AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180003918.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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Find 79 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 89 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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GAGAGTTGTGGCTCCGTATC+TGG 0.279670 1:-70119601 MsG0180003918.01.T01:CDS
AATTCCACTCTTAATTGGTT+AGG 0.291462 1:-70119320 MsG0180003918.01.T01:CDS
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TGTGACAAGTCCAGAGAAAT+TGG 0.307311 1:+70119209 None:intergenic
CGCCACAACCTTATAAGTTT+CGG 0.316764 1:+70119487 None:intergenic
TAATTGGTTAGGGTTTATTC+AGG 0.334114 1:-70119309 MsG0180003918.01.T01:CDS
CAACCAAGCTTTCAACATAA+TGG 0.336712 1:+70118856 None:intergenic
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CAATATTGGCAGTTTATGTT+TGG 0.355586 1:-70119524 MsG0180003918.01.T01:CDS
TAAGGTTGTGGCGTTATATC+CGG 0.357338 1:-70119477 MsG0180003918.01.T01:CDS
CATCTTCCATATAACAAAAT+CGG 0.365721 1:+70119103 None:intergenic
GTGATTATTTCGCTTGATCT+TGG 0.388752 1:-70119263 MsG0180003918.01.T01:CDS
TCTGATATTGTCCTGGTGGC+GGG 0.389008 1:+70119575 None:intergenic
AAACCATTATGTTGAAAGCT+TGG 0.392119 1:-70118859 MsG0180003918.01.T01:CDS
TTGTTTCTATCATGATTTGA+AGG 0.396467 1:-70119129 MsG0180003918.01.T01:CDS
CACCCTTCTATTACTACAAA+AGG 0.396931 1:+70119361 None:intergenic
TTGCAGGAACCAACAACTTC+AGG 0.414726 1:+70119698 None:intergenic
TCTGCCACCTCCAATTTCTC+TGG 0.416354 1:-70119219 MsG0180003918.01.T01:CDS
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GAGGTGCAAGTTCTTAGTTT+TGG 0.424728 1:-70119437 MsG0180003918.01.T01:CDS
CGAGATCCTTTCCTGGCTTA+CGG 0.425234 1:-70119954 MsG0180003918.01.T01:CDS
ATTCCACTCTTAATTGGTTA+GGG 0.427196 1:-70119319 MsG0180003918.01.T01:CDS
ATGATATCGTGGGGCAAGAT+TGG 0.430228 1:+70119980 None:intergenic
ACTGTAATCACCGTGCTGTT+CGG 0.438044 1:+70119811 None:intergenic
TCATCGTCGAGATCCTTTCC+TGG 0.441409 1:-70119961 MsG0180003918.01.T01:CDS
GTGCTGTTCGGATACTATAT+AGG 0.441803 1:+70119823 None:intergenic
TTGTCAATCAATTGATAGTA+AGG 0.445873 1:+70119728 None:intergenic
CAAGCAGACCAATCCATTGC+AGG 0.448594 1:+70119682 None:intergenic
GAAGTTGTTGGTTCCTGCAA+TGG 0.457380 1:-70119695 MsG0180003918.01.T01:CDS
ATGTTCAATCTTTATGTGAA+TGG 0.457794 1:-70118993 MsG0180003918.01.T01:CDS
CTGCTTGATTGGTTGTGTTG+TGG 0.459286 1:-70119666 MsG0180003918.01.T01:CDS
ATCAAATCATTAACTGAGAA+AGG 0.466785 1:+70119782 None:intergenic
TGGTGGCGGGGTTCCAGATA+CGG 0.467931 1:+70119588 None:intergenic
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AACCGAAACTTATAAGGTTG+TGG 0.489177 1:-70119489 MsG0180003918.01.T01:CDS
GAGAACTGAAGAAGCCTCGC+AGG 0.497700 1:+70119383 None:intergenic
TGTTGGTTCCTGCAATGGAT+TGG 0.501374 1:-70119690 MsG0180003918.01.T01:CDS
AAGGTTGTGGCGTTATATCC+GGG 0.508365 1:-70119476 MsG0180003918.01.T01:CDS
ATAGTAAGGATCAGTGGGAA+GGG 0.521995 1:+70119742 None:intergenic
CAAAGGTTTAACCGTAAGCC+AGG 0.530000 1:+70119943 None:intergenic
GTTTGACGAGGACGATTACT+GGG 0.531192 1:-70119633 MsG0180003918.01.T01:CDS
CAACTTATCTGATATTGTCC+TGG 0.531967 1:+70119568 None:intergenic
GTATCTGGAACCCCGCCACC+AGG 0.544731 1:-70119586 MsG0180003918.01.T01:CDS
GATAGTAAGGATCAGTGGGA+AGG 0.548987 1:+70119741 None:intergenic
AAGGTGTCACATGCAAAGCC+AGG 0.551404 1:-70119176 MsG0180003918.01.T01:CDS
CTTAAGATGAACTTGAAACC+TGG 0.559459 1:-70119023 MsG0180003918.01.T01:CDS
CTGATATTGTCCTGGTGGCG+GGG 0.559501 1:+70119576 None:intergenic
AAGGACTGTCCTGAAGTTGT+TGG 0.569867 1:-70119707 MsG0180003918.01.T01:CDS
AATTGATAGTAAGGATCAGT+GGG 0.575610 1:+70119737 None:intergenic
AGCGAAATAATCACAAGTTG+AGG 0.580930 1:+70119272 None:intergenic
AGTAATAGAAGGGTGTATGC+TGG 0.593527 1:-70119353 MsG0180003918.01.T01:CDS
GGATCTCGACGATGATATCG+TGG 0.598682 1:+70119969 None:intergenic
TGGTTAGGGTTTATTCAGGA+CGG 0.600546 1:-70119305 MsG0180003918.01.T01:CDS
AAGTCCAGAGAAATTGGAGG+TGG 0.600757 1:+70119215 None:intergenic
GTTTAACCGTAAGCCAGGAA+AGG 0.602421 1:+70119948 None:intergenic
CAATTGATAGTAAGGATCAG+TGG 0.604695 1:+70119736 None:intergenic
CAGTGGGAAGGGTGATTGAA+CGG 0.608794 1:+70119753 None:intergenic
AAACCCTAACCAATTAAGAG+TGG 0.618213 1:+70119316 None:intergenic
GATCTCGACGATGATATCGT+GGG 0.619396 1:+70119970 None:intergenic
AGATTGAACATTGAGATACC+AGG 0.622244 1:+70119005 None:intergenic
TCCGGGTAAGAAAATGACAA+TGG 0.626137 1:-70119459 MsG0180003918.01.T01:CDS
AGAACTGAAGAAGCCTCGCA+GGG 0.629978 1:+70119384 None:intergenic
GACAAGTCCAGAGAAATTGG+AGG 0.641567 1:+70119212 None:intergenic
TCCATTAACATAGAAACACC+TGG 0.644007 1:+70119158 None:intergenic
ATATTCAAAGTTTCCCTGCG+AGG 0.655013 1:-70119397 MsG0180003918.01.T01:CDS
CTTATCTGATATTGTCCTGG+TGG 0.656711 1:+70119571 None:intergenic
TTACTATCAATTGATTGACA+AGG 0.670318 1:-70119726 MsG0180003918.01.T01:CDS
ATCTCGACGATGATATCGTG+GGG 0.678103 1:+70119971 None:intergenic
GGGTAAGAAAATGACAATGG+AGG 0.685660 1:-70119456 MsG0180003918.01.T01:CDS
GGGAGACTAATAGAGAGTTG+TGG 0.692400 1:-70119613 MsG0180003918.01.T01:CDS
TATATAGTATCCGAACAGCA+CGG 0.695464 1:-70119821 MsG0180003918.01.T01:CDS
GGATGATGATGAGTTTGACG+AGG 0.747910 1:-70119645 MsG0180003918.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TTAGTTTTGGTAATAATATT+TGG - Chr1:70119419-70119438 MsG0180003918.01.T01:CDS 15.0%
! ATCAAATCATTAACTGAGAA+AGG + Chr1:70119064-70119083 None:intergenic 25.0%
! ATGTTCAATCTTTATGTGAA+TGG - Chr1:70119850-70119869 MsG0180003918.01.T01:CDS 25.0%
! ATTTGAATTCCACTCTTAAT+TGG - Chr1:70119518-70119537 MsG0180003918.01.T01:CDS 25.0%
! CATCTTCCATATAACAAAAT+CGG + Chr1:70119743-70119762 None:intergenic 25.0%
! GAGTTAACAAAAAGATATGT+TGG - Chr1:70119953-70119972 MsG0180003918.01.T01:CDS 25.0%
! TAATTCAACCGAAACTTATA+AGG - Chr1:70119348-70119367 MsG0180003918.01.T01:CDS 25.0%
! TTACTATCAATTGATTGACA+AGG - Chr1:70119117-70119136 MsG0180003918.01.T01:CDS 25.0%
!! ACACATTTCATTTTCATCAA+AGG + Chr1:70118920-70118939 None:intergenic 25.0%
!! ATATGGAAGATGACAAATTT+TGG - Chr1:70119751-70119770 MsG0180003918.01.T01:CDS 25.0%
!! TTGTCAATCAATTGATAGTA+AGG + Chr1:70119118-70119137 None:intergenic 25.0%
!!! TTGTTTCTATCATGATTTGA+AGG - Chr1:70119714-70119733 MsG0180003918.01.T01:CDS 25.0%
AAACCATTATGTTGAAAGCT+TGG - Chr1:70119984-70120003 MsG0180003918.01.T01:CDS 30.0%
AACGAGCAATTCTCTATAAT+TGG - Chr1:70119905-70119924 MsG0180003918.01.T01:CDS 30.0%
AATTCCACTCTTAATTGGTT+AGG - Chr1:70119523-70119542 MsG0180003918.01.T01:CDS 30.0%
ATTCCACTCTTAATTGGTTA+GGG - Chr1:70119524-70119543 MsG0180003918.01.T01:CDS 30.0%
CAATATTGGCAGTTTATGTT+TGG - Chr1:70119319-70119338 MsG0180003918.01.T01:CDS 30.0%
GTGCTAATCATTTGCAATAT+TGG - Chr1:70119305-70119324 MsG0180003918.01.T01:CDS 30.0%
TAATTGGTTAGGGTTTATTC+AGG - Chr1:70119534-70119553 MsG0180003918.01.T01:CDS 30.0%
TGAAATGTGTGAGTAAATCT+TGG - Chr1:70118930-70118949 MsG0180003918.01.T01:CDS 30.0%
! AATTGATAGTAAGGATCAGT+GGG + Chr1:70119109-70119128 None:intergenic 30.0%
! CTCCTTTTGTAGTAATAGAA+GGG - Chr1:70119480-70119499 MsG0180003918.01.T01:CDS 30.0%
! TCTCCTTTTGTAGTAATAGA+AGG - Chr1:70119479-70119498 MsG0180003918.01.T01:CDS 30.0%
!! AGGAAACCGATTTTGTTATA+TGG - Chr1:70119734-70119753 MsG0180003918.01.T01:CDS 30.0%
AAACCCTAACCAATTAAGAG+TGG + Chr1:70119530-70119549 None:intergenic 35.0%
AACCGAAACTTATAAGGTTG+TGG - Chr1:70119354-70119373 MsG0180003918.01.T01:CDS 35.0%
AGATTGAACATTGAGATACC+AGG + Chr1:70119841-70119860 None:intergenic 35.0%
AGCGAAATAATCACAAGTTG+AGG + Chr1:70119574-70119593 None:intergenic 35.0%
CAACCAAGCTTTCAACATAA+TGG + Chr1:70119990-70120009 None:intergenic 35.0%
CAACTTATCTGATATTGTCC+TGG + Chr1:70119278-70119297 None:intergenic 35.0%
CACCCTTCTATTACTACAAA+AGG + Chr1:70119485-70119504 None:intergenic 35.0%
CTTAAGATGAACTTGAAACC+TGG - Chr1:70119820-70119839 MsG0180003918.01.T01:CDS 35.0%
GTGATTATTTCGCTTGATCT+TGG - Chr1:70119580-70119599 MsG0180003918.01.T01:CDS 35.0%
TATATAGTATCCGAACAGCA+CGG - Chr1:70119022-70119041 MsG0180003918.01.T01:CDS 35.0%
TCCATTAACATAGAAACACC+TGG + Chr1:70119688-70119707 None:intergenic 35.0%
! CAATTGATAGTAAGGATCAG+TGG + Chr1:70119110-70119129 None:intergenic 35.0%
! CTTGTCACATGTTTTACAGA+AGG - Chr1:70119648-70119667 MsG0180003918.01.T01:CDS 35.0%
!! ATTTTGGAGATGAAAAGTCG+TGG - Chr1:70119767-70119786 MsG0180003918.01.T01:CDS 35.0%
!! TTTTGGAGATGAAAAGTCGT+GGG - Chr1:70119768-70119787 MsG0180003918.01.T01:CDS 35.0%
!!! TCCATTGTCATTTTCTTACC+CGG + Chr1:70119388-70119407 None:intergenic 35.0%
AGAGAATTGCTCGTTCTTTC+TGG + Chr1:70119900-70119919 None:intergenic 40.0%
ATAGTAAGGATCAGTGGGAA+GGG + Chr1:70119104-70119123 None:intergenic 40.0%
ATATTCAAAGTTTCCCTGCG+AGG - Chr1:70119446-70119465 MsG0180003918.01.T01:CDS 40.0%
CGCCACAACCTTATAAGTTT+CGG + Chr1:70119359-70119378 None:intergenic 40.0%
CTTATCTGATATTGTCCTGG+TGG + Chr1:70119275-70119294 None:intergenic 40.0%
GGGTAAGAAAATGACAATGG+AGG - Chr1:70119387-70119406 MsG0180003918.01.T01:CDS 40.0%
TAAGGTTGTGGCGTTATATC+CGG - Chr1:70119366-70119385 MsG0180003918.01.T01:CDS 40.0%
TCCGGGTAAGAAAATGACAA+TGG - Chr1:70119384-70119403 MsG0180003918.01.T01:CDS 40.0%
TGGTTAGGGTTTATTCAGGA+CGG - Chr1:70119538-70119557 MsG0180003918.01.T01:CDS 40.0%
TGTGACAAGTCCAGAGAAAT+TGG + Chr1:70119637-70119656 None:intergenic 40.0%
! AGTAATAGAAGGGTGTATGC+TGG - Chr1:70119490-70119509 MsG0180003918.01.T01:CDS 40.0%
! GAGGTGCAAGTTCTTAGTTT+TGG - Chr1:70119406-70119425 MsG0180003918.01.T01:CDS 40.0%
! GCCAGGTGTTTCTATGTTAA+TGG - Chr1:70119684-70119703 MsG0180003918.01.T01:CDS 40.0%
! GTGCTGTTCGGATACTATAT+AGG + Chr1:70119023-70119042 None:intergenic 40.0%
!! AATGGATTGGTCTGCTTGAT+TGG - Chr1:70119166-70119185 MsG0180003918.01.T01:CDS 40.0%
AAGGACTGTCCTGAAGTTGT+TGG - Chr1:70119136-70119155 MsG0180003918.01.T01:CDS 45.0%
AAGGTTGTGGCGTTATATCC+GGG - Chr1:70119367-70119386 MsG0180003918.01.T01:CDS 45.0%
AAGTCCAGAGAAATTGGAGG+TGG + Chr1:70119631-70119650 None:intergenic 45.0%
AGTTTGACGAGGACGATTAC+TGG - Chr1:70119209-70119228 MsG0180003918.01.T01:CDS 45.0%
ATCTCGACGATGATATCGTG+GGG + Chr1:70118875-70118894 None:intergenic 45.0%
ATCTGATATTGTCCTGGTGG+CGG + Chr1:70119272-70119291 None:intergenic 45.0%
ATGATATCGTGGGGCAAGAT+TGG + Chr1:70118866-70118885 None:intergenic 45.0%
CAAAGGTTTAACCGTAAGCC+AGG + Chr1:70118903-70118922 None:intergenic 45.0%
GACAAGTCCAGAGAAATTGG+AGG + Chr1:70119634-70119653 None:intergenic 45.0%
GATAGTAAGGATCAGTGGGA+AGG + Chr1:70119105-70119124 None:intergenic 45.0%
GATCTCGACGATGATATCGT+GGG + Chr1:70118876-70118895 None:intergenic 45.0%
GGGAGACTAATAGAGAGTTG+TGG - Chr1:70119230-70119249 MsG0180003918.01.T01:CDS 45.0%
GTTTAACCGTAAGCCAGGAA+AGG + Chr1:70118898-70118917 None:intergenic 45.0%
GTTTGACGAGGACGATTACT+GGG - Chr1:70119210-70119229 MsG0180003918.01.T01:CDS 45.0%
TTGCAGGAACCAACAACTTC+AGG + Chr1:70119148-70119167 None:intergenic 45.0%
! ACTGTAATCACCGTGCTGTT+CGG + Chr1:70119035-70119054 None:intergenic 45.0%
! CTGCTTGATTGGTTGTGTTG+TGG - Chr1:70119177-70119196 MsG0180003918.01.T01:CDS 45.0%
! GGATGATGATGAGTTTGACG+AGG - Chr1:70119198-70119217 MsG0180003918.01.T01:CDS 45.0%
!! GAAGTTGTTGGTTCCTGCAA+TGG - Chr1:70119148-70119167 MsG0180003918.01.T01:CDS 45.0%
!! TGTTGGTTCCTGCAATGGAT+TGG - Chr1:70119153-70119172 MsG0180003918.01.T01:CDS 45.0%
AGAACTGAAGAAGCCTCGCA+GGG + Chr1:70119462-70119481 None:intergenic 50.0%
CAAGCAGACCAATCCATTGC+AGG + Chr1:70119164-70119183 None:intergenic 50.0%
CAGTGGGAAGGGTGATTGAA+CGG + Chr1:70119093-70119112 None:intergenic 50.0%
CGAGATCCTTTCCTGGCTTA+CGG - Chr1:70118889-70118908 MsG0180003918.01.T01:CDS 50.0%
GGATCTCGACGATGATATCG+TGG + Chr1:70118877-70118896 None:intergenic 50.0%
TCATCGTCGAGATCCTTTCC+TGG - Chr1:70118882-70118901 MsG0180003918.01.T01:CDS 50.0%
TCTGATATTGTCCTGGTGGC+GGG + Chr1:70119271-70119290 None:intergenic 50.0%
TCTGCCACCTCCAATTTCTC+TGG - Chr1:70119624-70119643 MsG0180003918.01.T01:CDS 50.0%
! AAGGTGTCACATGCAAAGCC+AGG - Chr1:70119667-70119686 MsG0180003918.01.T01:CDS 50.0%
GAGAACTGAAGAAGCCTCGC+AGG + Chr1:70119463-70119482 None:intergenic 55.0%
GAGAGTTGTGGCTCCGTATC+TGG - Chr1:70119242-70119261 MsG0180003918.01.T01:CDS 55.0%
! CTGATATTGTCCTGGTGGCG+GGG + Chr1:70119270-70119289 None:intergenic 55.0%
!! TGGTGGCGGGGTTCCAGATA+CGG + Chr1:70119258-70119277 None:intergenic 60.0%
! GTATCTGGAACCCCGCCACC+AGG - Chr1:70119257-70119276 MsG0180003918.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 70118845 70120020 70118845 ID=MsG0180003918.01;Name=MsG0180003918.01
Chr1 mRNA 70118845 70120020 70118845 ID=MsG0180003918.01.T01;Parent=MsG0180003918.01;Name=MsG0180003918.01.T01;_AED=0.44;_eAED=0.44;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|391
Chr1 exon 70118845 70120020 70118845 ID=MsG0180003918.01.T01:exon:6101;Parent=MsG0180003918.01.T01
Chr1 CDS 70118845 70120020 70118845 ID=MsG0180003918.01.T01:cds;Parent=MsG0180003918.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180003918.01.T01

ATGTCGCGATCGTCTTCACCAATCTTGCCCCACGATATCATCGTCGAGATCCTTTCCTGGCTTACGGTTAAACCTTTGATGAAAATGAAATGTGTGAGTAAATCTTGGAACACTTTTATCTCTGATTCTAATTTCGTTAAAATGCATCTTAATCGATCTGCACGACACTCACAATCCTATATAGTATCCGAACAGCACGGTGATTACAGTTTCGTACCTTTCTCAGTTAATGATTTGATGAATGACCGTTCAATCACCCTTCCCACTGATCCTTACTATCAATTGATTGACAAGGACTGTCCTGAAGTTGTTGGTTCCTGCAATGGATTGGTCTGCTTGATTGGTTGTGTTGTGGATGATGATGAGTTTGACGAGGACGATTACTGGGAGACTAATAGAGAGTTGTGGCTCCGTATCTGGAACCCCGCCACCAGGACAATATCAGATAAGTTGTATTTTCGTGCTAATCATTTGCAATATTGGCAGTTTATGTTTGGTTATGATAATTCAACCGAAACTTATAAGGTTGTGGCGTTATATCCGGGTAAGAAAATGACAATGGAGGTGCAAGTTCTTAGTTTTGGTAATAATATTTGGAGAAATATTCAAAGTTTCCCTGCGAGGCTTCTTCAGTTCTCCTTTTGTAGTAATAGAAGGGTGTATGCTGGTGTACATTTGAATTCCACTCTTAATTGGTTAGGGTTTATTCAGGACGGTGATCTTGCTCCTCAACTTGTGATTATTTCGCTTGATCTTGGTACAGAGACATACACACAATTTCTGCCACCTCCAATTTCTCTGGACTTGTCACATGTTTTACAGAAGGTGTCACATGCAAAGCCAGGTGTTTCTATGTTAATGGATTCACTTTGTTTCTATCATGATTTGAAGGAAACCGATTTTGTTATATGGAAGATGACAAATTTTGGAGATGAAAAGTCGTGGGCTCAATTACTTAAAATTAGCTATCATAATCTTAAGATGAACTTGAAACCTGGTATCTCAATGTTCAATCTTTATGTGAATGGTGATACGCTTGTATTTGTAGATGACCAGAAAGAACGAGCAATTCTCTATAATTGGAGAAATAATAGAGTAGTGAAAACTAGAGTTAACAAAAAGATATGTTGGTTCTCTATAAACCATTATGTTGAAAGCTTGGTTGCAACAAGTTGA
Protein sequence

>MsG0180003918.01.T01

MSRSSSPILPHDIIVEILSWLTVKPLMKMKCVSKSWNTFISDSNFVKMHLNRSARHSQSYIVSEQHGDYSFVPFSVNDLMNDRSITLPTDPYYQLIDKDCPEVVGSCNGLVCLIGCVVDDDEFDEDDYWETNRELWLRIWNPATRTISDKLYFRANHLQYWQFMFGYDNSTETYKVVALYPGKKMTMEVQVLSFGNNIWRNIQSFPARLLQFSFCSNRRVYAGVHLNSTLNWLGFIQDGDLAPQLVIISLDLGTETYTQFLPPPISLDLSHVLQKVSHAKPGVSMLMDSLCFYHDLKETDFVIWKMTNFGDEKSWAQLLKISYHNLKMNLKPGISMFNLYVNGDTLVFVDDQKERAILYNWRNNRVVKTRVNKKICWFSINHYVESLVATS*