AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780038759.01

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MsG0780038759.01.T01 MTR_7g022590 56.000 50 19 2 64 111 2 50 7.49e-11 57.4
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0780038759.01.T01 AT3G06240 26.355 406 201 21 2 352 57 419 5.05e-13 70.1

Find 65 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 83 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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CTGCACGAAACCCTTACTTC+TGG 0.447182 7:-52686359 MsG0780038759.01.T01:CDS
CTTAAAATTGTCAAACCGAC+AGG 0.448790 7:-52685907 MsG0780038759.01.T01:CDS
GAAAGATTACGTCGAAAGCT+TGG 0.455379 7:-52685404 MsG0780038759.01.T01:CDS
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TTTCGACGTAATCTTTCATC+GGG 0.467973 7:+52685410 None:intergenic
TTATCACGGTACCAGAAGTA+AGG 0.471145 7:+52686348 None:intergenic
AAAAGGTAGTAAGGATCCTT+GGG 0.472729 7:+52686249 None:intergenic
TTGTCATTCAAAAGGTAGTA+AGG 0.474272 7:+52686240 None:intergenic
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TATTGTGATAGCTAACTTTG+TGG 0.491239 7:+52685608 None:intergenic
AGTGAGAGTCTTTAGTTTGG+CGG 0.493620 7:-52685971 MsG0780038759.01.T01:CDS
TGGTAGCGGGATTCCAGAAA+CGG 0.494191 7:+52686133 None:intergenic
CCATTCTCAGATAGATGCAT+TGG 0.494350 7:+52685538 None:intergenic
GAATGGAGGAATGACACTAT+TGG 0.514918 7:-52685832 MsG0780038759.01.T01:CDS
CATCATTATCAAAACCTTGA+GGG 0.517380 7:+52685752 None:intergenic
CTTTCGACGTAATCTTTCAT+CGG 0.518245 7:+52685409 None:intergenic
TGAAGTCTGTAAGTCATACT+TGG 0.523401 7:-52686431 MsG0780038759.01.T01:CDS
CATCTTCCATATAACCAAAC+CGG 0.523658 7:+52685666 None:intergenic
AAGGATTGTGAGGAAATTGT+TGG 0.526086 7:-52686219 MsG0780038759.01.T01:CDS
GAATGGTGAAACAATGGTAT+TGG 0.531283 7:-52685521 MsG0780038759.01.T01:CDS
GGTTGGCCAATAAGAGTGAA+TGG 0.536719 7:-52685849 MsG0780038759.01.T01:CDS
TATAACGATTTCATGAAGAC+CGG 0.537409 7:-52685685 MsG0780038759.01.T01:CDS
AATTATCGTGCGGCTTATCA+CGG 0.537907 7:+52686334 None:intergenic
CCAATGCATCTATCTGAGAA+TGG 0.540253 7:-52685538 MsG0780038759.01.T01:CDS
GGGTTGTACTGTTAATTGGT+TGG 0.543501 7:-52685866 MsG0780038759.01.T01:CDS
GGTTTCGTGCAGAACGATGA+AGG 0.544749 7:+52686370 None:intergenic
GTCGTGTACTGCAAAACCAT+TGG 0.545858 7:-52686281 MsG0780038759.01.T01:CDS
TTAAAATTGTCAAACCGACA+GGG 0.546759 7:-52685906 MsG0780038759.01.T01:CDS
TTAGATTATAAAGAATCGCT+TGG 0.547412 7:+52685482 None:intergenic
CACACGAATTACAAATATGC+TGG 0.551292 7:-52685583 MsG0780038759.01.T01:CDS
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TTTGAATGACAAGGATTGTG+AGG 0.576976 7:-52686229 MsG0780038759.01.T01:CDS
CACGACTAATGGGGAAGTGT+AGG 0.586603 7:+52686298 None:intergenic
ATCTGAGAATGGTGAAACAA+TGG 0.591865 7:-52685527 MsG0780038759.01.T01:CDS
TTGTAATTGTAATTATCGTG+CGG 0.614974 7:+52686324 None:intergenic
TATCACGGTACCAGAAGTAA+GGG 0.625413 7:+52686349 None:intergenic
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TGAAGATCACTACTACCACT+AGG 0.643035 7:+52686006 None:intergenic
CCATTGGATCAAAATTCCCA+AGG 0.648962 7:-52686265 MsG0780038759.01.T01:CDS
TAAAATTGTCAAACCGACAG+GGG 0.652686 7:-52685905 MsG0780038759.01.T01:CDS
GTGCTGGAATTAAGTCCTAG+TGG 0.663032 7:-52686021 MsG0780038759.01.T01:CDS
TTTGCAGTACACGACTAATG+GGG 0.670245 7:+52686289 None:intergenic
TGTACACCATCAGCCCCTGT+CGG 0.689795 7:+52685892 None:intergenic
TGGCCAATAAGAGTGAATGG+AGG 0.730080 7:-52685846 MsG0780038759.01.T01:CDS
CAAACTAAAGACTCTCACTG+TGG 0.788488 7:+52685975 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! CTTTTAATTATAAAAATGTT+TGG - Chr7:52685664-52685683 MsG0780038759.01.T01:CDS 10.0%
!! AGAAAAATATCTGATAAATT+AGG - Chr7:52685711-52685730 MsG0780038759.01.T01:CDS 15.0%
!! GAAAAATATCTGATAAATTA+GGG - Chr7:52685712-52685731 MsG0780038759.01.T01:CDS 15.0%
!!! TAATTTATCAGATATTTTTC+TGG + Chr7:52685712-52685731 None:intergenic 15.0%
!! AATTTGGAAATGAAAATTCT+TGG - Chr7:52686183-52686202 MsG0780038759.01.T01:CDS 20.0%
!! ATCGTTATAATACAAAAACA+AGG + Chr7:52686126-52686145 None:intergenic 20.0%
!! TAATTCAACTGACATTTATA+AGG - Chr7:52685779-52685798 MsG0780038759.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTTTCAATACACAAATACT+CGG + Chr7:52686101-52686120 None:intergenic 20.0%
! TTAGATTATAAAGAATCGCT+TGG + Chr7:52686343-52686362 None:intergenic 25.0%
! TTGTAATTGTAATTATCGTG+CGG + Chr7:52685501-52685520 None:intergenic 25.0%
ATATGGAAGATGACAGAATT+TGG - Chr7:52686167-52686186 MsG0780038759.01.T01:CDS 30.0%
ATTACAAATATGCTGGTAGA+CGG - Chr7:52686246-52686265 MsG0780038759.01.T01:CDS 30.0%
CAAACAAAGCAAAGAAAACT+AGG - Chr7:52686366-52686385 MsG0780038759.01.T01:CDS 30.0%
CATCATTATCAAAACCTTGA+GGG + Chr7:52686073-52686092 None:intergenic 30.0%
GGATTAACAAAAAGATACGT+TGG - Chr7:52686387-52686406 MsG0780038759.01.T01:CDS 30.0%
GTGATTCTTTCGTTTGATAT+TGG - Chr7:52686020-52686039 MsG0780038759.01.T01:CDS 30.0%
TATAACGATTTCATGAAGAC+CGG - Chr7:52686137-52686156 MsG0780038759.01.T01:CDS 30.0%
TATTGTGATAGCTAACTTTG+TGG + Chr7:52686217-52686236 None:intergenic 30.0%
TTAAAATTGTCAAACCGACA+GGG - Chr7:52685916-52685935 MsG0780038759.01.T01:CDS 30.0%
TTGTCATTCAAAAGGTAGTA+AGG + Chr7:52685585-52685604 None:intergenic 30.0%
! GAGAACTATTCAAAGTTTTC+CGG - Chr7:52685884-52685903 MsG0780038759.01.T01:CDS 30.0%
! TTACTACCTTTTGAATGACA+AGG - Chr7:52685584-52685603 MsG0780038759.01.T01:CDS 30.0%
!! ACAATTTTAAGAGGAACTAC+CGG + Chr7:52685906-52685925 None:intergenic 30.0%
!! AGGTGCATTTTGATGAATTT+AGG + Chr7:52685435-52685454 None:intergenic 30.0%
!! ATCAGATATTTTTCTGGTAG+CGG + Chr7:52685706-52685725 None:intergenic 30.0%
!! ATTTGGGTTGTACTGTTAAT+TGG - Chr7:52685952-52685971 MsG0780038759.01.T01:CDS 30.0%
AAAAGGTAGTAAGGATCCTT+GGG + Chr7:52685576-52685595 None:intergenic 35.0%
AACTGACATTTATAAGGTGC+TGG - Chr7:52685785-52685804 MsG0780038759.01.T01:CDS 35.0%
AAGGATTGTGAGGAAATTGT+TGG - Chr7:52685603-52685622 MsG0780038759.01.T01:CDS 35.0%
ATCTGAGAATGGTGAAACAA+TGG - Chr7:52686295-52686314 MsG0780038759.01.T01:CDS 35.0%
ATTCCTCCATTCACTCTTAT+TGG + Chr7:52685982-52686001 None:intergenic 35.0%
CACAATCCTTGTCATTCAAA+AGG + Chr7:52685593-52685612 None:intergenic 35.0%
CACACGAATTACAAATATGC+TGG - Chr7:52686239-52686258 MsG0780038759.01.T01:CDS 35.0%
CATCTTCCATATAACCAAAC+CGG + Chr7:52686159-52686178 None:intergenic 35.0%
CCATCATTATCAAAACCTTG+AGG + Chr7:52686074-52686093 None:intergenic 35.0%
CTTAAAATTGTCAAACCGAC+AGG - Chr7:52685915-52685934 MsG0780038759.01.T01:CDS 35.0%
CTTTCGACGTAATCTTTCAT+CGG + Chr7:52686416-52686435 None:intergenic 35.0%
GAATGGTGAAACAATGGTAT+TGG - Chr7:52686301-52686320 MsG0780038759.01.T01:CDS 35.0%
TAAAATTGTCAAACCGACAG+GGG - Chr7:52685917-52685936 MsG0780038759.01.T01:CDS 35.0%
TGAAGTCTGTAAGTCATACT+TGG - Chr7:52685391-52685410 MsG0780038759.01.T01:CDS 35.0%
TTTCGACGTAATCTTTCATC+GGG + Chr7:52686415-52686434 None:intergenic 35.0%
TTTGAATGACAAGGATTGTG+AGG - Chr7:52685593-52685612 MsG0780038759.01.T01:CDS 35.0%
! AAAATGTTTGGTTCCGTTTC+TGG - Chr7:52685676-52685695 MsG0780038759.01.T01:CDS 35.0%
! TTAGTTTGGCGGATAATGTT+TGG - Chr7:52685862-52685881 MsG0780038759.01.T01:CDS 35.0%
! TTTTGCAGTACACGACTAAT+GGG + Chr7:52685537-52685556 None:intergenic 35.0%
!! AATGGATTAGTTTGCTTGCT+AGG - Chr7:52685633-52685652 MsG0780038759.01.T01:CDS 35.0%
!! GAAATTGTTGGTTCGTGTAA+TGG - Chr7:52685615-52685634 MsG0780038759.01.T01:CDS 35.0%
!! TCAGATATTTTTCTGGTAGC+GGG + Chr7:52685705-52685724 None:intergenic 35.0%
!!! CCTCAAGGTTTTGATAATGA+TGG - Chr7:52686071-52686090 MsG0780038759.01.T01:CDS 35.0%
!!! GTCGGTTTGACAATTTTAAG+AGG + Chr7:52685915-52685934 None:intergenic 35.0%
AATTATCGTGCGGCTTATCA+CGG + Chr7:52685491-52685510 None:intergenic 40.0%
CAAAAGGTAGTAAGGATCCT+TGG + Chr7:52685577-52685596 None:intergenic 40.0%
CAAACTAAAGACTCTCACTG+TGG + Chr7:52685850-52685869 None:intergenic 40.0%
CACAGTGAGAGTCTTTAGTT+TGG - Chr7:52685848-52685867 MsG0780038759.01.T01:CDS 40.0%
CCAATGCATCTATCTGAGAA+TGG - Chr7:52686284-52686303 MsG0780038759.01.T01:CDS 40.0%
CCATTCTCAGATAGATGCAT+TGG + Chr7:52686287-52686306 None:intergenic 40.0%
CCATTGGATCAAAATTCCCA+AGG - Chr7:52685557-52685576 MsG0780038759.01.T01:CDS 40.0%
GAAAGATTACGTCGAAAGCT+TGG - Chr7:52686418-52686437 MsG0780038759.01.T01:CDS 40.0%
GAATGGAGGAATGACACTAT+TGG - Chr7:52685990-52686009 MsG0780038759.01.T01:CDS 40.0%
GGGTTGTACTGTTAATTGGT+TGG - Chr7:52685956-52685975 MsG0780038759.01.T01:CDS 40.0%
TATCACGGTACCAGAAGTAA+GGG + Chr7:52685476-52685495 None:intergenic 40.0%
TGAAGATCACTACTACCACT+AGG + Chr7:52685819-52685838 None:intergenic 40.0%
TTATCACGGTACCAGAAGTA+AGG + Chr7:52685477-52685496 None:intergenic 40.0%
TTTGCAGTACACGACTAATG+GGG + Chr7:52685536-52685555 None:intergenic 40.0%
! GTTTTGCAGTACACGACTAA+TGG + Chr7:52685538-52685557 None:intergenic 40.0%
! TGGTGAAACAATGGTATTGG+CGG - Chr7:52686304-52686323 MsG0780038759.01.T01:CDS 40.0%
!! AGTGAGAGTCTTTAGTTTGG+CGG - Chr7:52685851-52685870 MsG0780038759.01.T01:CDS 40.0%
!! CCTTGGGAATTTTGATCCAA+TGG + Chr7:52685560-52685579 None:intergenic 40.0%
!! TGAAGACCGGTTTGGTTATA+TGG - Chr7:52686150-52686169 MsG0780038759.01.T01:CDS 40.0%
CGATTTCATGAAGACCGGTT+TGG - Chr7:52686142-52686161 MsG0780038759.01.T01:CDS 45.0%
GTCGTGTACTGCAAAACCAT+TGG - Chr7:52685541-52685560 MsG0780038759.01.T01:CDS 45.0%
GTGCTGGAATTAAGTCCTAG+TGG - Chr7:52685801-52685820 MsG0780038759.01.T01:CDS 45.0%
TGGCCAATAAGAGTGAATGG+AGG - Chr7:52685976-52685995 MsG0780038759.01.T01:CDS 45.0%
! GGTTGGCCAATAAGAGTGAA+TGG - Chr7:52685973-52685992 MsG0780038759.01.T01:CDS 45.0%
ACACAACTTCAGCTCCCTCA+AGG - Chr7:52686056-52686075 MsG0780038759.01.T01:CDS 50.0%
CTGCACGAAACCCTTACTTC+TGG - Chr7:52685463-52685482 MsG0780038759.01.T01:CDS 50.0%
GGTTTCGTGCAGAACGATGA+AGG + Chr7:52685455-52685474 None:intergenic 50.0%
! AGGGGCTGATGGTGTACATT+TGG - Chr7:52685935-52685954 MsG0780038759.01.T01:CDS 50.0%
! CACGACTAATGGGGAAGTGT+AGG + Chr7:52685527-52685546 None:intergenic 50.0%
! GGGGCTGATGGTGTACATTT+GGG - Chr7:52685936-52685955 MsG0780038759.01.T01:CDS 50.0%
!! TGGTAGCGGGATTCCAGAAA+CGG + Chr7:52685692-52685711 None:intergenic 50.0%
TGTACACCATCAGCCCCTGT+CGG + Chr7:52685933-52685952 None:intergenic 55.0%
GTCAAACCGACAGGGGCTGA+TGG - Chr7:52685924-52685943 MsG0780038759.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 52685390 52686454 52685390 ID=MsG0780038759.01;Name=MsG0780038759.01
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Chr7 exon 52685390 52686454 52685390 ID=MsG0780038759.01.T01:exon:9756;Parent=MsG0780038759.01.T01
Chr7 CDS 52685390 52686454 52685390 ID=MsG0780038759.01.T01:cds;Parent=MsG0780038759.01.T01
Gene Sequence

>MsG0780038759.01.T01

ATGAAGTCTGTAAGTCATACTTGGAACACTCTCATCTCTGATCCTAAATTCATCAAAATGCACCTTCATCGTTCTGCACGAAACCCTTACTTCTGGTACCGTGATAAGCCGCACGATAATTACAATTACAATTTCCTACACTTCCCCATTAGTCGTGTACTGCAAAACCATTGGATCAAAATTCCCAAGGATCCTTACTACCTTTTGAATGACAAGGATTGTGAGGAAATTGTTGGTTCGTGTAATGGATTAGTTTGCTTGCTAGGTGAAGAGACTTTTAATTATAAAAATGTTTGGTTCCGTTTCTGGAATCCCGCTACCAGAAAAATATCTGATAAATTAGGGTATAAGTCTTCTTCGATAAATTGTACGTTCGTGTTTTGTTATGATAATTCAACTGACATTTATAAGGTGCTGGAATTAAGTCCTAGTGGTAGTAGTGATCTTCAAATCAAAACCACAGTGAGAGTCTTTAGTTTGGCGGATAATGTTTGGAGAACTATTCAAAGTTTTCCGGTAGTTCCTCTTAAAATTGTCAAACCGACAGGGGCTGATGGTGTACATTTGGGTTGTACTGTTAATTGGTTGGCCAATAAGAGTGAATGGAGGAATGACACTATTGGCGAATTTGTGATTCTTTCGTTTGATATTGGTAGAGAGAAATATACACAACTTCAGCTCCCTCAAGGTTTTGATAATGATGGAGCACCGAGTATTTGTGTATTGAAAAACTCCTTGTTTTTGTATTATAACGATTTCATGAAGACCGGTTTGGTTATATGGAAGATGACAGAATTTGGAAATGAAAATTCTTGGACACAATTCCACAAAGTTAGCTATCACAATATTCACACGAATTACAAATATGCTGGTAGACGGCTTATAAAACTAAGACCAATGCATCTATCTGAGAATGGTGAAACAATGGTATTGGCGGACATCATTCAAAACCAAGCGATTCTTTATAATCTAAAAACAAACAAAGCAAAGAAAACTAGGATTAACAAAAAGATACGTTGGTTCCCGATGAAAGATTACGTCGAAAGCTTGGTTTCAACTTCTTGA
Protein sequence

>MsG0780038759.01.T01

MKSVSHTWNTLISDPKFIKMHLHRSARNPYFWYRDKPHDNYNYNFLHFPISRVLQNHWIKIPKDPYYLLNDKDCEEIVGSCNGLVCLLGEETFNYKNVWFRFWNPATRKISDKLGYKSSSINCTFVFCYDNSTDIYKVLELSPSGSSDLQIKTTVRVFSLADNVWRTIQSFPVVPLKIVKPTGADGVHLGCTVNWLANKSEWRNDTIGEFVILSFDIGREKYTQLQLPQGFDNDGAPSICVLKNSLFLYYNDFMKTGLVIWKMTEFGNENSWTQFHKVSYHNIHTNYKYAGRRLIKLRPMHLSENGETMVLADIIQNQAILYNLKTNKAKKTRINKKIRWFPMKDYVESLVSTS*