AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880043438.01

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Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
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CRISPR-Local

CRISPR-Local
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GACAAGCACAATGGAATCAA+TGG 0.498483 8:+24833021 None:intergenic
ACTTCCATGATGACTTCCTC+GGG 0.502730 8:+24834071 None:intergenic
TCATGTAATGAAGAGCTACT+TGG 0.508405 8:-24833222 MsG0880043438.01.T01:CDS
GCGATAATAATAATAATGCT+TGG 0.512561 8:-24833434 MsG0880043438.01.T01:CDS
GACTTCCATGATGACTTCCT+CGG 0.512571 8:+24834070 None:intergenic
TGAAGTGCGTCTGTAAGTCC+TGG 0.514909 8:-24834013 MsG0880043438.01.T01:CDS
TGACAACCTTGTCATTGAAT+CGG 0.526434 8:+24833745 None:intergenic
AAGGACCATGATCTTCGGTA+AGG 0.528076 8:+24833772 None:intergenic
GCTCTCAACATATGCCTTGG+CGG 0.530241 8:+24832882 None:intergenic
ATCACCCTTACCGAAGATCA+TGG 0.537076 8:-24833777 MsG0880043438.01.T01:CDS
CAAGCTCTCAACATATGCCT+TGG 0.539910 8:+24832879 None:intergenic
AGGAGAATTAAAAGCACCAA+TGG 0.548431 8:-24832919 MsG0880043438.01.T01:CDS
TCAATTGGTTGGTCATTCAT+CGG 0.553623 8:-24833326 MsG0880043438.01.T01:CDS
GTAGCAAGGACCATGATCTT+CGG 0.555878 8:+24833767 None:intergenic
TCCGCATTGGGTGGAAGATG+AGG 0.555998 8:+24834104 None:intergenic
CCATTGTGCTTGTCTCAGAA+TGG 0.558456 8:-24833012 MsG0880043438.01.T01:CDS
GCTCCCCGAGGAAGTCATCA+TGG 0.563806 8:-24834075 MsG0880043438.01.T01:CDS
AACTCCAGCAAACGAGAGAT+GGG 0.568954 8:+24833819 None:intergenic
CCTTTCGCTCTTATGTCAAG+CGG 0.570860 8:-24833596 MsG0880043438.01.T01:CDS
AGCATTACCTCCGCATTGGG+TGG 0.575306 8:+24834095 None:intergenic
TCCAGTTATAGAGAATTGCT+TGG 0.575410 8:+24832956 None:intergenic
ATTTCACTTCAAGAAACGCT+AGG 0.577686 8:+24834048 None:intergenic
ACTGGAGAGACAATACTGTA+AGG 0.580290 8:-24832939 MsG0880043438.01.T01:CDS
CCGCATTGGGTGGAAGATGA+GGG 0.580950 8:+24834105 None:intergenic
CAGATGTAGTCCTTGTGGCA+GGG 0.584156 8:+24833631 None:intergenic
TGGACGAATTTGGAGTTGAA+CGG 0.587427 8:-24833101 MsG0880043438.01.T01:CDS
CGGAGTGGCACTAAAAGACA+TGG 0.588611 8:+24833195 None:intergenic
TGACCAGGGACAACTACGAC+AGG 0.593352 8:+24833393 None:intergenic
AGCTCTTCATTACATGATGG+AGG 0.593933 8:+24833228 None:intergenic
GGTGCTCCAATAAATTCCAT+TGG 0.597357 8:+24832903 None:intergenic
AATTTATTGGAGCACCGCCA+AGG 0.606414 8:-24832896 MsG0880043438.01.T01:CDS
TTGTCATTGAATCGGTAGCA+AGG 0.609274 8:+24833753 None:intergenic
AGTAGCTCTTCATTACATGA+TGG 0.611681 8:+24833225 None:intergenic
CTTTCTGGAACCCTGCCACA+AGG 0.611757 8:-24833641 MsG0880043438.01.T01:CDS
TAATTCAACTGAAACTTACA+AGG 0.618957 8:-24833535 MsG0880043438.01.T01:CDS
CCGCTTGACATAAGAGCGAA+AGG 0.619220 8:+24833596 None:intergenic
AGGACCATGATCTTCGGTAA+GGG 0.619912 8:+24833773 None:intergenic
GCTCTTCATTACATGATGGA+GGG 0.622489 8:+24833229 None:intergenic
CTTCTCTCCAACAAGTCCGA+AGG 0.638523 8:-24833864 MsG0880043438.01.T01:CDS
TGTATCAGATGTAGTCCTTG+TGG 0.642446 8:+24833626 None:intergenic
TCATCTTCCACCCAATGCGG+AGG 0.642475 8:-24834102 MsG0880043438.01.T01:CDS
CCATTCTGAGACAAGCACAA+TGG 0.654946 8:+24833012 None:intergenic
TTGAAGTGAAATATCTGATG+CGG 0.656621 8:-24834037 MsG0880043438.01.T01:CDS
CAAAGTGAAAACTCTTGCAG+CGG 0.658947 8:+24833461 None:intergenic
CCCTCATCTTCCACCCAATG+CGG 0.662452 8:-24834105 MsG0880043438.01.T01:CDS
AACTTGCAAACTTCACGCTG+AGG 0.663427 8:+24833573 None:intergenic
TTGCTACCGATTCAATGACA+AGG 0.671293 8:-24833751 MsG0880043438.01.T01:CDS
AAGCACAATGGAATCAATGG+AGG 0.692781 8:+24833024 None:intergenic
TGAGTGCTCATGATAGTCAG+CGG 0.703867 8:+24833668 None:intergenic
TGCGGAGGTAATGCTCCCCG+AGG 0.715514 8:-24834087 MsG0880043438.01.T01:CDS
CTTCCATGATGACTTCCTCG+GGG 0.729757 8:+24834072 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATTTAAATAATAGTATCAAT+TGG - Chr8:24833633-24833652 MsG0880043438.01.T01:CDS 10.0%
!! AGAAAACTAATTTAAGTATA+TGG - Chr8:24833846-24833865 MsG0880043438.01.T01:CDS 15.0%
!! TAATTTAAGTATATGGAAAA+TGG - Chr8:24833853-24833872 MsG0880043438.01.T01:CDS 15.0%
!!! GATTGATATAACTAATTTTA+AGG + Chr8:24833913-24833932 None:intergenic 15.0%
!! AAATAATAGTATCAATTGGT+TGG - Chr8:24833637-24833656 MsG0880043438.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTGTTAACTTTGAAAATTGA+TGG - Chr8:24833467-24833486 MsG0880043438.01.T01:CDS 20.0%
! GCGATAATAATAATAATGCT+TGG - Chr8:24833540-24833559 MsG0880043438.01.T01:CDS 25.0%
! TAATTCAACTGAAACTTACA+AGG - Chr8:24833439-24833458 MsG0880043438.01.T01:CDS 25.0%
AAAGATTGGATCAGAGATAA+AGG + Chr8:24832991-24833010 None:intergenic 30.0%
AGTCCATTAACACAAAAAGA+CGG + Chr8:24833802-24833821 None:intergenic 30.0%
ATATGGAAAATGGACGAATT+TGG - Chr8:24833863-24833882 MsG0880043438.01.T01:CDS 30.0%
TAGCGAAATAAAAATGACCA+GGG + Chr8:24833598-24833617 None:intergenic 30.0%
TTGAAGTGAAATATCTGATG+CGG - Chr8:24832937-24832956 MsG0880043438.01.T01:CDS 30.0%
! AAAGCACCAATGGAATTTAT+TGG - Chr8:24834065-24834084 MsG0880043438.01.T01:CDS 30.0%
!! TTTTATTTCGCTACATGTGA+TGG - Chr8:24833605-24833624 MsG0880043438.01.T01:CDS 30.0%
AATGGAGGAAGAGAATCTAT+TGG + Chr8:24833938-24833957 None:intergenic 35.0%
ACCAAGCAATTCTCTATAAC+TGG - Chr8:24834017-24834036 MsG0880043438.01.T01:CDS 35.0%
AGTAGCTCTTCATTACATGA+TGG + Chr8:24833752-24833771 None:intergenic 35.0%
ATGGCAACCTTAAAGCTTTA+GGG - Chr8:24833486-24833505 MsG0880043438.01.T01:CDS 35.0%
ATTAACACAAAAAGACGGAG+TGG + Chr8:24833797-24833816 None:intergenic 35.0%
ATTTCACTTCAAGAAACGCT+AGG + Chr8:24832929-24832948 None:intergenic 35.0%
CCTAAAATCTGCAAATCCTT+CGG + Chr8:24833129-24833148 None:intergenic 35.0%
GTAGCGAAATAAAAATGACC+AGG + Chr8:24833599-24833618 None:intergenic 35.0%
TCATGTAATGAAGAGCTACT+TGG - Chr8:24833752-24833771 MsG0880043438.01.T01:CDS 35.0%
TCCAGTTATAGAGAATTGCT+TGG + Chr8:24834021-24834040 None:intergenic 35.0%
TGACAACCTTGTCATTGAAT+CGG + Chr8:24833232-24833251 None:intergenic 35.0%
TTGCCAAAATGCATCTTAAG+AGG - Chr8:24833009-24833028 MsG0880043438.01.T01:CDS 35.0%
! ACTCCGTCTTTTTGTGTTAA+TGG - Chr8:24833796-24833815 MsG0880043438.01.T01:CDS 35.0%
! CATATTTTCACTCCATCTAG+TGG - Chr8:24833994-24834013 MsG0880043438.01.T01:CDS 35.0%
! CTTCCTCTTAAGATGCATTT+TGG + Chr8:24833015-24833034 None:intergenic 35.0%
! TCAATTGGTTGGTCATTCAT+CGG - Chr8:24833648-24833667 MsG0880043438.01.T01:CDS 35.0%
!! AGATGCATTTTGGCAAAGAT+TGG + Chr8:24833005-24833024 None:intergenic 35.0%
!! AGGAGAATTAAAAGCACCAA+TGG - Chr8:24834055-24834074 MsG0880043438.01.T01:CDS 35.0%
AAGCACAATGGAATCAATGG+AGG + Chr8:24833953-24833972 None:intergenic 40.0%
AAGGTTGTCAGTCAGATTGT+TGG - Chr8:24833242-24833261 MsG0880043438.01.T01:CDS 40.0%
ACTGGAGAGACAATACTGTA+AGG - Chr8:24834035-24834054 MsG0880043438.01.T01:CDS 40.0%
AGCTCTTCATTACATGATGG+AGG + Chr8:24833749-24833768 None:intergenic 40.0%
CAAAGTGAAAACTCTTGCAG+CGG + Chr8:24833516-24833535 None:intergenic 40.0%
GACAAGCACAATGGAATCAA+TGG + Chr8:24833956-24833975 None:intergenic 40.0%
GATGGCAACCTTAAAGCTTT+AGG - Chr8:24833485-24833504 MsG0880043438.01.T01:CDS 40.0%
GGTGCTCCAATAAATTCCAT+TGG + Chr8:24834074-24834093 None:intergenic 40.0%
TGTATCAGATGTAGTCCTTG+TGG + Chr8:24833351-24833370 None:intergenic 40.0%
TTGTCATTGAATCGGTAGCA+AGG + Chr8:24833224-24833243 None:intergenic 40.0%
! AATTTGGAGTTGAACGGTCT+TGG - Chr8:24833879-24833898 MsG0880043438.01.T01:CDS 40.0%
! CCGAAGGATTTGCAGATTTT+AGG - Chr8:24833126-24833145 MsG0880043438.01.T01:CDS 40.0%
! CTGCAAGAGTTTTCACTTTG+GGG - Chr8:24833516-24833535 MsG0880043438.01.T01:CDS 40.0%
! GCTCTTCATTACATGATGGA+GGG + Chr8:24833748-24833767 None:intergenic 40.0%
! GCTGCAAGAGTTTTCACTTT+GGG - Chr8:24833515-24833534 MsG0880043438.01.T01:CDS 40.0%
! TGCAAGAGTTTTCACTTTGG+GGG - Chr8:24833517-24833536 MsG0880043438.01.T01:CDS 40.0%
! TGGACGAATTTGGAGTTGAA+CGG - Chr8:24833873-24833892 MsG0880043438.01.T01:CDS 40.0%
!! ATCAGAGATAAAGGTGTTCC+AGG + Chr8:24832982-24833001 None:intergenic 40.0%
!! CAGATTGTTGGTTCATGCAA+TGG - Chr8:24833254-24833273 MsG0880043438.01.T01:CDS 40.0%
!! TTGCTACCGATTCAATGACA+AGG - Chr8:24833223-24833242 MsG0880043438.01.T01:CDS 40.0%
AACTCCAGCAAACGAGAGAT+GGG + Chr8:24833158-24833177 None:intergenic 45.0%
AACTTGCAAACTTCACGCTG+AGG + Chr8:24833404-24833423 None:intergenic 45.0%
AAGGACCATGATCTTCGGTA+AGG + Chr8:24833205-24833224 None:intergenic 45.0%
ACTTCCATGATGACTTCCTC+GGG + Chr8:24832906-24832925 None:intergenic 45.0%
AGGACCATGATCTTCGGTAA+GGG + Chr8:24833204-24833223 None:intergenic 45.0%
ATCACCCTTACCGAAGATCA+TGG - Chr8:24833197-24833216 MsG0880043438.01.T01:CDS 45.0%
ATGAGCACTCACTCTCTTTC+TGG - Chr8:24833318-24833337 MsG0880043438.01.T01:CDS 45.0%
CAAGCTCTCAACATATGCCT+TGG + Chr8:24834098-24834117 None:intergenic 45.0%
CCATTGTGCTTGTCTCAGAA+TGG - Chr8:24833962-24833981 MsG0880043438.01.T01:CDS 45.0%
CCTTTCGCTCTTATGTCAAG+CGG - Chr8:24833378-24833397 MsG0880043438.01.T01:CDS 45.0%
CGGTACTCCCTAAAGCTTTA+AGG + Chr8:24833496-24833515 None:intergenic 45.0%
GAAGTTTGCAAGTTCGCGTT+TGG - Chr8:24833410-24833429 MsG0880043438.01.T01:CDS 45.0%
GAATTGCTTGGTCCACTAGA+TGG + Chr8:24834009-24834028 None:intergenic 45.0%
GACTTCCATGATGACTTCCT+CGG + Chr8:24832907-24832926 None:intergenic 45.0%
GTAGCAAGGACCATGATCTT+CGG + Chr8:24833210-24833229 None:intergenic 45.0%
TGAGTGCTCATGATAGTCAG+CGG + Chr8:24833309-24833328 None:intergenic 45.0%
TGCAAATCCTTCGGACTTGT+TGG + Chr8:24833120-24833139 None:intergenic 45.0%
! CGCTGCAAGAGTTTTCACTT+TGG - Chr8:24833514-24833533 MsG0880043438.01.T01:CDS 45.0%
! GCAAGAGTTTTCACTTTGGG+GGG - Chr8:24833518-24833537 MsG0880043438.01.T01:CDS 45.0%
!! AATTTATTGGAGCACCGCCA+AGG - Chr8:24834078-24834097 MsG0880043438.01.T01:CDS 45.0%
!! CCATTCTGAGACAAGCACAA+TGG + Chr8:24833965-24833984 None:intergenic 45.0%
CAACTCCAGCAAACGAGAGA+TGG + Chr8:24833159-24833178 None:intergenic 50.0%
CAGATGTAGTCCTTGTGGCA+GGG + Chr8:24833346-24833365 None:intergenic 50.0%
CCGCTTGACATAAGAGCGAA+AGG + Chr8:24833381-24833400 None:intergenic 50.0%
CGGAGTGGCACTAAAAGACA+TGG + Chr8:24833782-24833801 None:intergenic 50.0%
CTTCCATGATGACTTCCTCG+GGG + Chr8:24832905-24832924 None:intergenic 50.0%
CTTCTCTCCAACAAGTCCGA+AGG - Chr8:24833110-24833129 MsG0880043438.01.T01:CDS 50.0%
GCTCTCAACATATGCCTTGG+CGG + Chr8:24834095-24834114 None:intergenic 50.0%
TCAGATGTAGTCCTTGTGGC+AGG + Chr8:24833347-24833366 None:intergenic 50.0%
TGAAGTGCGTCTGTAAGTCC+TGG - Chr8:24832961-24832980 MsG0880043438.01.T01:CDS 50.0%
TGTACCCATCTCTCGTTTGC+TGG - Chr8:24833151-24833170 MsG0880043438.01.T01:CDS 50.0%
TTTCCTGTCGTAGTTGTCCC+TGG - Chr8:24833578-24833597 MsG0880043438.01.T01:CDS 50.0%
! CATCTCTCGTTTGCTGGAGT+TGG - Chr8:24833157-24833176 MsG0880043438.01.T01:CDS 50.0%
AGCATTACCTCCGCATTGGG+TGG + Chr8:24832882-24832901 None:intergenic 55.0%
CCCTCATCTTCCACCCAATG+CGG - Chr8:24832869-24832888 MsG0880043438.01.T01:CDS 55.0%
CCGCATTGGGTGGAAGATGA+GGG + Chr8:24832872-24832891 None:intergenic 55.0%
TCATCTTCCACCCAATGCGG+AGG - Chr8:24832872-24832891 MsG0880043438.01.T01:CDS 55.0%
TCCGCATTGGGTGGAAGATG+AGG + Chr8:24832873-24832892 None:intergenic 55.0%
TGACCAGGGACAACTACGAC+AGG + Chr8:24833584-24833603 None:intergenic 55.0%
!! CTTTCTGGAACCCTGCCACA+AGG - Chr8:24833333-24833352 MsG0880043438.01.T01:CDS 55.0%
!! GGGAGCATTACCTCCGCATT+GGG + Chr8:24832885-24832904 None:intergenic 55.0%
GCTCCCCGAGGAAGTCATCA+TGG - Chr8:24832899-24832918 MsG0880043438.01.T01:CDS 60.0%
!! GGGGAGCATTACCTCCGCAT+TGG + Chr8:24832886-24832905 None:intergenic 60.0%
TGCGGAGGTAATGCTCCCCG+AGG - Chr8:24832887-24832906 MsG0880043438.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 24832861 24834135 24832861 ID=MsG0880043438.01;Name=MsG0880043438.01
Chr8 mRNA 24832861 24834135 24832861 ID=MsG0880043438.01.T01;Parent=MsG0880043438.01;Name=MsG0880043438.01.T01;_AED=0.37;_eAED=0.37;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|424
Chr8 exon 24832861 24834135 24832861 ID=MsG0880043438.01.T01:exon:9246;Parent=MsG0880043438.01.T01
Chr8 CDS 24832861 24834135 24832861 ID=MsG0880043438.01.T01:cds;Parent=MsG0880043438.01.T01
Gene Sequence

>MsG0880043438.01.T01

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Protein sequence

>MsG0880043438.01.T01

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