AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780039755.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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MsG0780039755.01.T01 AT4G12560 26.582 316 184 11 1 301 22 304 4.21e-13 70.5
MsG0780039755.01.T01 AT3G23880 25.392 319 168 13 2 300 33 301 2.27e-11 65.1

Find 86 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 96 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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TGAAATCTGTTATGAGATTC+AGG 0.314759 7:+68659568 MsG0780039755.01.T06:CDS
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TGATTCTACCGACACTTATA+AGG 0.316826 7:+68660046 MsG0780039755.01.T07:CDS
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ATTTCAGGAGTACTCTTAAC+TGG 0.343492 7:+68660222 MsG0780039755.01.T07:CDS
CTGCAATGGATTGATATGTT+TGG 0.358278 7:+68659869 MsG0780039755.01.T07:CDS
GTCTTGTGACACTCTCATTT+CGG 0.358385 7:+68659602 MsG0780039755.01.T07:CDS
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GGCTATTACAAATTCTACTT+TGG 0.387869 7:+68660017 MsG0780039755.01.T07:CDS
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AATGTGAGAATTCTAGGTTA+TGG 0.398678 7:+68660107 MsG0780039755.01.T07:CDS
CCTATTTCTTTGGACTATGA+TGG 0.403946 7:+68660170 MsG0780039755.01.T07:CDS
TACAAGCATGACTCCATTGC+CGG 0.405398 7:+68659494 None:intergenic
CATATGCCATATAACGAAAT+CGG 0.410668 7:-68660450 None:intergenic
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TTGTCTTTCACCATATAGTA+AGG 0.418771 7:-68659822 None:intergenic
CAAACATATCAATCCATTGC+AGG 0.427818 7:-68659868 None:intergenic
TGACACTCTCATTTCGGATC+CGG 0.429861 7:+68659608 MsG0780039755.01.T07:CDS
ATAGTGCTCTTCATAATAAT+CGG 0.430397 7:-68659907 None:intergenic
GGAGATGTTGTCCTAGTGGC+CGG 0.440692 7:-68659945 None:intergenic
TTGGACTATGATGGTCCAAC+TGG 0.460475 7:+68660179 MsG0780039755.01.T07:CDS
TATTATCTCTCCAATTATAG+AGG 0.461942 7:-68660652 None:intergenic
ATTGTCGATTAAACTGTGTA+TGG 0.470601 7:-68659775 None:intergenic
AATTCTTTCAACGACTATGA+TGG 0.474183 7:+68659996 MsG0780039755.01.T07:CDS
CCTATGGTTGGTTCTGCAGT+TGG 0.482095 7:-68660383 None:intergenic
GATTAAACTGTGTATGGAGT+AGG 0.486922 7:-68659769 None:intergenic
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GAAAAGAACACCGCCGGCAA+TGG 0.507152 7:-68659507 None:intergenic
CATTGCAGGAACCAACAATA+CGG 0.507385 7:-68659854 None:intergenic
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AATCTCATAACAGATTTCAC+TGG 0.516441 7:-68659564 None:intergenic
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GAGATGTTGTCCTAGTGGCC+GGG 0.540193 7:-68659944 None:intergenic
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TATAGGTTGGAGCATGGCCA+TGG 0.554472 7:+68660748 MsG0780039755.01.T07:CDS
TTCTGAGGACGGTGAAACAC+TGG 0.560222 7:+68660598 MsG0780039755.01.T07:CDS
ATTAAACTGTGTATGGAGTA+GGG 0.562081 7:-68659768 None:intergenic
GCTTATGGAACCCGGCCACT+AGG 0.566325 7:+68659934 MsG0780039755.01.T07:CDS
AGGTGCAATTTCACAAACAC+CGG 0.566366 7:-68659627 None:intergenic
GAACAAGCACTAGTATAGGT+TGG 0.566922 7:+68660735 MsG0780039755.01.T07:CDS
CACCATATAGTAAGGATCGA+TGG 0.576535 7:-68659814 None:intergenic
ATATTCATCATCACTTCCGT+AGG 0.577391 7:-68659724 None:intergenic
TATTCATCATCACTTCCGTA+GGG 0.579084 7:-68659723 None:intergenic
AACCAACCATAGGTGTGTTG+GGG 0.594881 7:+68660393 MsG0780039755.01.T07:CDS
TCTAACGTCAGTTCTATGAT+CGG 0.598224 7:-68660714 None:intergenic
GACTATGATGGTCCAACTGG+TGG 0.599449 7:+68660182 MsG0780039755.01.T07:CDS
TACTATATGGTGAAAGACAA+AGG 0.599845 7:+68659825 MsG0780039755.01.T07:CDS
TGACAACTGAGACATACAAT+CGG 0.605777 7:+68660330 MsG0780039755.01.T07:CDS
TGTGAGAATTCTAGGTTATG+GGG 0.607872 7:+68660109 MsG0780039755.01.T07:CDS
ATTGCAGGAACCAACAATAC+GGG 0.611040 7:-68659853 None:intergenic
TTCATCATCACTTCCGTAGG+GGG 0.611366 7:-68659721 None:intergenic
CCATCAGACACACCACCAGT+TGG 0.611947 7:-68660194 None:intergenic
TAGTGGCCGGGTTCCATAAG+CGG 0.613994 7:-68659932 None:intergenic
TCTTCTGAAAAGAACACCGC+CGG 0.615537 7:-68659513 None:intergenic
CACTAGTATAGGTTGGAGCA+TGG 0.620564 7:+68660742 MsG0780039755.01.T07:CDS
GGCCAAAACCTTATAAGTGT+CGG 0.621141 7:-68660054 None:intergenic
CCAAAGAAATAGGATCAACA+GGG 0.622327 7:-68660160 None:intergenic
TTTGGGAGATGTTGTCCTAG+TGG 0.640179 7:-68659949 None:intergenic
AAGTGATGATGAATATGAGA+TGG 0.641575 7:+68659731 MsG0780039755.01.T07:CDS
CCAACTGCAGAACCAACCAT+AGG 0.645878 7:+68660383 MsG0780039755.01.T07:CDS
GATCACTGCACAGAAATCAA+AGG 0.654492 7:+68659693 MsG0780039755.01.T07:CDS
GGCACCTCATCAAAATCACA+AGG 0.661817 7:-68660362 None:intergenic
ATTCATCATCACTTCCGTAG+GGG 0.683465 7:-68659722 None:intergenic
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AAGCATGACTCCATTGCCGG+CGG 0.694328 7:+68659497 None:intergenic
TTCACGACGATTGTAACGTG+CGG 0.698939 7:-68660075 None:intergenic
TAAGCTTTCAACGTAAACCA+TGG 0.703024 7:-68660765 None:intergenic
TCGATGGAAATAGTGAACGA+CGG 0.715175 7:-68659798 None:intergenic
TATGGAGTAGGGAATGACAG+CGG 0.779278 7:-68659757 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATTGTAAAAATAACCAAATT+TGG - Chr7:68659970-68659989 None:intergenic 15.0%
!! TTGTAAAAATAACCAAATTT+GGG - Chr7:68659969-68659988 None:intergenic 15.0%
!!! GATTTTGATAACTAATTTTA+AGG - Chr7:68660511-68660530 None:intergenic 15.0%
!!! TGATAACTAATTTTAAGGAA+TGG - Chr7:68660506-68660525 None:intergenic 20.0%
!!! TTGTTTTTCTTATTGTTACA+AGG + Chr7:68660424-68660443 MsG0780039755.01.T07:CDS 20.0%
! ATAGTGCTCTTCATAATAAT+CGG - Chr7:68659910-68659929 None:intergenic 25.0%
! ATATGGCATATGAAGAAATT+TGG + Chr7:68660461-68660480 MsG0780039755.01.T07:CDS 25.0%
! TATGGCATATGAAGAAATTT+GGG + Chr7:68660462-68660481 MsG0780039755.01.T07:CDS 25.0%
! TATTATCTCTCCAATTATAG+AGG - Chr7:68660655-68660674 None:intergenic 25.0%
!!! CATGAAGTATCATTTTAACT+TGG + Chr7:68660562-68660581 MsG0780039755.01.T07:CDS 25.0%
AATCTCATAACAGATTTCAC+TGG - Chr7:68659567-68659586 None:intergenic 30.0%
AATGTGAGAATTCTAGGTTA+TGG + Chr7:68660107-68660126 MsG0780039755.01.T07:CDS 30.0%
AATTCTTTCAACGACTATGA+TGG + Chr7:68659996-68660015 MsG0780039755.01.T07:CDS 30.0%
ATGTGAGAATTCTAGGTTAT+GGG + Chr7:68660108-68660127 MsG0780039755.01.T07:CDS 30.0%
ATTAAACTGTGTATGGAGTA+GGG - Chr7:68659771-68659790 None:intergenic 30.0%
CATATGCCATATAACGAAAT+CGG - Chr7:68660453-68660472 None:intergenic 30.0%
GGCTATTACAAATTCTACTT+TGG + Chr7:68660017-68660036 MsG0780039755.01.T07:CDS 30.0%
TACTATATGGTGAAAGACAA+AGG + Chr7:68659825-68659844 MsG0780039755.01.T07:CDS 30.0%
TGAAATCTGTTATGAGATTC+AGG + Chr7:68659568-68659587 MsG0780039755.01.T06:CDS 30.0%
TTGAAGCAATCCTCTATAAT+TGG + Chr7:68660642-68660661 MsG0780039755.01.T07:CDS 30.0%
TTGTCTTTCACCATATAGTA+AGG - Chr7:68659825-68659844 None:intergenic 30.0%
! AAGTGATGATGAATATGAGA+TGG + Chr7:68659731-68659750 MsG0780039755.01.T07:CDS 30.0%
! AATTTGGGATTGAAGATTCT+TGG + Chr7:68660477-68660496 MsG0780039755.01.T07:CDS 30.0%
! ATTGTCGATTAAACTGTGTA+TGG - Chr7:68659778-68659797 None:intergenic 30.0%
! TTCTTTTCAGAAGATCTCAT+CGG + Chr7:68659522-68659541 MsG0780039755.01.T06:CDS 30.0%
!!! TTCGTGTTGCTGAATTTTTT+AGG - Chr7:68659650-68659669 None:intergenic 30.0%
AGAAGCAATGTGAGAATTCT+AGG + Chr7:68660101-68660120 MsG0780039755.01.T07:CDS 35.0%
ATATTCATCATCACTTCCGT+AGG - Chr7:68659727-68659746 None:intergenic 35.0%
CAAACATATCAATCCATTGC+AGG - Chr7:68659871-68659890 None:intergenic 35.0%
CCAAAGAAATAGGATCAACA+GGG - Chr7:68660163-68660182 None:intergenic 35.0%
CCATCATAGTCCAAAGAAAT+AGG - Chr7:68660173-68660192 None:intergenic 35.0%
GATTAAACTGTGTATGGAGT+AGG - Chr7:68659772-68659791 None:intergenic 35.0%
GTTAGAACAAGCACTAGTAT+AGG + Chr7:68660731-68660750 MsG0780039755.01.T07:CDS 35.0%
TAAGCTTTCAACGTAAACCA+TGG - Chr7:68660768-68660787 None:intergenic 35.0%
TATTCATCATCACTTCCGTA+GGG - Chr7:68659726-68659745 None:intergenic 35.0%
TCCAAAGAAATAGGATCAAC+AGG - Chr7:68660164-68660183 None:intergenic 35.0%
TCTAACGTCAGTTCTATGAT+CGG - Chr7:68660717-68660736 None:intergenic 35.0%
TGACAACTGAGACATACAAT+CGG + Chr7:68660330-68660349 MsG0780039755.01.T07:CDS 35.0%
TGATTCTACCGACACTTATA+AGG + Chr7:68660046-68660065 MsG0780039755.01.T07:CDS 35.0%
TGTGAGAATTCTAGGTTATG+GGG + Chr7:68660109-68660128 MsG0780039755.01.T07:CDS 35.0%
TTCCATCGATCCTTACTATA+TGG + Chr7:68659812-68659831 MsG0780039755.01.T07:CDS 35.0%
! AGGAAACCGATTTCGTTATA+TGG + Chr7:68660444-68660463 MsG0780039755.01.T07:CDS 35.0%
! CCTATTTCTTTGGACTATGA+TGG + Chr7:68660170-68660189 MsG0780039755.01.T07:CDS 35.0%
! TACCGACACTTATAAGGTTT+TGG + Chr7:68660052-68660071 MsG0780039755.01.T07:CDS 35.0%
!! AATGGATTGATATGTTTGGC+TGG + Chr7:68659873-68659892 MsG0780039755.01.T07:CDS 35.0%
!! ATTTCAGGAGTACTCTTAAC+TGG + Chr7:68660222-68660241 MsG0780039755.01.T07:CDS 35.0%
!! CTGCAATGGATTGATATGTT+TGG + Chr7:68659869-68659888 MsG0780039755.01.T07:CDS 35.0%
AGGACAACATCTCCCAAATT+TGG + Chr7:68659954-68659973 MsG0780039755.01.T07:CDS 40.0%
AGGTGCAATTTCACAAACAC+CGG - Chr7:68659630-68659649 None:intergenic 40.0%
ATTCATCATCACTTCCGTAG+GGG - Chr7:68659725-68659744 None:intergenic 40.0%
ATTGCAGGAACCAACAATAC+GGG - Chr7:68659856-68659875 None:intergenic 40.0%
CACCATATAGTAAGGATCGA+TGG - Chr7:68659817-68659836 None:intergenic 40.0%
CATTGCAGGAACCAACAATA+CGG - Chr7:68659857-68659876 None:intergenic 40.0%
GAACAAGCACTAGTATAGGT+TGG + Chr7:68660735-68660754 MsG0780039755.01.T07:CDS 40.0%
GATCACTGCACAGAAATCAA+AGG + Chr7:68659693-68659712 MsG0780039755.01.T07:CDS 40.0%
GGCCAAAACCTTATAAGTGT+CGG - Chr7:68660057-68660076 None:intergenic 40.0%
GTCTTGTGACACTCTCATTT+CGG + Chr7:68659602-68659621 MsG0780039755.01.T07:CDS 40.0%
TAGGTTATGGGGATAACGAT+TGG + Chr7:68660120-68660139 MsG0780039755.01.T07:CDS 40.0%
TCGATGGAAATAGTGAACGA+CGG - Chr7:68659801-68659820 None:intergenic 40.0%
! CCCTGTTGATCCTATTTCTT+TGG + Chr7:68660160-68660179 MsG0780039755.01.T07:CDS 40.0%
! TGTCTGATGGTGTGTATTTC+AGG + Chr7:68660207-68660226 MsG0780039755.01.T07:CDS 40.0%
!! AAGAGCACTATTTCCGCTTA+TGG + Chr7:68659919-68659938 MsG0780039755.01.T07:CDS 40.0%
!! CTTGCCTTGTGATTTTGATG+AGG + Chr7:68660358-68660377 MsG0780039755.01.T07:CDS 40.0%
!! TCGTTGTTTCTTTCTGAGGA+CGG + Chr7:68660587-68660606 MsG0780039755.01.T07:CDS 40.0%
AAAGGATGCTCCCGTATTGT+TGG + Chr7:68659843-68659862 MsG0780039755.01.T07:CDS 45.0%
AACCAACCATAGGTGTGTTG+GGG + Chr7:68660393-68660412 MsG0780039755.01.T07:CDS 45.0%
AGAACCAACCATAGGTGTGT+TGG + Chr7:68660391-68660410 MsG0780039755.01.T07:CDS 45.0%
CTATTTCCGCTTATGGAACC+CGG + Chr7:68659926-68659945 MsG0780039755.01.T07:CDS 45.0%
GAACCAACCATAGGTGTGTT+GGG + Chr7:68660392-68660411 MsG0780039755.01.T07:CDS 45.0%
GGCACCTCATCAAAATCACA+AGG - Chr7:68660365-68660384 None:intergenic 45.0%
TATGGAGTAGGGAATGACAG+CGG - Chr7:68659760-68659779 None:intergenic 45.0%
TGACACTCTCATTTCGGATC+CGG + Chr7:68659608-68659627 MsG0780039755.01.T07:CDS 45.0%
TTCACGACGATTGTAACGTG+CGG - Chr7:68660078-68660097 None:intergenic 45.0%
TTCATCATCACTTCCGTAGG+GGG - Chr7:68659724-68659743 None:intergenic 45.0%
TTGGACTATGATGGTCCAAC+TGG + Chr7:68660179-68660198 MsG0780039755.01.T07:CDS 45.0%
TTTGGGAGATGTTGTCCTAG+TGG - Chr7:68659952-68659971 None:intergenic 45.0%
! CACTAGTATAGGTTGGAGCA+TGG + Chr7:68660742-68660761 MsG0780039755.01.T07:CDS 45.0%
! TCTTCTGAAAAGAACACCGC+CGG - Chr7:68659516-68659535 None:intergenic 45.0%
!! CGTATTGTTGGTTCCTGCAA+TGG + Chr7:68659855-68659874 MsG0780039755.01.T07:CDS 45.0%
ACCAACCATAGGTGTGTTGG+GGG + Chr7:68660394-68660413 MsG0780039755.01.T07:CDS 50.0%
CCAACTGCAGAACCAACCAT+AGG + Chr7:68660383-68660402 MsG0780039755.01.T07:CDS 50.0%
GACTATGATGGTCCAACTGG+TGG + Chr7:68660182-68660201 MsG0780039755.01.T07:CDS 50.0%
! TATAGGTTGGAGCATGGCCA+TGG + Chr7:68660748-68660767 MsG0780039755.01.T07:CDS 50.0%
! TTCTGAGGACGGTGAAACAC+TGG + Chr7:68660598-68660617 MsG0780039755.01.T07:CDS 50.0%
!! CCTATGGTTGGTTCTGCAGT+TGG - Chr7:68660386-68660405 None:intergenic 50.0%
!! GGCGTCGTTGTTTCTTTCTG+AGG + Chr7:68660583-68660602 MsG0780039755.01.T07:CDS 50.0%
ACAGTCCCCCAACACACCTA+TGG - Chr7:68660402-68660421 None:intergenic 55.0%
ATCAAAGGCGAGTCCCCCTA+CGG + Chr7:68659708-68659727 MsG0780039755.01.T07:CDS 55.0%
CCATCAGACACACCACCAGT+TGG - Chr7:68660197-68660216 None:intergenic 55.0%
GAAAAGAACACCGCCGGCAA+TGG - Chr7:68659510-68659529 None:intergenic 55.0%
GAGATGTTGTCCTAGTGGCC+GGG - Chr7:68659947-68659966 None:intergenic 55.0%
GGAGATGTTGTCCTAGTGGC+CGG - Chr7:68659948-68659967 None:intergenic 55.0%
TAGTGGCCGGGTTCCATAAG+CGG - Chr7:68659935-68659954 None:intergenic 55.0%
TCCCCCAACACACCTATGGT+TGG - Chr7:68660398-68660417 None:intergenic 55.0%
! CCAACTGGTGGTGTGTCTGA+TGG + Chr7:68660194-68660213 MsG0780039755.01.T07:CDS 55.0%
GCTTATGGAACCCGGCCACT+AGG + Chr7:68659934-68659953 MsG0780039755.01.T07:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 68659501 68660802 68659501 ID=MsG0780039755.01;Name=MsG0780039755.01
Chr7 mRNA 68659579 68660802 68659579 ID=MsG0780039755.01.T01;Parent=MsG0780039755.01;Name=MsG0780039755.01.T01;_AED=0.07;_eAED=0.07;_QI=0|0|0|1|0|0|3|0|379
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Chr7 exon 68659733 68660676 68659733 ID=MsG0780039755.01.T01:exon:12047;Parent=MsG0780039755.01.T01
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