGGCCAAAGGTTC+AGG 0.336529 7:+36878261 MsG0780037954.01.T02:CDS
TTACTTTGGGTGATAATGTT+TGG 0.342861 7:+36878655 MsG0780037954.01.T02:CDS
TCTCCTGAACCTTTGGCCTT+AGG 0.349936 7:-36878264 None:intergenic
TCACAACTTGTTCAATTGTA+AGG 0.375551 7:-36878779 None:intergenic
GAAGACTGGATCAGATATTA+GGG 0.388797 7:-36878184 None:intergenic
CGGATTGTTGGTTCTTGCAA+TGG 0.402497 7:+36878390 MsG0780037954.01.T02:CDS
CCTACAGTCTCCTGAACCTT+TGG 0.408854 7:-36878271 None:intergenic
CAAAACGCCGGTCGGATTGT+TGG 0.410233 7:+36878378 MsG0780037954.01.T02:CDS
AATTTGGAGTTGATGAGTCT+TGG 0.412205 7:+36878976 MsG0780037954.01.T02:CDS
TAGCTATCAGAATCTTCAAT+TGG 0.415035 7:+36879016 MsG0780037954.01.T02:CDS
ATTTGGAGTTGATGAGTCTT+GGG 0.418016 7:+36878977 MsG0780037954.01.T02:CDS
TGGTGGTGTTATGTTTGAAA+TGG 0.431892 7:+36878592 MsG0780037954.01.T02:intron
AGTACCCATCTCTCGTTTGC+TGG 0.435869 7:+36878296 MsG0780037954.01.T02:CDS
TGGTAATTGAATTGGTAGTA+AGG 0.439397 7:-36878357 None:intergenic
TTCGTGTAGATTTCTTCTTA+AGG 0.445457 7:-36878218 None:intergenic
TGTTGGTTCTTGCAATGGAT+TGG 0.453643 7:+36878395 MsG0780037954.01.T02:CDS
AATGGACATACAATGTATTC+AGG 0.453844 7:-36879074 None:intergenic
GGTGGTGTTATGTTTGAAAT+GGG 0.457501 7:+36878593 MsG0780037954.01.T02:intron
GATATGTGTAAGTTTGCGTT+TGG 0.471791 7:+36878540 MsG0780037954.01.T02:CDS
CCATTGTGTGTTTCTGAGAA+TGG 0.475613 7:+36879092 MsG0780037954.01.T02:CDS
TAAAATCTCTGATGCGTATG+AGG 0.483713 7:+36878139 None:intergenic
GAGAGATATTAATTTCCCTC+TGG 0.486078 7:+36878677 MsG0780037954.01.T02:CDS
CATTTGCCATATGACAAAAT+GGG 0.490245 7:-36878949 None:intergenic
CAAGGGATATGTTGAAAGCT+TGG 0.490895 7:+36879226 MsG0780037954.01.T02:CDS
CAAAGGTTCAGGAGACTGTA+GGG 0.493854 7:+36878272 MsG0780037954.01.T02:CDS
ATTTCCCTCTGGTATGTGCA+TGG 0.503526 7:+36878688 MsG0780037954.01.T02:CDS
AGTCTCCAGCAAACGAGAGA+TGG 0.520204 7:-36878301 None:intergenic
CAAGCTTTCAACATATCCCT+TGG 0.521261 7:-36879225 None:intergenic
CCTCGCAGTTCTCGCACCTA+AGG 0.521959 7:+36878248 MsG0780037954.01.T02:CDS
TCAAATTATAGACAATTGCT+TGG 0.527616 7:-36879148 None:intergenic
AATGGATTGGTTTGCCTGAA+AGG 0.528049 7:+36878408 MsG0780037954.01.T02:CDS
TGATTATCTCGTTTGATTTG+GGG 0.529604 7:+36878799 MsG0780037954.01.T02:CDS
AAAACTTACTTTCAAGAAGT+CGG 0.534101 7:-36879251 None:intergenic
ATTGAACCACGGAATTCGAT+TGG 0.549255 7:-36879201 None:intergenic
TTTCCCTCTGGTATGTGCAT+GGG 0.551053 7:+36878689 MsG0780037954.01.T02:CDS
ATCGTTGTCGGTAAATGTGA+TGG 0.552578 7:-36878334 None:intergenic
TTGGTAGTAAGGATCGTTGT+CGG 0.559873 7:-36878346 None:intergenic
TCAATTACCAAAACGCCGGT+CGG 0.564731 7:+36878370 MsG0780037954.01.T02:CDS
GTCTCCAGCAAACGAGAGAT+GGG 0.565224 7:-36878300 None:intergenic
AATTCCGTGGTTCAATGCCA+AGG 0.582033 7:+36879208 MsG0780037954.01.T02:CDS
CCAAAGGTTCAGGAGACTGT+AGG 0.584241 7:+36878271 MsG0780037954.01.T02:CDS
ATGACAATAGAATCGGCGAC+GGG 0.598016 7:-36878748 None:intergenic
TGAGGTGTGTCTGCAAGTCA+TGG 0.601148 7:+36878157 MsG0780037954.01.T04:CDS
AACAGACACTTACAAGGTGG+TGG 0.604722 7:+36878575 MsG0780037954.01.T02:CDS
CCTCTGGTATGTGCATGGGA+TGG 0.611892 7:+36878693 MsG0780037954.01.T02:CDS
AAAGTACCAATCGAATTCCG+TGG 0.626869 7:+36879195 MsG0780037954.01.T02:CDS
TAATTCAACAGACACTTACA+AGG 0.626994 7:+36878569 MsG0780037954.01.T02:CDS
GCAAGAACCAACAATCCGAC+CGG 0.629345 7:-36878385 None:intergenic
GTTTCTGGAACCCTTCCACA+AGG 0.629373 7:+36878469 MsG0780037954.01.T02:CDS
ATTCCGTGGTTCAATGCCAA+GGG 0.631646 7:+36879209 MsG0780037954.01.T02:CDS
GTTCTCGCACCTAAGGCCAA+AGG 0.636850 7:+36878255 MsG0780037954.01.T02:CDS
CATCCCATGCACATACCAGA+GGG 0.652621 7:-36878692 None:intergenic
TATGACAATAGAATCGGCGA+CGG 0.653118 7:-36878749 None:intergenic
TATCCCTTGGCATTGAACCA+CGG 0.656381 7:-36879212 None:intergenic
ATGTATTCAGGAATAAAACA+AGG 0.675158 7:-36879062 None:intergenic
CATACTTGTTGCGATAATAG+CGG 0.688446 7:-36878518 None:intergenic
CAATTCAATTACCAAAACGC+CGG 0.697052 7:+36878366 MsG0780037954.01.T02:CDS
CCTTAGGTGCGAGAACTGCG+AGG 0.698159 7:-36878248 None:intergenic
CCATCCCATGCACATACCAG+AGG 0.705649 7:-36878693 None:intergenic
CCATTCTCAGAAACACACAA+TGG 0.706063 7:-36879092 None:intergenic
TAACAGACTTGTTACAACCG+CGG 0.731354 7:+36878623 MsG0780037954.01.T02:intron
TTCAACAGACACTTACAAGG+TGG 0.733993 7:+36878572 MsG0780037954.01.T02:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATTTGAAAAATAGTATTAAT+TGG + Chr7:36878721-36878740 MsG0780037954.01.T02:CDS 10.0%
!!! TTTTTATATGACAATAGAAT+CGG - Chr7:36878758-36878777 None:intergenic 15.0%
!!! TGTTTTTCTTATGATTTCAA+GGG + Chr7:36878924-36878943 MsG0780037954.01.T02:CDS 20.0%
!!! TTGTTTTTCTTATGATTTCA+AGG + Chr7:36878923-36878942 MsG0780037954.01.T02:CDS 20.0%
! AATTTGAAGAATAACCTTTC+AGG - Chr7:36878425-36878444 None:intergenic 25.0%
! ATGTATTCAGGAATAAAACA+AGG - Chr7:36879065-36879084 None:intergenic 25.0%
! TCAAATTATAGACAATTGCT+TGG - Chr7:36879151-36879170 None:intergenic 25.0%
AATGGACATACAATGTATTC+AGG - Chr7:36879077-36879096 None:intergenic 30.0%
ATATGGCAAATGAAGGAATT+TGG + Chr7:36878960-36878979 MsG0780037954.01.T02:CDS 30.0%
CATTTGCCATATGACAAAAT+GGG - Chr7:36878952-36878971 None:intergenic 30.0%
TAATTCAACAGACACTTACA+AGG + Chr7:36878569-36878588 MsG0780037954.01.T02:CDS 30.0%
TAGCTATCAGAATCTTCAAT+TGG + Chr7:36879016-36879035 MsG0780037954.01.T02:CDS 30.0%
TCATTTGCCATATGACAAAA+TGG - Chr7:36878953-36878972 None:intergenic 30.0%
TGTGATTATCTCGTTTGATT+TGG + Chr7:36878797-36878816 MsG0780037954.01.T02:CDS 30.0%
TTCGTGTAGATTTCTTCTTA+AGG - Chr7:36878221-36878240 None:intergenic 30.0%
! GCTCCAAATTACGAAATTTT+CGG - Chr7:36879043-36879062 None:intergenic 30.0%
! GTGATTATCTCGTTTGATTT+GGG + Chr7:36878798-36878817 MsG0780037954.01.T02:CDS 30.0%
! TCACAACTTGTTCAATTGTA+AGG - Chr7:36878782-36878801 None:intergenic 30.0%
! TGGTAATTGAATTGGTAGTA+AGG - Chr7:36878360-36878379 None:intergenic 30.0%
! TTACTTTGGGTGATAATGTT+TGG + Chr7:36878655-36878674 MsG0780037954.01.T02:CDS 30.0%
! TTTTGTCATATGGCAAATGA+AGG + Chr7:36878953-36878972 MsG0780037954.01.T02:CDS 30.0%
!! TGATTATCTCGTTTGATTTG+GGG + Chr7:36878799-36878818 MsG0780037954.01.T02:CDS 30.0%
!!! TGTTTCAGATTTTTTCCTTG+TGG - Chr7:36878487-36878506 None:intergenic 30.0%
CAATTCAATTACCAAAACGC+CGG + Chr7:36878366-36878385 MsG0780037954.01.T02:CDS 35.0%
GAAGACTGGATCAGATATTA+GGG - Chr7:36878187-36878206 None:intergenic 35.0%
GAGAGATATTAATTTCCCTC+TGG + Chr7:36878677-36878696 MsG0780037954.01.T02:CDS 35.0%
GATATGTGTAAGTTTGCGTT+TGG + Chr7:36878540-36878559 MsG0780037954.01.T02:CDS 35.0%
GGACCGAAAATTTCGTAATT+TGG + Chr7:36879037-36879056 MsG0780037954.01.T02:intron 35.0%
TCTAACTCTTTCTGTGTTGA+TGG + Chr7:36878893-36878912 MsG0780037954.01.T02:CDS 35.0%
! CATACTTGTTGCGATAATAG+CGG - Chr7:36878521-36878540 None:intergenic 35.0%
!! AATTTGGAGTTGATGAGTCT+TGG + Chr7:36878976-36878995 MsG0780037954.01.T02:CDS 35.0%
!! ATTTGGAGTTGATGAGTCTT+GGG + Chr7:36878977-36878996 MsG0780037954.01.T02:CDS 35.0%
!! GGTGGTGTTATGTTTGAAAT+GGG + Chr7:36878593-36878612 MsG0780037954.01.T02:intron 35.0%
!! TGGTGGTGTTATGTTTGAAA+TGG + Chr7:36878592-36878611 MsG0780037954.01.T02:intron 35.0%
!!! CAGATTTTTTCCTTGTGGAA+GGG - Chr7:36878482-36878501 None:intergenic 35.0%
!!! TCAGATTTTTTCCTTGTGGA+AGG - Chr7:36878483-36878502 None:intergenic 35.0%
ATCGTTGTCGGTAAATGTGA+TGG - Chr7:36878337-36878356 None:intergenic 40.0%
ATTGAACCACGGAATTCGAT+TGG - Chr7:36879204-36879223 None:intergenic 40.0%
CAAAGTAAAAACTCTTGCCG+CGG - Chr7:36878643-36878662 None:intergenic 40.0%
CAAGCTTTCAACATATCCCT+TGG - Chr7:36879228-36879247 None:intergenic 40.0%
CAAGGGATATGTTGAAAGCT+TGG + Chr7:36879226-36879245 MsG0780037954.01.T02:CDS 40.0%
CCATTCTCAGAAACACACAA+TGG - Chr7:36879095-36879114 None:intergenic 40.0%
CGAAGACTGGATCAGATATT+AGG - Chr7:36878188-36878207 None:intergenic 40.0%
TATGACAATAGAATCGGCGA+CGG - Chr7:36878752-36878771 None:intergenic 40.0%
TTCAACAGACACTTACAAGG+TGG + Chr7:36878572-36878591 MsG0780037954.01.T02:CDS 40.0%
! AAAGTACCAATCGAATTCCG+TGG + Chr7:36879195-36879214 MsG0780037954.01.T02:CDS 40.0%
! AGGGAACCCATTTTGTCATA+TGG + Chr7:36878943-36878962 MsG0780037954.01.T02:CDS 40.0%
! CCATTGTGTGTTTCTGAGAA+TGG + Chr7:36879092-36879111 MsG0780037954.01.T02:CDS 40.0%
! GCGGCAAGAGTTTTTACTTT+GGG + Chr7:36878642-36878661 MsG0780037954.01.T02:CDS 40.0%
! TTGGTAGTAAGGATCGTTGT+CGG - Chr7:36878349-36878368 None:intergenic 40.0%
!! AATGGATTGGTTTGCCTGAA+AGG + Chr7:36878408-36878427 MsG0780037954.01.T02:CDS 40.0%
!! CGGCGTTTTGGTAATTGAAT+TGG - Chr7:36878368-36878387 None:intergenic 40.0%
!! TAACAGACTTGTTACAACCG+CGG + Chr7:36878623-36878642 MsG0780037954.01.T02:intron 40.0%
!! TGTTGGTTCTTGCAATGGAT+TGG + Chr7:36878395-36878414 MsG0780037954.01.T02:CDS 40.0%
AACAGACACTTACAAGGTGG+TGG + Chr7:36878575-36878594 MsG0780037954.01.T02:CDS 45.0%
AATTCCGTGGTTCAATGCCA+AGG + Chr7:36879208-36879227 MsG0780037954.01.T02:CDS 45.0%
ATGACAATAGAATCGGCGAC+GGG - Chr7:36878751-36878770 None:intergenic 45.0%
ATTCCGTGGTTCAATGCCAA+GGG + Chr7:36879209-36879228 MsG0780037954.01.T02:CDS 45.0%
ATTTCCCTCTGGTATGTGCA+TGG + Chr7:36878688-36878707 MsG0780037954.01.T02:CDS 45.0%
CAAAGGTTCAGGAGACTGTA+GGG + Chr7:36878272-36878291 MsG0780037954.01.T02:CDS 45.0%
TCAATTACCAAAACGCCGGT+CGG + Chr7:36878370-36878389 MsG0780037954.01.T02:CDS 45.0%
TTTCCCTCTGGTATGTGCAT+GGG + Chr7:36878689-36878708 MsG0780037954.01.T02:CDS 45.0%
! CGCGGCAAGAGTTTTTACTT+TGG + Chr7:36878641-36878660 MsG0780037954.01.T02:CDS 45.0%
! TATCCCTTGGCATTGAACCA+CGG - Chr7:36879215-36879234 None:intergenic 45.0%
!! AGGTGCATTTTGACGAAGAC+TGG - Chr7:36878201-36878220 None:intergenic 45.0%
!! CGGATTGTTGGTTCTTGCAA+TGG + Chr7:36878390-36878409 MsG0780037954.01.T02:CDS 45.0%
ACGAGTACTCGCTCAGTTTC+TGG + Chr7:36878454-36878473 MsG0780037954.01.T02:CDS 50.0%
AGTACCCATCTCTCGTTTGC+TGG + Chr7:36878296-36878315 MsG0780037954.01.T02:CDS 50.0%
AGTCTCCAGCAAACGAGAGA+TGG - Chr7:36878304-36878323 None:intergenic 50.0%
CATCCCATGCACATACCAGA+GGG - Chr7:36878695-36878714 None:intergenic 50.0%
CCAAAGGTTCAGGAGACTGT+AGG + Chr7:36878271-36878290 MsG0780037954.01.T02:CDS 50.0%
CCTACAGTCTCCTGAACCTT+TGG - Chr7:36878274-36878293 None:intergenic 50.0%
GCAAGAACCAACAATCCGAC+CGG - Chr7:36878388-36878407 None:intergenic 50.0%
GTCTCCAGCAAACGAGAGAT+GGG - Chr7:36878303-36878322 None:intergenic 50.0%
TGAGGTGTGTCTGCAAGTCA+TGG + Chr7:36878157-36878176 MsG0780037954.01.T04:CDS 50.0%
! TCTCCTGAACCTTTGGCCTT+AGG - Chr7:36878267-36878286 None:intergenic 50.0%
!! GTTTCTGGAACCCTTCCACA+AGG + Chr7:36878469-36878488 MsG0780037954.01.T02:CDS 50.0%
CAAAACGCCGGTCGGATTGT+TGG + Chr7:36878378-36878397 MsG0780037954.01.T02:CDS 55.0%
CCATCCCATGCACATACCAG+AGG - Chr7:36878696-36878715 None:intergenic 55.0%
CCTCTGGTATGTGCATGGGA+TGG + Chr7:36878693-36878712 MsG0780037954.01.T02:CDS 55.0%
GCACCTAAGGCCAAAGGTTC+AGG + Chr7:36878261-36878280 MsG0780037954.01.T02:CDS 55.0%
GTTCTCGCACCTAAGGCCAA+AGG + Chr7:36878255-36878274 MsG0780037954.01.T02:CDS 55.0%
! CAACAATCCGACCGGCGTTT+TGG - Chr7:36878380-36878399 None:intergenic 55.0%
CCTCGCAGTTCTCGCACCTA+AGG + Chr7:36878248-36878267 MsG0780037954.01.T02:CDS 60.0%
CCTTAGGTGCGAGAACTGCG+AGG - Chr7:36878251-36878270 None:intergenic 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 36878150 36879262 36878150 ID=MsG0780037954.01;Name=MsG0780037954.01
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Gene Sequence

>MsG0780037954.01.T02

ATGACACACCTCGCAGTTCTCGCACCTAAGGCCAAAGGTTCAGGAGACTGTAGGGCAGTACCCATCTCTCGTTTGCTGGAGACTACATCGAATTCCATCACATTTACCGACAACGATCCTTACTACCAATTCAATTACCAAAACGCCGGTCGGATTGTTGGTTCTTGCAATGGATTGGTTTGCCTGAAAGGTTATTCTTCAAATTCTGAGTATCACGAGTACTCGCTCAGTTTCTGGAACCCTTCCACAAGGAAAAAATCTGAAACATTAGTGTCTTTCCGCTATTATCGCAACAAGTATGATATGTGTAAGTTTGCGTTTGGTTATGATAATTCAACAGACACTTACAAGGTGGTGGTACTTGTTACAACCGCGGCAAGAGTTTTTACTTTGGGTGATAATGTTTGGAGAGATATTAATTTCCCTCTGGTATGTGCATGGGATGGTGTTTATTTGAAAAATAGTATTAATTGGTTTGCCCGTCGCCGATTCTATTGTCATATAAAAAACCTTACAATTGAACAAGTTGTGATTATCTCGTTTGATTTGGGGACAGAGACACATAAACAATTTATGCTATCTCGATGTTGTGATGAAGAGCTACATAATCGTCGAAAGTTTTCTCTAACTCTTTCTGTGTTGATGGATTGTATTTGTTTTTCTTATGATTTCAAGGGAACCCATTTTGTCATATGGCAAATGAAGGAATTTGGAGTTGATGAGTCTTGGGTTCAATTGCTTAAAATTAGCTATCAGAATCTTCAATTGGACCAATACATTGTATGTCCATTGTGTGTTTCTGAGAATGGTGATACATTGATATTTGCAATCAATCATACAGACCAAGCAATTGTCTATAATTTGAGAGATAATAGAGTAAATAGAATTAAAAGTACCAATCGAATTCCGTGGTTCAATGCCAAGGGATATGTTGAAAGCTTGGTACCGACTTCTTGA

>MsG0780037954.01.T06

ATGGATTGTATTTGTTTTTCTTATGATTTCAAGGGAACCCATTTTGTCATATGGCAAATGAAGGAATTTGGAGTTGATGAGTCTTGGGTTCAATTGCTTAAAATTAGCTATCAGAATCTTCAATTGGACCGAAAATTTCGTAATTTGGAGCCTTGTTTTATTCCTGAATACATTGTATGTCCATTGTGTGTTTCTGAGAATGGTGATACATTGATATTTGCAATCAATCATACAGACCAAGCAATTGTCTATAATTTGAGAGATAATAGAGTAAATAGAATTAAAAGTACCAATCGAATTCCGTGGTTCAATGCCAAGGGATATGTTGAAAGCTTGGTACCGACTTCTTGA

>MsG0780037954.01.T05

ATGCTATCTCGATGTTGTGATGAAGAGCTACATAATCGTCGAAAGTTTTCTCTAACTCTTTCTGTGTTGATGGATTGTATTTGTTTTTCTTATGATTTCAAGGGAACCCATTTTGTCATATGGCAAATGAAGGAATTTGGAGTTGATGAGTCTTGGGTTCAATTGCTTAAAATTAGCTATCAGAATCTTCAATTGGACCGAAAATTTCGTAATTTGGAGCCTTGTTTTATTCCTGAATACATTGTATGTCCATTGTGTGTTTCTGAGAATGGTGATACATTGATATTTGCAATCAATCATACAGACCAAGCAATTGTCTATAATTTGAGAGATAATAGAGTAAATAGAATTAAAAGTACCAATCGAATTCCGTGGTTCAATGCCAAGGGATATGTTGAAAGCTTGGTACCGACTTCTTGA

>MsG0780037954.01.T07

ATGAGTCTTGGGTTCAATTGCTTAAAATTAGCTATCAGAATCTTCAATTGGACCGAAAATTTCGTAATTTGGAGCCTTGTTTTATTCCTGAATACATTGTATGTCCATTGTGTGTTTCTGAGAATGGTGATACATTGA

>MsG0780037954.01.T04

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