AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780040502.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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MsG0780040502.01.T01 AT3G06240 25.635 433 243 21 41 438 33 421 4.27e-19 89.4

Find 83 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 97 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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TGATTTAGTTATATGGAAAA+TGG 0.283914 7:+78466679 MsG0780040502.01.T01:CDS
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TAATCCTTTAATCGATAATA+TGG 0.313826 7:-78466062 None:intergenic
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TCCATCAATATAGATATTGA+TGG 0.443596 7:-78466623 None:intergenic
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AAACACAGCTCATTTGCATA+AGG 0.483584 7:-78465842 None:intergenic
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AACAGCGATGATTCTGCGTC+GGG 0.497860 7:-78465768 None:intergenic
GCATGGTAGGGTTCCACAAA+CGG 0.498019 7:-78466166 None:intergenic
TATGTTGTTGGTTCTTGCAA+TGG 0.518091 7:+78466095 MsG0780040502.01.T01:CDS
ACCATGTCATCGCCTTTGAT+CGG 0.519612 7:-78465738 None:intergenic
AACTTCAATGACAAGTTCAT+CGG 0.528437 7:-78465796 None:intergenic
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AATGATGGTGTTTATCTGAA+TGG 0.532678 7:+78466437 MsG0780040502.01.T01:CDS
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AATACAATGGCTCTCCGTCA+GGG 0.595496 7:+78466925 MsG0780040502.01.T01:CDS
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ATATGGATCATATTTAGGGA+GGG 0.597196 7:-78466045 None:intergenic
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AATATGGATCATATTTAGGG+AGG 0.623517 7:-78466046 None:intergenic
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GCGATGATTCTGCGTCGGGA+CGG 0.628672 7:-78465764 None:intergenic
GCTTTCAACATAAGCCCTGA+CGG 0.630456 7:-78466939 None:intergenic
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TGAAAGATTATAAAATACAA+TGG 0.640398 7:+78466912 MsG0780040502.01.T01:CDS
TAATGGTGATACACTGATGT+TGG 0.644757 7:+78466826 MsG0780040502.01.T01:CDS
TAAACACCATCATTCACACC+AGG 0.657473 7:-78466428 None:intergenic
TCTCTATTAAACGACTAACA+GGG 0.689863 7:-78466007 None:intergenic
GACATTTCATCAAAACCACA+CGG 0.693011 7:-78466590 None:intergenic
AATCTTCAAAGTATGTACCG+TGG 0.706268 7:+78466755 MsG0780040502.01.T01:CDS
CAATGACAAGTTCATCGGGG+AGG 0.707942 7:-78465791 None:intergenic
ACACAGCTGATGCCTCCGTG+TGG 0.731147 7:+78466575 MsG0780040502.01.T01:CDS
CTTCAATGACAAGTTCATCG+GGG 0.776120 7:-78465794 None:intergenic
ATTTCATCAAAACCACACGG+AGG 0.806778 7:-78466587 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATACAATTTCGAAAAATTTA+GGG + Chr7:78465962-78465981 MsG0780040502.01.T01:CDS 15.0%
!! TGAAAGATTATAAAATACAA+TGG + Chr7:78466912-78466931 MsG0780040502.01.T01:CDS 15.0%
!! CATCATATAATAGAAATATG+TGG + Chr7:78466141-78466160 MsG0780040502.01.T01:CDS 20.0%
!! GATAATATGGATCATATTTA+GGG - Chr7:78466052-78466071 None:intergenic 20.0%
!! GATACAATTTCGAAAAATTT+AGG + Chr7:78465961-78465980 MsG0780040502.01.T01:CDS 20.0%
!! TAATCCTTTAATCGATAATA+TGG - Chr7:78466065-78466084 None:intergenic 20.0%
!! TGATTTAGTTATATGGAAAA+TGG + Chr7:78466679-78466698 MsG0780040502.01.T01:CDS 20.0%
!!! CACATATTTCTATTATATGA+TGG - Chr7:78466143-78466162 None:intergenic 20.0%
! AACCTGAATAAAACGAATAA+CGG - Chr7:78466226-78466245 None:intergenic 25.0%
! ATATGGAAAATGGAAGAATT+TGG + Chr7:78466689-78466708 MsG0780040502.01.T01:CDS 25.0%
! CGATAATATGGATCATATTT+AGG - Chr7:78466053-78466072 None:intergenic 25.0%
! GTGAAATGAAACTTTCTAAA+TGG + Chr7:78466783-78466802 MsG0780040502.01.T01:CDS 25.0%
! TATGACTGTAAATATGTTGT+TGG + Chr7:78466083-78466102 MsG0780040502.01.T01:CDS 25.0%
! TCCATCAATATAGATATTGA+TGG - Chr7:78466626-78466645 None:intergenic 25.0%
! TTGGAAGAACATTAATGTTA+AGG + Chr7:78466511-78466530 MsG0780040502.01.T01:CDS 25.0%
!! AATTTGGAGTTGAAAAGTAT+TGG + Chr7:78466705-78466724 MsG0780040502.01.T01:CDS 25.0%
!! AGAGAACTGATTTAGTTATA+TGG + Chr7:78466672-78466691 MsG0780040502.01.T01:CDS 25.0%
!! ATCTGAATGGTACTTTTAAT+TGG + Chr7:78466450-78466469 MsG0780040502.01.T01:CDS 25.0%
!! TGATCCATATTATCGATTAA+AGG + Chr7:78466058-78466077 MsG0780040502.01.T01:CDS 25.0%
!!! TCTAATTTTAAGTTTGCGTT+TGG + Chr7:78466251-78466270 MsG0780040502.01.T01:CDS 25.0%
AACTTCAATGACAAGTTCAT+CGG - Chr7:78465799-78465818 None:intergenic 30.0%
AATATGGATCATATTTAGGG+AGG - Chr7:78466049-78466068 None:intergenic 30.0%
ATATGGATCATATTTAGGGA+GGG - Chr7:78466048-78466067 None:intergenic 30.0%
GCCATCAATATCTATATTGA+TGG + Chr7:78466622-78466641 MsG0780040502.01.T01:CDS 30.0%
TCAAATATAGTGTCAAGTGA+GGG - Chr7:78465938-78465957 None:intergenic 30.0%
TCTCTATTAAACGACTAACA+GGG - Chr7:78466010-78466029 None:intergenic 30.0%
TTCAAATATAGTGTCAAGTG+AGG - Chr7:78465939-78465958 None:intergenic 30.0%
TTCTCTATTAAACGACTAAC+AGG - Chr7:78466011-78466030 None:intergenic 30.0%
! AATGATGGTGTTTATCTGAA+TGG + Chr7:78466437-78466456 MsG0780040502.01.T01:CDS 30.0%
! ACTGCAGGAAAATTTTGAAT+AGG - Chr7:78466383-78466402 None:intergenic 30.0%
! CAAGGTTGTGATGTTAATTT+TGG + Chr7:78466298-78466317 MsG0780040502.01.T01:CDS 30.0%
!! GAATGGTACTTTTAATTGGT+TGG + Chr7:78466454-78466473 MsG0780040502.01.T01:CDS 30.0%
!! GGTACATACTTTGAAGATTT+TGG - Chr7:78466754-78466773 None:intergenic 30.0%
AAACACAGCTCATTTGCATA+AGG - Chr7:78465845-78465864 None:intergenic 35.0%
AATCTTCAAAGTATGTACCG+TGG + Chr7:78466755-78466774 MsG0780040502.01.T01:CDS 35.0%
ACTTCAATGACAAGTTCATC+GGG - Chr7:78465798-78465817 None:intergenic 35.0%
GACATTTCATCAAAACCACA+CGG - Chr7:78466593-78466612 None:intergenic 35.0%
GAGTTTCACAAAGTTAGGAT+CGG - Chr7:78465892-78465911 None:intergenic 35.0%
GTGATTGTTTCACTTGATCT+GGG + Chr7:78466539-78466558 MsG0780040502.01.T01:CDS 35.0%
TAATGGTGATACACTGATGT+TGG + Chr7:78466826-78466845 MsG0780040502.01.T01:CDS 35.0%
TAATTCATCCGAGACTTACA+AGG + Chr7:78466280-78466299 MsG0780040502.01.T01:CDS 35.0%
TAGTCGTTTAATAGAGAACC+CGG + Chr7:78466013-78466032 MsG0780040502.01.T01:CDS 35.0%
TATGCGTGCGTTATAATGTT+TGG + Chr7:78466354-78466373 MsG0780040502.01.T01:CDS 35.0%
TGTGATTGTTTCACTTGATC+TGG + Chr7:78466538-78466557 MsG0780040502.01.T01:CDS 35.0%
TTCTTCCAATCATAAGAACC+AGG - Chr7:78466500-78466519 None:intergenic 35.0%
! CGTAAAATGTCCCAAACTTT+TGG + Chr7:78466188-78466207 MsG0780040502.01.T01:CDS 35.0%
!! CTTTTAATTGGTTGGCACTT+CGG + Chr7:78466462-78466481 MsG0780040502.01.T01:CDS 35.0%
!! GACCGTTATTCGTTTTATTC+AGG + Chr7:78466221-78466240 MsG0780040502.01.T01:CDS 35.0%
!! TATGTTGTTGGTTCTTGCAA+TGG + Chr7:78466095-78466114 MsG0780040502.01.T01:CDS 35.0%
AGGTGGAGTTTCACAAAGTT+AGG - Chr7:78465897-78465916 None:intergenic 40.0%
ATTTCATCAAAACCACACGG+AGG - Chr7:78466590-78466609 None:intergenic 40.0%
CATCACAACCTTGTAAGTCT+CGG - Chr7:78466291-78466310 None:intergenic 40.0%
CCGAAACTTGCCAAAAGTTT+GGG - Chr7:78466201-78466220 None:intergenic 40.0%
CTTCAATGACAAGTTCATCG+GGG - Chr7:78465797-78465816 None:intergenic 40.0%
GAAATATGTGGTTCCGTTTG+TGG + Chr7:78466153-78466172 MsG0780040502.01.T01:CDS 40.0%
GTGTATCACCATTATCCGAA+AGG - Chr7:78466820-78466839 None:intergenic 40.0%
TAAACACCATCATTCACACC+AGG - Chr7:78466431-78466450 None:intergenic 40.0%
! ATAGATATTGATGGCTCAGC+AGG - Chr7:78466617-78466636 None:intergenic 40.0%
! CCAAACTTTTGGCAAGTTTC+GGG + Chr7:78466199-78466218 MsG0780040502.01.T01:CDS 40.0%
! CCCAAACTTTTGGCAAGTTT+CGG + Chr7:78466198-78466217 MsG0780040502.01.T01:CDS 40.0%
! TTCGTCCTGGTTCTTATGAT+TGG + Chr7:78466492-78466511 MsG0780040502.01.T01:CDS 40.0%
!! AGTTTGGGACATTTTACGCA+TGG - Chr7:78466186-78466205 None:intergenic 40.0%
AAATACAATGGCTCTCCGTC+AGG + Chr7:78466924-78466943 MsG0780040502.01.T01:CDS 45.0%
AATACAATGGCTCTCCGTCA+GGG + Chr7:78466925-78466944 MsG0780040502.01.T01:CDS 45.0%
ACCATGTCATCGCCTTTGAT+CGG - Chr7:78465741-78465760 None:intergenic 45.0%
ACTGATCCTGGTGTGAATGA+TGG + Chr7:78466422-78466441 MsG0780040502.01.T01:CDS 45.0%
ATGGTTGCCATTGCACCTTT+CGG + Chr7:78466802-78466821 MsG0780040502.01.T01:CDS 45.0%
CAAAGTATGTACCGTGGCTT+CGG + Chr7:78466761-78466780 MsG0780040502.01.T01:CDS 45.0%
CAGGGCTTATGTTGAAAGCT+TGG + Chr7:78466943-78466962 MsG0780040502.01.T01:CDS 45.0%
CCAAAAGGAAGAAGAACTGC+AGG - Chr7:78466398-78466417 None:intergenic 45.0%
CCAGGATCAGTATCACCAAA+AGG - Chr7:78466413-78466432 None:intergenic 45.0%
CCATTGCACCTTTCGGATAA+TGG + Chr7:78466809-78466828 MsG0780040502.01.T01:CDS 45.0%
CCCGAAACTTGCCAAAAGTT+TGG - Chr7:78466202-78466221 None:intergenic 45.0%
GCTTTCAACATAAGCCCTGA+CGG - Chr7:78466942-78466961 None:intergenic 45.0%
GGTTTCTTGCTGATCGCTTA+AGG - Chr7:78465917-78465936 None:intergenic 45.0%
GTTTCATTTCACCGAAGCCA+CGG - Chr7:78466775-78466794 None:intergenic 45.0%
TGAGCTGTGTTTGCAAGTCT+TGG + Chr7:78465853-78465872 MsG0780040502.01.T01:CDS 45.0%
TTCTTGCTGATCGCTTAAGG+TGG - Chr7:78465914-78465933 None:intergenic 45.0%
! CCATTATCCGAAAGGTGCAA+TGG - Chr7:78466812-78466831 None:intergenic 45.0%
! CCTGCAGTTCTTCTTCCTTT+TGG + Chr7:78466395-78466414 MsG0780040502.01.T01:CDS 45.0%
! GGGACATTTTACGCATGGTA+GGG - Chr7:78466181-78466200 None:intergenic 45.0%
! TGGGACATTTTACGCATGGT+AGG - Chr7:78466182-78466201 None:intergenic 45.0%
!! CCTTTTGGTGATACTGATCC+TGG + Chr7:78466410-78466429 MsG0780040502.01.T01:CDS 45.0%
AACAGCGATGATTCTGCGTC+GGG - Chr7:78465771-78465790 None:intergenic 50.0%
CAATGACAAGTTCATCGGGG+AGG - Chr7:78465794-78465813 None:intergenic 50.0%
CCATGTCATCGCCTTTGATC+GGG - Chr7:78465740-78465759 None:intergenic 50.0%
CTTCGGAGTGAATTTCGTCC+TGG + Chr7:78466479-78466498 MsG0780040502.01.T01:CDS 50.0%
GAACAGCGATGATTCTGCGT+CGG - Chr7:78465772-78465791 None:intergenic 50.0%
GCATGGTAGGGTTCCACAAA+CGG - Chr7:78466169-78466188 None:intergenic 50.0%
AGACGAGTGTCCACGCAGAA+CGG + Chr7:78465668-78465687 MsG0780040502.01.T01:CDS 55.0%
CCCGATCAAAGGCGATGACA+TGG + Chr7:78465737-78465756 MsG0780040502.01.T01:CDS 55.0%
CGTGCGAGTTTCCCGATCAA+AGG + Chr7:78465726-78465745 MsG0780040502.01.T01:CDS 55.0%
CTCTCTTTCACCGTTCTGCG+TGG - Chr7:78465681-78465700 None:intergenic 55.0%
ACACAGCTGATGCCTCCGTG+TGG + Chr7:78466575-78466594 MsG0780040502.01.T01:CDS 60.0%
GCGATGATTCTGCGTCGGGA+CGG - Chr7:78465767-78465786 None:intergenic 60.0%
TTAGGGAGGGAGATCGCTGC+CGG - Chr7:78466035-78466054 None:intergenic 60.0%
TAGGGAGGGAGATCGCTGCC+GGG - Chr7:78466034-78466053 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 78465663 78466982 78465663 ID=MsG0780040502.01;Name=MsG0780040502.01
Chr7 mRNA 78465663 78466982 78465663 ID=MsG0780040502.01.T01;Parent=MsG0780040502.01;Name=MsG0780040502.01.T01;_AED=0.40;_eAED=0.40;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|439
Chr7 exon 78465663 78466982 78465663 ID=MsG0780040502.01.T01:exon:289;Parent=MsG0780040502.01.T01
Chr7 CDS 78465663 78466982 78465663 ID=MsG0780040502.01.T01:cds;Parent=MsG0780040502.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780040502.01.T01

ATGGGAGACGAGTGTCCACGCAGAACGGTGAAAGAGAGAAGATTATCTGAAAAAACTGATTGTCGTGCGAGTTTCCCGATCAAAGGCGATGACATGGTGTTCCGTCCCGACGCAGAATCATCGCTGTTCCTCCCCGATGAACTTGTCATTGAAGTTCTTTCATTTTCTGATGTGAAATTCCTTATGCAAATGAGCTGTGTTTGCAAGTCTTGGAAATCTCTAATTTCCGATCCTAACTTTGTGAAACTCCACCTTAAGCGATCAGCAAGAAACCCTCACTTGACACTATATTTGAAACGATACAATTTCGAAAAATTTAGGGATGACTACTGTGCTGTAACATTCCCTGTTAGTCGTTTAATAGAGAACCCGGCAGCGATCTCCCTCCCTAAATATGATCCATATTATCGATTAAAGGATTATGACTGTAAATATGTTGTTGGTTCTTGCAATGGATTGCTTTGTTTGCTAAGTTATCCATCATATAATAGAAATATGTGGTTCCGTTTGTGGAACCCTACCATGCGTAAAATGTCCCAAACTTTTGGCAAGTTTCGGGACCGTTATTCGTTTTATTCAGGTTCATGTTCTAATTTTAAGTTTGCGTTTGGTTATGATAATTCATCCGAGACTTACAAGGTTGTGATGTTAATTTTGGATGATGTTAAAAATAGAACTGATGTGCAAATTTTATGCGTGCGTTATAATGTTTGGAAACCTATTCAAAATTTTCCTGCAGTTCTTCTTCCTTTTGGTGATACTGATCCTGGTGTGAATGATGGTGTTTATCTGAATGGTACTTTTAATTGGTTGGCACTTCGGAGTGAATTTCGTCCTGGTTCTTATGATTGGAAGAACATTAATGTTAAGGATTTTGTGATTGTTTCACTTGATCTGGGAACAGAGACATACACACAGCTGATGCCTCCGTGTGGTTTTGATGAAATGTCACCTGCTGAGCCATCAATATCTATATTGATGGATTGTCTTTGCTTTTCGAATGATTATAAGAGAACTGATTTAGTTATATGGAAAATGGAAGAATTTGGAGTTGAAAAGTATTGGACTCAACTCATTAAAGTTAGCTACCAAAATCTTCAAAGTATGTACCGTGGCTTCGGTGAAATGAAACTTTCTAAATGGTTGCCATTGCACCTTTCGGATAATGGTGATACACTGATGTTGGTTGACAATCAATCTCTGCGAGCAACTCTATATAACTTGAGAGATAACAGAGCAGTGCATATGTTGAAAGATTATAAAATACAATGGCTCTCCGTCAGGGCTTATGTTGAAAGCTTGGTTTCTCCGACATTTTGA
Protein sequence

>MsG0780040502.01.T01

MGDECPRRTVKERRLSEKTDCRASFPIKGDDMVFRPDAESSLFLPDELVIEVLSFSDVKFLMQMSCVCKSWKSLISDPNFVKLHLKRSARNPHLTLYLKRYNFEKFRDDYCAVTFPVSRLIENPAAISLPKYDPYYRLKDYDCKYVVGSCNGLLCLLSYPSYNRNMWFRLWNPTMRKMSQTFGKFRDRYSFYSGSCSNFKFAFGYDNSSETYKVVMLILDDVKNRTDVQILCVRYNVWKPIQNFPAVLLPFGDTDPGVNDGVYLNGTFNWLALRSEFRPGSYDWKNINVKDFVIVSLDLGTETYTQLMPPCGFDEMSPAEPSISILMDCLCFSNDYKRTDLVIWKMEEFGVEKYWTQLIKVSYQNLQSMYRGFGEMKLSKWLPLHLSDNGDTLMLVDNQSLRATLYNLRDNRAVHMLKDYKIQWLSVRAYVESLVSPTF*